View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21323_low_2 (Length: 777)

Name: NF21323_low_2
Description: NF21323
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21323_low_2
NF21323_low_2
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (13-760)||(35805175-35805922)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 712; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 712; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 760
Target Start/End: Complemental strand, 35805922 - 35805175
Alignment:
Q  13 aaaatcacaccaccaccatcaaaattgtgataaatataaatctccaccacgcaattgcatatgaatttattaatgtaaattaagaggctagtttgtaaat 112  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35805922 aaaatcataccaccaccatcaaaattgtgataaatataaatctccaccacgcaattgcatatgaatttattaatgtaaattaagaggctagtttgtaaat 35805823  T
Q  113 taagaggctagttagaattgaagttaaacaacaccacttgctggccttgtccacaacatgaagaccactcaaggtagccatgagggttgctttcaaatgt 212  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35805822 taagaggctagttagaattgaagtgaaacaacaccacttgttggccttgtccacaacatgaagaccactcaaggtagccatgagggttgctttcaaatgt 35805723  T
Q  213 ctcatgagatatatgtactattcaccaccaccggtgcttacataattcccccaccactgccaccgtggacccttggcttccaccctcaatttcatcattt 312  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35805722 ctcatgagatatatgtacgattcaccaccaccggtgcttacataattcccccaccactgccaccgtggacccttggcttccaccctcaatttcatcattt 35805623  T
Q  313 agggttttgatctaactatctgcaaagggaatcgatccatattagtattatgatagaattgacaaagttatttgatgtaacttaatgaatgatttggaga 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35805622 agggttttgatctaactatctgcaaagggaatcgatccatattagtattatgatagaattgacaaagttatttgatgtaacttaatgaatgatttggaga 35805523  T
Q  413 aaattgaaacaatattcgggtgtagtgcaaggaaaaacaaaagagaagcttaaaattaatatgatataatgcatgtttgaggtatctagtgaaataagta 512  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  35805522 aaattgaaacaatattcgggtgtagtgcaaggaaaaacaaaagagaagctaaaaattaatatgatataatgcatgtttgaggcatctagtgaaataagta 35805423  T
Q  513 gtgaataaaattggatgtgtttagatgtctagggatgtcataaataagtaatggtgttaacattttttgtcttttgtatatgagaaagtgttgcatacaa 612  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  35805422 gtgaataaaattggatgtgtttagatgtctagggatgtaataaataagtaatggtgttaacattttttgtcttttgtatatgagaaagtgttacatacaa 35805323  T
Q  613 aatttgaattttaagtttcaagttccatggagtaagttgaatttcaaacttacatttgtgccagtaaatttgtcaacttaaaacttgttaaggatctaat 712  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35805322 aatttgaattttaagtttcaagttccatggagtaagtcgaatttcaaacttacatttgtgccagtaaatttgtcaacttaaaacttgttaaggatctaat 35805223  T
Q  713 tcaagttatagactaatctttgaatttatttgctgaagtgataaattt 760  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35805222 tcaagttatagactaatctttgaatttatttgctgaagtgataaattt 35805175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University