View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21381_low_1 (Length: 675)

Name: NF21381_low_1
Description: NF21381
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21381_low_1
NF21381_low_1
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (19-614)||(6885971-6886569)
chr3 (560-614)||(33984761-33984815)
[»] chr1 (6 HSPs)
chr1 (19-614)||(12747848-12748446)
chr1 (19-387)||(12758838-12759209)
chr1 (40-556)||(37022099-37022615)
chr1 (40-609)||(37022930-37023495)
chr1 (14-373)||(24685621-24685971)
chr1 (374-613)||(24683879-24684118)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (14-614)||(4971749-4972351)
chr5 (19-614)||(4697136-4697734)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (19-614)||(39490591-39491189)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (19-614)||(22190551-22191149)
chr6 (89-614)||(20141763-20142288)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (19-614)||(3411243-3411838)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (48-353)||(8097887-8098192)
chr8 (533-613)||(8097634-8097714)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 497; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 497; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 614
Target Start/End: Complemental strand, 6886569 - 6885971
Alignment:
Q  19 gattgagattagattgtgtt---cgatggaattccacttttataatgctacaaagtgagcttgtttatcgtcgtgccttttatagcataagtttatggga 115  Q
    ||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||    
T  6886569 gattgagattagattgtgttactcgatggaattccacttttataatgctacagagtgcgcttgtttatcgtcgtgcattttatagcttaagtttacggga 6886470  T
Q  116 ttcaaattttaagtgttgtcctacaagtgaggagttgagaagggctgaaacaatgtgtgatattttgaagctatttttcactattacaaacttgatatcc 215  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  6886469 ttcaaattttaaatgttgtcctacaagtgaggagtggagaagggctgaaataatgtgtgagattttgaagccatttttcactattacaaacttgatatcc 6886370  T
Q  216 ggctcttcatatcctatatcaaatatgtactttggtgaaatatggaagatagagtgcctcataagatcttatttgacaagtgaagatcttttgattcaaa 315  Q
    |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  6886369 ggctcttcatatcctacatcaaatctgtactttggtgaaatatggaagattgagtgcctcataagatcttatttgagaagtgaagatcttttgattcaaa 6886270  T
Q  316 aaatggctgaaagtatgaaggtgaaatttgataagtattggagtgactataatgttgttttggcagttggggttgttcttgatccaaccaaaaagtttaa 415  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  6886269 agatggctgaaagtatgaaggtgaaatttgataagtattggagtgactataatgttgttttggcagttggggctgttcttgatccaaccaaaaagtttaa 6886170  T
Q  416 ccttttgaaatttacttatgaaaaacttgacccactcactagtgaggtgaagttgaaaaaagttaagatgactttgaggaagcttttttccaagtacatc 515  Q
    | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  6886169 ctttttgaaatttgcttatgaaaaacttgacccactcactagtgaggagaagttgaaaaaagttaagatgactttggggaagcttttttccgagtacatc 6886070  T
Q  516 aagaatggaattccttataatctaagctcttcacaagtccagcctagctatggtggaggaactcgaattacgtcatcttcatatgatgtaagttcatac 614  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6886069 aagaatggaattccttctaatctaagctcttcacaagtccagcctagctatggtggaggaactcgaattacgtcatcttcatatgatgtaagttcatac 6885971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 51; E-Value: 7e-20
Query Start/End: Original strand, 560 - 614
Target Start/End: Original strand, 33984761 - 33984815
Alignment:
Q  560 tagctatggtggaggaactcgaattacgtcatcttcatatgatgtaagttcatac 614  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  33984761 tagctatggtggaggaactcgaattacgtcaccttcatatgatgtaagttcatac 33984815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 493; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 493; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 614
Target Start/End: Original strand, 12747848 - 12748446
Alignment:
Q  19 gattgagattagattgtgtt---cgatggaattccacttttataatgctacaaagtgagcttgtttatcgtcgtgccttttatagcataagtttatggga 115  Q
    ||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||    
T  12747848 gattgagattagattgtgttactcgatggaattccacttttataatgctacaaagtgcgcttgtttatcgtcgtgcattttatagcttaagtttacggga 12747947  T
Q  116 ttcaaattttaagtgttgtcctacaagtgaggagttgagaagggctgaaacaatgtgtgatattttgaagctatttttcactattacaaacttgatatcc 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||     
T  12747948 ttcaaattttaagtgttgtcctacaagtgaggagtggagaagggctgaaataatgtgtgagattttgaagccatttttcactattacaaacttgatatct 12748047  T
Q  216 ggctcttcatatcctatatcaaatatgtactttggtgaaatatggaagatagagtgcctcataagatcttatttgacaagtgaagatcttttgattcaaa 315  Q
    |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  12748048 ggctcttcatatcctacatcaaatctgtactttggtgaaatatggaagattgagtgcctcataagatcttatttgacaagtgaagatcttttaattcaaa 12748147  T
Q  316 aaatggctgaaagtatgaaggtgaaatttgataagtattggagtgactataatgttgttttggcagttggggttgttcttgatccaaccaaaaagtttaa 415  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  12748148 aaatggctgaaaatatgaaggtgaaatttgataagtattggagtgactataatgttgttttggcagttggggctgttcttgatccaaccaaaaagtttaa 12748247  T
Q  416 ccttttgaaatttacttatgaaaaacttgacccactcactagtgaggtgaagttgaaaaaagttaagatgactttgaggaagcttttttccaagtacatc 515  Q
    | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  12748248 ctttttgaaatttgcttatgaaaaacttgacccactcacaagtgaggagaagttgaaaaaagttaagatgactttggggaagcttttttccgagtacatc 12748347  T
Q  516 aagaatggaattccttataatctaagctcttcacaagtccagcctagctatggtggaggaactcgaattacgtcatcttcatatgatgtaagttcatac 614  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  12748348 aagaatggaattccttctaatctaagctcttcacaagtccagcctagctatggtggaggaactcgaattacatcatcttcatatgatgtaagttcatac 12748446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 302; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 19 - 387
Target Start/End: Original strand, 12758838 - 12759209
Alignment:
Q  19 gattgagattagattgtgtt---cgatggaattccacttttataatgctacaaagtgagcttgtttatcgtcgtgccttttatagcataagtttatggga 115  Q
    ||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||    
T  12758838 gattgagattagattgtgttactcgatggaattccacttttataatgctacaaagtgcgcttgtttatcgtcgtgcattttatagcttaagtttacggga 12758937  T
Q  116 ttcaaattttaagtgttgtcctacaagtgaggagttgagaagggctgaaacaatgtgtgatattttgaagctatttttcactattacaaacttgatatcc 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||     
T  12758938 ttcaaattttaagtgttgtcctacaagtgaggagtggagaagggctgaaataatgtgtgagattttgaagccatttttcactattacaaacttgatatct 12759037  T
Q  216 ggctcttcatatcctatatcaaatatgtactttggtgaaatatggaagatagagtgcctcataagatcttatttgacaagtgaagatcttttgattcaaa 315  Q
    |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  12759038 ggctcttcatatcctacatcaaatctgtactttggtgaaatatggaagattgagtgcctcataagatcttatttgacaagtgaagatcttttaattcaaa 12759137  T
Q  316 aaatggctgaaagtatgaaggtgaaatttgataagtattggagtgactataatgttgttttggcagttgggg 387  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12759138 aaatggctgaaaatatgaaggtgaaatttgataagtattggagtgactataatgttgttttggcagttgggg 12759209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 245; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 40 - 556
Target Start/End: Original strand, 37022099 - 37022615
Alignment:
Q  40 gatggaattccacttttataatgctacaaagtgagcttgtttatcgtcgtgccttttatagcataagtttatgggattcaaattttaagtgttgtcctac 139  Q
    ||||||| |||||||||| |||||| || |||| | ||  |||||||||||| ||||||||| |||||||  |  |||||||||||||||||||||||||    
T  37022099 gatggaactccacttttagaatgcttcagagtgcgattaattatcgtcgtgctttttatagcttaagtttgcgcaattcaaattttaagtgttgtcctac 37022198  T
Q  140 aagtgaggagttgagaagggctgaaacaatgtgtgatattttgaagctatttttcactattacaaacttgatatccggctcttcatatcctatatcaaat 239  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| || |||||||||||||  |||||||    
T  37022199 aagtgatgagtggagaagggctgaaacaatgtgtgatattttgaagccattttacaatattacaaacttgatatgcgactcttcatatcctccatcaaat 37022298  T
Q  240 atgtactttggtgaaatatggaagatagagtgcctcataagatcttatttgacaagtgaagatcttttgattcaaaaaatggctgaaagtatgaaggtga 339  Q
     |||||||||| |||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||  |    
T  37022299 ttgtactttggagaaatatggaagctagagtgtcttataagatcttatttgacaaatgaagatcttttgattcaaaacatggctggaagtatgaaggaaa 37022398  T
Q  340 aatttgataagtattggagtgactataatgttgttttggcagttggggttgttcttgatccaaccaaaaagtttaaccttttgaaatttacttatgaaaa 439  Q
     ||||||||||||||||| | ||||   ||| || || ||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||    
T  37022399 catttgataagtattggattaactacggtgtggtctttgcatttggggctattcttgatccaaccaaaaagtttaactttttgaaatttgcttatcaaaa 37022498  T
Q  440 acttgacccactcactagtgaggtgaagttgaaaaaagttaagatgactttgaggaagcttttttccaagtacatcaagaatggaattccttataatcta 539  Q
    |||||| ||||||||  |||||| |||||||||||  |||| ||||||||||  ||| |||||| || ||||  |||| ||||| ||||||| |||||      
T  37022499 acttgatccactcaccggtgaggagaagttgaaaatggttaggatgactttggagaatctttttgccgagtatgtcaaaaatgggattccttctaatccg 37022598  T
Q  540 agctcttcacaagtcca 556  Q
    |||||||| ||||||||    
T  37022599 agctcttctcaagtcca 37022615  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 40 - 609
Target Start/End: Complemental strand, 37023495 - 37022930
Alignment:
Q  40 gatggaattccacttttataatgctacaaagtgagcttgtttatcgtcgtgccttttatagcataagtttatgggattcaaattttaagtgttgtcctac 139  Q
    ||||||| |||||||||||||||||  | |||| | ||  ||||  || ||||||||||||| |||||||    |||||||||||||||| |||||||||    
T  37023495 gatggaactccacttttataatgcttgatagtgcgattaattattatcatgccttttatagcttaagtttgcatgattcaaattttaagttttgtcctac 37023396  T
Q  140 aagtgaggagttgagaagggctgaaacaatgtgtgatattttgaagctatttttcactattacaaacttgatatccggctcttcatatcctatatcaaat 239  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||| || ||||||| ||||| |||||||    
T  37023395 aagtgatgagtggagaagggctgaaacaatgtgtgatattttgaagccattttacaatattacaaacttgatatctggttcttcatttcctacatcaaat 37023296  T
Q  240 atgtactttggtgaaatatggaagatagagtgcctcataagatcttatttgacaagtgaagatcttttgattcaaaaaatggctgaaagtatgaaggtga 339  Q
     ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |    
T  37023295 ttgtacttcggtgaaatatggaagatagagtgccttataa-atcttatttgacaagtgaagatcttttgattcaaaaaatggctgaaagtatgaaggaaa 37023197  T
Q  340 aatttgataagtattggagtgactataatgttgttttggcagttggggttgttcttgatccaaccaaaaagtttaaccttttgaaatttacttatgaaaa 439  Q
    ||||||| || ||||| | ||||||     | || |||||| |||||| | |||||||||| | ||||||| || || | || ||||||  |||| ||||    
T  37023196 aatttgacaaatattgaaatgacta----ctagtcttggcatttggggctattcttgatccgaacaaaaagctttacttatttaaatttgtttatcaaaa 37023101  T
Q  440 acttgacccactcactagtga-ggtgaagttgaaaaaagttaagatgactttgaggaagcttttttccaagtacatcaagaatggaattccttataatct 538  Q
    |||||| ||||| |||||||| || |||||||||||  |||| ||||||||||  |||||||||| || ||||  |||| ||||| ||||||| |||||     
T  37023100 acttgatccactgactagtgagggagaagttgaaaatggttaggatgactttggagaagctttttgccgagtaagtcaaaaatggtattccttctaatcc 37023001  T
Q  539 aagctcttcacaagtccagcctagctatggtggaggaactcgaattacgtcatcttcatatgatgtaagtt 609  Q
     | ||||||   |||||| || |||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  37023000 gatctcttcttcagtccaacccagctatggaggagaaactcgaattatgtcatcttcatatgaagtaagtt 37022930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 164; E-Value: 3e-87
Query Start/End: Original strand, 14 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 24685971 - 24685621
Alignment:
Q  14 catcagattgagattagattgtgtt---cgatggaattccacttttataatgctacaaagtgagcttgtttatcgtcgtgccttttatagcataagttta 110  Q
    |||||||||||||| ||||||||||   ||| |||||||||||||| ||||||| || |||| | || || |||||||||||||||||||| |||||||     
T  24685971 catcagattgagatcagattgtgttactcgaaggaattccacttttttaatgcttcagagtgcgattattcatcgtcgtgccttttatagcttaagtttg 24685872  T
Q  111 tgggattcaaattttaagtgttgtcctacaagtgaggagttgagaagggctgaaacaatgtgtgatattttgaagctatttttcactattacaaacttga 210  Q
     | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| | || ||||||||||||||    
T  24685871 cgcgattcaaattttaagtgttgtcctacaattgaggagtggagaagggctgaaacaatgtgtgatattttgaagtcattctacaatattacaaacttga 24685772  T
Q  211 tatccggctcttcatatcctatatcaaatatgtactttggtgaaatatggaagatagagtgcctcataagatcttatttgacaagtgaagatcttttgat 310  Q
    |||||| ||||||||            || ||||||||||  ||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||| || |||||||    
T  24685771 tatccgactcttcat------------atttgtactttggcaaaatatggaagatagagtgtcttataagatcatatttgacaagtgaatatattttgat 24685684  T
Q  311 tcaaaaaatggctgaaagtatgaaggtgaaatttgataagtattggagtgactataatgttgt 373  Q
    ||||||  |||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||    
T  24685683 tcaaaacgtggctggaagtatgaaggataaatttgataagtattggagggactatagtgttgt 24685621  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 132; E-Value: 3e-68
Query Start/End: Original strand, 374 - 613
Target Start/End: Complemental strand, 24684118 - 24683879
Alignment:
Q  374 tttggcagttggggttgttcttgatccaaccaaaaagtttaaccttttgaaatttacttatgaaaaacttgacccactcactagtgaggtgaagttgaaa 473  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||  ||||| ||||||| ||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||    
T  24684118 tttggcatttggggttgttcttgatccaacaaaaaaacttaactttttgaattttccttatgaaaaacatgacccaatcactagtgaggagaagttgaaa 24684019  T
Q  474 aaagttaagatgactttgaggaagcttttttccaagtacatcaagaatggaattccttataatctaagctcttcacaagtccagcctagctatggtggag 573  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||  |||  ||||| ||| |||  |||| |||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||    
T  24684018 aaagttaagatgactttggggaagctttttgccgagtatgtcacaaatgggattgcttcgaatcgaagctcttcacaagtccaacctagttatggaggag 24683919  T
Q  574 gaactcgaattacgtcatcttcatatgatgtaagttcata 613  Q
    |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||    
T  24683918 gaactcgaattatgttatcttcatatgatgtaagttcata 24683879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 490; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 490; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 614
Target Start/End: Complemental strand, 4972351 - 4971749
Alignment:
Q  14 catcagattgagattagattgtgtt---cgatggaattccacttttataatgctacaaagtgagcttgtttatcgtcgtgccttttatagcataagttta 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  4972351 catcagattgagattagattgtgttactcgatggaattccacttttataatgctacagagtgcgcttgtttatcgtcgtgccttttatagcttaagttta 4972252  T
Q  111 tgggattcaaattttaagtgttgtcctacaagtgaggagttgagaagggctgaaacaatgtgtgatattttgaagctatttttcactattacaaacttga 210  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  4972251 cgggattcaaattttaagtgttgtcctacaagtgaggagttgagaagg-ctgaaacaatgtgtgagattttgaagccatttttcactattataaacttga 4972153  T
Q  211 tatccggctcttcatatcctatatcaaatatgtactttggtgaaatatggaagatagagtgcctcataagatcttatttgacaagtgaagatcttttgat 310  Q
    |||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4972152 tatccgactcttcatatcctacatcaaatctgtactttggtgaaatatggaagatagagtgcctcataagatcttatttgacaagtgaagatcttttgat 4972053  T
Q  311 tcaaaaaatggctgaaagtatgaaggtgaaatttgataagtattggagtgactataatgttgttttggcagttggggttgttcttgatccaaccaaaaag 410  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4972052 ttaaaaaatggctgaaagtatgaaggtgaaatttgataagtattggagtgactataatgttgttttggcagttggggttgttcttgatccaaccaaaaag 4971953  T
Q  411 tttaaccttttgaaatttacttatgaaaaacttgacccactcactagtgaggtgaagttgaaaaaagttaagatgactttgaggaagcttttttccaagt 510  Q
    |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| || |||    
T  4971952 tttaactttttgaaatttgcttatgaaaaacttgacccagtcactagtgaggagaagttgaaaaaagttaagatgattttggggaagctttttcccgagt 4971853  T
Q  511 acatcaagaatggaattccttataatctaagctcttcacaagtccagcctagctatggtggaggaactcgaattacgtcatcttcatatgatgtaagttc 610  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||    
T  4971852 acatcaagaatggaattccttctaatctaagctcttcacaagtccagcctaactatggtggaggaactcgaattatgtcatcttcatacgatgtaagttc 4971753  T
Q  611 atac 614  Q
    ||||    
T  4971752 atac 4971749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 477; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 614
Target Start/End: Complemental strand, 4697734 - 4697136
Alignment:
Q  19 gattgagattagattgtgtt---cgatggaattccacttttataatgctacaaagtgagcttgtttatcgtcgtgccttttatagcataagtttatggga 115  Q
    ||||||||||||||||||||   |||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||    
T  4697734 gattgagattagattgtgttacccgatggaattccacttatataatgctacagagtgcgcttgtttatcgtcgtgcattttatagcttaagtttacggga 4697635  T
Q  116 ttcaaattttaagtgttgtcctacaagtgaggagttgagaagggctgaaacaatgtgtgatattttgaagctatttttcactattacaaacttgatatcc 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||     
T  4697634 ttcaaattttaagtgttgtcctacaagtgaggagtggagaagggctgaaataatgtgtgagattttgaagccatttttcactattacaaacttgatatct 4697535  T
Q  216 ggctcttcatatcctatatcaaatatgtactttggtgaaatatggaagatagagtgcctcataagatcttatttgacaagtgaagatcttttgattcaaa 315  Q
    |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||    
T  4697534 ggctcttcatatcctacatcaaatctgtactttggtgaaatatggaagattgagtgcctcataagatcttatctgacaagtgaagatcttttaattcaaa 4697435  T
Q  316 aaatggctgaaagtatgaaggtgaaatttgataagtattggagtgactataatgttgttttggcagttggggttgttcttgatccaaccaaaaagtttaa 415  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  4697434 aaatggctgaaaatatgaaggtgaaatttgataagtattggagtgactataatgttgttttggcagttggggctgttcttgatccaaccaaaaagtttaa 4697335  T
Q  416 ccttttgaaatttacttatgaaaaacttgacccactcactagtgaggtgaagttgaaaaaagttaagatgactttgaggaagcttttttccaagtacatc 515  Q
    | ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  4697334 ctttttgaaatttgcttatgaaaaacttgacccgctcacaagtgaggagaagttgaaaaaagttaagatgactttggggaagcttttttccgagtacatc 4697235  T
Q  516 aagaatggaattccttataatctaagctcttcacaagtccagcctagctatggtggaggaactcgaattacgtcatcttcatatgatgtaagttcatac 614  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  4697234 aagaatggaattccttctaatctaagctcttcacaagtccagcctagctatggtggaggaactcgaattacatcatcttcatatgatgtaagttcatac 4697136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 489; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 489; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 614
Target Start/End: Complemental strand, 39491189 - 39490591
Alignment:
Q  19 gattgagattagattgtgtt---cgatggaattccacttttataatgctacaaagtgagcttgtttatcgtcgtgccttttatagcataagtttatggga 115  Q
    ||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||    
T  39491189 gattgagattagattgtgttactcgatggaattccacttttataatgctacagagtgcgcttgtttatcgtcgtgcattttatagcttaagtttacggga 39491090  T
Q  116 ttcaaattttaagtgttgtcctacaagtgaggagttgagaagggctgaaacaatgtgtgatattttgaagctatttttcactattacaaacttgatatcc 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||     
T  39491089 ttcaaattttaagtgttgtcctacaagtgaggagtggagaagggctgaaataatgtgtgagattttgaagccatttttcactattacaaacttgatatct 39490990  T
Q  216 ggctcttcatatcctatatcaaatatgtactttggtgaaatatggaagatagagtgcctcataagatcttatttgacaagtgaagatcttttgattcaaa 315  Q
    |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  39490989 ggctcttcatatcctacatcaaatctgtactttggtgaaatatggaagattgagtgcctcataagatcttatttgacaagtgaagatcttttaattcaaa 39490890  T
Q  316 aaatggctgaaagtatgaaggtgaaatttgataagtattggagtgactataatgttgttttggcagttggggttgttcttgatccaaccaaaaagtttaa 415  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  39490889 aaatggctgaaaatatgaaggtgaaatttgataagtattggagtgactataatgttgttttggcagttggggctgttcttgatccaaccaaaaagtttaa 39490790  T
Q  416 ccttttgaaatttacttatgaaaaacttgacccactcactagtgaggtgaagttgaaaaaagttaagatgactttgaggaagcttttttccaagtacatc 515  Q
    | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  39490789 ctttttgaaatttgcttatgaaaaacttgacccactcacaagtgaggagaagttgaaaaaagttaagatgactttggggaagcttttttccgagtacatc 39490690  T
Q  516 aagaatggaattccttataatctaagctcttcacaagtccagcctagctatggtggaggaactcgaattacgtcatcttcatatgatgtaagttcatac 614  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  39490689 aagaatggaattccttctaatctaagctcttcacaagtccagcctagctatggtggaggaactcgaattacatcatcttcatatgatgtaagttcatac 39490591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 481; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 481; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 614
Target Start/End: Complemental strand, 22191149 - 22190551
Alignment:
Q  19 gattgagattagattgtgtt---cgatggaattccacttttataatgctacaaagtgagcttgtttatcgtcgtgccttttatagcataagtttatggga 115  Q
    ||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||    
T  22191149 gattgagattagattgtgttactcgatggaattccacttttataatgctacagagtgcgcttgtttatcgtcgtgcattttatagcttaagtttacggga 22191050  T
Q  116 ttcaaattttaagtgttgtcctacaagtgaggagttgagaagggctgaaacaatgtgtgatattttgaagctatttttcactattacaaacttgatatcc 215  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||     
T  22191049 ttcaaattttaagcgttgtcctacaagtgaagagtggagaagggctgaaataatgtgtgagattttgaagccatttttcactattacaaacttgatatct 22190950  T
Q  216 ggctcttcatatcctatatcaaatatgtactttggtgaaatatggaagatagagtgcctcataagatcttatttgacaagtgaagatcttttgattcaaa 315  Q
    |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  22190949 ggctcttcatatcctacatcaaatctgtactttggtgaaatatggaagattgagtgcctcataagatcttatttgacaagtgaagatcttttaattcaaa 22190850  T
Q  316 aaatggctgaaagtatgaaggtgaaatttgataagtattggagtgactataatgttgttttggcagttggggttgttcttgatccaaccaaaaagtttaa 415  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||    
T  22190849 aaatggctgaaagtatgaaggtgaaatttgataagtattgtagtgactataatgttgttttggcagttgtggctgttcttgatccaaccaaaaagtttaa 22190750  T
Q  416 ccttttgaaatttacttatgaaaaacttgacccactcactagtgaggtgaagttgaaaaaagttaagatgactttgaggaagcttttttccaagtacatc 515  Q
    | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  22190749 ctttttgaaatttgcttatgaaaaacttgacccactcactagtgaggagaagttgaaaaaagttaagatgactttggggaagcttttttcctagtacatc 22190650  T
Q  516 aagaatggaattccttataatctaagctcttcacaagtccagcctagctatggtggaggaactcgaattacgtcatcttcatatgatgtaagttcatac 614  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22190649 aagaatggaattcctttttatctaagctcttcacaagtccagcctagctatggtggaggaactcgaattacgtcatcttcatatgatgtaagttcatac 22190551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 446; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 89 - 614
Target Start/End: Original strand, 20141763 - 20142288
Alignment:
Q  89 tgccttttatagcataagtttatgggattcaaattttaagtgttgtcctacaagtgaggagttgagaagggctgaaacaatgtgtgatattttgaagcta 188  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |    
T  20141763 tgccttttatagcttaagtttacgggattcaaattttaagtgttgtcctacaagtgaggagtggagaagggctgaaacaatgtgtgagattttgaagcca 20141862  T
Q  189 tttttcactattacaaacttgatatccggctcttcatatcctatatcaaatatgtactttggtgaaatatggaagatagagtgcctcataagatcttatt 288  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  20141863 tttttcaccattacaaacttgatatccggctcttcatatcctacatcaaatctgtattttggtgaaatatggaagattgagtgcctcataagatcttatt 20141962  T
Q  289 tgacaagtgaagatcttttgattcaaaaaatggctgaaagtatgaaggtgaaatttgataagtattggagtgactataatgttgttttggcagttggggt 388  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||     
T  20141963 tgacaagtgaagatcttttaattcaaaaaatggctgaaagtatgaaggtgaaatttgataagtattgtagtgactataatgttgttttggcagttgcggc 20142062  T
Q  389 tgttcttgatccaaccaaaaagtttaaccttttgaaatttacttatgaaaaacttgacccactcactagtgaggtgaagttgaaaaaagttaagatgact 488  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  20142063 tgttcttgatccaaccaaaaagtttaactttttgaaatttgcttatgaaaaacttgacccactcactagtgaggagaagttgaaaaaagttaagatgact 20142162  T
Q  489 ttgaggaagcttttttccaagtacatcaagaatggaattccttataatctaagctcttcacaagtccagcctagctatggtggaggaactcgaattacgt 588  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20142163 ttggggaagcttttttccaagtacatcaagaatggaattccttttgatctaagctcttcacaagtccagcctagctatggtggaggaactcgaattacgt 20142262  T
Q  589 catcttcatatgatgtaagttcatac 614  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  20142263 catcttcatatgatgtaagttcatac 20142288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 475; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 475; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 614
Target Start/End: Complemental strand, 3411838 - 3411243
Alignment:
Q  19 gattgagattagattgtgtt---cgatggaattccacttttataatgctacaaagtgagcttgtttatcgtcgtgccttttatagcataagtttatggga 115  Q
    ||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||    
T  3411838 gattgagattagattgtgttactcgatggaattccacttttataatgctacagagtgcgcttgtttatcgtcgtgcattttatagcttaagtttacggga 3411739  T
Q  116 ttcaaattttaagtgttgtcctacaagtgaggagttgagaagggctgaaacaatgtgtgatattttgaagctatttttcactattacaaacttgatatcc 215  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||     
T  3411738 ttcaaattttaagcgttgtcctacaagtgaagagtggagaagggctgaaataatgtgtgagattttgaagccatttttcactattacaaacttgatatct 3411639  T
Q  216 ggctcttcatatcctatatcaaatatgtactttggtgaaatatggaagatagagtgcctcataagatcttatttgacaagtgaagatcttttgattcaaa 315  Q
    |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  3411638 ggctcttcatatcctacatcaaatctgtactttggtgaaatatggaagattgagtgcctcataagatcttatttgacaagtgaagatcttttaattcaaa 3411539  T
Q  316 aaatggctgaaagtatgaaggtgaaatttgataagtattggagtgactataatgttgttttggcagttggggttgttcttgatccaaccaaaaagtttaa 415  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  3411538 aaatggctgaaagtatgaaggtgaaatttgataagtattggagtgactataatgttgttttggcagttggggctgttcttgatccaaccaaaaagtttaa 3411439  T
Q  416 ccttttgaaatttacttatgaaaaacttgacccactcactagtgaggtgaagttgaaaaaagttaagatgactttgaggaagcttttttccaagtacatc 515  Q
    | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||   ||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  3411438 ctttttgaaatttgcttatgaaaaacttgacccactcactagtgaggagaagttgaaaaaagtt---atgactttggggaagcttttttccgagtacatc 3411342  T
Q  516 aagaatggaattccttataatctaagctcttcacaagtccagcctagctatggtggaggaactcgaattacgtcatcttcatatgatgtaagttcatac 614  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  3411341 aagaatggaattccttctaatctaagctcttcacaagtccagcctagctatggtggaggaactcgaattacatcatcttcatatgatgtaagttcatac 3411243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 118; Significance: 7e-60; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 118; E-Value: 7e-60
Query Start/End: Original strand, 48 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 8098192 - 8097887
Alignment:
Q  48 tccacttttataatgctacaaagtgagcttgtttatcgtcgtgccttttatagcataagtttatgggattcaaattttaagtgttgtcctacaagtgagg 147  Q
    ||||||||||||||||| || |||| | ||  |||||||||||| ||||||||| ||||||| || ||||  |||||||||||||||||||||||||| |    
T  8098192 tccacttttataatgcttcagagtgcgattaattatcgtcgtgctttttatagcttaagtttttgcgatttcaattttaagtgttgtcctacaagtgatg 8098093  T
Q  148 agttgagaagggctgaaacaatgtgtgatattttgaagctatttttcactattacaaacttgatatccggctcttcatatcctatatcaaatatgtactt 247  Q
    |||  ||||||| ||||| ||||||||| |||||||||| ||||| || ||| |||| ||||||||||   ||||| ||||||  ||||||| |||| ||    
T  8098092 agtgaagaagggttgaaataatgtgtgagattttgaagccattttacaatatcacaagcttgatatccccgtcttcttatcctgcatcaaatttgtattt 8097993  T
Q  248 tggtgaaatatggaagatagagtgcctcataagatcttatttgacaagtgaagatcttttgattcaaaaaatggctgaaagtatgaaggtgaaatttgat 347  Q
    ||| ||||||||||||||||||||  |  ||||||||||||||| |||||| ||| | ||||||||||| ||||||  || ||||||||  ||||||||     
T  8097992 tggagaaatatggaagatagagtgtattgtaagatcttatttgataagtgaggatttgttgattcaaaacatggctagaactatgaaggaaaaatttgac 8097893  T
Q  348 aagtat 353  Q
    ||||||    
T  8097892 aagtat 8097887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 533 - 613
Target Start/End: Complemental strand, 8097714 - 8097634
Alignment:
Q  533 taatctaagctcttcacaagtccagcctagctatggtggaggaactcgaattacgtcatcttcatatgatgtaagttcata 613  Q
    ||||| ||| ||||||||||| || ||||||||||| | |||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||    
T  8097714 taatccaagatcttcacaagtgcaacctagctatggagaaggaactcgaattatgtcatcctgatatgatgtaagttcata 8097634  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University