View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21333_low_5 (Length: 423)

Name: NF21333_low_5
Description: NF21333
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21333_low_5
NF21333_low_5
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (13-407)||(51383350-51383744)
[»] chr5 (6 HSPs)
chr5 (13-407)||(15284165-15284559)
chr5 (13-407)||(15287356-15287753)
chr5 (13-401)||(15262679-15263070)
chr5 (13-167)||(15256685-15256839)
chr5 (16-381)||(15265213-15265581)
chr5 (241-351)||(15256916-15257026)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (13-407)||(44248001-44248395)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (13-401)||(11806919-11807307)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (31-68)||(6554187-6554224)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 387; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 387; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 51383744 - 51383350
Alignment:
Q  13 aaaatctcattccaagtgtctataggtcctggcaaacaccaatgaacacaatcattttgtacatactttggaattccattagcaaatggaaaaggattca 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51383744 aaaatctcattccaagtgtctataggtcctggcaaacaccaatgaacacaatcattttgtacatactttggaattccattagcaaatggaaaaggattca 51383645  T
Q  113 tgtaggctcctgcatgaccatctggtctcaacaatgccaattttgttatatcaagcacctccaaattaaatcccaattgttcagcttttgccttagcatt 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  51383644 tgtaggctcctgcatgaccatctggtctcaacaatgccaattttgttatatcaagcacctccaaattaaatcccaattgttcagcttttgacttagcatt 51383545  T
Q  213 ttttacttcctctatctcaatacttcttatctcagcatccatttcttcaagtttcttctccccattttcatatggctcactctttgaacaagttcctccc 312  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51383544 tttcacttcctctatctcaatacttcttatctcagcatccatttcttcaagtttcttctccccattttcatatggctcactctttgaacaagttcctccc 51383445  T
Q  313 ttatcccaaccaccttcaaaatgagatggtgaaaatgttctcacaatcacataatttccattccctttaacaactttcctttcaattatactatt 407  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51383444 ttatcccaaccaccttcaaaatgagatggtgaaaatgttctcacaatcacataatttccattccctttaacaactttcctttcaattatactatt 51383350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 251; Significance: 1e-139; HSPs: 6)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 13 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 15284559 - 15284165
Alignment:
Q  13 aaaatctcattccaagtgtctataggtcctggcaaacaccaatgaacacaatcattttgtacatactttggaattccattagcaaatggaaaaggattca 112  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||||    
T  15284559 aaaatctcattccaagtatctataggtcctggcaagcaccaatgaacacaatcattttgtacatattttggaactccatttgcaaatggaaaaggattca 15284460  T
Q  113 tgtaggctcctgcatgaccatctggtctcaacaatgccaattttgttatatcaagcacctccaaattaaatcccaattgttcagcttttgccttagcatt 212  Q
    | || || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||| |||||||||| |||||||    
T  15284459 tataagcaccagcatgaccatctggtctcaacaatgccaattttgttatatcaagcacctctaaatttaatccaaattgtttagcttttgccctagcatt 15284360  T
Q  213 ttttacttcctctatctcaatacttcttatctcagcatccatttcttcaagtttcttctccccattttcatatggctcactctttgaacaagttcctccc 312  Q
    ||  |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||| || |||    
T  15284359 ttccacttcctctatctcaacacttcttatcttagcatccattccttcaagtttcttctcctcatttccatatggctctctctttgaacaagtaccaccc 15284260  T
Q  313 ttatcccaaccaccttcaaaatgagatggtgaaaatgttctcacaatcacataatttccattccctttaacaactttcctttcaattatactatt 407  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |||||  |||||||||||||||||| | ||  |||||||||||| | |||||| |||||||| |||||    
T  15284259 ttatcccaaccaccttcaaaatgagtaggtgagtatgttctcacaatcacatcaattttattccctttaaccattttcctctcaattatgctatt 15284165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 150; E-Value: 4e-79
Query Start/End: Original strand, 13 - 407
Target Start/End: Original strand, 15287356 - 15287753
Alignment:
Q  13 aaaatctcattccaagtgtctataggtcctggcaaacaccaatgaacacaatcattttgtacatactttggaattccattagcaaatggaaaaggattca 112  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||||    
T  15287356 aaaatctcattccaagtatctataggtcctggcaagcaccaatgaacacaatcattttgtacatattttggaactccatttgcaaatggaaaaggattca 15287455  T
Q  113 tgtaggctcctgcatgaccatctggtctcaacaatgccaattttgttatatcaagcacctccaaattaaatccc----aattgttcagcttttgccttag 208  Q
    |||| |  |||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||| | ||||| ||| |  ||| ||    ||||  | |||||||| ||| |    
T  15287456 tgtaaggacctggatgaccatctggtctcaataatgccaatttagttacatccaacacct-caattctaataccttcaaatttattagcttttgtcttgg 15287554  T
Q  209 cattttttacttcctctatctcaatacttcttatctcagcatccatttcttcaagtttcttctccccattttcatatggctcactctttgaacaagttcc 308  Q
    || |||  ||||| ||||||||||| ||||| |||||| |||||||| || ||| | |||||||| | |||  ||| |||| | ||||||||||||| ||    
T  15287555 cactttccacttcttctatctcaatccttctaatctcaccatccattcctccaactatcttctcctcttttctataaggcttagtctttgaacaagtacc 15287654  T
Q  309 tcccttatcccaaccaccttcaaaatgagatggtgaaaatgttctcacaatcacataatttccattccctttaacaactttcctttcaattatactatt 407  Q
      ||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||| | ||||||||||   ||| ||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  15287655 agccttatcccaatcaccttcaaaatgagcaggtgaaaatgttttaacaatcacatctattctatttcctttagcaactttcctctcaattatactatt 15287753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 13 - 401
Target Start/End: Complemental strand, 15263070 - 15262679
Alignment:
Q  13 aaaatctcattccaagtgtctataggtcctggcaaacaccaatgaacacaatcattttgtacatactttggaattccattagcaaatggaaaaggattca 112  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  || || || || |||||||||||||    
T  15263070 aaaatctcattccaagtatctataggtccaggcaaacaccaatgaacacaatcattttgcacatactttggaacaccgttcgcgaacggaaaaggattca 15262971  T
Q  113 tgtaggctcctgcatgaccatctggtctcaacaatgccaattttgttatatcaagcacctccaaattaaatccc----aattgttcagcttttgccttag 208  Q
    |||| || |||| |||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||| |  |||| |||||  ||||||    |||   |  | ||||  |||||    
T  15262970 tgtaagcacctggatgaccatctggtctcaacaatgccaattcagttacatccaatacct-caaatctaatccctccaaatgcatttgattttttcttag 15262872  T
Q  209 cattttttacttcctctatctcaatacttcttatctcagcatccatttcttcaagtttcttctccccattttcatatggctcactctttgaacaagttcc 308  Q
    ||||||  ||||| || |||||||| ||||| ||||||   ||||||| | ||| ||||||||| || ||| |||| || ||| |||||||||| |||||    
T  15262871 cattttccacttcttcaatctcaatccttctaatctcactttccatttttccaattttcttctcaccctttacataaggttcaatctttgaacatgttcc 15262772  T
Q  309 tcccttatcccaaccaccttcaaaatgagatggtgaaaatgttctcacaatcacataatttccattccctttaacaactttcctttcaattat 401  Q
      ||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||| ||| ||||||| ||   | ||||||||| |||| |||||||||| ||||||||    
T  15262771 agccttatcccaatcaccatcaaaatgagaaggtgaaaaagttttcacaattactccaattccattccttttagcaactttcctctcaattat 15262679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 13 - 167
Target Start/End: Original strand, 15256685 - 15256839
Alignment:
Q  13 aaaatctcattccaagtgtctataggtcctggcaaacaccaatgaacacaatcattttgtacatactttggaattccattagcaaatggaaaaggattca 112  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||   | |||||  ||||| |||||||||||||| | ||    
T  15256685 aaaatctcattccatgtgtctataggtccaggcaaacaccaatgaacacaatcattctgcacacgttctggaacaccattggcaaatggaaaagggtaca 15256784  T
Q  113 tgtaggctcctgcatgaccatctggtctcaacaatgccaattttgttatatcaag 167  Q
    | || |  |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||    
T  15256785 tataaggacctggatgaccatctggtctcaacaatgccaatttagttacatcaag 15256839  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 16 - 381
Target Start/End: Original strand, 15265213 - 15265581
Alignment:
Q  16 atctcattccaagtgtctataggtcctggcaaacaccaatgaacacaatcattttgtacatactttggaattccattagcaaatggaaaaggattcatgt 115  Q
    ||||||||||| || || || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||  | | |||  ||||||   ||||||||||||||||| |    
T  15265213 atctcattccatgtatcaattggtccaggcaaacaccaatgaacacaatcattttgcacatgttcttgaaccccattaaagaatggaaaaggattcatat 15265312  T
Q  116 aggctcctgcatgaccatctggtctcaacaatgccaattttgttatatcaagcacctccaaattaaa---tcccaattgttcagcttttgccttagcatt 212  Q
    | |  |||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||| |  || || ||  | ||   ||| ||||  |   |||| || ||||||      
T  15265313 aaggacctggatgaccatctggtcttaacaaagccaattttgttacatccaatacttcaaatcttaaccttccaaattcattgcctttggctttagcagc 15265412  T
Q  213 ttttacttcctctatctcaatacttcttatctcagcatccatttcttcaagtttcttctccccattttcatatggctcactctttgaacaagttcctccc 312  Q
        ||||| |||||||||||  |||| |||||| |||||||| |||||| ||||||||| ||||||  ||| |||| | | |||| |||||  ||  ||    
T  15265413 caccacttcttctatctcaatctttctcatctcaccatccattccttcaactttcttctctccatttctataaggcttagtttttggacaagcaccagcc 15265512  T
Q  313 ttatcccaaccaccttcaaaatgagatggtgaaaatgttctcacaatcacataatttccattcccttta 381  Q
    ||||||||| ||||||||||||||  ||| | ||||||| | ||||| |||| | || |||| ||||||    
T  15265513 ttatcccaagcaccttcaaaatgatgtggcgtaaatgttgtaacaattacattaatttcattaccttta 15265581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 241 - 351
Target Start/End: Original strand, 15256916 - 15257026
Alignment:
Q  241 atctcagcatccatttcttcaagtttcttctccccattttcatatggctcactctttgaacaagttcctcccttatcccaaccaccttcaaaatgagatg 340  Q
    ||||||  ||||||| ||||||||| |||||||| | ||  ||| |||| | |||||| |||||  ||  | ||||||||  ||||||||||||||| ||    
T  15256916 atctcactatccattccttcaagttccttctccctacttctataaggcttagtctttggacaagcaccagctttatcccattcaccttcaaaatgagctg 15257015  T
Q  341 gtgaaaatgtt 351  Q
    |||||||||||    
T  15257016 gtgaaaatgtt 15257026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 223; Significance: 1e-122; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 223; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 13 - 407
Target Start/End: Original strand, 44248001 - 44248395
Alignment:
Q  13 aaaatctcattccaagtgtctataggtcctggcaaacaccaatgaacacaatcattttgtacatactttggaattccattagcaaatggaaaaggattca 112  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |  ||||||||||||||||||||||    
T  44248001 aaaatctcattccaaatatctataggtcctggcaagcaccaatgaacacaatcattttgtacattctttggaacccttttagcaaatggaaaaggattca 44248100  T
Q  113 tgtaggctcctgcatgaccatctggtctcaacaatgccaattttgttatatcaagcacctccaaattaaatcccaattgttcagcttttgccttagcatt 212  Q
    | || |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||| ||||||| | ||||||||    
T  44248101 tataagctcctgcatgaccatctggtctcaataatgccaactttgttatatcaagcacctccaaatttaatccaatttgttgagcttttactttagcatt 44248200  T
Q  213 ttttacttcctctatctcaatacttcttatctcagcatccatttcttcaagtttcttctccccattttcatatggctcactctttgaacaagttcctccc 312  Q
    ||   ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||| || || |||    
T  44248201 ttcagcttcctctatctcaatacttcttatcttagcatccattccttcaagtttcttctcctcattcttatatggctcactctttgaacatgtaccaccc 44248300  T
Q  313 ttatcccaaccaccttcaaaatgagatggtgaaaatgttctcacaatcacataatttccattccctttaacaactttcctttcaattatactatt 407  Q
    ||||||||| |||||||||||||||  |||||  ||||||||||||| |||| | ||||||||||| | |||| |||| | |||||||| |||||    
T  44248301 ttatcccaatcaccttcaaaatgagtaggtgagtatgttctcacaattacatcaattccattccctcttacaattttcttctcaattatgctatt 44248395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 205; Significance: 1e-112; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 13 - 401
Target Start/End: Original strand, 11806919 - 11807307
Alignment:
Q  13 aaaatctcattccaagtgtctataggtcctggcaaacaccaatgaacacaatcattttgtacatactttggaattccattagcaaatggaaaaggattca 112  Q
    ||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||  |||||| |||||||||| ||||||||||   ||||||||||||||||||| |     
T  11806919 aaaatctcattccaagtatcaataggtcctggcaagcaccaatgagtacaatcgttttgtacattctttggaattgttttagcaaatggaaaaggatacc 11807018  T
Q  113 tgtaggctcctgcatgaccatctggtctcaacaatgccaattttgttatatcaagcacctccaaattaaatcccaattgttcagcttttgccttagcatt 212  Q
    | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| | ||||| || |||| ||||||||||    
T  11807019 tataagctcctgcatgaccatctggtctcaacaatgccaattttgttatatcaagcaccttcaaatttaatccaacttgtttagatttttccttagcatt 11807118  T
Q  213 ttttacttcctctatctcaatacttcttatctcagcatccatttcttcaagtttcttctccccattttcatatggctcactctttgaacaagttcctccc 312  Q
    ||   ||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||| ||| || |||||| |   ||||||||||||| ||||||    
T  11807119 ttcagcttcctctatctccatacttcttatcttagcttccattccttcaagtttcttctcctcatatttatatggatttttctttgaacaagtacctccc 11807218  T
Q  313 ttatcccaaccaccttcaaaatgagatggtgaaaatgttctcacaatcacataatttccattccctttaacaactttcctttcaattat 401  Q
    |||||||||  ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||| | |||||| ||||||||    
T  11807219 ttatcccaagaaccttcaaaatgagtaggtgaaaatgttctcacaatcacatcaatttcattccctttaaccattttcctctcaattat 11807307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 34; Significance: 0.0000000006; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 31 - 68
Target Start/End: Original strand, 6554187 - 6554224
Alignment:
Q  31 tctataggtcctggcaaacaccaatgaacacaatcatt 68  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  6554187 tctataggccctggcaaacaccaatgaacacaatcatt 6554224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University