View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21408_low_29 (Length: 247)

Name: NF21408_low_29
Description: NF21408
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21408_low_29
NF21408_low_29
[»] chr7 (15 HSPs)
chr7 (4-231)||(26121265-26121493)
chr7 (4-230)||(26156141-26156367)
chr7 (4-231)||(26129520-26129748)
chr7 (4-230)||(26180033-26180260)
chr7 (4-219)||(19102528-19102744)
chr7 (4-151)||(26243350-26243497)
chr7 (4-140)||(26278646-26278782)
chr7 (4-142)||(26192215-26192353)
chr7 (4-140)||(26298398-26298534)
chr7 (4-142)||(26251798-26251936)
chr7 (10-127)||(26204841-26204958)
chr7 (16-127)||(26224484-26224595)
chr7 (12-127)||(26260830-26260945)
chr7 (4-68)||(26302759-26302823)
chr7 (15-127)||(26208378-26208490)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (10-217)||(44904209-44904416)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 185; Significance: 1e-100; HSPs: 15)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 4 - 231
Target Start/End: Original strand, 26121265 - 26121493
Alignment:
Q  4 gagagaaaagaaatgaggatgagagcaaagaaacttggtgatgctgccaagaggactatagaggaaggtggagattcttacaacaacttgattcagttga 103  Q
    ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  26121265 gagagcaaagaaatgatgatgagagcaaagaaacttggtgaggctgccaagaggattatagaggaacgtggacattcttacaacaacttgattcagttga 26121364  T
Q  104 ttgatgagctgaaatcattgaagaaatctaaagcacttgatgagaaag-tgattagataagtcaaatgaaggagtaatgtttgatgcatcaggaggtgta 202  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  26121365 ttgatgagctgaaatcattgaagaaatctaaagcacttggtgagaaagcagattagataagtcaaatgaaggagtaatgtttgatgcttcaggaggtgta 26121464  T
Q  203 tctgatgaaggctttcaataagatgaaag 231  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  26121465 tctgatgaaggctttcaataagatgaaag 26121493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 179; E-Value: 1e-96
Query Start/End: Original strand, 4 - 230
Target Start/End: Original strand, 26156141 - 26156367
Alignment:
Q  4 gagagaaaagaaatgaggatgagagcaaagaaacttggtgatgctgccaagaggactatagaggaaggtggagattcttacaacaacttgattcagttga 103  Q
    ||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26156141 gagagcaaagcaatgagggtgagagcaaagaaacttggtgatgctgccaagaggactatagaagaaggtggagattcttacaacaacttgattcagttga 26156240  T
Q  104 ttgatgagctgaaatcattgaagaaatctaaagcacttgatgagaaagtgattagataagtcaaatgaaggagtaatgtttgatgcatcaggaggtgtat 203  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| | ||||| |||||    
T  26156241 ttgatgatctgaaatcattgaagaaatctaaaccacttgatgagaaagtgattagataagtcaaatgaaggagtagtggttgatgctttaggagatgtat 26156340  T
Q  204 ctgatgaaggctttcaataagatgaaa 230  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||    
T  26156341 ctgatgaagactttcaataagatgaaa 26156367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 177; E-Value: 2e-95
Query Start/End: Original strand, 4 - 231
Target Start/End: Original strand, 26129520 - 26129748
Alignment:
Q  4 gagagaaaagaaatgaggatgagagcaaagaaacttggtgatgctgccaagaggactatagaggaaggtggagattcttacaacaacttgattcagttga 103  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  26129520 gagagcaaagaaatgaggatgagagcaaaaaagcttggtgaggctgccaagaggactattgaggaaggtggagattcttacaacaacttgattcaattga 26129619  T
Q  104 ttgatgagctgaaatcattgaagaaatctaaagcacttgatgagaaag-tgattagataagtcaaatgaaggagtaatgtttgatgcatcaggaggtgta 202  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  26129620 ttgatgagctgaaatcattgaagaaatctaaagcacttggtgagaaagcagattagataagtcaaatgaaggagtaatgtttgatgcttcaggaggtgta 26129719  T
Q  203 tctgatgaaggctttcaataagatgaaag 231  Q
    | ||||||||||||| |||||||||||||    
T  26129720 tttgatgaaggcttttaataagatgaaag 26129748  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 4 - 230
Target Start/End: Original strand, 26180033 - 26180260
Alignment:
Q  4 gagagaaaagaaatgaggatgagagcaaagaaacttggtgatgctgccaagaggactatagaggaaggtggagattcttacaacaacttgattcagttga 103  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26180033 gagagcaaagaaatgaggatgagagcaaagaaacttggtgatgcttccaagaggactattgaggaaggtggagattcttacaacaacttgattcagttga 26180132  T
Q  104 ttgatgagctgaaatcattgaagaaatctaaagcacttgatgagaaag-tgattagataagtcaaatgaaggagtaatgtttgatgcatcaggaggtgta 202  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| || |||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  26180133 ttgatgagctgaaatcattaaagaaatctaaggcacttggtgtgaaagcagattagataagtcaaatgaaggagtgatgtttgatgcttcaggaggtgta 26180232  T
Q  203 tctgatgaaggctttcaataagatgaaa 230  Q
     | |||||||||||||||||||||||||    
T  26180233 gcagatgaaggctttcaataagatgaaa 26180260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 4 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 19102744 - 19102528
Alignment:
Q  4 gagagaaaagaaatgaggatgagagcaaagaaacttggtgatgctgccaagaggactatagaggaaggtggagattcttacaacaacttgattcagttga 103  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| | ||| ||||||||||||||| |||||    
T  19102744 gagagcaaagaaatgaggatgagagcaaagaagcttggtgatgctgcaaagaggactatagaggagggtggacactctcacaacaacttgattctgttga 19102645  T
Q  104 ttgatgagctgaaatcattgaagaaatctaaagcacttgatgagaaag-tgattagataagtcaaatgaaggagtaatgtttgatgcatcaggaggtgta 202  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| ||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||    
T  19102644 ttgatgagctgaaatcattgaagaaatctaagtcacttggtgagaaagcagattagataattcaaatgaaggagtaatgtttgatgtttcagtaggtgta 19102545  T
Q  203 tctgatgaaggctttca 219  Q
      |||||||||||||||    
T  19102544 gttgatgaaggctttca 19102528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 124; E-Value: 7e-64
Query Start/End: Original strand, 4 - 151
Target Start/End: Original strand, 26243350 - 26243497
Alignment:
Q  4 gagagaaaagaaatgaggatgagagcaaagaaacttggtgatgctgccaagaggactatagaggaaggtggagattcttacaacaacttgattcagttga 103  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26243350 gagagcaaagaaatgaggatgagagcaaagaaacttggtgatgctgccaaaaggactatagaggagggtggagattcttacaacaacttgattcagttga 26243449  T
Q  104 ttgatgagctgaaatcattgaagaaatctaaagcacttgatgagaaag 151  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  26243450 ttgatgagctgaaatcgttgaagaaatctaaaacgcttgatgagaaag 26243497  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 121; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 4 - 140
Target Start/End: Original strand, 26278646 - 26278782
Alignment:
Q  4 gagagaaaagaaatgaggatgagagcaaagaaacttggtgatgctgccaagaggactatagaggaaggtggagattcttacaacaacttgattcagttga 103  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||    
T  26278646 gagagcaaagaaatgaggatgagagcaaagaaacttggtgatgctgccaagaggactatagaggaaggtggacactcttacaacaacttgattcaattga 26278745  T
Q  104 ttgatgagctgaaatcattgaagaaatctaaagcact 140  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26278746 ttgatgagctgaaatcattgaagaaatctaaagcact 26278782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 4 - 142
Target Start/End: Original strand, 26192215 - 26192353
Alignment:
Q  4 gagagaaaagaaatgaggatgagagcaaagaaacttggtgatgctgccaagaggactatagaggaaggtggagattcttacaacaacttgattcagttga 103  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |    
T  26192215 gagagcaaagaaatgaggatgagagcaaagaaacttggtgatgcttccaagaggactatagaggaaggtggacattcatacaacaacttgattcagttca 26192314  T
Q  104 ttgatgagctgaaatcattgaagaaatctaaagcacttg 142  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  26192315 ttgatgagctgaaatcactgaagaaatctaaagcacttg 26192353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 113; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 4 - 140
Target Start/End: Original strand, 26298398 - 26298534
Alignment:
Q  4 gagagaaaagaaatgaggatgagagcaaagaaacttggtgatgctgccaagaggactatagaggaaggtggagattcttacaacaacttgattcagttga 103  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  26298398 gagagcaaagaaatgaggatgagagcaaagaaacttagcgaggctgccaagaggactatagaagaaggtggagattcttacaacaacttgattcaattga 26298497  T
Q  104 ttgatgagctgaaatcattgaagaaatctaaagcact 140  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26298498 ttgatgagctgaaatcattgaagaaatctaaagcact 26298534  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 4 - 142
Target Start/End: Original strand, 26251798 - 26251936
Alignment:
Q  4 gagagaaaagaaatgaggatgagagcaaagaaacttggtgatgctgccaagaggactatagaggaaggtggagattcttacaacaacttgattcagttga 103  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26251798 gagagcaaagaaatgaggatgagagcaaagaaacttggcgatgcagccaaaaggacgatagaggaaggtggagattcttacaacaacttgattcagttga 26251897  T
Q  104 ttgatgagctgaaatcattgaagaaatctaaagcacttg 142  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  26251898 ttgatgagctgaaatcattgaagaaatataaagcgcttg 26251936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 10 - 127
Target Start/End: Original strand, 26204841 - 26204958
Alignment:
Q  10 aaagaaatgaggatgagagcaaagaaacttggtgatgctgccaagaggactatagaggaaggtggagattcttacaacaacttgattcagttgattgatg 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26204841 aaagaaatgaggatgagagcaaagaagcttggtgatgctgccaagaagactatagaggaaggtggagattcttacaacaacttgattcagttgattgatg 26204940  T
Q  110 agctgaaatcattgaaga 127  Q
    |||| |||||||||||||    
T  26204941 agctaaaatcattgaaga 26204958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 92; E-Value: 8e-45
Query Start/End: Original strand, 16 - 127
Target Start/End: Original strand, 26224484 - 26224595
Alignment:
Q  16 atgaggatgagagcaaagaaacttggtgatgctgccaagaggactatagaggaaggtggagattcttacaacaacttgattcagttgattgatgagctga 115  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |    
T  26224484 atgaggatgagagcaaagaagcttggtgatgctgcaaagaagactatagaggaaggtggagattcttacaacaacttgattcaattgattgatgagctaa 26224583  T
Q  116 aatcattgaaga 127  Q
    ||||||||||||    
T  26224584 aatcattgaaga 26224595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 12 - 127
Target Start/End: Original strand, 26260830 - 26260945
Alignment:
Q  12 agaaatgaggatgagagcaaagaaacttggtgatgctgccaagaggactatagaggaaggtggagattcttacaacaacttgattcagttgattgatgag 111  Q
    ||||||||||| ||||||||  |||||| ||||||| || |||| ||  |||||||| ||||||   ||||||||||| ||||| || || || ||||||    
T  26260830 agaaatgaggaggagagcaagaaaactttgtgatgcagctaagaagagcatagaggagggtggaacctcttacaacaatttgatgcaatttatagatgag 26260929  T
Q  112 ctgaaatcattgaaga 127  Q
    || |||||||||||||    
T  26260930 cttaaatcattgaaga 26260945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 4 - 68
Target Start/End: Original strand, 26302759 - 26302823
Alignment:
Q  4 gagagaaaagaaatgaggatgagagcaaagaaacttggtgatgctgccaagaggactatagagga 68  Q
    ||||| ||||||||||||| || ||| || || ||||||| |||| |||||||||||||||||||    
T  26302759 gagagcaaagaaatgaggaagaaagctaaaaatcttggtgctgcttccaagaggactatagagga 26302823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 15 - 127
Target Start/End: Original strand, 26208378 - 26208490
Alignment:
Q  15 aatgaggatgagagcaaagaaacttggtgatgctgccaagaggactatagaggaaggtggagattcttacaacaacttgattcagttgattgatgagctg 114  Q
    |||||||| ||| | ||| ||||||||| ||||||| |||| || |||||| ||   ||||   ||||||||||||||||| || || || ||||| ||     
T  26208378 aatgaggaggagggtaaaaaaacttggttatgctgcaaagaagagtatagatgagaatggaacctcttacaacaacttgatgcaattaatagatgaccta 26208477  T
Q  115 aaatcattgaaga 127  Q
    |||||||||||||    
T  26208478 aaatcattgaaga 26208490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 105; Significance: 1e-52; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 105; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 10 - 217
Target Start/End: Original strand, 44904209 - 44904416
Alignment:
Q  10 aaagaaatgaggatgagagcaaagaaacttggtgatgctgccaagaggactatagaggaaggtggagattcttacaacaacttgattcagttgattgatg 109  Q
    ||||||||||||| ||||||||| ||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  44904209 aaagaaatgaggacgagagcaaaaaagtttggcgatgctgccaagaggactatagaggaaggtggacactcttacaacaacttggttcagttgatagatg 44904308  T
Q  110 agctgaaatcattgaagaaatctaaagcacttgatgagaaag-tgattagataagtcaaatgaaggagtaatgtttgatgcatcaggaggtgtatctgat 208  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||  |||||||||| | ||||||||  |||||  ||| ||||| | |||||||| ||| |    
T  44904309 agctgaaatcattgaagaaatccaaagcacttggtgagaaagcagattagataactgaaatgaagatgtaat-cttgttgcattaagaggtgtagctggt 44904407  T
Q  209 gaaggcttt 217  Q
    |||||||||    
T  44904408 gaaggcttt 44904416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University