View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21388_low_4 (Length: 593)

Name: NF21388_low_4
Description: NF21388
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21388_low_4
NF21388_low_4
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (63-593)||(24494114-24494644)
chr6 (1-67)||(24494671-24494737)
[»] scaffold0003 (2 HSPs)
scaffold0003 (63-593)||(93464-93994)
scaffold0003 (1-67)||(94021-94087)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 487; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 487; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 63 - 593
Target Start/End: Complemental strand, 24494644 - 24494114
Alignment:
Q  63 gagatatcgaagaagtcttttcaaggatgtaaagtgtgtagatgatggatgttgcatgaattgtgcaagcttatttacagtgaaggctatgtcaggcctt 162  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  24494644 gagatatcaaagaagtcttttcaaggctgtaaagtgtgtagatgatggatgttgcatgaattgtgcaagcttatttacagtgtaggctatgtcaggcctt 24494545  T
Q  163 gtcatggataaatattgtagagcccctatgacgcttctgtattccgtactatctgctgcacttgcgccatcagatttagtaagaggagaggatgtagaca 262  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24494544 gtcatggaaaaatattgtagagcccctatgacgcttctgtattccgtactatctgctacacttgcgccatcagatttagtaagaggagaggatgtagaca 24494445  T
Q  263 tcggtgaatggacaatctttgcatctttcatctttgtgcggtcaagtagatcatgaatatatttatgttgactcagaaataatccttgagtagtaggaat 362  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24494444 tcggtgaatggacaatctttgcatctttcatctttgtgcggtcaagtagatcatgaatatatttatgttgactcagaaataatccttgagtagtaggaat 24494345  T
Q  363 gacttcaacaccaagaaagaagtgaatggaacctaagtctttgatggaaaacatagtgcctagtgttgaaatgcacttagcaattgcatggttgttgttg 462  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24494344 gacttcaacaccaagaaagaagtgaatggaacctaagtctttgatggaaaacatagtgcctagtgttgaaatgcacttagcaattgcatggttgttgttg 24494245  T
Q  463 cctgtaattaaaatatcatcaacatataccaaagtgtagagtttgacatcacctttgagatagatgaataatgatggatcctatttggaattgacaaacc 562  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  24494244 ccagtaattaaaatatcatcaacatataccaaagtgtagagtttgacatcacctttgagatagatgaataatgatggatcagatttggaattgacaaacc 24494145  T
Q  563 catatgcgagtaagaaagaatgttaggtgtt 593  Q
    |||| | |||||||||||||||| |||||||    
T  24494144 cataggagagtaagaaagaatgtaaggtgtt 24494114  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 1 - 67
Target Start/End: Original strand, 24494671 - 24494737
Alignment:
Q  1 cttgaagcacacttcttctcaaaatctttatgcattcagtgatgccgattgggctggaaatagagat 67  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24494671 cttgaagcacacttcttctcaaaatctttatgcattcagtgatgccgattgggctggaaatagagat 24494737  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003 (Bit Score: 475; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: scaffold0003
Description:

Target: scaffold0003; HSP #1
Raw Score: 475; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 63 - 593
Target Start/End: Complemental strand, 93994 - 93464
Alignment:
Q  63 gagatatcgaagaagtcttttcaaggatgtaaagtgtgtagatgatggatgttgcatgaattgtgcaagcttatttacagtgaaggctatgtcaggcctt 162  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  93994 gagatatcgaagaagtcttttcaaggttgtaaagtgtgtagatgatggatattgcatgaactgtgcaaacttatttacagtgtaggctatgtcaggcctt 93895  T
Q  163 gtcatggataaatattgtagagcccctatgacgcttctgtattccgtactatctgctgcacttgcgccatcagatttagtaagaggagaggatgtagaca 262  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  93894 gtcatggacaaatattgtagagcccctatgacgcttctgtattccgtactatctgcttcacttgcgccatcagatttagtaagaggagaggatgtagaca 93795  T
Q  263 tcggtgaatggacaatctttgcatctttcatctttgtgcggtcaagtagatcatgaatatatttatgttgactcagaaataatccttgagtagtaggaat 362  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  93794 tcggtgaatggacaatctttgcatctttcatctttgtgcggtcaagtagatcatgaatatatttatgttgactcagaaataatccttgagtagtaggaat 93695  T
Q  363 gacttcaacaccaagaaagaagtgaatggaacctaagtctttgatggaaaacatagtgcctagtgttgaaatgcacttagcaattgcatggttgttgttg 462  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  93694 gacttcaacaccaagaaagaagtgaatggaacctaagtctttgatggaaaacatagtgcctagtgttgaaatgcacttagcaattgcatggttgttgttg 93595  T
Q  463 cctgtaattaaaatatcatcaacatataccaaagtgtagagtttgacatcacctttgagatagatgaataatgatggatcctatttggaattgacaaacc 562  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||| |    
T  93594 cctgtaattaaaatatcatcaacatataccaaagtgtagagtttgacatcacctttgagatagatgaataatgatggatcagattttgaattgacaaatc 93495  T
Q  563 catatgcgagtaagaaagaatgttaggtgtt 593  Q
    |||| | |||||||||||||||| |||||||    
T  93494 cataggagagtaagaaagaatgtaaggtgtt 93464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003; HSP #2
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 1 - 67
Target Start/End: Original strand, 94021 - 94087
Alignment:
Q  1 cttgaagcacacttcttctcaaaatctttatgcattcagtgatgccgattgggctggaaatagagat 67  Q
    |||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  94021 cttgaagtgcacttcttctcaaaatctatatgcattcagtgatgccgattgggctggaaatcgagat 94087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University