View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21347_high_20 (Length: 421)

Name: NF21347_high_20
Description: NF21347
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21347_high_20
NF21347_high_20
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (1-412)||(36312745-36313156)
chr8 (12-412)||(36290262-36290662)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (243-412)||(33579676-33579845)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (243-412)||(15997153-15997322)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 408; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 408; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 412
Target Start/End: Complemental strand, 36313156 - 36312745
Alignment:
Q  1 atggcaaacaggttttaactgatgaagcaaatgtctctgatgctataaacacagctactgtagagcttgctggaactgccaaagggatttcaaacactcc 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36313156 atggcaaacaggttttaactgatgaagcaaatgtctctgatgctataaacacagctactgaagagcttgctggaactgccaaagggatttcaaacactcc 36313057  T
Q  101 actgactttgattgtgaagaagaatggcgttcctgaccttacaatggttgatcttccaggtataactcgtgttcctgttcatggtcaacctgataacatt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36313056 actgactttgattgtgaagaagaatggcgttcctgaccttacaatggttgatcttccaggtataactcgtgttcctgttcatggtcaacctgataacatt 36312957  T
Q  201 tatgatcagattaaggatattatcatggactatataactcctgaagagagcattatcctgaatgttctttctgctactgttgattttagtacttgtgagt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36312956 tatgatcagattaaggatattatcatggactatataactcctgaagagagcattatcctgaatgttctttctgctactgttgattttagtacttgtgagt 36312857  T
Q  301 ctattaggatgtcacagatggttgataaaactggtttgaggacattagctgttgtaacaaaggctgataaatcacctgaaggtttgttggagaaagtaac 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36312856 ctattaggatgtcacagatggttgataaaactggtttgaggacattagctgttgtaacaaaggctgataaatcacctgaaggtttgttggagaaagtaac 36312757  T
Q  401 tgctgatgatgt 412  Q
    ||||||||||||    
T  36312756 tgctgatgatgt 36312745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 12 - 412
Target Start/End: Complemental strand, 36290662 - 36290262
Alignment:
Q  12 gttttaactgatgaagcaaatgtctctgatgctataaacacagctactgtagagcttgctggaactgccaaagggatttcaaacactccactgactttga 111  Q
    ||||| |||||||||  | |||| |||||||| ||||||| ||||||||  ||  |||||||  |||||||||||||||| ||||||||  |||| ||||    
T  36290662 gttttcactgatgaaaaagatgtttctgatgcaataaacatagctactgaggaaattgctggttctgccaaagggatttccaacactcctttgacattga 36290563  T
Q  112 ttgtgaagaagaatggcgttcctgaccttacaatggttgatcttccaggtataactcgtgttcctgttcatggtcaacctgataacatttatgatcagat 211  Q
    |||| |||||||| || |||||||| ||||| |||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||    
T  36290562 ttgtcaagaagaacggtgttcctgatcttaccatggttgatcttccaggtatcacacgtgtacctgttcatggtcaacctgataatatctatgatcagat 36290463  T
Q  212 taaggatattatcatggactatataactcctgaagagagcattatcctgaatgttctttctgctactgttgattttagtacttgtgagtctattaggatg 311  Q
    ||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||| || ||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  36290462 taaagatattattatggagtatataactcctgaagaaagtattatctcgaatgtcctttctgctactgttgattttacaacttgtgagtctattaggatg 36290363  T
Q  312 tcacagatggttgataaaactggtttgaggacattagctgttgtaacaaaggctgataaatcacctgaaggtttgttggagaaagtaactgctgatgatg 411  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||| || |||||||| |||||||| ||||||||||| || || ||||||||||    
T  36290362 tcacaaatggttgataaaactggtttgaggacacttgctgttgtcacaaaagccgataaatctcctgaaggattgttggagaaggttaccgctgatgatg 36290263  T
Q  412 t 412  Q
    |    
T  36290262 t 36290262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 62; Significance: 1e-26; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 243 - 412
Target Start/End: Complemental strand, 33579845 - 33579676
Alignment:
Q  243 gaagagagcattatcctgaatgttctttctgctactgttgattttagtacttgtgagtctattaggatgtcacagatggttgataaaactggtttgagga 342  Q
    ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||   ||||||||||||  | ||||||||| | |  |||||||||||||||||||||     
T  33579845 gaagaaagcattatcttgaatgttctttctgctactattgatttctctacttgtgagtcattaaggatgtcagaaactgttgataaaactggtttgaggt 33579746  T
Q  343 cattagctgttgtaacaaaggctgataaatcacctgaaggtttgttggagaaagtaactgctgatgatgt 412  Q
    || | |||| |    |||||||| ||||||| | |||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  33579745 cacttgctgctacttcaaaggctcataaatctcttgaaggattgtttgagaaagttactgctgatgatgt 33579676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 58; Significance: 3e-24; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 243 - 412
Target Start/End: Original strand, 15997153 - 15997322
Alignment:
Q  243 gaagagagcattatcctgaatgttctttctgctactgttgattttagtacttgtgagtctattaggatgtcacagatggttgataaaactggtttgagga 342  Q
    ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||   ||||||||||||  | ||||||||| | |  ||||||||||||| |||||||     
T  15997153 gaagaaagcattatcttgaatgttctttctgctactattgatttctctacttgtgagtcattaaggatgtcagaaactgttgataaaactgatttgaggt 15997252  T
Q  343 cattagctgttgtaacaaaggctgataaatcacctgaaggtttgttggagaaagtaactgctgatgatgt 412  Q
    || | |||| |    |||||||| ||||||| | |||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  15997253 cacttgctgctacttcaaaggctcataaatctcttgaaggattgtttgagaaagttactgctgatgatgt 15997322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University