View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21408_high_1 (Length: 896)

Name: NF21408_high_1
Description: NF21408
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21408_high_1
NF21408_high_1
[»] chr1 (8 HSPs)
chr1 (621-886)||(51052350-51052618)
chr1 (621-886)||(11909107-11909375)
chr1 (621-886)||(35540919-35541187)
chr1 (621-886)||(6050473-6050741)
chr1 (759-855)||(16917842-16917938)
chr1 (773-854)||(47623111-47623192)
chr1 (773-855)||(43388392-43388474)
chr1 (692-855)||(37191243-37191406)
[»] chr5 (21 HSPs)
chr5 (621-886)||(12825069-12825337)
chr5 (621-886)||(30732316-30732584)
chr5 (621-886)||(27117163-27117431)
chr5 (621-886)||(42513590-42513858)
chr5 (621-802)||(12820035-12820219)
chr5 (682-877)||(23238318-23238513)
chr5 (692-886)||(28535677-28535871)
chr5 (682-870)||(8227960-8228148)
chr5 (696-886)||(35983793-35983983)
chr5 (745-855)||(19255155-19255265)
chr5 (692-873)||(42928075-42928256)
chr5 (621-746)||(3418653-3418781)
chr5 (749-886)||(31641513-31641649)
chr5 (759-855)||(25857457-25857553)
chr5 (769-855)||(27767063-27767149)
chr5 (773-854)||(10776789-10776870)
chr5 (759-855)||(8300215-8300311)
chr5 (773-855)||(33385407-33385489)
chr5 (719-855)||(18359125-18359260)
chr5 (749-865)||(33169659-33169775)
chr5 (745-853)||(27795480-27795588)
[»] chr2 (9 HSPs)
chr2 (621-886)||(4552039-4552307)
chr2 (745-855)||(41207013-41207123)
chr2 (749-855)||(15917655-15917761)
chr2 (707-853)||(28252679-28252825)
chr2 (769-855)||(12645557-12645643)
chr2 (749-855)||(17764995-17765101)
chr2 (734-853)||(14439738-14439857)
chr2 (752-855)||(40176672-40176775)
chr2 (746-855)||(38604407-38604516)
[»] chr3 (19 HSPs)
chr3 (621-886)||(2364147-2364415)
chr3 (621-886)||(19920231-19920499)
chr3 (621-886)||(7312647-7312914)
chr3 (621-886)||(10323573-10323841)
chr3 (621-886)||(34332817-34333085)
chr3 (692-886)||(40930530-40930724)
chr3 (769-856)||(7032339-7032426)
chr3 (773-855)||(29523778-29523860)
chr3 (773-855)||(11203844-11203926)
chr3 (773-854)||(33496572-33496653)
chr3 (773-855)||(12342259-12342340)
chr3 (749-855)||(26771022-26771128)
chr3 (759-842)||(7031063-7031146)
chr3 (734-855)||(35214404-35214525)
chr3 (773-855)||(36801108-36801190)
chr3 (756-865)||(963186-963295)
chr3 (749-865)||(2755843-2755959)
chr3 (731-855)||(19890661-19890785)
chr3 (752-842)||(16178952-16179042)
[»] scaffold0369 (1 HSPs)
scaffold0369 (621-886)||(11207-11475)
[»] scaffold0034 (1 HSPs)
scaffold0034 (621-886)||(105845-106113)
[»] chr8 (18 HSPs)
chr8 (621-886)||(7924256-7924524)
chr8 (621-886)||(8299673-8299941)
chr8 (621-886)||(171973-172241)
chr8 (621-886)||(13396258-13396526)
chr8 (682-876)||(32266498-32266692)
chr8 (621-886)||(41665371-41665639)
chr8 (692-886)||(9922545-9922739)
chr8 (759-855)||(20824307-20824403)
chr8 (692-855)||(13200067-13200230)
chr8 (621-716)||(20496954-20497052)
chr8 (773-855)||(17699507-17699589)
chr8 (734-855)||(2170328-2170449)
chr8 (773-855)||(37434157-37434239)
chr8 (755-840)||(34137011-34137096)
chr8 (682-820)||(2529820-2529958)
chr8 (745-853)||(13879522-13879630)
chr8 (773-840)||(43270475-43270542)
chr8 (745-855)||(25090384-25090494)
[»] chr7 (11 HSPs)
chr7 (621-886)||(4938130-4938398)
chr7 (682-886)||(11277254-11277458)
chr7 (682-886)||(47876917-47877121)
chr7 (682-886)||(29967909-29968113)
chr7 (621-772)||(31177421-31177575)
chr7 (713-886)||(235439-235614)
chr7 (691-886)||(37919487-37919682)
chr7 (682-886)||(17720569-17720773)
chr7 (692-855)||(25619403-25619566)
chr7 (773-855)||(18532653-18532735)
chr7 (733-855)||(37254743-37254865)
[»] chr4 (16 HSPs)
chr4 (621-886)||(23642593-23642861)
chr4 (621-886)||(13270893-13271161)
chr4 (629-886)||(47418682-47418942)
chr4 (621-876)||(47685907-47686165)
chr4 (682-886)||(15740155-15740359)
chr4 (682-886)||(1828542-1828746)
chr4 (682-876)||(19755198-19755395)
chr4 (682-876)||(19784411-19784608)
chr4 (692-886)||(7403857-7404051)
chr4 (621-737)||(159842-159961)
chr4 (752-855)||(55725719-55725822)
chr4 (773-855)||(12697838-12697920)
chr4 (773-855)||(45472742-45472824)
chr4 (755-853)||(11587233-11587331)
chr4 (774-855)||(8361126-8361207)
chr4 (773-855)||(20002750-20002832)
[»] chr6 (14 HSPs)
chr6 (621-863)||(12733995-12734240)
chr6 (682-876)||(2553571-2553765)
chr6 (692-886)||(18651236-18651430)
chr6 (691-886)||(24767426-24767621)
chr6 (769-886)||(21168220-21168337)
chr6 (759-855)||(17579114-17579210)
chr6 (759-855)||(17573688-17573784)
chr6 (773-855)||(17606367-17606449)
chr6 (769-855)||(21630140-21630226)
chr6 (716-853)||(14373026-14373163)
chr6 (773-855)||(10577282-10577364)
chr6 (755-840)||(15958861-15958946)
chr6 (706-855)||(20883066-20883215)
chr6 (756-865)||(13937708-13937817)
[»] scaffold0472 (1 HSPs)
scaffold0472 (682-886)||(3186-3390)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 218; Significance: 1e-119; HSPs: 8)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 218; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 621 - 886
Target Start/End: Original strand, 51052350 - 51052618
Alignment:
Q  621 ctaccacgcctaaccaatcccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacnnnnnnn---caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccaga 717  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51052350 ctaccacgcctaaccaatcccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccaga 51052449  T
Q  718 aacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatact 817  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51052450 aacacataaccgctcctccacagatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatact 51052549  T
Q  818 ttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctccgatgatgtc 886  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  51052550 ttgagaggaacctgtttatgccaaattaagtccatattatggtgtaactggggctgctcctgtgatgtc 51052618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 621 - 886
Target Start/End: Complemental strand, 11909375 - 11909107
Alignment:
Q  621 ctaccacgcctaaccaatcccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacnnnnnnn---caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccaga 717  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11909375 ctaccacgcctaaccaatcctgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccaga 11909276  T
Q  718 aacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatact 817  Q
    |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  11909275 aacacatagccgctcctccacagatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaatgatagatact 11909176  T
Q  818 ttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctccgatgatgtc 886  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  11909175 ttgagaggaacctgtttatgccaaattaagtccatattatggtgtaactggggctgctcctgtgatgtc 11909107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 174; E-Value: 4e-93
Query Start/End: Original strand, 621 - 886
Target Start/End: Original strand, 35540919 - 35541187
Alignment:
Q  621 ctaccacgcctaaccaatcccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacnnnnnnn---caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccaga 717  Q
    ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||| ||||||||||||||||||||||||||     
T  35540919 ctaccactcctaaccaatgccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagc 35541018  T
Q  718 aacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatact 817  Q
    ||| ||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  35541019 aacgcataatcgttcctccacagatagaatgccacgatttgccaaattatgttttgtgggtaaccgatccctcagtagtcgccaagcaaggatagatact 35541118  T
Q  818 ttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctccgatgatgtc 886  Q
    |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  35541119 ttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccatattatggtgtaactggggctgctcctgtgatgtc 35541187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 170; E-Value: 9e-91
Query Start/End: Original strand, 621 - 886
Target Start/End: Original strand, 6050473 - 6050741
Alignment:
Q  621 ctaccacgcctaaccaatcccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacnnnnnnn---caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccaga 717  Q
    ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||| ||||||||||||||||||||||||||     
T  6050473 ctaccactcctaaccaatgccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagc 6050572  T
Q  718 aacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatact 817  Q
    ||| || ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||    
T  6050573 aacgcagaaccgctcctccacagatagaatgccacaatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcattagtcgccaagcaaggatagagact 6050672  T
Q  818 ttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctccgatgatgtc 886  Q
    |||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  6050673 ttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccacattatggtgtaactggggctgctcctgtgatgtc 6050741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 53; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 759 - 855
Target Start/End: Complemental strand, 16917938 - 16917842
Alignment:
Q  759 ccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 855  Q
    ||||||||  ||| |||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  16917938 ccaaattagatttagtaggtaagcgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 16917842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 50; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 773 - 854
Target Start/End: Complemental strand, 47623192 - 47623111
Alignment:
Q  773 gtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatat 854  Q
    |||||||| || ||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||    
T  47623192 gtaggtaagcggtccctcaaaagccgccaagcaagaatagatactttgagaggtacctgtttatgccaaattaattccatat 47623111  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 773 - 855
Target Start/End: Original strand, 43388392 - 43388474
Alignment:
Q  773 gtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 855  Q
    |||||||| ||||||||||  | |||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  43388392 gtaggtaaacgatccctcaacaatcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 43388474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 692 - 855
Target Start/End: Complemental strand, 37191406 - 37191243
Alignment:
Q  692 acatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctca 791  Q
    |||||||| |||  ||||||||| |  ||||| || || ||||||||| ||  ||||||||||| |||||| ||   ||| |||||||| ||||| ||||    
T  37191406 acatcttcaacatgcccacatcccgtgacacaaaatcgatcctccacagatgtaatgccacgatctgccaagttggatttagtaggtaatcgatctctca 37191307  T
Q  792 gaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 855  Q
      || ||||||||||||||| | ||||| | | ||||| |||||||||| | ||| ||||||||    
T  37191306 acagccgccaagcaaggatataaacttttaaatgaaccagtttatgccagattaactccatatt 37191243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 210; Significance: 1e-114; HSPs: 21)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 210; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 621 - 886
Target Start/End: Original strand, 12825069 - 12825337
Alignment:
Q  621 ctaccacgcctaaccaatcccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacnnnnnnn---caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccaga 717  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12825069 ctaccacgcctaaccaatcccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccaga 12825168  T
Q  718 aacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatact 817  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  12825169 aacacataaccgctcctccacagatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatacatact 12825268  T
Q  818 ttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctccgatgatgtc 886  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  12825269 ttgagaggaacttgtttatgccaaattaagtccatattatggtgtaactggggctgctcctgtgatgtc 12825337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 621 - 886
Target Start/End: Complemental strand, 30732584 - 30732316
Alignment:
Q  621 ctaccacgcctaaccaatcccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacnnnnnnn---caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccaga 717  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30732584 ctaccacgcctaaccaatcccgcaccatcggctataatgcaccaaaagttgtacaagacaaaaacaaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccaga 30732485  T
Q  718 aacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatact 817  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  30732484 aacacataaccgctcctccacagatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaagatagatact 30732385  T
Q  818 ttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctccgatgatgtc 886  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  30732384 ttgagaggaacctgtttatgccaaattaagtccatattatggtgtaactggggctgctcctgtgatgtc 30732316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 170; E-Value: 9e-91
Query Start/End: Original strand, 621 - 886
Target Start/End: Complemental strand, 27117431 - 27117163
Alignment:
Q  621 ctaccacgcctaaccaatcccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacnnnnnnn---caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccaga 717  Q
    ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||          |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  27117431 ctaccactcctaaccaatcccacaccatcggccataatgctccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagaaacatcttcgacattcccacagccaga 27117332  T
Q  718 aacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatact 817  Q
    |||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27117331 aacacataaccgctcctccatagatagaatgccacggtttaccaaattaagttttgtgggtaaccggtccctcagaagtcgccaagcaaggatagatact 27117232  T
Q  818 ttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctccgatgatgtc 886  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||  |||||||    
T  27117231 ttgagaggaacctgtttatgccaaattaagtccatattatggtgtaactggatctgctcctgtgatgtc 27117163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 170; E-Value: 9e-91
Query Start/End: Original strand, 621 - 886
Target Start/End: Original strand, 42513590 - 42513858
Alignment:
Q  621 ctaccacgcctaaccaatcccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacnnnnnnncaaa---tgagaaacatcttcgacaatcccacatccaga 717  Q
    ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||   |||| ||||||||||||||||||||||||||     
T  42513590 ctaccactcctaaccaatgccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacaagacaaaaaaaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagc 42513689  T
Q  718 aacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatact 817  Q
    ||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||    
T  42513690 aacgcataaccgctcctccacagatagaatgtcacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcattagtcgccaagcaaggatagagact 42513789  T
Q  818 ttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctccgatgatgtc 886  Q
    |||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  42513790 ttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccacattatggtgtaactggggctgctcctgtgatgtc 42513858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 138; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 621 - 802
Target Start/End: Complemental strand, 12820219 - 12820035
Alignment:
Q  621 ctaccacgcctaaccaatcccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacnnnnnnn---caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccaga 717  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  12820219 ctaccacgcctaaccaatcccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagagacatcttcgacaatcccacatccaga 12820120  T
Q  718 aacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaa 802  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  12820119 aacacataaccgctcctccacagatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcataagtcgccaa 12820035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 682 - 877
Target Start/End: Original strand, 23238318 - 23238513
Alignment:
Q  682 caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaac 781  Q
    |||||||  ||||||||| ||  ||||||||||||||||||| |||||| |||||| |  || ||||||||| ||||||||||||  ||| |||||||||    
T  23238318 caaatgattaacatcttcaacgttcccacatccagaaacacacaaccgcgcctccaaagctaaaatgccacggtttgccaaattacttttcgtaggtaac 23238417  T
Q  782 cgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcc 877  Q
    ||||| |||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  23238418 cgatctctcaaaagtctccaagcaaggatagaaactttgagaggaacctatttatgccaaattaactccatattatggtgtaactggggttgctcc 23238513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 99; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 692 - 886
Target Start/End: Complemental strand, 28535871 - 28535677
Alignment:
Q  692 acatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctca 791  Q
    |||||||| ||| ||||||| ||||||||||| | | || |||||| |  || ||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  28535871 acatcttctacattcccacaaccagaaacacacatctgcgcctccaaaggtaaaatgccacggtttgccaaattattttttgtaggtaaccgatccctca 28535772  T
Q  792 gaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctccgatgatgtc 886  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||| || || |||||||| |||||||||  |||||||    
T  28535771 gaagtcgccaagcaaggatagaaactttgagaggaacctgtgtatgccaaattaactccatgttttgatgtaactgaggctgctcctgtgatgtc 28535677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 97; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 682 - 870
Target Start/End: Original strand, 8227960 - 8228148
Alignment:
Q  682 caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaac 781  Q
    |||||||  ||||||||| ||  || |||||||||||||||| |||||| |||||| |  || |||| |||| ||||||||||||  ||| |||||||||    
T  8227960 caaatgattaacatcttcaacgttctcacatccagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaatgtcacggtttgccaaattacttttcgtaggtaac 8228059  T
Q  782 cgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactgggg 870  Q
    ||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||    
T  8228060 cgatctctcaaaagtctccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgtcaaattaactccatattatggtgtaactgggg 8228148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 87; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 696 - 886
Target Start/End: Complemental strand, 35983983 - 35983793
Alignment:
Q  696 cttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaag 795  Q
    |||| ||| ||||||| ||| ||||||| |||||| |||||| |  || |||| || | ||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||    
T  35983983 cttctacattcccacaaccaaaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaatgtcatggtttgccaaattattttttgtaggtaaccgattcctcagaag 35983884  T
Q  796 tcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctccgatgatgtc 886  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||| ||||| || || |||||||| |||||||||  |||||||    
T  35983883 tcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtgtaagccaaattaactccatgttttgatgtaactgaggctgctcctgtgatgtc 35983793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 75; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 745 - 855
Target Start/End: Complemental strand, 19255265 - 19255155
Alignment:
Q  745 aatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaact 844  Q
    |||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |    
T  19255265 aatgccacaatttgccaaattattttttgtaggtaaccgatccctcagaaaccgccaagcaaggatagatactttgagagaaatctgtttatgccaaatt 19255166  T
Q  845 aagtccatatt 855  Q
    || ||||||||    
T  19255165 aactccatatt 19255155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 74; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 692 - 873
Target Start/End: Original strand, 42928075 - 42928256
Alignment:
Q  692 acatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctca 791  Q
    |||||||| ||  |||| |||||||| ||||| |||||| ||||||    || ||||||||  |||| |||||||  |||||||| ||||||||||||||    
T  42928075 acatcttcaacgttcccgcatccagagacacacaaccgcacctccaagggtaaaatgccacagtttgtcaaattattttttgtagttaaccgatccctca 42928174  T
Q  792 gaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctg 873  Q
    |||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||  | ||||||||||||||    
T  42928175 gaagccgccaaacaaggatagagactttgagaggaacctgtttataccaaattaactccatatttggatgtaactggggctg 42928256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 62; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 621 - 746
Target Start/End: Original strand, 3418653 - 3418781
Alignment:
Q  621 ctaccacgcctaaccaatcccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcac---nnnnnnncaaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccaga 717  Q
    ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||| ||||||||||||||||||||||||||     
T  3418653 ctaccactcctaaccaatgccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagc 3418752  T
Q  718 aacacataaccgctcctccacatatagaa 746  Q
    ||| ||||| || ||||||||| ||||||    
T  3418753 aacgcataatcgttcctccacagatagaa 3418781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 62; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 749 - 886
Target Start/End: Original strand, 31641513 - 31641649
Alignment:
Q  749 ccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagt 848  Q
    ||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||| ||| |    
T  31641513 ccacggtttgccaaattattttttgtaggtaaccgatccctcagtagtctccatgcaaggatagaaacttt-agaggaacctgtgtatgccaaattaact 31641611  T
Q  849 ccatattatggtgtaactggggctgctccgatgatgtc 886  Q
    |||| || || ||||| || |||||||||  |||||||    
T  31641612 ccatgttttgatgtaagtgaggctgctcctgtgatgtc 31641649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 53; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 759 - 855
Target Start/End: Complemental strand, 25857553 - 25857457
Alignment:
Q  759 ccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 855  Q
    ||||||||  ||| |||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  25857553 ccaaattagatttagtaggtaagcgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 25857457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 51; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 769 - 855
Target Start/End: Original strand, 27767063 - 27767149
Alignment:
Q  769 ttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 855  Q
    |||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||| | ||||| | |||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  27767063 ttttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatataaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 27767149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 50; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 773 - 854
Target Start/End: Original strand, 10776789 - 10776870
Alignment:
Q  773 gtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatat 854  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |  ||||||||||||||||||| ||| |||||||    
T  10776789 gtaggtaaacgatccctcagcagtcgccaagcaaggatagaaacttttaagggaacctgtttatgccaaattaactccatat 10776870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 759 - 855
Target Start/End: Complemental strand, 8300311 - 8300215
Alignment:
Q  759 ccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 855  Q
    ||||||||  ||| |||||||| ||||||||||  ||||||||| |||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  8300311 ccaaattagatttagtaggtaagcgatccctcaacagtcgccaaacaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 8300215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 773 - 855
Target Start/End: Complemental strand, 33385489 - 33385407
Alignment:
Q  773 gtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 855  Q
    |||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||| |  ||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  33385489 gtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaagggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 33385407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 719 - 855
Target Start/End: Complemental strand, 18359260 - 18359125
Alignment:
Q  719 acacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactt 818  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||| ||||| ||||| |||||| ||   ||| |||||||| ||||||||||  |  |||||||||||||| || ||||    
T  18359260 acacaaaaccgatcctccacatatataatgc-acgatctgccaagttggatttagtaggtaaacgatccctcaacaaccgccaagcaaggattgaaactt 18359162  T
Q  819 tgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 855  Q
    | | |||||||||||||||| | | ||| ||||||||    
T  18359161 ttaaaggaacctgtttatgctagattaactccatatt 18359125  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 749 - 865
Target Start/End: Original strand, 33169659 - 33169775
Alignment:
Q  749 ccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagt 848  Q
    |||||| ||||||||||  |||| ||||||||||| |||||||| |  ||||||||||  ||||| ||||| | ||| |||||||| |||||||  || |    
T  33169659 ccacgacttgccaaattttgtttagtaggtaaccggtccctcagcaaacgccaagcaaaaatagacactttcaaaggcacctgtttgtgccaaatcaact 33169758  T
Q  849 ccatattatggtgtaac 865  Q
    ||||||| || ||||||    
T  33169759 ccatattttgatgtaac 33169775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #21
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 745 - 853
Target Start/End: Original strand, 27795480 - 27795588
Alignment:
Q  745 aatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaact 844  Q
    |||||||||||||||||||||   ||| ||||| || ||||||||||  |  |||||||||| ||  |  ||||||||||| |||||||| ||||| |||    
T  27795480 aatgccacgatttgccaaattggctttagtaggcaaacgatccctcaacaaccgccaagcaaagactgtaactttgagaggtacctgtttgtgccagact 27795579  T
Q  845 aagtccata 853  Q
    || ||||||    
T  27795580 aactccata 27795588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 202; Significance: 1e-110; HSPs: 9)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 621 - 886
Target Start/End: Original strand, 4552039 - 4552307
Alignment:
Q  621 ctaccacgcctaaccaatcccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacnnnnnnn---caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccaga 717  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||          |||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  4552039 ctaccacgcctaaccaatcccgcaccatcggtcataatgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagaaacattttcgacaatcccacatccaga 4552138  T
Q  718 aacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatact 817  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4552139 aacacataaccgctcctccacagatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatact 4552238  T
Q  818 ttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctccgatgatgtc 886  Q
    || |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  4552239 ttaagaggaacctatttatgccaaattaagtccatattatggtgtaactggggctgctcctgtgatgtc 4552307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 87; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 745 - 855
Target Start/End: Original strand, 41207013 - 41207123
Alignment:
Q  745 aatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaact 844  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |    
T  41207013 aatgccacgatttgccaaattattttttgtaggtaaccgatccctcagaagccgccaagcaaggatagagactttgagaggaacctgtttatgccaaatt 41207112  T
Q  845 aagtccatatt 855  Q
    || ||||||||    
T  41207113 aactccatatt 41207123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 59; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 749 - 855
Target Start/End: Original strand, 15917655 - 15917761
Alignment:
Q  749 ccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagt 848  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||| | ||||| |||||||||| ||||||| ||| ||| |    
T  15917655 ccacgatttgccaaattaacttttgtaggtaaacgatccctcagcagtccccaagcaaggatacagactttcagaggaacctatttatgcgaaattaact 15917754  T
Q  849 ccatatt 855  Q
    | |||||    
T  15917755 caatatt 15917761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 59; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 707 - 853
Target Start/End: Original strand, 28252679 - 28252825
Alignment:
Q  707 ccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaa 806  Q
    ||||| || ||||||||||||||| |||||| ||  | ||||||| | |||||||||||    || |||||||| |||||||||| ||| ||||||||||    
T  28252679 ccacaaccggaaacacataaccgcccctccatatgaataatgccatggtttgccaaatttcccttcgtaggtaagcgatccctcaaaagccgccaagcaa 28252778  T
Q  807 ggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccata 853  Q
    | ||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||| ||||||    
T  28252779 gaatagatacttttagaggtacctgtttatgccaaattaattccata 28252825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 769 - 855
Target Start/End: Original strand, 12645557 - 12645643
Alignment:
Q  769 ttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 855  Q
    |||||||||||| ||||||||||  || |||||||||||||| || ||||| |||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  12645557 ttttgtaggtaagcgatccctcaatagccgccaagcaaggattgaaacttttagagaaacctgtttatgccaaattaactccatatt 12645643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 749 - 855
Target Start/End: Complemental strand, 17765101 - 17764995
Alignment:
Q  749 ccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagt 848  Q
    ||||| |||||||||||   ||| ||||||||  |||||||||  || ||||||||||| ||||| ||||| |||||| ||||||||||||| | ||| |    
T  17765101 ccacggtttgccaaatttgctttcgtaggtaaatgatccctcaatagccgccaagcaagaatagagactttaagaggagcctgtttatgccatattaact 17765002  T
Q  849 ccatatt 855  Q
    |||||||    
T  17765001 ccatatt 17764995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 734 - 853
Target Start/End: Original strand, 14439738 - 14439857
Alignment:
Q  734 tccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtt 833  Q
    |||||| ||||||| ||||| | | |||||||   ||| |||||||| ||||||||||  ||||| ||||| | |||||| ||||| | |||||||||||    
T  14439738 tccacagatagaatcccacgttctaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgtcaagccaagatagaaacttttaaaggaacctgtt 14439837  T
Q  834 tatgccaaactaagtccata 853  Q
    ||||||| | ||| ||||||    
T  14439838 tatgccagattaactccata 14439857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 752 - 855
Target Start/End: Original strand, 40176672 - 40176775
Alignment:
Q  752 cgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtcca 851  Q
    ||||||| |||||| | ||| |||||||| ||||||||||  |  |||||||||||||  || ||||| ||||| |||||||| ||||| ||||| ||||    
T  40176672 cgatttgtcaaattgactttagtaggtaaacgatccctcaacaaccgccaagcaaggactgaaacttttagaggtacctgtttgtgccagactaactcca 40176771  T
Q  852 tatt 855  Q
    ||||    
T  40176772 tatt 40176775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 746 - 855
Target Start/End: Complemental strand, 38604516 - 38604407
Alignment:
Q  746 atgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaacta 845  Q
    |||||||||| ||||||||| | | |||||||||| ||||| || |  ||  |||| |||||||| || ||||| ||||| || ||||||||||| | ||    
T  38604516 atgccacgatatgccaaattgactattgtaggtaaacgatctcttaacagcagccatgcaaggattgaaacttttagaggtacttgtttatgccagatta 38604417  T
Q  846 agtccatatt 855  Q
    | ||||||||    
T  38604416 actccatatt 38604407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 190; Significance: 1e-102; HSPs: 19)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 190; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 621 - 886
Target Start/End: Original strand, 2364147 - 2364415
Alignment:
Q  621 ctaccacgcctaaccaatcccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacnnnnnnn---caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccaga 717  Q
    ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||| ||||||||||||||||||||||||||     
T  2364147 ctaccactcctaaccaatgccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagc 2364246  T
Q  718 aacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatact 817  Q
    ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  2364247 aacgcataaccgctcctccacagatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagtagtcgccaagcaaggatagatact 2364346  T
Q  818 ttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctccgatgatgtc 886  Q
    |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  2364347 ttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccatattatggtgtaactggggctgctcctgtgatgtc 2364415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 190; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 621 - 886
Target Start/End: Complemental strand, 19920499 - 19920231
Alignment:
Q  621 ctaccacgcctaaccaatcccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacnnnnnnn---caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccaga 717  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||          |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  19920499 ctaccacgcctaaccaatcccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttacacaagacaaaaacaaatgagaagcatcttcgacattcccacatccaga 19920400  T
Q  718 aacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatact 817  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19920399 aacacataaccgctcctccacagatagaatgcctcgatttaccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatact 19920300  T
Q  818 ttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctccgatgatgtc 886  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||  |||||||    
T  19920299 ttgagaggaacctgtttatgccaaattaagtccatatgatggtgtaactggggcttctcctgtgatgtc 19920231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 182; E-Value: 6e-98
Query Start/End: Original strand, 621 - 886
Target Start/End: Original strand, 7312647 - 7312914
Alignment:
Q  621 ctaccacgcctaaccaatcccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacnnnnnnn---caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccaga 717  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7312647 ctaccacgcctaaccaatcccgcaccatcggct-taatgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccaga 7312745  T
Q  718 aacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatact 817  Q
    |||||| | ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  7312746 aacacaaagccgctcctccacagacagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcattagtcgccaagcaaggatagatact 7312845  T
Q  818 ttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctccgatgatgtc 886  Q
    |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  7312846 ttgagaggtacctgtttatgccaaattaagtccatattatggtgtaactggggctgctcctgtgatgtc 7312914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 174; E-Value: 4e-93
Query Start/End: Original strand, 621 - 886
Target Start/End: Complemental strand, 10323841 - 10323573
Alignment:
Q  621 ctaccacgcctaaccaatcccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacnnnnnnn---caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccaga 717  Q
    ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||| ||||||||||||||||||||||||||     
T  10323841 ctaccactcctaaccaatgccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagc 10323742  T
Q  718 aacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatact 817  Q
    ||| ||||||||||| ||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  10323741 aacgcataaccgctcatccccagatagaatgccacgagttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagtagtcgccaagcaaggatagatact 10323642  T
Q  818 ttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctccgatgatgtc 886  Q
    |||||||| |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  10323641 ttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccatactatggtgtaactggggctgctcctgtgatgtc 10323573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 118; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 621 - 886
Target Start/End: Complemental strand, 34333085 - 34332817
Alignment:
Q  621 ctaccacgcctaaccaatcccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacnnnnnnn---caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccaga 717  Q
    ||||||| |||| |||  |||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||          |||||||  ||||||||| ||  |||||||||||||    
T  34333085 ctaccactcctagccatgcccgcaccattggccataatgcactaaaagttacacaagacaaaaacaaatgattaacatcttcaacgttcccacatccaga 34332986  T
Q  718 aacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatact 817  Q
    |||||| |||||| |||||| |  || ||||||||| ||||||||||||  |||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  34332985 aacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaatgccacggtttgccaaattattttttgtaggtaatcgatctctcagaagttgccaagcaaggatagatact 34332886  T
Q  818 ttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctccgatgatgtc 886  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||    
T  34332885 ttgagaggaacctgtttatgccaaattaactccatattatgatgtaactggggctgctcctgtgatgtc 34332817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 95; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 692 - 886
Target Start/End: Complemental strand, 40930724 - 40930530
Alignment:
Q  692 acatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctca 791  Q
    |||||||||||  ||||||| ||||||||||| |||||| |||||| |  || || |||||| ||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||    
T  40930724 acatcttcgacgttcccacaaccagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaaggccacggtttgccaaattattttttgtaggtaaccaatccctca 40930625  T
Q  792 gaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctccgatgatgtc 886  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || || || ||||| || ||||||  |||||||    
T  40930624 aaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgtcaaactaactccatgttttgatgcaactgaggttgctcctgtgatgtc 40930530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 60; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 769 - 856
Target Start/End: Original strand, 7032339 - 7032426
Alignment:
Q  769 ttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatta 856  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||| || |||| ||||    
T  7032339 ttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccatgcaaggatagaaattttgagaggaacctgtttgtgccaaaccaactccaaatta 7032426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 51; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 773 - 855
Target Start/End: Complemental strand, 29523860 - 29523778
Alignment:
Q  773 gtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 855  Q
    |||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  29523860 gtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 29523778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 773 - 855
Target Start/End: Original strand, 11203844 - 11203926
Alignment:
Q  773 gtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 855  Q
    |||||||| ||||||||||  |||||||||||||| ||||| ||||| | |||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  11203844 gtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaagtatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 11203926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 46; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 773 - 854
Target Start/End: Original strand, 33496572 - 33496653
Alignment:
Q  773 gtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatat 854  Q
    |||||||| ||||||||||  ||||||||||||| |||||| ||||| | |||||||||||||||||||| ||| |||||||    
T  33496572 gtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaatgatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatat 33496653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 773 - 855
Target Start/End: Complemental strand, 12342340 - 12342259
Alignment:
Q  773 gtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 855  Q
    |||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||| | | |||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  12342340 gtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaactttta-aagaacctgtttatgccaaattaactccatatt 12342259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 749 - 855
Target Start/End: Complemental strand, 26771128 - 26771022
Alignment:
Q  749 ccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagt 848  Q
    ||||| |||||||||||   ||| |||||||| |||||||||| ||| ||||||| ||| ||||| ||||| |||||| ||||||||||||| | ||| |    
T  26771128 ccacggtttgccaaatttgctttcgtaggtaaacgatccctcaaaagccgccaagtaagaatagagactttaagaggagcctgtttatgccacattaact 26771029  T
Q  849 ccatatt 855  Q
    |||||||    
T  26771028 ccatatt 26771022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 759 - 842
Target Start/End: Complemental strand, 7031146 - 7031063
Alignment:
Q  759 ccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaa 842  Q
    ||||||||  ||| |||||||| ||||||||||  || ||||||||||||||||| | ||| | ||||||||||||||||||||    
T  7031146 ccaaattagatttagtaggtaagcgatccctcaacagacgccaagcaaggatagaaagttttaaaggaacctgtttatgccaaa 7031063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 734 - 855
Target Start/End: Complemental strand, 35214525 - 35214404
Alignment:
Q  734 tccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtt 833  Q
    |||||||||||||| ||||| | || ||||||   ||| ||||| || ||||||||||  |  |||||| |||||||||| ||||| | |||||||||||    
T  35214525 tccacatatagaatcccacgttctggcaaatttgatttagtaggcaaacgatccctcaacatccgccaaacaaggatagaaacttttaaaggaacctgtt 35214426  T
Q  834 tatgccaaactaagtccatatt 855  Q
    ||||||| | ||| ||||||||    
T  35214425 tatgccagattaactccatatt 35214404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 773 - 855
Target Start/End: Complemental strand, 36801190 - 36801108
Alignment:
Q  773 gtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 855  Q
    |||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||| | ||||| |  ||||||| ||||||| ||| ||| ||||||||    
T  36801190 gtaggtaaacgatccctcagcagttgccaagcaaggatataaacttttaagggaacctatttatgctaaattaactccatatt 36801108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 756 - 865
Target Start/End: Complemental strand, 963295 - 963186
Alignment:
Q  756 ttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 855  Q
    ||||||||||  |||| ||||||||||| |||||||| |  ||||||||||  ||||| ||||| | ||| |||||||| |||||||  || ||||||||    
T  963295 ttgccaaattttgtttagtaggtaaccggtccctcagcaaacgccaagcaaaaatagacactttcaaaggcacctgtttgtgccaaatcaactccatatt 963196  T
Q  856 atggtgtaac 865  Q
     || ||||||    
T  963195 ttgatgtaac 963186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 749 - 865
Target Start/End: Original strand, 2755843 - 2755959
Alignment:
Q  749 ccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagt 848  Q
    |||||| ||||||||||   ||| ||||||||||| |||||||| |  ||||||||||  ||||| ||||| | ||| |||||||| |||||||  || |    
T  2755843 ccacgacttgccaaattttatttagtaggtaaccggtccctcagcaaacgccaagcaaatatagacactttcaaaggtacctgtttgtgccaaatcaact 2755942  T
Q  849 ccatattatggtgtaac 865  Q
    ||||||| || ||||||    
T  2755943 ccatattttgatgtaac 2755959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 731 - 855
Target Start/End: Original strand, 19890661 - 19890785
Alignment:
Q  731 tcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacct 830  Q
    ||||||||| ||  ||||||||||| |||||| ||   ||| |||||||| ||||||||||  |  ||| | |||||||| || ||||| | ||||||||    
T  19890661 tcctccacaaatgtaatgccacgatctgccaagttggatttagtaggtaatcgatccctcaacaaccgcaatgcaaggatggaaacttttaaaggaacct 19890760  T
Q  831 gtttatgccaaactaagtccatatt 855  Q
    |||||||||| | ||| ||||||||    
T  19890761 gtttatgccagattaactccatatt 19890785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 752 - 842
Target Start/End: Original strand, 16178952 - 16179042
Alignment:
Q  752 cgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaa 842  Q
    ||||||||||||||   ||| |||||||  |||||| |||  || ||||| ||||  ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  16178952 cgatttgccaaattctctttagtaggtagacgatccttcatcaggcgccacgcaaaaatagatactttaagaggtacctgtttatgccaaa 16179042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0369 (Bit Score: 178; Significance: 2e-95; HSPs: 1)
Name: scaffold0369
Description:

Target: scaffold0369; HSP #1
Raw Score: 178; E-Value: 2e-95
Query Start/End: Original strand, 621 - 886
Target Start/End: Complemental strand, 11475 - 11207
Alignment:
Q  621 ctaccacgcctaaccaatcccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacnnnnnnn---caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccaga 717  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||          ||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||    
T  11475 ctaccactcctaaccaatcccgcaccatcggccataatgctccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgaaaaacattttcgacattcccacatccaga 11376  T
Q  718 aacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatact 817  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  11375 aacacataaccgctcctccacagatagaatgccacggtttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctgagaagtcgccaagcaaggatagatact 11276  T
Q  818 ttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctccgatgatgtc 886  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||  |||||||    
T  11275 ttgagaggaacctgtttatgccaaattaagtccagattatggtgtagctgggtctgctcctgtgatgtc 11207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0034 (Bit Score: 178; Significance: 2e-95; HSPs: 1)
Name: scaffold0034
Description:

Target: scaffold0034; HSP #1
Raw Score: 178; E-Value: 2e-95
Query Start/End: Original strand, 621 - 886
Target Start/End: Complemental strand, 106113 - 105845
Alignment:
Q  621 ctaccacgcctaaccaatcccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacnnnnnnn---caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccaga 717  Q
    ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||| ||||||||||||||||||||||||||     
T  106113 ctaccactcctaaccaatgccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagc 106014  T
Q  718 aacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatact 817  Q
    ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||    
T  106013 aacgcataaccgctcctccacagatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcattagtcgccaagcaaggatagagact 105914  T
Q  818 ttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctccgatgatgtc 886  Q
    |||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  105913 ttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccacattatggtgtaactggggctgctcctgtgatgtc 105845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 178; Significance: 2e-95; HSPs: 18)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 178; E-Value: 2e-95
Query Start/End: Original strand, 621 - 886
Target Start/End: Original strand, 7924256 - 7924524
Alignment:
Q  621 ctaccacgcctaaccaatcccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacnnnnnnn---caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccaga 717  Q
    ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||| ||||||||||||||||||||||||||     
T  7924256 ctaccactcctaaccaatgccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagc 7924355  T
Q  718 aacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatact 817  Q
    ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||    
T  7924356 aacgcataaccgctcctccacagatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcattagtcgccaagcaaggatagagact 7924455  T
Q  818 ttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctccgatgatgtc 886  Q
    |||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  7924456 ttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccacattatggtgtaactggggctgctcctgtgatgtc 7924524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 178; E-Value: 2e-95
Query Start/End: Original strand, 621 - 886
Target Start/End: Original strand, 8299673 - 8299941
Alignment:
Q  621 ctaccacgcctaaccaatcccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacnnnnnnn---caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccaga 717  Q
    ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||| ||||||||||||||||||||||||||     
T  8299673 ctaccactcctaaccaatgccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacaggacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagc 8299772  T
Q  718 aacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatact 817  Q
    ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  8299773 aacacataatcgctcctccacagatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagtagtcgccaagcaaggatagatact 8299872  T
Q  818 ttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctccgatgatgtc 886  Q
    |||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||| ||||  |||||||    
T  8299873 ttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccaaattatggtgtaattggggctactcctgtgatgtc 8299941  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 158; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 621 - 886
Target Start/End: Original strand, 171973 - 172241
Alignment:
Q  621 ctaccacgcctaaccaatcccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacnnnnnnn---caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccaga 717  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||          |||||||||||||||||||||| | ||||| |||||    
T  171973 ctaccactcctaaccaatcccgcaccatcggccataatgcgtcaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagaaacatcttcgacattaccacagccaga 172072  T
Q  718 aacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatact 817  Q
    |||||||||||||||||||| | |||||||| |||| ||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  172073 aacacataaccgctcctccatagatagaatgtcacggtttaccaaattaagttttgtgggtaaccggtccctcagaagtcgccaagcaaggatagatact 172172  T
Q  818 ttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctccgatgatgtc 886  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||  |||||||  |||||||    
T  172173 ttgagaggaacctgtttatgccaaattaagtccattttatggtgtaactggttctgctcctgtgatgtc 172241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 110; E-Value: 6e-55
Query Start/End: Original strand, 621 - 886
Target Start/End: Original strand, 13396258 - 13396526
Alignment:
Q  621 ctaccacgcctaaccaatcccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacnnnnnnn---caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccaga 717  Q
    ||||||| |||| |||  |||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||          |||||||  ||||||||| ||  |||||||||||||    
T  13396258 ctaccactcctagccatgcccgcaccattggccataatgcactaaaagttacacaagacaaaaacaaatgattaacatcttcaacgttcccacatccaga 13396357  T
Q  718 aacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatact 817  Q
    |||||| |||||| |||||| |  || ||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  13396358 aacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaatgccacggtttgccaaattattttttgtaggtaaccgatctctcaggagtcgccaagcaaggatagatact 13396457  T
Q  818 ttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctccgatgatgtc 886  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||| ||| ||||| ||||||||||||  |||||||    
T  13396458 ttgagaggaacttgtttatgccaaattaactccatatgatgatgtaattggggctgctcctgtgatgtc 13396526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 103; E-Value: 9e-51
Query Start/End: Original strand, 682 - 876
Target Start/End: Original strand, 32266498 - 32266692
Alignment:
Q  682 caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaac 781  Q
    |||||||  ||||||||| ||  ||||||||||||||||||| |||||| |||||| |  || ||||||||| ||||||||||||  ||| |||||||||    
T  32266498 caaatgattaacatcttcaacgttcccacatccagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaatgccacggtttgccaaattacttttcgtaggtaac 32266597  T
Q  782 cgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctc 876  Q
    ||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||| || |||||    
T  32266598 cgatctctcaaaagtctccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaactccaaattatggtgtaactgtggttgctc 32266692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 94; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 621 - 886
Target Start/End: Complemental strand, 41665639 - 41665371
Alignment:
Q  621 ctaccacgcctaaccaatcccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacnnnnnnn---caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccaga 717  Q
    ||||||| |||| |||  |||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||          |||||||  ||||||||| ||  |||||||||||||    
T  41665639 ctaccactcctagccatgcccgcaccattggccataatgcactaaaagttacacaagacaaaaacaaatgattaacatcttcaacgttcccacatccaga 41665540  T
Q  718 aacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatact 817  Q
    |||||| |||||| |||||| |  || |||| || | ||||||||||||  ||||||||||||| |||| || || | ||||||||||||||||||||||    
T  41665539 aacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaatgtcatggtttgccaaattattttttgtaggtaactgatctcttaggaatcgccaagcaaggatagatact 41665440  T
Q  818 ttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctccgatgatgtc 886  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||| ||||| ||||||||||||  |||||||    
T  41665439 ttgagaggaacctgtttatgccaaattaactccatatgatgatgtaattggggctgctcctgtgatgtc 41665371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 87; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 692 - 886
Target Start/End: Original strand, 9922545 - 9922739
Alignment:
Q  692 acatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctca 791  Q
    |||||||| ||| ||||||| ||||||||||| | |||| |||||| |  || ||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  9922545 acatcttctacattcccacaaccagaaacacacatccgcgcctccagaggtaaaatgccacggtttgccaaattatcttttgtaggtaaccgatccctca 9922644  T
Q  792 gaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctccgatgatgtc 886  Q
    ||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||  || || ||||| || |||||||||  |||||||    
T  9922645 gaagtcgtcatgcaaggatagaaactttgagaggaacctgtgtatgccaaattaactccaagttttgatgtaagtgaggctgctcctgtgatgtc 9922739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 53; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 759 - 855
Target Start/End: Original strand, 20824307 - 20824403
Alignment:
Q  759 ccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 855  Q
    ||||||||  ||| |||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  20824307 ccaaattagatttagtaggtaagcgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 20824403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 692 - 855
Target Start/End: Original strand, 13200067 - 13200230
Alignment:
Q  692 acatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctca 791  Q
    |||||||| |||  |||||| |||| |||||| |||||  |||||| |  |||||| |  || | |||||||||   |||||||||||| ||||||||||    
T  13200067 acatcttcaacatgcccacacccagtaacacaaaaccgagcctccataggtagaattctgcgctctgccaaattgtattttgtaggtaaacgatccctca 13200166  T
Q  792 gaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 855  Q
      ||  ||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  13200167 atagctgccaagcaaggattgaaacttttagaggaacctgtttatgccaaactaactccatatt 13200230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 621 - 716
Target Start/End: Original strand, 20496954 - 20497052
Alignment:
Q  621 ctaccacgcctaaccaatcccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcac---nnnnnnncaaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccag 716  Q
    ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  20496954 ctaccactcctaaccaatgccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccag 20497052  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 51; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 773 - 855
Target Start/End: Original strand, 17699507 - 17699589
Alignment:
Q  773 gtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 855  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |  ||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  17699507 gtaggtaaacgatccctcagcagtcgccaagcaaggatagaaacttttaagggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 17699589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 46; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 734 - 855
Target Start/End: Original strand, 2170328 - 2170449
Alignment:
Q  734 tccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtt 833  Q
    |||||| ||||||| ||||| | | |||||||   ||| |||||||| ||||||||||   ||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||    
T  2170328 tccacagatagaatcccacgttctaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacggtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtt 2170427  T
Q  834 tatgccaaactaagtccatatt 855  Q
    ||||||| | ||| ||||||||    
T  2170428 tatgccagattaactccatatt 2170449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 773 - 855
Target Start/End: Original strand, 37434157 - 37434239
Alignment:
Q  773 gtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 855  Q
    |||||||| ||||||||||  |||||||||||||| ||||| ||||| | |||||| ||||||||||||| ||| ||||||||    
T  37434157 gtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaagaatagagacttttaaaggaacatgtttatgccaaattaactccatatt 37434239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 755 - 840
Target Start/End: Complemental strand, 34137096 - 34137011
Alignment:
Q  755 tttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgcca 840  Q
    |||||||||||   ||| |||||||| |||||| ||| ||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  34137096 tttgccaaattttctttcgtaggtaaacgatccatcataagccgccaagcaagaatagagactttgagaggtacctgtttatgcca 34137011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 682 - 820
Target Start/End: Original strand, 2529820 - 2529958
Alignment:
Q  682 caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaac 781  Q
    ||||||||  |||||||| |||  |||||| || | |||||| |||||  |||||| |  |||||| ||||||| | |||||||   ||||||||||||     
T  2529820 caaatgagtcacatcttcaacatgcccacaccctgtaacacaaaaccgagcctccaaaagtagaattccacgatctaccaaattgtattttgtaggtaag 2529919  T
Q  782 cgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttg 820  Q
    ||||||||||  || |||||||||||||| || ||||||    
T  2529920 cgatccctcaatagccgccaagcaaggattgaaactttg 2529958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 745 - 853
Target Start/End: Complemental strand, 13879630 - 13879522
Alignment:
Q  745 aatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaact 844  Q
    |||||||||||||||||||||   ||| |||||||| ||||||||||  |  |||||||||| ||  |  ||||||||||| |||| ||| ||||| |||    
T  13879630 aatgccacgatttgccaaattggctttagtaggtaaacgatccctcaacaaccgccaagcaaagactgtaactttgagaggtacctatttgtgccagact 13879531  T
Q  845 aagtccata 853  Q
    || ||||||    
T  13879530 aactccata 13879522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 773 - 840
Target Start/End: Original strand, 43270475 - 43270542
Alignment:
Q  773 gtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgcca 840  Q
    ||||| || |||||| |||  |||||||||| ||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||    
T  43270475 gtaggcaaacgatccttcaacagtcgccaagtaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgcca 43270542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 745 - 855
Target Start/End: Original strand, 25090384 - 25090494
Alignment:
Q  745 aatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaact 844  Q
    |||||| ||||||| ||||||   ||| |||||||  ||||||||||  |  |||||||||||||| || ||||| ||||| |||||||| ||| | |||    
T  25090384 aatgccgcgatttgtcaaattggctttagtaggtagtcgatccctcaacaaccgccaagcaaggattgaaacttttagaggtacctgtttgtgctagact 25090483  T
Q  845 aagtccatatt 855  Q
    || ||||||||    
T  25090484 aactccatatt 25090494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 178; Significance: 2e-95; HSPs: 11)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 178; E-Value: 2e-95
Query Start/End: Original strand, 621 - 886
Target Start/End: Complemental strand, 4938398 - 4938130
Alignment:
Q  621 ctaccacgcctaaccaatcccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacnnnnnnn---caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccaga 717  Q
    ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||| ||||||||||||||||||||||||||     
T  4938398 ctaccactcctaaccaatgccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagc 4938299  T
Q  718 aacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatact 817  Q
    ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||    
T  4938298 aacgcataaccgctcctccacagatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcattagtcgccaagcaaggatagagact 4938199  T
Q  818 ttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctccgatgatgtc 886  Q
    |||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  4938198 ttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccacattatggtgtaactggggctgctcctgtgatgtc 4938130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 117; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 682 - 886
Target Start/End: Complemental strand, 11277458 - 11277254
Alignment:
Q  682 caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaac 781  Q
    |||||||  ||||||||| ||  ||||||||||||||||||| |||||| |||||| |  || ||||||||| ||||||||||||  ||| |||||||||    
T  11277458 caaatgattaacatcttcaacgttcccacatccagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaatgccacggtttgccaaattatttttcgtaggtaac 11277359  T
Q  782 cgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctccgatg 881  Q
    ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||  ||    
T  11277358 cgatctctcaaaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaactccatattatggtgtaactggggttgctcctgtg 11277259  T
Q  882 atgtc 886  Q
    |||||    
T  11277258 atgtc 11277254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 109; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 682 - 886
Target Start/End: Original strand, 47876917 - 47877121
Alignment:
Q  682 caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaac 781  Q
    |||||||  ||||||||| ||  |||| |||||||||||||| |||||| |||||| |  || ||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||    
T  47876917 caaatgattaacatcttcaacgttcccgcatccagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaatgccacggtttgccaaattattttttgtaggtaac 47877016  T
Q  782 cgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctccgatg 881  Q
     |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||| || ||||||||||||||||||  ||    
T  47877017 tgatctctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaactccctattttgatgtaactggggctgctcctgtg 47877116  T
Q  882 atgtc 886  Q
    |||||    
T  47877117 atgtc 47877121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 101; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 682 - 886
Target Start/End: Original strand, 29967909 - 29968113
Alignment:
Q  682 caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaac 781  Q
    |||||||  ||||||||| ||  ||||||||||||||||||| |||||| |||||| |  || ||||||| | ||||||||||||  ||| |||||||||    
T  29967909 caaatgattaacatcttcaacgttcccacatccagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaatgccatggtttgccaaattacttttcgtaggtaac 29968008  T
Q  782 cgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctccgatg 881  Q
    ||||| |||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||| ||||||  ||    
T  29968009 cgatctctcaaaagtcctcaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaactccatactatggtgtaactggggttgctcctgtg 29968108  T
Q  882 atgtc 886  Q
    |||||    
T  29968109 atgtc 29968113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 100; E-Value: 5e-49
Query Start/End: Original strand, 621 - 772
Target Start/End: Complemental strand, 31177575 - 31177421
Alignment:
Q  621 ctaccacgcctaaccaatcccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacnnnnnnn---caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccaga 717  Q
    ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||| ||||||||||||||||||||||||||     
T  31177575 ctaccactcctaaccaatgccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagc 31177476  T
Q  718 aacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagtttt 772  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  31177475 aacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgtcaaattaagtttt 31177421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 93; E-Value: 8e-45
Query Start/End: Original strand, 713 - 886
Target Start/End: Complemental strand, 235614 - 235439
Alignment:
Q  713 ccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaat--taagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggat 810  Q
    ||||||||||| |||||| |||||| |  || ||||||||| ||||||||||  |   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  235614 ccagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaatgccacggtttgccaaatgattttttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggat 235515  T
Q  811 agatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctccgatgatgtc 886  Q
    ||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||| || ||||||||||||||||||  |||||||    
T  235514 agagactttgagatgaacctgtttatgccaaattaactccatattttgatgtaactggggctgctcctgtgatgtc 235439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 88; E-Value: 8e-42
Query Start/End: Original strand, 691 - 886
Target Start/End: Original strand, 37919487 - 37919682
Alignment:
Q  691 aacatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctc 790  Q
    ||||||||| ||  ||||||| | ||||||||| |||||| |||||| |  || ||||| ||| ||||||||||||  |||||||||||||| ||| |||    
T  37919487 aacatcttcaacgttcccacaactagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaatgcaacggtttgccaaattattttttgtaggtaaccaatctctc 37919586  T
Q  791 agaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctccgatgatgtc 886  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| | ||||| ||| ||||| ||||||||||||  |||||||    
T  37919587 aggagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttataccaaattaacttcatatgatgatgtaattggggctgctcctgtgatgtc 37919682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 85; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 682 - 886
Target Start/End: Original strand, 17720569 - 17720773
Alignment:
Q  682 caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaac 781  Q
    |||||||  |||||||||  || ||||||| | ||||||||| | |||| |||||| |  || ||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||    
T  17720569 caaatgattaacatcttcttcattcccacaactagaaacacacatccgcgcctccagaggtaaaatgccacggtttgccaaattatcttttgtaggtaac 17720668  T
Q  782 cgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctccgatg 881  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||  || || ||||| || |||||||||  ||    
T  17720669 cgatccctcagaagtcgccatgcaaggatagaaactttgagaggaacctgtgtatgccaaattaactccaagttttgatgtaagtgaggctgctcctgtg 17720768  T
Q  882 atgtc 886  Q
    |||||    
T  17720769 atgtc 17720773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 692 - 855
Target Start/End: Original strand, 25619403 - 25619566
Alignment:
Q  692 acatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctca 791  Q
    |||||||| |||  ||||||||| |  ||||| || || ||||||||| ||  ||||||||||| |||||| ||   ||| |||||||| || |||||||    
T  25619403 acatcttcaacatgcccacatcctgtgacacaaaatcggtcctccacagatgcaatgccacgatctgccaagttggatttagtaggtaatcgttccctca 25619502  T
Q  792 gaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 855  Q
      |  ||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||| | ||| ||||||||    
T  25619503 acaaccgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccatattaactccatatt 25619566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 773 - 855
Target Start/End: Original strand, 18532653 - 18532735
Alignment:
Q  773 gtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 855  Q
    |||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||| | ||||| | |||||||||||||||| | | ||| ||||||||    
T  18532653 gtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatataaacttttaaaggaacctgtttatgcgagattaactccatatt 18532735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 733 - 855
Target Start/End: Original strand, 37254743 - 37254865
Alignment:
Q  733 ctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgt 832  Q
    ||||||| ||| |||||||| || |||||| ||   ||| |||||||| ||||||||||  |  |||||||||||||| || ||||| | || |||||||    
T  37254743 ctccacagatataatgccacaatctgccaagttggatttagtaggtaaacgatccctcaacaaccgccaagcaaggattgaaacttttaaagtaacctgt 37254842  T
Q  833 ttatgccaaactaagtccatatt 855  Q
    |||||||| | ||| ||||||||    
T  37254843 ttatgccagattaactccatatt 37254865  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 178; Significance: 2e-95; HSPs: 16)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 178; E-Value: 2e-95
Query Start/End: Original strand, 621 - 886
Target Start/End: Complemental strand, 23642861 - 23642593
Alignment:
Q  621 ctaccacgcctaaccaatcccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacnnnnnnn---caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccaga 717  Q
    ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||| ||||||||||||||||||||||||||     
T  23642861 ctaccactcctaaccaatgccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagc 23642762  T
Q  718 aacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatact 817  Q
    ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||    
T  23642761 aacgcataaccgctcctccacagatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcattagtcgccaagcaaggatagagact 23642662  T
Q  818 ttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctccgatgatgtc 886  Q
    |||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  23642661 ttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccacattatggtgtaactggggctgctcctgtgatgtc 23642593  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 170; E-Value: 9e-91
Query Start/End: Original strand, 621 - 886
Target Start/End: Complemental strand, 13271161 - 13270893
Alignment:
Q  621 ctaccacgcctaaccaatcccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacnnnnnnncaa---atgagaaacatcttcgacaatcccacatccaga 717  Q
    ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||   || || ||||||||||||||||||||||||||     
T  13271161 ctaccactcctaaccaatgccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacaagacaaaaataaattagtaacatcttcgacaatcccacatccagt 13271062  T
Q  718 aacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatact 817  Q
    ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||    
T  13271061 aactcataaccgctcctccacagatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcattagtcgccaagcaaggatagagact 13270962  T
Q  818 ttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctccgatgatgtc 886  Q
    |||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  13270961 ttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccacattatggtgtaactggggctgctcctgtgatgtc 13270893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 170; E-Value: 9e-91
Query Start/End: Original strand, 629 - 886
Target Start/End: Original strand, 47418682 - 47418942
Alignment:
Q  629 cctaaccaatcccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacnnnnnnn---caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccagaaacacata 725  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||| ||||    
T  47418682 cctaaccaatgccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatcctgcaacgcata 47418781  T
Q  726 accgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagagg 825  Q
    ||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47418782 accgctcctccccagatagaatgccacgagttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagtagtcgccaagcaaggatagatactttgagagg 47418881  T
Q  826 aacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctccgatgatgtc 886  Q
     |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  47418882 gacctgtttatgccaaattaagtccatactatggtgtaactggggctgctcctgtgatgtc 47418942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 168; E-Value: 1e-89
Query Start/End: Original strand, 621 - 876
Target Start/End: Complemental strand, 47686165 - 47685907
Alignment:
Q  621 ctaccacgcctaaccaatcccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacnnnnnnn---caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccaga 717  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||          |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  47686165 ctaccactcctaaccaatcccgcaccatcggccataatgcactaaaagttgcacaagacaaaaacaaacgagaaacatcttcgacattcccacatccaga 47686066  T
Q  718 aacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatact 817  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  47686065 aacacataaccgctcctccacagataaaatgccacggtttgccaaattatgttttgtaggtaaccgatctctcaaaagtcgccaagcaaggatagatact 47685966  T
Q  818 ttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctc 876  Q
    |||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  47685965 ttgagaggaacctgtttatgtcaaattaagtccagattatggtgtaacttgggctgctc 47685907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 109; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 682 - 886
Target Start/End: Original strand, 15740155 - 15740359
Alignment:
Q  682 caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaac 781  Q
    |||||||  ||||||||  ||| ||||||| ||||||||||| |||||| |||||| |  || |||||||||  ||| |||||||  |||||||||||||    
T  15740155 caaatgattaacatctttaacattcccacacccagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaatgccacggcttgtcaaattattttttgtaggtaac 15740254  T
Q  782 cgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctccgatg 881  Q
    ||||| | || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  15740255 cgatctcgcaaaagtctccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaactccatattatggtgtaactggggctgctcctatg 15740354  T
Q  882 atgtc 886  Q
    |||||    
T  15740355 atgtc 15740359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 105; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 682 - 886
Target Start/End: Complemental strand, 1828746 - 1828542
Alignment:
Q  682 caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaac 781  Q
    |||||||  ||||||||| ||| ||||||| ||||||||||| |||||| |||||| |  || ||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||    
T  1828746 caaatgatcaacatcttcaacattcccacacccagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaatgccacggtttgccaaattagtttttgtaggtaac 1828647  T
Q  782 cgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctccgatg 881  Q
    | ||| | ||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||  ||    
T  1828646 ctatctcgcaatagtctccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaactccatattatgatgtaactggggctgctcctgtg 1828547  T
Q  882 atgtc 886  Q
    |||||    
T  1828546 atgtc 1828542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 96; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 682 - 876
Target Start/End: Original strand, 19755198 - 19755395
Alignment:
Q  682 caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacat---atagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggt 778  Q
    |||||||  ||||||||| ||  ||||||||||||||||||| |||||| |||||| |    ||| |||| |||| ||||||||||||  ||||||||||    
T  19755198 caaatgattaacatcttcaacgctcccacatccagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaataaaatgtcacggtttgccaaattattttttgtaggt 19755297  T
Q  779 aaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctc 876  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||| || || |||||||||||    
T  19755298 aaccgatctctcaggagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaactccatatgatgatgaaattggggctgctc 19755395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 96; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 682 - 876
Target Start/End: Complemental strand, 19784608 - 19784411
Alignment:
Q  682 caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacat---atagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggt 778  Q
    |||||||  ||||||||| ||  ||||||||||||||||||| |||||| |||||| |    ||| |||| |||| ||||||||||||  ||||||||||    
T  19784608 caaatgattaacatcttcaacgctcccacatccagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaataaaatgtcacggtttgccaaattattttttgtaggt 19784509  T
Q  779 aaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctc 876  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||| || || |||||||||||    
T  19784508 aaccgatctctcaggagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaactccatatgatgatgaaattggggctgctc 19784411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 91; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 692 - 886
Target Start/End: Original strand, 7403857 - 7404051
Alignment:
Q  692 acatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctca 791  Q
    |||||||| ||  |||| |||||||| ||||| |||||| |||||| |  || ||||||||| |||||||||||   |||||||||||||||||||||||    
T  7403857 acatcttcaacgttcccgcatccagagacacacaaccgcgcctccaaacgtaaaatgccacggtttgccaaattcttttttgtaggtaaccgatccctca 7403956  T
Q  792 gaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctccgatgatgtc 886  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||| | |||| ||||||||||||| ||| | |||||| || ||||||||||||||||||  |||||||    
T  7403957 gaagtcgccaagcaaggatagagactttgaaatgaacttgtttatgccaaattaacttcatattttgatgtaactggggctgctcctgtgatgtc 7404051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 53; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 621 - 737
Target Start/End: Complemental strand, 159961 - 159842
Alignment:
Q  621 ctaccacgcctaaccaatcccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcac---nnnnnnncaaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccaga 717  Q
    |||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||| ||||||||||||||||||||||||||     
T  159961 ctaccacttctaaccaatgccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagc 159862  T
Q  718 aacacataaccgctcctcca 737  Q
    ||| ||||| || |||||||    
T  159861 aacgcataatcgttcctcca 159842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 48; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 752 - 855
Target Start/End: Complemental strand, 55725822 - 55725719
Alignment:
Q  752 cgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtcca 851  Q
    |||| |||||||||   |||||||||||| ||||||||||  || |||||||||||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||| ||| ||||    
T  55725822 cgatctgccaaattgtattttgtaggtaagcgatccctcaatagccgccaagcaaggattgaaacttttagaggaacttgtttatgccaaattaactcca 55725723  T
Q  852 tatt 855  Q
    ||||    
T  55725722 tatt 55725719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 773 - 855
Target Start/End: Original strand, 12697838 - 12697920
Alignment:
Q  773 gtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 855  Q
    |||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||| ||| | ||||||    
T  12697838 gtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaatttcatatt 12697920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 773 - 855
Target Start/End: Complemental strand, 45472824 - 45472742
Alignment:
Q  773 gtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 855  Q
    |||||||| ||||||||||  ||||||||| |||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  45472824 gtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaaacaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 45472742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 755 - 853
Target Start/End: Complemental strand, 11587331 - 11587233
Alignment:
Q  755 tttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccata 853  Q
    |||||||||||   ||| |||||||| |||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||| | || ||||||||||| ||| ||||||    
T  11587331 tttgccaaattttctttcgtaggtaaacgattcctcagaagccgccaagcaagaatagatactttgataggtatctatttatgccaaattaactccata 11587233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 774 - 855
Target Start/End: Original strand, 8361126 - 8361207
Alignment:
Q  774 taggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 855  Q
    ||||||| |||| |||||| ||||||||| |||||||||| ||||| |  ||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  8361126 taggtaaacgattcctcagcagtcgccaaacaaggatagaaacttttaagggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 8361207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 773 - 855
Target Start/End: Original strand, 20002750 - 20002832
Alignment:
Q  773 gtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 855  Q
    |||||||| ||||||||||  || |||||||||| |||||| ||||| | | |||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  20002750 gtaggtaaacgatccctcaacagccgccaagcaatgatagaaacttttaaaagaacctgtttatgccaaattaactccatatt 20002832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 159; Significance: 3e-84; HSPs: 14)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 159; E-Value: 3e-84
Query Start/End: Original strand, 621 - 863
Target Start/End: Original strand, 12733995 - 12734240
Alignment:
Q  621 ctaccacgcctaaccaatcccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacnnnnnnn---caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccaga 717  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||          |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||    
T  12733995 ctaccactcctaaccaatcctgcaccatcggccataatgctccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagaaacatcttcgacattcccacatctaga 12734094  T
Q  718 aacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatact 817  Q
    |||||||||||||||||||| | |||||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12734095 aacacataaccgctcctccagagatagaatgccacgggttaccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatact 12734194  T
Q  818 ttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgta 863  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||    
T  12734195 ttgagaggaacctgtttatgccaaattaaatccatattatgatgta 12734240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 115; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 682 - 876
Target Start/End: Original strand, 2553571 - 2553765
Alignment:
Q  682 caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaac 781  Q
    |||||||  ||||||||| ||  ||||||||||||||||||| ||| || |||||| |  || ||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||    
T  2553571 caaatgattaacatcttcaacgttcccacatccagaaacacacaactgcgcctccaaaggtaaaatgccacggtttgccaaattattttttgtaggtaac 2553670  T
Q  782 cgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctc 876  Q
    |||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  2553671 cgatctttcaaaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaactccatattatggtgtaactggggctgctc 2553765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 95; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 692 - 886
Target Start/End: Complemental strand, 18651430 - 18651236
Alignment:
Q  692 acatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctca 791  Q
    |||||||| ||  |||| |||||||| ||||| |||||| | |||| |  || ||| ||||| ||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  18651430 acatcttcaacggtcccgcatccagagacacacaaccgcgcatccaaaggtaaaatcccacggttttccaaattattttttgtaggtaaccgatccctca 18651331  T
Q  792 gaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctccgatgatgtc 886  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| || | ||||||||||||||||  |||||||    
T  18651330 gaagtcgccaagcaaggatagagactttgagaggaacctgtttatgccaaattaactccatattttgatctaactggggctgctcctgtgatgtc 18651236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 92; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 691 - 886
Target Start/End: Complemental strand, 24767621 - 24767426
Alignment:
Q  691 aacatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctc 790  Q
    ||||||||| ||  |||| || ||| ||||||| |||||| |||||| |  || ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||     
T  24767621 aacatcttcaacgttcccgcaaccaaaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaatgccacgatttgccaaattattttttgtaggtaaccgatcccta 24767522  T
Q  791 agaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctccgatgatgtc 886  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||| ||| |||||||| || ||||||| ||||||||||  |||||||    
T  24767521 agaagtcgtcaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatattttgatgtaactagggctgctcctgtgatgtc 24767426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 70; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 769 - 886
Target Start/End: Original strand, 21168220 - 21168337
Alignment:
Q  769 ttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactgg 868  Q
    |||||||||||| |||||   || ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  21168220 ttttgtaggtaatcgatcttgcaaaagtctccaagctaggatagatactttgagaggaacctatttatgccaaattaactccatattatggtgtaactgg 21168319  T
Q  869 ggctgctccgatgatgtc 886  Q
    |||||||||  |||||||    
T  21168320 ggctgctcctgtgatgtc 21168337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 53; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 759 - 855
Target Start/End: Complemental strand, 17579210 - 17579114
Alignment:
Q  759 ccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 855  Q
    ||||||||  ||| |||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  17579210 ccaaattagatttagtaggtaagcgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 17579114  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 759 - 855
Target Start/End: Complemental strand, 17573784 - 17573688
Alignment:
Q  759 ccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 855  Q
    ||||||||  ||| |||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||  |||| | |||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  17573784 ccaaattagatttagtaggtaagcgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaatcttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 17573688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 773 - 855
Target Start/End: Complemental strand, 17606449 - 17606367
Alignment:
Q  773 gtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 855  Q
    ||||||||  |||||||||  |||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  17606449 gtaggtaaatgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 17606367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 769 - 855
Target Start/End: Complemental strand, 21630226 - 21630140
Alignment:
Q  769 ttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 855  Q
    |||||||||||| ||||||||||  ||||||||| |||||||||| ||||| | ||||||||| |||||||||| ||| ||||||||    
T  21630226 ttttgtaggtaaacgatccctcaatagtcgccaaacaaggatagaaacttttaaaggaacctggttatgccaaattaactccatatt 21630140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 46; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 716 - 853
Target Start/End: Complemental strand, 14373163 - 14373026
Alignment:
Q  716 gaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagata 815  Q
    |||||||| |||||| |||||| | | | ||||||||| |||||||||||   ||| |||||||| |  | ||||| |||  |||||||||| |||||||    
T  14373163 gaaacacacaaccgcccctccatagaaataatgccacggtttgccaaatttcctttcgtaggtaagccgttcctcaaaagctgccaagcaagaatagata 14373064  T
Q  816 ctttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccata 853  Q
    |||| ||||| |||||||||||||||| ||| ||||||    
T  14373063 cttttagaggtacctgtttatgccaaattaaatccata 14373026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 773 - 855
Target Start/End: Complemental strand, 10577364 - 10577282
Alignment:
Q  773 gtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 855  Q
    |||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||| | ||||| | |||||||||||||||||||| ||| || |||||    
T  10577364 gtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatataaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactctatatt 10577282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 755 - 840
Target Start/End: Complemental strand, 15958946 - 15958861
Alignment:
Q  755 tttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgcca 840  Q
    |||||||||||   ||| ||||||||  ||||||||| ||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  15958946 tttgccaaatttgctttcgtaggtaaatgatccctcaaaagccgccaagcaagaatagagactttaagaggaacctgtttatgcca 15958861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 706 - 855
Target Start/End: Complemental strand, 20883215 - 20883066
Alignment:
Q  706 cccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagca 805  Q
    ||||||||| |  ||||| |||||  |||||||| ||| ||||||||||| | |||| ||   ||| |||||||| | ||||||||  || |||||||||    
T  20883215 cccacatcccgtgacacaaaaccgagcctccacagatataatgccacgatctaccaagttcgatttagtaggtaaacaatccctcaacagccgccaagca 20883116  T
Q  806 aggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 855  Q
    |||||||| ||||| | |||||||| ||||||||| | ||| ||||||||    
T  20883115 aggatagaaacttttaaaggaacctatttatgccagattaactccatatt 20883066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 756 - 865
Target Start/End: Original strand, 13937708 - 13937817
Alignment:
Q  756 ttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 855  Q
    ||||||||||  |||| ||||||||||| |||||||| |  ||||||||||  ||||| ||||| | ||| |||||||| |||||||  || ||||||||    
T  13937708 ttgccaaattttgtttagtaggtaaccggtccctcagcaaacgccaagcaaaaatagacactttcaaaggcacctgtttgtgccaaatcaactccatatt 13937807  T
Q  856 atggtgtaac 865  Q
     || ||||||    
T  13937808 ttgatgtaac 13937817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0472 (Bit Score: 93; Significance: 8e-45; HSPs: 1)
Name: scaffold0472
Description:

Target: scaffold0472; HSP #1
Raw Score: 93; E-Value: 8e-45
Query Start/End: Original strand, 682 - 886
Target Start/End: Original strand, 3186 - 3390
Alignment:
Q  682 caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaac 781  Q
    |||||||  ||||||||| ||  ||||||||||||||||||| |||||| |||||| |  || ||||||| | |||||||||||   ||| |||||||||    
T  3186 caaatgattaacatcttcaacgttcccacatccagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaatgccatggtttgccaaattgcttttcgtaggtaac 3285  T
Q  782 cgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctccgatg 881  Q
    ||||| |||| ||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||  ||    
T  3286 cgatctctcaaaagtctccaagcaaggatagaaactttaagaggaacctgtttatgccaaattaactccatattatggtgtaactagggttgctcctgtg 3385  T
Q  882 atgtc 886  Q
    |||||    
T  3386 atgtc 3390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University