View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21392_high_1_N (Length: 552)

Name: NF21392_high_1_N
Description: NF21392
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21392_high_1_N
NF21392_high_1_N
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (3-535)||(11780123-11780656)
chr1 (16-188)||(10424593-10424765)
chr1 (16-186)||(1624838-1625008)
chr1 (40-99)||(30731478-30731537)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (3-542)||(17158539-17159082)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (3-539)||(12101531-12102065)
[»] chr6 (6 HSPs)
chr6 (4-339)||(14977470-14977808)
chr6 (131-302)||(11776308-11776482)
chr6 (426-535)||(14977301-14977410)
chr6 (131-187)||(9352421-9352477)
chr6 (131-179)||(24353638-24353686)
chr6 (485-530)||(11776668-11776713)
[»] chr5 (4 HSPs)
chr5 (16-302)||(5781902-5782191)
chr5 (16-302)||(19069420-19069709)
chr5 (28-125)||(17763963-17764060)
chr5 (131-188)||(11724701-11724758)
[»] chr3 (6 HSPs)
chr3 (21-188)||(16311632-16311799)
chr3 (21-188)||(18488416-18488583)
chr3 (21-188)||(18492626-18492793)
chr3 (36-199)||(19829018-19829181)
chr3 (50-188)||(16314023-16314161)
chr3 (50-188)||(18495017-18495155)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (32-188)||(17459431-17459587)
[»] scaffold0021 (1 HSPs)
scaffold0021 (475-533)||(140467-140525)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 466; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 466; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 3 - 535
Target Start/End: Original strand, 11780123 - 11780656
Alignment:
Q  3 gtgctcaacaattgatgaatgtggtacatgctcatgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgag 102  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11780123 gtgctcaacaattgatgaatgtggtacatgctcatgggcacccttcggactctccaccagctcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgag 11780222  T
Q  103 agcgttggagtaacatcgtcaactacatggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgcacttcatcatgcaacc 202  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |    
T  11780223 agcgttggagtaacatcgtcaactacatggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgcttcactctctcagaatgcatttcatcatgcaatc 11780322  T
Q  203 ggg-aaacaatttcaaacactggcgtagctagtagcagctcctcactagaaatgttgtcaaacacgttatgcagtggaaagctgaaagatgttgacgaca 301  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  11780323 ggggaaacaatttcaaacactggcgtagctagtagcagctcctcactagaaacgctgtcaaacacgttatgtagtggaaagctgaaagatgttgacgaca 11780422  T
Q  302 atgatgtcctaggcatagggaccgtcatatgagaagtaacaactgatgatgtagaattaacaaccggccccatgtgtgagctagcaataatagggtccgg 401  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11780423 atgatgtcctgggcatagggaccgtcatatgagaagtaacaactgctgaagtagaattaacaaccgaccccatgtgtgagctagcaataatagggtccgg 11780522  T
Q  402 aatagcctgagaaggcggagctagtgttgaaggggcagtagtaaccggagctctctgagaagtgctgattgtcgaagtaatcggaaccggaacccaagtc 501  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  11780523 aatagcctgagaaggcggagctagtgttgaaggggcagtagtaaccggaactctctgagaagtggtgactgtcgaagtaatcggaaccggaacctaagtc 11780622  T
Q  502 caagtacttccattggccgaagtggaagcccccc 535  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11780623 caagtacttccattggccgaagtggaagcccccc 11780656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 16 - 188
Target Start/End: Original strand, 10424593 - 10424765
Alignment:
Q  16 gatgaatgtggtacatgctcatgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgagagcgttggagtaa 115  Q
    ||||||||||||||| |||| | || |||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||| |||||||||||| || |||||   ||  |    
T  10424593 gatgaatgtggtacacgctcgtaggaacccttaggactctccaccagctcccgtgggcgcgaacgattatattccacatcatcagaaagcgtaacagaga 10424692  T
Q  116 catcgtcaactacatggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgcac 188  Q
    |||| || || ||  ||||||||||  |||||||||||||| ||||| | || ||||||||||||||||||||    
T  10424693 catcatccaccacggggttctccaatacctcccgcgatgtcagatgcaattgttccactctctcagaatgcac 10424765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 16 - 186
Target Start/End: Original strand, 1624838 - 1625008
Alignment:
Q  16 gatgaatgtggtacatgctcatgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgagagcgttggagtaa 115  Q
    ||||||||||||||| |||| |||| |||||| |||||||| ||||| ||| | |||| ||||  ||| ||||||||||||||  | |||||   ||| |    
T  1624838 gatgaatgtggtacacgctcgtgggaacccttgggactctcgaccagctcccgcgggctcgaactattgtgttccacatcatcataaagcgtaacagtga 1624937  T
Q  116 catcgtcaactacatggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgc 186  Q
    |||| || ||     ||||| ||||| |||||||||||||| ||||| |||| || ||||||||| |||||    
T  1624938 catcatccaccgtggggttccccaacacctcccgcgatgtcagatgcaactgttctactctctcaaaatgc 1625008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 40 - 99
Target Start/End: Complemental strand, 30731537 - 30731478
Alignment:
Q  40 gcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatcc 99  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||| |  ||||| |||||||||| |||||    
T  30731537 gcacccttgggactctccaccagctcctgtgggctcacatgatcatgttccacaccatcc 30731478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 298; Significance: 1e-167; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 298; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 3 - 542
Target Start/End: Original strand, 17158539 - 17159082
Alignment:
Q  3 gtgctcaacaattgatgaatgtggtacatgctcatgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgag 102  Q
    ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||| |||||||||||||  | ||  ||| ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  17158539 gtgcttaacaattgatgaatgtagtacatgctcatggtcccccttgggactctccaccaactactaggggtgcgaatgattatgctccacatcatccgag 17158638  T
Q  103 agcgttggagtaacatcgtcaactacatggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctcc-actctctcagaatgcacttcatcatgc--- 198  Q
    || || | ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||       
T  17158639 agtgtcgcagtaacatcgtcaaccacagggttctccaactcctcccgcgatatcggatgcgactgatcccactctctcagaatgcacttcatcgtgcgca 17158738  T
Q  199 aaccgggaaacaatttcaaacactggcgtagctagtagcagctcctcactagaaatgttgtcaaacacgttatgcagtggaaagctgaaagatgttgacg 298  Q
    |||  ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||    
T  17158739 aactaggaaacaatttcaaacactggcgtagcgagtggcagcttttcactagaaatgttgtcaaacacgttatgtagtggaaagctgaaaggtgttgacg 17158838  T
Q  299 acaatgatgtcctaggcatagggaccgtcatatgagaagtaacaactgatgatgtagaattaacaaccggccccatgtgtgagctagcaataatagggtc 398  Q
    ||||||| ||| | ||||||||||| ||||  |||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || || |    
T  17158839 acaatgacgtcttgggcatagggactgtcaactgagaagtaacaactgctgaagtagaagtaacaaccggccccatgtgtgagctagcaatagtacggac 17158938  T
Q  399 cggaatagcctgagaaggcggagctagtgttgaaggggcagtagtaaccggagctctctgagaagtgctgattgtcgaagtaatcggaaccggaacccaa 498  Q
    ||||||||||||||||| | |||| ||||||||||||| |||||||||| || |||||||| ||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  17158939 cggaatagcctgagaagacagagccagtgttgaaggggtagtagtaaccagaactctctgaaaagtggtgactgttgaagtaatcggaaccggaacccaa 17159038  T
Q  499 gtccaagtacttccattggccgaagtggaagccccccatctgtg 542  Q
    ||| | ||||| ||||||||| |||| |||||||||||| ||||    
T  17159039 gtcgaggtactgccattggccaaagttgaagccccccatatgtg 17159082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 164; Significance: 2e-87; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 164; E-Value: 2e-87
Query Start/End: Original strand, 3 - 539
Target Start/End: Complemental strand, 12102065 - 12101531
Alignment:
Q  3 gtgctcaacaattgatgaatgtggtacatgctcatgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattat----gttccacatcatc 98  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||    |||||||||        
T  12102065 gtgctcaacaattgatgaatgtggtacatgctcataggcacccttgggactctccaccagctcccgggggcgcgaatgattatatatgttccacat---- 12101970  T
Q  99 cgagagcgttggagtaacatcgtcaactacatggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgcacttcatcatgc 198  Q
         |  | | ||||||||||||| | |   ||||||||||||||||||||||||||| ||| |  |||||| ||||||||| |||||| ||||| |||    
T  12101969 -----gtatcgtagtaacatcgtcagccatggggttctccaactcctcccgcgatgtcgaatgtgtttgctccgctctctcaggatgcacgtcatcgtgc 12101875  T
Q  199 aacc---gggaaacaatttcaaacactggcgtagctagtagcagctcctcactagaaatgttgtcaaacacgttatgcagtggaaagctgaaagatgttg 295  Q
    |      |||||| ||||||||||||| | || ||| || | |||||||| |||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  12101874 acaattggggaaataatttcaaacactcgtgttgcttgtggtagctcctcgctagaaatattgttaaacacgttatgtagtggaaagctgaaagatgttg 12101775  T
Q  296 acgacaatgatgtcctaggcatagggac-----cgtcatatgagaagtaacaactgatgatgtagaattaacaaccggccccatgtgtgagctagcaata 390  Q
    |||||||||| ||| ||||||||| ||      | |||| || |||||| |||||| ||| ||||| | |||||||| ||||||| |||||| ||         
T  12101774 acgacaatgacgtcataggcatagtgattccttcatcatctgtgaagtatcaactgttgaagtagagtgaacaaccgaccccatgggtgagcaag----- 12101680  T
Q  391 atagggtccggaatagcctgagaaggcggagctagtgttgaaggggcagtagtaaccggagctctctgagaagtgctgattgtcgaagtaatcggaaccg 490  Q
     ||||| ||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||| ||| ||| || ||||||||| |||| ||| | ||||||||||| ||| ||    
T  12101679 -taggggccggaatagccagagaaggctgagccagtgttgaaggggcagaagtgaccagaactctctgagtagtggtgactatcgaagtaatcagaatcg 12101581  T
Q  491 gaacccaagtccaagtacttccattggccgaagtggaagcc-ccccatct 539  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  12101580 gaacccaagtccaggtactgccattggctgaagtggaagcctccccatct 12101531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 108; Significance: 6e-54; HSPs: 6)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 108; E-Value: 6e-54
Query Start/End: Original strand, 4 - 339
Target Start/End: Complemental strand, 14977808 - 14977470
Alignment:
Q  4 tgctcaacaattgatgaatgtggtacatgctcatgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgaga 103  Q
    |||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||| | |||  |||||||||||||||||||||||  || |    
T  14977808 tgctaaacaatggatgaatgtggaacatgctcatgggaacccttgggactctccaccagctcccgcggggtcgaatgattatgttccacatcataagata 14977709  T
Q  104 gcgttggagtaacatcgtcaactacatggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgcacttcatcat--gcaac 201  Q
    |||| | |||||||||||||||     || ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |  |||||    
T  14977708 gcgtagcagtaacatcgtcaaccgttgggatctgcacctcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcggaatgcacgtcatcgtgcgcaac 14977609  T
Q  202 -cgggaaacaatttcaaacactggcgtagctagtagcagctcctcactagaaatgttgtcaaacacgttatgcagtggaaagctgaaagatgttgacgac 300  Q
      |||| ||||  |||| |||||| ||||||  | ||| || ||||||||||||  | ||||||| ||| || | ||| ||||| ||||||||||| |||    
T  14977608 tggggacacaaactcaatcactggtgtagcttctggcaacttctcactagaaatactatcaaacatgttgtgtaatgggaagctaaaagatgttgatgac 14977509  T
Q  301 aatgatgtcctaggcatagggaccgtcatatgagaagta 339  Q
    || || ||||| |||| ||||||| |||| |||||||||    
T  14977508 aaagacgtcctgggcacagggaccatcatctgagaagta 14977470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 131 - 302
Target Start/End: Original strand, 11776308 - 11776482
Alignment:
Q  131 ggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgcacttcatcatg--caac-cgggaaacaatttcaaacactggcgt 227  Q
    |||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||  ||||  |||||||||  || |||||||| ||    
T  11776308 ggttctccaactcctcccgcgatgactgatgcaactgctccactctctcagaatgcacatcatcgtgcacaacaggggaaacaacctctaacactggtgt 11776407  T
Q  228 agctagtagcagctcctcactagaaatgttgtcaaacacgttatgcagtggaaagctgaaagatgttgacgacaa 302  Q
    | |  || ||| |||||||  |||||| ||||||||| | ||||| | |||||||||||||||  ||||||||||    
T  11776408 aacatgtggcaactcctcatgagaaattttgtcaaacgcattatgtaatggaaagctgaaagagtttgacgacaa 11776482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 426 - 535
Target Start/End: Complemental strand, 14977410 - 14977301
Alignment:
Q  426 tgttgaaggggcagtagtaaccggagctctctgagaagtgctgattgtcgaagtaatcggaaccggaacccaagtccaagtacttccattggccgaagtg 525  Q
    ||||| || ||||| |||||| ||| |||||||||| ||  | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||    
T  14977410 tgttgcagaggcagaagtaactggaactctctgagaggtagtaattgtcgaagtaatcggaaccggaacccaagtacaagtactgccattggctgaagtg 14977311  T
Q  526 gaagcccccc 535  Q
    ||||| ||||    
T  14977310 gaagctcccc 14977301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 131 - 187
Target Start/End: Original strand, 9352421 - 9352477
Alignment:
Q  131 ggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgca 187  Q
    ||||||||||| |||| ||||||||| || || |||| |||||||||||||||||||    
T  9352421 ggttctccaacacctctcgcgatgtcagacgcaactgttccactctctcagaatgca 9352477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 131 - 179
Target Start/End: Original strand, 24353638 - 24353686
Alignment:
Q  131 ggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctc 179  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| | |||||||    
T  24353638 ggttctccaactcctcccgcgatgtctgatgcaactgcttcgctctctc 24353686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 485 - 530
Target Start/End: Original strand, 11776668 - 11776713
Alignment:
Q  485 gaaccggaacccaagtccaagtacttccattggccgaagtggaagc 530  Q
    ||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||| |||||||    
T  11776668 gaaccggaacccacgtccaagcgcttccattggccgaaatggaagc 11776713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 71; Significance: 7e-32; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 71; E-Value: 7e-32
Query Start/End: Original strand, 16 - 302
Target Start/End: Original strand, 5781902 - 5782191
Alignment:
Q  16 gatgaatgtggtacatgctcatgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgagagcgttggagtaa 115  Q
    |||||| ||| |||| ||||||||| |||||| |||||||||||||| ||| | |||  ||||||||| |||||||||||||| || || ||   |||||    
T  5781902 gatgaacgtgatacacgctcatgggaacccttgggactctccaccagctcccgcgggatcgaatgattgtgttccacatcatcagaaagtgtaacagtaa 5782001  T
Q  116 catcgtcaactacatggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgcacttcatcat--gcaac-cgggaaacaat 212  Q
    |||| || ||    |||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||| |  |||||  |||||||||     
T  5782002 catcatccaccgtgtggttctccaactccttccgcgatgtctgatgcaactgctcctctctctcagaatgcacgtcatcgtgcgcaacaagggaaacaac 5782101  T
Q  213 ttcaaacactggcgtagctagtagcagctcctcactagaaatgttgtcaaacacgttatgcagtggaaagctgaaagatgttgacgacaa 302  Q
     || ||||||||||||||   | |||||||||||  ||||||  | |  ||||| || || | |||||||||||||||  ||||||||||    
T  5782102 ctctaacactggcgtagcacatggcagctcctcaggagaaattctattgaacacattgtgtaatggaaagctgaaagagtttgacgacaa 5782191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 16 - 302
Target Start/End: Original strand, 19069420 - 19069709
Alignment:
Q  16 gatgaatgtggtacatgctcatgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgagagcgttggagtaa 115  Q
    |||||||||| || | ||||||||  |||||| |||||||||||||| ||||| |||  ||||||||| |||||||||||||  || || ||   |||||    
T  19069420 gatgaatgtgatatacgctcatggaaacccttgggactctccaccagctcctgcgggatcgaatgattgtgttccacatcattagaaagggtaacagtaa 19069519  T
Q  116 catcgtcaactacatggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgcacttcatcat--gcaac-cgggaaacaat 212  Q
    |||| || ||     |||||||||||||||| ||||||||| ||||| || ||||| |||||||||||||||| ||||| |  |||||  |||||| ||     
T  19069520 catcttccaccgtggggttctccaactcctctcgcgatgtctgatgcaaccgctcctctctctcagaatgcacgtcatcgtgcgcaacaggggaaataac 19069619  T
Q  213 ttcaaacactggcgtagctagtagcagctcctcactagaaatgttgtcaaacacgttatgcagtggaaagctgaaagatgttgacgacaa 302  Q
     || ||||||||||||||  || ||||||||| |  |||||| ||||||||| | || || | |||||||||||||||  ||||||||||    
T  19069620 ctctaacactggcgtagcacgtggcagctccttaggagaaattttgtcaaacgcattgtgtaatggaaagctgaaagagtttgacgacaa 19069709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 28 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 17764060 - 17763963
Alignment:
Q  28 acatgctcatgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgagagcgttggagtaacatcgtcaac 125  Q
    ||||||||||||| ||||||  ||||||||||||| ||| |   ||   |||||||||||||||||||||| || ||||| | ||||||||| |||||    
T  17764060 acatgctcatgggaacccttgagactctccaccagctcccgccagcttaaatgattatgttccacatcatcagaaagcgtagcagtaacatcatcaac 17763963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 131 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 11724758 - 11724701
Alignment:
Q  131 ggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgcac 188  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| ||||| | |||||  |||||| |||||||||    
T  11724758 ggttctccaacacctcccgcgatgtcagatgcaattgctctgctctcttagaatgcac 11724701  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 52; Significance: 1e-20; HSPs: 6)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 21 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 16311799 - 16311632
Alignment:
Q  21 atgtggtacatgctcatgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgagagcgttggagtaacatcg 120  Q
    ||||| |||| |||| | || |||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||| |||||||||||| || |||||   ||  |||||     
T  16311799 atgtgatacacgctcgtaggaacccttgggactctccaccagctcccgtgggcgcgaacgattatattccacatcatcagaaagcgtaacagagacatca 16311700  T
Q  121 tcaactacatggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgcac 188  Q
    || || ||  ||||||||||| |||||||||||||| ||||| | || |||||| ||||| |||||||    
T  16311699 tccaccacggggttctccaacacctcccgcgatgtcagatgcaattgttccactttctcaaaatgcac 16311632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 21 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 18488583 - 18488416
Alignment:
Q  21 atgtggtacatgctcatgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgagagcgttggagtaacatcg 120  Q
    ||||| |||| |||| | || |||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||| |||||||||||| || |||||   ||  |||||     
T  18488583 atgtgatacacgctcgtaggaacccttgggactctccaccagctcccgtgggcgcgaacgattatattccacatcatcagaaagcgtaacagagacatca 18488484  T
Q  121 tcaactacatggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgcac 188  Q
    || || ||  ||||||||||| |||||||||||||| ||||| | || |||||| ||||| |||||||    
T  18488483 tccaccacggggttctccaacacctcccgcgatgtcagatgcaattgttccactttctcaaaatgcac 18488416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 21 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 18492793 - 18492626
Alignment:
Q  21 atgtggtacatgctcatgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgagagcgttggagtaacatcg 120  Q
    ||||| |||| |||| | || |||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||| |||||||||||| || |||||   ||  |||||     
T  18492793 atgtgatacacgctcgtaggaacccttgggactctccaccagctcccgtgggcgcgaacgattatattccacatcatcagaaagcgtaacagagacatca 18492694  T
Q  121 tcaactacatggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgcac 188  Q
    || || ||  ||||||||||| |||||||||||||| ||||| | || |||||| ||||| |||||||    
T  18492693 tccaccacggggttctccaacacctcccgcgatgtcagatgcaattgttccactttctcaaaatgcac 18492626  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 44; E-Value: 9e-16
Query Start/End: Original strand, 36 - 199
Target Start/End: Original strand, 19829018 - 19829181
Alignment:
Q  36 atgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgagagcgttggagtaacatcgtcaactacatggttc 135  Q
    ||||| |||||| |||||||||||||| ||| | |||  ||||||||| |||||||||||||| || || ||   |||||||||||  |||    |||||    
T  19829018 atgggaacccttgggactctccaccagctcccgcgggttcgaatgattgtgttccacatcatcagaaagtgtaacagtaacatcgttcactgtggggttc 19829117  T
Q  136 tccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgcacttcatcatgca 199  Q
    ||||||||| || | |||||| | ||| || ||||| |||||||||||||||| ||||| ||||    
T  19829118 tccaactccccctgtgatgtctggtgcaaccgctcctctctctcagaatgcacgtcatcgtgca 19829181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 50 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 16314161 - 16314023
Alignment:
Q  50 gactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgagagcgttggagtaacatcgtcaactacatggttctccaactcctcccg 149  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||| |||||||||||| || |||||   ||  ||||| || || ||  ||||||||||| |||||||    
T  16314161 gactctccaccagctcccgtgggcgcgaacgattatattccacatcatcagaaagcgtaacagagacatcatccaccacggggttctccaacacctcccg 16314062  T
Q  150 cgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgcac 188  Q
     |||||| ||||| | || |||||| ||||| |||||||    
T  16314061 tgatgtcagatgcaattgttccactttctcaaaatgcac 16314023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 50 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 18495155 - 18495017
Alignment:
Q  50 gactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgagagcgttggagtaacatcgtcaactacatggttctccaactcctcccg 149  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||| |||||||||||| || |||||   ||  ||||| || || ||  ||||||||||| |||||||    
T  18495155 gactctccaccagctcccgtgggcgcgaacgattatattccacatcatcagaaagcgtaacagagacatcatccaccacggggttctccaacacctcccg 18495056  T
Q  150 cgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgcac 188  Q
     |||||| ||||| | || |||||| ||||| |||||||    
T  18495055 tgatgtcagatgcaattgttccactttctcaaaatgcac 18495017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 45; Significance: 2e-16; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 32 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 17459587 - 17459431
Alignment:
Q  32 gctcatgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgagagcgttggagtaacatcgtcaactacatg 131  Q
    ||||||||| ||| ||  ||||||||||||  ||| | |||| ||||||||| |||||||||||||  || |||||   ||| |||||||| ||||   |    
T  17459587 gctcatggggaccgttgagactctccaccatctcccgcgggctcgaatgattgtgttccacatcattagaaagcgtaacagtgacatcgtccactatggg 17459488  T
Q  132 gttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgcac 188  Q
    |||||||||||  |||||||||||||||||| | |||||  ||||||| ||||||||    
T  17459487 gttctccaacttttcccgcgatgtcggatgcaattgctctgctctctcggaatgcac 17459431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0021 (Bit Score: 39; Significance: 0.0000000000008; HSPs: 1)
Name: scaffold0021
Description:

Target: scaffold0021; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 475 - 533
Target Start/End: Original strand, 140467 - 140525
Alignment:
Q  475 gaagtaatcggaaccggaacccaagtccaagtacttccattggccgaagtggaagcccc 533  Q
    |||||||| |||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  140467 gaagtaataggaaccgggaaccaagtccaagtacctccattggccgaagttgaagcccc 140525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University