View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21356_low_2 (Length: 560)

Name: NF21356_low_2
Description: NF21356
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21356_low_2
NF21356_low_2
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (19-550)||(11785374-11785905)
chr4 (19-550)||(11788961-11789492)
chr4 (19-550)||(11801128-11801659)
chr4 (19-550)||(11699133-11699664)
chr4 (22-550)||(11677948-11678476)
chr4 (22-550)||(11686227-11686755)
chr4 (22-550)||(11708586-11709114)
chr4 (19-93)||(11792725-11792799)
[»] scaffold0294 (1 HSPs)
scaffold0294 (19-550)||(20376-20907)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (22-162)||(4837-4977)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 504; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 504; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 550
Target Start/End: Complemental strand, 11785905 - 11785374
Alignment:
Q  19 aataatactcaaatagagtgcaagtcccatgcttcttagttcatttgggacttgatcatagaaaaattcctgaacaccaacaatagtaaaaacctcagat 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11785905 aataatactcaaatagagtgcaagtcccatgcttcttagttcatttgggacttgatcatagaaaaattcctgaacaccaacaatagtaaaaacctcagat 11785806  T
Q  119 actccaaacaaaaagtattgaggaaccaaccaccatatactcattggaacagttgcattaggatcatcaacaagaccatgctcttgtgctaccttcagtc 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  11785805 actccaaacaaaaagtattgaggaaccaaccaccatatactcattggaacagttgcatttggatcatcaacaagaccatgctcttgtgctatctttagtc 11785706  T
Q  219 ttttcatctcaacaaaggctgcaaccactactgtgaatatagatagaaaaattccagtgccaattctttgaagcattgtgatacctgagggttttccagt 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11785705 ttttcatctcaacaaaggctgcaaccactactgtgaatatagatagaaaaattccagtgccaattctttgaagcattgtgatacctgagggttttccagt 11785606  T
Q  319 tatattccttgctagtggcacgaataaacggtcgtagatagggctgaagagaacaattgcaacaccgcctatcattccaagagaagcgggaggtatgttg 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11785605 tatattccttgctagtggcacgaataaacggtcgtagatagggctgaagagaacaattgcaacaccgcctatcattccaagagaagcgggaggtatgttg 11785506  T
Q  419 aaaccaggaaatattgttctctccatagaactcccttgcttagtgaagaatgtaaatatttgagcaaagataataccataaaccaaagttgaagcccaaa 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  11785505 aaaccaggaaatattgttctctccatagaactcccttgcttggtgaagaatgtaaatatttgagcaaagataataccataaactaaagtcgaagcccaaa 11785406  T
Q  519 ttggaatcaatcttagtactgcctttgcttct 550  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  11785405 ttggaatcaaccttagtactgcctttgcttct 11785374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 408; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 550
Target Start/End: Complemental strand, 11789492 - 11788961
Alignment:
Q  19 aataatactcaaatagagtgcaagtcccatgcttcttagttcatttgggacttgatcatagaaaaattcctgaacaccaacaatagtaaaaacctcagat 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||     
T  11789492 aataatactcaaatagagtgcaagtcccatgcttcttagttcatttgggacttgatcatagaaaaattcctgaagaccaaccatagtaaaaacctctgaa 11789393  T
Q  119 actccaaacaaaaagtattgaggaaccaaccaccatatactcattggaacagttgcattaggatcatcaacaagaccatgctcttgtgctaccttcagtc 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  11789392 actccaaacaaaaagtattgaggaaccaaccaccatatactcattggaacaattgcgtttggatcatcaacaagaccatgctcttgtgctatctttagtc 11789293  T
Q  219 ttttcatctcaacaaaggctgcaaccactactgtgaatatagatagaaaaattccagtgccaattctttgaagcattgtgatacctgagggttttccagt 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||    
T  11789292 ttttcatctcaacaaaggctgcaagtactactgtgaatatagatagaaaaattccagtgccaattctttgaagcattgtaatacctgaggactttccagt 11789193  T
Q  319 tatattccttgctagtggcacgaataaacggtcgtagatagggctgaagagaacaattgcaacaccgcctatcattccaagagaagcgggaggtatgttg 418  Q
    ||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||| |||||   |||||||||||||||||||||||||    
T  11789192 tataactcttgctagtggcacgaataaacggtcgtagataggagtgaagagaacaatagcaacaccacctattgatccaagagaagcgggaggtatgttg 11789093  T
Q  419 aaaccaggaaatattgttctctccatagaactcccttgcttagtgaagaatgtaaatatttgagcaaagataataccataaaccaaagttgaagcccaaa 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||    
T  11789092 aaaccaggaaatattgttctctccaaagaactcccttgtttggtgaagaatgtaaatatttgagcaaagataataccataaactaaagatgtagcccaaa 11788993  T
Q  519 ttggaatcaatcttagtactgcctttgcttct 550  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  11788992 ttggaatcaaacttagtactgcctttgcttct 11788961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 408; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 550
Target Start/End: Complemental strand, 11801659 - 11801128
Alignment:
Q  19 aataatactcaaatagagtgcaagtcccatgcttcttagttcatttgggacttgatcatagaaaaattcctgaacaccaacaatagtaaaaacctcagat 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||     
T  11801659 aataatactcaaatagagtgcaagtcccatgcttcttagttcatttgggacttgatcatagaaaaattcctgaagaccaaccatagtaaaaacctctgaa 11801560  T
Q  119 actccaaacaaaaagtattgaggaaccaaccaccatatactcattggaacagttgcattaggatcatcaacaagaccatgctcttgtgctaccttcagtc 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  11801559 actccaaacaaaaagtattgaggaaccaaccaccatatactcattggaacaattgcgtttggatcatcaacaagaccatgctcttgtgctatctttagtc 11801460  T
Q  219 ttttcatctcaacaaaggctgcaaccactactgtgaatatagatagaaaaattccagtgccaattctttgaagcattgtgatacctgagggttttccagt 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||    
T  11801459 ttttcatctcaacaaaggctgcaagtactactgtgaatatagatagaaaaattccagtgccaattctttgaagcattgtaatacctgaggactttccagt 11801360  T
Q  319 tatattccttgctagtggcacgaataaacggtcgtagatagggctgaagagaacaattgcaacaccgcctatcattccaagagaagcgggaggtatgttg 418  Q
    ||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||| |||||   |||||||||||||||||||||||||    
T  11801359 tataactcttgctagtggcacgaataaacggtcgtagataggagtgaagagaacaatagcaacaccacctattgatccaagagaagcgggaggtatgttg 11801260  T
Q  419 aaaccaggaaatattgttctctccatagaactcccttgcttagtgaagaatgtaaatatttgagcaaagataataccataaaccaaagttgaagcccaaa 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||    
T  11801259 aaaccaggaaatattgttctctccaaagaactcccttgtttggtgaagaatgtaaatatttgagcaaagataataccataaactaaagatgtagcccaaa 11801160  T
Q  519 ttggaatcaatcttagtactgcctttgcttct 550  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  11801159 ttggaatcaaacttagtactgcctttgcttct 11801128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 340; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 550
Target Start/End: Complemental strand, 11699664 - 11699133
Alignment:
Q  19 aataatactcaaatagagtgcaagtcccatgcttcttagttcatttgggacttgatcatagaaaaattcctgaacaccaacaatagtaaaaacctcagat 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||     
T  11699664 aataatactcaaatagagtgcaagtcccatgcttcttagttcatttgggacttgatcatagaaaaattcctgaagaccaaccatggtaaaaacctcagaa 11699565  T
Q  119 actccaaacaaaaagtattgaggaaccaaccaccatatactcattggaacagttgcattaggatcatcaacaagaccatgctcttgtgctaccttcagtc 218  Q
    || ||||||||||  || ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||    
T  11699564 acaccaaacaaaacatactgaggaatcaaccaccctatactcattggaacagttgcattaggatcatcaacaagaccatgctcttgtgctacttttagtc 11699465  T
Q  219 ttttcatctcaacaaaggctgcaaccactactgtgaatatagatagaaaaattccagtgccaattctttgaagcattgtgatacctgagggttttccagt 318  Q
    ||||  ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||    
T  11699464 ttttattctcaacaaaggctgcaagtactactgtgaatatagatagaaaaattccagtgccaattctttgaagcattgtgatacctgaggttttaccggt 11699365  T
Q  319 tatattccttgctagtggcacgaataaacggtcgtagatagggctgaagagaacaattgcaacaccgcctatcattccaagagaagcgggaggtatgttg 418  Q
    ||||   |||||||||||||| ||||  ||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||  |||| ||  ||||||||| |||||||||| |    
T  11699364 tatagctcttgctagtggcacaaatatgcggtcgtagattgcgctgaagacaacaattgcaacaccgtttatcgtttgaagagaagcaggaggtatgtcg 11699265  T
Q  419 aaaccaggaaatattgttctctccatagaactcccttgcttagtgaagaatgtaaatatttgagcaaagataataccataaaccaaagttgaagcccaaa 518  Q
    || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| | ||||||||||| ||| |||||||| |||||||  |||||||    
T  11699264 aagccaggaaatattgttctctccattgaactcccttgcttggtgaagaaagtaaaaacttgagcaaagacaatgccataaactaaagttgtcgcccaaa 11699165  T
Q  519 ttggaatcaatcttagtactgcctttgcttct 550  Q
    ||||||| || |||||||||||||||||||||    
T  11699164 ttggaattaaccttagtactgcctttgcttct 11699133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 317; E-Value: 1e-178
Query Start/End: Original strand, 22 - 550
Target Start/End: Complemental strand, 11678476 - 11677948
Alignment:
Q  22 aatactcaaatagagtgcaagtcccatgcttcttagttcatttgggacttgatcatagaaaaattcctgaacaccaacaatagtaaaaacctcagatact 121  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| || |||    
T  11678476 aatactcaaatagagtgcaagtcccatgcttcttagttcatttgggacttgatcatagaaaaattcctgaagaccaaccatagtaaaaacctctgaaact 11678377  T
Q  122 ccaaacaaaaagtattgaggaaccaaccaccatatactcattggaacagttgcattaggatcatcaacaagaccatgctcttgtgctaccttcagtcttt 221  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||  || |||||||    
T  11678376 ccaaacaaaaagtattgaggaaccaaccaccatatactcattggtacagttgcattaggatcatcaacaataccatattcttgtgctatttttagtcttt 11678277  T
Q  222 tcatctcaacaaaggctgcaaccactactgtgaatatagatagaaaaattccagtgccaattctttgaagcattgtgatacctgagggttttccagttat 321  Q
    |||||||||||||||||||||    ||| |||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| || ||    
T  11678276 tcatctcaacaaaggctgcaaatgttaccgtgattatcgatataaaaattccagtgccaattctttgaagcattgtgatgccagagggttttccggtgat 11678177  T
Q  322 attccttgctagtggcacgaataaacggtcgtagatagggctgaagagaacaattgcaacaccgcctatcattccaagagaagcgggaggtatgttgaaa 421  Q
    |   |||||||| ||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||  |||   |||  |  ||| ||||||||||||||||  ||     
T  11678176 agctcttgctagcggcacgaatatgcggtcatagatagggctgaagagaagaattgcaagcccgttaatcgattgaagcgaagcgggaggtatgtcaaat 11678077  T
Q  422 ccaggaaatattgttctctccatagaactcccttgcttagtgaagaatgtaaatatttgagcaaagataataccataaaccaaagttgaagcccaaattg 521  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  11678076 ccaggaaatattgttctctgcatagaactcccttgcttggtaaagaatgtaaaaacttgagcaaagataataccataaaccaaagttgtagcccaaattg 11677977  T
Q  522 gaatcaatcttagtactgcctttgcttct 550  Q
    ||| ||| |||||||| ||||||||||||    
T  11677976 gaaccaaccttagtacagcctttgcttct 11677948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 317; E-Value: 1e-178
Query Start/End: Original strand, 22 - 550
Target Start/End: Complemental strand, 11686755 - 11686227
Alignment:
Q  22 aatactcaaatagagtgcaagtcccatgcttcttagttcatttgggacttgatcatagaaaaattcctgaacaccaacaatagtaaaaacctcagatact 121  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| || |||    
T  11686755 aatactcaaatagagtgcaagtcccatgcttcttagttcatttgggacttgatcatagaaaaattcctgaagaccaaccatagtaaaaacctctgaaact 11686656  T
Q  122 ccaaacaaaaagtattgaggaaccaaccaccatatactcattggaacagttgcattaggatcatcaacaagaccatgctcttgtgctaccttcagtcttt 221  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||  || |||||||    
T  11686655 ccaaacaaaaagtattgaggaaccaaccaccatatactcattggtacagttgcattaggatcatcaacaataccatattcttgtgctatttttagtcttt 11686556  T
Q  222 tcatctcaacaaaggctgcaaccactactgtgaatatagatagaaaaattccagtgccaattctttgaagcattgtgatacctgagggttttccagttat 321  Q
    |||||||||||||||||||||    ||| |||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| || ||    
T  11686555 tcatctcaacaaaggctgcaaatgttaccgtgattatcgatataaaaattccagtgccaattctttgaagcattgtgatgccagagggttttccggtgat 11686456  T
Q  322 attccttgctagtggcacgaataaacggtcgtagatagggctgaagagaacaattgcaacaccgcctatcattccaagagaagcgggaggtatgttgaaa 421  Q
    |   |||||||| ||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||  |||   |||  |  ||| ||||||||||||||||  ||     
T  11686455 agctcttgctagcggcacgaatatgcggtcatagatagggctgaagagaagaattgcaagcccgttaatcgattgaagcgaagcgggaggtatgtcaaat 11686356  T
Q  422 ccaggaaatattgttctctccatagaactcccttgcttagtgaagaatgtaaatatttgagcaaagataataccataaaccaaagttgaagcccaaattg 521  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  11686355 ccaggaaatattgttctctgcatagaactcccttgcttggtaaagaatgtaaaaacttgagcaaagataataccataaaccaaagttgtagcccaaattg 11686256  T
Q  522 gaatcaatcttagtactgcctttgcttct 550  Q
    ||| ||| |||||||| ||||||||||||    
T  11686255 gaaccaaccttagtacagcctttgcttct 11686227  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 301; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 22 - 550
Target Start/End: Complemental strand, 11709114 - 11708586
Alignment:
Q  22 aatactcaaatagagtgcaagtcccatgcttcttagttcatttgggacttgatcatagaaaaattcctgaacaccaacaatagtaaaaacctcagatact 121  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||||||||| |||    
T  11709114 aatactcaaatagagtgccagtcccatgcttcttagttcatttgggacttgatcatagaaaaattcctgaagaccaaccattgtaaaaacctcagaaact 11709015  T
Q  122 ccaaacaaaaagtattgaggaaccaaccaccatatactcattggaacagttgcattaggatcatcaacaagaccatgctcttgtgctaccttcagtcttt 221  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||  || | |||||    
T  11709014 ccaaacaaaaagtattgaggaaccaaccaccatatactcattggtacagttgcattaggatcatcaacaagaccatatttttgtgctatttttaatcttt 11708915  T
Q  222 tcatctcaacaaaggctgcaaccactactgtgaatatagatagaaaaattccagtgccaattctttgaagcattgtgatacctgagggttttccagttat 321  Q
    |  ||||||||||||||||||  |||||  ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  11708914 tagtctcaacaaaggctgcaaatactaccatgaatattgatataaaaattccagtgccaattctttgaagcattgtgatacctgagggctttccagttat 11708815  T
Q  322 attccttgctagtggcacgaataaacggtcgtagatagggctgaagagaacaattgcaacaccgcctatcattccaagagaagcgggaggtatgttgaaa 421  Q
    |   |||||||||||||||||||   | || |||||||||| |||||||||||||||||  |    |||  ||  ||| |||| |||||||||||  ||     
T  11708814 aactcttgctagtggcacgaatatgtgctcatagatagggcagaagagaacaattgcaagccattttattgtttgaagcgaagagggaggtatgtcaaat 11708715  T
Q  422 ccaggaaatattgttctctccatagaactcccttgcttagtgaagaatgtaaatatttgagcaaagataataccataaaccaaagttgaagcccaaattg 521  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  11708714 ccaggaaatattgttctctccattgaagtcccttgcttggtgaagaatgtaaaaacttgagcaaagacaataccataaaccaaagttgaagtccaaattg 11708615  T
Q  522 gaatcaatcttagtactgcctttgcttct 550  Q
    ||| ||| ||||| || ||||||||||||    
T  11708614 gaaccaaccttagaacagcctttgcttct 11708586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 19 - 93
Target Start/End: Complemental strand, 11792799 - 11792725
Alignment:
Q  19 aataatactcaaatagagtgcaagtcccatgcttcttagttcatttgggacttgatcatagaaaaattcctgaac 93  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11792799 aataatactcaaatagagtgcaagtcccatgcttcttagttcatttgggacttgatcatagaaaaattcctgaac 11792725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0294 (Bit Score: 340; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0294
Description:

Target: scaffold0294; HSP #1
Raw Score: 340; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 550
Target Start/End: Complemental strand, 20907 - 20376
Alignment:
Q  19 aataatactcaaatagagtgcaagtcccatgcttcttagttcatttgggacttgatcatagaaaaattcctgaacaccaacaatagtaaaaacctcagat 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||| ||     
T  20907 aataatactcaaatagagtgcaagtcccatgcttcttagttcatttgggacttgatcatagaaaaattcctgaagaccaaccatggtaaaaacctctgaa 20808  T
Q  119 actccaaacaaaaagtattgaggaaccaaccaccatatactcattggaacagttgcattaggatcatcaacaagaccatgctcttgtgctaccttcagtc 218  Q
    || |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||| ||| ||||    
T  20807 acaccaaacaaaaagtattgaggaatcaaccaccatatactcattggtacagttgcatttggatcatcatcaagactatgctcttgtgctatctttagtc 20708  T
Q  219 ttttcatctcaacaaaggctgcaaccactactgtgaatatagatagaaaaattccagtgccaattctttgaagcattgtgatacctgagggttttccagt 318  Q
    |||| |||||||||||||||||||  || ||||| ||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  20707 ttttaatctcaacaaaggctgcaaataccactgtaaatattgatatgaaaattccagtgccaattctttgaagcaatgtgatgcctgagggttttccagt 20608  T
Q  319 tatattccttgctagtggcacgaataaacggtcgtagatagggctgaagagaacaattgcaacaccgcctatcattccaagagaagcgggaggtatgttg 418  Q
     ||| | |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| || |  |||  |  |||| ||  ||||||||| |||||||||| |    
T  20607 gatacttcttgctagtggcacaaatatacggtcgtagatagggctgaagagaactatggagacattggttatcgtttgaagagaagccggaggtatgtcg 20508  T
Q  419 aaaccaggaaatattgttctctccatagaactcccttgcttagtgaagaatgtaaatatttgagcaaagataataccataaaccaaagttgaagcccaaa 518  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  20507 aaaccaggaaatattgttctctgcatagaactcccttgcttggtgaagaatgtaaaaacttgagcaaagataataccataaaccaaagttgtagcccaaa 20408  T
Q  519 ttggaatcaatcttagtactgcctttgcttct 550  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  20407 ttggaaccaaccttagtactgcctttgcttct 20376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 45; Significance: 2e-16; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 22 - 162
Target Start/End: Original strand, 4837 - 4977
Alignment:
Q  22 aatactcaaatagagtgcaagtcccatgcttcttagttcatttgggacttgatcatagaaaaattcctgaacaccaacaatagtaaaaacctcagatact 121  Q
    |||||| |||||||| | ||| ||||  ||||||| |||||  ||||| ||||||||||||||||| || | ||| || || ||||| || |||||||||    
T  4837 aatacttaaatagagggaaagacccacacttcttaattcatccgggacctgatcatagaaaaattcttgcagacctaccattgtaaagacatcagatact 4936  T
Q  122 ccaaacaaaaagtattgaggaaccaaccaccatatactcat 162  Q
    |||||||| |  |||||||||| ||||||||| || |||||    
T  4937 ccaaacaagacatattgaggaatcaaccaccagatgctcat 4977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University