View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21430_high_1 (Length: 767)

Name: NF21430_high_1
Description: NF21430
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21430_high_1
NF21430_high_1
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (11-749)||(41338295-41339037)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 579; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 579; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 749
Target Start/End: Original strand, 41338295 - 41339037
Alignment:
Q  11 agcagagaccgatatatttcagacaaaagctatcttcatgtctttgtgtcgtcatcacgtaggttgtaacatgggttgccctttcattccaaaaatgtcg 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41338295 agcagagaccgatatatttcagacaaaagctatcttcatgtct--gtgtcgtcatcacgtaggttgtaacatgggttgccctttcattccaaaaatgtcg 41338392  T
Q  111 gtttgtgattgcnnnnnnncgttttgagggttatgaaggaaaataactaaagaagtaaagagaaatgtgtgggttaaatttgaagatgttatggtacgaa 210  Q
    ||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41338393 gtttgtgattgcaaaaaaacgttttgagggttatgaaggaaaataactaaagaagtaaagagaaatgtgtgggttaaatttgaagatgttatggtacgaa 41338492  T
Q  211 ttatgaatctactagggctcaaaaattcatgcaaaataataatgcttcgtgaaatgaaatggcattggatttgctttatgtataactgctgctgaccgtt 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41338493 ttatgaatctactagggctcaaaaattcatgcaaaataataatgcttcgtgaaatgaaatggcattggatttgctttatgtataactgctgctgaccgtt 41338592  T
Q  311 gattatttggataagcgtgatatgaaccgttagatttgctttctttgcccttatttgcatcttctannnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacgtaaataacg 410  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                     |||||||||||||    
T  41338593 gattatttggataagcgtgatatgaaccgttagatttgctttctttgcccttatttgcatcttctatttttttctactttttcttttcacgtaaataacg 41338692  T
Q  411 tgtatatgagtgggacctcacttatccatcaccagttttatagatttggactggtcatggaactcagaatactaagttattgggtcacctatggaaacct 510  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41338693 tgtatatgcgtgggacctcacttatccatcaccagttttatagatttggactggtcatggaactcagaatactaagttattgggtcacctatggaaacct 41338792  T
Q  511 taacatacatatatagaataaaattgtttttcctgtttaatttaaaaagttaaattttcgtttaggaga--------agtaatttaacattatttgacan 602  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||     
T  41338793 taacatacatatatagaataaaattgtttttcctgtttaatttaaaaagttaaattttcgtttaggagaactatctgagtaatttaacattatttgaca- 41338891  T
Q  603 nnnnnnnnaatcaaaagtgctttgtacttcttttttgacaataaaagagctttttataacttgattagtggctttcttctctagtctaaaattcaaactc 702  Q
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41338892 tcttttttaatcaaaagtgctttgtacttcttttttgacaataaaa-agctttttataacttgattagtggctttcttctctagtctaaaattcaaactc 41338990  T
Q  703 aaataatggaaccaaccaaaagttacaaatggtacatatgctagaat 749  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41338991 aaataatggaaccaaccaaaagttacaaatggtacatatgctagaat 41339037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University