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 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21392_high_28 (Length: 308)

Name: NF21392_high_28
Description: NF21392
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21392_high_28
NF21392_high_28
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (71-282)||(12888485-12888693)
chr4 (140-222)||(46879468-46879551)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (76-282)||(49358794-49358999)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (95-282)||(38149163-38149348)
chr8 (65-282)||(20519239-20519453)
chr8 (74-282)||(32919137-32919341)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (71-282)||(36593140-36593347)
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (71-278)||(22696786-22696989)
chr6 (187-282)||(34502715-34502810)
chr6 (71-184)||(34501314-34501420)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (74-281)||(36934480-36934685)
chr7 (142-258)||(5892651-5892769)
chr7 (71-146)||(5888856-5888932)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (79-181)||(27631875-27631977)
chr5 (161-282)||(36607593-36607717)
chr5 (200-249)||(27631967-27632018)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (138-281)||(32946613-32946756)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 149; Significance: 1e-78; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 149; E-Value: 1e-78
Query Start/End: Original strand, 71 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 12888693 - 12888485
Alignment:
Q  71 tgttgctgtcttgggggatgtccaagtggtggtgatgcagtttgcatgtggtgatctcagatctaaggtcatggtttattgagttgatggtgattttggt 170  Q
    |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  12888693 tgttgctgtcttaggtgatgtccaagtggtggtgatgcagtctgcgtgtggtgatctcaaatctaaggtcatggtttattgagttgatggtaattttggt 12888594  T
Q  171 ggttgttggtgatggatatcacaagtgacggttgttggtgttgagttgggaggcgaagtttactgtctctttcttgtgtggtggtgagctcaagggtgtg 270  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||  |||||    
T  12888593 ggttgttggtgatgggtatcacaggtggtggttgttggtgttgagttgggaggcgaagtttactgtctctttcttgtgt-gtggtgagttcaa--gtgtg 12888497  T
Q  271 gcgatgatgatg 282  Q
    ||||||||||||    
T  12888496 gcgatgatgatg 12888485  T

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Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 140 - 222
Target Start/End: Original strand, 46879468 - 46879551
Alignment:
Q  140 catggtttattgagttgatggtgattttggtggttgttggtgatggatatcacaag-tgacggttgttggtgttgagttgggag 222  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||| ||| ||||| ||||||| |||| |||| ||  |||||||||||||||||||||||    
T  46879468 catgttttattgagttaatggtgattttagtgattgtttgtgatgggtatctcaagatggtggttgttggtgttgagttgggag 46879551  T

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Target: chr3 (Bit Score: 120; Significance: 2e-61; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 76 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 49358999 - 49358794
Alignment:
Q  76 ctgtcttgggggatgtccaagtggtggtgatgcagtttgcatgtggtgatctcagatctaaggtcatggtttattgagttgatggtgattttggtggttg 175  Q
    |||||||||| |||||||||||||||   ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||||||    
T  49358999 ctgtcttgggtgatgtccaagtggtg---atgcagtttgcgtgtggtgatatcagatctaaggttatggtttattaagttcatggtgattttggtggttg 49358903  T
Q  176 ttggtgatggatatcacaagtgacggttgttggtgttgagttgggaggcgaa--gtttactgtctctttcttgtgtggtggtgagctcaagggtgtggcg 273  Q
    |||||||||| |||||||||||  |||| ||||||||||| ||| |||||||  ||| |||||||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||    
T  49358902 ttggtgatgggtatcacaagtggtggtttttggtgttgaggtggaaggcgaaatgttcactgtctctttcttgtgtggcggtgagttcaggggtgtggcg 49358803  T
Q  274 atgatgatg 282  Q
    |||||||||    
T  49358802 atgatgatg 49358794  T

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Target: chr8 (Bit Score: 119; Significance: 8e-61; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 119; E-Value: 8e-61
Query Start/End: Original strand, 95 - 282
Target Start/End: Original strand, 38149163 - 38149348
Alignment:
Q  95 agtggtggtgatgcagtttgcatgtggtgatctcagatctaaggtcatggtttattgagttgatggtgattttggtggttgttggtgatggatatcacaa 194  Q
    ||||||||||||||||| ||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  38149163 agtggtggtgatgcagtctgtgtttggtgatctcagatctaaggtcatggtttattgagttgatggttattttggtggttgttggtgatgagtatcacaa 38149262  T
Q  195 gtgacggttgttggtgttgagttgggaggcgaagtttactgtctctttcttgtgtggtggtgagctc-aagggtgtggcgatgatgatg 282  Q
    ||   ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||   |||||||||||||||||||    
T  38149263 gt---ggtggttggtgttgagttgggaggcgaagtttattgtctctttcttgtgtggtggtgagttcggggggtgtggcgatgatgatg 38149348  T

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Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 116; E-Value: 5e-59
Query Start/End: Original strand, 65 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 20519453 - 20519239
Alignment:
Q  65 gagtaatgttgctgtcttgggggatgtccaagtggtggtgatgcagtttgcatgtggtgatctcagatctaaggtcatggtttattgagttgatggtgat 164  Q
    ||||| ||||||||| || || ||||||||||||||||||||  ||| ||| | | ||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||| |||    
T  20519453 gagtagtgttgctgttttaggtgatgtccaagtggtggtgattgagtctgcgttttgtgatctcagatctaagatcatggttgattgtgttgatggagat 20519354  T
Q  165 tttggtggttgttggtgatggatatcacaagtgacggttgttggtgttgagttgggaggcgaagtttactgtctctttcttgtgtggtggtgagctcaag 264  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| ||||   ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||  |    
T  20519353 tttggtggttgttggtgatgggtatcataagt---ggtggttggtgttgagttgggaggcgaagtttattgtctctttcttgtgtggtggtgagttcggg 20519257  T
Q  265 ggtgtggcgatgatgatg 282  Q
    ||| ||||||||||||||    
T  20519256 ggtatggcgatgatgatg 20519239  T

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Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 74 - 282
Target Start/End: Original strand, 32919137 - 32919341
Alignment:
Q  74 tgctgtcttgggggatgtccaagtggtggtgatgcagtttgcatgtggtgatctcagatctaaggtcatggtttattgagttgatggtgattttggtggt 173  Q
    |||||| ||||  ||||| ||||||||||||||||||| ||  | ||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||| |||| ||||||    
T  32919137 tgctgttttggatgatgttcaagtggtggtgatgcagtctgtgtttggtgatctcatatctaaggtcataatttattgagttgatggttattt-ggtggt 32919235  T
Q  174 tgttggtgatggatatcacaagtgacggttgttggtgttgagttgggaggcgaagtttactgtctctttcttgtgtggtggtgagctcaagggtgtggcg 273  Q
    |||||||||||| |||||||||||   || ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||     
T  32919236 tgttggtgatgggtatcacaagtg---gtggttggtgttgagttgggaggcgaagttcactatctctttcttgtgtggtggtgagttcgtgggtgtggca 32919332  T
Q  274 atgatgatg 282  Q
    |||||||||    
T  32919333 atgatgatg 32919341  T

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Target: chr2 (Bit Score: 118; Significance: 3e-60; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 118; E-Value: 3e-60
Query Start/End: Original strand, 71 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 36593347 - 36593140
Alignment:
Q  71 tgttgctgtcttgggggatgtccaagtggtggtgatgcagtttgcatgtggtgatctcagatctaaggtcatggtttattgagttgatggtgattttggt 170  Q
    ||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||| ||| ||  | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||    
T  36593347 tgttgctgttttggatgatgtccaagtggtggtgatgtagtctgtgtttggtgatctcagatctaaggtcatggattattgagttgatggttattttggt 36593248  T
Q  171 ggttgttggtgatggatatcacaagtgacggttgttggtgttgagttgggaggcgaagtttactgtctctttcttgtgtggtggtgagctcaagggtgtg 270  Q
    ||||||| ||||||| ||||||||||   ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||  ||||| |    
T  36593247 ggttgtttgtgatgggtatcacaagt---ggtggttggtgttgagttgggaggcgaagtttactgtctctttcttgtg-ggtggggagttcgggggtggg 36593152  T
Q  271 gcgatgatgatg 282  Q
    ||||||||||||    
T  36593151 gcgatgatgatg 36593140  T

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Target: chr6 (Bit Score: 108; Significance: 3e-54; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 71 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 22696989 - 22696786
Alignment:
Q  71 tgttgctgtcttgggggatgtccaagtggtggtgatgcagtttgcatgtggtgatctcagatctaaggtcatggtttattgagttgatggtgattttggt 170  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||      |    
T  22696989 tgttgctgtcttgggtgatgtccaagtggcggtgatgcagtctacgtgtggtgatctcagatctaaggtcatggattattgagttgatggtga------t 22696896  T
Q  171 ggttgttggtgatggatatcacaagtgacggttgttggtgttgagttgggaggcgaa--gtttactgtctctttcttgtgtggtggtgagctcaagggtg 268  Q
    ||||||||||||| | |||||||||||  ||||||||||||| || |||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||| |   |||||    
T  22696895 ggttgttggtgatcggtatcacaagtggtggttgttggtgtttagctgggaggcgaaatgttcactgtctctttcttgtgtggtggtgagtttgggggtg 22696796  T
Q  269 tggcgatgat 278  Q
    ||||||||||    
T  22696795 tggcgatgat 22696786  T

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Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 64; E-Value: 5e-28
Query Start/End: Original strand, 187 - 282
Target Start/End: Original strand, 34502715 - 34502810
Alignment:
Q  187 tatcacaagtgacggttgttggtgttgagttgggaggcgaagtttactgtctctttcttgtgtggtggtgagctcaagggtgtggcgatgatgatg 282  Q
    |||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |  ||||||||| ||||||||||    
T  34502715 tatcacaagtggtggttgttgctgttgagttgggaggcgaagtttactgtctctttcttctgtggtggtgagtttgagggtgtggagatgatgatg 34502810  T

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Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 71 - 184
Target Start/End: Original strand, 34501314 - 34501420
Alignment:
Q  71 tgttgctgtcttgggggatgtccaagtggtggtgatgcagtttgcatgtggtgatctcagatctaaggtcatggtttattgagttgatggtgattttggt 170  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||| |       ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||    
T  34501314 tgttgctgtcttgggtgatgtccaagtggtagtgatgcagtctgcgtgtggtgatat-------aaggtcatggtatattgagttgatggtgattttagt 34501406  T
Q  171 ggttgttggtgatg 184  Q
    ||||||||||||||    
T  34501407 ggttgttggtgatg 34501420  T

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Target: chr7 (Bit Score: 86; Significance: 4e-41; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 86; E-Value: 4e-41
Query Start/End: Original strand, 74 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 36934685 - 36934480
Alignment:
Q  74 tgctgtcttgggggatgtccaagtggtggtgatgcagtttgcatgtggtgatct-cagatctaaggtcatggtttattgagttgatggtgattttggtgg 172  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||  ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||    
T  36934685 tgctatcttgggtgatgtccaagtggtggtgatgcagcctgagtgtggtgatcttcagatcgaaggtcatggtttattg--ttgatggtaattttggtgg 36934588  T
Q  173 ttgttggtgatggatatcacaagtgacggttgttggtgttgagttgggaggcgaa--gtttactgtctctttcttgtgtggtggtgagctcaagggtgtg 270  Q
    ||||||||||||| |||||||||||  |||  |||||||||||||||||||||||   || |||||||| ||||  |||||||||||| ||   ||||||    
T  36934587 ttgttggtgatgggtatcacaagtggtggtgtttggtgttgagttgggaggcgaaatattcactgtctc-ttct--tgtggtggtgagttcggaggtgtg 36934491  T
Q  271 gcgatgatgat 281  Q
    |||||||||||    
T  36934490 gcgatgatgat 36934480  T

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Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 142 - 258
Target Start/End: Original strand, 5892651 - 5892769
Alignment:
Q  142 tggtttattgagttgatggtgattttggtggttgttggtgatggatatcacaagtgacggttgttggtgttgagttgggaggcgaa--gtttactgtctc 239  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||| |||||||||||  |||  |||||||| ||||||||||||||  ||| ||||||||    
T  5892651 tggtgtattgagttgatggtgattttggtgttcgttagtgatgggtatcacaagtggtggtgtttggtgttaagttgggaggcgaaatgttcactgtctc 5892750  T
Q  240 tttcttgtgtggtggtgag 258  Q
    ||||||||||||| |||||    
T  5892751 tttcttgtgtggttgtgag 5892769  T

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Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 71 - 146
Target Start/End: Original strand, 5888856 - 5888932
Alignment:
Q  71 tgttgctgtcttgggggatgtccaagtggtggtgatgcagtttgcatgtggtgatc-tcagatctaaggtcatggtt 146  Q
    ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||| |||||||||| |||||    
T  5888856 tgttgctatcttgggtgatgtccaagtggtggtgatgtagtctgcatgtggtgatcttcatatctaaggtcgtggtt 5888932  T

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Target: chr5 (Bit Score: 75; Significance: 1e-34; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 79 - 181
Target Start/End: Original strand, 27631875 - 27631977
Alignment:
Q  79 tcttgggggatgtccaagtggtggtgatgcagtttgcatgtggtgatctcagatctaaggtcatggtttattgagttgatggtgattttggtggttgttg 178  Q
    ||||||| ||||||||  ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27631875 tcttgggtgatgtccacatggtggtgatgtagtctgcatgtggtgatctcagatctaaggtaatgatttattgagttgatggtgattttggtggttgttg 27631974  T
Q  179 gtg 181  Q
    |||    
T  27631975 gtg 27631977  T

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Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 161 - 282
Target Start/End: Original strand, 36607593 - 36607717
Alignment:
Q  161 tgattttggtggttgttggtgatggatatcacaagtgacggt-tgttggtgttgagttgggaggcgaa--gtttactgtctctttcttgtgtggtggtga 257  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||  ||| | |||||||||||||||||||||||  ||| | ||||||||||| ||||| | ||||    
T  36607593 tgattttggtggttgttagtgatgggtatcacgagtggtggtgttttggtgttgagttgggaggcgaaatgttcaatgtctctttctcgtgtgatagtga 36607692  T
Q  258 gctcaagggtgtggcgatgatgatg 282  Q
    | ||  |||||||| ||||||||||    
T  36607693 gttcgggggtgtggtgatgatgatg 36607717  T

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Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 200 - 249
Target Start/End: Original strand, 27631967 - 27632018
Alignment:
Q  200 ggttgttggtgttgagttgggaggcgaa--gtttactgtctctttcttgtgt 249  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  ||| | ||||||||||||||||    
T  27631967 ggttgttggtgttgagttgggaggcgaaatgttcattgtctctttcttgtgt 27632018  T

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Target: chr1 (Bit Score: 60; Significance: 1e-25; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 138 - 281
Target Start/End: Original strand, 32946613 - 32946756
Alignment:
Q  138 gtcatggtttattgagttgatggtgattttggtggttgttggtgatggatatcacaagtgacggttgttggtgttgagttgggaggcgaagtttactgtc 237  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||   |||||||||||  |||||||| |||||| |||||||||||| | | |        
T  32946613 gtcatggtttattgagttaatggtaattttggtggttgttggtgatatgtatcacaagtggtggttgttgatgttgatttgggaggcgaaatgttcaccg 32946712  T
Q  238 tctttcttgtgtggtggtgagctcaagggtgtggcgatgatgat 281  Q
    ||||||||||||||||||||| ||  |||||||| || ||||||    
T  32946713 tctttcttgtgtggtggtgagttcgtgggtgtggtgacgatgat 32946756  T

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