View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2144_low_2 (Length: 428)

Name: NF2144_low_2
Description: NF2144
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2144_low_2
NF2144_low_2
[»] chr7 (13 HSPs)
chr7 (16-420)||(4784978-4785382)
chr7 (16-420)||(4817407-4817811)
chr7 (24-353)||(4862525-4862854)
chr7 (24-353)||(4698341-4698670)
chr7 (29-353)||(4713222-4713546)
chr7 (27-353)||(4854590-4854916)
chr7 (24-330)||(4665594-4665900)
chr7 (24-330)||(4629568-4629874)
chr7 (24-179)||(4652330-4652485)
chr7 (24-342)||(4660448-4660766)
chr7 (24-343)||(4642350-4642669)
chr7 (24-349)||(4671280-4671605)
chr7 (48-343)||(4635503-4635798)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (36-169)||(18926902-18927035)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 345; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 345; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 420
Target Start/End: Original strand, 4784978 - 4785382
Alignment:
Q  16 acatgcgacaaaggttgactctaaagtctgatgtgtactctttcggtgttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcaagacccccgttggttcgttctttgga 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  4784978 acatgcgacaaaggttgactctaaagtctgatgtgtactctttcggtgttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcgagacccccgttggttcgttctttgga 4785077  T
Q  116 taagaaaaaagcaagtttggctgtttggtttcaaacatgttacaatgaaggtgtggtaattgaagatatggtggacccgttcataaaagattctataaca 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  4785078 taagaaaaaagcaagtttggctgtttggtttcaaacatgttacaatgaaggtatggtaattgaagatatggtggacccgttcattaaagattctataaca 4785177  T
Q  216 agtgagtgtttgaaatgttattgtcaaatggttttaagttgtttgcatgacgatggaaatcaacgaatgtcaatgagtgatgttgttggagctttagagt 315  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||   | |||||||    
T  4785178 agtgagtgtttgaaatgttattgtcaaatggtgttaaattgtttgcatgatgatggaaatcaacgaatgtcgatgagtgatgtggttgcgacattagagt 4785277  T
Q  316 ttgcattgcagttggagatgagtgaggaggatagtaagcttgttggtaccaaggaaaaggaaaagagtaagcaaaggatagaattggcacattttactga 415  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  4785278 ttgcattgcagttagagatgagtgaggaggatagtaagcttgttggtaccaaggaaaaggaaaagagtgagcaaaggatagaattgtcacattttactga 4785377  T
Q  416 tgatg 420  Q
    |||||    
T  4785378 tgatg 4785382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 337; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 420
Target Start/End: Original strand, 4817407 - 4817811
Alignment:
Q  16 acatgcgacaaaggttgactctaaagtctgatgtgtactctttcggtgttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcaagacccccgttggttcgttctttgga 115  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  4817407 acatgcgacaaagattgactctaaagtctgatgtgtactctttcggtgttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcgagacccccgttggttcggtctttgga 4817506  T
Q  116 taagaaaaaagcaagtttggctgtttggtttcaaacatgttacaatgaaggtgtggtaattgaagatatggtggacccgttcataaaagattctataaca 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  4817507 taagaaaaaagcaagtttggctgtttggtttcaaacatgttacaatgaaggtatggtaattgaagatatggtggacccgttcattaaagattctataaca 4817606  T
Q  216 agtgagtgtttgaaatgttattgtcaaatggttttaagttgtttgcatgacgatggaaatcaacgaatgtcaatgagtgatgttgttggagctttagagt 315  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||   | |||||||    
T  4817607 agtgagtgtttgaaatgttattgtcaaatggtgttaaattgtttgcatgatgatggaaatcaacgaatgtcgatgagtgatgtggttgcgacattagagt 4817706  T
Q  316 ttgcattgcagttggagatgagtgaggaggatagtaagcttgttggtaccaaggaaaaggaaaagagtaagcaaaggatagaattggcacattttactga 415  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  4817707 ttgcattgcagttagagatgagtgaggaggatagtaagcttgttggtaccaaggaaaaggaaaagagtgagcaaaggatagaattgtcacattttactga 4817806  T
Q  416 tgatg 420  Q
    |||||    
T  4817807 tgatg 4817811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 238; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 24 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 4862854 - 4862525
Alignment:
Q  24 caaaggttgactctaaagtctgatgtgtactctttcggtgttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcaagacccccgttggttcgttctttggataagaaaa 123  Q
    ||||||||||||||||| || || ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||  || |||||||    
T  4862854 caaaggttgactctaaaatccgacgtgtattctttcggtgttgtccttcttgaggtgttgtgtgcgagaccaccattggttcgttcttctgaaaagaaaa 4862755  T
Q  124 aagcaagtttggctgtttggtttcaaacatgttacaatgaaggtgtggtaattgaagatatggtggacccgttcataaaagattctataacaagtgagtg 223  Q
    |||| ||||| |  ||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4862754 aagcgagtttagtcgtttggtttcaaaaatgttacaatgaaggtgtcataattgaagagatggtagatccgttcataaaagattctataacaagtgagtg 4862655  T
Q  224 tttgaaatgttattgtcaaatggttttaagttgtttgcatgacgatggaaatcaacgaatgtcaatgagtgatgttgttggagctttagagtttgcattg 323  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4862654 tttgaaatgttattgtcaaatggttttaagttgtttgcatgacgatggaaatcaacgaatgtcaatgagtgatgttgttggagctttagagtttgcattg 4862555  T
Q  324 cagttggagatgagtgaggaggatagtaag 353  Q
    |||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  4862554 cagttggagatgagtgaggaagatactaag 4862525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 24 - 353
Target Start/End: Original strand, 4698341 - 4698670
Alignment:
Q  24 caaaggttgactctaaagtctgatgtgtactctttcggtgttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcaagacccccgttggttcgttctttggataagaaaa 123  Q
    ||||||||||| |||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||||||||||||||| |||||||    
T  4698341 caaaggttgaccctaaagtccgacgtgtactcttttggtgttgtgcttcttgaggtattgtgtgcgagaccacctttggttcgttctttggaaaagaaaa 4698440  T
Q  124 aagcaagtttggctgtttggtttcaaacatgttacaatgaaggtgtggtaattgaagatatggtggacccgttcataaaagattctataacaagtgagtg 223  Q
    |||| ||||| |   ||||||| |||| ||||||||||||||||||| | || ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||   ||| ||    
T  4698441 aagcgagtttagtcttttggttccaaagatgttacaatgaaggtgtgatcatcgaagagatggtggacccgttcataaaggattctataacggctgaatg 4698540  T
Q  224 tttgaaatgttattgtcaaatggttttaagttgtttgcatgacgatggaaatcaacgaatgtcaatgagtgatgttgttggagctttagagtttgcattg 323  Q
    | | ||| ||||||| |||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4698541 tctaaaaagttattgccaaatggtgttgagttgtttgcatgatgatggaaatcaacggatgtcgatgagtgatgttgttggagctttagagtttgcattg 4698640  T
Q  324 cagttggagatgagtgaggaggatagtaag 353  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  4698641 cagttggagataagtgaggaggatactaag 4698670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 153; E-Value: 6e-81
Query Start/End: Original strand, 29 - 353
Target Start/End: Original strand, 4713222 - 4713546
Alignment:
Q  29 gttgactctaaagtctgatgtgtactctttcggtgttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcaagacccccgttggttcgttctttggataagaaaaaagca 128  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||| || ||||||||||||| ||||||      
T  4713222 gttgactcttaagtctgacgtgtactcattcggagttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcgagaccacctttggatcattctttggataaggaaaaagtg 4713321  T
Q  129 agtttggctgtttggtttcaaacatgttacaatgaaggtgtggtaattgaagatatggtggacccgttcataaaagattctataacaagtgagtgtttga 228  Q
    |   ||| || || |||  ||| ||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  4713322 aacatggttgctttgttcaaaaaatgttacaatgaaggtgtgatagttgaagagatggtggacccgttcataaaggactctataacaagtgagtgtttga 4713421  T
Q  229 aatgttattgtcaaatggttttaagttgtttgcatgacgatggaaatcaacgaatgtcaatgagtgatgttgttggagctttagagtttgcattgcagtt 328  Q
    ||||||||||| ||||||| || |||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||  |||||||| |||| ||| | ||    
T  4713422 aatgttattgtgaaatggtgttgagttgtttgcatggtgatggaaatcaacgaatgtctatgagtgatgtggttgggactttagagcttgcgttgaaatt 4713521  T
Q  329 ggagatgagtgaggaggatagtaag 353  Q
    ||  ||||||| ||||||| |||||    
T  4713522 ggttatgagtggggaggatggtaag 4713546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 27 - 353
Target Start/End: Original strand, 4854590 - 4854916
Alignment:
Q  27 aggttgactctaaagtctgatgtgtactctttcggtgttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcaagacccccgttggttcgttctttggataagaaaaaag 126  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||| ||||| || |||| || ||  ||||||||||||||||    
T  4854590 aggttgactctaaagtctgatgtgtactctttcggtgatgtacttcttgagatgttgtgtgcgagaccacctttggatcatttattggataagaaaaaag 4854689  T
Q  127 caagtttggctgtttggtttcaaacatgttacaatgaaggtgtggtaattgaagatatggtggacccgttcataaaagattctataacaagtgagtgttt 226  Q
      |   ||| || || |||  ||| ||||||||||||||| ||| || ||||||| ||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||    
T  4854690 tgaacatggttgctttgttcaaaaaatgttacaatgaaggagtgatagttgaagagatggtggacccattcataaaggactctataacaagtgagtgttt 4854789  T
Q  227 gaaatgttattgtcaaatggttttaagttgtttgcatgacgatggaaatcaacgaatgtcaatgagtgatgttgttggagctttagagtttgcattgcag 326  Q
    ||||| ||||||||||||||| || |||||||||||||  |||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||| |||||||| |||| ||| |     
T  4854790 gaaattttattgtcaaatggtgttgagttgtttgcatggtgatggaaatcaacggatgtctatgagtgatgtggttggaactttagagcttgcgttgaaa 4854889  T
Q  327 ttggagatgagtgaggaggatagtaag 353  Q
    ||||  ||||||| |||| ||||||||    
T  4854890 ttggttatgagtggggagaatagtaag 4854916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 79; E-Value: 9e-37
Query Start/End: Original strand, 24 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 4665900 - 4665594
Alignment:
Q  24 caaaggttgactctaaagtctgatgtgtactctttcggtgttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcaagacccccgttggttcgttctttggataagaaaa 123  Q
    |||||| | |||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||  |||||||||||| |    
T  4665900 caaaggctaactctaaaatctgatgtgtactcgttcggtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctagaccacctttggttcgtgatttggataagaata 4665801  T
Q  124 aagcaagtttggctgtttggtttcaaacatgttacaatgaaggtgtggtaattgaagatatggtggacccgttcataaaagattctataacaagtgagtg 223  Q
      || ||| | | |  ||||||| ||| ||||||| |||||||||||| ||||||| | || || || || ||| |||  |||||||| |||  |||||     
T  4665800 ctgctagtctagtttgttggtttaaaaaatgttacgatgaaggtgtggcaattgaacaaatagttgatccattcgtaagggattctatcacagatgagta 4665701  T
Q  224 tttgaaatgttattgtcaaatggttttaagttgtttgcatgacgatggaaatcaacgaatgtcaatgagtgatgttgttggagctttagagtttgcattg 323  Q
     ||||||| ||||||  |  |||  |||||||| |||||||| ||||| | |||||||   ||||||||| | || ||||| | ||||||||||||||||    
T  4665700 cttgaaatattattgcaagttggcgttaagttgcttgcatgatgatgggactcaacgaccctcaatgagtcaagtggttgggggtttagagtttgcattg 4665601  T
Q  324 cagttgg 330  Q
    || ||||    
T  4665600 caattgg 4665594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 24 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 4629874 - 4629568
Alignment:
Q  24 caaaggttgactctaaagtctgatgtgtactctttcggtgttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcaagacccccgttggttcgttctttggataagaaaa 123  Q
    |||||| | |||||||| ||||| |||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||  |||||||||||| |    
T  4629874 caaaggctaactctaaaatctgacgtgtactcgtttggtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctagaccacctttggttcgtgatttggataagaata 4629775  T
Q  124 aagcaagtttggctgtttggtttcaaacatgttacaatgaaggtgtggtaattgaagatatggtggacccgttcataaaagattctataacaagtgagtg 223  Q
     ||| ||| | | |  ||||||||||| |||  | |||||||||||||  |||||| | || || || || ||| |||  |||||||| |||  ||||||    
T  4629774 cagctagtctagtttgttggtttcaaaaatgccataatgaaggtgtggcgattgaacaaatagtcgatccattcttaagggattctatcacagttgagtg 4629675  T
Q  224 tttgaaatgttattgtcaaatggttttaagttgtttgcatgacgatggaaatcaacgaatgtcaatgagtgatgttgttggagctttagagtttgcattg 323  Q
     ||||||| ||||||  |  |||  |||||||| |||||||| ||||| | |||||||   ||||||||| | || ||||| | ||||||||||||||||    
T  4629674 cttgaaatattattgcaagttggcgttaagttgcttgcatgatgatgggactcaacgaccctcaatgagtcaagtggttgggggtttagagtttgcattg 4629575  T
Q  324 cagttgg 330  Q
    || ||||    
T  4629574 caattgg 4629568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 24 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 4652485 - 4652330
Alignment:
Q  24 caaaggttgactctaaagtctgatgtgtactctttcggtgttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcaagacccccgttggttcgttctttggataagaaaa 123  Q
    |||||| | |||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||  |||||||||||| |    
T  4652485 caaaggctaactctaaaatctgatgtgtactcattcggtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctagaccacctttggttcgtgatttggataagaata 4652386  T
Q  124 aagcaagtttggctgtttggtttcaaacatgttacaatgaaggtgtggtaattgaa 179  Q
     ||||||| | | |  ||||||| ||| ||| ||| |||||||||||| |||||||    
T  4652385 cagcaagtctagtttgttggtttaaaaaatgctacgatgaaggtgtggcaattgaa 4652330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 24 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 4660766 - 4660448
Alignment:
Q  24 caaaggttgactctaaagtctgatgtgtactctttcggtgttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcaagacccccgttggttcgttctttggataagaaaa 123  Q
    |||||||| |||||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| || || || ||||||||   |||||||||||| |    
T  4660766 caaaggttaactctaaaatctgaagtgtactcgttcggtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctaggccaccattggttcgcgatttggataagaata 4660667  T
Q  124 aagcaagtttggctgtttggtttcaaacatgttacaatgaaggtgtggtaattgaagatatggtggacccgttcataaaagattctataacaagtgagtg 223  Q
     | | ||| | | |  ||||||| ||| ||| ||  ||||||||||||  |||||| | || ||||| || | | ||||||||||||| ||   ||||||    
T  4660666 caactagtctagtttgttggtttaaaagatgctatgatgaaggtgtggcgattgaacaaatagtggatccatccctaaaagattctatcacggatgagtg 4660567  T
Q  224 tttgaaatgttattgtcaaatggttttaagttgtttgcatgacgatggaaatcaacgaatgtcaatgagtgatgttgttggagctttagagtttgcattg 323  Q
    |||| ||| ||||||  |  |||  ||||||||||||||||| ||||| | |||||||   ||||||||| | || ||||| | |||||||||||  |||    
T  4660566 tttggaatattattgcaagttggcgttaagttgtttgcatgatgatgggactcaacgaccttcaatgagtcaagtggttgggggtttagagtttgtgttg 4660467  T
Q  324 cagttggagatgagtgagg 342  Q
    || |||| | |||||||||    
T  4660466 caattggtggtgagtgagg 4660448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 24 - 343
Target Start/End: Complemental strand, 4642669 - 4642350
Alignment:
Q  24 caaaggttgactctaaagtctgatgtgtactctttcggtgttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcaagacccccgttggttcgttctttggataagaaaa 123  Q
    |||||| | |||||||| || ||||||||||| |||||||| || |||||||| ||||||||||| || || || |||||||||  |||||||||||| |    
T  4642669 caaaggctaactctaaaatcagatgtgtactcgttcggtgtggtacttcttgaagtgttgtgtgctaggccacctttggttcgtaatttggataagaata 4642570  T
Q  124 aagcaagtttggctgtttggtttcaaacatgttacaatgaaggtgtggtaattgaagatatggtggacccgttcataaaagattctataacaagtgagtg 223  Q
      || ||| | | |  ||||||  ||| ||| ||| | ||||||||||  |||||| | || ||||| || ||| ||| |||||| || ||  | |||||    
T  4642569 ctgctagtctagtttgttggttcaaaagatgctacgaagaaggtgtggcgattgaacaaatagtggatccattcctaagagattccatcacgggcgagtg 4642470  T
Q  224 tttgaaatgttattgtcaaatggttttaagttgtttgcatgacgatggaaatcaacgaatgtcaatgagtgatgttgttggagctttagagtttgcattg 323  Q
    |||  ||| ||||||  |  |||  ||||||||||||||||| ||||||| |||||||   ||||||||| | || ||||| | |||||||||||| |||    
T  4642469 tttagaatattattgcaagttggcgttaagttgtttgcatgatgatggaattcaacgaccctcaatgagtcaagtggttgggggtttagagtttgcgttg 4642370  T
Q  324 cagttggagatgagtgagga 343  Q
    || |||| | ||||||||||    
T  4642369 caattggtggtgagtgagga 4642350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 54; E-Value: 7e-22
Query Start/End: Original strand, 24 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 4671605 - 4671280
Alignment:
Q  24 caaaggttgactctaaagtctgatgtgtactctttcggtgttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcaagacccccgttggttcgttctttggataagaaaa 123  Q
    |||||| | |||||||| || ||||||||||| |||||||| || |||||||| ||||||||||| || || || ||||||||   |||||||||||| |    
T  4671605 caaaggctaactctaaaatcagatgtgtactcattcggtgtggtacttcttgaagtgttgtgtgctaggccacctttggttcgcgatttggataagaata 4671506  T
Q  124 aagcaagtttggctgtttggtttcaaacatgttacaatgaaggtgtggtaattgaagatatggtggacccgttcataaaagattctataacaagtgagtg 223  Q
     ||| ||| | | |  ||||||| ||| ||| ||| ||||||||||||  |||||| | ||  ||||  | ||| |||  |||||||| ||  |||||||    
T  4671505 cagctagtctagtttgttggtttaaaagatgctacgatgaaggtgtggcgattgaacaaatactggattcattcctaagggattctatcacgggtgagtg 4671406  T
Q  224 tttgaaatgttattgtcaaatggttttaagttgtttgcatgacgatggaaatcaacgaatgtcaatgagtgatgttgttggagctttagagtttgcattg 323  Q
    |||| ||| ||||||  |  |||  || ||||| |||||||| ||||||| |||||||   ||||||||| | || ||||| | |||||||||||  |||    
T  4671405 tttggaatattattgcaagttggcgttgagttgcttgcatgatgatggaactcaacgaccctcaatgagtcaagtggttgggggtttagagtttgtgttg 4671306  T
Q  324 cagttggagatgagtgaggaggatag 349  Q
    || |||| | |||||||||| |||||    
T  4671305 caattggtggtgagtgaggaagatag 4671280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 48 - 343
Target Start/End: Complemental strand, 4635798 - 4635503
Alignment:
Q  48 gtgtactctttcggtgttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcaagacccccgttggttcgttctttggataagaaaaaagcaagtttggctgtttggtttc 147  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| || || || ||||||||   |||||||||||| | ||| ||| | | |  ||||||      
T  4635798 gtgtactcattcggtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctaggccacctttggttcgcgatttggataagaatacagctagtctagtttgttggttca 4635699  T
Q  148 aaacatgttacaatgaaggtgtggtaattgaagatatggtggacccgttcataaaagattctataacaagtgagtgtttgaaatgttattgtcaaatggt 247  Q
    ||| ||| ||| | ||||||||||  |||||| | |||||||| || ||| ||| |||||| || ||  | ||||||||  ||| || |||  |  |||     
T  4635698 aaagatgctacgaagaaggtgtggcgattgaacaaatggtggatccattcctaagagattccatcacgggcgagtgttttgaatatttttgcaagttggc 4635599  T
Q  248 tttaagttgtttgcatgacgatggaaatcaacgaatgtcaatgagtgatgttgttggagctttagagtttgcattgcagttggagatgagtgagga 343  Q
     ||||||||||||||||| ||||||| |||||||   ||||||||| | || ||||| | |||||||||||| ||||| || | | ||||||||||    
T  4635598 gttaagttgtttgcatgatgatggaattcaacgaccctcaatgagtcaagtggttgggggtttagagtttgcgttgcaattagtggtgagtgagga 4635503  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 42; Significance: 0.00000000000001; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 36 - 169
Target Start/End: Original strand, 18926902 - 18927035
Alignment:
Q  36 ctaaagtctgatgtgtactctttcggtgttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcaagacccccgttggttcgttctttggataagaaaaaagcaagtttgg 135  Q
    ||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || || ||||||||   ||| |||||||| |  || ||| | |    
T  18926902 ctaaaatctgacgtgtactcattcggtgtggtgcttcttgaggtattgtgtgcaaggccacctttggttcgcgatttagataagaagacggctagtctag 18927001  T
Q  136 ctgtttggtttcaaacatgttacaatgaaggtgt 169  Q
     |  ||||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  18927002 tttgttggtttcaaagatgttacgatgaaggtgt 18927035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University