View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21455_high_1 (Length: 910)

Name: NF21455_high_1
Description: NF21455
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21455_high_1
NF21455_high_1
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (19-910)||(48912132-48913023)
chr4 (283-910)||(48957909-48958536)
chr4 (283-901)||(48965094-48965709)
chr4 (494-792)||(48961267-48961567)
chr4 (462-609)||(48974062-48974209)
chr4 (460-563)||(48951185-48951288)
chr4 (293-383)||(48967233-48967323)
chr4 (686-813)||(48951399-48951526)
[»] scaffold0536 (3 HSPs)
scaffold0536 (238-910)||(6298-6970)
scaffold0536 (202-910)||(10282-10988)
scaffold0536 (460-609)||(1541-1690)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (458-901)||(12589965-12590411)
chr6 (458-894)||(12483267-12483706)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (293-833)||(13448138-13448675)
chr2 (293-871)||(13439975-13440550)
chr2 (286-774)||(13454602-13455087)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (290-893)||(3417334-3417934)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (283-876)||(12540450-12541040)
chr5 (290-871)||(28385106-28385684)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (283-825)||(12641353-12641895)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 856; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 856; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 910
Target Start/End: Complemental strand, 48913023 - 48912132
Alignment:
Q  19 gtgtatagcacaactaatgtataaatcaatttcgcgatttgataccaaagcgtcatttatgatataatttcattttctcaatacgggtacctttttcacc 118  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||    
T  48913023 gtgtatagcacaactcatgtataaatcaatttcacgatttgataccaaagcgtcatttatgatataatttcattttctcaatagaggtacctttttcacc 48912924  T
Q  119 attatgtaccaaaaagtgatatttatttttggtggatagtactcaaaataatagactacatttatgtgtcatacacatagataaataaacaaaaatgact 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48912923 attatgtaccaaaaagtgatatttatttttggtggatagtactcaaaataatagactacatttatgtgtcatacacatagataaataaacaaaaatgact 48912824  T
Q  219 tttagattagagctttgttgtccctcaatcttttaagataattaaccacagctgttaaattcgaatgagatgaaccaccttctttaattgcatgtttagc 318  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48912823 tttagattagaggtttgttgtccctcaatcttttaagataattaaccacagctgttaaattcgaatgagatgaaccaccttctttaattgcatgtttagc 48912724  T
Q  319 tttctccccaaactctcgagcatgttgtctgattttctcagcttcatcaccactgtccatcaatcgcttcacaaccttctcaatattatccctccaaacc 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48912723 tttctccccaaactctcgagcatgttgtctgattttctcagcttcatcaccactgtccatcaatcgcttcacaaccttctcaatattatccctccaaacc 48912624  T
Q  419 accttctctctttccccaataccagttgtgctccattccgttgcaccgacctccaccccaatcccatgcacctgtgttatcaacttctcattgtaaaatt 518  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  48912623 accttctctctttccccaataccagttgtgctccattccgttgcaccgacctccaccccaatcccatgcacctgtgttatcaacttctcattgtaaaact 48912524  T
Q  519 gttctccatgcatcggccacgtgatcattggaacccctgcactaactgcctcaacagtggaattccacccacaatgtgtcataaatgcacccacggctgt 618  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48912523 gttctccatgcatcggccacgtgatcattggaacccctgcactaactgcctcaacagtggaattccacccacaatgtgtcataaatgcacccacggctgt 48912424  T
Q  619 gtggctcagaatcataacctgtggagcccaacccttaataatcatagccttcttctttccgataattctctcttcaaacccctttggcaaccatttttct 718  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48912423 gtggctcagaatcataacctgtggagcccaacccttaataatcatagccttcttctttccgataattctctcttcaaacccctttggcaaccatttttct 48912324  T
Q  719 ttctcctcttcattgtcatgctccgtccgtttcttttcaggaacaacccatatgaattcgtgactcgatgcttcaatcccgcacgcaatctcataaagtt 818  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48912323 ttctcctcttcattgtcattctccgtccgtttcttttcaggaacaacccatatgaattcgtgactcgatgcttcaatcccgcacgcaatctcataaagtt 48912224  T
Q  819 gtttatccgaaaaatgacatcggcttccaaagcatatgtacaccaccgagttatcttgtttcgagttaagccaactcaaacacccgtgcaca 910  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  48912223 gtttatccgaaaaatgacattggcttccaaagcatatgtacaccaccgagttatcttgtttcgagttaagccaactcaaacactcgtgcaca 48912132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 283 - 910
Target Start/End: Original strand, 48957909 - 48958536
Alignment:
Q  283 atgagatgaaccaccttctttaattgcatgtttagctttctccccaaactctcgagcatgttgtctgattttctcagcttcatcaccactgtccatcaat 382  Q
    ||||||||| |||||||||| ||  ||  || |||| || || || |||||| ||||| | ||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  48957909 atgagatgatccaccttcttgaacagctcgtgtagccttttctccgaactcttgagcacgctgtttgatttcctcagcttcatcaccaccgtccatcaat 48958008  T
Q  383 cgcttcacaaccttctcaatattatccctccaaaccaccttctctctttccccaataccagttgtgctccattccgttgcaccgacctccaccccaatcc 482  Q
    | ||||||| |||| || ||| ||||  | |  || | ||||| | | ||| ||| |||  ||   | ||| || |||||||| |||||||||||||| |    
T  48958009 ctcttcacagccttttctatactatctttactcacaatcttctgtttctcctcaaaaccgtttacacaccactctgttgcaccaacctccaccccaattc 48958108  T
Q  483 catgcacctgtgttatcaacttctcattgtaaaattgttctccatgcatcggccacgtgatcattggaacccctgcactaactgcctcaacagtggaatt 582  Q
    |  |||| |  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||| |||||||| ||    
T  48958109 ctcgcacattagttatcaacttctcattgtagaattgttctccatgcaccggccacgtgatcattggaacccccgcgctaacagcctccacagtggagtt 48958208  T
Q  583 ccacccacaatgtgtcataaatgcacccacggctgtgtggctcagaatcataacctgtggagcccaacccttaataatcatagccttcttctttccgata 682  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||| ||||| ||||| ||| |||| |||| | | ||||||||||| ||     
T  48958209 ccacccgcaatgtgtcataaatgcacccacggcaatgtggctcagaatcaaaacttgtggggcccaccccctaatgatcaaacctttcttctttccaatg 48958308  T
Q  683 attctctcttcaaacccctttggcaaccatttttctttctcctcttcattgtcatgctccgtccgtttcttttcaggaacaacccatatgaattcgtgac 782  Q
     |||||||||| || || || |||||||| ||| |||||||||||||| | || |  ||  ||| |||||| ||||||||||||||||  ||||||||||    
T  48958309 tttctctcttcgaatcctttcggcaaccactttcctttctcctcttcactctcgtcttctttccctttcttctcaggaacaacccatacaaattcgtgac 48958408  T
Q  783 tcgatgcttcaatcccgcacgcaatctcataaagttgtttatccgaaaaatgacatcggcttccaaagcatatgtacaccaccgagttatcttgtttcga 882  Q
      |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||  |||||||||||||||||||| ||| ||||||| |   ||| |    
T  48958409 ctgatgcttctatcccacacgcaatctcataaagttgtttatcagataaataacatatgcttccaaagcatatgtacaacactgagttatgtctcttcaa 48958508  T
Q  883 gttaagccaactcaaacacccgtgcaca 910  Q
    ||| |||||||||| ||| || ||||||    
T  48958509 gttgagccaactcagacaaccatgcaca 48958536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 133; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 283 - 901
Target Start/End: Original strand, 48965094 - 48965709
Alignment:
Q  283 atgagatgaaccaccttctttaattgcatgtttagctttctccccaaactctcgagcatgttgtctgattttctcagcttcatcaccactgtccatcaat 382  Q
    |||||| || |||||||||| ||| ||  || |||| || || ||||||||| ||||| |   ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48965094 atgagacgagccaccttcttgaatggctcgtctagccttttctccaaactcttgagcacgacttctaattttctcagcttcatcaccactgtccatcaat 48965193  T
Q  383 cgcttcacaaccttctcaatattatccctccaaaccaccttctctctttccccaataccagttgtgctccattccgttgcaccgacctccaccccaatcc 482  Q
    | | ||||| ||||||| ||  |||| || |  |||| ||||||||||||  ||| ||||||    | |||||| |||||||| || ||||| |||||||    
T  48965194 ctcctcacagccttctctatgctatcactactcaccagcttctctctttcttcaaaaccagtcaaacaccattctgttgcaccaacttccactccaatcc 48965293  T
Q  483 catgcacctgtgttatcaacttctcattgtaaaattgttctccatgcatcggccacgtgatcattggaacccctgcactaactgcctcaacagtggaatt 582  Q
    |  |||| | ||||||||  || || ||||| ||||||||||||||    ||||| || ||||| |||||||| |||| ||| ||||| || ||||| ||    
T  48965294 ctcgcacttctgttatcagtttttcgttgtagaattgttctccatgtgaaggccatgtaatcatcggaacccccgcaccaacagcctccactgtggagtt 48965393  T
Q  583 ccacccacaatgtgtcataaatgcacccacggctgtgtggctcagaatcataacctgtggagcccaacccttaataatcatagccttcttctttccgata 682  Q
    ||| |||||||| |||||||| |||||||| || | |||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||| | |   ||||||||| ||     
T  48965394 ccaaccacaatgagtcataaaggcacccacagcggggtggctcagaatcagaacctgcggagcccaacccctaataatcaaacc---cttctttccaatg 48965490  T
Q  683 attctctcttcaaacccctttggcaaccatttttctttctcctcttcattgtcatgctccgtccgtttcttttcaggaacaacccatatgaattcgtgac 782  Q
     |||||||||| || |||||||| ||||| ||||  |||||||||||| | |||| |||  |||  || ||    |||| ||||||||| || || ||||    
T  48965491 tttctctcttcgaatccctttggtaaccacttttgcttctcctcttcactctcatcctctttcccgttattaaggggaataacccatataaaatcatgac 48965590  T
Q  783 tcgatgcttcaatcccgcacgcaatctcataaagttgtttatccgaaaaatgacatcggcttccaaagcatatgtacaccaccgagttatcttgtttcga 882  Q
     ||||||||| ||  | ||||||||||||||||| |||||||||  | || ||||  |||||||||||| |||||||| ||| ||||||| | | || ||    
T  48965591 ccgatgcttctattgcacacgcaatctcataaagctgtttatcctgataacgacagaggcttccaaagcttatgtacaacactgagttatgtcgcttgga 48965690  T
Q  883 gttaagccaactcaaacac 901  Q
     || |||||||||||||||    
T  48965691 attgagccaactcaaacac 48965709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 94; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 494 - 792
Target Start/End: Original strand, 48961267 - 48961567
Alignment:
Q  494 gttatcaacttctcattgtaaaattgttctccatgcatcggccacgtgatcattggaacccctgcactaactgcctcaacagtggaa--ttccacccaca 591  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |  ||||| || |||||||| | |||||||||| | |||||||  |||||   |||||||| ||    
T  48961267 gttatcaacttctcgttgtagaattgttctccatgtacgggccatgttatcattgggatccctgcactaccagcctcaatggtggagagttccacccgca 48961366  T
Q  592 atgtgtcataaatgcacccacggctgtgtggctcagaatcataacctgtggagcccaacccttaataatcatagccttcttctttccgataattctctct 691  Q
    ||| ||||||||  ||||||| |||||||||| ||| |||||||| ||||| ||||| |||||||| |||| | ||||||||||| | ||  ||||||||    
T  48961367 atgcgtcataaacacacccaccgctgtgtggcccaggatcataacttgtggggcccaccccttaatgatcaaacccttcttcttttcaatgtttctctct 48961466  T
Q  692 tcaaacccctttggcaaccatttttctttctcctcttcattgtcatgctccgtccgtttcttttcaggaacaacccatatgaattcgtgactcgatgctt 791  Q
    ||||| || || |||||||| || ||||||||||||||  | |||| | |  ||| ||| || ||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||    
T  48961467 tcaaatcctttcggcaaccacttgtctttctcctcttcgctctcatccactttcccttttttctcaggaacaacccatacaaattcgtgacccgatgctt 48961566  T
Q  792 c 792  Q
    |    
T  48961567 c 48961567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 68; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 462 - 609
Target Start/End: Original strand, 48974062 - 48974209
Alignment:
Q  462 caccgacctccaccccaatcccatgcacctgtgttatcaacttctcattgtaaaattgttctccatgcatcggccacgtgatcattggaacccctgcact 561  Q
    |||| |||||||| ||||| ||  ||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||  ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  48974062 caccaacctccacaccaataccccgcacctgagttatcaacttctcgttgtagaattgttcgtcatgcactggccacgtgatcattggaacccctgcact 48974161  T
Q  562 aactgcctcaacagtggaattccacccacaatgtgtcataaatgcacc 609  Q
    ||| || || || ||||| |||||||| ||||||||||  ||||||||    
T  48974162 aacggcttccacggtggagttccacccgcaatgtgtcaagaatgcacc 48974209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 460 - 563
Target Start/End: Original strand, 48951185 - 48951288
Alignment:
Q  460 tgcaccgacctccaccccaatcccatgcacctgtgttatcaacttctcattgtaaaattgttctccatgcatcggccacgtgatcattggaacccctgca 559  Q
    |||||| || ||||| || |||||| |||| || ||||| | |||||||||||| || || || | ||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||    
T  48951185 tgcacctacttccactcctatcccacgcacatgagttatgagcttctcattgtagaactgatcactatgcaccggccacgtgatcatcggaacccctaca 48951284  T
Q  560 ctaa 563  Q
    ||||    
T  48951285 ctaa 48951288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 293 - 383
Target Start/End: Original strand, 48967233 - 48967323
Alignment:
Q  293 ccaccttctttaattgcatgtttagctttctccccaaactctcgagcatgttgtctgattttctcagcttcatcaccactgtccatcaatc 383  Q
    |||||||||| || |||  || |||| || || ||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||  || ||||||||||||    
T  48967233 ccaccttcttgaagtgctcgtgtagccttttctccaaagtctcgagcacgttgtctgatcttctcagcttcatcgtcattgtccatcaatc 48967323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 686 - 813
Target Start/End: Original strand, 48951399 - 48951526
Alignment:
Q  686 ctctcttcaaacccctttggcaaccatttttctttctcctcttcattgtcatgctccgtccgtttcttttcaggaacaacccatatgaattcgtgactcg 785  Q
    |||||||||||| || | || ||||||||||| |||||||| ||| | || | |||| |||  |||||||| || ||||||||||||||||| | ||  |    
T  48951399 ctctcttcaaactccctgggtaaccatttttccttctcctcatcactctcgttctccttccccttcttttctgggacaacccatatgaattcataacctg 48951498  T
Q  786 atgcttcaatcccgcacgcaatctcata 813  Q
    || |||| ||| |||  |||||||||||    
T  48951499 attcttctatcgcgcttgcaatctcata 48951526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0536 (Bit Score: 325; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: scaffold0536
Description:

Target: scaffold0536; HSP #1
Raw Score: 325; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 238 - 910
Target Start/End: Complemental strand, 6970 - 6298
Alignment:
Q  238 gtccctcaatcttttaagataattaaccacagctgttaaattcgaatgagatgaaccaccttctttaattgcatgtttagctttctccccaaactctcga 337  Q
    |||||||||| ||||||||| ||  | |||||| |||||||||  |||||||||||||||||||| |   ||||||||||| || |||||||||||||||    
T  6970 gtccctcaatattttaagatcatcgatcacagccgttaaattcctatgagatgaaccaccttcttgagccgcatgtttagccttatccccaaactctcga 6871  T
Q  338 gcatgttgtctgattttctcagcttcatcaccactgtccatcaatcgcttcacaaccttctcaatattatccctccaaaccaccttctctctttccccaa 437  Q
    ||||  | | |||||||||||||||| |||||||  |||||||||| | ||||| ||||||||||| |||||||||  |||||||||||||| |||||||    
T  6870 gcatactttttgattttctcagcttcgtcaccaccatccatcaatctcctcacagccttctcaatactatccctccccaccaccttctctctctccccaa 6771  T
Q  438 taccagttgtgctccattccgttgcaccgacctccaccccaatcccatgcacctgtgttatcaacttctcattgtaaaattgttctccatgcatcggcca 537  Q
    |||||||||  ||||| || | ||| || ||| |||||||||| |   ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  6770 taccagttgaactccactcagctgcccccaccaccaccccaattcgtcgcacctgtgttatcaacttttcattgtaaaattgttctccatgcaccggcca 6671  T
Q  538 cgtgatcattggaacccctgcactaactgcctcaacagtggaattccacccacaatgtgtcataaatgcacccacggctgtgtggctcagaatcataacc 637  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||  ||| ||||||||| |||||||||     
T  6670 cgtgatcatcggaacccctgcactaacagcctcaacagtggaattccacccacaatgcgtcataaacgcacccagagctttgtggctcaaaatcataact 6571  T
Q  638 tgtggagcccaacccttaataatcatagccttcttctttccgataattctctcttcaaacccctttggcaaccatttttctttctcctcttcattgtcat 737  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||| || |||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||    
T  6570 tgtggagcccaacccctaataatcaaacccttcttctttccgatatttctctcttcgaatccctttggcaaccattttcctttctcctcttcactctcat 6471  T
Q  738 gctccgtccgtttcttttcaggaacaacccatatgaattcgtgactcgatgcttcaatcccgcacgcaatctcataaagttgtttatccgaaaaatgaca 837  Q
      ||  ||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||| || |||||||| ||||||||||||||||  ||| | ||    
T  6470 cttctttccctttcttctcaggaacaacccatatgaatttgtgacccgatgcttctatcccacatgcaatctcgtaaagttgtttatccgggaaaaggca 6371  T
Q  838 tcggcttccaaagcatatgtacaccaccgagttatcttgtttcgagttaagccaactcaaacacccgtgcaca 910  Q
    |  |||||||||||||||||||| ||| ||||||||| | |||||||  |||||||||| |||| | ||||||    
T  6370 taagcttccaaagcatatgtacaacactgagttatctggcttcgagtctagccaactcagacactcatgcaca 6298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0536; HSP #2
Raw Score: 274; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 202 - 910
Target Start/End: Complemental strand, 10988 - 10282
Alignment:
Q  202 aataaacaaaaatgacttttagattagagctttgttgtccctcaatcttttaagataattaaccacagctgttaaattcgaatgagatgaaccaccttct 301  Q
    |||||||||||||| |||||| | || |  ||| ||||||||||| |||||||||| ||| | ||   ||||||||||   ||||||||||||||||||     
T  10988 aataaacaaaaatgccttttatactaaaagtttattgtccctcaaacttttaagatcattgatcaacactgttaaatttctatgagatgaaccaccttcc 10889  T
Q  302 ttaattgcatgtttagctttctccccaaactctcgagcatgttgtctgattttctcagcttcatcaccactgtccatcaatcgcttcacaaccttctcaa 401  Q
    | |   |||  |||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||| || | |||||||||||| |||||||||||||||||    
T  10888 tgagccgcacatttagccttatccccaaactctcgagcatgtcgtctgattatctcagctacataactattgtccatcaatctcttcacaaccttctcaa 10789  T
Q  402 tattatccctccaaaccaccttctctctttccccaataccagttgtgctccattccgttgcaccgacctccaccccaatcccatgcacctgtgttatcaa 501  Q
    ||  ||||||||  |||| ||||||| | ||||||||||||  |  || ||| ||   |||||| || ||| ||||||||||  |||| || ||||||||    
T  10788 taccatccctcccgaccaacttctctttctccccaataccaactaagcaccactctactgcacccacttcccccccaatcccccgcacttgcgttatcaa 10689  T
Q  502 cttctcattgtaaaattgttctccatgcatcggccacgtgatcattggaacccctgcactaactgcctcaacagtggaattccacccacaatgtgtcata 601  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||    
T  10688 cttctcattgtaaaattgttctccatgcattggccacgtgatcattggaacccctgcactaaccgcctccacggtggaattccacccacaatgtgtcata 10589  T
Q  602 aatgcacccacggctgtgtggctcagaatcataacctgtggagcccaacccttaataatcatagccttcttctttccgataattctctcttcaaacccct 701  Q
    || ||||||||  | |||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||| | ||||||||||| | |||| ||| |||||||| || |    
T  10588 aacgcacccacaacagtgtggcttagaatcataacctgaggggcccaacccttaataatcaaacccttcttctttgcaataactctttcttcaaatcctt 10489  T
Q  702 ttggcaaccatttttctttctcctcttcattgtcatgctccgtccgtttcttttcaggaacaacccatatgaattcgtgactcgatgcttcaatcccgca 801  Q
    | || | |||||||||||||||||||| | | |||| |||  ||| |||||| ||||||||||| ||||  ||||||| || ||||||||| | || |||    
T  10488 tcggtagccatttttctttctcctcttgactctcattctctttccctttcttctcaggaacaactcatacaaattcgtaacccgatgcttctaccctgca 10389  T
Q  802 cgcaatctcataaagttgtttatccgaaaaatgacatcggcttccaaagcatatgtacaccaccgagttatcttgtttcgagttaagccaactcaaacac 901  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||| ||||||| ||| ||  ||||| | ||| ||||||||||||||| ||||    
T  10388 cgcaatctcataaagttgtttatctgaaaaataacataggcttccaaagcaaatgtacaacactga--tatctcgcttcaagttaagccaactcagacac 10291  T
Q  902 ccgtgcaca 910  Q
     | ||||||    
T  10290 tcatgcaca 10282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0536; HSP #3
Raw Score: 46; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 460 - 609
Target Start/End: Complemental strand, 1690 - 1541
Alignment:
Q  460 tgcaccgacctccaccccaatcccatgcacctgtgttatcaacttctcattgtaaaattgttctccatgcatcggccacgtgatcattggaacccctgca 559  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||| | || || || ||||| || | ||| |  ||||| |||||||||||||  ||||||    
T  1690 tgcaccgacttccactccaatcccatgcacctgagttatcaacgtttcgttatagaattgatcactatgtactggccatgtgatcattggaattcctgca 1591  T
Q  560 ctaactgcctcaacagtggaattccacccacaatgtgtcataaatgcacc 609  Q
    ||||| |||||     | || ||||||||||||||||||| |||||||||    
T  1590 ctaacagcctcggttatagagttccacccacaatgtgtcaaaaatgcacc 1541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 125; Significance: 7e-64; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 125; E-Value: 7e-64
Query Start/End: Original strand, 458 - 901
Target Start/End: Complemental strand, 12590411 - 12589965
Alignment:
Q  458 gttgcaccgacctccaccccaatcccatgcacctgtgttatcaacttctcattgtaaaattgttctccatgcatcggccacgtgatcattggaacccctg 557  Q
    |||||||| || ||||| ||||| |||||||| |  ||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||  ||||| |||||||| ||||  || |    
T  12590411 gttgcaccaacttccactccaattccatgcacatcagttatcaacttctcattgtaaaaatgttcaccattcaatggccatgtgatcatcggaattccag 12590312  T
Q  558 cactaactgcctcaacagtggaattccacccacaatgtgtcataaatgcacccacggctgtgtggctcagaatcataacctgtggagcccaacccttaat 657  Q
    ||||||| ||||| ||   ||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| ||  ||||||||| |||||| || ||||| ||||||||| ||||    
T  12590311 cactaaccgcctccacgacggaattccatccacaatgtgtcataaacgcgcccactgcattgtggctcataatcattacttgtggggcccaacccctaat 12590212  T
Q  658 aatcatagccttcttcttt---ccgataattctctcttcaaacccctttggcaaccatttttctttctcctcttcattgtcatgctccgtccgtttcttt 754  Q
     |||| | |||||||||||   || ||  ||||||||||||| ||  | ||||||||||||| ||| ||||| ||| | ||||  ||| ||| ||| ||     
T  12590211 gatcaaacccttcttctttctcccaatgtttctctcttcaaatccactaggcaaccatttttgtttatcctcatcactctcatcttccttcccttttttc 12590112  T
Q  755 tcaggaacaacccatatgaattcgtgactcgatgcttcaatcccgcacgcaatctcataaagttgtttatccgaaaaatgacatcggcttccaaagcata 854  Q
    || |||| |||||||| ||||||||| |  |||||||| || || |||| ||||||||||||||||||||| || ||||  |||  ||| ||||||||||    
T  12590111 tcgggaataacccatacgaattcgtggcctgatgcttctatgccacacgaaatctcataaagttgtttatctgagaaatagcatatgctcccaaagcata 12590012  T
Q  855 tgtacaccaccgagttatcttgtttcgagttaagccaactcaaacac 901  Q
    |||||| ||| ||||||||| | |||||||| |||||||||| ||||    
T  12590011 tgtacaacacagagttatctcgcttcgagtttagccaactcagacac 12589965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 94; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 458 - 894
Target Start/End: Complemental strand, 12483706 - 12483267
Alignment:
Q  458 gttgcaccgacctccaccccaatcccatgcacctgtgttatcaacttctcattgtaaaattgttctccatgcatcggccacgtgatcattggaacccctg 557  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||  |||| |  ||||| |  |||||||||||||| ||||| || || | |||||||||||||||||||| |||||    
T  12483706 gttgcaccgacttccacaccaatccctcgcacattagttatgagtttctcattgtaaaaatgttcaccgtgaaccggccacgtgatcattggaatccctg 12483607  T
Q  558 cactaactgcctcaacagtggaattccacccacaatgtgtcataaatgcacccacggctgtgtggctcagaatcataacctgtggagcccaacccttaat 657  Q
    ||||||| || || |||   |||||||| ||||| || ||||||||||||||||| || | |||||||| |||||  |||||||| ||||| ||| | ||    
T  12483606 cactaaccgcttccacaacagaattccatccacagtgagtcataaatgcacccactgcagggtggctcaaaatcagtacctgtggtgcccaccccctgat 12483507  T
Q  658 aatcatagc---cttcttctttccgataattctctcttcaaacccctttggcaaccatttttctttctcctcttcattgtcatgctccgtccgtttcttt 754  Q
     || | | |   ||| ||| |||  ||  ||||||| ||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| ||  | ||||  ||| ||| ||| ||     
T  12483506 gattaaacccatcttattccttctaatgtttctctcctcaaatcccttcggcaaccacttttctttctcctcatcgctctcatcttccttcccttttttc 12483407  T
Q  755 tcaggaacaacccatatgaattcgtgactcgatgcttcaatcccgcacgcaatctcataaagttgtttatccgaaaaatgacatcggcttccaaagcata 854  Q
    ||||||||||||||||||||||  | || ||||||||| || ||||| | ||| || ||||| |||||||| || ||||  ||| |||| ||||||||||    
T  12483406 tcaggaacaacccatatgaattttttacccgatgcttctattccgcatgaaatttcgtaaagctgtttatcagagaaattgcataggctcccaaagcata 12483307  T
Q  855 tgtacaccaccgagttatcttgtttcgagttaagccaact 894  Q
    |||||| ||| || || ||||| || ||||| ||||||||    
T  12483306 tgtacaacactgaattttcttgctttgagtttagccaact 12483267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 123; Significance: 1e-62; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 123; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 293 - 833
Target Start/End: Original strand, 13448138 - 13448675
Alignment:
Q  293 ccaccttctttaattgcatgtttagctttctccccaaactctcgagcatgttgtctgattttctcagcttcatcaccactgtccatcaatcgcttcacaa 392  Q
    |||||||||| ||| || ||| ||||||| || ||||||||||||||| || | ||||| || |||||||||||||||| ||||||||||| | | |||     
T  13448138 ccaccttcttgaatagcttgtatagctttttctccaaactctcgagcacgtagcctgatattttcagcttcatcaccaccgtccatcaatctccttacag 13448237  T
Q  393 ccttctcaatattatccctccaaaccaccttctctctttccccaataccagttgtgctccattccgttgcaccgacctccaccccaatcccatgcacctg 492  Q
    ||||||| ||  |||| || |  || | ||||| ||| ||| | | |||| | || | |||||| ||||||||||| || || ||||| ||  | |  ||    
T  13448238 ccttctctatgctatctctgctcactaacttctttctctccgcgacaccactcgtacaccattctgttgcaccgacttcaactccaattcctcggaattg 13448337  T
Q  493 tgttatcaacttctcattgtaaaattgttctccatgcatcggccacgtgatcattggaacccctgcactaactgcctcaacagtggaattccacccacaa 592  Q
    ||||||||  ||||||||||| ||||| |||||||| | ||||||||| ||||||||||| || |||||||| ||||| || || || |||| ||| |||    
T  13448338 tgttatcagtttctcattgtagaattgatctccatgaaccggccacgttatcattggaactcccgcactaacagcctctacggttgagttccccccgcaa 13448437  T
Q  593 tgtgtcataaatgcacccacggctgtgtggctcagaatcataacctgtggagcccaacccttaataatcatagccttcttctttccgataattctctctt 692  Q
    || ||||||||| | ||||| || | ||||||||  ||| |||||||||| ||||||||| |||| |||| | ||||||||   |||||| |||||||||    
T  13448438 tgcgtcataaatccccccactgcagggtggctcaatatcttaacctgtggggcccaacccctaatgatcaaacccttcttc---ccgatatttctctctt 13448534  T
Q  693 caaacccctttggcaaccatttttctttctcctcttcattgtcatgctccgtccgtttcttttcaggaacaacccatatgaattcgtgactcgatgcttc 792  Q
    |||| ||||| || ||||| ||||||||||| |||||  | ||||  ||  ||| |||||| |||||||||||||||||||||  |||||  ||||||||    
T  13448535 caaatcccttcggtaaccacttttctttctcttcttcgctctcatcttctttccctttcttctcaggaacaacccatatgaatgggtgaccggatgcttc 13448634  T
Q  793 aatcccgcacgcaatctcataaagttgtttatccgaaaaat 833  Q
     ||| | || || ||||| || ||||||||||| |||||||    
T  13448635 tatcgcacatgccatctcgtatagttgtttatcagaaaaat 13448675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 113; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 293 - 871
Target Start/End: Original strand, 13439975 - 13440550
Alignment:
Q  293 ccaccttctttaattgcatgtttagctttctccccaaactctcgagcatgttgtctgattttctcagcttcatcaccactgtccatcaatcgcttcacaa 392  Q
    |||||||||| ||| || ||| |||| || || ||||||||| ||||| || | || || || | ||||||||||||| | |||||||||| | |||||     
T  13439975 ccaccttcttgaatagcttgtgtagccttttctccaaactcttgagcaagtagcctcatatttttagcttcatcaccattctccatcaatctcctcacag 13440074  T
Q  393 ccttctcaatattatccctccaaaccaccttctctctttccccaataccagttgtgctccattccgttgcaccgacctccaccccaatcccatgcacctg 492  Q
    ||||||| || |||||||| |  |||| ||||||||| ||| ||| |||| |  | | |||||||||||||||||| ||||| ||||| ||  | |  ||    
T  13440075 ccttctctatgttatccctgctcaccaacttctctctctccgcaacaccattcttacaccattccgttgcaccgacttccactccaattcctcgaaattg 13440174  T
Q  493 tgttatcaacttctcattgtaaaattgttctccatgcatcggccacgtgatcattggaacccctgcactaactgcctcaacagtggaattccacccacaa 592  Q
    ||||| ||  ||||| ||||| ||||| |||||||| | ||||||||| ||||||||||| || |||||||| | ||| ||| | || |||| ||| |||    
T  13440175 tgttaccagtttctcgttgtagaattgatctccatgaaccggccacgttatcattggaactcccgcactaacagactctacaattgagttccccccgcaa 13440274  T
Q  593 tgtgtcataaatgcacccacggctgtgtggctcagaatcataacctgtggagcccaacccttaataatcatagccttcttctttccgataattctctctt 692  Q
    || ||||||||| | ||||| || | ||||||||  ||| |||| ||||| |||||||||||||| |||| | || || ||   |  ||  |||||||||    
T  13440275 tgcgtcataaatccccccaccgcagggtggctcaatatcttaacttgtggggcccaacccttaatgatcaaacccatcctc---ctaatgtttctctctt 13440371  T
Q  693 caaacccctttggcaaccatttttctttctcctcttcattgtcatgctccgtccgtttcttttcaggaacaacccatatgaattcgtgactcgatgcttc 792  Q
    | || |||||||||||||| ||||||||||| || ||| | ||||  ||  ||| |||||| |||||||||||||||||||||  |||||| ||||||||    
T  13440372 cgaatccctttggcaaccacttttctttctcttcctcactctcatcttctttccctttcttctcaggaacaacccatatgaatgggtgactagatgcttc 13440471  T
Q  793 aatcccgcacgcaatctcataaagttgtttatccgaaaaatgacatcggcttccaaagcatatgtacaccaccgagtta 871  Q
     ||  ||||||| |||||||| ||||||||||| || ||||       ||||||||| |||||||||| ||||||||||    
T  13440472 tattgcgcacgccatctcatatagttgtttatcagagaaatagttgatgcttccaaaacatatgtacaacaccgagtta 13440550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 63; E-Value: 7e-27
Query Start/End: Original strand, 286 - 774
Target Start/End: Original strand, 13454602 - 13455087
Alignment:
Q  286 agatgaaccaccttctttaattgcatgtttagctttctccccaaactctcgagcatgttgtctgattttctcagcttcatcaccactgtccatcaatcgc 385  Q
    |||||| ||||||| || ||| || ||| |||| || || ||||||||||||||| ||   ||||| || | |||||||||||||| | ||||||||| |    
T  13454602 agatgagccacctttttgaatagcttgtgtagccttttctccaaactctcgagcacgtaccctgatatttttagcttcatcaccaccgcccatcaatctc 13454701  T
Q  386 ttcacaaccttctcaatattatccctccaaaccaccttctctctttccccaataccagttgtgctccattccgttgcaccgacctccaccccaatcccat 485  Q
     ||||| ||||||| ||  ||||  | |  |||| ||||||||| ||| ||| |||| |||| | |||||| ||||||||||| || |  ||||| ||      
T  13454702 ctcacagccttctctatgctatctttgctcaccaacttctctctctccgcaacaccacttgtacaccattctgttgcaccgacttcaattccaattcctc 13454801  T
Q  486 gcacctgtgttatcaacttctcattgtaaaattgttctccatgcatcggccacgtgatcattggaacccctgcactaactgcctcaacagtggaattcca 585  Q
    | || |||||||| |  ||||| ||||| ||||| |||||||| |  |||||||| ||||||||||| ||    ||||| ||||| ||  | || ||||     
T  13454802 gaacttgtgttattagtttctcgttgtagaattgatctccatggactggccacgttatcattggaactcccatgctaacagcctctacgattgagttccc 13454901  T
Q  586 cccacaatgtgtcataaatgcacccacggctgtgtggctcagaatcataacctgtggagcccaacccttaataatcatagccttcttctttccgataatt 685  Q
    ||| ||||| ||||||||| | ||||| || | ||| ||||  ||| |||| ||||| ||||||||| |||| |||| | |||| ||||   ||||  ||    
T  13454902 cccgcaatgcgtcataaatccccccactgcagggtgactcaatatcttaacttgtggggcccaacccctaatgatcaaaccctttttct---cgatgttt 13454998  T
Q  686 ctctcttcaaacccctttggcaaccatttttctttctcctcttcattgtcatgctccgtccgtttcttttcaggaacaacccatatgaa 774  Q
     |||||||||| ||||| |||||||| |||| ||||||||||||  | ||||  ||  ||| |||||| || |||||||||||||||||    
T  13454999 ttctcttcaaatcccttcggcaaccacttttgtttctcctcttcgctctcatcttctttccctttcttctccggaacaacccatatgaa 13455087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 106; Significance: 1e-52; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 106; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 290 - 893
Target Start/End: Complemental strand, 3417934 - 3417334
Alignment:
Q  290 gaaccaccttctttaattgcatgtttagctttctccccaaactctcgagcatgttgtctgattttctcagcttcatcaccactgtccatcaatcgcttca 389  Q
    ||||||||||||| ||| ||  ||||||| ||||| |||| |||||||||| || |||| ||    ||||| ||||||| |||||||||||||| | |||    
T  3417934 gaaccaccttcttgaatagctcgtttagccttctctccaagctctcgagcacgtagtctcataccttcagcctcatcactactgtccatcaatctcctca 3417835  T
Q  390 caaccttctcaatattatccctccaaaccaccttctctctttccccaataccagttgtgctccattccgttgcaccgacctccaccccaatcccatgcac 489  Q
       ||||||| || | ||| || |  |||| ||||| ||| ||||||||||||  ||  | |||||| |||||||| || ||||| ||||| ||  | ||    
T  3417834 ttgccttctctatgtcatctctgctcaccaacttctttctctccccaataccatgtgcacgccattctgttgcacctacttccactccaattcctcggac 3417735  T
Q  490 ctgtgttatcaacttctcattgtaaaattgttctccatgcatcggccacgtgatcattggaacccctgcactaactgcctcaacagtggaattccaccca 589  Q
     |||||||| |  ||||||||| | ||||| ||||||||   ||||||||| ||||||||||| ||||||| ||| |||||||||   || |||| ||||    
T  3417734 ttgtgttattagtttctcattgaacaattgatctccatgacccggccacgttatcattggaactcctgcaccaacagcctcaacaaatgagttcccccca 3417635  T
Q  590 caatgtgtcataaatgcacccacggctgtgtggctcagaatcataacctgtggagcccaacccttaataatcatagccttcttctttccgataattctct 689  Q
    ||||||||||||||| | || || || | ||||||||  |||  ||||||||| ||||||||| |||  |||| | |   ||||||||| ||  ||||||    
T  3417634 caatgtgtcataaatccccctaccgcagggtggctcaatatctgaacctgtggggcccaacccctaacgatcaaacc---cttctttccaatgtttctct 3417538  T
Q  690 cttcaaacccctttggcaaccatttttctttctcctcttcattgtcatgctccgtccgtttcttttcaggaacaacccatatgaattcgtgactcgatgc 789  Q
    | ||||| ||||| |||||||| ||||||||||| ||||| || ||||  ||  | | |||||| ||| |||||||||||||||||  ||||| ||||||    
T  3417537 cctcaaatcccttcggcaaccacttttctttctcttcttcgttctcatcttcttttcctttcttctcaagaacaacccatatgaatgggtgacccgatgc 3417438  T
Q  790 ttcaatcccgcacgcaatctcataaagttgtttatccgaaaaatgacatcggcttccaaagcatatgtacaccaccgagttatcttgtttcgagttaagc 889  Q
    ||| ||  || | ||||||||||| ||||||||||| || ||||    |  ||||||||| |||||||||| ||| |||||| ||||||  ||||| |||    
T  3417437 ttctattgcgtatgcaatctcatatagttgtttatcagagaaatagtttaagcttccaaaacatatgtacaacactgagttaacttgttgtgagttgagc 3417338  T
Q  890 caac 893  Q
    ||||    
T  3417337 caac 3417334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 84; Significance: 2e-39; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 84; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 283 - 876
Target Start/End: Original strand, 12540450 - 12541040
Alignment:
Q  283 atgagatgaaccaccttctttaattgcatgtttagctttctccccaaactctcgagcatgttgtctgattttctcagcttcatcaccactgtccatcaat 382  Q
    |||||| ||||||||||||| ||  ||  || |||| ||||| |||| |||||| ||| || |||| || || |||||||||| |||||  |||||||||    
T  12540450 atgagaggaaccaccttcttgaacagctcgtctagccttctctccaatctctcgtgcacgtagtctcatattttcagcttcataaccaccatccatcaat 12540549  T
Q  383 cgcttcacaaccttctcaatattatccctccaaaccaccttctctctttccccaataccagttgtgctccattccgttgcaccgacctccaccccaatcc 482  Q
    | | ||| | ||||||| ||   ||| || | ||||| ||||| ||| |||||| ||||| |||| | |||||| |||||||| || || || ||||| |    
T  12540550 ctcctcatagccttctctatgccatctctgccaaccaacttctttctctccccattaccatttgtacaccattctgttgcacctacttctactccaattc 12540649  T
Q  483 catgcacctgtgttatcaacttctcattgtaaaattgttctccatgcatcggccacgtgatcattggaacccctgcactaactgcctcaacagtggaatt 582  Q
    |  | ||||||||||| |  ||||| ||| | || || ||||||||   ||||||||| ||||||||||| || |||| ||| ||||| ||| | || ||    
T  12540650 ctcggacctgtgttattagtttctcgttgaataagtgatctccatgacacggccacgttatcattggaactcccgcaccaacagcctctacaattgagtt 12540749  T
Q  583 ccacccacaatgtgtcataaatgcacccacggctgtgtggctcagaatcataacctgtggagcccaacccttaataatcatagccttcttctttccgata 682  Q
     | ||||||||||||||||||| | ||||| || | ||||||||  ||| |||||||||| ||||||||| |||| |||| | |   ||| ||||| ||     
T  12540750 tcccccacaatgtgtcataaatccccccaccgcagggtggctcaatatcttaacctgtggggcccaacccctaatgatcaaacc---cttttttccaatg 12540846  T
Q  683 attctctcttcaaacccctttggcaaccatttttctttctcctcttcattgtcatgctccgtccgtttcttttcaggaacaacccatatgaattcgtgac 782  Q
     ||||||| ||||| ||||| |||| ||| ||||||||||| |||||| | ||||  ||  ||| | |||| |||||||||||||||||||||  |||||    
T  12540847 tttctctcctcaaatcccttcggcatccacttttctttctcttcttcagtctcatcttctttccctctcttctcaggaacaacccatatgaatgggtgac 12540946  T
Q  783 tcgatgcttcaatcccgcacgcaatctcataaagttgtttatccgaaaaatgacatcggcttccaaagcatatgtacaccaccgagttatcttg 876  Q
     |  | |||| |   | || ||||||||||| |||||||| ||  | ||||||  |  ||||||||| |||||||||||||| |||||| ||||    
T  12540947 ccattccttctactgcacatgcaatctcatatagttgtttgtcaaagaaatgatttatgcttccaaaacatatgtacaccactgagttaacttg 12541040  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 76; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 290 - 871
Target Start/End: Original strand, 28385106 - 28385684
Alignment:
Q  290 gaaccaccttctttaattgcatgtttagctttctccccaaactctcgagcatgttgtctgattttctcagcttcatcaccactgtccatcaatcgcttca 389  Q
    ||||||||||||||||  ||  || |||| ||||| || |||||||||||| ||||||| || || ||||||||||| |||| ||||||||||  | |||    
T  28385106 gaaccaccttctttaacagctcgtgtagccttctctcctaactctcgagcacgttgtctcatattttcagcttcatcgccaccgtccatcaatttcctca 28385205  T
Q  390 caaccttctcaatattatccctccaaaccaccttctctctttccccaataccagttgtgctccattccgttgcaccgacctccaccccaatcccatgcac 489  Q
     | ||||||| || ||||| || |  |||| ||||| ||| |||||| ||||| |||| | |||||||||| |||| || ||||| ||||| |   | ||    
T  28385206 tagccttctctatgttatctctgctcaccaacttctttctctccccattaccatttgtacaccattccgttacacctacttccactccaattcttcggac 28385305  T
Q  490 ctgtgttatcaacttctcattgtaaaattgttctccatgcatcggccacgtgatcattggaacccctgcactaactgcctcaacagtggaattccaccca 589  Q
       ||||||||| |||||||||   || || ||| ||||    |||||||| ||||||||||| || || | ||| ||||| ||| | || ||||  ||     
T  28385306 tgttgttatcaatttctcattgctgaagtgatctgcatgacaaggccacgttatcattggaactcccgcgccaacagcctctacaattgagttccctccg 28385405  T
Q  590 caatgtgtcataaatgcacccacggctgtgtggctcagaatcataacctgtggagcccaacccttaataatcatagccttcttctttccgataattctct 689  Q
    |||||||||| |||| | ||||| || | || |||||  |||| ||| ||||| ||||||||| | || || | | |||||||   ||| ||  ||||||    
T  28385406 caatgtgtcagaaatccccccaccgcagggttgctcaatatcagaacttgtggggcccaacccctgattatgaaacccttctt---tccaatgtttctct 28385502  T
Q  690 cttcaaacccctttggcaaccatttttctttctcctcttcattgtcatgctccgtccgtttcttttcaggaacaacccatatgaattcgtgactcgatgc 789  Q
    | ||||| |||||||||| ||| ||||||||||| |||||  | ||||  ||  ||| |||||| |||||||||||||||||||||  |||||  |||||    
T  28385503 cctcaaatccctttggcagccacttttctttctcttcttcgatctcatcttctttccctttcttctcaggaacaacccatatgaatgggtgacctgatgc 28385602  T
Q  790 ttcaatcccgcacgcaatctcataaagttgtttatccgaaaaatgacatcggcttccaaagcatatgtacaccaccgagtta 871  Q
    ||| |   |||| ||||||||||| ||||||||||| || |||||   |  ||||||||| ||||||||||| || ||||||    
T  28385603 ttctactgcgcatgcaatctcatatagttgtttatcagagaaatggtttatgcttccaaaacatatgtacacaactgagtta 28385684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 80; Significance: 5e-37; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 80; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 283 - 825
Target Start/End: Complemental strand, 12641895 - 12641353
Alignment:
Q  283 atgagatgaaccaccttctttaattgcatgtttagctttctccccaaactctcgagcatgttgtctgattttctcagcttcatcaccactgtccatcaat 382  Q
    |||||| || || ||||||| ||  |||||| |||| || | |||||||||| ||||| |||||||||||| || |||||||||||||  ||||||||||    
T  12641895 atgagacgacccgccttcttcaacagcatgtgtagcctttttcccaaactcttgagcacgttgtctgatttccttagcttcatcaccatcgtccatcaat 12641796  T
Q  383 cgcttcacaaccttctcaatattatccctccaaaccaccttctctctttccccaat-accagttgtgctccattccgttgcaccgacctccaccccaatc 481  Q
    | | ||||| | ||||| ||| |||  || |  ||||| |||||| |||||   || ||||  |     ||| || |||||||| |||||||||||||||    
T  12641795 ctcctcacagctttctctatactatgtctactcaccactttctct-tttcctttataaccatgtacagaccactctgttgcacccacctccaccccaatc 12641697  T
Q  482 ccatgcacctgtgttatcaacttctcattgtaaaattgttctccatgcatcggccacgtgatcattggaacccctgcactaactgcctcaacagtggaat 581  Q
    |   ||||    ||||||| ||||||||| || || |||||||| ||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||   ||| |    
T  12641696 cttcgcacaacagttatcagcttctcattatagaactgttctccttgcactggccacgtgatcattggaatccctgcactaacagcctctaccaaggagt 12641597  T
Q  582 tccacccacaatgtgtcataaatgcacccacggctgtgtggctcagaatcataacctgtggagcccaacccttaataatcatagccttcttctttccgat 681  Q
    || |||| ||||| ||||| ||||||||||| || | |||||| | |||||| || ||||| |||||  || |||| || | | | ||||| ||| | |     
T  12641596 tcgacccgcaatgcgtcatgaatgcacccacagcagcgtggcttaaaatcattacttgtggggcccactccctaatgataaaacctttcttattttcaac 12641497  T
Q  682 aattctctcttcaaacccctttggcaaccatttttctttctcctcttcattgtcatgctccgtccgtttcttttcaggaacaacccatatgaattcgtga 781  Q
    | |||||||||| || || || |||||||| |||||||||||||||||| | ||||  |   ||| |||||| ||||||||||||||||  |||||||||    
T  12641496 atttctctcttcgaatcctttaggcaaccacttttctttctcctcttcactctcatcttttttccctttcttctcaggaacaacccatacaaattcgtga 12641397  T
Q  782 ctcgatgcttcaatcccgcacgcaatctcataaagttgtttatc 825  Q
    |  ||   ||| || |||| ||||||||| ||||||||||||||    
T  12641396 cctgaattttctattccgctcgcaatctcgtaaagttgtttatc 12641353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University