View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF2138_low_14 (Length: 407)
Name: NF2138_low_14
Description: NF2138
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF2138_low_14 |
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| [»] chr7 (7 HSPs) |
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Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 349; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 349; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 407
Target Start/End: Original strand, 777789 - 778183
Alignment:
| Q |
17 |
actttctaaatctattactcgttcgtaggctctacaacaagaaaagaaaattaatgcatggtcagcatatatggaatataaatatagggagcacttggaa |
116 |
Q |
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| T |
777789 |
actttctaaatctattactcgttcgtaggctctacaaccagaaaagaaaattaatgcatggtcagcatatatggaatataaatatagggagcacttggaa |
777888 |
T |
|
| Q |
117 |
taaagtgagcacttggattccctcaccactcactttttacacttggctatctacaaatttagtttttgatttggtctttcaaccatagaattcgataggg |
216 |
Q |
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| T |
777889 |
taaagtgagcacttggattccctcaccactcactttttacacttggctatctacaaatttagtttttgatttggtctttcaaccatagaattcgataggg |
777988 |
T |
|
| Q |
217 |
taggagataatgattgtctcaattcttatacttcattttagaattatttgagaggtgt--aagagaaatagatagaaaaggaatagaaagacatgaaaga |
314 |
Q |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||| |
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| T |
777989 |
taggagataatgattgtctcaattcttatacttcattttagaattatttgagaggtgtaaaagaggtatagatggaaaaggaagagaaagacatgaaaga |
778088 |
T |
|
| Q |
315 |
gaatgaactctaacatgtgatagaaaaagacataaacac--ataatacacgcgcttgcatatggaaggagtcaattttgataattcctccctatg |
407 |
Q |
| |
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|
| T |
778089 |
gaatgaactctaacatgtgatagaaaaagacataaacacatataatacacgcgcttgcatatggaaggagtcaattttgctaattcctccctatg |
778183 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 318; E-Value: 1e-179
Query Start/End: Original strand, 17 - 363
Target Start/End: Original strand, 788470 - 788818
Alignment:
| Q |
17 |
actttctaaatctattactcgttcgtaggctctacaacaagaaaagaaaattaatgcatggtcagcatatatggaatataaatatagggagcacttggaa |
116 |
Q |
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| T |
788470 |
actttctaaatctattactcgttcgtaggctctacaaccagaaaagaaaattaatgcatggtcagcatatatggaatataaatatagggagcacttggaa |
788569 |
T |
|
| Q |
117 |
taaagtgagcacttggattccctcaccactcactttttacacttggctatctacaaatttagtttttgatttggtctttcaaccatagaattcgataggg |
216 |
Q |
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| T |
788570 |
taaagtgagcacttggattccctcaccactcactttttacacttggctatctacaaatttagtttttgatttggtctttcaaccatagaattcgataggg |
788669 |
T |
|
| Q |
217 |
taggagataatgattgtctcaattcttatacttcattttagaattatttgagaggtgt--aagagaaatagatagaaaaggaatagaaagacatgaaaga |
314 |
Q |
| |
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|
| T |
788670 |
taggagataatgattgtctcaattcttatacttcattttagaattatttgagaggtgtaaaagaggtatagatggaaaaggaagagaaagacatgaaaga |
788769 |
T |
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| Q |
315 |
gaatgaactctaacatgtgatagaaaaagacataaacacataatacacg |
363 |
Q |
| |
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| T |
788770 |
gaatgaactctaacatgtgatagaaaaagacataaacacataatacacg |
788818 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 165; E-Value: 4e-88
Query Start/End: Original strand, 21 - 314
Target Start/End: Original strand, 818952 - 819253
Alignment:
| Q |
21 |
tctaaatctattactcgttcgtaggctctacaacaagaaaagaaaattaatgcatggtcagcatatatggaatataaatataggg--agca-----cttg |
113 |
Q |
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| T |
818952 |
tctaaatctattactcgttcgtaggcactacaagctgaaaagaaaattaatgcatggtcagcatatatggaatataaatatagttctagtatacacctta |
819051 |
T |
|
| Q |
114 |
gaataaagtgagcacttggattccctcaccactcactttttacacttggctatctacaaatttagtttttgatttggtctttcaaccatagaattcgata |
213 |
Q |
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|
| T |
819052 |
gaataaaggaagcacttggattccctcaccactcactttttacacttggctatctacaaatttagtttttgatttggt-atgcaaccatagaatttgata |
819150 |
T |
|
| Q |
214 |
gggtaggagataatgattgtctcaattcttatacttcattttagaattatttgagaggtgt--aagagaaatagatagaaaaggaatagaaagacatgaa |
311 |
Q |
| |
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| T |
819151 |
ggataggagataatgattgtctaaattcttatacttcatgttagaattatttgagaggtgtaaaagaggtatagatggaaaaggaagagaaagatgtgaa |
819250 |
T |
|
| Q |
312 |
aga |
314 |
Q |
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||| |
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|
| T |
819251 |
aga |
819253 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 157; E-Value: 2e-83
Query Start/End: Original strand, 17 - 343
Target Start/End: Original strand, 830408 - 830744
Alignment:
| Q |
17 |
actttctaaatctattactcgttcgtaggctc--tacaacaagaaaagaaaattaatgcatggtcagcatatatggaatata-------aata-taggga |
106 |
Q |
| |
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||||| ||||||| |||||| ||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |
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| T |
830408 |
actttttaaatcttttactcattcgtaggcacactacaagctgaaaagaaaattaatgcatggtcagcatatatggaatatataaatacaatactagtat |
830507 |
T |
|
| Q |
107 |
gcacttg-gaataaagtgagcacttggattccctcaccactcactttttacacttggctatctacaaatttagtttttgatttggtctttcaaccataga |
205 |
Q |
| |
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|
| T |
830508 |
acacctcagaataaagggagcacttggattccctcaccactcactatttacacttggctatctacaaatttagtttttgatttggtctttcaaccataga |
830607 |
T |
|
| Q |
206 |
attcgatagggtaggagataatgattgtctcaattcttatacttcattttagaattatttgagaggtgtaagagaaatagatagaaaaggaatagaaaga |
305 |
Q |
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| T |
830608 |
atttgataggaaaggagataatgatcgtctcaactcttatacttcattttagaattatttgagaggtgtaagagagatagatggaaaaggaagagagata |
830707 |
T |
|
| Q |
306 |
catgaaagagaatgaactctaacatgtgatagaaaaag |
343 |
Q |
| |
|
| | ||||||||| || | || |||||||||||||||| |
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| T |
830708 |
cgttaaagagaat-aagtgtaccatgtgatagaaaaag |
830744 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 157; E-Value: 2e-83
Query Start/End: Original strand, 17 - 343
Target Start/End: Original strand, 1195588 - 1195924
Alignment:
| Q |
17 |
actttctaaatctattactcgttcgtaggctc--tacaacaagaaaagaaaattaatgcatggtcagcatatatggaatata-------aata-taggga |
106 |
Q |
| |
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||||| ||||||| |||||| ||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |
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| T |
1195588 |
actttttaaatcttttactcattcgtaggcacactacaagctgaaaagaaaattaatgcatggtcagcatatatggaatatataaatacaatactagtat |
1195687 |
T |
|
| Q |
107 |
gcacttg-gaataaagtgagcacttggattccctcaccactcactttttacacttggctatctacaaatttagtttttgatttggtctttcaaccataga |
205 |
Q |
| |
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||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
1195688 |
acacctcagaataaagggagcacttggattccctcaccactcactatttacacttggctatctacaaatttagtttttgatttggtctttcaaccataga |
1195787 |
T |
|
| Q |
206 |
attcgatagggtaggagataatgattgtctcaattcttatacttcattttagaattatttgagaggtgtaagagaaatagatagaaaaggaatagaaaga |
305 |
Q |
| |
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||| |||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||| | | |
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| T |
1195788 |
atttgataggaaaggagataatgatcgtctcaactcttatacttcattttagaattatttgagaggtgtaagagagatagatggaaaaggaagagagata |
1195887 |
T |
|
| Q |
306 |
catgaaagagaatgaactctaacatgtgatagaaaaag |
343 |
Q |
| |
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| | ||||||||| || | || |||||||||||||||| |
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| T |
1195888 |
cgttaaagagaat-aagtgtaccatgtgatagaaaaag |
1195924 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 133; E-Value: 5e-69
Query Start/End: Original strand, 114 - 406
Target Start/End: Original strand, 8456423 - 8456713
Alignment:
| Q |
114 |
gaataaagtgagcacttggattccctcaccactcactttttacacttggctatctacaaatttagtttttgatttggtctttcaaccatagaattcgata |
213 |
Q |
| |
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|||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||| |||| |
|
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| T |
8456423 |
gaataaagggagcacttggattccctcaccactcactatttacactcggctatctacaattttagtttttgatttggtatt-caaccatagaatttgata |
8456521 |
T |
|
| Q |
214 |
gggtaggagataatgattgtctcaattcttatacttcattttagaattatttgagaggtgtaagaga--aatagatag-aaaaggaatagaaagacatga |
310 |
Q |
| |
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|| ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||||||| |||||||| ||| |
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| T |
8456522 |
ggataggagacaatgattgtctaaattcttatacttcattttagaattatttgagaggtgtaagagaggtatagatggaaaaaggaagagaaagacgtga |
8456621 |
T |
|
| Q |
311 |
aagagaatgaactctaacatgtgatagaaaaagacataaacacataataca-cgcgcttgcatatggaaggagtcaattttgataattcctccctat |
406 |
Q |
| |
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|||||||| || | ||||||| ||| ||||||| ||| |||||||||| | | |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
8456622 |
aagagaat-aagtgtaacatgcgatggaaaaag----aaagacataatacatcaagaaaacatatgaaaggagtgaattttgataattcctccctat |
8456713 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 17 - 97
Target Start/End: Complemental strand, 8457738 - 8457658
Alignment:
| Q |
17 |
actttctaaatctattactcgttcgtaggctctacaacaagaaaagaaaattaatgcatggtcagcatatatggaatataa |
97 |
Q |
| |
|
||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
8457738 |
actttctaaatttattactcgttcgtaggcactacaacatgaaaagaaatttattgcatggtcagcatatatgaaatataa |
8457658 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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