View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21323_low_3 (Length: 701)

Name: NF21323_low_3
Description: NF21323
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21323_low_3
NF21323_low_3
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (1-687)||(54175493-54176166)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 602; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 602; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 687
Target Start/End: Original strand, 54175493 - 54176166
Alignment:
Q  1 aactccaattcctccattcttcattccactcaacttgttctccatatgcaaacttccaattgcagcggtttcgatggcatgattcaaggtatcctattcc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54175493 aactccaattcctccattcttcattccactcaacttgttcttcatatgcaaacttccaattgcagcggtttcgatggcatgattcaaggtatcctattcc 54175592  T
Q  101 tgcctttaattcatattacattaaatatttgtattgtactagttattatcaatagaaaatcacatgattgaacaaagatttgtcaacctattgtcttgta 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |   |||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||            
T  54175593 tgcctttaattcatattacattaaatatttgtattatactagttatga---atagaaaatcaattgattgaacaaagatttgtgaacctatt-------- 54175681  T
Q  201 ttgtattgtattcattgcagctttgcggttcatggagacggatgtaattgctatattaggtccacaatcttctgtagtttcccacatagtagcccatgtt 300  Q
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54175682 --gtattgtattcattgcagctttgcggttcatggagacggatgtaattgctatattaggtccacaatcttctgtagtttcccacatagtagcccatgtt 54175779  T
Q  301 gcaaacgagcttcgtgttcctatgttgtcatttgcagctacagaccctacactctcatcgttgcagtttcctttctttgtcaggacaacactcagtgatt 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54175780 gcaaacgagcttcgtgttcctatgttgtcatttgcagctacagaccctacactctcatcgttgcagtttcctttctttgtcaggacaacactcagtgatt 54175879  T
Q  401 tgtaccaaatgactgcagttgctgaaatcattgatttttatggatggaaagaagttattaccatttatgtggatgatgattatgggcgaaatggtgtgtc 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  54175880 tgtaccaaatgactgcagttgctgaaatcattgatttttatggatggaaagaagttattaccatttatgtggatgatgattatggacgaaatggtgtgtc 54175979  T
Q  501 tgcgttagatgacgcgttggcagggaggcgttgtagaatatcttacaaagtaggaatcaaatcaggacctgatgttgataggggtgaaatcaccaatttg 600  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54175980 tgcgttagatgacgcgttggcagagaggcgttgtagaatatcttacaaagtaggaatcaaatcaggacctgatgttgataggggtgaaatcaccaatttg 54176079  T
Q  601 cgtgtgaatgtggcaatgatgcagtctcgaattattgttgtccatgcacattctaattctggatttatgatcttcaaagtggcccat 687  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54176080 cttgtgaatgtggcaatgatgcagtctcgaattattgttgtccatgcacattctaattctggatttatgatcttcaaagtggcccat 54176166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University