View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21413_high_15 (Length: 434)

Name: NF21413_high_15
Description: NF21413
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21413_high_15
NF21413_high_15
[»] chr8 (12 HSPs)
chr8 (166-417)||(2037440-2037691)
chr8 (167-385)||(2046694-2046912)
chr8 (188-417)||(2029339-2029568)
chr8 (188-417)||(10768363-10768592)
chr8 (168-385)||(2057843-2058060)
chr8 (191-417)||(2050633-2050859)
chr8 (191-417)||(1948587-1948813)
chr8 (188-417)||(2055039-2055268)
chr8 (188-417)||(2033898-2034127)
chr8 (1-129)||(2037445-2037573)
chr8 (325-383)||(2022900-2022958)
chr8 (75-129)||(2046698-2046752)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (171-371)||(48906929-48907129)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 244; Significance: 1e-135; HSPs: 12)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 244; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 166 - 417
Target Start/End: Original strand, 2037440 - 2037691
Alignment:
Q  166 ccttctaattggctattttttgttgcagagatatacttctagaatatggaaaacacatgacaaatctagggaccttactgtttgaattgttatcagaagc 265  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  2037440 ccttctaattggctattttttgttgcagagatatacttctagaatatggaaaacacatgacaaatctagggaccttactgttttaattgttatcagaagc 2037539  T
Q  266 tttaggtctgaatccaaaccatctaaaagatatggattgtgctaaaggactatttgctctttgccattattatccttcttgtccggaaccagaattgact 365  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2037540 tttaggtctgaatccaaaccatctaaaagatatggattgtgctaaaggactatttgctctttgccattattatccttcttgtccggaaccagaattgact 2037639  T
Q  366 gtgggaacagccaagcattcagaccatggttttctcacagtgcttctccaag 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  2037640 gtgggaacagccaagcattcagaccatggttttctcacagtgcttatccaag 2037691  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 135; E-Value: 3e-70
Query Start/End: Original strand, 167 - 385
Target Start/End: Original strand, 2046694 - 2046912
Alignment:
Q  167 cttctaattggctattttttgttgcagagatatacttctagaatatggaaaacacatgacaaatctagggaccttactgtttgaattgttatcagaagct 266  Q
    ||||||||||||||||| || ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||| |    
T  2046694 cttctaattggctatttattcttgcagagatataatactagaatatggaaaacacatgatgaatctagggactttattgtttgaattgttatctgaagat 2046793  T
Q  267 ttaggtctgaatccaaaccatctaaaagatatggattgtgctaaaggactatttgctctttgccattattatccttcttgtccggaaccagaattgactg 366  Q
    |||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  2046794 ttaggtttgcatccaaatcatctaaaagatatggattgtactcaagggttatttgctctttgccattattatcctccttgtcctgaaccagaattgactg 2046893  T
Q  367 tgggaacagccaagcattc 385  Q
    |||||||| ||||| ||||    
T  2046894 tgggaacaaccaagtattc 2046912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 126; E-Value: 8e-65
Query Start/End: Original strand, 188 - 417
Target Start/End: Original strand, 2029339 - 2029568
Alignment:
Q  188 ttgcagagatatacttctagaatatggaaaacacatgacaaatctagggaccttactgtttgaattgttatcagaagctttaggtctgaatccaaaccat 287  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| |||||  |||  |||||||| || || |||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  2029339 ttgcagagatatactactagaatatgggaaacaggtgatgaatctaggaactttgctgtttgaattgttgtcacaagctttaggtttgaatccaaaccat 2029438  T
Q  288 ctaaaagatatggattgtgctaaaggactatttgctctttgccattattatccttcttgtccggaaccagaattgactgtgggaacagccaagcattcag 387  Q
    ||||||||||||| ||||||  |||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||  |    
T  2029439 ctaaaagatatgggttgtgccgaagggctaattgctctttgccattattatcctccttgtcctgaaccagaattgactgtgggaacaacaaagcattgtg 2029538  T
Q  388 accatggttttctcacagtgcttctccaag 417  Q
    || ||| ||| |||||||||||||||||||    
T  2029539 acaatgatttcctcacagtgcttctccaag 2029568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 126; E-Value: 8e-65
Query Start/End: Original strand, 188 - 417
Target Start/End: Original strand, 10768363 - 10768592
Alignment:
Q  188 ttgcagagatatacttctagaatatggaaaacacatgacaaatctagggaccttactgtttgaattgttatcagaagctttaggtctgaatccaaaccat 287  Q
    ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||| |||||||| | |  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10768363 ttgcagagatatattgctagaatatggaaaacacatgagaaacctagggactttattgtttgaactatgctcagaagctttaggtctgaatccaaaccat 10768462  T
Q  288 ctaaaagatatggattgtgctaaaggactatttgctctttgccattattatccttcttgtccggaaccagaattgactgtgggaacagccaagcattcag 387  Q
    ||||||||||| ||||||||| ||||| || |||||||  | |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |    
T  10768463 ctaaaagatattgattgtgctgaaggattacttgctctcggtcattattatcctccttgtcctgaaccagaattgactgtgggaacaaccaagcattctg 10768562  T
Q  388 accatggttttctcacagtgcttctccaag 417  Q
    |  ||| ||| ||||| |||||||||||||    
T  10768563 ataatgatttcctcactgtgcttctccaag 10768592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 168 - 385
Target Start/End: Original strand, 2057843 - 2058060
Alignment:
Q  168 ttctaattggctattttttgttgcagagatatacttctagaatatggaaaacacatgacaaatctagggaccttactgtttgaattgttatcagaagctt 267  Q
    |||||||| |||| || || |||||||||| |  | ||| ||||||| |||||  |||  |||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  2057843 ttctaattagctacttgttcttgcagagatgtgatactataatatgggaaacaagtgatgaatctaggaactttactgtttgaattgttgtcagaagctt 2057942  T
Q  268 taggtctgaatccaaaccatctaaaagatatggattgtgctaaaggactatttgctctttgccattattatccttcttgtccggaaccagaattgactgt 367  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||| |||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  2057943 taggtttgaatccaaaccatctaaaagatatgggttgtgctgaagggctaattgctctttgtcattattatccttcttatcccgaaccagaattgactgt 2058042  T
Q  368 gggaacagccaagcattc 385  Q
    ||||||| ||||||||||    
T  2058043 gggaacaaccaagcattc 2058060  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 111; E-Value: 7e-56
Query Start/End: Original strand, 191 - 417
Target Start/End: Original strand, 2050633 - 2050859
Alignment:
Q  191 cagagatatacttctagaatatggaaaacacatgacaaatctagggaccttactgtttgaattgttatcagaagctttaggtctgaatccaaaccatcta 290  Q
    ||||||| || | ||||||||||| |||||  |||  |||||||| || ||||| ||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  2050633 cagagatgtaatactagaatatgggaaacaggtgatgaatctaggaactttactatttgaattgatgtcagaagctttaggactgaatccaaaccatcta 2050732  T
Q  291 aaagatatggattgtgctaaaggactatttgctctttgccattattatccttcttgtccggaaccagaattgactgtgggaacagccaagcattcagacc 390  Q
    |||||||||| ||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||| | |||||||| ||      
T  2050733 aaagatatgggttgtgctgaagggctaattgctctttgccattattatcctccttgtcctgaaccagaattgactgtcggaacaacaaagcattctgata 2050832  T
Q  391 atggttttctcacagtgcttctccaag 417  Q
    ||| ||| |||||||||||||| ||||    
T  2050833 atgatttcctcacagtgcttcttcaag 2050859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 191 - 417
Target Start/End: Complemental strand, 1948813 - 1948587
Alignment:
Q  191 cagagatatacttctagaatatggaaaacacatgacaaatctagggaccttactgtttgaattgttatcagaagctttaggtctgaatccaaaccatcta 290  Q
    ||||||||||   ||||||||||| |||||| |||  |||||||||||  |  |||||||||| || |||||||| |||||| |||| ||||||||||||    
T  1948813 cagagatataaccctagaatatgggaaacacgtgatgaatctagggactatgttgtttgaatttttgtcagaagcattaggtttgaaaccaaaccatcta 1948714  T
Q  291 aaagatatggattgtgctaaaggactatttgctctttgccattattatccttcttgtccggaaccagaattgactgtgggaacagccaagcattcagacc 390  Q
    |||||||||| |||| || |||| ||  ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||| | |||||||||||||    
T  1948713 aaagatatgggttgtactgaagggctgattgctgtttgccattattatccttcttgtcctgaaccagaactgactatgggaacaactaagcattcagacc 1948614  T
Q  391 atggttttctcacagtgcttctccaag 417  Q
    || ||||||||||||||||||| ||||    
T  1948613 atagttttctcacagtgcttctacaag 1948587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 106; E-Value: 7e-53
Query Start/End: Original strand, 188 - 417
Target Start/End: Original strand, 2055039 - 2055268
Alignment:
Q  188 ttgcagagatatacttctagaatatggaaaacacatgacaaatctagggaccttactgtttgaattgttatcagaagctttaggtctgaatccaaaccat 287  Q
    ||||||||||||||| |||  |||||| ||||||||||  ||||||||||| ||| | ||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  2055039 ttgcagagatatactgctacgatatgggaaacacatgatgaatctagggactttattatttgaattgttgtcagaagcattaggtttgaatccaaaccat 2055138  T
Q  288 ctaaaagatatggattgtgctaaaggactatttgctctttgccattattatccttcttgtccggaaccagaattgactgtgggaacagccaagcattcag 387  Q
     | |||||||||||||||||| |||| ||  |||||||||||||||| || ||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||| | |||||||| |    
T  2055139 ttgaaagatatggattgtgctgaagggctgattgctctttgccattactaccctccttgtcctgaaccagaattgactgtcggaacaacaaagcattctg 2055238  T
Q  388 accatggttttctcacagtgcttctccaag 417  Q
    |  ||| ||| |||||||||||||| ||||    
T  2055239 ataatgatttcctcacagtgcttcttcaag 2055268  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 188 - 417
Target Start/End: Original strand, 2033898 - 2034127
Alignment:
Q  188 ttgcagagatatacttctagaatatggaaaacacatgacaaatctagggaccttactgtttgaattgttatcagaagctttaggtctgaatccaaaccat 287  Q
    |||||||||||||||  || ||||||| ||| ||||||  ||||||||||| ||| | ||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  2033898 ttgcagagatatactgttacaatatgggaaatacatgatgaatctagggactttattatttgaattgttgtcagaagcattaggtttgaatccaaaccat 2033997  T
Q  288 ctaaaagatatggattgtgctaaaggactatttgctctttgccattattatccttcttgtccggaaccagaattgactgtgggaacagccaagcattcag 387  Q
     | |||||||||||||||||| |||| ||  |||||||||||||||| || ||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||| | |||||||| |    
T  2033998 ttgaaagatatggattgtgctgaagggctgattgctctttgccattactaccctccttgtcctgaaccagaattgactgtaggaacaacaaagcattctg 2034097  T
Q  388 accatggttttctcacagtgcttctccaag 417  Q
    |  ||| ||| |||||||||||||| ||||    
T  2034098 ataatgatttcctcacagtgcttctacaag 2034127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 1 - 129
Target Start/End: Complemental strand, 2037573 - 2037445
Alignment:
Q  1 catatcctttagttgttttgaattctgacctacatcttctgatatctaatcaaacataaagttccctagagttgtcatttgttttccatattctaggata 100  Q
    |||||| ||||| || |||| |||| |||||| | ||||||||| | | | |||||  ||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |      
T  2037573 catatcttttagatggtttggattcagacctaaagcttctgataacaattaaaacagtaaggtccctagatttgtcatgtgttttccatattctagaagt 2037474  T
Q  101 atatctctgcaacaaaaattagccaatta 129  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  2037473 atatctctgcaacaaaaaatagccaatta 2037445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 325 - 383
Target Start/End: Original strand, 2022900 - 2022958
Alignment:
Q  325 tttgccattattatccttcttgtccggaaccagaattgactgtgggaacagccaagcat 383  Q
    |||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||| | ||||||||    
T  2022900 tttgccattactatccttcctgtccagaaccagaattgactttgggaataaccaagcat 2022958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 75 - 129
Target Start/End: Complemental strand, 2046752 - 2046698
Alignment:
Q  75 tcatttgttttccatattctaggataatatctctgcaacaaaaattagccaatta 129  Q
    |||| ||||||||||||||||| || |||||||||||| || || ||||||||||    
T  2046752 tcatgtgttttccatattctagtattatatctctgcaagaataaatagccaatta 2046698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 73; Significance: 3e-33; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 171 - 371
Target Start/End: Complemental strand, 48907129 - 48906929
Alignment:
Q  171 taattggctattttttgttgcagagatatacttctagaatatggaaaacacatgacaaatctagggaccttactgtttgaattgttatcagaagctttag 270  Q
    ||||| ||||||| || ||||||||| |||||  |||||||| | ||||| ||||  || || ||    ||||| ||||||||| | |||||||||||||    
T  48907129 taatttgctatttattcttgcagagacatactgatagaatatagtaaacaaatgatgaacctgggatttttactatttgaattgctgtcagaagctttag 48907030  T
Q  271 gtctgaatccaaaccatctaaaagatatggattgtgctaaaggactatttgctctttgccattattatccttcttgtccggaaccagaattgactgtggg 370  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||| ||| |||||  |||||||||||||||| | || || |||||||| |||||||||||    
T  48907029 gtctgaatccaaaccatctaaaagatatgggttgtgttgaagggctaattgctgcttgccattattatcctccatgccctgaaccagatttgactgtggg 48906930  T
Q  371 a 371  Q
    |    
T  48906929 a 48906929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University