View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF21451_high_2 (Length: 519)
Name: NF21451_high_2
Description: NF21451
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF21451_high_2 |
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Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 478; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 478; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 514
Target Start/End: Original strand, 8913359 - 8913856
Alignment:
| Q |
17 |
catttctgccgccattgcgcacacatatttattgggaacatatgcataggcactatcattggataagcatgaaagtgtggagaagtatatgattccattc |
116 |
Q |
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| T |
8913359 |
catttctgccgccgttgcgcacacatatttattgggaacatatgcataggcactatcattggataagcatgaaagtgtggagaagtatatgattccattc |
8913458 |
T |
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| Q |
117 |
cattgttgagttcaaaagtagatgtataattgtattcccattatgtgcaaagagtgcatgtacttgaacgtgacactctttgcttatcttagttataact |
216 |
Q |
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| T |
8913459 |
cattgttgagtttaaaagtagatgtataattgtattcccattatgtgcaaagagtgcatgtacttgaacgtgacactctttgcttatcttagttataact |
8913558 |
T |
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| Q |
217 |
attttatgagttagtggggacatttatctgcatgttgtattcaatttgagaaagatttaaagcattaggctagctctttgatccaatccaattatgtggt |
316 |
Q |
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| T |
8913559 |
attttatgagttagtggggacatttatctgcatgttgtattcaatttgagaaagatttaaagcattaggctagctctttgatccaatccaattatgtggt |
8913658 |
T |
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| Q |
317 |
cacacaataacatgaatgtctctttctcaatacttatttatgccggttaatttgccatcttctggttatagttggaatctcaatctgaacctctcccatc |
416 |
Q |
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| T |
8913659 |
cacacaataacatgaatgtctctttctcaatacttatttatgccggttaatttgccatcttctggttatagttggaatctcaatctgaacctttcccatc |
8913758 |
T |
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| Q |
417 |
agattaattggtgtccttatatatcaagtcattcatgatcttactttggttaagagttcctaaacttttgagaaataaagtaaagagcatttggttct |
514 |
Q |
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| T |
8913759 |
agattaattggtgtccttatatatcaagtcattcatgatcttactttggttaagagttcctaaacttttgggaaataaactaaagagcatttggttct |
8913856 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 394; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 394; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 514
Target Start/End: Complemental strand, 42823275 - 42822782
Alignment:
| Q |
17 |
catttctgccgccattgcgcacacatatttattgggaacatatgcataggcactatcattggataagcatgaaagtgtggagaagtatatgattccattc |
116 |
Q |
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| T |
42823275 |
catttctgccgccattgcacacacatatttattgggaacatatgcataggcactatcattggataagcatgaaagtgtggagaagtatatgattccattc |
42823176 |
T |
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| Q |
117 |
cattgttgagttcaaaagtagatgtataattgtattcccattatgtgcaaagagtgcatgtacttgaacgtgacactctttgcttatcttagttataact |
216 |
Q |
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| T |
42823175 |
cattgttgagttcaaaagtagatgtataattgtattcccat-atgtgcaaagagtgcatgtacttgaacgtgacactctttgcttatcttggttacaact |
42823077 |
T |
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| Q |
217 |
attttatgagttagtggggacatttatctgcatgttgtattcaatttgagaaagatttaaagcattaggctagctctttgatccaatccaattatgtggt |
316 |
Q |
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| T |
42823076 |
attttatgagttattggggagatttatctgcatgttgtattcaatttgagaaagatttaaagcattaggct----ctttgatccaatccaattatgtggt |
42822981 |
T |
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| Q |
317 |
cacac-aataacatgaatgtctctttctcaatacttatttatgccggttaatttgccatcttctggttatagttggaatctcaatctgaacctctcccat |
415 |
Q |
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| T |
42822980 |
cacaataataacatgaaggtctctatcaaaatacgtatttatgccggttaatttgccatcttatggttatagttggaatctcaatctgaacctttaccat |
42822881 |
T |
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| Q |
416 |
cagattaattggtgtccttatatatcaagtcattcatgatcttactttggttaagagttcctaaacttttgagaaataaagtaaagagcatttggttct |
514 |
Q |
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| T |
42822880 |
cagattaattggtgtccttatatatcaagtcattcatgatcttactttggttaagagttcctaaacgtttgggaaatacactaaagagcatttggttct |
42822782 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 390; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 514
Target Start/End: Original strand, 8346346 - 8346839
Alignment:
| Q |
17 |
catttctgccgccattgcgcacacatatttattgggaacatatgcataggcactatcattggataagcatgaaagtgtggagaagtatatgattccattc |
116 |
Q |
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| T |
8346346 |
catttctgccgccattgcacacacatatttatcgggaacatatgcataggcactatcattggataagcatgaaagtgtggagaagtatatgattccattc |
8346445 |
T |
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| Q |
117 |
cattgttgagttcaaaagtagatgtataattgtattcccattatgtgcaaagagtgcatgtacttgaacgtgacactctttgcttatcttagttataact |
216 |
Q |
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| T |
8346446 |
cattgttgagttcaaaagtagatgtataattgtattcccat-atgtgcaaagagtgcatgtacttgaacgtgacactctttgcttatcttggttacaact |
8346544 |
T |
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| Q |
217 |
attttatgagttagtggggacatttatctgcatgttgtattcaatttgagaaagatttaaagcattaggctagctctttgatccaatccaattatgtggt |
316 |
Q |
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| T |
8346545 |
attttatgagttattggggagatttatctgcatgttgtattcaatttgagaaagatttaaagcattaggct----ctttgatccaatccaattatgtggt |
8346640 |
T |
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| Q |
317 |
cacac-aataacatgaatgtctctttctcaatacttatttatgccggttaatttgccatcttctggttatagttggaatctcaatctgaacctctcccat |
415 |
Q |
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| T |
8346641 |
cacaataataacatgaaggtctctatcaaaatacgtatttatgccggttaatttgccatcttatggttatagttggaatctcaatctgaacctttaccat |
8346740 |
T |
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| Q |
416 |
cagattaattggtgtccttatatatcaagtcattcatgatcttactttggttaagagttcctaaacttttgagaaataaagtaaagagcatttggttct |
514 |
Q |
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| T |
8346741 |
cagattaattggtgtccttatatatcaagtcattcatgatcttactttggttaagagttcctaaacgtttgggaaatacactaaagagcatttggttct |
8346839 |
T |
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