View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21375_high_1 (Length: 686)

Name: NF21375_high_1
Description: NF21375
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21375_high_1
NF21375_high_1
[»] chr5 (40 HSPs)
chr5 (117-477)||(10605211-10605571)
chr5 (117-493)||(10746406-10746773)
chr5 (124-493)||(10581461-10581830)
chr5 (115-493)||(10565460-10565838)
chr5 (117-477)||(10612169-10612529)
chr5 (112-493)||(10739800-10740181)
chr5 (117-491)||(10716365-10716727)
chr5 (124-477)||(10762231-10762584)
chr5 (111-288)||(11048241-11048418)
chr5 (509-671)||(11048066-11048244)
chr5 (130-451)||(10651619-10651940)
chr5 (1-107)||(11048548-11048654)
chr5 (133-486)||(7193481-7193834)
chr5 (130-495)||(10659458-10659823)
chr5 (127-475)||(9835721-9836069)
chr5 (167-475)||(9827352-9827660)
chr5 (133-450)||(10587895-10588194)
chr5 (130-492)||(10559370-10559732)
chr5 (1-83)||(10652117-10652199)
chr5 (1-83)||(10660000-10660082)
chr5 (9-107)||(10746906-10747004)
chr5 (130-491)||(19605243-19605604)
chr5 (314-410)||(10760796-10760892)
chr5 (1-80)||(7193217-7193296)
chr5 (1-83)||(10740614-10740696)
chr5 (1-79)||(10216668-10216746)
chr5 (130-211)||(9825523-9825604)
chr5 (3-80)||(10588348-10588425)
chr5 (1-81)||(10565239-10565319)
chr5 (377-463)||(10551520-10551606)
chr5 (9-78)||(10716860-10716929)
chr5 (134-190)||(10551280-10551336)
chr5 (550-613)||(10565949-10566012)
chr5 (1-60)||(10763071-10763130)
chr5 (33-83)||(9836243-9836293)
chr5 (1-75)||(19605788-19605862)
chr5 (433-490)||(9849623-9849680)
chr5 (1-78)||(10604964-10605041)
chr5 (124-160)||(10216487-10216523)
chr5 (35-83)||(10611956-10612004)
[»] chr6 (10 HSPs)
chr6 (124-477)||(12958523-12958876)
chr6 (124-477)||(12907635-12907988)
chr6 (126-477)||(12932726-12933077)
chr6 (124-477)||(12900015-12900371)
chr6 (124-477)||(12949078-12949417)
chr6 (3-79)||(12899784-12899860)
chr6 (9-79)||(12932499-12932569)
chr6 (9-79)||(12948864-12948934)
chr6 (9-79)||(12907410-12907480)
chr6 (1-79)||(12958290-12958368)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (124-477)||(17922808-17923161)
chr2 (9-79)||(17923322-17923392)
[»] scaffold0692 (2 HSPs)
scaffold0692 (124-304)||(7738-7918)
scaffold0692 (1-79)||(7505-7583)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (377-477)||(31466548-31466648)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (9-61)||(39875829-39875881)
chr1 (9-61)||(39883952-39884004)
chr1 (9-61)||(39890906-39890958)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 205; Significance: 1e-112; HSPs: 40)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 117 - 477
Target Start/End: Original strand, 10605211 - 10605571
Alignment:
Q  117 ctttttctacatgttttagagtatggaatgggttttgaagtgtccacgtgtggtgacatgtatagctttggaatccttatgttggaaattcttaccggta 216  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||    
T  10605211 ctttttctacatgtttcagagtatggaatgggttctgaagtgtctatatgtggtgacatgtatagctttggaatcctgatgttggaaatacttactggta 10605310  T
Q  217 gaagacccgctaatgaagtttttgaagatggtcaaaatctgcataactttgttgcaatttcatttcctgataatcttaaaacgattttagaccgacgtct 316  Q
    | |||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||  |||||| |||| ||  ||    
T  10605311 ggagacccactgatgaagtttttcaagatggtcaaaatctgcataactttgttgcaacttcatttcctgataatattaaagagattttggacccacacct 10605410  T
Q  317 tatatcaagagatgtagaagtagcaatagaagatgaaaattgtgagaatcttaatccaagtgtagaggagtgcttagtttcactttttaggattggactt 416  Q
    | || |||||||||||||||||||||||||| ||| |||   |  |||||||| |||||| |||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||    
T  10605411 tgtaacaagagatgtagaagtagcaatagaaaatggaaaccatacgaatcttattccaagggtagaggaatccttagtttcactttttagaattggactt 10605510  T
Q  417 atttgtacaatggaatcaccaaaagaaagaatgaatattgtggatgtcactagagagctta 477  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||    
T  10605511 atttgttcaatggaatcaccgaaagaaagaatgaatattatggatgttactaaagagctta 10605571  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 117 - 493
Target Start/End: Complemental strand, 10746773 - 10746406
Alignment:
Q  117 ctttttctacatgttttagagtatggaatgggttttgaagtgtccacgtgtggtgacatgtatagctttggaatccttatgttggaaattcttaccggta 216  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||    
T  10746773 cttttgctacatgttttagagtatggaatgggttctgaagtgtccacatatggtgatatgtatagctttggaatccttatgctggaaatgcttactggta 10746674  T
Q  217 gaagacccgctaatgaagtttttgaagatggtcaaaatctgcataactttgttgcaatttcatttcctgataatcttaaaacgattttagaccgacgtct 316  Q
    |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||| ||  || || ||||  | |||    
T  10746673 gaagacccactgatgaagtttttgaagatggtcaaaatctgcataactttgttgcaatatcgtttcctgataatcttataaatatcttggacccgcatct 10746574  T
Q  317 tatatcaagagatgtagaagtagcaatagaagatgaaaattgtgagaatcttaatccaagtgtagaggagtgcttagtttcactttttaggattggactt 416  Q
    | |||||||||||         ||| ||||||||| |||   ||||||||||| ||||| |||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  10746573 tctatcaagagat---------gcagtagaagatggaaacaatgagaatcttattccaactgtaaaagagtgtttagtttcactttttaggattggactt 10746483  T
Q  417 atttgtacaatggaatcaccaaaagaaagaatgaatattgtggatgtcactagagagcttagcataatcagaaaggc 493  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  10746482 atttgtacaattgaatcaccaaaagaaagaatgaatactgtggatgtcactagagagctcaacataatcagaaaggc 10746406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 124 - 493
Target Start/End: Original strand, 10581461 - 10581830
Alignment:
Q  124 tacatgttttagagtatggaatgggttttgaagtgtccacgtgtggtgacatgtatagctttggaatccttatgttggaaattcttaccggtagaagacc 223  Q
    |||||| |||||||||||| ||||||| |||||| ||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  10581461 tacatgctttagagtatgggatgggttctgaagtatctgcatgtggtgacatgtatagctttggaatccttatgttggaaatgcttaccggtagaagacc 10581560  T
Q  224 cgctaatgaagtttttgaagatggtcaaaatctgcataactttgttgcaatttcatttcctgataatcttaaaacgattttagaccgacgtcttatatca 323  Q
    | || || | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |  ||||| |||| || |||| |||||    
T  10581561 cactgatcacgcttttgaagatggtcaaaatctgcataactttgttgcaatatcatttcctgctaatcttaagaaaattttggacccacatcttttatca 10581660  T
Q  324 agagatgtagaagtagcaatagaagatgaaaattgtgagaatcttaatccaagtgtagaggagtgcttagtttcactttttaggattggacttatttgta 423  Q
    || || | |||||||| ||| ||||||| ||||  ||||||||||| ||||  || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||     
T  10581661 agggacgcagaagtagaaatggaagatggaaatcttgagaatcttattccagctgcaaaggagtgcttagtttcactttttaggattggacttatgtgtt 10581760  T
Q  424 caatggaatcaccaaaagaaagaatgaatattgtggatgtcactagagagcttagcataatcagaaaggc 493  Q
    ||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||   || ||||||||| ||||||||||||||    
T  10581761 caatggagtcaccaaaagaaagactgaatattgaggatgtatgtatagagcttagtataatcagaaaggc 10581830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 183; E-Value: 1e-98
Query Start/End: Original strand, 115 - 493
Target Start/End: Original strand, 10565460 - 10565838
Alignment:
Q  115 aactttttctacatgttttagagtatggaatgggttttgaagtgtccacgtgtggtgacatgtatagctttggaatccttatgttggaaattcttaccgg 214  Q
    |||||||  ||||||||||||||||||| ||||||  |||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  10565460 aacttttgttacatgttttagagtatgggatgggtgctgaagtatccacatgtggtgatatgtatagctttggaatctttatgttggaaatgcttaccgg 10565559  T
Q  215 tagaagacccgctaatgaagtttttgaagatggtcaaaatctgcataactttgttgcaatttcatttcctgataatcttaaaacgattttagaccgacgt 314  Q
    |||||||||| || || | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| | |||||| |||| || |    
T  10565560 tagaagacccactgatcacgcttttgaagatggtcaaaatctgcataactttgttgcaatatcatttcctggtaatcttaagaagattttggacccacat 10565659  T
Q  315 cttatatcaagagatgtagaagtagcaatagaagatgaaaattgtgagaatcttaatccaagtgtagaggagtgcttagtttcactttttaggattggac 414  Q
    ||| ||||||  |||| |||||| | |||  |||||| ||||  ||||||||||| ||||  || | |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10565660 cttttatcaatggatgcagaagttgaaatgaaagatggaaatcatgagaatcttattccacctgcaaaggagtgcttagtttcactttttaggattggac 10565759  T
Q  415 ttatttgtacaatggaatcaccaaaagaaagaatgaatattgtggatgtcactagagagcttagcataatcagaaaggc 493  Q
    |||| ||| ||||||| ||||||||||||||||| || |||| || |||   |||||||||||| ||||||||||||||    
T  10565760 ttatgtgttcaatggagtcaccaaaagaaagaatcaacattgaggttgtatgtagagagcttagtataatcagaaaggc 10565838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 181; E-Value: 2e-97
Query Start/End: Original strand, 117 - 477
Target Start/End: Original strand, 10612169 - 10612529
Alignment:
Q  117 ctttttctacatgttttagagtatggaatgggttttgaagtgtccacgtgtggtgacatgtatagctttggaatccttatgttggaaattcttaccggta 216  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| ||||||  |||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  10612169 cttttgctacatgttttagagtatgggatgggtgctgaagtatccacatgtggtgatatgtatagctttggaatccttatgttggaaatgcttaccggta 10612268  T
Q  217 gaagacccgctaatgaagtttttgaagatggtcaaaatctgcataactttgttgcaatttcatttcctgataatcttaaaacgattttagaccgacgtct 316  Q
    |||||||| || |||| |  |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||     ||||||| |||||||| || ||| || |||| || |||    
T  10612269 gaagacccactgatgaggcatttgaagatgatcaaaatctacataactttgttgcaacactgtttcctgctaatcttataaagatcttggacccacatct 10612368  T
Q  317 tatatcaagagatgtagaagtagcaatagaagatgaaaattgtgagaatcttaatccaagtgtagaggagtgcttagtttcactttttaggattggactt 416  Q
    | | |||| | ||| |||||||| |||| |||||| |||  |||||||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10612369 tgtgtcaaaatatgcagaagtagaaatacaagatggaaagagtgagaatcttattccaagtttaaaggagtgcttagtttcactttttaggattggactt 10612468  T
Q  417 atttgtacaatggaatcaccaaaagaaagaatgaatattgtggatgtcactagagagctta 477  Q
     ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  10612469 ctttgttcaatggaatcacccaaagaaagaatgaatattgtggatgttactagagaactta 10612529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 170; E-Value: 7e-91
Query Start/End: Original strand, 112 - 493
Target Start/End: Complemental strand, 10740181 - 10739800
Alignment:
Q  112 aacaactttttctacatgttttagagtatggaatgggttttgaagtgtccacgtgtggtgacatgtatagctttggaatccttatgttggaaattcttac 211  Q
    |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  10740181 aacaacttttgctgcatgttttagagtatggaatgggttctgaagtgtcaacatctggtgacatgtatagctttggaatccttatgttggaaatacttac 10740082  T
Q  212 cggtagaagacccgctaatgaagtttttgaagatggtcaaaatctgcataactttgttgcaatttcatttcctgataatcttaaaacgattttagaccga 311  Q
    ||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||| ||||||| |||  ||| |  |||||| |||| |    
T  10740081 cggtagaagacccactgatgaagtttttcaagatggtcaaaatctacataactttgtagcaacttcgtttcctggtaacattatagagattttggaccca 10739982  T
Q  312 cgtcttatatcaagagatgtagaagtagcaatagaagatgaaaattgtgagaatcttaatccaagtgtagaggagtgcttagtttcactttttaggattg 411  Q
    | ||||  | ||||||||||||||||| ||||| |||||| |||  | | || |||   |||  | |||||||| | |||||||||||||||||| ||||    
T  10739981 catcttgaagcaagagatgtagaagtaacaatacaagatggaaaccgagcgattctagttcctggggtagaggaatccttagtttcactttttagaattg 10739882  T
Q  412 gacttatttgtacaatggaatcaccaaaagaaagaatgaatattgtggatgtcactagagagcttagcataatcagaaaggc 493  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| | |  |||||||| || |||| |||||||    
T  10739881 gacttatttgttcaatggaatcaccgaaagaaagaatgaatattatggatgttaatcaagagcttaacacaatccgaaaggc 10739800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 169; E-Value: 3e-90
Query Start/End: Original strand, 117 - 491
Target Start/End: Complemental strand, 10716727 - 10716365
Alignment:
Q  117 ctttttctacatgttttagagtatggaatgggttttgaagtgtccacgtgtggtgacatgtatagctttggaatccttatgttggaaattcttaccggta 216  Q
    ||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  10716727 cttttgctacatgtttcagagtatggaatgggttctgaagtgtccacatgtggtgacatgtatagctttggaatccttatgttggaaatgcttaccggta 10716628  T
Q  217 gaagacccgctaatgaagtttttgaagatggtcaaaatctgcataactttgttgcaatttcatttcctgataatcttaaaacgattttagaccgacgtct 316  Q
    |||||||| || ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||| || |||||| || | || |||    
T  10716627 gaagacccactgatgaattttttcaagatggtcaaaatctgcataactttgttgcatcttcatttcctgacaatcttataaagattttggatccacatct 10716528  T
Q  317 tatatcaagagatgtagaagtagcaatagaagatgaaaattgtgagaatcttaatccaagtgtagaggagtgcttagtttcactttttaggattggactt 416  Q
    | |||||||||||| |||||     || ||||   |       |||||||||| |||    ||| | || ||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  10716527 tgtatcaagagatgcagaag-----atggaagcata-------gagaatcttattcctgcggtaaatgaatgcttagtttctcttttcaggattggactt 10716440  T
Q  417 atttgtacaatggaatcaccaaaagaaagaatgaatattgtggatgtcactagagagcttagcataatcagaaag 491  Q
     ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  10716439 gtttgtacaatggaatcaccgatagaaagaatgaatattatggatgtcactagagagctcaacataatcagaaag 10716365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 158; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 124 - 477
Target Start/End: Complemental strand, 10762584 - 10762231
Alignment:
Q  124 tacatgttttagagtatggaatgggttttgaagtgtccacgtgtggtgacatgtatagctttggaatccttatgttggaaattcttaccggtagaagacc 223  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || | |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||| |||||||||||    
T  10762584 tacatgttttagagtatggaatgggttctgaagtgtcaacatctggtgacatgtatagctttggagtccttatgttgaaaatacttactggtagaagacc 10762485  T
Q  224 cgctaatgaagtttttgaagatggtcaaaatctgcataactttgttgcaatttcatttcctgataatcttaaaacgattttagaccgacgtcttatatca 323  Q
    | || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||| |||  ||| |   ||||| |||| || ||||  | ||    
T  10762484 cactgatgaagtttttcaagatggtcaaaatctgcataactttgtagcagcttcatttcctggtaacattatagatattttggacccacatcttgaagca 10762385  T
Q  324 agagatgtagaagtagcaatagaagatgaaaattgtgagaatcttaatccaagtgtagaggagtgcttagtttcactttttaggattggacttatttgta 423  Q
    ||||||||||||||| ||| | |||||| |||  | | || ||||| | || | |||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||||     
T  10762384 agagatgtagaagtaacaaaacaagatggaaaccgagcgattcttattgcaggggtagaggaatccttagtttcactttttagaattggacttatttgtt 10762285  T
Q  424 caatggaatcaccaaaagaaagaatgaatattgtggatgtcactagagagctta 477  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||  ||||||||    
T  10762284 caatggaatcaccgaaagaaagaatgaatattatggatgttactcaagagctta 10762231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 154; E-Value: 2e-81
Query Start/End: Original strand, 111 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 11048418 - 11048241
Alignment:
Q  111 caacaactttttctacatgttttagagtatggaatgggttttgaagtgtccacgtgtggtgacatgtatagctttggaatccttatgttggaaattctta 210  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  11048418 caacaactttttctacatgttttagagtatggaatgggttctgaagtgtccacgtgtggtgacatgtatagctttggaatccttatgttggaaatgctta 11048319  T
Q  211 ccggtagaagacccgctaatgaagtttttgaagatggtcaaaatctgcataactttgttgcaatttcatttcctgata 288  Q
    |||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  11048318 ccggtagaagacccacccatgaagtttttgaagatggtcaaaatctgcataactttgttgcaatttcacttcctgata 11048241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 509 - 671
Target Start/End: Complemental strand, 11048244 - 11048066
Alignment:
Q  509 gatacttgacactttttctcctcattaattgattgcatatcaaaattcctaacctacaaaatacaaaggcaataacgagcttcctcttgatttgaatttc 608  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  11048244 gatacttaacactttttctcctcattaattgattgcatatcaaaatttctaacctacaaaatacaaaggcaataacaagcttcctcttgatttgaatttc 11048145  T
Q  609 aggtgttcac----------------actaaatttataaggtcatttgtgggagaagaagtgtctagctggaagcgtgt 671  Q
    ||||||||||                |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11048144 aggtgttcacactcataagtaattgaactaaatttataaggtcatttgtgggagaagaagtgtctagctggaagcgtgt 11048066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 102; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 130 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 10651940 - 10651619
Alignment:
Q  130 ttttagagtatggaatgggttttgaagtgtccacgtgtggtgacatgtatagctttggaatccttatgttggaaattcttaccggtagaagacccgctaa 229  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| | ||||| | |||||||||||||||||| ||  | |||||||||||||| |||||||| ||||||||  |  |    
T  10651940 ttttagagtatggaatgggttctgaaatatccacatatggtgacatgtatagcttcggggtgcttatgttggaaatgcttaccggaagaagaccaacaga 10651841  T
Q  230 tgaagtttttgaagatggtcaaaatctgcataactttgttgcaatttcatttcctgataatcttaaaacgattttagaccgacgtcttatatcaagagat 329  Q
    || | | |||||||| ||||||||| ||||||  ||||||| ||||||||||||| ||||| ||| |  |||||| || | || |||| || ||||| ||    
T  10651840 tggaatgtttgaagaaggtcaaaatttgcatatgtttgttggaatttcatttcctaataatattatacagattttggatccacatcttgtaccaagaaat 10651741  T
Q  330 gtagaagtagcaatagaagatgaaaattgtgagaatcttaatccaagtgtagaggagtgcttagtttcactttttaggattggacttatttgtacaatgg 429  Q
    | ||||| || ||||||||| | ||| ||||  ||| | | ||||| ||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||  |||| || ||     
T  10651740 gaagaagaagaaatagaagaaggaaactgtggaaatttcactccaactgtagagaagtgtttagtttcacttttcaggattggacttgcttgttcagtga 10651641  T
Q  430 aatcaccaaaagaaagaatgaa 451  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  10651640 aatcaccaaaagaaagaatgaa 10651619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 99; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 1 - 107
Target Start/End: Complemental strand, 11048654 - 11048548
Alignment:
Q  1 tctaaaggcaagtaatgttcttcttaacgacgacatggttgctcttgtgagtgattttggcattgcaaaacttgtctcagccaccgatggcaatactagt 100  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11048654 tctaaagccaagtaatgttcttcttaacgacgacatggttgctcatgtgagtgattttggcattgcaaaacttgtctcagccaccgatggcaatactagt 11048555  T
Q  101 acaattg 107  Q
    |||||||    
T  11048554 acaattg 11048548  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 98; E-Value: 6e-48
Query Start/End: Original strand, 133 - 486
Target Start/End: Original strand, 7193481 - 7193834
Alignment:
Q  133 tagagtatggaatgggttttgaagtgtccacgtgtggtgacatgtatagctttggaatccttatgttggaaattcttaccggtagaagacccgctaatga 232  Q
    |||| ||||||||||||| |||||| || || | |||||| ||||||||||| || || ||| ||||||||||||||||||| || ||||| |   ||||    
T  7193481 tagaatatggaatgggttctgaagtatctacatatggtgatatgtatagcttcgggatgcttttgttggaaattcttaccggaaggagaccggtagatga 7193580  T
Q  233 agtttttgaagatggtcaaaatctgcataactttgttgcaatttcatttcctgataatcttaaaacgattttagaccgacgtcttatatcaagagatgta 332  Q
    | | |||||  ||||||||||||| | ||  ||||||| |||||| || ||| ||||||||| |   ||||| |||| |  |||| || ||||| || ||    
T  7193581 aatgtttgacaatggtcaaaatctacgtatttttgttgaaatttcgttgcctaataatcttatacatattttggacccaaatcttgtaccaagaaatata 7193680  T
Q  333 gaagtagcaatagaagatgaaaattgtgagaatcttaatccaagtgtagaggagtgcttagtttcactttttaggattggacttatttgtacaatggaat 432  Q
    |||| | |||||||||||| |||  |||  ||| | | ||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||| || ||||||    
T  7193681 gaagcaacaatagaagatggaaacagtggaaatttcactccaaatgtagagaagtgcgtagtttcactttttaggattggacttgcttgttcagtggaat 7193780  T
Q  433 caccaaaagaaagaatgaatattgtggatgtcactagagagcttagcataatca 486  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||  | ||||||||||    
T  7193781 caccaaaagaaagaatgaatatagtggatgtcatcagagacttaagcataatca 7193834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 94; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 130 - 495
Target Start/End: Complemental strand, 10659823 - 10659458
Alignment:
Q  130 ttttagagtatggaatgggttttgaagtgtccacgtgtggtgacatgtatagctttggaatccttatgttggaaattcttaccggtagaagacccgctaa 229  Q
    ||||||||||||||||||||| |||  | |||||   |||||||||||||||||| ||  | ||| |||||||||| |||||||| ||||||||  |  |    
T  10659823 ttttagagtatggaatgggttctgagatatccacacatggtgacatgtatagcttcggggtgcttctgttggaaatgcttaccggaagaagaccaacgga 10659724  T
Q  230 tgaagtttttgaagatggtcaaaatctgcataactttgttgcaatttcatttcctgataatcttaaaacgattttagaccgacgtcttatatcaagagat 329  Q
    |||| | |||||||| ||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||  ||||| ||  |  |||||| |||| || |||| || ||||| ||    
T  10659723 tgaaatgtttgaagagggtcaaaatctgcatatatttgttgaaatttcatttccaaataatattttacagattttggacccacatcttgtaccaagaaat 10659624  T
Q  330 gtagaagtagcaatagaagatgaaaattgtgagaatcttaatccaagtgtagaggagtgcttagtttcactttttaggattggacttatttgtacaatgg 429  Q
    | |||||    ||||||||| | |||  |||  ||| |   |||||  |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||   ||| || ||     
T  10659623 gaagaagccaaaatagaagaaggaaagagtggaaatttccctccaatcgtagagaagtgcttagtttcactttttcggattggacttgcatgttcagtga 10659524  T
Q  430 aatcaccaaaagaaagaatgaatattgtggatgtcactagagagcttagcataatcagaaaggcat 495  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||| | |||||||||| ||||||||    
T  10659523 aatcaccaaaagaaagaatgaatatagttgatgtcaccagagagttaagcataatcaaaaaggcat 10659458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 93; E-Value: 6e-45
Query Start/End: Original strand, 127 - 475
Target Start/End: Complemental strand, 9836069 - 9835721
Alignment:
Q  127 atgttttagagtatggaatgggttttgaagtgtccacgtgtggtgacatgtatagctttggaatccttatgttggaaattcttaccggtagaagacccgc 226  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||  || || | ||||||||||||||||||||| || ||  ||||||||||  |||| || ||||||||  |    
T  9836069 atgttttagagtatggaatgggttctgaagcatcaacatatggtgacatgtatagctttgggatgctcgtgttggaaatgattactggaagaagacctac 9835970  T
Q  227 taatgaagtttttgaagatggtcaaaatctgcataactttgttgcaatttcatttcctgataatcttaaaacgattttagaccgacgtcttatatcaaga 326  Q
      |||||   ||||| |||||||||||||| | ||  |||| || || ||||||  ||| |||||||  |  |||||| |||| || | || || |||||    
T  9835969 agatgaaagatttgaggatggtcaaaatctacgtacgtttgctgaaagttcattagctggtaatctttcacagattttggaccaacattttgtaccaaga 9835870  T
Q  327 gatgtagaagtagcaatagaagatgaaaattgtgagaatcttaatccaagtgtagaggagtgcttagtttcactttttaggattggacttatttgtacaa 426  Q
    |||| ||||| |||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||  |||| || | |||||||||||| |||| ||||||||||||   ||| |||    
T  9835869 gatgaagaagcagcaatagaagatggaaatagtgagaatcttattccagctgtaaagaattgcttagtttcagttttaaggattggacttgcctgttcaa 9835770  T
Q  427 tggaatcaccaaaagaaagaatgaatattgtggatgtcactagagagct 475  Q
      ||||||||||||||||||||||| || || ||||| |||||||||||    
T  9835769 gagaatcaccaaaagaaagaatgaacatagtagatgttactagagagct 9835721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 167 - 475
Target Start/End: Complemental strand, 9827660 - 9827352
Alignment:
Q  167 tggtgacatgtatagctttggaatccttatgttggaaattcttaccggtagaagacccgctaatgaagtttttgaagatggtcaaaatctgcataacttt 266  Q
    ||||||||||||||||||||| || ||  ||||||||||  |||| || ||||||||  |  |||||   ||||| |||||||||||||| | ||  |||    
T  9827660 tggtgacatgtatagctttgggatgctcgtgttggaaatgattactggaagaagacctacagatgaaagatttgaggatggtcaaaatctacgtacgttt 9827561  T
Q  267 gttgcaatttcatttcctgataatcttaaaacgattttagaccgacgtcttatatcaagagatgtagaagtagcaatagaagatgaaaattgtgagaatc 366  Q
    | || || ||||||  |||||||||||  |  ||||||  ||| || | || || ||||||||| ||||| |||||||||||||| |||| |||||||||    
T  9827560 gctgaaagttcattagctgataatctttcacagattttgaaccaacattttgtaccaagagatgaagaagcagcaatagaagatggaaatagtgagaatc 9827461  T
Q  367 ttaatccaagtgtagaggagtgcttagtttcactttttaggattggacttatttgtacaatggaatcaccaaaagaaagaatgaatattgtggatgtcac 466  Q
    ||| ||||  |||| || | |||||||||||| |||| ||||||||||||   ||| |||  ||||||||||||||||||||||| || || ||||| ||    
T  9827460 ttattccagctgtaaagaattgcttagtttcagttttaaggattggacttgcctgttcaagagaatcaccaaaagaaagaatgaacatagtagatgttac 9827361  T
Q  467 tagagagct 475  Q
    |||||||||    
T  9827360 tagagagct 9827352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 133 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 10588194 - 10587895
Alignment:
Q  133 tagagtatggaatgggttttgaagtgtccacgtgtggtgacatgtatagctttggaatccttatgttggaaattcttaccggtagaagacccgctaatga 232  Q
    |||||||||||||||||| |||||| ||||| | ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||  | ||||| ||||||||| |  ||||    
T  10588194 tagagtatggaatgggttctgaagtatccacatctggtgacatgtatagctttgggatgcttatgttggaaatgatcaccggaagaagacccacagatga 10588095  T
Q  233 agtttttgaagatggtcaaaatctgcataactttgttgcaatttcatttcctgataatcttaaaacgattttagaccgacgtcttatatcaagagatgta 332  Q
    | | |||||||||||||||||||| ||||  ||||||| || ||||||||  |||||||||| |  |||||| |||| || ||||                   
T  10588094 aatgtttgaagatggtcaaaatctacatatgtttgttgaaagttcatttcaagataatcttatacagattttggacccacatctt--------------- 10588010  T
Q  333 gaagtagcaatagaagatgaaaattgtgagaatcttaatccaagtgtagaggagtgcttagtttcactttttaggattggacttatttgtacaatggaat 432  Q
       ||  |||||||||||| | ||  ||||||||||| ||||  |   ||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||  |||| |||||||||    
T  10588009 ---gtttcaatagaagatggacataatgagaatcttattccagctaaggagaagtgcttagtttcacttctaaggattggacttgcttgttcaatggaat 10587913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 130 - 492
Target Start/End: Original strand, 10559370 - 10559732
Alignment:
Q  130 ttttagagtatggaatgggttttgaagtgtccacgtgtggtgacatgtatagctttggaatccttatgttggaaattcttaccggtagaagacccgctaa 229  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| |||||   ||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||  |||| || ||||||||  || |    
T  10559370 ttttagagtatggaatgggttctgaagtttccacacatggtgacatgtatagctttgggatgcttatattggaaatgattacaggaagaagaccaactga 10559469  T
Q  230 tgaagtttttgaagatggtcaaaatctgcataactttgttgcaatttcatttcctgataatcttaaaacgattttagaccgacgtcttatatcaagagat 329  Q
    |||| | |||  |||||||||||||||||||   | ||||| || |||||||||| ||||| |||    |||||| |||| || | || || |||||||     
T  10559470 tgaaatgtttttagatggtcaaaatctgcatttgtatgttgaaaattcatttcctaataatgttatgcagattttggacccacatattgtaccaagagaa 10559569  T
Q  330 gtagaagtagcaatagaagatgaaaattgtgagaatcttaatccaagtgtagaggagtgcttagtttcactttttaggattggacttatttgtacaatgg 429  Q
    |  |||| |||||||||||||  ||      ||||||||| | ||    || |  | | |||||||||||| |||||||||||||||   ||| |  |||    
T  10559570 gaggaagcagcaatagaagatagaagcaagaagaatcttatttcattaatacataaatccttagtttcactctttaggattggacttgcatgttcggtgg 10559669  T
Q  430 aatcaccaaaagaaagaatgaatattgtggatgtcactagagagcttagcataatcagaaagg 492  Q
    |||| |||| | |||||||||||||  |||||||||||||||| || | ||| ||||||||||    
T  10559670 aatcgccaacacaaagaatgaatatattggatgtcactagagaactaaacatgatcagaaagg 10559732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 1 - 83
Target Start/End: Complemental strand, 10652199 - 10652117
Alignment:
Q  1 tctaaaggcaagtaatgttcttcttaacgacgacatggttgctcttgtgagtgattttggcattgcaaaacttgtctcagcca 83  Q
    ||||||| |||||||||| |||||| | |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  10652199 tctaaagccaagtaatgtccttcttgatgacgacatggttgctcatgtgagtgattttggcatagcaagacttgtctcagcca 10652117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 1 - 83
Target Start/End: Complemental strand, 10660082 - 10660000
Alignment:
Q  1 tctaaaggcaagtaatgttcttcttaacgacgacatggttgctcttgtgagtgattttggcattgcaaaacttgtctcagcca 83  Q
    ||||||| |||||||||| |||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  10660082 tctaaagccaagtaatgtccttcttgacgatgacatggttgctcatgtgagtgattttggcatagcaagacttgtctcagcca 10660000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #21
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 9 - 107
Target Start/End: Complemental strand, 10747004 - 10746906
Alignment:
Q  9 caagtaatgttcttcttaacgacgacatggttgctcttgtgagtgattttggcattgcaaaacttgtctcagccaccgatggcaatactagtacaattg 107  Q
    |||| ||||| |||||| | || ||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||    
T  10747004 caagcaatgtccttcttgatgatgacatggttgctcatgtgactgattttggcatagcaaaacttgtctcagccactagtggcaatactagtacaattg 10746906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #22
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 130 - 491
Target Start/End: Complemental strand, 19605604 - 19605243
Alignment:
Q  130 ttttagagtatggaatgggttttgaagtgtccacgtgtggtgacatgtatagctttggaatccttatgttggaaattcttaccggtagaagacccgctaa 229  Q
    ||||||||||||||||| ||| |||||| |||||   |||||| |||||||||||||| || ||||| |||||||| ||||| || ||||||||  |  |    
T  19605604 ttttagagtatggaatgagttctgaagtttccacacatggtgatatgtatagctttgggatgcttatattggaaatgcttacgggaagaagaccgacgga 19605505  T
Q  230 tgaagtttttgaagatggtcaaaatctgcataactttgttgcaatttcatttcctgataatcttaaaacgattttagaccgacgtcttatatcaagagat 329  Q
    |||  | |||  ||||||||||||||||| |   | ||||| ||||||||||||||||||  |||  | |||||| ||||   || || || |||||| |    
T  19605504 tgacatgtttacagatggtcaaaatctgcgtttgtatgttgaaatttcatttcctgataacattatgaagattttggacccgtgtattgtaccaagagtt 19605405  T
Q  330 gtagaagtagcaatagaagatgaaaattgtgagaatcttaatccaagtgtagaggagtgcttagtttcactttttaggattggacttatttgtacaatgg 429  Q
    | ||||| | ||||||| |||| ||    |  | |||||| | |||   | ||  | ||||| |||||  |||||||||||||||||   ||| | ||||    
T  19605404 gaagaagcaacaatagatgatggaagcaatcggcatcttatttcaacgatggataaatgctttgtttccatttttaggattggacttgcctgttcgatgg 19605305  T
Q  430 aatcaccaaaagaaagaatgaatattgtggatgtcactagagagcttagcataatcagaaag 491  Q
    |||| || ||||||||||||||||| |  |||| |||||||||||| | |||||||||||||    
T  19605304 aatctcccaaagaaagaatgaatatagaagatgccactagagagctaaacataatcagaaag 19605243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #23
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 314 - 410
Target Start/End: Complemental strand, 10760892 - 10760796
Alignment:
Q  314 tcttatatcaagagatgtagaagtagcaatagaagatgaaaattgtgagaatcttaatccaagtgtagaggagtgcttagtttcactttttaggatt 410  Q
    |||| |||||||||||||| |||||| |||| |||||| |||   || |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||    
T  10760892 tcttgtatcaagagatgtaaaagtagaaatacaagatggaaacaatgggaatcttattccaagtgtagagaagtgcttagtttcactgtttaggatt 10760796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #24
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 1 - 80
Target Start/End: Original strand, 7193217 - 7193296
Alignment:
Q  1 tctaaaggcaagtaatgttcttcttaacgacgacatggttgctcttgtgagtgattttggcattgcaaaacttgtctcag 80  Q
    ||||||| |||| ||||| |||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||    
T  7193217 tctaaagccaagcaatgtccttcttgacgatgacatggttgctcatgtgagtgattttggcatagcaagacttgtctcag 7193296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #25
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 1 - 83
Target Start/End: Complemental strand, 10740696 - 10740614
Alignment:
Q  1 tctaaaggcaagtaatgttcttcttaacgacgacatggttgctcttgtgagtgattttggcattgcaaaacttgtctcagcca 83  Q
    ||||||| |||| ||||| |||||| | || ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  10740696 tctaaagccaagcaatgtccttcttgatgatgacatggttgctcatgtgagtgattttggcatagcaagacttgtctcagcca 10740614  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #26
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 1 - 79
Target Start/End: Complemental strand, 10216746 - 10216668
Alignment:
Q  1 tctaaaggcaagtaatgttcttcttaacgacgacatggttgctcttgtgagtgattttggcattgcaaaacttgtctca 79  Q
    ||||||| |||| ||||||||||| || || ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| | ||||||||    
T  10216746 tctaaagccaagcaatgttcttctgaatgatgacatggttgctcatgtgagtgattttggcatagcaacatttgtctca 10216668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #27
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 130 - 211
Target Start/End: Original strand, 9825523 - 9825604
Alignment:
Q  130 ttttagagtatggaatgggttttgaagtgtccacgtgtggtgacatgtatagctttggaatccttatgttggaaattcttac 211  Q
    |||||||||||||||||| || | |||| ||||| | |||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||| |||||    
T  9825523 ttttagagtatggaatggattctaaagtttccacttatggtgacatgtatagctttggaattcctatattggaaatgcttac 9825604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #28
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 3 - 80
Target Start/End: Complemental strand, 10588425 - 10588348
Alignment:
Q  3 taaaggcaagtaatgttcttcttaacgacgacatggttgctcttgtgagtgattttggcattgcaaaacttgtctcag 80  Q
    ||||| |||| || || |||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||    
T  10588425 taaagccaagcaacgtccttcttgacgatgacatggttgctcatgtgagtgattttggcatagcaagacttgtctcag 10588348  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #29
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 1 - 81
Target Start/End: Original strand, 10565239 - 10565319
Alignment:
Q  1 tctaaaggcaagtaatgttcttcttaacgacgacatggttgctcttgtgagtgattttggcattgcaaaacttgtctcagc 81  Q
    ||||||| |||| ||| | |||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||    
T  10565239 tctaaagccaagcaatatccttcttgacgatgacatggttgctcatgtgagtgattttggcatagcaagactcgtctcagc 10565319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #30
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 377 - 463
Target Start/End: Original strand, 10551520 - 10551606
Alignment:
Q  377 tgtagaggagtgcttagtttcactttttaggattggacttatttgtacaatggaatcaccaaaagaaagaatgaatattgtggatgt 463  Q
    ||||||| | || ||| |||||||| ||||||||| ||||  |||| || |||||||||||||||||||||||||||| || |||||    
T  10551520 tgtagagaaatgtttactttcacttcttaggattgcactttcttgttcagtggaatcaccaaaagaaagaatgaatatggttgatgt 10551606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #31
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 9 - 78
Target Start/End: Complemental strand, 10716929 - 10716860
Alignment:
Q  9 caagtaatgttcttcttaacgacgacatggttgctcttgtgagtgattttggcattgcaaaacttgtctc 78  Q
    |||| ||||| |||||| | || ||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||    
T  10716929 caagcaatgtccttcttgatgatgacatggttgctcatgtgactgattttggcatagcaaaacttgtctc 10716860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #32
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 134 - 190
Target Start/End: Original strand, 10551280 - 10551336
Alignment:
Q  134 agagtatggaatgggttttgaagtgtccacgtgtggtgacatgtatagctttggaat 190  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| ||    |||||||||||||||||||||||    
T  10551280 agagtatggaatgggttttgaggtgtcaactgaaggtgacatgtatagctttggaat 10551336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #33
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 550 - 613
Target Start/End: Original strand, 10565949 - 10566012
Alignment:
Q  550 aaaattcctaacctacaaaatacaaaggcaataacgagcttcctcttgatttgaatttcaggtg 613  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| || ||||| |   ||| |||||||||||||||||||||    
T  10565949 aaaattcctaaactacaaaatacaatggtaataatggatttcttcttgatttgaatttcaggtg 10566012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #34
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 60
Target Start/End: Complemental strand, 10763130 - 10763071
Alignment:
Q  1 tctaaaggcaagtaatgttcttcttaacgacgacatggttgctcttgtgagtgattttgg 60  Q
    ||||||| |||| ||||| |||||| | || ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  10763130 tctaaagccaagcaatgtccttcttgatgatgacatggttgctcatgtgagtgattttgg 10763071  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #35
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 33 - 83
Target Start/End: Complemental strand, 9836293 - 9836243
Alignment:
Q  33 acatggttgctcttgtgagtgattttggcattgcaaaacttgtctcagcca 83  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||||||| |||| |||| |||||||||    
T  9836293 acatggttgctcacgtgagtgattttggcatagcaagacttatctcagcca 9836243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #36
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 1 - 75
Target Start/End: Complemental strand, 19605862 - 19605788
Alignment:
Q  1 tctaaaggcaagtaatgttcttcttaacgacgacatggttgctcttgtgagtgattttggcattgcaaaacttgt 75  Q
    ||||||| |||| ||||| ||| || ||||||| || ||||| | |||||||||||||||||| |||| ||||||    
T  19605862 tctaaagccaagcaatgtccttattgacgacgatatcgttgcacatgtgagtgattttggcatagcaagacttgt 19605788  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #37
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 433 - 490
Target Start/End: Complemental strand, 9849680 - 9849623
Alignment:
Q  433 caccaaaagaaagaatgaatattgtggatgtcactagagagcttagcataatcagaaa 490  Q
    |||| |||| |||||||||||   ||||||||||||||||||| | ||||||||||||    
T  9849680 caccgaaagcaagaatgaatacaatggatgtcactagagagctaaacataatcagaaa 9849623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #38
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 78
Target Start/End: Original strand, 10604964 - 10605041
Alignment:
Q  1 tctaaaggcaagtaatgttcttcttaacgacgacatggttgctcttgtgagtgattttggcattgcaaaacttgtctc 78  Q
    ||||||| |||| ||||| || ||| | || || |||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||| |||||    
T  10604964 tctaaagccaagcaatgtcctacttgatgatgatatggttgctcatgtgagtgattttggcatagcaagactggtctc 10605041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #39
Raw Score: 29; E-Value: 0.000001
Query Start/End: Original strand, 124 - 160
Target Start/End: Complemental strand, 10216523 - 10216487
Alignment:
Q  124 tacatgttttagagtatggaatgggttttgaagtgtc 160  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  10216523 tacatattttagagtatggaatgggtgttgaagtgtc 10216487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #40
Raw Score: 29; E-Value: 0.000001
Query Start/End: Original strand, 35 - 83
Target Start/End: Original strand, 10611956 - 10612004
Alignment:
Q  35 atggttgctcttgtgagtgattttggcattgcaaaacttgtctcagcca 83  Q
    |||||||| | |||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||    
T  10611956 atggttgcacatgtgagtgattttggcatagcaagacttgtctcggcca 10612004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 198; Significance: 1e-107; HSPs: 10)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 198; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 124 - 477
Target Start/End: Original strand, 12958523 - 12958876
Alignment:
Q  124 tacatgttttagagtatggaatgggttttgaagtgtccacgtgtggtgacatgtatagctttggaatccttatgttggaaattcttaccggtagaagacc 223  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||  ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||    
T  12958523 tacatgttttagagtatgggatgggttcagaagtatccacatgtggtgacatgtatagctttggaatccttatgctggaaatgcttactggtagaagacc 12958622  T
Q  224 cgctaatgaagtttttgaagatggtcaaaatctgcataactttgttgcaatttcatttcctgataatcttaaaacgattttagaccgacgtcttatatca 323  Q
    | || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| | || ||| || || | || |||| || ||    
T  12958623 cactgatgaactttttgaagatggtcaaaatctgcataactttgttacaaattcatttcctgataatctaataaagatgttggatccacatcttttacca 12958722  T
Q  324 agagatgtagaagtagcaatagaagatgaaaattgtgagaatcttaatccaagtgtagaggagtgcttagtttcactttttaggattggacttatttgta 423  Q
    |||| || ||| | ||||| |||||||| ||||  ||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||     
T  12958723 agagctgaagatggagcaagagaagatggaaatcatgagattcttattccaactgtagaggagtgcttagtttcactttttaggattggacttttatgtt 12958822  T
Q  424 caatggaatcaccaaaagaaagaatgaatattgtggatgtcactagagagctta 477  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  12958823 cattggaatcaccaaaagaaagaatgaatattgtcgatgtcactagagagctta 12958876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 124 - 477
Target Start/End: Original strand, 12907635 - 12907988
Alignment:
Q  124 tacatgttttagagtatggaatgggttttgaagtgtccacgtgtggtgacatgtatagctttggaatccttatgttggaaattcttaccggtagaagacc 223  Q
    ||||| |||||||||||||  ||||||  ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||    
T  12907635 tacatattttagagtatggggtgggttcagaagtatccacttgtggtgacatgtatagctttggaatccttatgctggaaatgcttactggtagaagacc 12907734  T
Q  224 cgctaatgaagtttttgaagatggtcaaaatctgcataactttgttgcaatttcatttcctgataatcttaaaacgattttagaccgacgtcttatatca 323  Q
    | || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || |||||| || | || |||| || ||    
T  12907735 cactgatgaactttttgaagatggtcaaaatctgcataactttgttacaatttcatttcctgataatcttataaagattttggatccacatcttttacca 12907834  T
Q  324 agagatgtagaagtagcaatagaagatgaaaattgtgagaatcttaatccaagtgtagaggagtgcttagtttcactttttaggattggacttatttgta 423  Q
    |||| || ||||| || ||||||||||| || |  ||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| | |||     
T  12907835 agagctgaagaaggaggaatagaagatggaattcatgagattcttattccaaatgtagaggagtgcttaacttcactttttaggattggacttttatgtt 12907934  T
Q  424 caatggaatcaccaaaagaaagaatgaatattgtggatgtcactagagagctta 477  Q
    || |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||    
T  12907935 cattggaatcaacaaaagaaagaatgaatattgtagatgtcaatagagagctta 12907988  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 184; E-Value: 3e-99
Query Start/End: Original strand, 126 - 477
Target Start/End: Original strand, 12932726 - 12933077
Alignment:
Q  126 catgttttagagtatggaatgggttttgaagtgtccacgtgtggtgacatgtatagctttggaatccttatgttggaaattcttaccggtagaagacccg 225  Q
    ||||||||||||||||| |||||||  ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||     
T  12932726 catgttttagagtatgggatgggttcagaagtttccacatgtggtgacatgtatagctttggaatccttatgctggaaatgcttactggtagaagaccca 12932825  T
Q  226 ctaatgaagtttttgaagatggtcaaaatctgcataactttgttgcaatttcatttcctgataatcttaaaacgattttagaccgacgtcttatatcaag 325  Q
    |  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || |||||| || | || |||| || ||||    
T  12932826 ccgatgaactttttgaagatggtcaaaatctgcataactttgttacaatttcatttcctgataatcttataaagattttggatccacatcttttaccaag 12932925  T
Q  326 agatgtagaagtagcaatagaagatgaaaattgtgagaatcttaatccaagtgtagaggagtgcttagtttcactttttaggattggacttatttgtaca 425  Q
    || || ||||| |||||||||||||| ||||  ||||| || || ||||| | |||| || ||||| ||||||||| ||||||||| |||| | ||| |     
T  12932926 agctgaagaaggagcaatagaagatggaaatcatgagattcatattccaactatagaagattgctttgtttcacttcttaggattgcacttttatgttct 12933025  T
Q  426 atggaatcaccaaaagaaagaatgaatattgtggatgtcactagagagctta 477  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12933026 ttggaatcaccaaaagaaagaatgaatattgtggatgtcactagagagctta 12933077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 183; E-Value: 1e-98
Query Start/End: Original strand, 124 - 477
Target Start/End: Original strand, 12900015 - 12900371
Alignment:
Q  124 tacatgttttagagtatggaatgggttttgaagtgtccacgtgtggtgacatgtatagctttggaatccttatgttggaaattcttaccggtagaagacc 223  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||||  ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||    
T  12900015 tacatattttagagtatgggatgggttcagaagtatccacttgtggtgacatgtatagctttggaatccttatgctggaaatgcttactggtagaagacc 12900114  T
Q  224 cgctaatgaagtttttgaagatggtcaaaatctgcataactttgttgcaatttcatttcctgataatcttaaaacgattttagaccgacgtcttatatca 323  Q
    | || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || |||||| || | || |||| || ||    
T  12900115 cactgatgaactttttgaagatggtcaaaatctgcataactttgttacaatttcatttcctgataatcttataaagattttggatccacatcttttacca 12900214  T
Q  324 agagatgtaga---agtagcaatagaagatgaaaattgtgagaatcttaatccaagtgtagaggagtgcttagtttcactttttaggattggacttattt 420  Q
    |||| || |||   || |||||||||||||| ||||  ||||| || || ||||| | |||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||| | |    
T  12900215 agagctgaagaattaggagcaatagaagatggaaatcatgagattcatattccaactatagaagagtgcttagtttcacttcttaggattgcacttttat 12900314  T
Q  421 gtacaatggaatcaccaaaagaaagaatgaatattgtggatgtcactagagagctta 477  Q
    || |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12900315 gttctttggaatcaccaaaagaaagaatgaatattgtggatgtcactagagagctta 12900371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 129; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 124 - 477
Target Start/End: Original strand, 12949078 - 12949417
Alignment:
Q  124 tacatgttttagagtatggaatgggttttgaagtgtccacgtgtggtgacatgtatagctttggaatccttatgttggaaattcttaccggtagaagacc 223  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||  ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||    
T  12949078 tacatgttttagagtatgggatgggttcggaagtatccacttgtggtgacatgtatagctttggaatccttatgctggaaatgcttactggtagaagacc 12949177  T
Q  224 cgctaatgaagtttttgaagatggtcaaaatctgcataactttgttgcaatttcatttcctgataatcttaaaacgattttagaccgacgtcttatatca 323  Q
    | || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||  ||||| |   || |||||| || | || |||| || ||    
T  12949178 cactgatgaactttttgaagatggtcaaaatctgcataactttgttaaaatttcatttcccaataatttcgtaaagattttggatccacatcttttacca 12949277  T
Q  324 agagatgtagaagtagcaatagaagatgaaaattgtgagaatcttaatccaagtgtagaggagtgcttagttt-cactttttaggattggacttatttgt 422  Q
    |||| |               ||||||| ||||  ||||| ||||| ||||| | |||| ||||||| ||||| | |||||||||||||||||| |||||    
T  12949278 agagct---------------gaagatggaaatcatgagattcttattccaactatagaagagtgctcagtttcccctttttaggattggacttttttgt 12949362  T
Q  423 acaatggaatcaccaaaagaaagaatgaatattgtggatgtcactagagagctta 477  Q
     || |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12949363 tcattggaatcatcaaatgaaagaatgaatattgtggatgtcactagagagctta 12949417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 3 - 79
Target Start/End: Original strand, 12899784 - 12899860
Alignment:
Q  3 taaaggcaagtaatgttcttcttaacgacgacatggttgctcttgtgagtgattttggcattgcaaaacttgtctca 79  Q
    ||||| |||| ||||| |||||| | || ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  12899784 taaagccaagcaatgtccttcttgatgatgacatggttgctcatgtgagtgattttggcatagcaagacttgtctca 12899860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 9 - 79
Target Start/End: Original strand, 12932499 - 12932569
Alignment:
Q  9 caagtaatgttcttcttaacgacgacatggttgctcttgtgagtgattttggcattgcaaaacttgtctca 79  Q
    |||| ||||| |||||| | || ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  12932499 caagcaatgtccttcttgatgatgacatggttgctcatgtgagtgattttggcatagcaagacttgtctca 12932569  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 9 - 79
Target Start/End: Original strand, 12948864 - 12948934
Alignment:
Q  9 caagtaatgttcttcttaacgacgacatggttgctcttgtgagtgattttggcattgcaaaacttgtctca 79  Q
    |||| ||||| |||||| | || ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  12948864 caagcaatgtccttcttgatgatgacatggttgctcatgtgagtgattttggcatagcaagacttgtctca 12948934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 9 - 79
Target Start/End: Original strand, 12907410 - 12907480
Alignment:
Q  9 caagtaatgttcttcttaacgacgacatggttgctcttgtgagtgattttggcattgcaaaacttgtctca 79  Q
    |||| ||||| |||||| | || ||||||||||||| | |||||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  12907410 caagcaatgtccttcttgatgatgacatggttgctcatttgagtgattttggcatagcaagacttgtctca 12907480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 1 - 79
Target Start/End: Original strand, 12958290 - 12958368
Alignment:
Q  1 tctaaaggcaagtaatgttcttcttaacgacgacatggttgctcttgtgagtgattttggcattgcaaaacttgtctca 79  Q
    ||||||| |||| ||||| |||||| | |  ||||||||||||| ||||||||||||||| || |||| ||||||||||    
T  12958290 tctaaagccaagcaatgtccttcttgatggtgacatggttgctcatgtgagtgattttggaatagcaagacttgtctca 12958368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 170; Significance: 7e-91; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 170; E-Value: 7e-91
Query Start/End: Original strand, 124 - 477
Target Start/End: Complemental strand, 17923161 - 17922808
Alignment:
Q  124 tacatgttttagagtatggaatgggttttgaagtgtccacgtgtggtgacatgtatagctttggaatccttatgttggaaattcttaccggtagaagacc 223  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||||  ||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||    
T  17923161 tacatattttagagtatgggatgggttcagaagtatccacttatggtgacatgtatagctttggaatccttatgctggaaatgcttaccggaagaagacc 17923062  T
Q  224 cgctaatgaagtttttgaagatggtcaaaatctgcataactttgttgcaatttcatttcctgataatcttaaaacgattttagaccgacgtcttatatca 323  Q
    | |  ||||| ||||| |||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||   ||||||| || |||||| || | || |||| || ||    
T  17923061 caccgatgaactttttaaagacggtcaaaatctacataactttgttacaatttcatttccttgcaatcttataaagattttggatccacatcttttacca 17922962  T
Q  324 agagatgtagaagtagcaatagaagatgaaaattgtgagaatcttaatccaagtgtagaggagtgcttagtttcactttttaggattggacttatttgta 423  Q
    |||| || ||| | ||||  |||||||| ||||  ||||| ||||  ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||     
T  17922961 agagctgaagatggagcacgagaagatggaaatcatgagattcttcttccaactgtagaggagtgcttagtttccctttttaggattggacttttttgtt 17922862  T
Q  424 caatggaatcaccaaaagaaagaatgaatattgtggatgtcactagagagctta 477  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17922861 cattggaatcaccaaaagaaagaatgaatattgtggatgtcactagagagctta 17922808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 9 - 79
Target Start/End: Complemental strand, 17923392 - 17923322
Alignment:
Q  9 caagtaatgttcttcttaacgacgacatggttgctcttgtgagtgattttggcattgcaaaacttgtctca 79  Q
    |||| ||||| |||||| | || ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  17923392 caagcaatgtccttcttgatgatgacatggttgctcatgtgagtgattttggcatagcaagacttgtctca 17923322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0692 (Bit Score: 125; Significance: 5e-64; HSPs: 2)
Name: scaffold0692
Description:

Target: scaffold0692; HSP #1
Raw Score: 125; E-Value: 5e-64
Query Start/End: Original strand, 124 - 304
Target Start/End: Original strand, 7738 - 7918
Alignment:
Q  124 tacatgttttagagtatggaatgggttttgaagtgtccacgtgtggtgacatgtatagctttggaatccttatgttggaaattcttaccggtagaagacc 223  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||  ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||    
T  7738 tacatgttttagagtatgggatgggttaagaagtatccacatgtggtgacatgtatagctttggaatccttatgctggaaatgcttactggtagaagacc 7837  T
Q  224 cgctaatgaagtttttgaagatggtcaaaatctgcataactttgttgcaatttcatttcctgataatcttaaaacgatttt 304  Q
    | || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  7838 cactgatgaactttttgaagatggtcaaaatctgcataactttgttacaatttcatttcctgataatcttataaagatttt 7918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0692; HSP #2
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 1 - 79
Target Start/End: Original strand, 7505 - 7583
Alignment:
Q  1 tctaaaggcaagtaatgttcttcttaacgacgacatggttgctcttgtgagtgattttggcattgcaaaacttgtctca 79  Q
    ||||||| |||| ||||| |||||| | || ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  7505 tctaaagccaagcaatgtccttcttgatgatgacatggttgctcatgtgagtgattttggcatagcaagacttgtctca 7583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 41; Significance: 0.00000000000007; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 377 - 477
Target Start/End: Complemental strand, 31466648 - 31466548
Alignment:
Q  377 tgtagaggagtgcttagtttcactttttaggattggacttatttgtacaatggaatcaccaaaagaaagaatgaatattgtggatgtcactagagagctt 476  Q
    ||||||| | || ||| ||||||||||||| |||| ||||  |||| |||||||||||||||||||||| |||| ||| || || |||| ||||||||||    
T  31466648 tgtagagaaatgtttaatttcactttttagtattgcacttggttgttcaatggaatcaccaaaagaaaggatgagtatggttgaagtcattagagagctt 31466549  T
Q  477 a 477  Q
    |    
T  31466548 a 31466548  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000004; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 9 - 61
Target Start/End: Complemental strand, 39875881 - 39875829
Alignment:
Q  9 caagtaatgttcttcttaacgacgacatggttgctcttgtgagtgattttggc 61  Q
    |||| ||||| |||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  39875881 caagcaatgtccttcttgacgatgacatggttgctcatgtgagtgattttggc 39875829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 9 - 61
Target Start/End: Complemental strand, 39884004 - 39883952
Alignment:
Q  9 caagtaatgttcttcttaacgacgacatggttgctcttgtgagtgattttggc 61  Q
    |||| ||||| |||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  39884004 caagcaatgtccttcttgacgatgacatggttgctcatgtgagtgattttggc 39883952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.000001
Query Start/End: Original strand, 9 - 61
Target Start/End: Complemental strand, 39890958 - 39890906
Alignment:
Q  9 caagtaatgttcttcttaacgacgacatggttgctcttgtgagtgattttggc 61  Q
    |||| ||||| |||||| | || ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  39890958 caagcaatgtccttcttgaagatgacatggttgctcatgtgagtgattttggc 39890906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University