View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2133_low_10 (Length: 484)

Name: NF2133_low_10
Description: NF2133
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2133_low_10
NF2133_low_10
[»] chr7 (15 HSPs)
chr7 (4-474)||(4698117-4698587)
chr7 (25-474)||(4862608-4863057)
chr7 (27-474)||(4784785-4785232)
chr7 (27-474)||(4817214-4817661)
chr7 (27-474)||(4713016-4713463)
chr7 (28-374)||(4652339-4652685)
chr7 (4-374)||(4629728-4630098)
chr7 (28-216)||(4846972-4847160)
chr7 (60-374)||(4665754-4666068)
chr7 (4-374)||(4642523-4642893)
chr7 (4-374)||(4671459-4671829)
chr7 (60-374)||(4635676-4635990)
chr7 (4-374)||(4660620-4660993)
chr7 (231-474)||(4854590-4854833)
chr7 (57-127)||(27539502-27539572)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (4-373)||(18926666-18927035)
chr4 (57-127)||(46271740-46271810)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 447; Significance: 0; HSPs: 15)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 447; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 4 - 474
Target Start/End: Original strand, 4698117 - 4698587
Alignment:
Q  4 tattgggtgctgcaagaggcctacattatcttcatgcaggtgcgaagcacaatatcatacaccgtgatgtgaagagtaccaacatattgttagatgataa 103  Q
    ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4698117 tattgggggcagcaagaggcctacattatcttcatgcaggtgcgaagcacaatatcatacaccgtgatgtgaagagtaccaacatattgttagatgataa 4698216  T
Q  104 atgggtggctaaggtttctgatttcgggttatcaaaagtgggaccaacaggaatgtcgatgacccacgtcagcactaaggtgaagggtagtctcgggtat 203  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4698217 atgggtggctaaggtttctgatttcgggttatcaaaagtgggaccaacaggaatgtcgatgacccacgtcagcactaaggtgaagggtagtctcgggtat 4698316  T
Q  204 ttagatcccgaatactaccttcgtcaaaggttgaccctaaagtccgacgtgtactccttcggtgttgtgcttcttgaggtattgtgtgcgagaccacctt 303  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4698317 ttagatcccgaatactaccttcgtcaaaggttgaccctaaagtccgacgtgtactcttttggtgttgtgcttcttgaggtattgtgtgcgagaccacctt 4698416  T
Q  304 tggttcgttctttggaaaagaaaaaagcgagtttagtcttttggttccaaagatgttacaatgaaggtgtgatcatcgaggagatggtggacccgttcat 403  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  4698417 tggttcgttctttggaaaagaaaaaagcgagtttagtcttttggttccaaagatgttacaatgaaggtgtgatcatcgaagagatggtggacccgttcat 4698516  T
Q  404 aaaggattctataacggctgaatgtctaaaaagttattgccaaatggcgttgagttgtttgcatgatgatg 474  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  4698517 aaaggattctataacggctgaatgtctaaaaagttattgccaaatggtgttgagttgtttgcatgatgatg 4698587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 262; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 25 - 474
Target Start/End: Complemental strand, 4863057 - 4862608
Alignment:
Q  25 tacattatcttcatgcaggtgcgaagcacaatatcatacaccgtgatgtgaagagtaccaacatattgttagatgataaatgggtggctaaggtttctga 124  Q
    |||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  4863057 tacattatcttcatgctggtgtaaagcacaatatcatacaccgtgacgtgaagagtaccaacatattgttggatgaaaaatgggtggctaaggtgtctga 4862958  T
Q  125 tttcgggttatcaaaagtgggaccaacaggaatgtcgatgacccacgtcagcactaaggtgaagggtagtctcgggtatttagatcccgaatactacctt 224  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||   ||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||    
T  4862957 tttcgggttatcaaaagtgggaccaacaggaatgtctatcactcacgtcagcaccgtggtgaagggtagtcttggatatttagatccagaatactacctt 4862858  T
Q  225 cgtcaaaggttgaccctaaagtccgacgtgtactccttcggtgttgtgcttcttgaggtattgtgtgcgagaccacctttggttcgttctttggaaaaga 324  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||    
T  4862857 cgtcaaaggttgactctaaaatccgacgtgtattctttcggtgttgtccttcttgaggtgttgtgtgcgagaccaccattggttcgttcttctgaaaaga 4862758  T
Q  325 aaaaagcgagtttagtcttttggttccaaagatgttacaatgaaggtgtgatcatcgaggagatggtggacccgttcataaaggattctataacggctga 424  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||| || || || |||||||| || ||||||||||| |||||||||||   |||    
T  4862757 aaaaagcgagtttagtcgtttggtttcaaaaatgttacaatgaaggtgtcataattgaagagatggtagatccgttcataaaagattctataacaagtga 4862658  T
Q  425 atgtctaaaaagttattgccaaatggcgttgagttgtttgcatgatgatg 474  Q
     ||| | ||| ||||||| |||||||  || |||||||||||||| ||||    
T  4862657 gtgtttgaaatgttattgtcaaatggttttaagttgtttgcatgacgatg 4862608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 248; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 27 - 474
Target Start/End: Original strand, 4784785 - 4785232
Alignment:
Q  27 cattatcttcatgcaggtgcgaagcacaatatcatacaccgtgatgtgaagagtaccaacatattgttagatgataaatgggtggctaaggtttctgatt 126  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  4784785 cattatctgcatgcaggtgcgaagcacaatatcatacaccgtgacgtgaagagtacaaacatattgttggatgaaaaatgggtggctaaggtttctgatt 4784884  T
Q  127 tcgggttatcaaaagtgggaccaacaggaatgtcgatgacccacgtcagcactaaggtgaagggtagtctcgggtatttagatcccgaatactaccttcg 226  Q
    | |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||| | ||    
T  4784885 ttgggttatcaaaagtgggacctacagggatgtcgatgacccatgtcagcactatggtgaaaggtagtctcgggtatttggatccagaatactacatgcg 4784984  T
Q  227 tcaaaggttgaccctaaagtccgacgtgtactccttcggtgttgtgcttcttgaggtattgtgtgcgagaccacctttggttcgttctttggaaaagaaa 326  Q
     ||||||||||| |||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||    
T  4784985 acaaaggttgactctaaagtctgatgtgtactctttcggtgttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcgagacccccgttggttcgttctttggataagaaa 4785084  T
Q  327 aaagcgagtttagtcttttggttccaaagatgttacaatgaaggtgtgatcatcgaggagatggtggacccgttcataaaggattctataacggctgaat 426  Q
    ||||| ||||| |   ||||||| |||| |||||||||||||||| || | || || || ||||||||||||||||| || |||||||||||   ||| |    
T  4785085 aaagcaagtttggctgtttggtttcaaacatgttacaatgaaggtatggtaattgaagatatggtggacccgttcattaaagattctataacaagtgagt 4785184  T
Q  427 gtctaaaaagttattgccaaatggcgttgagttgtttgcatgatgatg 474  Q
    || | ||| ||||||| ||||||| ||| | |||||||||||||||||    
T  4785185 gtttgaaatgttattgtcaaatggtgttaaattgtttgcatgatgatg 4785232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 240; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 27 - 474
Target Start/End: Original strand, 4817214 - 4817661
Alignment:
Q  27 cattatcttcatgcaggtgcgaagcacaatatcatacaccgtgatgtgaagagtaccaacatattgttagatgataaatgggtggctaaggtttctgatt 126  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  4817214 cattatttgcatgcaggtgcgaagcacaatatcatacaccgtgatgtgaagagtacaaacatattgttggatgaaaaatgggtggctaaggtttctgatt 4817313  T
Q  127 tcgggttatcaaaagtgggaccaacaggaatgtcgatgacccacgtcagcactaaggtgaagggtagtctcgggtatttagatcccgaatactaccttcg 226  Q
    | |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||| | ||    
T  4817314 ttgggttatcaaaagtgggacctacagggatgtcgatgacccatgtcagcactatggtgaaaggtagtctcgggtatttggatccagaatactacatgcg 4817413  T
Q  227 tcaaaggttgaccctaaagtccgacgtgtactccttcggtgttgtgcttcttgaggtattgtgtgcgagaccacctttggttcgttctttggaaaagaaa 326  Q
     ||||| ||||| |||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||| |||||||| ||||||    
T  4817414 acaaagattgactctaaagtctgatgtgtactctttcggtgttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcgagacccccgttggttcggtctttggataagaaa 4817513  T
Q  327 aaagcgagtttagtcttttggttccaaagatgttacaatgaaggtgtgatcatcgaggagatggtggacccgttcataaaggattctataacggctgaat 426  Q
    ||||| ||||| |   ||||||| |||| |||||||||||||||| || | || || || ||||||||||||||||| || |||||||||||   ||| |    
T  4817514 aaagcaagtttggctgtttggtttcaaacatgttacaatgaaggtatggtaattgaagatatggtggacccgttcattaaagattctataacaagtgagt 4817613  T
Q  427 gtctaaaaagttattgccaaatggcgttgagttgtttgcatgatgatg 474  Q
    || | ||| ||||||| ||||||| ||| | |||||||||||||||||    
T  4817614 gtttgaaatgttattgtcaaatggtgttaaattgtttgcatgatgatg 4817661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 27 - 474
Target Start/End: Original strand, 4713016 - 4713463
Alignment:
Q  27 cattatcttcatgcaggtgcgaagcacaatatcatacaccgtgatgtgaagagtaccaacatattgttagatgataaatgggtggctaaggtttctgatt 126  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||| || |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  4713016 cattatcttcatgaaggtgcgaagcataatatcatacaccgtgacgttaagagtacaaatatattgttggatgaaaaatgggtggctaaggtttctgatt 4713115  T
Q  127 tcgggttatcaaaagtgggaccaacaggaatgtcgatgacccacgtcagcactaaggtgaagggtagtctcgggtatttagatcccgaatactaccttcg 226  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| || || ||||| || |||||||||| ||||||||||||| | || ||||| ||||| || | |||||| ||    
T  4713116 tcggtttatcaaaagtgggaccaacagggatatcaatgactcatgtcagcactatggtgaagggtagtataggatatttggatccagagtgctacctacg 4713215  T
Q  227 tcaaaggttgaccctaaagtccgacgtgtactccttcggtgttgtgcttcttgaggtattgtgtgcgagaccacctttggttcgttctttggaaaagaaa 326  Q
      | | |||||| || ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || ||||||||| ||| ||    
T  4713216 aaacaagttgactcttaagtctgacgtgtactcattcggagttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcgagaccacctttggatcattctttggataaggaa 4713315  T
Q  327 aaagcgagtttagtcttttggttccaaagatgttacaatgaaggtgtgatcatcgaggagatggtggacccgttcataaaggattctataacggctgaat 426  Q
    |||| ||   | ||   || |||| ||| |||||||||||||||||||||  | || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||   ||| |    
T  4713316 aaagtgaacatggttgctttgttcaaaaaatgttacaatgaaggtgtgatagttgaagagatggtggacccgttcataaaggactctataacaagtgagt 4713415  T
Q  427 gtctaaaaagttattgccaaatggcgttgagttgtttgcatgatgatg 474  Q
    || | ||| |||||||  |||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  4713416 gtttgaaatgttattgtgaaatggtgttgagttgtttgcatggtgatg 4713463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 28 - 374
Target Start/End: Complemental strand, 4652685 - 4652339
Alignment:
Q  28 attatcttcatgcaggtgcgaagcacaatatcatacaccgtgatgtgaagagtaccaacatattgttagatgataaatgggtggctaaggtttctgattt 127  Q
    |||||||||||||||  | ||| ||||| || ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  4652685 attatcttcatgcagaggtgaaacacaagataatacaccgtgacgtgaagagcaccaacatattgttggatgagaaatgggtggctaaggtttctgattt 4652586  T
Q  128 cgggttatcaaaagtgggaccaacaggaatgtcgatgacccacgtcagcactaaggtgaagggtagtctcgggtatttagatcccgaatactaccttcgt 227  Q
     || ||||| ||||||||||| ||| | ||||| |  ||||| || ||||| | |||||||||||| || |||||||| ||||| ||||| ||  | |      
T  4652585 tggattatcgaaagtgggaccgacaaggatgtctacaacccatgttagcacgatggtgaagggtagcctagggtatttggatccagaatattatatgctc 4652486  T
Q  228 caaaggttgaccctaaagtccgacgtgtactccttcggtgttgtgcttcttgaggtattgtgtgcgagaccacctttggttcgttctttggaaaagaaaa 327  Q
    |||||| | || ||||| || || |||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||  |||||| ||||| |    
T  4652485 caaaggctaactctaaaatctgatgtgtactcattcggtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctagaccacctttggttcgtgatttggataagaata 4652386  T
Q  328 aagcgagtttagtcttttggttccaaagatgttacaatgaaggtgtg 374  Q
     ||| ||| |||| | ||||||  ||| ||| ||| |||||||||||    
T  4652385 cagcaagtctagtttgttggtttaaaaaatgctacgatgaaggtgtg 4652339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 4 - 374
Target Start/End: Complemental strand, 4630098 - 4629728
Alignment:
Q  4 tattgggtgctgcaagaggcctacattatcttcatgcaggtgcgaagcacaatatcatacaccgtgatgtgaagagtaccaacatattgttagatgataa 103  Q
    |||||||||| || ||||| ||  ||||||||||| | |  | ||||||||| || ||||| ||||| || ||||| ||||||||| |||| ||||| ||    
T  4630098 tattgggtgcagcgagagggctgaattatcttcattctgaggtgaagcacaagataatacatcgtgacgtaaagagcaccaacatactgttggatgagaa 4629999  T
Q  104 atgggtggctaaggtttctgatttcgggttatcaaaagtgggaccaacaggaatgtcgatgacccacgtcagcactaaggtgaagggtagtctcgggtat 203  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||  |||  ||||| |||||||| | ||||||||| || || || |||    
T  4629998 atgggtagctaaggtttctgatttcgggttatccaaggtgggacctacaggaataacgactacccatgtcagcacgatggtgaaggggagccttggatat 4629899  T
Q  204 ttagatcccgaatactaccttcgtcaaaggttgaccctaaagtccgacgtgtactccttcggtgttgtgcttcttgaggtattgtgtgcgagaccacctt 303  Q
    || ||||||||||||||  | |  |||||| | || ||||| || ||||||||||| || ||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  4629898 ttggatcccgaatactatatgctccaaaggctaactctaaaatctgacgtgtactcgtttggtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctagaccacctt 4629799  T
Q  304 tggttcgttctttggaaaagaaaaaagcgagtttagtcttttggttccaaagatgttacaatgaaggtgtg 374  Q
    ||||||||  |||||| ||||| | ||| ||| |||| | |||||| |||| |||  | ||||||||||||    
T  4629798 tggttcgtgatttggataagaatacagctagtctagtttgttggtttcaaaaatgccataatgaaggtgtg 4629728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 28 - 216
Target Start/End: Original strand, 4846972 - 4847160
Alignment:
Q  28 attatcttcatgcaggtgcgaagcacaatatcatacaccgtgatgtgaagagtaccaacatattgttagatgataaatgggtggctaaggtttctgattt 127  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  4846972 attatcttcatgaaggtgcgaagcacaatatcatacatcgtgacgttaagagtacaaacatattgttggatgaaaaatgggtggctaaggtttctgattt 4847071  T
Q  128 cgggttatcaaaagtgggaccaacaggaatgtcgatgacccacgtcagcactaaggtgaagggtagtctcgggtatttagatcccgaat 216  Q
    |||||||||||||||||||||||| || || || ||||| || || ||||||| ||||||||||||| | || ||||| ||||| ||||    
T  4847072 cgggttatcaaaagtgggaccaaccgggatatcaatgactcatgtaagcactatggtgaagggtagtataggatatttggatccagaat 4847160  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 60 - 374
Target Start/End: Complemental strand, 4666068 - 4665754
Alignment:
Q  60 atacaccgtgatgtgaagagtaccaacatattgttagatgataaatgggtggctaaggtttctgatttcgggttatcaaaagtgggaccaacaggaatgt 159  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||| |||||| |||| |||||||| || || |||||||| || |||||||| ||||| || |    
T  4666068 atacaccgtgacgtgaagagcaccaacatattgttggatgaaaaatggatggcaaaggtttccgactttgggttatccaaggtgggaccgacagggatat 4665969  T
Q  160 cgatgacccacgtcagcactaaggtgaagggtagtctcgggtatttagatcccgaatactaccttcgtcaaaggttgaccctaaagtccgacgtgtactc 259  Q
    | |  ||||| |||||||| | ||||||||| || ||||| ||||| ||||||||||| ||  | |  |||||| | || ||||| || || ||||||||    
T  4665968 caactacccatgtcagcacgatggtgaaggggagcctcggatatttggatcccgaatattatatgctccaaaggctaactctaaaatctgatgtgtactc 4665869  T
Q  260 cttcggtgttgtgcttcttgaggtattgtgtgcgagaccacctttggttcgttctttggaaaagaaaaaagcgagtttagtcttttggttccaaagatgt 359  Q
     |||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||  |||||| ||||| |  || ||| |||| | ||||||  ||| ||||    
T  4665868 gttcggtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctagaccacctttggttcgtgatttggataagaatactgctagtctagtttgttggtttaaaaaatgt 4665769  T
Q  360 tacaatgaaggtgtg 374  Q
    ||| |||||||||||    
T  4665768 tacgatgaaggtgtg 4665754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 4 - 374
Target Start/End: Complemental strand, 4642893 - 4642523
Alignment:
Q  4 tattgggtgctgcaagaggcctacattatcttcatgcaggtgcgaagcacaatatcatacaccgtgatgtgaagagtaccaacatattgttagatgataa 103  Q
    |||| ||||| |||||||| ||  ||||||||||||| |  | ||||||||| || ||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| ||||| ||    
T  4642893 tattaggtgccgcaagagggctgaattatcttcatgctgaggtgaagcacaaaataatacatcgtgacgtgaagagcaccaacatattgttggatgaaaa 4642794  T
Q  104 atgggtggctaaggtttctgatttcgggttatcaaaagtgggaccaacaggaatgtcgatgacccacgtcagcactaaggtgaagggtagtctcgggtat 203  Q
    |||| | ||||||||||| || ||||||||||| || |||||||| ||||| || ||||  |||||| ||||||| | |||||| || || || ||||||    
T  4642793 atggatagctaaggtttccgacttcgggttatccaaggtgggacctacagggatatcgactacccacatcagcacaatggtgaaaggaagccttgggtat 4642694  T
Q  204 ttagatcccgaatactaccttcgtcaaaggttgaccctaaagtccgacgtgtactccttcggtgttgtgcttcttgaggtattgtgtgcgagaccacctt 303  Q
    |||||||| || |||||  |    |||||| | || ||||| || || |||||||| |||||||| || |||||||| || |||||||| || |||||||    
T  4642693 ttagatcctgagtactatatgttccaaaggctaactctaaaatcagatgtgtactcgttcggtgtggtacttcttgaagtgttgtgtgctaggccacctt 4642594  T
Q  304 tggttcgttctttggaaaagaaaaaagcgagtttagtcttttggttccaaagatgttacaatgaaggtgtg 374  Q
    ||||||||  |||||| ||||| |  || ||| |||| | ||||||| ||||||| ||| | |||||||||    
T  4642593 tggttcgtaatttggataagaatactgctagtctagtttgttggttcaaaagatgctacgaagaaggtgtg 4642523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 4 - 374
Target Start/End: Complemental strand, 4671829 - 4671459
Alignment:
Q  4 tattgggtgctgcaagaggcctacattatcttcatgcaggtgcgaagcacaatatcatacaccgtgatgtgaagagtaccaacatattgttagatgataa 103  Q
    ||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||| |  | ||||||||| || ||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| ||||| ||    
T  4671829 tattgggtgctgcgagagggctaaattatcttcatgctgaggtgaagcacaaaataatacatcgtgacgtgaagagcaccaacatattgttggatgagaa 4671730  T
Q  104 atgggtggctaaggtttctgatttcgggttatcaaaagtgggaccaacaggaatgtcgatgacccacgtcagcactaaggtgaagggtagtctcgggtat 203  Q
    |||| | ||||||||||| || ||||||||||| || |||||||| || || ||  | |  |||||||||||||| | |||||| || || || ||||||    
T  4671729 atggatagctaaggtttccgacttcgggttatccaaggtgggacccacggggataacaactacccacgtcagcacaatggtgaaaggaagccttgggtat 4671630  T
Q  204 ttagatcccgaatactaccttcgtcaaaggttgaccctaaagtccgacgtgtactccttcggtgttgtgcttcttgaggtattgtgtgcgagaccacctt 303  Q
    |||||||| || |||||  |    |||||| | || ||||| || || |||||||| |||||||| || |||||||| || |||||||| || |||||||    
T  4671629 ttagatcctgagtactatatgttccaaaggctaactctaaaatcagatgtgtactcattcggtgtggtacttcttgaagtgttgtgtgctaggccacctt 4671530  T
Q  304 tggttcgttctttggaaaagaaaaaagcgagtttagtcttttggttccaaagatgttacaatgaaggtgtg 374  Q
    |||||||   |||||| ||||| | ||| ||| |||| | ||||||  ||||||| ||| |||||||||||    
T  4671529 tggttcgcgatttggataagaatacagctagtctagtttgttggtttaaaagatgctacgatgaaggtgtg 4671459  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 91; E-Value: 7e-44
Query Start/End: Original strand, 60 - 374
Target Start/End: Complemental strand, 4635990 - 4635676
Alignment:
Q  60 atacaccgtgatgtgaagagtaccaacatattgttagatgataaatgggtggctaaggtttctgatttcgggttatcaaaagtgggaccaacaggaatgt 159  Q
    ||||| ||||| || ||||| |||||||||||||| ||||| |||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||| || |    
T  4635990 atacatcgtgacgtaaagagcaccaacatattgttggatgagaaatggatagctaaggtttctgattttgggttatcaaaggtgggaccgacaggtatat 4635891  T
Q  160 cgatgacccacgtcagcactaaggtgaagggtagtctcgggtatttagatcccgaatactaccttcgtcaaaggttgaccctaaagtccgacgtgtactc 259  Q
    |||  |||||||||||||| |  || ||||| ||  | |||||||||||||| || |||||  |    |||||| | || || || || |||||||||||    
T  4635890 cgactacccacgtcagcacaattgttaagggaagcttggggtatttagatcctgagtactatatgttccaaaggcttactcttaaatcagacgtgtactc 4635791  T
Q  260 cttcggtgttgtgcttcttgaggtattgtgtgcgagaccacctttggttcgttctttggaaaagaaaaaagcgagtttagtcttttggttccaaagatgt 359  Q
     |||||||| |||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||   |||||| ||||| | ||| ||| |||| | ||||||| |||||||     
T  4635790 attcggtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctaggccacctttggttcgcgatttggataagaatacagctagtctagtttgttggttcaaaagatgc 4635691  T
Q  360 tacaatgaaggtgtg 374  Q
    ||| | |||||||||    
T  4635690 tacgaagaaggtgtg 4635676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 4 - 374
Target Start/End: Complemental strand, 4660993 - 4660620
Alignment:
Q  4 tattgggtgctgcaagaggcctacattatcttcatgcaggtgcgaagcacaatatcatacaccgtgatgtgaagagtaccaacatattgttagatgataa 103  Q
    |||||||| | ||||||||  | |||||||||||||| |  | ||| ||||| || |||||||| || || ||||| |||||||||||||| ||| | ||    
T  4660993 tattgggttcagcaagagggttgcattatcttcatgctgaggtgaaacacaaaataatacaccgcgacgtaaagagcaccaacatattgttggatcacaa 4660894  T
Q  104 atgggtggctaaggtttctgatttcgggttatcaaaagtgggaccaacaggaatgtcgatgaccca---cgtcagcactaaggtgaagggtagtctcggg 200  Q
    |||||| ||||||||||| || ||||||||||| || |||||||| ||||| || ||||  || ||   ||||||||| | ||||||||| || || |||    
T  4660893 atgggtagctaaggtttccgacttcgggttatccaaggtgggaccgacagggatatcgactactcatcacgtcagcacaatggtgaaggggagccttggg 4660794  T
Q  201 tatttagatcccgaatactaccttcgtcaaaggttgaccctaaagtccgacgtgtactccttcggtgttgtgcttcttgaggtattgtgtgcgagaccac 300  Q
    ||||| |||||| |||||||  | |  |||||||| || ||||| || || |||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||| || ||||    
T  4660793 tatttggatccccaatactatatgctccaaaggttaactctaaaatctgaagtgtactcgttcggtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctaggccac 4660694  T
Q  301 ctttggttcgttctttggaaaagaaaaaagcgagtttagtcttttggttccaaagatgttacaatgaaggtgtg 374  Q
    | ||||||||   |||||| ||||| | | | ||| |||| | ||||||  ||||||| ||  |||||||||||    
T  4660693 cattggttcgcgatttggataagaatacaactagtctagtttgttggtttaaaagatgctatgatgaaggtgtg 4660620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 231 - 474
Target Start/End: Original strand, 4854590 - 4854833
Alignment:
Q  231 aggttgaccctaaagtccgacgtgtactccttcggtgttgtgcttcttgaggtattgtgtgcgagaccacctttggttcgttctttggaaaagaaaaaag 330  Q
    |||||||| |||||||| || |||||||| ||||||| ||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||| || ||  ||||| ||||||||||    
T  4854590 aggttgactctaaagtctgatgtgtactctttcggtgatgtacttcttgagatgttgtgtgcgagaccacctttggatcatttattggataagaaaaaag 4854689  T
Q  331 cgagtttagtcttttggttccaaagatgttacaatgaaggtgtgatcatcgaggagatggtggacccgttcataaaggattctataacggctgaatgtct 430  Q
     ||   | ||   || |||| ||| ||||||||||||||| |||||  | || |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||   ||| ||| |    
T  4854690 tgaacatggttgctttgttcaaaaaatgttacaatgaaggagtgatagttgaagagatggtggacccattcataaaggactctataacaagtgagtgttt 4854789  T
Q  431 aaaaagttattgccaaatggcgttgagttgtttgcatgatgatg 474  Q
     |||  |||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  4854790 gaaattttattgtcaaatggtgttgagttgtttgcatggtgatg 4854833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 57 - 127
Target Start/End: Original strand, 27539502 - 27539572
Alignment:
Q  57 atcatacaccgtgatgtgaagagtaccaacatattgttagatgataaatgggtggctaaggtttctgattt 127  Q
    ||||| |||||||||||||||| ||| ||||| ||  ||||||| || |||||||| ||||||||||||||    
T  27539502 atcatccaccgtgatgtgaagactacaaacattttactagatgagaagtgggtggccaaggtttctgattt 27539572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 126; Significance: 9e-65; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 126; E-Value: 9e-65
Query Start/End: Original strand, 4 - 373
Target Start/End: Original strand, 18926666 - 18927035
Alignment:
Q  4 tattgggtgctgcaagaggcctacattatcttcatgcaggtgcgaagcacaatatcatacaccgtgatgtgaagagtaccaacatattgttagatgataa 103  Q
    |||||||||| |||||||| ||  ||||||||||||| |  | ||| ||||| || ||||| ||||||||||| || ||||||||||| || ||||| ||    
T  18926666 tattgggtgccgcaagagggctgaattatcttcatgctgaggtgaaacacaagataatacatcgtgatgtgaaaagcaccaacatattattggatgagaa 18926765  T
Q  104 atgggtggctaaggtttctgatttcgggttatcaaaagtgggaccaacaggaatgtcgatgacccacgtcagcactaaggtgaagggtagtctcgggtat 203  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||||||| || ||||||||||| || || || |  ||||| |||||||| | ||||||||| ||||| ||||||    
T  18926766 atgggtggctaaggtttccgacttcgggttatccaaggtgggaccaacggggatatcaactacccatgtcagcacaatggtgaaggggagtcttgggtat 18926865  T
Q  204 ttagatcccgaatactaccttcgtcaaaggttgaccctaaagtccgacgtgtactccttcggtgttgtgcttcttgaggtattgtgtgcgagaccacctt 303  Q
    |||||||| || |||||  | |  |||||| | |||||||| || ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||    
T  18926866 ttagatcctgagtactatatgctccaaaggcttaccctaaaatctgacgtgtactcattcggtgtggtgcttcttgaggtattgtgtgcaaggccacctt 18926965  T
Q  304 tggttcgttctttggaaaagaaaaaagcgagtttagtcttttggttccaaagatgttacaatgaaggtgt 373  Q
    |||||||   ||| || ||||| |  || ||| |||| | |||||| |||||||||||| ||||||||||    
T  18926966 tggttcgcgatttagataagaagacggctagtctagtttgttggtttcaaagatgttacgatgaaggtgt 18927035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 57 - 127
Target Start/End: Original strand, 46271740 - 46271810
Alignment:
Q  57 atcatacaccgtgatgtgaagagtaccaacatattgttagatgataaatgggtggctaaggtttctgattt 127  Q
    ||||| |||||||||||||||| ||| ||||| ||  ||||||| || |||||||| ||||||||||||||    
T  46271740 atcatccaccgtgatgtgaagactacaaacattttactagatgagaagtgggtggccaaggtttctgattt 46271810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University