View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21373_high_2 (Length: 505)

Name: NF21373_high_2
Description: NF21373
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21373_high_2
NF21373_high_2
[»] chr7 (16 HSPs)
chr7 (18-494)||(4711914-4712390)
chr7 (19-494)||(4845855-4846327)
chr7 (23-405)||(4653389-4653768)
chr7 (23-494)||(4666715-4667189)
chr7 (75-493)||(4697086-4697504)
chr7 (59-494)||(4630707-4631142)
chr7 (21-372)||(4662893-4663241)
chr7 (75-426)||(4783731-4784082)
chr7 (75-419)||(4816160-4816504)
chr7 (75-404)||(4863792-4864121)
chr7 (75-355)||(4636776-4637056)
chr7 (157-494)||(4672456-4672793)
chr7 (160-424)||(4643521-4643785)
chr7 (179-426)||(4647381-4647619)
chr7 (67-140)||(4672837-4672910)
chr7 (59-133)||(4643848-4643922)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (67-494)||(18925630-18926057)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 385; Significance: 0; HSPs: 16)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 385; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 494
Target Start/End: Original strand, 4711914 - 4712390
Alignment:
Q  18 aaaagaatatccacaaagtgtatcaactgtttatggaagtgatcatccaaactatttaaacaataccattcccaaatacactgcaccagaagctgtatac 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  4711914 aaaagaatatccacaaagtgtatcaactgtttatggaagtgatcatccaaactatttaaacaataccattcccaattacactgcaccagaagctgtatac 4712013  T
Q  118 tttactgcaagaagttatggaatggatgtgacagaggattataatgtaacttggaatttcaaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatt 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4712014 tttactgcaagaagttatggaatggatgtgacagaggattataatgtaacttggaatttcaaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatt 4712113  T
Q  218 tttgtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtgatagagtttttcagatatttatcaatgatattttggctgaacaatacgctgatgtgattacatg 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||    
T  4712114 tttgtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtgatagagtttttcagatatttatcaatgatattttggctgaacaatacgctgatgtgatttactg 4712213  T
Q  318 ggctggtgctcctttggttcctgttcataaggattatgctgtgactatgcactctgaagaaggaagcactcaaattgaaagagttaatatttctattaag 417  Q
    |  ||||| |    || |||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||| || | |||||| || ||||||||||||||||  |||| ||||||    
T  4712214 gagtggtggtaacatgattcctgttcataaggattatgctgtgaaaatgtactctcaaaatggaagctctgaaattgaaagagttaacctttcaattaag 4712313  T
Q  418 cttcaacgagaaccagaaagtatctacacaaattaccgtgatgtcataatgaatggaattgagattttcaaaataag 494  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4712314 cttcaacgagaaccagaaagtatctacacaaattaccgtgatgtcataatgaatggaattgagattttcaaaataag 4712390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 258; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 19 - 494
Target Start/End: Original strand, 4845855 - 4846327
Alignment:
Q  19 aaagaatatccacaaagtgtatcaactgtttatggaagtgatcatccaaactatttaaacaataccattcccaaatacactgcaccagaagctgtatact 118  Q
    |||||||||||||  |||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||    
T  4845855 aaagaatatccacttagtgtatcaagtttttatggaagtgatcatctaaactatttaaacaatactattccaaattacactgcaccagaagctgtatact 4845954  T
Q  119 ttactgcaagaagttatggaatggatgtgacagaggattataatgtaacttggaatttcaaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacattt 218  Q
    | ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4845955 taactgcaagaagttatggaaagtatgtgacagaggattataatgtaacttggaatttcgaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacattt 4846054  T
Q  219 ttgtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtgatagagtttttcagatatttatcaatgatattttggctgaacaatacgctgatgtgattacatgg 318  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||   |||    
T  4846055 ttgtgagtttgatctgcttaccaagaataaaggtgatagagtttttcagatatttatcaatgatattttggctgaactatatgctgatgtgattttttgg 4846154  T
Q  319 gctggtgctcctttggttcctgttcataaggattatgctgtgactatgcactctgaagaaggaagcactcaaattgaaagagttaatatttctattaagc 418  Q
      ||||| |    || |||||||||||||||||||||||||||  ||  ||||| || | |||||| || ||||||||||||||||| |||| || ||||    
T  4846155 agtggtggtaacatgattcctgttcataaggattatgctgtgaaaatctactctcaaaatggaagctctgaaattgaaagagttaatctttcaatcaagc 4846254  T
Q  419 ttcaacgagaaccagaaagtatctacacaaattaccgtgatgtcataatgaatggaattgagattttcaaaataag 494  Q
    ||||||||  ||||| |    || |||||| |||| | |||  |||| |||||||||| |||||||||||| ||||    
T  4846255 ttcaacgattaccagca---gtcgacacaacttacagagataccatattgaatggaatcgagattttcaaagtaag 4846327  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 177; E-Value: 3e-95
Query Start/End: Original strand, 23 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 4653768 - 4653389
Alignment:
Q  23 aatatccacaaagtgtatcaactgtttatggaagtgatcatccaaactatttaaacaataccattcccaaatacactgcaccagaagctgtatactttac 122  Q
    ||||||||| ||||||||||| || || || ||   ||||||  ||||||  ||||||||| ||||| || ||||  |||||||||||||||||| | ||    
T  4653768 aatatccactaagtgtatcaagtgattttgtaa---atcatctcaactataaaaacaatacaattccaaattacatcgcaccagaagctgtatacctaac 4653672  T
Q  123 tgcaagaagttatggaatggatgtgacagaggattataatgtaacttggaatttcaaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgt 222  Q
    ||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| || |  |||||||||||||| |||||||||||||||    
T  4653671 tgcgagaagttatggaatgaatgtcacagaggattacaatgtaacttggaatttcgaagttgactcaacatttacttatatggtcaggttacatttttgt 4653572  T
Q  223 gagtttgatctgcttatcaagaataaaggtgatagagtttttcagatatttatcaatgatattttggctgaacaatacgctgatgtgattacatgggctg 322  Q
    || ||||||  || ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||| | |||||||||| | | |||||||||||| |||||        
T  4653571 gaatttgattggcgtatcaaggataaaggtgatagagttttccagatatttatacatgatttcttggctgaaccaaatgctgatgtgatttcatggagca 4653472  T
Q  323 gtgctcctttggttcctgttcataaggattatgctgtgactatgcactctgaagaaggaagcactcaaattgaaagagttaat 405  Q
     ||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4653471 atgctcgtttgattcctgttcataaggattatgttgtgactatgcactctgaagaaggaagcactcaaattgaaagagttaat 4653389  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 173; E-Value: 8e-93
Query Start/End: Original strand, 23 - 494
Target Start/End: Complemental strand, 4667189 - 4666715
Alignment:
Q  23 aatatccacaaagtgtatcaactgtttatggaagtgatcatccaaactatttaaacaataccattcccaaatacactgcaccagaagctgtatactttac 122  Q
    |||||||||||||  |||||| |  || ||||  ||||||||||||||||||| | ||||| ||||| || |||||||||||||||| ||| ||||| ||    
T  4667189 aatatccacaaagcatatcaagttattttggacctgatcatccaaactatttacaaaatactattccaaattacactgcaccagaagttgtgtacttaac 4667090  T
Q  123 tgcaagaagttatggaatggatgtgacagaggattataatgtaacttggaatttcaaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgt 222  Q
    |||||||||||||||||||||||  | |||| |||||||||| || |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  4667089 tgcaagaagttatggaatggatgccaaagagaattataatgtgacatggaattttaaagttgattctatttttacttatatggtaaggttgcatttttgt 4666990  T
Q  223 gagtttgatctgcttatcaagaataaaggtgatagagtttttcagatatttatcaatgatattttggctgaacaatacgctgatgtgattacatgg---g 319  Q
    |||||||||  || ||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||  |||||||| ||||||||| |   ||||| ||| ||   |||        
T  4666989 gagtttgattggcatatcaagaatccaggtgatagagtttttcagatttttatagatgatattatggctgaaccaagggctgacgtgctttattggagta 4666890  T
Q  320 ctggtgctcctttggttcctgttcataaggattatgctgtgactatgcactctgaagaaggaagcactcaaattgaaagagttaatatttctattaagct 419  Q
     ||||| || | |||||||||||||||||||||||||  |||||||| | ||| ||| ||| |||  ||||||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  4666889 gtggtgttcgtatggttcctgttcataaggattatgccttgactatggattctcaaggagggagccgtcaaattgaaagagttaatctttcaattaagct 4666790  T
Q  420 tcaacgagaaccagaaagtatctacacaaattaccgtgatgtcataatgaatggaattgagattttcaaaataag 494  Q
    |||||||| |||||||| | |||  ||||| ||| |||||||| |  | |||||||| |||||||| ||||||||    
T  4666789 tcaacgagtaccagaaactgtctttacaaaatacagtgatgtccttcttaatggaatcgagattttaaaaataag 4666715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 167; E-Value: 3e-89
Query Start/End: Original strand, 75 - 493
Target Start/End: Original strand, 4697086 - 4697504
Alignment:
Q  75 aaacaataccattcccaaatacactgcaccagaagctgtatactttactgcaagaagttatggaatggatgtgacagaggattataatgtaacttggaat 174  Q
    |||||| |||||||  || |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||  |||| |||||| |||||||||||  |||||||||||||||    
T  4697086 aaacaacaccattcaaaattacactgcaccagaagctgtgtacttaactgcaagaagtcgtggattggatgagacagaggatttcaatgtaacttggaat 4697185  T
Q  175 ttcaaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtgatagagtttttcagatattta 274  Q
    ||| ||||||||  | |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||| |||| |||||||||||| ||||| ||||| |    
T  4697186 ttcgaagttgatgttggttttacttatatggtaaggttgcatttttgtgagtttgatcagcatatcaaaaatataggtgatagagtctttcaaatattca 4697285  T
Q  275 tcaatgatattttggctgaacaatacgctgatgtgattacatgggctggtgctcctttggttcctgttcataaggattatgctgtgactatgcactctga 374  Q
    |   | ||| |||||| ||   | |||||||||||||| | |||  |  | ||||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| |    
T  4697286 tagctaatactttggcggagataaacgctgatgtgatttcttggagtactactcctatggttcctgttcataaagattatgctgtgtctatgcactctca 4697385  T
Q  375 agaaggaagcactcaaattgaaagagttaatatttctattaagcttcaacgagaaccagaaagtatctacacaaattaccgtgatgtcataatgaatgga 474  Q
    |||||||||| |||||||||||||| ||||| |||| || ||||| ||||||| ||||| | |||||| |||||  ||| ||||||||| | |||||||     
T  4697386 agaaggaagctctcaaattgaaagacttaatctttcaatcaagctacaacgagcaccaggacgtatcttcacaagatacggtgatgtcacattgaatggc 4697485  T
Q  475 attgagattttcaaaataa 493  Q
    || |||||||| |||||||    
T  4697486 atcgagattttgaaaataa 4697504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 161; E-Value: 1e-85
Query Start/End: Original strand, 59 - 494
Target Start/End: Complemental strand, 4631142 - 4630707
Alignment:
Q  59 atcatccaaactatttaaacaataccattcccaaatacactgcaccagaagctgtatactttactgcaagaagttatggaatggatgtgacagaggatta 158  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||  ||| |||||||    
T  4631142 atcatctaaactatttaaacaataccatttcaaattacactgcaccagaagctgtttacttaactgcgagaagttatggaatggatgcaacaaaggatta 4631043  T
Q  159 taatgtaacttggaatttcaaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttatcaaga-ataaaggtgatag 257  Q
     |||||||||||||||||  |||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||   || |||| || ||||||||||    
T  4631042 caatgtaacttggaattttgaagttgattcttcttttacttatatggtaagattacatttttgtgagtttgaaatgacgat-aagagatcaaggtgatag 4630944  T
Q  258 agtttttcagatatttatcaatgatattttggctgaacaatacgctgatgtgattacatgggctggtgctcctttggttcctgttcataaggattatgct 357  Q
    ||| |||||||| || ||   | | ||| | |||||  || | ||||||||||| |  |||  |||||||| | ||||||||  |||||||||||||| |    
T  4630943 agtctttcagattttcatagctaacattctagctgaggaaaaagctgatgtgataaggtggagtggtgctcgtatggttcctactcataaggattatgtt 4630844  T
Q  358 gtgactatgcactctgaagaaggaagcactcaaattgaaagagttaatatttctattaagcttcaacgagaaccagaaagtatctacacaaattaccgtg 457  Q
    |||  |||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| || ||||||| ||||| |||||||| |||  ||||||  || ||||    
T  4630843 gtgcttatgtactctcaagaaggaagctctcaaattgaaagagttaatctttcaatcaagcttcgacgagcaccagaaactatacacacaatatatcgtg 4630744  T
Q  458 atgtcataatgaatggaattgagattttcaaaataag 494  Q
    ||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  4630743 atgtcctgctgaatggaattgagattttcaaaataag 4630707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 150; E-Value: 4e-79
Query Start/End: Original strand, 21 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 4663241 - 4662893
Alignment:
Q  21 agaatatccacaaagtgtatcaactgtttatggaagtgatcatccaaactatttaaacaataccattcccaaatacactgcaccagaagctgtatacttt 120  Q
    ||||||||||||||||||||||| || || ||||   ||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||     
T  4663241 agaatatccacaaagtgtatcaagtgattttgga---gatcatctaaactatttaaacaataccattccaaattacactgcaccagaaactgtatactta 4663145  T
Q  121 actgcaagaagttatggaatggatgtgacagaggattataatgtaacttggaatttcaaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacattttt 220  Q
    |||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||  |||||| || |||||||||||||||||||    
T  4663144 actgcaagaaattatggaaagtatgtgacagaggattataatgtaacttggaattttgaggttgattcttcttttacatacatggtaaggttacattttt 4663045  T
Q  221 gtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtgatagagtttttcagatatttatcaatgatattttggctgaacaatacgctgatgtgattacatgggc 320  Q
    |||||||||||| |  |||||  ||||||||||||||| | |||||||| |||||  |||||| ||| | |||| |||  || |||||||| |  |||      
T  4663044 gtgagtttgatccgaatatcataaataaaggtgatagaatgtttcagatttttatagatgataatttagttgaagaattagccgatgtgataaggtggag 4662945  T
Q  321 tggtgctcctttggttcctgttcataaggattatgctgtgactatgcactct 372  Q
    |  || || | |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||    
T  4662944 taatggtcgtatggttcctgttcataaggattatggtgtgactatgtactct 4662893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 144; E-Value: 2e-75
Query Start/End: Original strand, 75 - 426
Target Start/End: Original strand, 4783731 - 4784082
Alignment:
Q  75 aaacaataccattcccaaatacactgcaccagaagctgtatactttactgcaagaagttatggaatggatgtgacagaggattataatgtaacttggaat 174  Q
    |||||||  |||||| || |||| ||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||     
T  4783731 aaacaatgtcattccaaattacattgcaccagaaggtgtttacttaactgcaagaagttatggaatgtatgagacagaggattacaatgtaacttggaac 4783830  T
Q  175 ttcaaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtgatagagtttttcagatattta 274  Q
    ||  |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||  |  | ||||||||| |||||||||| || |    
T  4783831 tttgaagttgattctgcttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgattggcatatcaaacaggatggtgatagaatttttcagattttca 4783930  T
Q  275 tcaatgatattttggctgaacaatacgctgatgtgattacatgggctggtgctcctttggttcctgttcataaggattatgctgtgactatgcactctga 374  Q
    |  |||||| ||||||||||||    ||||||||||| |  |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||   ||| |    
T  4783931 tagatgatagtttggctgaacatgctgctgatgtgataaggtggagtggtgctcctttggttcctgttcataaggattatgccgtgactatgggttctca 4784030  T
Q  375 agaaggaagcactcaaattgaaagagttaatatttctattaagcttcaacga 426  Q
    ||  |||||| |||||||||||| ||||||| |||| || ||||| ||||||    
T  4784031 aggcggaagctctcaaattgaaaaagttaatctttcgatcaagctacaacga 4784082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 75 - 419
Target Start/End: Original strand, 4816160 - 4816504
Alignment:
Q  75 aaacaataccattcccaaatacactgcaccagaagctgtatactttactgcaagaagttatggaatggatgtgacagaggattataatgtaacttggaat 174  Q
    |||||||  |||||| || |||| ||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||     
T  4816160 aaacaatgtcattccaaattacattgcaccagaaggtgtttacttaactgcaagaagttatggaatgtatgagacagaggattacaatgtaacttggaac 4816259  T
Q  175 ttcaaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtgatagagtttttcagatattta 274  Q
    ||  |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||  |  | ||||||||| |||||||||| || |    
T  4816260 tttgaagttgattctgcttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgattggcatatcaaacaggatggtgatagaatttttcagattttca 4816359  T
Q  275 tcaatgatattttggctgaacaatacgctgatgtgattacatgggctggtgctcctttggttcctgttcataaggattatgctgtgactatgcactctga 374  Q
    |  |||||| |||||||||||  |  |||||||||||    |||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||   ||| |    
T  4816360 tagatgatagtttggctgaactttttgctgatgtgatatggtggagtggtgctccttttgttcctgttcataaggattatgccgtgactatgggttctca 4816459  T
Q  375 agaaggaagcactcaaattgaaagagttaatatttctattaagct 419  Q
     |  |||||| |||||||||||| ||||||| |||| || |||||    
T  4816460 tggcggaagctctcaaattgaaaaagttaatctttcgatcaagct 4816504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 75 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 4864121 - 4863792
Alignment:
Q  75 aaacaataccattcccaaatacactgcaccagaagctgtatactttactgcaagaagttatggaatggatgtgacagaggattataatgtaacttggaat 174  Q
    |||||| |||||||  || |||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||| |||  | |||  |||||||| || |||||||||||||||    
T  4864121 aaacaacaccattcaaaattacactgcaccagaagttgtgtacttaactgcaagaagttacggacagtatgccacagaggagtacaatgtaacttggaat 4864022  T
Q  175 ttcaaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtgatagagtttttcagatattta 274  Q
    ||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||| |  ||||||||||||||||  |||||||| || |    
T  4864021 tttgaagttgattctaattttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatccgaatataacaaataaaggtgatagagcctttcagattttca 4863922  T
Q  275 tcaatgatattttggctgaacaatacgctgatgtgattacatgggctggtgctcctttggttcctgttcataaggattatgctgtgactatgcactctga 374  Q
    |   | ||| | |||||||  || |||||||||||||    |||   ||| ||| | ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||  |||||||    
T  4863921 tagttaatagtatggctgaggaaaacgctgatgtgatacggtggagcggttctcgtatggttcctgttcataaggattatactgtgtctataaactctga 4863822  T
Q  375 agaaggaagcactcaaattgaaagagttaa 404  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  4863821 agaaggaagctctcaaattgaaagagttaa 4863792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 113; E-Value: 5e-57
Query Start/End: Original strand, 75 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 4637056 - 4636776
Alignment:
Q  75 aaacaataccattcccaaatacactgcaccagaagctgtatactttactgcaagaagttatggaatggatgtgacagaggattataatgtaacttggaat 174  Q
    |||||||  |||||| || |||| ||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||| |||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||     
T  4637056 aaacaatgtcattccaaattacattgcaccagaagttgtgtacttaactgcaagaagttacggaatgtatgagacaaaggattataatgtaacttggaac 4636957  T
Q  175 ttcaaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtgatagagtttttcagatattta 274  Q
    ||  |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||  |||||||||||||||| ||||||||||| |    
T  4636956 tttgaagttgattctgcttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgattggcatatcaactataaaggtgatagagtctttcagatattca 4636857  T
Q  275 tcaatgatattttggctgaacaatacgctgatgtgattacatgggctggtgctcctttggttcctgttcataaggattatg 355  Q
    |  || | | ||||| |||| || | || ||||||||    |||  |||||||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  4636856 tagataacactttggttgaagaaaaggcggatgtgatagggtggagtggtgctcgtatggttcctgttcataaggattatg 4636776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 110; E-Value: 3e-55
Query Start/End: Original strand, 157 - 494
Target Start/End: Complemental strand, 4672793 - 4672456
Alignment:
Q  157 tataatgtaacttggaatttcaaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtgata 256  Q
    ||||||||||||||||||||  | |||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||  |||| ||||||||    
T  4672793 tataatgtaacttggaattttgaggttgattcttctttcacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgacaggcttatcattaatacaggtgata 4672694  T
Q  257 gagtttttcagatatttatcaatgatattttggctgaacaatacgctgatgtgattacatgggctggtgctcctttggttcctgttcataaggattatgc 356  Q
    |||  |||||||| |||||   | | | | |||||||  ||   |||||||| || |  |||  |||||||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  4672693 gagcctttcagatttttatagctaacactctggctgaggaaagagctgatgttataagttggagtggtgctcgtatggttcctgttcataaggattatgc 4672594  T
Q  357 tgtgactatgcactctgaagaaggaagcactcaaattgaaagagttaatatttctattaagcttcaacgagaaccagaaagtatctacacaaattaccgt 456  Q
    ||| |||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |  | || | |  | |||||||||  || ||    
T  4672593 tgtcactatgtactctcaagaaggaagctctcaaattgaaagagttaatctttctattaagcttcaaccactaacaaatatgaactacacaaaagacagt 4672494  T
Q  457 gatgtcataatgaatggaattgagattttcaaaataag 494  Q
    ||||||| | | |||||||| |||||||||||| ||||    
T  4672493 gatgtcacattaaatggaatcgagattttcaaagtaag 4672456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 101; E-Value: 8e-50
Query Start/End: Original strand, 160 - 424
Target Start/End: Complemental strand, 4643785 - 4643521
Alignment:
Q  160 aatgtaacttggaatttcaaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtgatagag 259  Q
    |||||||||||||||||  | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||| |  ||||||||||||||||    
T  4643785 aatgtaacttggaattttgaggttgattctggttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatccggatataacaaataaaggtgatagag 4643686  T
Q  260 tttttcagatatttatcaatgatattttggctgaacaatacgctgatgtgattacatgggctggtgctcctttggttcctgttcataaggattatgctgt 359  Q
    | ||||||||||| ||  || | | ||||| |||| || | || ||||||||    |||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||  |    
T  4643685 tctttcagatattcatagataacactttggttgaagaaaaggcggatgtgatagggtggagtggtgctcgtttggttcctgttcataaggattatgcaat 4643586  T
Q  360 gactatgcactctgaagaaggaagcactcaaattgaaagagttaatatttctattaagcttcaac 424  Q
    | ||||| ||| | ||||||||||| ||||| ||||||||| |||| |||| || ||||||||||    
T  4643585 gtctatggactatcaagaaggaagctctcaacttgaaagagctaatctttcaatcaagcttcaac 4643521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 81; E-Value: 7e-38
Query Start/End: Original strand, 179 - 426
Target Start/End: Complemental strand, 4647619 - 4647381
Alignment:
Q  179 aagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtgatagagtttttcagatatttatcaa 278  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||   | ||| ||||||  |||||||| ||||||||| || |||||  |    
T  4647619 aagttgattctggttttacttatatggtaaggttac--ttttgtgagtttgattgacatataaagaattcaggtgatacagtttttcatatgtttataga 4647522  T
Q  279 tgatattttggctgaacaatacgctgatgtgattacatgggctggtgctcctttggttcctgttcataaggattatgc-tgtgactatgcactctgaaga 377  Q
    |||||||||||||||||| || |||||||||||| |||||||||||||||        |||||  ||||||||| ||| |||   |||| ||||| |||     
T  4647521 tgatattttggctgaacattatgctgatgtgattgcatgggctggtgctc--------cctgtcaataaggattgtgcttgttcatatgtactctcaagg 4647430  T
Q  378 aggaagcactcaaattgaaagagttaatatttctattaagcttcaacga 426  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||||    
T  4647429 aggaaggaatcaaattgaaagagttaatctttcaatcaagcttcaacga 4647381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 67 - 140
Target Start/End: Complemental strand, 4672910 - 4672837
Alignment:
Q  67 aactatttaaacaataccattcccaaatacactgcaccagaagctgtatactttactgcaagaagttatggaat 140  Q
    |||| |||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||    
T  4672910 aactttttaaacaataccattccaaattacactgcaccagaagctgtttacgtaactgcaagaagttatggaat 4672837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 59 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 4643922 - 4643848
Alignment:
Q  59 atcatccaaactatttaaacaataccattcccaaatacactgcaccagaagctgtatactttactgcaagaagtt 133  Q
    |||||| |||||||||||| ||| ||||||| || |||||||||||||||||||| || || |||||||||||||    
T  4643922 atcatctaaactatttaaaaaatgccattccaaattacactgcaccagaagctgtttatttaactgcaagaagtt 4643848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 200; Significance: 1e-109; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 67 - 494
Target Start/End: Original strand, 18925630 - 18926057
Alignment:
Q  67 aactatttaaacaataccattcccaaatacactgcaccagaagctgtatactttactgcaagaagttatggaatggatgtgacagaggattataatgtaa 166  Q
    |||||| |||||||||||||||| || ||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  18925630 aactatataaacaataccattccaaactacacggcaccagaagttgtatacttaactgcaagaagttatggaatggatgcgacaaaggattataatgtaa 18925729  T
Q  167 cttggaatttcaaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtgatagagtttttca 266  Q
    ||||||||||  |||||||||||   ||||||||| ||||||| || |||||||| |||||||||  || ||| |||||| |||||||||||||||||||    
T  18925730 cttggaattttgaagttgattctgcctttacttatttggtaagattgcatttttgcgagtttgattggcatataaagaatcaaggtgatagagtttttca 18925829  T
Q  267 gatatttatcaatgatattttggctgaacaatacgctgatgtgattacatgggctggtgctcctttggttcctgttcataaggattatgctgtgactatg 366  Q
    ||| |||||  |||||| ||||||||||| | | ||||||||||||   |||  |||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  18925830 gatttttatagatgataatttggctgaacgaaatgctgatgtgattcattggagtggtgctcgtatggttcctgttcataaggattatgttgtgactatg 18925929  T
Q  367 cactctgaagaaggaagcactcaaattgaaagagttaatatttctattaagcttcaacgagaaccagaaagtatctacacaaattaccgtgatgtcataa 466  Q
     |||||  |||||||||| | |||||| ||||||||||| |||| || ||||| ||||||| |||||||| ||||||| |||| |||||| |||||| |     
T  18925930 tactctcgagaaggaagctcgcaaattaaaagagttaatctttcaataaagctacaacgagcaccagaaaatatctactcaaaataccgtaatgtcacat 18926029  T
Q  467 tgaatggaattgagattttcaaaataag 494  Q
    ||||||| || |||||||| ||||||||    
T  18926030 tgaatgggatcgagattttgaaaataag 18926057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University