View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21438_high_9 (Length: 375)

Name: NF21438_high_9
Description: NF21438
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21438_high_9
NF21438_high_9
[»] chr2 (5 HSPs)
chr2 (19-368)||(16232358-16232710)
chr2 (19-368)||(34691014-34691361)
chr2 (19-368)||(34713426-34713773)
chr2 (217-354)||(33861221-33861361)
chr2 (51-123)||(33861059-33861131)
[»] chr1 (14 HSPs)
chr1 (41-356)||(45993253-45993567)
chr1 (31-349)||(38137628-38137945)
chr1 (41-368)||(43045204-43045530)
chr1 (41-368)||(43045657-43045983)
chr1 (41-368)||(43066424-43066750)
chr1 (41-368)||(43084085-43084411)
chr1 (32-366)||(45983463-45983790)
chr1 (164-368)||(7890793-7890993)
chr1 (41-368)||(3300941-3301266)
chr1 (164-355)||(7888541-7888728)
chr1 (97-368)||(51291885-51292151)
chr1 (164-368)||(40034449-40034647)
chr1 (164-353)||(43076553-43076737)
chr1 (41-116)||(40034689-40034767)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (52-368)||(4231691-4232003)
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (164-368)||(4620026-4620226)
chr8 (164-356)||(1846728-1846916)
chr8 (219-353)||(4787274-4787408)
chr8 (210-358)||(4297851-4297999)
chr8 (41-116)||(4787457-4787535)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (164-349)||(16349475-16349656)
chr5 (29-116)||(16349337-16349427)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (225-368)||(7528839-7528982)
chr6 (56-349)||(7519487-7519776)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 331; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 331; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 368
Target Start/End: Original strand, 16232358 - 16232710
Alignment:
19 ataatcagatgctgaaaatgtcaataccttgttgcag---cagatcatttgcctcacaccaagagtgtacgcaagtagagcatgttcccaggtctgacca 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
16232358 ataatcagatgctgaaaatgtcaataccttgttgcagcagcagatcatttgcctcacaccaagagtgtacgcaagtagagcatgttcccaggtctgacca 16232457  T
116 tccttagaccaaccagcttgcaaactgagagtagtggaattgatgactagaacagcacagtcagcttcggaggtcccggtgatcatgttcttaattaatg 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
16232458 tccttagaccaaccagcttgcaaaccgagagtagtggaattgatgactagaacagcacagtcagcttcggaggtcccgatgatcatgttcttaattaatg 16232557  T
216 aaatccctgtgtccgggggcatcaatgagggtgcaacagtacttggttgtctcaaacttgcacatggaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcag 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
16232558 aaatccctgtgtccgggggcatcaatgagggtgcaacagtacttggttgtctcaaacttgcacatggaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcag 16232657  T
316 ccttgagcttgtcaagcacccaagcatacttgaatgaacgcatcttcatctca 368  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
16232658 ccttgagcttgtcaagcacccaagcatacttgaatgaacgcatcttcatctca 16232710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 208; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 19 - 368
Target Start/End: Original strand, 34691014 - 34691361
Alignment:
19 ataatcagatgctgaaaa-tgtcaataccttgttgcagcag---atcatttgcctcacaccaagagtgtacgcaagtagagcatgttcccaggtctgacc 114  Q
    ||||||| |||||||||| | | ||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||    
34691014 ataatcaaatgctgaaaaatataaataccttgttgcagcagcagatcatttgcctcacaccaagagtgaaggcaagaagagcatgttcccaggtctgacc 34691113  T
115 atccttagaccaaccagcttgcaaactgagagtagtggaattgatgactagaacagcacagtcagcttcggaggtcccggtgatcatgttcttaattaat 214  Q
    || |||||||||||||||| ||||||    |||||| ||||  ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||        
34691114 attcttagaccaaccagctcgcaaacctctagtagtcgaatcaatgacgagaacagcacagtcagcttgggaggtcccggtgatcatgttcttaat---- 34691209  T
215 gaaatccctgtgtccgggggcatcaatgagggtgcaacagtacttggttgtctcaaacttgcacatggaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctca 314  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||||    
34691210 gaaatccctgtgtccgggagcatcaatgagagtgaagcagtacttggttgtctcaaacttgcata--gaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctca 34691307  T
315 gccttgagcttgtcaagcacccaagcatacttgaatgaacgcatcttcatctca 368  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
34691308 gcgttgagcttgtcaagcacccaagcatacttgaatgaacgcttcttcatctca 34691361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 208; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 19 - 368
Target Start/End: Original strand, 34713426 - 34713773
Alignment:
19 ataatcagatgctgaaaa-tgtcaataccttgttgcagcag---atcatttgcctcacaccaagagtgtacgcaagtagagcatgttcccaggtctgacc 114  Q
    ||||||| |||||||||| | | ||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||    
34713426 ataatcaaatgctgaaaaatataaataccttgttgcagcagcagatcatttgcctcacaccaagagtgaaggcaagaagagcatgttcccaggtctgacc 34713525  T
115 atccttagaccaaccagcttgcaaactgagagtagtggaattgatgactagaacagcacagtcagcttcggaggtcccggtgatcatgttcttaattaat 214  Q
    || |||||||||||||||| ||||||    |||||| ||||  ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||        
34713526 attcttagaccaaccagctcgcaaacctctagtagtcgaatcaatgacgagaacagcacagtcagcttgggaggtcccggtgatcatgttcttaat---- 34713621  T
215 gaaatccctgtgtccgggggcatcaatgagggtgcaacagtacttggttgtctcaaacttgcacatggaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctca 314  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||||    
34713622 gaaatccctgtgtccgggagcatcaatgagagtgaagcagtacttggttgtctcaaacttgcata--gaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctca 34713719  T
315 gccttgagcttgtcaagcacccaagcatacttgaatgaacgcatcttcatctca 368  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
34713720 gcgttgagcttgtcaagcacccaagcatacttgaatgaacgcttcttcatctca 34713773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 59; E-Value: 6e-25
Query Start/End: Original strand, 217 - 354
Target Start/End: Original strand, 33861221 - 33861361
Alignment:
217 aatccctgtgtccgggggcatcaatgagggtgcaacagtacttggttgtctcaaacttgcacatggaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcagc 316  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||  ||| | | ||||| | |||||||||| || | ||| |||| |||||| | |||||||||||||||||||||    
33861221 aatccctgtgtccaggggcatcaatgacagtgtaccggtactggtttgtctcaaaattacgcatagaaacgtcaatggagatacctctttcacgctcagc 33861320  T
317 cttgagcttgtcaagcaccca---agcatacttgaatgaac 354  Q
    || |||||||||||| |||||   |||||||||||||||||    
33861321 ctcgagcttgtcaagaacccaattagcatacttgaatgaac 33861361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 51 - 123
Target Start/End: Original strand, 33861059 - 33861131
Alignment:
51 tgcagcagatcatttgcctcacaccaagagtgtacgcaagtagagcatgttcccaggtctgaccatccttaga 123  Q
    ||||||||||||||||   ||||||||||||| | || || || |||||||| | ||||||||||| ||||||    
33861059 tgcagcagatcatttgaggcacaccaagagtgcaggcgagaagggcatgttcacgggtctgaccatgcttaga 33861131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 140; Significance: 3e-73; HSPs: 14)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 140; E-Value: 3e-73
Query Start/End: Original strand, 41 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 45993567 - 45993253
Alignment:
41 aataccttgttgcagca---gatcatttgcctcacaccaagagtgtacgcaagtagagcatgttcccaggtctgaccatccttagaccaaccagcttgca 137  Q
    |||||||||||||||||   |||||||||  |||||||||||||| | ||||| ||||||||||| |  |||||||||||||| ||   ||| ||||  |    
45993567 aataccttgttgcagcaacagatcatttgattcacaccaagagtgaaggcaagaagagcatgttcacgagtctgaccatcctttgaaataccggcttcaa 45993468  T
138 aactgagagtagtggaattgatgactagaacagcacagtcagcttcggaggtcccggtgatcatgttcttaattaatgaaatccctgtgtccgggggcat 237  Q
    |||   ||||||||||||  ||||  ||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||| |||||    
45993467 aaccacgagtagtggaatcaatgatgagaacagcacaatcagcttgggacgtcccggtgatcatgttcttaat----gaaatccctgtgtccggaggcat 45993372  T
238 caatgagggtgcaacagtacttggttgtctcaaacttgcacatggaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcagccttgagcttgtcaagcaccca 337  Q
    ||||||  ||||| | ||||||| |||||||||||||  |||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
45993371 caatgacagtgcagctgtacttgtttgtctcaaacttcgacaaagaactgtcaattgtgatacctctttcacgctcagtcttgagcttgtcaagcaccca 45993272  T
338 agcatacttgaatgaacgc 356  Q
    |||||||||||||||||||    
45993271 agcatacttgaatgaacgc 45993253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 31 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 38137945 - 38137628
Alignment:
31 tgaaaatgtcaataccttgttgcagcag---atcatttgcctcacaccaagagtgtacgcaagtagagcatgttcccaggtctgaccatccttagaccaa 127  Q
    ||||||| | ||||||||||||||||||   |||||||| | ||||||||||  | | ||||| |||||||||||  |||||||||| |||| |||  ||    
38137945 tgaaaatataaataccttgttgcagcagcagatcatttggcgcacaccaagaacgaatgcaagaagagcatgttcagaggtctgaccttcctgagaataa 38137846  T
128 ccagcttgcaaactgagagtagtggaattgatgactagaacagcacagtcagcttcggaggtcccggtgatcatgttcttaattaatgaaatccctgtgt 227  Q
    |||||||  |||||   ||| |||||||  ||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||    |||||||||||||    
38137845 ccagcttcaaaactaccagttgtggaatcaatgacgagaacagcacagtcagcttgggacgtcccggtaatcatgttcttaat----gaaatccctgtgt 38137750  T
228 ccgggggcatcaatgagggtgcaacagtacttggttgtctcaaacttgcacatggaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcagccttgagcttgt 327  Q
    ||||||||||||||||| |||||  |||||||||| |||||||||||  |||  ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||    
38137749 ccgggggcatcaatgagagtgcagtagtacttggtagtctcaaactttgacagagaaatgtcaatagtgatacctctttcacgctcggccttgagcttgt 38137650  T
328 caagcacccaagcatacttgaa 349  Q
    | ||||||||||||||||||||    
38137649 cgagcacccaagcatacttgaa 38137628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 136; E-Value: 7e-71
Query Start/End: Original strand, 41 - 368
Target Start/End: Original strand, 43045204 - 43045530
Alignment:
41 aataccttgttgca---gcagatcatttgcctcacaccaagagtgtacgcaagtagagcatgttcccaggtctgaccatccttagaccaaccagcttgca 137  Q
    ||||||||||||||   ||||||||||||| |||||||||||||| | ||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||   ||| ||||  |    
43045204 aataccttgttgcaacagcagatcatttgcttcacaccaagagtgaaagcaaggagagcatgttcacgggtctgaccatccttagaaataccggcttcaa 43045303  T
138 aactgagagtagtggaattgatgactagaacagcacagtcagcttcggaggtcccggtgatcatgttcttaattaatgaaatccctgtgtccgggggcat 237  Q
    |||    |||||||||||  ||||  ||||| ||||| ||||||| ||| || |||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||    
43045304 aaccaccagtagtggaatcaatgatgagaacggcacaatcagcttgggatgttccggtgatcatgttcttaa----tgaaatccctgtgtccgggggcat 43045399  T
238 caatgagggtgcaacagtacttggttgtctcaaacttgcacatggaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcagccttgagcttgtcaagcaccca 337  Q
    | ||||  |||||  |||||||||||||||||||||| || |  | ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||    
43045400 cgatgacagtgcagtagtacttggttgtctcaaacttccagagagcaatgtcaatggtgatacctctttcacgttcagccttgagcttgtcaaggaccca 43045499  T
338 agcatacttgaatgaacgcatcttcatctca 368  Q
     |||||||||||||||||| | |||||||||    
43045500 ggcatacttgaatgaacgcttgttcatctca 43045530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 136; E-Value: 7e-71
Query Start/End: Original strand, 41 - 368
Target Start/End: Original strand, 43045657 - 43045983
Alignment:
41 aataccttgttgca---gcagatcatttgcctcacaccaagagtgtacgcaagtagagcatgttcccaggtctgaccatccttagaccaaccagcttgca 137  Q
    ||||||||||||||   ||||||||||||| |||||||||||||| | ||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||   ||| ||||  |    
43045657 aataccttgttgcaacagcagatcatttgcttcacaccaagagtgaaagcaaggagagcatgttcacgggtctgaccatccttagaaataccggcttcaa 43045756  T
138 aactgagagtagtggaattgatgactagaacagcacagtcagcttcggaggtcccggtgatcatgttcttaattaatgaaatccctgtgtccgggggcat 237  Q
    |||    |||||||||||  ||||  ||||| ||||| ||||||| ||| || |||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||    
43045757 aaccaccagtagtggaatcaatgatgagaacggcacaatcagcttgggatgttccggtgatcatgttcttaa----tgaaatccctgtgtccgggggcat 43045852  T
238 caatgagggtgcaacagtacttggttgtctcaaacttgcacatggaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcagccttgagcttgtcaagcaccca 337  Q
    | ||||  |||||  |||||||||||||||||||||| || |  | ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||    
43045853 cgatgacagtgcagtagtacttggttgtctcaaacttccagagagcaatgtcaatggtgatacctctttcacgttcagccttgagcttgtcaaggaccca 43045952  T
338 agcatacttgaatgaacgcatcttcatctca 368  Q
     |||||||||||||||||| | |||||||||    
43045953 ggcatacttgaatgaacgcttgttcatctca 43045983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 136; E-Value: 7e-71
Query Start/End: Original strand, 41 - 368
Target Start/End: Complemental strand, 43066750 - 43066424
Alignment:
41 aataccttgttgca---gcagatcatttgcctcacaccaagagtgtacgcaagtagagcatgttcccaggtctgaccatccttagaccaaccagcttgca 137  Q
    ||||||||||||||   ||||||||||||| |||||||||||||| | ||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||   ||| ||||  |    
43066750 aataccttgttgcaacagcagatcatttgcttcacaccaagagtgaaagcaaggagagcatgttcacgggtctgaccatccttagaaataccggcttcaa 43066651  T
138 aactgagagtagtggaattgatgactagaacagcacagtcagcttcggaggtcccggtgatcatgttcttaattaatgaaatccctgtgtccgggggcat 237  Q
    |||    |||||||||||  ||||  ||||| ||||| ||||||| ||| || ||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||    
43066650 aaccaccagtagtggaatcaatgatgagaacggcacaatcagcttgggatgttccggtgatcatgttcttaat----gaaatccctgtgtccgggggcat 43066555  T
238 caatgagggtgcaacagtacttggttgtctcaaacttgcacatggaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcagccttgagcttgtcaagcaccca 337  Q
    | ||||  |||||  |||||||||||||||||||||| || |  | ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||    
43066554 cgatgacagtgcagtagtacttggttgtctcaaacttccagagagcaatgtcaatggtgatacctctttcacgttcagccttgagcttgtcaagaaccca 43066455  T
338 agcatacttgaatgaacgcatcttcatctca 368  Q
     |||||||||||||||||| | |||||||||    
43066454 ggcatacttgaatgaacgcttgttcatctca 43066424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 136; E-Value: 7e-71
Query Start/End: Original strand, 41 - 368
Target Start/End: Original strand, 43084085 - 43084411
Alignment:
41 aataccttgttgca---gcagatcatttgcctcacaccaagagtgtacgcaagtagagcatgttcccaggtctgaccatccttagaccaaccagcttgca 137  Q
    ||||||||||||||   ||||||||||||| |||||||||||||| | ||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||   ||| ||||  |    
43084085 aataccttgttgcaacagcagatcatttgcttcacaccaagagtgaaagcaaggagagcatgttcacgggtctgaccatccttagaaataccggcttcaa 43084184  T
138 aactgagagtagtggaattgatgactagaacagcacagtcagcttcggaggtcccggtgatcatgttcttaattaatgaaatccctgtgtccgggggcat 237  Q
    |||    |||||||||||  ||||  ||||| ||||| ||||||| ||| || |||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||    
43084185 aaccaccagtagtggaatcaatgatgagaacggcacaatcagcttgggatgttccggtgatcatgttcttaa----tgaaatccctgtgtccgggggcat 43084280  T
238 caatgagggtgcaacagtacttggttgtctcaaacttgcacatggaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcagccttgagcttgtcaagcaccca 337  Q
    | ||||  |||||  |||||||||||||||||||||| || |  | ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||    
43084281 cgatgacagtgcagtagtacttggttgtctcaaacttccagagagcaatgtcaatggtgatacctctttcacgttcagccttgagcttgtcaaggaccca 43084380  T
338 agcatacttgaatgaacgcatcttcatctca 368  Q
     |||||||||||||||||| | |||||||||    
43084381 ggcatacttgaatgaacgcttgttcatctca 43084411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 128; E-Value: 4e-66
Query Start/End: Original strand, 32 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 45983790 - 45983463
Alignment:
32 gaaaatgtcaataccttgttgcagcag---atcatttgcctcacaccaagagtgtacgcaagtagagcatgttcccaggtctgaccatccttagaccaac 128  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||   ||||||||  |||||||||||||| | ||||| ||||||||||| | ||||||||||| | ||      |    
45983790 gaaaatataaataccttgttgcagcagcagatcatttgattcacaccaagagtgaaggcaagaagagcatgttcacgggtctgaccattcata------c 45983697  T
129 cagcttgcaaactgagagtagtggaattgatgactagaacagcacagtcagcttcggaggtcccggtgatcatgttcttaattaatgaaatccctgtgtc 228  Q
    | ||||  ||||    |||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||    ||||||||||||||    
45983696 cggcttcaaaaccaccagtagtggaatcaatgacgagaacagcacagtcagcttgggacgttccggtgatcatgttcttaat----gaaatccctgtgtc 45983601  T
229 cgggggcatcaatgagggtgcaacagtacttggttgtctcaaacttgcacatggaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcagccttgagcttgtc 328  Q
    |||||||||||||||  |||||   ||||||| |||||||||||||  ||| || |||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||||||    
45983600 cgggggcatcaatgacagtgcagttgtacttgtttgtctcaaacttcgacagggtaatgtcaattgtaacacctctttcacgttcagccttgagcttgtc 45983501  T
329 aagcacccaagcatacttgaatgaacgcatcttcatct 366  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||    
45983500 aagcacccaagcatacttgaatgaacgcttgttcatct 45983463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 164 - 368
Target Start/End: Complemental strand, 7890993 - 7890793
Alignment:
164 agaacagcacagtcagcttcggaggtcccggtgatcatgttcttaattaatgaaatccctgtgtccgggggcatcaatgagggtgcaacagtacttggtt 263  Q
    ||||||||||||||||||||||| |  || |||||||||||||||||    ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| | | | ||||||    
7890993 agaacagcacagtcagcttcggacgctccagtgatcatgttcttaat----gaaatccctgtgtccaggggcatcaatgagagtgcagcggaagttggtt 7890898  T
264 gtctcaaacttgcacatggaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcagccttgagcttgtcaagcacccaagcatacttgaatgaacgcatcttca 363  Q
    ||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||    
7890897 gtctcaaacttccacagagaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcggccttgagcttgtcaagcacccaagcatacttgaatgaatgcctgttca 7890798  T
364 tctca 368  Q
    |||||    
7890797 tctca 7890793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 118; E-Value: 4e-60
Query Start/End: Original strand, 41 - 368
Target Start/End: Original strand, 3300941 - 3301266
Alignment:
41 aataccttgttgcagcaga--tcatttgcctcacaccaagagtgtacgcaagtagagcatgttcccaggtctgaccatccttagaccaaccagcttgcaa 138  Q
    ||||||||||||||||| |  |||||||| |||||||||||||| | ||||| ||||| ||||| | |||||| |||||||| ||   ||| ||||  ||    
3300941 aataccttgttgcagcaaaaatcatttgcttcacaccaagagtgaaagcaagaagagcgtgttcacgggtctgcccatcctttgatataccggcttcaaa 3301040  T
139 actgagagtagtggaattgatgactagaacagcacagtcagcttcggaggtcccggtgatcatgttcttaattaatgaaatccctgtgtccgggggcatc 238  Q
    ||     ||||||||||  ||||  ||||||||||| ||||||| ||| || || || |||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||    
3301041 accaccggtagtggaatcaatgatcagaacagcacaatcagcttgggatgttccagtaatcatgttcttaa----tgaaatccctgtgtccgggggcatc 3301136  T
239 aatgagggtgcaacagtacttggttgtctcaaacttgcacatggaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcagccttgagcttgtcaagcacccaa 338  Q
    |||||  |||||  ||||||| || ||||||||||| ||||  | ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||    
3301137 aatgacagtgcagtagtacttagtagtctcaaacttccacagagcaatgtcaattgtgatacctctttcacattcagccttgagcttgtcgagcacccaa 3301236  T
339 gcatacttgaatgaacgcatcttcatctca 368  Q
    |||||||||||||||||| | |||||||||    
3301237 gcatacttgaatgaacgcttgttcatctca 3301266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 111; E-Value: 6e-56
Query Start/End: Original strand, 164 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 7888728 - 7888541
Alignment:
164 agaacagcacagtcagcttcggaggtcccggtgatcatgttcttaattaatgaaatccctgtgtccgggggcatcaatgagggtgcaacagtacttggtt 263  Q
    ||||||||||| |||||||| || | |||||||||||||||||| ||    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||  |||||    
7888728 agaacagcacaatcagcttcagacgccccggtgatcatgttcttgat----gaaatccctgtgtccgggggcatcaatgagagtgcagcagtagctggtt 7888633  T
264 gtctcaaacttgcacatggaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcagccttgagcttgtcaagcacccaagcatacttgaatgaacg 355  Q
    |||| |||||| || |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
7888632 gtctgaaacttccaaagagaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcagccttgagtttgtcaagcacccaagcatacttgaataaacg 7888541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 97 - 368
Target Start/End: Original strand, 51291885 - 51292151
Alignment:
97 atgttcccaggtctgaccatccttagaccaaccagcttgcaaactgagagtagtggaattgatgactagaacagcacagtcagcttcggaggtcccggtg 196  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||  |||||||||  || | |  ||| |||||||  | ||  |||| | |||||||||||| | | | ||||| |    
51291885 atgttcaccggtctgaccatccttagaataaccagcttcaaacccgccagttgtggaatcaaggatgagaataacacagtcagcttggaacggcccggcg 51291984  T
197 atcatgttcttaattaatgaaatccctgtgtccgggggcatcaatgagggtgcaacagtacttggttgtctcaaacttgcacatggaaatgtcaattgtg 296  Q
    ||||||||||||||    ||||| ||  |||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||| ||||||||| | |  |||||||||||||||    
51291985 atcatgttcttaat----gaaattcccatgtccgggggcatcaatgagagtgcaatagtacttgattgt-tcaaacttggatagagaaatgtcaattgtg 51292079  T
297 atacctctttcacgctcagccttgagcttgtcaagcacccaagcatacttgaatgaacgcatcttcatctca 368  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||    
51292080 atacctctttcacgctcagccttgaacttgtcaagcacccaagcatacgtgaatgaacgcatgttcatctca 51292151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 164 - 368
Target Start/End: Complemental strand, 40034647 - 40034449
Alignment:
164 agaacagcacagtcagcttcggaggtcccggtgatcatgttcttaattaatgaaatccctgtgtccgggggcatcaatgagggtgcaacagtacttggtt 263  Q
    ||||||||||||||||||  ||| || ||||| | ||||||||| ||    ||||||  ||||||||||||| |||||||| |||||   ||| ||||||    
40034647 agaacagcacagtcagctagggacgtgccggttaacatgttcttgat----gaaatc--tgtgtccgggggcgtcaatgagagtgcagtggtatttggtt 40034554  T
264 gtctcaaacttgcacatggaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcagccttgagcttgtcaagcacccaagcatacttgaatgaacgcatcttca 363  Q
    |||||||||||| |||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| | ||||    
40034553 gtctcaaacttggacatggaaatatcaattgtaacacctctttcacgctcagccttgagcttgtcaagtacccaagcatacttgaatgagcgcttgttca 40034454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 164 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 43076737 - 43076553
Alignment:
164 agaacagcacagtcagcttcggaggtcccggtgatcatgttcttaattaatgaaatccctgtgtccgggggcatcaatgagggtgcaacagtacttggtt 263  Q
    |||| |||||| ||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||    ||||| | ||||||| ||| |||||||||    ||| |||| ||| |||    
43076737 agaagagcacaatcagcttgggacgtcccagtgatcatgttcttaat----gaaattcttgtgtcccgggacatcaatgacaacgcagcagttctttgtt 43076642  T
264 gtctcaaacttgcacatggaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcagccttgagcttgtcaagcacccaagcatacttgaatgaa 353  Q
    ||||||||||| || |  ||||| ||||| || |||||||||||||| |||||| ||||||||||||| | ||| |||||||||| ||||    
43076641 gtctcaaacttccagagagaaatctcaatggt-atacctctttcacgttcagccctgagcttgtcaaggatccaggcatacttgactgaa 43076553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 41 - 116
Target Start/End: Complemental strand, 40034767 - 40034689
Alignment:
41 aataccttgttgca---gcagatcatttgcctcacaccaagagtgtacgcaagtagagcatgttcccaggtctgaccat 116  Q
    ||||||||||||||   ||||||||||||  ||||||||||||| || ||||| |||||||||||   |||||||||||    
40034767 aataccttgttgcagcagcagatcatttgattcacaccaagagtataggcaagaagagcatgttcagtggtctgaccat 40034689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 132; Significance: 2e-68; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 52 - 368
Target Start/End: Original strand, 4231691 - 4232003
Alignment:
52 gcagcagatcatttgcctcacaccaagagtgtacgcaagtagagcatgttcccaggtctgaccatccttagaccaaccagcttgcaaactgagagtagtg 151  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||| |  |||||||||||||| ||   ||||||||  ||||    ||| |||    
4231691 gcagcagatcatttgcctcacaccaagagtgaaagcaaggagagcatgttcacgagtctgaccatccttggaaataccagcttcaaaaccaccagtggtg 4231790  T
152 gaattgatgactagaacagcacagtcagcttcggaggtcccggtgatcatgttcttaattaatgaaatccctgtgtccgggggcatcaatgagggtgcaa 251  Q
    ||||  ||||  ||||||||||| ||||||| ||| || || || |||||||||||||    |||||||||||||||| |||||||||||||  |||||     
4231791 gaatcaatgatgagaacagcacaatcagcttgggatgtaccagtaatcatgttcttaa----tgaaatccctgtgtccaggggcatcaatgacagtgcag 4231886  T
252 cagtacttggttgtctcaaacttgcacatggaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcagccttgagcttgtcaagcacccaagcatacttgaatg 351  Q
     ||||||| || ||||||||||| ||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||    
4231887 tagtacttagtggtctcaaacttccacagagcaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcagccttgagcttgtcaagaacccaagcatacttaaatg 4231986  T
352 aacgcatcttcatctca 368  Q
    ||||| | |||||||||    
4231987 aacgcttgttcatctca 4232003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 128; Significance: 4e-66; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 128; E-Value: 4e-66
Query Start/End: Original strand, 164 - 368
Target Start/End: Original strand, 4620026 - 4620226
Alignment:
164 agaacagcacagtcagcttcggaggtcccggtgatcatgttcttaattaatgaaatccctgtgtccgggggcatcaatgagggtgcaacagtacttggtt 263  Q
    ||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||||||    ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||    
4620026 agaacagcacagtcagcttgggatgttccggtgatcatgttcttaa----tgaaatctctgtgtccgggggcatcaatgagagtgcagtagtacttggtt 4620121  T
264 gtctcaaacttgcacatggaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcagccttgagcttgtcaagcacccaagcatacttgaatgaacgcatcttca 363  Q
    |||||||||||| |||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| || |    
4620122 gtctcaaacttggacagagaaatgtcgattgtgatacctctttcacgctcagccttgagcttgtcaagcacccaagcatatttgaatgaacacatgttta 4620221  T
364 tctca 368  Q
    |||||    
4620222 tctca 4620226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 116; E-Value: 6e-59
Query Start/End: Original strand, 164 - 356
Target Start/End: Original strand, 1846728 - 1846916
Alignment:
164 agaacagcacagtcagcttcggaggtcccggtgatcatgttcttaattaatgaaatccctgtgtccgggggcatcaatgagggtgcaacagtacttggtt 263  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||   | | ||||||    
1846728 agaacggcacagtcagcttcggatgctccggtgatcatgttcttaat----gaaatccctgtgtccgggggcatcaatgagagtgcagaggaagttggtt 1846823  T
264 gtctcaaacttgcacatggaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcagccttgagcttgtcaagcacccaagcatacttgaatgaacgc 356  Q
    ||||||||||| || |  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
1846824 gtctcaaacttccatagagaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcggccttgagcttgtcaagcacccaagcatacttgaatgaacgc 1846916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 219 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 4787408 - 4787274
Alignment:
219 tccctgtgtccgggggcatcaatgagggtgcaacagtacttggttgtctcaaacttgcacatggaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcagcct 318  Q
    |||||||||||||| ||||||||||  |||||   ||||||| |||||||||||||| |||| |||||||||||||||  |||||||||||||||| |||    
4787408 tccctgtgtccgggagcatcaatgacagtgcagttgtacttgtttgtctcaaacttggacatagaaatgtcaattgtggcacctctttcacgctcaccct 4787309  T
319 tgagcttgtcaagcacccaagcatacttgaatgaa 353  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
4787308 tgagtttgtcaagcacccaagcatacttgaatgaa 4787274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 210 - 358
Target Start/End: Original strand, 4297851 - 4297999
Alignment:
210 ttaatgaaatccctgtgtccgggggcatcaatgagggtgcaacagtacttggttgtctcaaacttgcacatggaaatgtcaattgtgatacctctttcac 309  Q
    |||||| | ||||| |||||||||||||||||||   ||||   ||||||| |||||||||||||| |||  |||||||||||||||  ||||||||||     
4297851 ttaatgcattccctatgtccgggggcatcaatgacaatgcagttgtacttgtttgtctcaaacttggacagagaaatgtcaattgtggcacctctttcat 4297950  T
310 gctcagccttgagcttgtcaagcacccaagcatacttgaatgaacgcat 358  Q
    | ||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||    
4297951 ggtcagctttgagtttgtcaagtacccaagcatacttgaacgaaggcat 4297999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 41 - 116
Target Start/End: Complemental strand, 4787535 - 4787457
Alignment:
41 aataccttgttgca---gcagatcatttgcctcacaccaagagtgtacgcaagtagagcatgttcccaggtctgaccat 116  Q
    ||||||||||||||   ||||||||||||| ||||||||| |||| | ||||| |||||||||||   |||||||||||    
4787535 aataccttgttgcagcagcagatcatttgcttcacaccaacagtgaaggcaagaagagcatgttcaagggtctgaccat 4787457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 93; Significance: 3e-45; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 164 - 349
Target Start/End: Original strand, 16349475 - 16349656
Alignment:
164 agaacagcacagtcagcttcggaggtcccggtgatcatgttcttaattaatgaaatccctgtgtccgggggcatcaatgagggtgcaacagtacttggtt 263  Q
    |||| |||||| ||||||| ||| ||||| || |||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| | ||||||||||    
16349475 agaagagcacaatcagcttgggatgtcccagtaatcatgttcttaa----tgaaatccctgtgtccgggggcatcaatgatagtgcagcggtacttggtt 16349570  T
264 gtctcaaacttgcacatggaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcagccttgagcttgtcaagcacccaagcatacttgaa 349  Q
    |||||||| ||  |||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||    
16349571 gtctcaaaattcaacatagaattgtcaattgtgatacctctttcgcgctcagccttgagtttgtcaagaacccacgcatacttgaa 16349656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 29 - 116
Target Start/End: Original strand, 16349337 - 16349427
Alignment:
29 gctgaaaatgtcaataccttgttgcag---cagatcatttgcctcacaccaagagtgtacgcaagtagagcatgttcccaggtctgaccat 116  Q
    ||||||||| | |||||||||||||||   |||||||||||| | |||||||||| ||| ||| | ||||||||||| | | |||||||||    
16349337 gctgaaaatatgaataccttgttgcagcagcagatcatttgcttgacaccaagagagtaagcatggagagcatgttcacggatctgaccat 16349427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 60; Significance: 2e-25; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 225 - 368
Target Start/End: Complemental strand, 7528982 - 7528839
Alignment:
225 tgtccgggggcatcaatgagggtgcaacagtacttggttgtctcaaacttgcacatggaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcagccttgagct 324  Q
    |||||||| ||||||||||  |||||  |||||||||| |||||||| || |||| || ||| || || || || |||||||||||||||||||| || |    
7528982 tgtccgggagcatcaatgactgtgcagtagtacttggtggtctcaaatttccacaaggcaatatcgatggtaattcctctttcacgctcagccttaagtt 7528883  T
325 tgtcaagcacccaagcatacttgaatgaacgcatcttcatctca 368  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||||||||| | |||||||||    
7528882 tgtcaagaacccatgcatacttgaatgaacgcttgttcatctca 7528839  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 56 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 7519776 - 7519487
Alignment:
56 cagatcatttgcctcacaccaagagtgtacgcaagtagagcatgttcccaggtctgaccatccttagaccaaccagcttgcaaactgagagtagtggaat 155  Q
    |||||||| ||| |||| ||||||||  | ||||| |||||||| || | |||||| |||||||||||   ||||||||  ||||    ||| ||||| |    
7519776 cagatcatctgcttcactccaagagtaaatgcaagaagagcatgctcacgggtctgtccatccttagagataccagcttcaaaaccaccagtggtggagt 7519677  T
156 tgatgactagaacagcacagtcagcttcggaggtcccggtgatcatgttcttaattaatgaaatccctgtgtccgggggcatcaatgagggtgcaacagt 255  Q
      ||||  || |||||||| ||||| | |||||| || || ||||||||||| ||    |||||| |  |||||||| ||||||||||  |||||  |||    
7519676 caatgataaggacagcacaatcagcctgggaggttccagtaatcatgttcttgat----gaaatcacgatgtccgggagcatcaatgactgtgcagtagt 7519581  T
256 acttggttgtctcaaacttgcacatggaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcagccttgagcttgtcaagcacccaagcatacttgaa 349  Q
    ||||||| |||||||| || ||||  | ||| ||||| || || |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||||||    
7519580 acttggtggtctcaaatttccacaaagcaatatcaatggtaattcctctttcacgctcagccttaagcttgtcaagaacccatgcgtacttgaa 7519487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University