View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21347_high_10 (Length: 523)

Name: NF21347_high_10
Description: NF21347
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21347_high_10
NF21347_high_10
[»] chr3 (20 HSPs)
chr3 (1-480)||(20016430-20016909)
chr3 (7-443)||(19811728-19812161)
chr3 (7-443)||(19837829-19838265)
chr3 (10-236)||(20036846-20037072)
chr3 (7-441)||(19818004-19818438)
chr3 (7-263)||(19955700-19955956)
chr3 (10-236)||(19950776-19951002)
chr3 (12-236)||(19989174-19989398)
chr3 (1-263)||(20045748-20046010)
chr3 (16-402)||(26646496-26646882)
chr3 (7-188)||(19853212-19853393)
chr3 (10-236)||(19848639-19848865)
chr3 (15-224)||(19857734-19857944)
chr3 (10-104)||(20005225-20005319)
chr3 (401-445)||(19848439-19848483)
chr3 (349-443)||(19955517-19955608)
chr3 (313-442)||(19988977-19989103)
chr3 (22-104)||(19943503-19943585)
chr3 (22-104)||(24840226-24840308)
chr3 (22-224)||(26651697-26651899)
[»] chr5 (4 HSPs)
chr5 (4-442)||(9814483-9814921)
chr5 (7-440)||(26355164-26355594)
chr5 (215-442)||(2319479-2319706)
chr5 (22-104)||(38435383-38435465)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (215-440)||(55864471-55864696)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (7-224)||(1716875-1717095)
chr1 (356-440)||(1716671-1716752)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (215-442)||(47331558-47331788)
chr7 (215-442)||(45887492-45887719)
chr7 (215-442)||(48259459-48259686)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (10-130)||(22652328-22652448)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 456; Significance: 0; HSPs: 20)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 456; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 480
Target Start/End: Original strand, 20016430 - 20016909
Alignment:
1 tcgccgatgacagggtaaccacccaaaaccataatatcctccaaagtgattgtagcttcagcaaatggaaacacaaatgtatttgtcttagaacaccatt 100  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
20016430 tcgccaatgacagggtaaccacccaaaaccataatatcctccaaagtgattgtagcttcagcaaatggaaacacaaatgtatttgtcttagaacaccatt 20016529  T
101 tctccgcaacctcatatagcaagttttgatttctcagtatgcgacacttggtgctcataatagcatcaaagattccaacctgcttccacacagattcatg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
20016530 tctccgcaacctcatatagcaagttttgatttctcagtatgcgacacttggtgctcataatagcatcaaagattccaacctgcttccacacagattcata 20016629  T
201 ctttggtttaagctgatcaacccaacaaacccatttgtcttgtgggtggcgccacccagtgaaatgaaacttcaaaggcgactcctttggatgaaagaca 300  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
20016630 ctttgttttaagctgatcaacccaacaaacccatttgtcttgtgggtggcgccacccagtgaaatgaaacttcaaaggcgactcctttggatgaaagaca 20016729  T
301 cgagacattgatgatggattaaaaccaaaaggtgattcatgaatgtaatttgaaatgggttttaaaaaatgggcagttctgagagttgcttcagtgtcac 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
20016730 cgagacattgatgatggattaaaaccaaaaggtgattcatgaatgtaatttgaaatgggttttaaaaaatgggcagttctgagagttgcttcagtgtcac 20016829  T
401 caccagcaggtgagagcatgaaatcttccctcacctccatcatagcattaaatggcttctcattcatcattgatggttgt 480  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||    
20016830 caccagcaggtgagagcatgaaatcttccctcacctccatgatagcattcaatggcttctcattcatcattgattgttgt 20016909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 143; E-Value: 7e-75
Query Start/End: Original strand, 7 - 443
Target Start/End: Complemental strand, 19812161 - 19811728
Alignment:
7 atgacagggtaaccacccaaaaccataatatcctccaaagtgattgtagcttcagcaaatggaaacacaaatgtatttgtcttagaacaccatttctccg 106  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||| ||||| || || |||| | |||||||||||||      
19812161 atgatagggtaaccccccaaaaccataatatcctccaaagtgatagttgcttcaccaaatggaaaaacaaaggtgttagtctcacaacaccatttctcaa 19812062  T
107 caacctcatatagcaagttttgatttctcagtatgcgacacttggtgctcataatagcatcaaagattccaacctgcttccacacagattcatgctttgg 206  Q
    ||||| || | ||||| ||| ||||| | |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| | | | |||||||| |||||||| ||||||    
19812061 caaccccaaagagcaattttagatttttgagtatgtgacacttggtactcataatagcatcaaagattctagctttcttccacaaagattcatactttgg 19811962  T
207 tttaagctgatcaacccaacaaacccatttgtcttgtgggtggcgccacccagtgaaatgaaacttcaaaggcgactcctttggatgaaagacacgagac 306  Q
    |||||||| ||||||||| | |||||| || ||||||||||| ||||| ||| ||||||| |  ||||||||  |||| ||| ||| ||| | |  |||     
19811961 tttaagctcatcaacccatctaacccacttctcttgtgggtgacgccatccactgaaatggattttcaaaggacactcattttgatcaaaaaaagaagat 19811862  T
307 attgatgatggattaaaaccaaaaggtgattcatgaatgtaatttgaaatgggttttaaaaaatgggcagttctgagagttgcttcagtgtcaccaccag 406  Q
      |||  ||||||||||  |||||| || |||||||||| | |||||||||||||| | |||||| |||||||||| |||||  ||| |||   ||||||    
19811861 gatgaaaatggattaaactcaaaagctggttcatgaatggagtttgaaatgggtttaagaaaatgagcagttctgaaagttgaatcactgt---caccag 19811765  T
407 caggtgagagcatgaaatcttccctcacctccatcat 443  Q
     |||||| ||||||||||||||||| || ||||||||    
19811764 aaggtgaaagcatgaaatcttccctgacttccatcat 19811728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 7 - 443
Target Start/End: Complemental strand, 19838265 - 19837829
Alignment:
7 atgacagggtaaccacccaaaaccataatatcctccaaagtgattgtagcttcagcaaatggaaacacaaatgtatttgtcttagaacaccatttctccg 106  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| | ||| |||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||| |||| | | |||||||||||      
19838265 atgacagggtaaccccccaaaaccatgacatcttccaaagtgattgttgcctcaccaaatggaaacacaaatgtattggtctcacagcaccatttctcaa 19838166  T
107 caacctcatatagcaagttttgatttctcagtatgcgacacttggtgctcataatagcatcaaagattccaacctgcttccacacagattcatgctttgg 206  Q
    |||| ||| ||| |||||||| |||| |  | |||   || || || ||||| |||||||||||||||||||| | | |||| |||||||||| ||||||    
19838165 caacttcaaataacaagtttttatttttatgaatgtagcatttagtactcattatagcatcaaagattccaactttcctccaaacagattcatactttgg 19838066  T
207 tttaagctgatcaacccaacaaacccatttgtcttgtgggtggcgccacccagtgaaatgaaacttcaaaggcgactcctttggatgaaagacacgagac 306  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||  | | | |||| |||  |||||||     ||||||  | || ||||| | ||| |||  |||     
19838065 tttaagcttatcaacccaacaaacccatttgtgttggtgatagtgccagccatagaaatgagttaacaaaggacaatcatttggctcaaaaacagaagaa 19837966  T
307 attgatg---atggattaaaaccaaaaggtgattcatgaatgtaatttgaaatgggttttaaaaaatgggcagttctgagagttgcttcagtgtcaccac 403  Q
       ||||   |||| ||||||  |||||||| ||| | |||| | |||| ||| ||||| | |||||||||||||||||| ||||||||| |   | |||    
19837965 gaagatgaaaatggcttaaaattaaaaggtggttcttcaatggagtttgcaataggtttaagaaaatgggcagttctgagtgttgcttcact---atcac 19837869  T
404 cagcaggtgagagcatgaaatcttccctcacctccatcat 443  Q
    ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||    
19837868 cagcaagtgaaagcatgaaatcttccctcacctccatcat 19837829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 10 - 236
Target Start/End: Original strand, 20036846 - 20037072
Alignment:
10 acagggtaaccacccaaaaccataatatcctccaaagtgattgtagcttcagcaaatggaaacacaaatgtatttgtcttagaacaccatttctccgcaa 109  Q
    ||||| ||||| || | |||||| |||||||||||| ||| ||| |||||| |||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||    
20036846 acaggataacctcctagaaccatgatatcctccaaaatgactgttgcttcaccaaaggaaaacacaaatgtatttgtcttggaacaccatttctccacaa 20036945  T
110 cctcatatagcaagttttgatttctcagtatgcgacacttggtgctcataatagcatcaaagattccaacctgcttccacacagattcatgctttggttt 209  Q
    || |||||||||||||||||| | |  |||||  |||||| |||  |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||  ||| ||||    
20036946 ccccatatagcaagttttgatctttatgtatgtaacacttagtggccataatagcatcaaagattccaactttcttccacacagattcatagttttgttt 20037045  T
210 aagctgatcaacccaacaaacccattt 236  Q
    ||| | || ||||||| ||||||||||    
20037046 aagtttatgaacccaagaaacccattt 20037072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 7 - 441
Target Start/End: Complemental strand, 19818438 - 19818004
Alignment:
7 atgacagggtaaccacccaaaaccataatatcctccaaagtgattgtagcttcagcaaatggaaacacaaatgtatttgtcttagaacaccatttctccg 106  Q
    |||| ||| ||||| |||||||| || | ||||||||||||||| || || ||| |||||||||| ||||| || || |||| | |||||||||||||      
19818438 atgataggataaccccccaaaactatgacatcctccaaagtgatagttgcctcaccaaatggaaaaacaaaggtgttagtctcacaacaccatttctcaa 19818339  T
107 caacctcatatagcaagttttgatttctcagtatgcgacacttggtgctcataatagcatcaaagattccaacctgcttccacacagattcatgctttgg 206  Q
    ||||| || ||||||||||||||||| |  | |||   || || || |||||||||||||||||||||| | | | ||||||||||||||||| ||||||    
19818338 caaccccaaatagcaagttttgatttttatgaatgtagcatttagtactcataatagcatcaaagattctagctttcttccacacagattcatactttgg 19818239  T
207 tttaagctgatcaacccaacaaacccatttgtcttgtgggtggcgccacccagtgaaatgaaacttcaaaggcgactcctttggatgaaagacacgagac 306  Q
    |||||| | ||||||||||| || |||||| |||||| | |||||||| ||| ||||||| |  ||||||||  |||| ||||||| ||| |||   ||     
19818238 tttaagttcatcaacccaactaaaccatttctcttgttgttggcgccatccattgaaatgtattttcaaaggacactcatttggatcaaaaacagatgaa 19818139  T
307 attgatg---atggattaaaaccaaaaggtgattcatgaatgtaatttgaaatgggttttaaaaaatgggcagttctgagagttgcttcagtgtcaccac 403  Q
      |||||   |||||||||   ||||||||| ||||| |||| | |||| ||  || || | |||||| ||||||||||| ||||  ||| |||   |||    
19818138 gatgatgaaaatggattaagctcaaaaggtggttcatcaatggagtttgcaacaggcttgagaaaatgagcagttctgagtgttggatcactgt---cac 19818042  T
404 cagcaggtgagagcatgaaatcttccctcacctccatc 441  Q
    |||||||||| |||||||||||||| || |||||||||    
19818041 cagcaggtgaaagcatgaaatcttctctaacctccatc 19818004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 93; E-Value: 5e-45
Query Start/End: Original strand, 7 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 19955956 - 19955700
Alignment:
7 atgacagggtaaccacccaaaaccataatatcctccaaagtgattgtagcttcagcaaatggaaacacaaatgtatttgtcttagaacaccatttctccg 106  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| | ||| |||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||      
19955956 atgacagggtaaccccccaaaaccatgacatcttccaaagtgattgttgcctcaccaaatggaaacacaaatgtatttgtctcacaacaccatttctcaa 19955857  T
107 caacctcatatagcaagttttgatttctcagtatgcgacacttggtgctcataatagcatcaaagattccaacctgcttccacacagattcatgctttgg 206  Q
    ||||  || |||||||||||| |||| |  | |||   || || || ||||| |||||||||||||||||||| | | |||| |||||||||| |||| |    
19955856 caactccaaatagcaagtttttatttttatgaatgtagcatttagtactcattatagcatcaaagattccaactttcctccaaacagattcatacttttg 19955757  T
207 tttaagctgatcaacccaacaaacccatttgtcttgtgggtggcgccacccagtgaa 263  Q
    |||||| | || ||||||| |||||||||| | ||||| | ||||||| ||||||||    
19955756 tttaagtttatgaacccaagaaacccatttcttttgtgtgaggcgccagccagtgaa 19955700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 91; E-Value: 7e-44
Query Start/End: Original strand, 10 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 19951002 - 19950776
Alignment:
10 acagggtaaccacccaaaaccataatatcctccaaagtgattgtagcttcagcaaatggaaacacaaatgtatttgtcttagaacaccatttctccgcaa 109  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| || || ||| |||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||||  |||    
19951002 acagggtaaccccccaaaaccataacatcctccaaagtgatagttgcctcaccaaatggaaacacaaatgtattggtctcagtacaccatttctcaacaa 19950903  T
110 cctcatatagcaagttttgatttctcagtatgcgacacttggtgctcataatagcatcaaagattccaacctgcttccacacagattcatgctttggttt 209  Q
    || || | |||||||| |||||| |  ||||    |  || || |||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||| |||||||||    
19950902 ccccaaaaagcaagttatgatttttatgtattatgcttttagtactcataatagcatcaaagattccagctttcttccacacagattcatactttggttt 19950803  T
210 aagctgatcaacccaacaaacccattt 236  Q
    |||||| |||| ||||||  |||||||    
19950802 aagctgctcaaaccaacattcccattt 19950776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 12 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 19989398 - 19989174
Alignment:
12 agggtaaccacccaaaaccataatatcctccaaagtgattgtagcttcagcaaatggaaacacaaatgtatttgtcttagaacaccatttctccgcaacc 111  Q
    ||||||||| || |||||||||| ||| ||||||||||| || || ||| |||||||||| |||||||| ||||||| | |||||||||||||  |||||    
19989398 agggtaaccccctaaaaccataacatcttccaaagtgatagttgcctcaccaaatggaaaaacaaatgtgtttgtctcacaacaccatttctcaacaacc 19989299  T
112 tcatatagcaagttttgatttctcagtatgcgacacttggtgctcataatagcatcaaagattccaacctgcttccacacagattcatgctttggtttaa 211  Q
     || |||||||||| |||| | ||  ||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||| | |||||||||| |||||   || |||||||    
19989298 ccaaatagcaagttatgatctttctttatgcaacacttggtactcataatagcttcaaagatgccaactttcttccacacatattcaaatttgggtttaa 19989199  T
212 gctgatcaacccaacaaacccattt 236  Q
    | |||||||||||| ||||||||||    
19989198 gttgatcaacccaataaacccattt 19989174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 1 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 20046010 - 20045748
Alignment:
1 tcgccgatgacagggtaaccacccaaaaccataatatcctccaaagtgattgtagcttcagcaaatggaaacacaaatgtatttgtcttagaacaccatt 100  Q
    ||||| |||| ||||||||| |||||||| || ||||||||||| || ||||| |  ||| |||| ||||| | |||||||||||| | | |||||||||    
20046010 tcgccaatgatagggtaacctcccaaaacaatgatatcctccaaggttattgttgtctcaccaaagggaaaaataaatgtatttgtatcacaacaccatt 20045911  T
101 tctccgcaacctcatatagcaagttttgatttctcagtatgcgacacttggtgctcataatagcatcaaagattccaacctgcttccacacagattcatg 200  Q
    ||||| ||||| | | ||| ||||| |||||| | || |||| |||||| | | |||||||||| |||||||||||||| | ||||||||| ||||||      
20045910 tctccacaaccccttgtagtaagttctgatttttaagaatgcaacactttgagttcataatagcttcaaagattccaacttccttccacaccgattcaaa 20045811  T
201 ctttggtttaagctgatcaacccaacaaacccatttgtcttgtgggtggcgccacccagtgaa 263  Q
     |||||||| || | ||||| ||||| ||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||    
20045810 ttttggtttgagtttatcaagccaactaacccatttttgttgagggtggcgccacccagtgaa 20045748  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 16 - 402
Target Start/End: Complemental strand, 26646882 - 26646496
Alignment:
16 taaccacccaaaaccataatatcctccaaagtgattgtagcttcagcaaatggaaacacaaatgtatttgtcttagaacaccatttctccgcaacctcat 115  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||| || || |||||| |||| | || |||||| |||||||||| | |||||||||||||  | ||| |||    
26646882 taaccccccaaaaccatgatatcctccaaagtaatagttgcttcaccaaaggcaatcacaaaggtatttgtctcacaacaccatttctcaactaccccat 26646783  T
116 atagcaagttttgatttctcagtatgcgacacttggtgctcataatagcatcaaagattccaacctgcttccacacagattcatgctttggtttaagctg 215  Q
    |||||||||  |||||| |  ||||||| ||| | |||| ||| || || |||||||| ||||| | ||||||||| | |||||  ||  ||||||| ||    
26646782 atagcaagtcatgatttttatgtatgcggcaccttgtgcccattattgcttcaaagatgccaactttcttccacactgtttcatatttgagtttaagttg 26646683  T
216 atcaacccaacaaacccatttgtcttgtgggtggcgccacccagtgaaatgaaacttcaaaggcgactcctttggatgaaagacacgagacattgatgat 315  Q
    ||||||||| | |||||||||| |  ||||| | ||||| |||||||| |  |  ||||||||| |||||||||| | ||| |||  ||||  |||||||    
26646682 atcaacccatctaacccatttggcgcgtgggcgacgccaaccagtgaagttgattttcaaaggccactcctttggttcaaaaacagaagacggtgatgat 26646583  T
316 ggattaaaaccaaaaggtgattcatgaatgtaatttgaaatgggttttaaaaaatgggcagttctgagagttgcttcagtgtcacca 402  Q
     | |||||  |||||| || ||||||||||   |||| ||| ||||| | |||||||||  |||||||||||| | || ||||||||    
26646582 tgtttaaactcaaaagctggttcatgaatggtgtttgcaattggtttcagaaaatgggcgattctgagagttggtgcactgtcacca 26646496  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 7 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 19853393 - 19853212
Alignment:
7 atgacagggtaaccacccaaaaccataatatcctccaaagtgattgtagcttcagcaaatggaaacacaaatgtatttgtcttagaacaccatttctccg 106  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||| ||||||| |||||||||||||| |||| |||||||||||| ||      
19853393 atgatagggtaaccccccaaaaccataacatcctccaaagttattgttgcttcaccaaatgggaacacaaatgtattggtctcagaacaccatttgtcaa 19853294  T
107 caacctcatatagcaagttttgatttctcagtatgcgacacttggtgctcataatagcatcaaagattccaacctgcttcca 188  Q
    ||||| || ||| ||||||||||| | ||  |||||  | ||| || |||||||||||||||||||||||||| | ||||||    
19853293 caaccccacataacaagttttgatctttctttatgcagctcttagtactcataatagcatcaaagattccaactttcttcca 19853212  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 10 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 19848865 - 19848639
Alignment:
10 acagggtaaccacccaaaaccataatatcctccaaagtgattgtagcttcagcaaatggaaacacaaatgtatttgtcttagaacaccatttctccgcaa 109  Q
    ||||| ||||| || | |||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||| | ||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||  | |    
19848865 acaggataaccccctagaaccatgatatcctccaaagtgattgttgcttcaccaaaggaaaacacaaaggtatttgtattaggacaccatttctcaacta 19848766  T
110 cctcatatagcaagttttgatttctcagtatgcgacacttggtgctcataatagcatcaaagattccaacctgcttccacacagattcatgctttggttt 209  Q
    || ||  |||||||||||||||| |   || |   ||||| |||  |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||  ||| ||||    
19848765 ccccaactagcaagttttgatttttatttaagtagcacttagtggccataatagcatcaaagattccaactttcttccacacagattcatagttttgttt 19848666  T
210 aagctgatcaacccaacaaacccattt 236  Q
    ||| | || ||||||| ||||||||||    
19848665 aagtttatgaacccaagaaacccattt 19848639  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 15 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 19857944 - 19857734
Alignment:
15 gtaaccacccaaaaccataatatcctccaaagtgattgtagcttcagcaaatggaaacacaaatgtatttg-tcttagaacaccatttctccgcaacctc 113  Q
    |||||| |||||||||| || |||||| | ||| ||||| |||||| |||| |||||||| |||||||| | ||| |||||||||||| ||  ||||| |    
19857944 gtaaccccccaaaaccacaacatcctctatagtaattgttgcttcaccaaagggaaacacgaatgtattgggtctcagaacaccatttgtcaacaacccc 19857845  T
114 atatagcaagttttgatttctcagtatgcgacacttggtgctcataatagcatcaaagattccaacctgcttccacacagattcatgctttggtttaagc 213  Q
    ||| | ||||||| ||| | ||| |||||| || || || ||| ||||||||||||| ||| || | | |||||||||||||||||  ||||||| |||     
19857844 ataaaccaagtttggatctttcattatgcggcatttagtactcctaatagcatcaaaaatttcagctttcttccacacagattcatattttggttgaagt 19857745  T
214 tgatcaaccca 224  Q
    || ||||||||    
19857744 tggtcaaccca 19857734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 10 - 104
Target Start/End: Original strand, 20005225 - 20005319
Alignment:
10 acagggtaaccacccaaaaccataatatcctccaaagtgattgtagcttcagcaaatggaaacacaaatgtatttgtcttagaacaccatttctc 104  Q
    ||||| ||||| |||||||| || | ||| |||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||| || ||||| | | |||||||||||||    
20005225 acaggataaccccccaaaacaatgacatcttccaaagtgattgttgcttcaccaaatagaaacacaaaggtgtttgtttcacaacaccatttctc 20005319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 401 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 19848483 - 19848439
Alignment:
401 caccagcaggtgagagcatgaaatcttccctcacctccatcatag 445  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
19848483 caccagctggtgaaagcatgaaatcttccctcacctccatcatag 19848439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 349 - 443
Target Start/End: Complemental strand, 19955608 - 19955517
Alignment:
349 tttgaaatgggttttaaaaaatgggcagttctgagagttgcttcagtgtcaccaccagcaggtgagagcatgaaatcttccctcacctccatcat 443  Q
    |||||||||||||| | ||||||||| |||||||| ||||  ||| |   | ||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||    
19955608 tttgaaatgggtttaagaaaatgggctgttctgagtgttggatcact---atcaccagctggtgaaagcatgaactcttccctcacctccatcat 19955517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 313 - 442
Target Start/End: Complemental strand, 19989103 - 19988977
Alignment:
313 gatggattaaaaccaaaaggtgattcatgaatgtaatttgaaatgggttttaaaaaatgggcagttctgagagttgcttcagtgtcaccaccagcaggtg 412  Q
    ||||||||||| ||| |||||| ||| | ||||   |||||||||||||| | |||||||||  |||||||| ||| |||| |||   ||||||| ||||    
19989103 gatggattaaacccagaaggtggttcttcaatggtgtttgaaatgggtttgagaaaatgggcgattctgagaattggttcactgt---caccagctggtg 19989007  T
413 agagcatgaaatcttccctcacctccatca 442  Q
    | ||||||  ||||||| ||||||||||||    
19989006 aaagcatgtgatcttccttcacctccatca 19988977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 22 - 104
Target Start/End: Complemental strand, 19943585 - 19943503
Alignment:
22 cccaaaaccataatatcctccaaagtgattgtagcttcagcaaatggaaacacaaatgtatttgtcttagaacaccatttctc 104  Q
    |||||||| || | ||| |||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||| || ||||| | | |||||||||||||    
19943585 cccaaaacaatgacatcttccaaagtgattgttgcttcaccaaatagaaacacaaaggtgtttgtttcacaacaccatttctc 19943503  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 22 - 104
Target Start/End: Original strand, 24840226 - 24840308
Alignment:
22 cccaaaaccataatatcctccaaagtgattgtagcttcagcaaatggaaacacaaatgtatttgtcttagaacaccatttctc 104  Q
    |||||||| || | |||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||| || || ||||| | | |||||||||||||    
24840226 cccaaaacaatgacatcctccaaagtgattgttgcttcaccaaatagaaacacgaaggtgtttgtttcacaacaccatttctc 24840308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 22 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 26651899 - 26651697
Alignment:
22 cccaaaaccataatatcctccaaagtgattgtagcttcagcaaatggaaacacaaatgtatttgtcttagaacaccatttctccgcaacctcatatagca 121  Q
    |||||||| || | |||||||||||||||||| || ||| |||| ||||| |||||   |||||||| |  |||||||||||| | || | |||| | ||    
26651899 cccaaaacaatgacatcctccaaagtgattgttgcctcaccaaaaggaaaaacaaagcaatttgtctcactacaccatttctcagaaatcccataaacca 26651800  T
122 agttttgatttctcagtatgcgacacttggtgctcataatagcatcaaagattccaacctgcttccacacagattcatgctttggtttaagctgatcaac 221  Q
    ||| ||||||| ||| || ||| | ||| || ||||| ||||  |||||||| ||  | |  |||||||| ||||||| ||| || ||||| ||||||||    
26651799 agtcttgatttttcattacgcggctcttagtactcattataggttcaaagatgccggcttttttccacactgattcatacttgggcttaagttgatcaac 26651700  T
222 cca 224  Q
    |||    
26651699 cca 26651697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 190; Significance: 1e-103; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 4 - 442
Target Start/End: Complemental strand, 9814921 - 9814483
Alignment:
4 ccgatgacagggtaaccacccaaaaccataatatcctccaaagtgattgtagcttcagcaaatggaaacacaaatgtatttgtcttagaacaccatttct 103  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||| | || || || ||| |||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||    
9814921 ccgatgacaggataaccccccaaaaccataacatcctccaaactaatcgtcgcctcaccaaacggaaacacaaatgtattcgtcttacaacaccatttct 9814822  T
104 ccgcaacctcatatagcaagttttgatttctcagtatgcgacacttggtgctcataatagcatcaaagattccaacctgcttccacacagattcatgctt 203  Q
    |  ||||| |||||||||||||||||| | ||| |||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| || || | |||||||| |||||||| |||    
9814821 caacaaccccatatagcaagttttgatctttcattatgcggcacttggtactcattatagcatcaaagatacctactttcttccacaaagattcatactt 9814722  T
204 tggtttaagctgatcaacccaacaaacccatttgtcttgtgggtggcgccacccagtgaaatgaaacttcaaaggcgactcctttggatgaaagacacga 303  Q
    ||||||||| |||||||||||| ||| |||||| ||||||||||  ||||| ||| ||||||| || ||||||||| |||| ||||||| ||| |||  |    
9814721 tggtttaagttgatcaacccaataaatccatttctcttgtgggtaacgccatccattgaaatggaatttcaaaggccactcatttggatcaaacacataa 9814622  T
304 gacattgatgatggattaaaaccaaaaggtgat---tcatgaatgtaatttgaaatgggttttaaaaaatgggcagttctgagagttgcttcagtgtcac 400  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||||||||   ||||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||  |||| |||||||||||| ||| ||    
9814621 gacaatgatgatgggttaaaaccaaaaggtgatggttcatgaatggaatttgaaatgggttttagaaaatgagccattctaagagttgcttcactgtgac 9814522  T
401 caccagcaggtgagagcatgaaatcttccctcacctccatca 442  Q
    ||   |  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
9814521 ca---gttggtgagatcatgaaatcttccctcacctccatca 9814483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 108; E-Value: 5e-54
Query Start/End: Original strand, 7 - 440
Target Start/End: Original strand, 26355164 - 26355594
Alignment:
7 atgacagggtaaccacccaaaaccataatatcctccaaagtgattgtagcttcagcaaatggaaacacaaatgtatttgtcttagaacaccatttctccg 106  Q
    |||||||||||||| || | |||||||| ||||||||||   |  || || ||| |||| ||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||     
26355164 atgacagggtaacccccaagaaccataacatcctccaaacctaccgtcgcctcaccaaacggaaacacaaatgtattagtctcacaacaccatttctcca 26355263  T
107 caacctcatatagcaagttttgatttctcagtatgcgacacttggtgctcataatagcatcaaagattccaacctgcttccacacagattcatgctttgg 206  Q
    ||||| | || ||||||||||||||| |||||||||| || ||||| ||||| ||||||||||| || ||| | | |||||| || | |||||  ||  |    
26355264 caaccccgtaaagcaagttttgatttttcagtatgcggcatttggtactcattatagcatcaaaaatcccagctttcttccaaaccggttcatatttgag 26355363  T
207 tttaagctgatcaacccaacaaacccatttgtcttgtgggtggcgccacccagtgaaatgaaacttcaaaggcgactcctttggatgaaagacacgagac 306  Q
     ||||| ||||||||||||||| |||||||   ||||   || ||||| ||| |||| |  |   | |||||| |||| ||||| | ||| ||   ||||    
26355364 cttaagttgatcaacccaacaaccccatttcggttgtttttgtcgccaaccaatgaacttgattgttaaaggccactcttttgggtcaaacacgtaagac 26355463  T
307 attgatgatggattaaaaccaaaaggtgattcatgaatgtaatttgaaatgggttttaaaaaatgggcagttctgagagttgcttcagtgtcaccaccag 406  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||  |||||| |||||||||| |||    ||||     
26355464 attgatgatgggttaaagccaaaaggttgttcatgaatggaatttgaaatgggttttagaaaatgggctattctgaaagttgcttcactgt---gaccat 26355560  T
407 caggtgagagcatgaaatcttccctcacctccat 440  Q
    | |||||||||||||||||||||||| |||||||    
26355561 ctggtgagagcatgaaatcttccctctcctccat 26355594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 215 - 442
Target Start/End: Original strand, 2319479 - 2319706
Alignment:
215 gatcaacccaacaaacccatttgtcttgtgggtggcgccacccagtgaaatgaaacttcaaaggcgactcctttggatgaaagacacgagacattgatga 314  Q
    ||||||||||| ||| |||||| ||||||||||| ||||| ||| ||||||| || ||||||||| |||| ||||||| ||| |||  ||||| ||||||    
2319479 gatcaacccaataaatccatttctcttgtgggtgacgccatccattgaaatggaatttcaaaggccactcatttggatcaaacacataagacaatgatga 2319578  T
315 tggattaaaaccaaaaggtgat---tcatgaatgtaatttgaaatgggttttaaaaaatgggcagttctgagagttgcttcagtgtcaccaccagcaggt 411  Q
    ||| ||||||||||||||| ||   |||| |||| |||||||||||||||||| |||||| ||  |||| |||||||||||| ||| ||||   |  |||    
2319579 tgggttaaaaccaaaaggtcatggttcataaatggaatttgaaatgggttttagaaaatgagccattctaagagttgcttcactgtgacca---gttggt 2319675  T
412 gagagcatgaaatcttccctcacctccatca 442  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||    
2319676 gagatcatgaaatcttccctcacctccatca 2319706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 22 - 104
Target Start/End: Original strand, 38435383 - 38435465
Alignment:
22 cccaaaaccataatatcctccaaagtgattgtagcttcagcaaatggaaacacaaatgtatttgtcttagaacaccatttctc 104  Q
    ||||||||||| ||||| || ||||||||||| ||| || ||| |||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||    
38435383 cccaaaaccatgatatcttcaaaagtgattgttgctacaccaagtggaaacacaaatgtattggtcttacaacaccatttctc 38435465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 89; Significance: 1e-42; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 215 - 440
Target Start/End: Original strand, 55864471 - 55864696
Alignment:
215 gatcaacccaacaaacccatttgtcttgtgggtggcgccacccagtgaaatgaaacttcaaaggcgactcctttggatgaaagacacgagacattgatga 314  Q
    ||||||||||| ||| |||||| ||||||||||| ||||| ||| ||||||| || ||||||||| |||| ||||||| ||| |||  ||||| ||||||    
55864471 gatcaacccaataaatccatttctcttgtgggtgacgccaaccattgaaatggaatttcaaaggccactcatttggatcaaacacataagacaatgatga 55864570  T
315 tggattaaaaccaaaaggtgat---tcatgaatgtaatttgaaatgggttttaaaaaatgggcagttctgagagttgcttcagtgtcaccaccagcaggt 411  Q
    ||| ||||||||||||||||||   ||||||||| |||||||||||||||||| |||||| |   |||| |||||||||||| ||| ||||   |  |||    
55864571 tgggttaaaaccaaaaggtgatggttcatgaatggaatttgaaatgggttttagaaaatgagtcattctaagagttgcttcactgtgacca---gttggt 55864667  T
412 gagagcatgaaatcttccctcacctccat 440  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||    
55864668 gagatcatgaaatcttccctcacctccat 55864696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 87; Significance: 2e-41; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 7 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 1717095 - 1716875
Alignment:
7 atgacagggtaaccacccaaaaccataatatcctccaaagtgattgtagcttcagcaaatggaaacacaaatgtatttgtcttagaacaccatttctccg 106  Q
    |||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||      
1717095 atgacagggtaatcccctaaaaccataatatcctccaaagtgattgtggcttcaccaaaaggaaacacaaatgtatttgtctcacaacaccatttttcaa 1716996  T
107 caacctcatatagcaagttttgatttctcagtat---gcgacacttggtgctcataatagcatcaaagattccaacctgcttccacacagattcatgctt 203  Q
    ||| | |||||| ||||||||||||| ||  |||    ||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| | ||||||||| | |||||| ||    
1716995 caatcccatataacaagttttgatttttctttatacgacgacacttggtgctcattatagcttcaaagatgccaactttcttccacactgtttcatgttt 1716896  T
204 tggtttaagctgatcaaccca 224  Q
      ||||||| | |||||||||    
1716895 gagtttaagttcatcaaccca 1716875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 356 - 440
Target Start/End: Complemental strand, 1716752 - 1716671
Alignment:
356 tgggttttaaaaaatgggcagttctgagagttgcttcagtgtcaccaccagcaggtgagagcatgaaatcttccctcacctccat 440  Q
    ||||||| | ||||||||| |||||||  |||| |||| | |||| |||||   |||| ||||||||||||||||||||||||||    
1716752 tgggtttgagaaaatgggctgttctgaatgttggttcattctcacaaccag---gtgaaagcatgaaatcttccctcacctccat 1716671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 85; Significance: 3e-40; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 215 - 442
Target Start/End: Complemental strand, 47331788 - 47331558
Alignment:
215 gatcaacccaacaaacccatttgtcttgtgggtggcgccacccagtgaaatgaaacttcaaaggcgactcctttggatgaaagacacgagacattgatga 314  Q
    ||||||||||| ||| |||||| ||||||||||| ||||| ||| ||||||| || ||||||| | |||| ||||||| ||| |||  ||||| ||||||    
47331788 gatcaacccaataaatccatttctcttgtgggtgacgccatccattgaaatggaatttcaaagaccactcatttggatcaaacacataagacaatgatga 47331689  T
315 tggattaaaaccaaaaggtga------ttcatgaatgtaatttgaaatgggttttaaaaaatgggcagttctgagagttgcttcagtgtcaccaccagca 408  Q
    ||| |||||||||||||||||      |||||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||  |||| |||||||||||| |||   ||||||      
47331688 tgggttaaaaccaaaaggtgatgatggttcatgaatggaatttgaaatgggttttagaaaatgagccattctaagagttgcttcactgt---caccagtt 47331592  T
409 ggtgagagcatgaaatcttccctcacctccatca 442  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| |||||    
47331591 ggtgagatcatgaaatcttccctcaccttcatca 47331558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 215 - 442
Target Start/End: Original strand, 45887492 - 45887719
Alignment:
215 gatcaacccaacaaacccatttgtcttgtgggtggcgccacccagtgaaatgaaacttcaaaggcgactcctttggatgaaagacacgagacattgatga 314  Q
    ||||||||||| |||  ||||| ||||||||||| ||||| ||| ||||||| || ||||||||| |||| ||||||| ||| |||  ||||| ||||||    
45887492 gatcaacccaataaatacatttctcttgtgggtgacgccatccattgaaatggaatttcaaaggccactcatttggatcaaacacataagacaatgatga 45887591  T
315 tggattaaaaccaaaaggtgat---tcatgaatgtaatttgaaatgggttttaaaaaatgggcagttctgagagttgcttcagtgtcaccaccagcaggt 411  Q
    ||| ||||||||||||||| ||   |||| |||| |||||||||||||||||| |||||| ||  |||| |||||||||||| ||| ||||   |  |||    
45887592 tgggttaaaaccaaaaggtcatggttcataaatggaatttgaaatgggttttagaaaatgagccattctaagagttgcttcactgtgacca---gttggt 45887688  T
412 gagagcatgaaatcttccctcacctccatca 442  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||    
45887689 gagatcatgaaatcttccctcacctccatca 45887719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 215 - 442
Target Start/End: Original strand, 48259459 - 48259686
Alignment:
215 gatcaacccaacaaacccatttgtcttgtgggtggcgccacccagtgaaatgaaacttcaaaggcgactcctttggatgaaagacacgagacattgatga 314  Q
    ||||||||||| ||| |||||| ||||||||||| ||||| ||| ||||||| || ||||||||| |||| ||||||| ||| |||  ||||| ||||||    
48259459 gatcaacccaataaatccatttctcttgtgggtgacgccatccattgaaatggaatttcaaaggccactcatttggatcaaacacataagacaatgatga 48259558  T
315 tggattaaaaccaaaaggtga---ttcatgaatgtaatttgaaatgggttttaaaaaatgggcagttctgagagttgcttcagtgtcaccaccagcaggt 411  Q
    ||| |||||||||||||||||   |||||||||| ||||||||||| |||||| |||||| ||  |||| ||||||| |||| |||    ||| |  |||    
48259559 tgggttaaaaccaaaaggtgatggttcatgaatggaatttgaaatgagttttagaaaatgagccattctaagagttgtttcactgt---gaccggttggt 48259655  T
412 gagagcatgaaatcttccctcacctccatca 442  Q
    |||| |||||||||||||||||||| |||||    
48259656 gagatcatgaaatcttccctcaccttcatca 48259686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000003; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 10 - 130
Target Start/End: Original strand, 22652328 - 22652448
Alignment:
10 acagggtaaccacccaaaaccataatatcctccaaagtgattgtagcttcagcaaatggaaacacaaatgtatttgtcttagaacaccatttctccgcaa 109  Q
    |||||||||||  | |||| ||||| ||| || || ||||| || || ||| ||||||||||||||||||  ||||||| | | |||||||||||  |||    
22652328 acagggtaaccctctaaaatcataacatcttctaaggtgatagttgcctcaccaaatggaaacacaaatgagtttgtctcacagcaccatttctcaacaa 22652427  T
110 cctcatatagcaagttttgat 130  Q
    || || |||||||||| ||||    
22652428 ccccaaatagcaagttatgat 22652448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University