View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21410_low_2 (Length: 603)

Name: NF21410_low_2
Description: NF21410
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21410_low_2
NF21410_low_2
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (19-599)||(38830713-38831290)
chr1 (158-572)||(38820454-38820868)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (356-455)||(28159296-28159395)
chr2 (356-446)||(16081884-16081974)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 521; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 521; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 599
Target Start/End: Original strand, 38830713 - 38831290
Alignment:
Q  19 tctacatcaaatccttcatgacttccgagattctattcaaacgtcacagcagattcacaacgccactctacaaatacccgtcctcttgttacataaattt 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38830713 tctacatcaaatccttcatgacttccgagattctattcaaacgtcacagcagattcacaacgccactctacaaatacccgtcctcttgttacataaattt 38830812  T
Q  119 ttcatagctcatt-ttctattattatacagtactaattaatcatgggttttgttgagtcgtttctgctgaacggagttcatatcaagaccaccgtaacaa 217  Q
    |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38830813 ttcataactcattcttctattattatacagtactaatta----tgggttttcttgagtcgtttctgctgaacggagttcatatcaagaccaccgtaacaa 38830908  T
Q  218 acaagcagcaagaggttgacaacctactatggtccttcttacgtcctgcaaattatgatggaccaaaggttattgggttcgatgtcgagttgtcaatgtt 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  38830909 acaagcagcaagaggttgacaacctactatggtccttcttacgtcctgcaaattataatggaccaaaggtaatcgggttcgatgtcgagttgtcaatgtt 38831008  T
Q  318 tgaaaataaggtatcagaggaagaaatctacgacaattccgaatgtgcaactctgcacctatgtaatggccagccgtgtcttattattcagctgtgtcat 417  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||    
T  38831009 tgaaaataaggtatcagaggaagaaatctacgacaattccgaatgtgcaactctgcacctatgtaatggccagttgtgtcttattattcagctatgtcat 38831108  T
Q  418 ttagattcagttcccacatcattgcttaactttcttcgactgccagattatacctttgtcagtgttggtattaaagatgatttggctaaacttaagaagg 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  38831109 ttagattcagttcccacatcattgcttaactttcttcgactgccagattatacctttgtcagtgttggtattaaagatgatttggctaagcttaagaagg 38831208  T
Q  518 aatatgggattagatgcagaaatgctgtggaacttggacctcttgctgctagtgtcttgaaagtgcctcgtttggctttctg 599  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38831209 aatatgggattagatgcagaaatgctgtggaacttggacctcttgctgctagtgtcttgaaagtgcctcgtttggctttctg 38831290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 151; E-Value: 1e-79
Query Start/End: Original strand, 158 - 572
Target Start/End: Original strand, 38820454 - 38820868
Alignment:
Q  158 tcatgggttttgttgagtcgtttctgctgaacggagttcatatcaagaccaccgtaacaaacaagcagcaagaggttgacaacctactatggtccttctt 257  Q
    |||||||||| || |||  ||||| |||||||||||| | |||  ||||||| |||||||| || ||| ||| | | ||| || | |||||||| |||||    
T  38820454 tcatgggtttcgtggagaagtttcagctgaacggagtccttatagagaccactgtaacaaataaacagaaagtgatcgacgacattctatggtctttctt 38820553  T
Q  258 acgtcctgcaaattatgatggaccaaaggttattgggttcgatgtcgagttgtcaatgtttgaaaataaggtatcagaggaagaaatctacgacaattcc 357  Q
    || ||||| ||||||| | ||||| |||||||| ||||| ||| |||||||||| |||| ||||||||| |||||||| ||||||| | |     |  ||    
T  38820554 acatcctgaaaattataaaggacctaaggttatcgggtttgatatcgagttgtcgatgtgtgaaaataaagtatcagaagaagaaaccaattttgagacc 38820653  T
Q  358 gaatgtgcaactctgcacctatgtaatggccagccgtgtcttattattcagctgtgtcatttagattcagttcccacatcattgcttaactttcttcgac 457  Q
    ||||||||||   || | ||||| ||||| ||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |    
T  38820654 gaatgtgcaatcttgaatctatgcaatggtcattcgtgtcttattattcagctatgtcatttagattcatttcccacatcattgcttaattttcttcgtc 38820753  T
Q  458 tgccagattatacctttgtcagtgttggtattaaagatgatttggctaaacttaagaaggaatatgggattagatgcagaaatgctgtggaacttggacc 557  Q
    | |||||||||||||||||  |||||||||| ||  || |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38820754 ttccagattatacctttgttggtgttggtatcaatcataatttggctaaacttgagaaggaatatggggttagatgcagaaatgctgtggaacttggacc 38820853  T
Q  558 tcttgctgctagtgt 572  Q
      | |||||||||||    
T  38820854 cttggctgctagtgt 38820868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 40; Significance: 0.0000000000002; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 356 - 455
Target Start/End: Original strand, 28159296 - 28159395
Alignment:
Q  356 ccgaatgtgcaactctgcacctatgtaatggccagccgtgtcttattattcagctgtgtcatttagattcagttcccacatcattgcttaactttcttcg 455  Q
    |||||| |||||||||||| ||||||| |||  |  | |||||||||||||||   ||||||| ||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||    
T  28159296 ccgaatatgcaactctgcatctatgtattggttattcatgtcttattattcagtcatgtcattaagattcatttcccacaacattgcttaattttcttcg 28159395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 356 - 446
Target Start/End: Original strand, 16081884 - 16081974
Alignment:
Q  356 ccgaatgtgcaactctgcacctatgtaatggccagccgtgtcttattattcagctgtgtcatttagattcagttcccacatcattgcttaa 446  Q
    |||||| |||||||||||| ||||||| |||  |   ||| |||||||||||| | ||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||    
T  16081884 ccgaatatgcaactctgcatctatgtattggttatttgtgacttattattcagttatgtcattaagattcatttcccacatcattacttaa 16081974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University