View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21447_low_1 (Length: 608)

Name: NF21447_low_1
Description: NF21447
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21447_low_1
NF21447_low_1
[»] chr4 (6 HSPs)
chr4 (1-589)||(7457811-7458399)
chr4 (1-589)||(7411732-7412320)
chr4 (400-580)||(44919876-44920056)
chr4 (1-64)||(7419376-7419439)
chr4 (1-60)||(13031387-13031446)
chr4 (281-317)||(44920148-44920184)
[»] scaffold0105 (5 HSPs)
scaffold0105 (54-589)||(48663-49198)
scaffold0105 (54-589)||(3494-4029)
scaffold0105 (54-589)||(9576-10111)
scaffold0105 (54-589)||(35063-35598)
scaffold0105 (54-312)||(15641-15899)
[»] scaffold1330 (1 HSPs)
scaffold1330 (54-589)||(1462-1997)
[»] scaffold0345 (1 HSPs)
scaffold0345 (54-589)||(3381-3916)
[»] scaffold0496 (1 HSPs)
scaffold0496 (126-589)||(2660-3123)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (458-514)||(17356619-17356675)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 537; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 537; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 589
Target Start/End: Complemental strand, 7458399 - 7457811
Alignment:
Q  1 tcccatcacaatgcaactatacacaaagctccctattttctttctcgcaagttgattccattgtatcgctctttcatttgggacccaagcattgatttcc 100  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7458399 tcccatcacagtgcaactatacacaaagctccctattttctttcttgcaagttgattccattgtatcgctctttcatttgggacccaagcattgatttcc 7458300  T
Q  101 aacatgcctctacaatgaagaatgggacctcccagaaaaattagcatatctccacatgcacgaaaggctaatccccaacctttcattgaagtggcttgct 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  7458299 aacatgcctctacaatgaagaatgggacctccaagaaaaattagcatatctccacatgcacgaaaagctaatccccaacctttcattgaggtggcttgct 7458200  T
Q  201 caggaaatcttccaatggtaacccaagagttattgtttttattatacttttttacttcctttgttgcgtaatcagcattatacaatacattttttacaac 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7458199 caggaaatcttccaatggtaacccaagagttattgtttttatcatacttctttacttcctttgttgcgtaatcagcattatacaatacattttttacaac 7458100  T
Q  301 tgcaatcaaaggaggtggtccataagatggtggtgcctccaatactccagttggcactgggaacatgttgggtatttcacgccattcttttctctttata 400  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7458099 tgcaatcaagggaggtggtccataagatggtggtgcctccaatactccagttggcattgggaacatgttgggtatttcacgccattcttttctctttata 7458000  T
Q  401 tcaaattcctcaccacatgtaagtggtgttgttttatcagctccaattccaccaaggacataaaattttccatccataaatacacccgaacacatttttc 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7457999 tcaaattcctcaccacatgtaagtggtgttgttttatcagctccaattccaccaaggacataaaatttttcatccataaatacacccgaacacatttttc 7457900  T
Q  501 ttgctttattcatgtctggaagggtttctcattttccagtgtctgagttgtaaagctcagctgagctcaagatgttgccacatggatca 589  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7457899 ttgctttattcatgtttggaagggtttcccattttccagtgtctgagttgtaaatctcagctgagctcaagatgttgccacatggatca 7457811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 501; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 589
Target Start/End: Complemental strand, 7412320 - 7411732
Alignment:
Q  1 tcccatcacaatgcaactatacacaaagctccctattttctttctcgcaagttgattccattgtatcgctctttcatttgggacccaagcattgatttcc 100  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7412320 tcccatcacagtgcaactatacacaaagctccctattttctttcttgcaagttgattccattgtatcgctctttcatttgggacccaagcattgatttcc 7412221  T
Q  101 aacatgcctctacaatgaagaatgggacctcccagaaaaattagcatatctccacatgcacgaaaggctaatccccaacctttcattgaagtggcttgct 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  7412220 aacatgcctctacaatgaagaatgggacctccaagaaaaattagcatatctccacatgcacgaaaagctaatccccaacctttcattgaggtggcttgct 7412121  T
Q  201 caggaaatcttccaatggtaacccaagagttattgtttttattatacttttttacttcctttgttgcgtaatcagcattatacaatacattttttacaac 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7412120 caggaaatcttccaatggtaacccaagagttattgtttttatcatacttctttacttcctttgttgcgtaatcagcattatacaatacattttttacaac 7412021  T
Q  301 tgcaatcaaaggaggtggtccataagatggtggtgcctccaatactccagttggcactgggaacatgttgggtatttcacgccattcttttctctttata 400  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7412020 tgcaatcaagggaggtggtccataagatggtggtgcctccaatactccagttggcattgggaacatgttgggtatttcacgccattcttttctctttata 7411921  T
Q  401 tcaaattcctcaccacatgtaagtggtgttgttttatcagctccaattccaccaaggacataaaattttccatccataaatacacccgaacacatttttc 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  7411920 tcaaattcctcaccacatgtaagtggtgttgttttatcagctccaattccaccaaggacataaaatttttcatccataaatacaccccaacacatttttc 7411821  T
Q  501 ttgctttattcatgtctggaagggtttctcattttccagtgtctgagttgtaaagctcagctgagctcaagatgttgccacatggatca 589  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| || |||||||| |||| ||| || |||||||| |||||||| ||| |||||| |||||||    
T  7411820 ttgctttattcatgtttggaagggtttcccaatttccagtatctgcgttatagagctcagcagagctcaatatgctgccacgtggatca 7411732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 400 - 580
Target Start/End: Complemental strand, 44920056 - 44919876
Alignment:
Q  400 atcaaattcctcaccacatgtaagtggtgttgttttatcagctccaattccaccaaggacataaaattttccatccataaatacacccgaacacattttt 499  Q
    |||||| || |||||||| || ||| |||||||||| ||| |||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||  | ||||||||| |     
T  44920056 atcaaactcttcaccacaagttagttgtgttgttttgtcaactccaactccgccaaggacataaaatttttcatccataaacacggctgaacacattctc 44919957  T
Q  500 cttgctttattcatgtctggaagggtttctcattttccagtgtctgagttgtaaagctcagctgagctcaagatgttgcca 580  Q
    ||||   | ||||||||||||||    || ||| | || || |||||||| ||||||||||  |||||||| |||||||||    
T  44919956 cttggcgtgttcatgtctggaagaacctcccatgtgccggtatctgagttataaagctcagaagagctcaatatgttgcca 44919876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 1 - 64
Target Start/End: Original strand, 7419376 - 7419439
Alignment:
Q  1 tcccatcacaatgcaactatacacaaagctccctattttctttctcgcaagttgattccattgt 64  Q
    |||||||||| ||||  ||| |||||||||||||  || |||||||||||| ||||||||||||    
T  7419376 tcccatcacagtgcagttatgcacaaagctccctgattgctttctcgcaagctgattccattgt 7419439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 1 - 60
Target Start/End: Complemental strand, 13031446 - 13031387
Alignment:
Q  1 tcccatcacaatgcaactatacacaaagctccctattttctttctcgcaagttgattcca 60  Q
    |||||||||| ||||  ||| |||||||||||||  || |||||||||||||||||||||    
T  13031446 tcccatcacagtgcagttatgcacaaagctccctgattgctttctcgcaagttgattcca 13031387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 281 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 44920184 - 44920148
Alignment:
Q  281 tacaatacattttttacaactgcaatcaaaggaggtg 317  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  44920184 tacaatacatcttttacaactgcaattaaaggaggtg 44920148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0105 (Bit Score: 224; Significance: 1e-123; HSPs: 5)
Name: scaffold0105
Description:

Target: scaffold0105; HSP #1
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 54 - 589
Target Start/End: Complemental strand, 49198 - 48663
Alignment:
Q  54 gattccattgtatcgctctttcatttgggacccaagcattgatttccaacatgcctctacaatgaagaatgggacctcccagaaaaattagcatatctcc 153  Q
    |||||||||||  | ||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||   || || ||||| ||  |||||||| ||||| | |||   ||||||    
T  49198 gattccattgtggctctccttcatttgggatccaagcattgatttccatcattattccaccatgaataacaggacctccaagaaataatagatgatctcc 49099  T
Q  154 acatgcacgaaaggctaatccccaacctttcattgaagtggcttgctcaggaaatcttccaatggtaacccaagagttattgtttttattatactttttt 253  Q
     ||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||| ||||||||| | ||||||||||| |||| ||||| |||||| |||    
T  49098 gcatgctcgaaaggctaatccccaaccattcatcgaagtagcttgctcgggaaagcttccaatgatgacccaagagttgttgtctttatcatacttcttt 48999  T
Q  254 acttcctttgttg--cgtaatcagcattatacaatacattttttacaactgcaatcaaaggaggtggtccataagatggtggtgcctccaatactccagt 351  Q
    ||||  |||||||  | ||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||| ||||||| ||| || ||||||||    
T  48998 actt--tttgttgtccataatctgcagcatacaatacattttttacaactgcaatcaaaggaggtgacccaaaagaaggtggtgtctcaaacactccagt 48901  T
Q  352 tggcactgggaacatgttgggtatttcacgccattcttttctctttatatcaaattcctcaccacatgtaagtggtgttgttttatcagctccaattcca 451  Q
    | | || ||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||| |||||||| ||||| |||||||||||  ||||| |||| |||||| | || |||    
T  48900 tcgtacggggaacatgttaggtatttcacgccatttttttgtcttcatatcaaactcctccccacatgtaagctgtgtttttttttcagctgctatccca 48801  T
Q  452 ccaaggacataaaattttccatccataaatacacccgaacacatttttcttgctttattcatgtctggaagggtttctcattttccagtgtctgagttgt 551  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |  || ||||||||||||| ||| |    
T  48800 ccaaggacataaaattttccatccatgaatacacttgaacacatttttcttgctttattcatgtttggaagggtcttccaatttccagtgtctgcgttat 48701  T
Q  552 aaagctcagctgagctcaagatgttgccacatggatca 589  Q
    | |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||    
T  48700 agagctcagccgagctcaatatgttgccacatggatca 48663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0105; HSP #2
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 54 - 589
Target Start/End: Original strand, 3494 - 4029
Alignment:
Q  54 gattccattgtatcgctctttcatttgggacccaagcattgatttccaacatgcctctacaatgaagaatgggacctcccagaaaaattagcatatctcc 153  Q
    |||||||||||  | ||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||   || || ||||| ||  |||||||| ||||| | |||   ||||||    
T  3494 gattccattgtggctctccttcatttgggatccaagcattgatttccatcattattccaccatgaataacaggacctccaagaaataatagatgatctcc 3593  T
Q  154 acatgcacgaaaggctaatccccaacctttcattgaagtggcttgctcaggaaatcttccaatggtaacccaagagttattgtttttattatactttttt 253  Q
     ||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||| ||||||||| | ||||||||||| |||| ||||| |||||| |||    
T  3594 gcatgctcgaaaggctaatccccaaccattcatcgaagtagcttgctcgggaaagcttccaatgatgacccaagagttgttgtctttatcatacttcttt 3693  T
Q  254 acttcctttgttg--cgtaatcagcattatacaatacattttttacaactgcaatcaaaggaggtggtccataagatggtggtgcctccaatactccagt 351  Q
    ||||  |||||||  | ||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||| ||||||| ||| || ||||||||    
T  3694 actt--tttgttgtccataatctgcagcatacaatacattttttacaactgcaatcaaaggaggtgacccaaaagaaggtggtgtctcaaacactccagt 3791  T
Q  352 tggcactgggaacatgttgggtatttcacgccattcttttctctttatatcaaattcctcaccacatgtaagtggtgttgttttatcagctccaattcca 451  Q
    | | || ||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||| |||||||| ||||| |||||||||||  ||||| |||| |||||| | || |||    
T  3792 tcgtacggggaacatgttaggtatttcacgccatttttttgtcttcatatcaaactcctccccacatgtaagctgtgtttttttgtcagctgctatccca 3891  T
Q  452 ccaaggacataaaattttccatccataaatacacccgaacacatttttcttgctttattcatgtctggaagggtttctcattttccagtgtctgagttgt 551  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |  || ||||||||||||| ||| |    
T  3892 ccaaggacataaaattttccatccatgaatacacttgaacacatttttcttgctttattcatgtttggaagggtcttccaatttccagtgtctgcgttat 3991  T
Q  552 aaagctcagctgagctcaagatgttgccacatggatca 589  Q
    | |||||||| | |||||| ||||||||||||||||||    
T  3992 agagctcagcagcgctcaatatgttgccacatggatca 4029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0105; HSP #3
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 54 - 589
Target Start/End: Original strand, 9576 - 10111
Alignment:
Q  54 gattccattgtatcgctctttcatttgggacccaagcattgatttccaacatgcctctacaatgaagaatgggacctcccagaaaaattagcatatctcc 153  Q
    |||||||||||  | ||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||   |  || ||||| ||  |||||||| ||||| | |||   ||||||    
T  9576 gattccattgtggctctccttcatttgggatccaagcattgatttccatcattattgcaccatgaataacaggacctccaagaaataatagatgatctcc 9675  T
Q  154 acatgcacgaaaggctaatccccaacctttcattgaagtggcttgctcaggaaatcttccaatggtaacccaagagttattgtttttattatactttttt 253  Q
     ||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||| ||||||||| | ||||||||||| |||| ||||| |||||| |||    
T  9676 gcatgctcgaaaggctaatccccaaccattcatcgaagtagcttgctcgggaaagcttccaatgatgacccaagagttgttgtctttatcatacttcttt 9775  T
Q  254 acttcctttgttg--cgtaatcagcattatacaatacattttttacaactgcaatcaaaggaggtggtccataagatggtggtgcctccaatactccagt 351  Q
    ||||  |||||||  | ||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||| ||||||| ||| || ||||||||    
T  9776 actt--tttgttgtccataatctgcagcatacaatacattttttacaactgcaatcaaaggaggtgacccaaaagaaggtggtgtctcaaacactccagt 9873  T
Q  352 tggcactgggaacatgttgggtatttcacgccattcttttctctttatatcaaattcctcaccacatgtaagtggtgttgttttatcagctccaattcca 451  Q
    | | || ||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||| |||||||| ||||| |||||||||||  ||||| |||| |||||| | || |||    
T  9874 tcgtacggggaacatgttaggtatttcacgccatttttttgtcttcatatcaaactcctccccacatgtaagctgtgtttttttgtcagctgctatccca 9973  T
Q  452 ccaaggacataaaattttccatccataaatacacccgaacacatttttcttgctttattcatgtctggaagggtttctcattttccagtgtctgagttgt 551  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |  || ||||||||||||| ||| |    
T  9974 ccaaggacataaaattttccatccatgaatacacttgaacacatttttcttgctttattcatgtttggaagggtcttccaatttccagtgtctgcgttat 10073  T
Q  552 aaagctcagctgagctcaagatgttgccacatggatca 589  Q
    | |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||    
T  10074 agagctcagcagagctcaatatgttgccacatggatca 10111  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0105; HSP #4
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 54 - 589
Target Start/End: Complemental strand, 35598 - 35063
Alignment:
Q  54 gattccattgtatcgctctttcatttgggacccaagcattgatttccaacatgcctctacaatgaagaatgggacctcccagaaaaattagcatatctcc 153  Q
    |||||||||||  | ||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||   || || ||||| ||  |||||||| ||||| | |||   ||||||    
T  35598 gattccattgtggctctccttcatttgggatccaagcattgatttccatcattattccaccatgaataacaggacctccaagaaataatagatgatctcc 35499  T
Q  154 acatgcacgaaaggctaatccccaacctttcattgaagtggcttgctcaggaaatcttccaatggtaacccaagagttattgtttttattatactttttt 253  Q
     ||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||| ||||||||| | ||||||||||| |||| ||||| |||||| |||    
T  35498 gcatgctcgaaaggctaatccccaaccattcatcgaagtagcttgctcgggaaagcttccaatgatgacccaagagttgttgtctttatcatacttcttt 35399  T
Q  254 acttcctttgttg--cgtaatcagcattatacaatacattttttacaactgcaatcaaaggaggtggtccataagatggtggtgcctccaatactccagt 351  Q
    ||||  |||||||  | ||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||| ||||||| ||| || ||||||||    
T  35398 actt--tttgttgtccataatctgcagcatacaatacattttttacaactgcaatcaaaggaggtgacccaaaagaaggtggtgtctcaaacactccagt 35301  T
Q  352 tggcactgggaacatgttgggtatttcacgccattcttttctctttatatcaaattcctcaccacatgtaagtggtgttgttttatcagctccaattcca 451  Q
    | | || ||||||||||| |||||||||| ||||| |||| |||| |||||||| ||||| |||||||||||  ||||| |||| |||||| | || |||    
T  35300 tcgtacggggaacatgttaggtatttcacaccatttttttgtcttcatatcaaactcctccccacatgtaagctgtgtttttttgtcagctgctatccca 35201  T
Q  452 ccaaggacataaaattttccatccataaatacacccgaacacatttttcttgctttattcatgtctggaagggtttctcattttccagtgtctgagttgt 551  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |  || ||||||||||||| ||| |    
T  35200 ccaaggacataaaattttccatccatgaatacacttgaacacatttttcttgctttattcatgtttggaagggtcttccaatttccagtgtctgcgttat 35101  T
Q  552 aaagctcagctgagctcaagatgttgccacatggatca 589  Q
    | |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||    
T  35100 agagctcagcagagctcaatatgttgccacatggatca 35063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0105; HSP #5
Raw Score: 83; E-Value: 5e-39
Query Start/End: Original strand, 54 - 312
Target Start/End: Original strand, 15641 - 15899
Alignment:
Q  54 gattccattgtatcgctctttcatttgggacccaagcattgatttccaacatgcctctacaatgaagaatgggacctcccagaaaaattagcatatctcc 153  Q
    |||||||||||  | ||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||   || || ||||| ||  |||||||| ||||| | |||   ||||||    
T  15641 gattccattgtggctctccttcatttgggatccaagcattgatttccatcattattccaccatgaataacaggacctccaagaaataatagatgatctcc 15740  T
Q  154 acatgcacgaaaggctaatccccaacctttcattgaagtggcttgctcaggaaatcttccaatggtaacccaagagttattgtttttattatactttttt 253  Q
     ||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||| ||||||||| | ||||||||||| |||| ||||| |||||| |||    
T  15741 gcatgctcgaaaggctaatccccaaccattcatcgaagtagcttgctcgggaaagcttccaatgatgacccaagagttgttgtctttatcatacttcttt 15840  T
Q  254 acttcctttgttg--cgtaatcagcattatacaatacattttttacaactgcaatcaaagg 312  Q
    ||||  |||||||  | ||||| |||  || |||||||||||||||||| |||||||||||    
T  15841 actt--tttgttgtccataatctgcagcatccaatacattttttacaaccgcaatcaaagg 15899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1330 (Bit Score: 220; Significance: 1e-121; HSPs: 1)
Name: scaffold1330
Description:

Target: scaffold1330; HSP #1
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 54 - 589
Target Start/End: Complemental strand, 1997 - 1462
Alignment:
Q  54 gattccattgtatcgctctttcatttgggacccaagcattgatttccaacatgcctctacaatgaagaatgggacctcccagaaaaattagcatatctcc 153  Q
    |||||||||||  | ||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||   |  || ||||| ||  |||||||| ||||| | |||   ||||||    
T  1997 gattccattgtggctctccttcatttgggatccaagcattgatttccatcattattgcaccatgaataacaggacctccaagaaataatagatgatctcc 1898  T
Q  154 acatgcacgaaaggctaatccccaacctttcattgaagtggcttgctcaggaaatcttccaatggtaacccaagagttattgtttttattatactttttt 253  Q
     ||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||| ||||||||| | ||||||||||| |||| ||||| |||||| |||    
T  1897 gcatgctcgaaaggctaatccccaaccattcatcgaagtagcttgctcgggaaagcttccaatgatgacccaagagttgttgtctttatcatacttcttt 1798  T
Q  254 acttcctttgttg--cgtaatcagcattatacaatacattttttacaactgcaatcaaaggaggtggtccataagatggtggtgcctccaatactccagt 351  Q
    ||||  |||||||  | ||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||| ||||||| ||| || ||||||||    
T  1797 actt--tttgttgtccataatctgcagcatacaatacattttttacaactgcaatcaaaggaggtgacccaaaagaaggtggtgtctcaaacactccagt 1700  T
Q  352 tggcactgggaacatgttgggtatttcacgccattcttttctctttatatcaaattcctcaccacatgtaagtggtgttgttttatcagctccaattcca 451  Q
    | | || ||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||| |||||||| ||||| |||||||||||  ||||| |||| |||||| | || |||    
T  1699 tcgtacggggaacatgttaggtatttcacgccatttttttgtcttcatatcaaactcctccccacatgtaagctgtgtttttttgtcagctgctatccca 1600  T
Q  452 ccaaggacataaaattttccatccataaatacacccgaacacatttttcttgctttattcatgtctggaagggtttctcattttccagtgtctgagttgt 551  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |  || ||||||||||||| ||| |    
T  1599 ccaaggacataaaattttccatccatgaatacacttgaacacatttttcttgctttattcatgtttggaagggtcttccaatttccagtgtctgcgttat 1500  T
Q  552 aaagctcagctgagctcaagatgttgccacatggatca 589  Q
    | |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||    
T  1499 agagctcagcagagctcaatatgttgccacatggatca 1462  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0345 (Bit Score: 220; Significance: 1e-121; HSPs: 1)
Name: scaffold0345
Description:

Target: scaffold0345; HSP #1
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 54 - 589
Target Start/End: Original strand, 3381 - 3916
Alignment:
Q  54 gattccattgtatcgctctttcatttgggacccaagcattgatttccaacatgcctctacaatgaagaatgggacctcccagaaaaattagcatatctcc 153  Q
    |||||||||||  | ||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||   |  || ||||| ||  |||||||| ||||| | |||   ||||||    
T  3381 gattccattgtggctctccttcatttgggatccaagcattgatttccatcattattgcaccatgaataacaggacctccaagaaataatagatgatctcc 3480  T
Q  154 acatgcacgaaaggctaatccccaacctttcattgaagtggcttgctcaggaaatcttccaatggtaacccaagagttattgtttttattatactttttt 253  Q
     ||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||| ||||||||| | ||||||||||| |||| ||||| |||||| |||    
T  3481 gcatgctcgaaaggctaatccccaaccattcatcgaagtagcttgctcgggaaagcttccaatgatgacccaagagttgttgtctttatcatacttcttt 3580  T
Q  254 acttcctttgttg--cgtaatcagcattatacaatacattttttacaactgcaatcaaaggaggtggtccataagatggtggtgcctccaatactccagt 351  Q
    ||||  |||||||  | ||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||| ||||||| ||| || ||||||||    
T  3581 actt--tttgttgtccataatctgcagcatacaatacattttttacaactgcaatcaaaggaggtgacccaaaagaaggtggtgtctcaaacactccagt 3678  T
Q  352 tggcactgggaacatgttgggtatttcacgccattcttttctctttatatcaaattcctcaccacatgtaagtggtgttgttttatcagctccaattcca 451  Q
    | | || ||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||| |||||||| ||||| |||||||||||  ||||| |||| |||||| | || |||    
T  3679 tcgtacggggaacatgttaggtatttcacgccatttttttgtcttcatatcaaactcctccccacatgtaagctgtgtttttttgtcagctgctatccca 3778  T
Q  452 ccaaggacataaaattttccatccataaatacacccgaacacatttttcttgctttattcatgtctggaagggtttctcattttccagtgtctgagttgt 551  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |  || ||||||||||||| ||| |    
T  3779 ccaaggacataaaattttccatccatgaatacacttgaacacatttttcttgctttattcatgtttggaagggtcttccaatttccagtgtctgcgttat 3878  T
Q  552 aaagctcagctgagctcaagatgttgccacatggatca 589  Q
    | |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||    
T  3879 agagctcagcagagctcaatatgttgccacatggatca 3916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0496 (Bit Score: 196; Significance: 1e-106; HSPs: 1)
Name: scaffold0496
Description:

Target: scaffold0496; HSP #1
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 126 - 589
Target Start/End: Complemental strand, 3123 - 2660
Alignment:
Q  126 gacctcccagaaaaattagcatatctccacatgcacgaaaggctaatccccaacctttcattgaagtggcttgctcaggaaatcttccaatggtaaccca 225  Q
    ||||||| ||||| | |||  ||||||||||||  ||||| |||| ||||||||| ||||  || || |||||||||||||| ||||||||| | |||||    
T  3123 gacctccaagaaataatagtttatctccacatgatcgaaatgctagtccccaaccattcaccgatgtagcttgctcaggaaagcttccaatgatgaccca 3024  T
Q  226 agagttattgtttttattatacttttttacttcctttgttgcgtaatcagcattatacaatacattttttacaactgcaatcaaaggaggtggtccataa 325  Q
    | |||| |||| ||||| |||||| |||||||| | | || | ||||| |||  |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||| ||    
T  3023 atagttgttgtctttatcatacttctttacttcttgttttccataatctgcagcatacaatacattttttacaactgcaatcaagggaggtgacccaaaa 2924  T
Q  326 gatggtggtgcctccaatactccagttggcactgggaacatgttgggtatttcacgccattcttttctctttatatcaaattcctcaccacatgtaagtg 425  Q
    || ||||||| |||  | ||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||     
T  2923 gaaggtggtgtctcagacactccagttcgtactgggagcatgttgggtatttcacgccattttttattctttatatcaaactcctcaccacatgtaagtt 2824  T
Q  426 gtgttgttttatcagctccaattccaccaaggacataaaattttccatccataaatacacccgaacacatttttcttgctttattcatgtctggaagggt 525  Q
    ||||| |||| |||||| | || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  2823 gtgtttttttgtcagctgctatcccaccaaggacgtaaaattttccatccataaatacacttgaacacatttttcttgctttattcatgtttggaagggt 2724  T
Q  526 ttctcattttccagtgtctgagttgtaaagctcagctgagctcaagatgttgccacatggatca 589  Q
     || || |||||||| |||| ||| || |||||||| |||||||| ||| |||||| |||||||    
T  2723 ctcccaatttccagtatctgcgttatagagctcagcagagctcaatatgctgccacgtggatca 2660  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000003; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 458 - 514
Target Start/End: Complemental strand, 17356675 - 17356619
Alignment:
Q  458 acataaaattttccatccataaatacacccgaacacatttttcttgctttattcatg 514  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| || || | ||||||||||    
T  17356675 acataaaattttccatccatgaatacaccagaacacatcttcctcggtttattcatg 17356619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University