View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21323_high_4 (Length: 643)

Name: NF21323_high_4
Description: NF21323
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21323_high_4
NF21323_high_4
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (15-629)||(13440986-13441600)
chr2 (236-572)||(13462227-13462563)
chr2 (236-629)||(13449149-13449542)
chr2 (580-629)||(13455620-13455669)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (236-629)||(3416536-3416929)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (244-549)||(28386203-28386499)
chr5 (237-629)||(12541471-12541851)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (226-501)||(48959055-48959330)
chr4 (236-404)||(48966340-48966508)
chr4 (237-380)||(48963318-48963461)
chr4 (535-629)||(48963068-48963162)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (217-380)||(12482442-12482605)
chr6 (236-376)||(12589193-12589333)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (288-517)||(12640539-12640768)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 423; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 423; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 629
Target Start/End: Complemental strand, 13441600 - 13440986
Alignment:
15 tgtgttattacaagaggttcataatattcatatggatgataacttgtattctcttactctcctcgtggctctcgtgcagatggaataaaataatatgaat 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
13441600 tgtgttattacaagaggttcataatattcatatggatgataacttgtgttctcttactctcctcgtggctctcgtgcagatggaataaaataatatgaat 13441501  T
115 aataagtatattatttacgtataaaaacgaaagtatggtcgaacttgaactcatgcactcacacacggggagatatagaaacgtgaatagtgagtagaat 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
13441500 aataagtatattatttacgtataaaaacgaaagtatggtcgaacttgaactcatgcactcacacacggggagatatagaaacgtgaatagtgaatagaat 13441401  T
215 ataatagaataaatttatcaacaatggaaggtgttgaagtggaacgaccactgaaaattcacttcattccttatctagcatctagccatatgatccctct 314  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||    
13441400 ataatagaataaatttatcaacaatggaaggtgttgaagtggaacgaccactgaaaattcacttcattccatatctagcatctggacatatgatccctct 13441301  T
315 ttgtgatatagcagctatgtttgcatcccgtggccaacatgtcgcaatcatcaccactccctccaattccaaattccttacaaaatctctatcttatgcc 414  Q
    |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||  |  ||| ||| || |||||||| || |  ||     
13441300 ttgtgacatagcaactatgtttgcatcccgtggccaacaagtcacaatcatcaccactccctccaacgctcaatccctaaccaaatctctctcatccgcg 13441201  T
415 gctcccttcttcctcagccttcacaccgtcgacttcccctttcaacaaatggacctccctgaaggcattgaatctatatcctccaccactgaccttgtca 514  Q
    ||| ||||||||||| || | |||||||||||||| ||||  |||||| | |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||  | | |    
13441200 gcttccttcttcctccgcttccacaccgtcgactttccctcccaacaagtcgacctccctgaaggcattgaatctatgtcttccaccactgactctatga 13441101  T
515 ccacttggaagatcaacaatggcgcaatgctcctccatcgacccattgaggatttcattaaaaacgatccaccagattgtatcatctccgactctgcata 614  Q
    || ||||||||||| ||  ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||  | || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
13441100 cctcttggaagatccaccgtggcgcaatgctcctccatggatccattgaggatttcatggagaaagatccaccagattgtatcatctccgactccgcata 13441001  T
615 cccatgggttaatga 629  Q
    |||||||| ||||||    
13441000 cccatgggctaatga 13440986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 125; E-Value: 5e-64
Query Start/End: Original strand, 236 - 572
Target Start/End: Complemental strand, 13462563 - 13462227
Alignment:
236 caatggaaggtgttgaagtggaacgaccactgaaaattcacttcattccttatctagcatctagccatatgatccctctttgtgatatagcagctatgtt 335  Q
    ||||||||||||| ||||| |||| |||||||||| | ||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||| ||| ||||||  ||||||    
13462563 caatggaaggtgtagaagttgaacaaccactgaaactgcacttcattccatatctagcatctggacatatgatccctctttttgacatagcaattatgtt 13462464  T
336 tgcatcccgtggccaacatgtcgcaatcatcaccactccctccaattccaaattccttacaaaatctctatcttatgccgctcccttcttcctcagcctt 435  Q
    |||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||||||   | ||| |||||| |||||||| || |  |||||||||| | ||||  || ||    
13462463 tgcatcccgtggccaacacgtcacagtcatcaccactccctccaacgtccaatcccttaccaaatctctctcatccgccgctccctccctccttcgcttt 13462364  T
436 cacaccgtcgacttcccctttcaacaaatggacctccctgaaggcattgaatctatatcctccaccactgaccttgtcaccacttggaagatcaacaatg 535  Q
    |||||| |||| |||||||  |||||| | | ||| ||||| |||||||||||||| || |||||||| |||     |||  ||||||||||| |  |||    
13462363 cacaccatcgaattcccctcccaacaagttggccttcctgatggcattgaatctatgtcttccaccaccgactccaccacatcttggaagatccatcatg 13462264  T
536 gcgcaatgctcctccatcgacccattgaggatttcat 572  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
13462263 gcgcaatgctcctccatggacccattgaggatttcat 13462227  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 118; E-Value: 7e-60
Query Start/End: Original strand, 236 - 629
Target Start/End: Complemental strand, 13449542 - 13449149
Alignment:
236 caatggaaggtgttgaagtggaacgaccactgaaaattcacttcattccttatctagcatctagccatatgatccctctttgtgatatagcagctatgtt 335  Q
    ||||||||||||||||||| |||| |||| ||||| || |||||||||| | ||| |||||| | |||||||||||||||| ||| |||||| |||||||    
13449542 caatggaaggtgttgaagttgaacaaccattgaaagtttacttcattccatttcttgcatctggacatatgatccctctttttgacatagcaactatgtt 13449443  T
336 tgcatcccgtggccaacatgtcgcaatcatcaccactccctccaattccaaattccttacaaaatctctatcttatgccgctcccttcttcctcagcctt 435  Q
    ||||||||||||||| || ||  || |||||||||||||| ||||  | |||| |||||| |||||||| || |  | |||||| |  |||||  | |||    
13449442 tgcatcccgtggccagcaagtaacagtcatcaccactcccgccaacgcaaaatcccttaccaaatctctctcatccgacgctccttcattccttcgtctt 13449343  T
436 cacaccgtcgacttcccctttcaacaaatggacctccctgaaggcattgaatctatatcctccaccactgaccttgtcaccacttggaagatcaacaatg 535  Q
    |||||||| ||||||||||  |||||| | | |||||||||||| ||||||||||| || || || || ||||    |||||||||||||||| | | ||    
13449342 cacaccgttgacttcccctcccaacaagtcggcctccctgaaggtattgaatctatgtcttcaactacggaccccaccaccacttggaagatccatactg 13449243  T
536 gcgcaatgctcctccatcgacccattgaggatttcattaaaaacgatccaccagattgtatcatctccgactctgcatacccatgggttaatga 629  Q
    |||| ||||||||  |   ||| |||| |||||||||| | || |||||||| ||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||    
13449242 gcgcgatgctccttaaagaacctattggggatttcattgagaatgatccaccggattgtatcatctccgactccacgtacccatgggttaatga 13449149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 580 - 629
Target Start/End: Complemental strand, 13455669 - 13455620
Alignment:
580 gatccaccagattgtatcatctccgactctgcatacccatgggttaatga 629  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
13455669 gatcccccagattgtatcatctccgacgctgcatacccatgggttaatga 13455620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 342; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 342; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 236 - 629
Target Start/End: Original strand, 3416536 - 3416929
Alignment:
236 caatggaaggtgttgaagtggaacgaccactgaaaattcacttcattccttatctagcatctagccatatgatccctctttgtgatatagcagctatgtt 335  Q
    |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
3416536 caatggtaggtgttgaagtagaacgaccactgaaaattcacttcattccttatcttgcatctagccatatgatccctctttctgatatagcagctatgtt 3416635  T
336 tgcatcccgtggccaacatgtcgcaatcatcaccactccctccaattccaaattccttacaaaatctctatcttatgccgctcccttcttcctcagcctt 435  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||    
3416636 tgcatcccatggccaacatgtcacaatcatcaccactccctccaatgccaaatttcttacaaaatctctttcttatgccgctcccttcttcctccgcctt 3416735  T
436 cacaccgtcgacttcccctttcaacaaatggacctccctgaaggcattgaatctatatcctccaccactgaccttgtcaccacttggaagatcaacaatg 535  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||    
3416736 cacaccgtcgactttccctttcaacaaatggacctccctgaaggcattgaatctatatcctccaccaccgacctcgtcaccacttggaagatcaacaatg 3416835  T
536 gcgcaatgctcctccatcgacccattgaggatttcattaaaaacgatccaccagattgtatcatctccgactctgcatacccatgggttaatga 629  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
3416836 gcgcaatgctcctccatcgacccattgaggatttcattaaaaacgatccaccagattgtatcatctccgactctgcatacccatgggttaatga 3416929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 126; Significance: 1e-64; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 126; E-Value: 1e-64
Query Start/End: Original strand, 244 - 549
Target Start/End: Complemental strand, 28386499 - 28386203
Alignment:
244 ggtgttgaagtggaacgaccactgaaaattcacttcattccttatctagcatctagccatatgatccctctttgtgatatagcagctatgtttgcatccc 343  Q
    ||||||||||| ||| ||||| ||||| ||||||||||||| |||| ||||||| | |||||||| || ||||||||||||||| || |||||||||| |    
28386499 ggtgttgaagttgaaagaccattgaaacttcacttcattccgtatccagcatctggacatatgatgccactttgtgatatagcaactttgtttgcatcac 28386400  T
344 gtggccaacatgtcgcaatcatcaccactccctccaattccaaattccttacaaaatctctatcttatgccgctcccttcttcctcagccttcacaccgt 443  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||| |||||| ||| |||| || | ||||||         |||| |||||||||||||    
28386399 gtggccaacatgtcacaatcatcaccactccctccaatgcccaatcccttactaaaactctctcatctgccgc---------cctccgccttcacaccgt 28386309  T
444 cgacttcccctttcaacaaatggacctccctgaaggcattgaatctatatcctccaccactgaccttgtcaccacttggaagatcaacaatggcgcaatg 543  Q
     || ||||||| ||||||| | ||||||||| ||||| |||| |||||  ||||||||||||||| | ||||||||||||||||| | ||||||||||||    
28386308 tgaattcccctatcaacaagtcgacctccctaaaggcgttgagtctatgacctccaccactgaccctatcaccacttggaagatccataatggcgcaatg 28386209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 237 - 629
Target Start/End: Complemental strand, 12541851 - 12541471
Alignment:
237 aatggaaggtgttgaagtggaacgaccactgaaaattcacttcattccttatctagcatctagccatatgatccctctttgtgatatagcagctatgttt 336  Q
    |||||||||||||||||| || |||||| | ||||||||||||||||| ||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| || |||||    
12541851 aatggaaggtgttgaagttgatcgaccattaaaaattcacttcattccatatttagcatctggacatatgatccctctttgtgatatagcaactttgttt 12541752  T
337 gcatcccgtggccaacatgtcgcaatcatcaccactccctccaattccaaattccttacaaaatctctatcttatgccgctcccttcttcctcagccttc 436  Q
    ||||| | ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||    ||  |||||| ||||||||             || | | |||||| |||||    
12541751 gcatcacatggccaacaagtcacaatcatcaccactccctccaatgttgaaacccttaccaaatctct------------cccatccatcctcacccttc 12541664  T
437 acaccgtcgacttcccctttcaacaaatggacctccctgaaggcattgaatctatatcctccaccactgaccttgtcaccacttggaagatcaacaatgg 536  Q
    |||| |||||||||||||   ||||| | ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||   | ||| ||||||| ||  |||||||    
12541663 acactgtcgacttcccctccgaacaagtcgacctccctaaaggcattgaatctatgtcctccaccactgaccccattacctcttggaaaattcacaatgg 12541564  T
537 cgcaatgctcctccatcgacccattgaggatttcattaaaaacgatccaccagattgtatcatctccgactctgcatacccatgggttaatga 629  Q
     ||||||||||||||| |||||||||| |||||  ||   ||  ||||||| |||||||||||  |||||||| | ||| |||||| ||||||    
12541563 tgcaatgctcctccatggacccattgatgattttgttgtgaataatccacctgattgtatcattgccgactcttcttactcatggggtaatga 12541471  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 80; Significance: 3e-37; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 226 - 501
Target Start/End: Complemental strand, 48959330 - 48959055
Alignment:
226 aatttatcaacaatggaaggtgttgaagtggaacgaccactgaaaattcacttcattccttatctagcatctagccatatgatccctctttgtgatatag 325  Q
    ||||||| | ||||||||||||||||||| ||  ||||  ||||| ||||||||||||| |||| |||| || | |||||||||||  | ||||| ||||    
48959330 aatttataagcaatggaaggtgttgaagttgatagacctatgaaacttcacttcattccatatccagcacctgggcatatgatccccatgtgtgacatag 48959231  T
326 cagctatgtttgcatcccgtggccaacatgtcgcaatcatcaccactccctccaattccaaattccttacaaaatctctatcttatgccgctcccttctt 425  Q
    || || |||||||||||| ||||||||| ||  |||||||||||||||||||||| ||| | ||| |||| |||||||| ||   ||  | |||||||||    
48959230 caactctgtttgcatcccatggccaacaagtgacaatcatcaccactccctccaactcccacttctttaccaaatctctctcaagtgttgatcccttctt 48959131  T
426 cctcagccttcacaccgtcgacttcccctttcaacaaatggacctccctgaaggcattgaatctatatcctccacc 501  Q
    |||| ||||||||   ||| |||| ||||  |||||| | | ||||||||| ||| |||||||||| |||||||||    
48959130 cctccgccttcaccttgtcaactttccctcccaacaagttggcctccctgacggcgttgaatctatgtcctccacc 48959055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 236 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 48966508 - 48966340
Alignment:
236 caatggaaggtgttgaagtggaacgaccactgaaaattcacttcattccttatctagcatctagccatatgatccctctttgtgatatagcagctatgtt 335  Q
    ||||||||||||||||| |  |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |  |||||||||||||| | ||||| |||||| |||| ||    
48966508 caatggaaggtgttgaaattaaacgaccactgaaacttcacttcattccatatctagcaccaggccatatgatccctatgtgtgacatagcaactatctt 48966409  T
336 tgcatcccgtggccaacatgtcgcaatcatcaccactccctccaattccaaattccttacaaaatctct 404  Q
    |||||| | ||||||||| ||| | |||||||| |||||||| ||  |||| |||||| | ||||||||    
48966408 tgcatctcatggccaacaagtcaccatcatcacaactccctctaacgccaacttcctttccaaatctct 48966340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 68; E-Value: 5e-30
Query Start/End: Original strand, 237 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 48963461 - 48963318
Alignment:
237 aatggaaggtgttgaagtggaacgaccactgaaaattcacttcattccttatctagcatctagccatatgatccctctttgtgatatagcagctatgttt 336  Q
    |||||| || |||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||| ||| || | |||||||| ||| |  |||| ||||||||| |||||    
48963461 aatggagggcgttgaagttgaacgaccattgaaacttcacttcattccatatcttgcacctggtcatatgattcctttgggtgacatagcagctctgttt 48963362  T
337 gcatcccgtggccaacatgtcgcaatcatcaccactccctccaa 380  Q
    || |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
48963361 gcgtcccgtggccaacaagtcacaatcatcaccactccctccaa 48963318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 535 - 629
Target Start/End: Complemental strand, 48963162 - 48963068
Alignment:
535 ggcgcaatgctcctccatcgacccattgaggatttcattaaaaacgatccaccagattgtatcatctccgactctgcatacccatgggttaatga 629  Q
    |||||||||||||||||  |||| ||| ||||||||||  | || |||||||| || || |||||| |||||| |  ||||||||||||| ||||    
48963162 ggcgcaatgctcctccacggaccaattcaggatttcatggagaaggatccacctgactgcatcatcaccgactgtatatacccatgggtttatga 48963068  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 64; Significance: 1e-27; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 217 - 380
Target Start/End: Original strand, 12482442 - 12482605
Alignment:
217 aatagaataaatttatcaacaatggaaggtgttgaagtggaacgaccactgaaaattcacttcattccttatctagcatctagccatatgatccctcttt 316  Q
    |||||| | |||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||| | || |||| || | |||||||||||| | |    
12482442 aatagagtgaattgatctacaatggaaggtgttgaagttgaacgaccattgaaacttcacttcattccatttccagcacctgggcatatgatccctatgt 12482541  T
317 gtgatatagcagctatgtttgcatcccgtggccaacatgtcgcaatcatcaccactccctccaa 380  Q
    |  | || ||| || |||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||    
12482542 gcaagattgcaactctgtttgcatcacgtggccatcatgtcacaatcatcaccactccttccaa 12482605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 236 - 376
Target Start/End: Original strand, 12589193 - 12589333
Alignment:
236 caatggaaggtgttgaagtggaacgaccactgaaaattcacttcattccttatctagcatctagccatatgatccctctttgtgatatagcagctatgtt 335  Q
    ||||| |||| |||||| | |||| |||| | ||| ||||||||||||| |||||| || || | |||||||||||||| ||||| || ||| |  ||||    
12589193 caatgaaaggcgttgaaattgaacaaccattaaaacttcacttcattccatatctatcacctgggcatatgatccctctatgtgacattgcaaccctgtt 12589292  T
336 tgcatcccgtggccaacatgtcgcaatcatcaccactccct 376  Q
    |||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||    
12589293 tgcatcccgtggccaacaagtcacaatcaccaccactccct 12589333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 58; Significance: 4e-24; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 288 - 517
Target Start/End: Original strand, 12640539 - 12640768
Alignment:
288 tctagcatctagccatatgatccctctttgtgatatagcagctatgtttgcatcccgtggccaacatgtcgcaatcatcaccactccctccaattccaaa 387  Q
    ||||||| || | |||||||| ||| |  |||| ||||||||| |||||||||||| ||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||  || |     
12640539 tctagcacctggtcatatgattcctttgggtgacatagcagctttgtttgcatcccatggccaacaagtcacgatcatcaccactccctccaacgcccat 12640638  T
388 ttccttacaaaatctctatcttatgccgctcccttcttcctcagccttcacaccgtcgacttcccctttcaacaaatggacctccctgaaggcattgaat 487  Q
    ||| |||| |||||||| || |  | || ||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||| | || || || || ||| ||||||    
12640639 ttctttaccaaatctctctccttcgtcgatccgtttttcctccgccttcacaccgtcgacttcccctcccaacaagtcgatcttcccgacggcgttgaat 12640738  T
488 ctatatcctccaccactgaccttgtcacca 517  Q
    |  | |||||||||||| ||| || |||||    
12640739 cattgtcctccaccactaaccctgacacca 12640768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University