View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF2138_high_3 (Length: 570)
Name: NF2138_high_3
Description: NF2138
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF2138_high_3 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 476; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 476; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 554
Target Start/End: Original strand, 39548736 - 39549273
Alignment:
| Q |
17 |
cttacatgtttccatttattcccaaggaactcattatttaccatggcgttttgtccatacatcatgggtgatatccaaaatccccatatccaccannnnn |
116 |
Q |
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| T |
39548736 |
cttacatgtttccatttattcccaaggaactcattatttaccatggcgttttgtccatacatcatgggtgatatccaaaatccccatatccaccattttt |
39548835 |
T |
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| Q |
117 |
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216 |
Q |
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| T |
39548836 |
ttattctgtctgtgagcataagcaaagaaaagagaagagaaatcttataggatagaacataatgagacaaacaatgtgattgtttatttgttttagattc |
39548935 |
T |
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| Q |
217 |
atgataccttttgataggacaaaaccactcatagcgaaaagaatggcaagtgcaaatgatccaaatgttagagccactgtcatgtccctcccaactgctg |
316 |
Q |
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| T |
39548936 |
atgataccttttgataggacaaaaccactcatagcaaaaaggatggaaagtgcaaatgatccaaatgttagagccactgtcatgtccctcccaactgctg |
39549035 |
T |
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| Q |
317 |
caatgaatctgaataatgcagaagccatctggtttactagtacaagaataagatattgtctgaaaaacctgcgttaggaagtatatagagaaatgaatat |
416 |
Q |
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| T |
39549036 |
caatgaatctgaataatgcagaagccatctggtttactagtacaagaataagatattgtctgaaaaacctgcgttaggaagtatatagagaaatgaatat |
39549135 |
T |
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| Q |
417 |
cattctttgtttagtagaatatgagaatatacaatattatgagggnnnnnnnggtaaaggacgagggcttgtttggaattgcttatttgagcttatatac |
516 |
Q |
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| T |
39549136 |
cattctttgtttagtagaatatgagaatatacaatattatgagggaaaaaaaggtaaaggacgagggcttgtttggaattgcttatttgagcttatataa |
39549235 |
T |
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| Q |
517 |
caggaaaaacacccgtgagactgtttggaagtacttat |
554 |
Q |
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| T |
39549236 |
caggaaaaacacccgtgagactgtttggaagtacttat |
39549273 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 17 - 461
Target Start/End: Original strand, 39565650 - 39566094
Alignment:
| Q |
17 |
cttacatgtttccatttattcccaaggaactcattatttaccatggcgttttgtccatacatcatgggtgatatccaaaatccccatatccaccannnnn |
116 |
Q |
| |
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| T |
39565650 |
cttacatgtttccatttattcccaaggaactcattatttaccatggcattttgtccatacatcataggtgatatccagaatccccatatccacccatttt |
39565749 |
T |
|
| Q |
117 |
nnattctgtctgtgagcataa-gcaaagaaaagagaagagaaatcttataggatagaacataatgagacaaacgatgtgattgtttatttgttttagat- |
214 |
Q |
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| T |
39565750 |
ttatactgtctatgatcataaagaaaagaaaagagaggagaactctta--gtatagaacgtagtgagacaaacactgtgattatttatttgttgtatcca |
39565847 |
T |
|
| Q |
215 |
tcatgataccttttgataggacaaaaccactcatagcgaaaagaatggcaagtgcaaatgatccaaatgttagagccactgtcatgtccctcccaactgc |
314 |
Q |
| |
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| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
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| T |
39565848 |
taataataccttttgataggacaaaaccactcatagcgaaaaggatggcaattgcaaatgatccaaatgttagagccactgtcatgtccctccctactgc |
39565947 |
T |
|
| Q |
315 |
tgcaatgaatctgaataatgcagaagccatctggtttactagtacaagaataagatattgtctgaaaaacctgcgttaggaagtatatagagaaatgaat |
414 |
Q |
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| T |
39565948 |
tgcaatgaatctgaataatgcagtagccatctggtgtactagtacaagaataagatattgtctgaaaaatctgcatcaggaagtagaaatgcaaatggat |
39566047 |
T |
|
| Q |
415 |
atcattctttgtttagtagaatatgagaatatacaatattatgaggg |
461 |
Q |
| |
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|
|
| T |
39566048 |
atcattatttgtttggtaggatataagaatatacaatggtatgaggg |
39566094 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 17 - 388
Target Start/End: Original strand, 39539313 - 39539676
Alignment:
| Q |
17 |
cttacatgtttccatttattcccaaggaactcattatttaccatggcgttttgtccatacatcatgggtgatatccaaaatccccatatccaccannnnn |
116 |
Q |
| |
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|
| T |
39539313 |
cttacacgtttccatttattcccaaggaactcattatttaccatggcattttgtgcatacatcataggtgatatccaaaatgcccatatccaccattttt |
39539412 |
T |
|
| Q |
117 |
nnattctgtctgtgagcataa-gcaaagaaaagagaagagaaatcttataggatagaacataatgagacaaacgatgtgattgtttatttgttttagatt |
215 |
Q |
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| T |
39539413 |
ttatactgtctgcgagcataaagcaaataaaagagagtagaacgctta--ggataga-------gagacaaacactgtgattgtttatttgttttagatt |
39539503 |
T |
|
| Q |
216 |
catgataccttttgataggacaaaaccactcatagcgaaaagaatggcaagtgcaaatgatccaaatgttagagccactgtcatgtccctcccaactgct |
315 |
Q |
| |
|
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|
| T |
39539504 |
catgataccttttgataggacaaaaccactcattgcaaaaagaatggcaagtgcaaatgatccaaatgttagagccactgtcatgtccctcccaacagct |
39539603 |
T |
|
| Q |
316 |
gcaatgaatctgaataatgcagaagccatctggtttactagtacaagaataagatattgtctgaaaaacctgc |
388 |
Q |
| |
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|
|
| T |
39539604 |
gcaatgaatctgaataacgcagaagccatctggtgtactagtacaagaataaggtattgcctaaaaaatctgc |
39539676 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 17 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 39348099 - 39347675
Alignment:
| Q |
17 |
cttacatgtttccatttattcccaaggaactcattatttaccatggcgttttgtccatacatcatgggtgatatccaaaatccccatatccaccannnnn |
116 |
Q |
| |
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|
| T |
39348099 |
cttacatgtttccatttattcccaaggaactcattaattaccatggcattttgtccatacatcaaaggtgatatccaaaatccccaaatccaccattttt |
39348000 |
T |
|
| Q |
117 |
nnattctgtctgtgagcat----aagcaaagaaaagagaagagaaatcttataggatagaacataatgagacaaacgatgtgattgtttattt-gtttta |
211 |
Q |
| |
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|| |||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||| ||||| |
|
|
| T |
39347999 |
ttatactgtctatgagcagcataaagcaaagaaaagaga---gaaatctta--gtatagaacatagtgagacaaacactgtgattgttttttttgttttg |
39347905 |
T |
|
| Q |
212 |
gattcatgat---------accttttgataggacaaaaccactcatagcgaaaagaatggcaagtgcaaatgatccaaatgttagagccactgtcatgtc |
302 |
Q |
| |
|
|| | | || |||||||||||| |||||||||||||| | ||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
39347904 |
tatccgtaattattatagtaccttttgatagaacaaaaccactcattgaaaaaaggatggcaattgcaaatgatacaaatgttagagccactgtcatgtc |
39347805 |
T |
|
| Q |
303 |
cctcccaactgctgcaatgaatctgaataatgcagaagccatctggtttactagtacaagaataagatattgtctgaaaaacctgcgttaggaagtatat |
402 |
Q |
| |
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||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
39347804 |
cctcccaactgctgcaacgaatctgaacaatgcagcagccatctggtgtactagtacaagaataaggtattgtctgaaaaatctgcattaggaagtatat |
39347705 |
T |
|
| Q |
403 |
agagaaatgaatatcattctttgtttagta |
432 |
Q |
| |
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||| ||||| |||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
39347704 |
agacaaatgcatatcattatttgtttagta |
39347675 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 180; E-Value: 6e-97
Query Start/End: Original strand, 17 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 39364906 - 39364528
Alignment:
| Q |
17 |
cttacatgtttccatttattcccaaggaactcattatttaccatggcgttttgtccatacatcatgggtgatatccaaaatccccatatccaccannnnn |
116 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
39364906 |
cttacatgtttccatttatttccaaggaactcattaattaccacggcattttgtccatacatcaaaggtgatatccaaaatccccatatccaccattttt |
39364807 |
T |
|
| Q |
117 |
nnattctgtctgtgagcataa-gcaaagaaaagagaagagaaatcttataggatagaacataatgagacaaacgatgtgattgtttatttgttttagatt |
215 |
Q |
| |
|
| || |||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||| | |||||||||||||| |||| | | ||||||||||||| |||| ||| |
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| T |
39364806 |
ttgtactacctgtgagcataaagcaaagaaaagaga---gaactctta--gcatagaacataatgaaacaagcactttgattgtttattttttttggatc |
39364712 |
T |
|
| Q |
216 |
cat---gataccttttgataggacaaaaccactcatagcgaaaagaatggcaagtgcaaatgatccaaatgttagagccactgtcatgtccctcccaact |
312 |
Q |
| |
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||| | ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |
|
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| T |
39364711 |
catatcggtaccttttgttaggacaaaaccactcatagaaaaaaggatggcaagtgcaaatgatccaagtgttagagtcactgtcatgtccctcccaact |
39364612 |
T |
|
| Q |
313 |
gctgcaatgaatctgaataatgcagaagccatctggtttactagtacaagaataagatattgtctgaaaaacctgcgttaggaa |
396 |
Q |
| |
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||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||| ||||||| |
|
|
| T |
39364611 |
gctgcaatgaatctgaacaatgcagtagccatctggtgtactagtacaaggataaggtattgtctgaaaaatctgcattaggaa |
39364528 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 160; E-Value: 5e-85
Query Start/End: Original strand, 17 - 394
Target Start/End: Complemental strand, 39336802 - 39336435
Alignment:
| Q |
17 |
cttacatgtttccatttattcccaaggaactcattatttaccatggcgttttgtccatacatcatgggtgatatccaaaatccccatatccaccannnnn |
116 |
Q |
| |
|
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|
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| T |
39336802 |
cttacatgtttccatttattcccaaggaactcattatttaccatggcattttgtccatacatcaaaggtgatatccaaaatgcccatatccaccattttt |
39336703 |
T |
|
| Q |
117 |
nnattctgtctgtgagcataa-gcaaagaaaagagaagagaaatcttataggatagaacataatgagacaaacgatgtgattgtttatttgttttagatt |
215 |
Q |
| |
|
|| | |||| ||||||||| |||||||||||| | ||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||| || |
|
|
| T |
39336702 |
ttataccgtctatgagcataaagcaaagaaaagaaa---gaaatcttagtgg--------------gacaaacactgtgattgtttatttgttttgtatc |
39336620 |
T |
|
| Q |
216 |
c------atgataccttttgataggacaaaaccactcatagcgaaaagaatggcaagtgcaaatgatccaaatgttagagccactgtcatgtccctccca |
309 |
Q |
| |
|
| || ||||||||||||| |||||||||||||| | ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
39336619 |
cgtatttatagtaccttttgatagaacaaaaccactcattgaaaaaaggatggcaattgcaaatgatccaaatgttagagccactgtcatgtccctccca |
39336520 |
T |
|
| Q |
310 |
actgctgcaatgaatctgaataatgcagaagccatctggtttactagtacaagaataagatattgtctgaaaaacctgcgttagg |
394 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||| |
|
|
| T |
39336519 |
actgctgcaatgaatctgaataatgcagcagccatctggtgtactagtacaagaataaggtattgtctgaaaaatctgcattagg |
39336435 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 43 - 110
Target Start/End: Original strand, 39590197 - 39590264
Alignment:
| Q |
43 |
gaactcattatttaccatggcgttttgtccatacatcatgggtgatatccaaaatccccatatccacc |
110 |
Q |
| |
|
|||||| ||||| || | ||| |||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
39590197 |
gaactcgttattcactacggcattttgtgcatacatcataggtgatatccagtatccccatatccacc |
39590264 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 19 - 111
Target Start/End: Original strand, 39622945 - 39623037
Alignment:
| Q |
19 |
tacatgtttccatttattcccaaggaactcattatttaccatggcgttttgtccatacatcatgggtgatatccaaaatccccatatccacca |
111 |
Q |
| |
|
||||||| ||||| | ||||| ||||||||||||| | || ||| || ||||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||| |
|
|
| T |
39622945 |
tacatgtctccatgtcttcccttggaactcattattcaacaaggcattctgtccatacattgcaggtgatatccaaaattcccataaccacca |
39623037 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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