View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21458_high_1_N (Length: 624)

Name: NF21458_high_1_N
Description: NF21458
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21458_high_1_N
NF21458_high_1_N
[»] chr5 (21 HSPs)
chr5 (1-578)||(37704876-37705453)
chr5 (40-242)||(37437914-37438116)
chr5 (42-149)||(37700646-37700753)
chr5 (368-510)||(34599459-34599603)
chr5 (368-516)||(2143247-2143394)
chr5 (265-488)||(13953394-13953616)
chr5 (261-338)||(1629760-1629837)
chr5 (244-360)||(1629683-1629799)
chr5 (244-360)||(29532047-29532161)
chr5 (413-516)||(26325678-26325781)
chr5 (317-358)||(2143379-2143420)
chr5 (265-350)||(30384213-30384297)
chr5 (465-513)||(38458771-38458819)
chr5 (263-350)||(37704830-37704917)
chr5 (296-359)||(41232901-41232964)
chr5 (536-578)||(30384256-30384298)
chr5 (435-495)||(29531914-29531975)
chr5 (595-624)||(37704830-37704859)
chr5 (264-360)||(38458805-38458899)
chr5 (541-577)||(1630012-1630048)
chr5 (244-340)||(29531855-29531950)
[»] chr2 (16 HSPs)
chr2 (265-501)||(4558769-4559007)
chr2 (246-497)||(8198509-8198759)
chr2 (246-497)||(8203269-8203519)
chr2 (246-329)||(45385838-45385921)
chr2 (246-360)||(4923428-4923542)
chr2 (158-225)||(8265959-8266027)
chr2 (265-360)||(42053964-42054059)
chr2 (420-501)||(6739472-6739554)
chr2 (265-354)||(3289442-3289531)
chr2 (456-516)||(42054042-42054102)
chr2 (248-314)||(4558680-4558745)
chr2 (435-488)||(4923553-4923607)
chr2 (265-323)||(8198419-8198477)
chr2 (265-323)||(8203179-8203237)
chr2 (244-319)||(32546464-32546538)
chr2 (298-358)||(28358958-28359018)
[»] chr6 (22 HSPs)
chr6 (259-501)||(16419591-16419837)
chr6 (373-500)||(196111-196238)
chr6 (246-357)||(12458392-12458504)
chr6 (265-403)||(33547750-33547889)
chr6 (368-516)||(17411121-17411270)
chr6 (374-498)||(28477384-28477509)
chr6 (374-498)||(29789836-29789961)
chr6 (327-516)||(7004200-7004390)
chr6 (534-576)||(17411089-17411131)
chr6 (264-360)||(10544282-10544376)
chr6 (386-482)||(32548138-32548235)
chr6 (296-352)||(7202300-7202356)
chr6 (412-495)||(33547849-33547933)
chr6 (368-473)||(7202313-7202419)
chr6 (420-493)||(10544136-10544210)
chr6 (374-474)||(29693282-29693383)
chr6 (263-360)||(31314513-31314609)
chr6 (534-577)||(196244-196287)
chr6 (391-485)||(9405267-9405362)
chr6 (265-338)||(196063-196135)
chr6 (319-360)||(33547744-33547785)
chr6 (265-345)||(33547811-33547890)
[»] chr7 (27 HSPs)
chr7 (246-516)||(41331168-41331439)
chr7 (246-501)||(18128375-18128632)
chr7 (264-357)||(30551947-30552040)
chr7 (264-357)||(6589558-6589651)
chr7 (261-340)||(12422044-12422123)
chr7 (244-351)||(32804629-32804736)
chr7 (265-353)||(1532197-1532285)
chr7 (254-442)||(20389633-20389822)
chr7 (265-360)||(28003341-28003434)
chr7 (415-501)||(48447315-48447402)
chr7 (265-358)||(5755594-5755685)
chr7 (412-501)||(12264801-12264890)
chr7 (422-501)||(12422262-12422342)
chr7 (244-348)||(12422352-12422455)
chr7 (244-444)||(21920965-21921164)
chr7 (450-501)||(28002279-28002330)
chr7 (279-344)||(32918529-32918595)
chr7 (296-357)||(1532441-1532501)
chr7 (264-340)||(6586862-6586938)
chr7 (455-495)||(32857850-32857890)
chr7 (158-193)||(21595127-21595162)
chr7 (266-345)||(48447283-48447362)
chr7 (539-577)||(12422352-12422390)
chr7 (302-359)||(5762696-5762753)
chr7 (468-516)||(28002235-28002283)
chr7 (534-566)||(32857805-32857837)
chr7 (246-350)||(45477966-45478070)
[»] chr4 (26 HSPs)
chr4 (50-223)||(16840622-16840796)
chr4 (385-516)||(22519386-22519518)
chr4 (265-516)||(31095124-31095377)
chr4 (246-360)||(22519807-22519921)
chr4 (265-354)||(48194394-48194483)
chr4 (386-516)||(49291205-49291335)
chr4 (246-338)||(33617920-33618010)
chr4 (265-501)||(20141745-20141983)
chr4 (265-353)||(22889586-22889674)
chr4 (265-353)||(22941250-22941338)
chr4 (536-576)||(31095092-31095132)
chr4 (265-340)||(53769786-53769861)
chr4 (244-350)||(2323266-2323372)
chr4 (259-333)||(42676809-42676883)
chr4 (451-516)||(51580077-51580140)
chr4 (267-350)||(34013780-34013861)
chr4 (270-345)||(22519373-22519448)
chr4 (264-359)||(34717567-34717660)
chr4 (309-360)||(40070309-40070360)
chr4 (296-350)||(31095078-31095131)
chr4 (459-501)||(53769786-53769828)
chr4 (319-360)||(22519313-22519354)
chr4 (296-357)||(48194179-48194239)
chr4 (261-333)||(22519774-22519846)
chr4 (265-345)||(31095106-31095186)
chr4 (286-350)||(55368780-55368844)
[»] scaffold0591 (1 HSPs)
scaffold0591 (244-382)||(3866-4003)
[»] chr8 (20 HSPs)
chr8 (265-351)||(2277209-2277295)
chr8 (264-344)||(27532989-27533069)
chr8 (281-360)||(37064689-37064768)
chr8 (246-348)||(15907689-15907790)
chr8 (246-360)||(15907944-15908058)
chr8 (264-516)||(2510015-2510263)
chr8 (246-328)||(12807666-12807748)
chr8 (386-516)||(3806871-3807000)
chr8 (531-576)||(18080600-18080645)
chr8 (261-357)||(32566875-32566969)
chr8 (263-351)||(2967707-2967794)
chr8 (265-360)||(3806998-3807091)
chr8 (369-501)||(12189869-12190002)
chr8 (369-501)||(12434297-12434430)
chr8 (281-351)||(45445141-45445210)
chr8 (242-334)||(41123-41216)
chr8 (451-515)||(8453098-8453163)
chr8 (293-338)||(32566724-32566769)
chr8 (268-344)||(3806856-3806932)
chr8 (380-495)||(32566752-32566867)
[»] chr1 (23 HSPs)
chr1 (265-501)||(363615-363853)
chr1 (266-501)||(47726457-47726693)
chr1 (266-501)||(47747763-47747999)
chr1 (264-357)||(16554303-16554396)
chr1 (370-500)||(29954870-29955000)
chr1 (265-354)||(18470189-18470279)
chr1 (265-360)||(802251-802346)
chr1 (246-353)||(12656368-12656474)
chr1 (265-351)||(16026108-16026194)
chr1 (244-440)||(11016877-11017075)
chr1 (435-501)||(26706207-26706274)
chr1 (265-360)||(46530163-46530258)
chr1 (296-353)||(48130213-48130268)
chr1 (259-348)||(48130428-48130516)
chr1 (246-345)||(363806-363906)
chr1 (281-360)||(26706353-26706432)
chr1 (246-348)||(46530411-46530517)
chr1 (158-224)||(2125101-2125168)
chr1 (455-501)||(18470384-18470430)
chr1 (296-357)||(16026346-16026406)
chr1 (296-353)||(18470439-18470495)
chr1 (368-516)||(47600499-47600648)
chr1 (244-360)||(23808083-23808199)
[»] chr3 (12 HSPs)
chr3 (269-504)||(30534432-30534666)
chr3 (265-501)||(51265744-51265984)
chr3 (296-453)||(44291025-44291182)
chr3 (264-360)||(44291413-44291509)
chr3 (246-350)||(48200367-48200471)
chr3 (246-340)||(33291582-33291676)
chr3 (296-357)||(51265679-51265739)
chr3 (534-577)||(44291420-44291463)
chr3 (435-501)||(50898882-50898948)
chr3 (246-347)||(1662257-1662357)
chr3 (324-360)||(9343215-9343251)
chr3 (246-338)||(14747077-14747167)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 521; Significance: 0; HSPs: 21)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 521; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 578
Target Start/End: Complemental strand, 37705453 - 37704876
Alignment:
Q  1 atcaagtcacccacttagtcgtaaatataagaaatgtggtccatgatgaaccaattataaaggtggtctaccgtagaactcacgagtagagtatcgatat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  37705453 atcaagtcacccacttagtcgtaaatataagaaatgtggtccatgatgaaccaattataaaggtggtctaccgtagaacccacgagttgagtatcgatat 37705354  T
Q  101 ccgatgacatctgatactttttctttttatatgctcaatgcattttcttttgtgctgtaacaaactttgaaaaaattataaatttaaagaaatttttgta 200  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  37705353 ccgatggcatctgatactttttctttttatatgctcaatgcattttcttttgtgctgtaacaaactttgaagaaattataaatttaaagaaatttttgta 37705254  T
Q  201 gtttagttaagaaccatacaaaaaacacgtacataaaataaatgttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaa 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  37705253 gtttagttaagaaccatacaaaaaacacgtacataaaataaatgttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattggtcatttaa 37705154  T
Q  301 gttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaannnnnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactg 400  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37705153 gatttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaatttttttcgtaccaattaggtcctctaagctatttaactg 37705054  T
Q  401 taagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaagttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactt 500  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  37705053 taacaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaagttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttacgaaaaatactt 37704954  T
Q  501 acataactaacttgttttttgagcaactacataactaacttgttataattaaataacttaaatgacgtaagtgatacg 578  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  37704953 acataactaacttgttttttgagcaactacataactaacttgttataattaaataacttaaatgacgcaagtgatacg 37704876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 111; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 40 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 37438116 - 37437914
Alignment:
Q  40 tccatgatgaaccaattataaaggtggtctaccgtagaactcacgagtagagtatcgatatccgatgacatctgatactttttctttttatatgctcaat 139  Q
    |||||||||||||  ||||||||||||| ||| ||||||||||  |||||||||||||||||  ||||||  | |||||||||||||||||||||||| |    
T  37438116 tccatgatgaaccgcttataaaggtggtttacagtagaactcaatagtagagtatcgatatcatatgacacttaatactttttctttttatatgctcagt 37438017  T
Q  140 gcattttcttttgtgctgtaacaaactttgaaaaaattataaatttaaagaaatttttgtagtttagttaagaaccatacaaaaaacacgtacataaaat 239  Q
    |||||||||| |||||| ||| || ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |   |||||||||    
T  37438016 gcattttcttatgtgctataataagctttgaggaaattataaatttaaagaaatttttgtagtttagttaagaaccatagaaaaaaaaaacacataaaat 37437917  T
Q  240 aaa 242  Q
    |||    
T  37437916 aaa 37437914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 42 - 149
Target Start/End: Complemental strand, 37700753 - 37700646
Alignment:
Q  42 catgatgaaccaattataaaggtggtctaccgtagaactcacgagtagagtatcgatatccgatgacatctgatactttttctttttatatgctcaatgc 141  Q
    |||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  | |||  |||||||||||| |||||| |||    
T  37700753 catgatgaaccacttataaaagtggtctacggtagaactcacgagtagagtatcaatatccgatgacacttaatatgttttctttttatgtgctcagtgc 37700654  T
Q  142 attttctt 149  Q
    ||||||||    
T  37700653 attttctt 37700646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 368 - 510
Target Start/End: Complemental strand, 34599603 - 34599459
Alignment:
Q  368 cgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgaggg-atttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa-gttacaattaaa 465  Q
    ||||| ||||||||| | |||| |||||||| |||| || ||  ||| |||| ||||||||||| || ||||||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  34599603 cgtactaattaggtcatttaagttatttaaccgtaacaatttttgggtattttagatcttaaaaatgtaagttattctggacctaaaagttacaattaaa 34599504  T
Q  466 taacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatacttacataactaa 510  Q
     |||||||| ||| ||||  ||| |||||||||||| ||||||||    
T  34599503 caacttaaaggacttaagcattaagaaaaatacttaaataactaa 34599459  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 368 - 516
Target Start/End: Original strand, 2143247 - 2143394
Alignment:
Q  368 cgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacct-aaagttacaattaaat 466  Q
    ||||| ||||||||||| |||| |||||||||  || || ||  ||||||| | ||||||||  || |||||||||||| ||| |||||| |||||||||    
T  2143247 cgtactaattaggtcctttaagttatttaact--aacaatttaggggattttatatcttaaacatgtaagttattcggggcctcaaagtttcaattaaat 2143344  T
Q  467 aacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatacttacataactaacttgtt 516  Q
    ||||||||  |||||| ||||| |||||||||| | |  |||||||||||    
T  2143345 aacttaaaaaacctaaatgttacgaaaaatactgaaaggactaacttgtt 2143394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 265 - 488
Target Start/End: Complemental strand, 13953616 - 13953394
Alignment:
Q  265 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaannnn 364  Q
    |||||||| |||| || ||| |||||| |  |||||||||||| | |||| |||| ||| |||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||        
T  13953616 tttaagttgtttaattataataaattggttttttaagtttttt-cataccgcttaagtcatttaagttaattaattgtaacaagtttgtcttttaagttt 13953518  T
Q  365 nnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattc-gggacctaaagttacaatta 463  Q
       ||||||||||| ||| | |||| |||||||  |||| || || |||||||||||| | ||||| || |||||||||  || |  ||||||||| |||    
T  13953517 ttccgtaccaattacgtcttttaagttatttaatcgtaaaaatttaagggatttcaga-cctaaaaatgtaagttattcaaggtctaaaagttacagtta 13953419  T
Q  464 aataacttaaacgacctaagtgtta 488  Q
    ||||| ||||| ||| ||| |||||    
T  13953418 aataatttaaaggacttaaatgtta 13953394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 261 - 338
Target Start/End: Original strand, 1629760 - 1629837
Alignment:
Q  261 gtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaa 338  Q
    ||||||||||||| ||| |||||| |||| |||| |||||||||||| |||| || ||| ||||||||||||| ||||    
T  1629760 gtcttttaagttaattaattgtaacaaatcgatcctttaagttttttccgtagcaattaagtcctttaagttatttaa 1629837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 244 - 360
Target Start/End: Original strand, 1629683 - 1629799
Alignment:
Q  244 gttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattata 343  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||| |||||  |  |||||   ||||  |||| | ||||||| |||||||||||||||| ||    
T  1629683 gttaaattacaccaaaagtcctttaagttatttaattgtaataaattcgttctttaaaaattttctgtacaaattaggtcttttaagttaattaattgta 1629782  T
Q  344 acaagttggtcctttaa 360  Q
    |||| | | ||||||||    
T  1629783 acaaatcgatcctttaa 1629799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 244 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 29532161 - 29532047
Alignment:
Q  244 gttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattata 343  Q
    ||||||||||| |||| |||||| |||||||| | |||||| ||||||| | ||||| |||||| |||| ||||||| | ||||| ||||||||| | ||    
T  29532161 gttaaattacatcatatgtcttt-aagttattcaattgtaacaaattgaacctttaaatttttt-cgtatcacttagcttctttatgttaattaactgta 29532064  T
Q  344 acaagttggtcctttaa 360  Q
    | ||||||||| |||||    
T  29532063 aaaagttggtcatttaa 29532047  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 413 - 516
Target Start/End: Complemental strand, 26325781 - 26325678
Alignment:
Q  413 ggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaagttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatacttacataactaact 512  Q
    |||||||| || |||||| |  ||||||||| ||| ||||||||| |||||||||| ||||| ||  |||||||||  | ||||||||| || |||||||    
T  26325781 ggatttcaaatattaaaaatataagttattcaggatctaaagttataattaaataatttaaaggatttaagtgttacaataaatacttaaatgactaact 26325682  T
Q  513 tgtt 516  Q
    ||||    
T  26325681 tgtt 26325678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 317 - 358
Target Start/End: Complemental strand, 2143420 - 2143379
Alignment:
Q  317 ttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtccttt 358  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||    
T  2143420 ttaggtcctttaagttaattaattgtaacaagttagtccttt 2143379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 265 - 350
Target Start/End: Original strand, 30384213 - 30384297
Alignment:
Q  265 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagtt 350  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||  || |||||||||||| ||||  ||||| ||| ||||||||| |||||| |||||||||    
T  30384213 tttaagttatttaattgtaacaaatttgtcttttaagtttttt-cgtattacttacgtcttttaagttatttaattgtaacaagtt 30384297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 465 - 513
Target Start/End: Original strand, 38458771 - 38458819
Alignment:
Q  465 ataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatacttacataactaactt 513  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  38458771 ataacttaaaggacccaagtgttatgaaaaatacttaaatgactaactt 38458819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 263 - 350
Target Start/End: Original strand, 37704830 - 37704917
Alignment:
Q  263 cttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagtt 350  Q
    ||||||||||||||| || ||| |||| | |  |||||| ||||| |||| |||||  ||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  37704830 cttttaagttatttaattataacaaatcggttttttaagattttttcgtatcacttgcgtcatttaagttatttaattataacaagtt 37704917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 296 - 359
Target Start/End: Original strand, 41232901 - 41232964
Alignment:
Q  296 tttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtccttta 359  Q
    ||||||||||||   |||||||||| |||||||||| |||||||| ||| ||||||||| ||||    
T  41232901 tttaagtttttttgataccacttagatcctttaagtcaattaattgtaataagttggtctttta 41232964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 536 - 578
Target Start/End: Complemental strand, 30384298 - 30384256
Alignment:
Q  536 taacttgttataattaaataacttaaatgacgtaagtgatacg 578  Q
    |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||    
T  30384298 taacttgttacaattaaataacttaaaagacgtaagtaatacg 30384256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 435 - 495
Target Start/End: Complemental strand, 29531975 - 29531914
Alignment:
Q  435 aagttattcgggacctaaag-ttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaa 495  Q
    |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||| ||| || || ||||||    
T  29531975 aagttattcgggacctaaaaattacaattaaataacttaaatgacgtaaatgatacgaaaaa 29531914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 595 - 624
Target Start/End: Complemental strand, 37704859 - 37704830
Alignment:
Q  595 ccgatttgttataattaaataacttaaaag 624  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37704859 ccgatttgttataattaaataacttaaaag 37704830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 264 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 38458899 - 38458805
Alignment:
Q  264 ttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 360  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||  |  |||||||||||| |||||||||||  || ||||||||| || ||| ||| ||||| ||| |||||    
T  38458899 ttttaagttatttaattgtaataaattagt--tttaagtttttttcgtaccacttatatcttttaagttattttattgtaataagttagtcatttaa 38458805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 541 - 577
Target Start/End: Original strand, 1630012 - 1630048
Alignment:
Q  541 tgttataattaaataacttaaatgacgtaagtgatac 577  Q
    |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  1630012 tgttatgattaaataacttaaaagacgtaagtgatac 1630048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #21
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 244 - 340
Target Start/End: Original strand, 29531855 - 29531950
Alignment:
Q  244 gttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaatt 340  Q
    |||||||||||  | | ||| ||||||||||||| |||||| |||||  || |||||||||||| |||| || ||| ||| ||||||||| ||||||    
T  29531855 gttaaattacatgagatgtcatttaagttatttaattgtaataaattagtcctttaagtttttt-cgtatcatttacgtcatttaagttatttaatt 29531950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 95; Significance: 4e-46; HSPs: 16)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 95; E-Value: 4e-46
Query Start/End: Original strand, 265 - 501
Target Start/End: Complemental strand, 4559007 - 4558769
Alignment:
Q  265 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacg-taccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaannn 363  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||  | ||| |||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||       
T  4559007 tttaagttatttaattgtaataaattgatc-tttaagttttttttggtacaacttaggtactttatgttaattaattgtaacaagttgttcctttaagtt 4558909  T
Q  364 nnnnc-gtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacct-aaagttacaat 461  Q
        | |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||  | |||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||  | ||| |||||||||||    
T  4558908 ttgtctgtaccaattaggtcctttaagctatttaaccgtaactatttgaggtattttagatcttaaaaatgcaagttattcatggcctaaaagttacaat 4558809  T
Q  462 taaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 501  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||    
T  4558808 taaataaattaaaagacctaagtgttacgaaaaatactta 4558769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 86; E-Value: 8e-41
Query Start/End: Original strand, 246 - 497
Target Start/End: Complemental strand, 8198759 - 8198509
Alignment:
Q  246 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 345  Q
    ||||||| |||| || || ||||||||| ||| |||||| |||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||     
T  8198759 taaattataccagaaatcctttaagttagttaattgtaacaaattggtc-tttaagttttttccgtaccacttaggtcctttaagataattaattgtaat 8198661  T
Q  346 aagttggtcctttaa-nnnnnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcg 444  Q
    ||||||| |||||||        ||||||||||||||||| |||| |||||||| |||| || ||  ||||||||||||||||||| || |||||| | |    
T  8198660 aagttggccctttaagttttttccgtaccaattaggtcctttaagttatttaaccgtaacaatttaggggatttcagatcttaaaaatgtaagttagttg 8198561  T
Q  445 ggacct-aaagttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaata 497  Q
    |  ||| |||||| |||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||    
T  8198560 gagcctaaaagtttcaattaaataacttaaa--acctaagtgttaagaaaaata 8198509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 86; E-Value: 8e-41
Query Start/End: Original strand, 246 - 497
Target Start/End: Complemental strand, 8203519 - 8203269
Alignment:
Q  246 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 345  Q
    ||||||| |||| || || ||||||||| ||| |||||| |||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||     
T  8203519 taaattataccagaaatcctttaagttagttaattgtaacaaattggtc-tttaagttttttccgtaccacttaggtcctttaagataattaattgtaat 8203421  T
Q  346 aagttggtcctttaa-nnnnnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcg 444  Q
    ||||||| |||||||        ||||||||||||||||| |||| |||||||| |||| || ||  ||||||||||||||||||| || |||||| | |    
T  8203420 aagttggccctttaagttttttccgtaccaattaggtcctttaagttatttaaccgtaacaatttaggggatttcagatcttaaaaatgtaagttagttg 8203321  T
Q  445 ggacct-aaagttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaata 497  Q
    |  ||| |||||| |||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||    
T  8203320 gagcctaaaagtttcaattaaataacttaaa--acctaagtgttaagaaaaata 8203269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 246 - 329
Target Start/End: Original strand, 45385838 - 45385921
Alignment:
Q  246 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaa 329  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||| ||||||  | |||||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  45385838 taaattacaccataggtcctttaagttatttaattgtaacaaattggccctttaagtttttttcgtaccacttacgtcctttaa 45385921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 246 - 360
Target Start/End: Original strand, 4923428 - 4923542
Alignment:
Q  246 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 345  Q
    |||||||||||  | |||| ||||||| |||| || ||| |||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||  |||| |||||| |||| |||     
T  4923428 taaattacaccggatgtctcttaagttttttaattataataaattgatcatttatgttttttccgtaccatttaggttttttacgttaataaattgtaat 4923527  T
Q  346 aagttggtcctttaa 360  Q
    |||||  ||||||||    
T  4923528 aagttaatcctttaa 4923542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 158 - 225
Target Start/End: Original strand, 8265959 - 8266027
Alignment:
Q  158 taacaaactttgaaaaaattataaatttaaagaaatt-tttgtagtttagttaagaaccatacaaaaaa 225  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||| ||||| |||||    
T  8265959 taacaaaatttgagaaaattataaatttaaagaaattgtatgtagttaagttaagaatcatacgaaaaa 8266027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 265 - 360
Target Start/End: Original strand, 42053964 - 42054059
Alignment:
Q  265 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 360  Q
    |||||||||||||||| ||| || || ||| |||||||||| |   || ||||||||| |||||||||  |||||| ||||||||| |||||||||    
T  42053964 tttaagttatttagttataataagttaatcctttaagttttgtttatatcacttaggttctttaagttgtttaattttaacaagttagtcctttaa 42054059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 420 - 501
Target Start/End: Complemental strand, 6739554 - 6739472
Alignment:
Q  420 agatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaagtt-acaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 501  Q
    ||||||||||| || |||||||| | | | ||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||  |||||||||||    
T  6739554 agatcttaaaaatgtaagttattagaggcttaaagtttacaattaaataacttaaatgacctaaatgttacaaaaaatactta 6739472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 265 - 354
Target Start/End: Complemental strand, 3289531 - 3289442
Alignment:
Q  265 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtc 354  Q
    ||||| ||||||| |||||| |||||| || ||||||||||||  ||| ||||||  || ||||| | |||||||| |||||||||||||    
T  3289531 tttaaattatttaattgtaataaattggtcttttaagttttttttgtatcacttaaatcttttaattgaattaattgtaacaagttggtc 3289442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 456 - 516
Target Start/End: Complemental strand, 42054102 - 42054042
Alignment:
Q  456 tacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatacttacataactaacttgtt 516  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||||| || |||||||||||| |  |||||||||||    
T  42054102 tacaattaaataacttaaagaacctaagtgataggaaaaatacttaaaggactaacttgtt 42054042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 248 - 314
Target Start/End: Original strand, 4558680 - 4558745
Alignment:
Q  248 aattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtacc 314  Q
    |||||||| |||| ||| |||||||||||| |||||| |||||| || |||||||||||| ||||||    
T  4558680 aattacacgataattctcttaagttatttaattgtaataaattggtc-tttaagtttttttcgtacc 4558745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 435 - 488
Target Start/End: Complemental strand, 4923607 - 4923553
Alignment:
Q  435 aagttattcgggacctaaa-gttacaattaaataacttaaacgacctaagtgtta 488  Q
    ||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  4923607 aagttattcggaacctaaaagttgcaattaaataacttaaagtacctaagtgtta 4923553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 265 - 323
Target Start/End: Original strand, 8198419 - 8198477
Alignment:
Q  265 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtc 323  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||| |  ||||| |||||| |||||||||||||||    
T  8198419 tttaagttatttaattgtaataaattggttctttaaatttttttcgtaccacttaggtc 8198477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 265 - 323
Target Start/End: Original strand, 8203179 - 8203237
Alignment:
Q  265 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtc 323  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||| |  ||||| |||||| |||||||||||||||    
T  8203179 tttaagttatttaattgtaataaattggttctttaaatttttttcgtaccacttaggtc 8203237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 244 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 32546538 - 32546464
Alignment:
Q  244 gttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagtt-ttttacgtaccactta 319  Q
    |||||||||||||| | ||  |||||||| |||| | |||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||    
T  32546538 gttaaattacaccagaggt--tttaagttttttaatcgtaataaattgatcatttaagttatttttcgtaccactta 32546464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 298 - 358
Target Start/End: Complemental strand, 28359018 - 28358958
Alignment:
Q  298 taagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtccttt 358  Q
    |||||||| | |||| || |||| ||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||    
T  28359018 taagttttgttcgtatcaattagttcctttaagttaattaaatgtaacaggttggtccttt 28358958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 88; Significance: 5e-42; HSPs: 22)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 88; E-Value: 5e-42
Query Start/End: Original strand, 259 - 501
Target Start/End: Original strand, 16419591 - 16419837
Alignment:
Q  259 aagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttac---gtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcc 355  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||| |||| ||||     |||||| |||| || |||||||||||||||| |||||||||||||     
T  16419591 aagtcctttaagttatttaattgtaacaaattgatcattgaagtattttcttttgtaccaattagatcatttaagttaattaattgtaacaagttggtca 16419690  T
Q  356 tttaannnnnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa-g 454  Q
    |||||       |||||||||| | |||| |||| |||||||| |||| || ||||||||||| |||||||| || || |||||||| ||| |||||| |    
T  16419691 tttaagttttttcgtaccaatttgatcctttaagttatttaaccgtaacaatttgagggattttagatcttagaaatgtaagttatttggggcctaaaag 16419790  T
Q  455 ttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 501  Q
    || ||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||||||||    
T  16419791 tttcaattaaataacttaaaagacctaagtgttacgacaaatactta 16419837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 373 - 500
Target Start/End: Original strand, 196111 - 196238
Alignment:
Q  373 caattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacct-aaagttacaattaaataactt 471  Q
    |||||||||||| |||| || ||||| |||| || |||||| |||||| ||||||||| || ||||||||| || | | |||||||||||||||||||||    
T  196111 caattaggtcctttaagttacttaaccgtaacaatttgaggtatttcatatcttaaaaatgtaagttattcagggcttaaaagttacaattaaataactt 196210  T
Q  472 aaacgacctaagtgttatgaaaaatactt 500  Q
    ||| ||||||||||||  |||| ||||||    
T  196211 aaa-gacctaagtgtttcgaaatatactt 196238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 246 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 12458504 - 12458392
Alignment:
Q  246 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttac-gtaccacttaggtcctttaagttaattaattataa 344  Q
    |||||||||| | ||||| ||||||||||||| |||||| || ||| |  |||||||||||| | ||||  |||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  12458504 taaattacactagaagtcctttaagttatttaattgtaacaatttggtactttaagttttttcccgtacttcttaggtcctttaagttaataaattaaaa 12458405  T
Q  345 caagttggtcctt 357  Q
    |||||||||||||    
T  12458404 caagttggtcctt 12458392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 265 - 403
Target Start/End: Original strand, 33547750 - 33547889
Alignment:
Q  265 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttt-tttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaannn 363  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||| || ||||||||| |||  || ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||       
T  33547750 tttaagttatttaattgtaacaaattggtcctttaagtttatttttgttccacttatgtcctttaagttaattaattgtaacaagtttgtcttttaagtt 33547849  T
Q  364 nnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaa 403  Q
        | ||||| ||||||||| |||| ||||||| |||||    
T  33547850 ttttcataccatttaggtcctttaagttatttaattgtaa 33547889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 368 - 516
Target Start/End: Complemental strand, 17411270 - 17411121
Alignment:
Q  368 cgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgg-gacctaaagttacaattaaat 466  Q
    ||||||||||| || || |||| |||||||  |||| || ||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||  || |||||||||||||    
T  17411270 cgtaccaattatgtactttaagttatttaatcgtaataatttgggggatttcagatcttaaaaatgtaagttattcggagactaaacgttacaattaaat 17411171  T
Q  467 aacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatacttacataactaacttgtt 516  Q
    |||| ||| ||| || || ||| |||||||| ||| |  |||||||||||    
T  17411170 aactcaaaagacttatgtattacgaaaaatatttaaaagactaacttgtt 17411121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 374 - 498
Target Start/End: Original strand, 28477384 - 28477509
Alignment:
Q  374 aattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacct-aaagttacaattaaataactta 472  Q
    |||||||| || |||| |||| |||||||| || ||  | ||||| ||||||||||| || |||||||||||| ||| ||| |||| ||||||||| |||    
T  28477384 aattaggttctttaagttattgaactgtaataatttaggcgattttagatcttaaaaatgtaagttattcggggcctaaaaattacgattaaataattta 28477483  T
Q  473 aacgacctaagtgttatgaaaaatac 498  Q
    ||  |||||| |||||||||||||||    
T  28477484 aagaacctaactgttatgaaaaatac 28477509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 374 - 498
Target Start/End: Original strand, 29789836 - 29789961
Alignment:
Q  374 aattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacct-aaagttacaattaaataactta 472  Q
    |||||||| || |||| |||| |||||||| || ||  | ||||| ||||||||||| || |||||||||||| ||| ||| |||| ||||||||| |||    
T  29789836 aattaggttctttaagttattgaactgtaataatttaggcgattttagatcttaaaattgtaagttattcggggcctaaaaattacgattaaataattta 29789935  T
Q  473 aacgacctaagtgttatgaaaaatac 498  Q
    ||  |||||| |||||||||||||||    
T  29789936 aagaacctaactgttatgaaaaatac 29789961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 327 - 516
Target Start/End: Complemental strand, 7004390 - 7004200
Alignment:
Q  327 taagttaattaattataacaagttggtcctttaannnnnnnc-gtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatct 425  Q
    |||||| |||||||||||||||||| |||||||        | ||||||||||||| || |||| |||||||| |||| || |||||  |||| ||||||    
T  7004390 taagtttattaattataacaagttgatcctttatgttttctctgtaccaattaggttctttaagttatttaaccgtaacaatttgagaaattttagatct 7004291  T
Q  426 taaaactgcaagttattcgggacctaaa-gttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatacttacataactaacttgtt 516  Q
    ||||| |  ||||||||| ||   |||| ||| ||||||||||||||||| ||| |||||| ||  ||||||||||| |  |||||||||||    
T  7004290 taaaagtataagttattcagggtttaaatgttgcaattaaataacttaaa-gacataagtgatacaaaaaatacttaaaggactaacttgtt 7004200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 534 - 576
Target Start/End: Complemental strand, 17411131 - 17411089
Alignment:
Q  534 actaacttgttataattaaataacttaaatgacgtaagtgata 576  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17411131 actaacttgttacaattaaataacttaaatgacgtaagtgata 17411089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 264 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 10544376 - 10544282
Alignment:
Q  264 ttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 360  Q
    ||||||||||||||  ||||| |||||||   |||||||||||| ||||| | |||| ||| ||||||||||||||||||| |||||| || |||||    
T  10544376 ttttaagttatttatctgtaacaaattgac--tttaagtttttttcgtactagttagatccattaagttaattaattataataagttgatcatttaa 10544282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 386 - 482
Target Start/End: Original strand, 32548138 - 32548235
Alignment:
Q  386 taagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa-gttacaattaaataacttaaacgacctaa 482  Q
    |||| |||||||| |||| || ||| || |||| | ||||||||| || ||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  32548138 taagttatttaaccgtaacaatttgcggtattttaaatcttaaaaatgtaagctattcgggatctaaaagttacaattaaataacttaaaggacctaa 32548235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 296 - 352
Target Start/End: Original strand, 7202300 - 7202356
Alignment:
Q  296 tttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttgg 352  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||    
T  7202300 tttaagtttttttcgtaccatttaggtcctttatgttaattaattgtaacatgttgg 7202356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 412 - 495
Target Start/End: Complemental strand, 33547933 - 33547849
Alignment:
Q  412 gggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa-gttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaa 495  Q
    ||||||||||| ||||||| |  ||||||||||  || |||| ||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||||||    
T  33547933 gggatttcagaccttaaaaatttaagttattcgaaacttaaaagttacaattaaataacttaaaggacctaaatggtatgaaaaa 33547849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 368 - 473
Target Start/End: Original strand, 7202313 - 7202419
Alignment:
Q  368 cgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa-gttacaattaaat 466  Q
    ||||||| ||||||||| || | || |||| ||||| |  ||| | ||||| ||||||||||| |  |||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  7202313 cgtaccatttaggtcctttatgttaattaattgtaacatgttgggagattttagatcttaaaaatttaagttattcggggcctaaaagttacaattaaat 7202412  T
Q  467 aacttaa 473  Q
    |||||||    
T  7202413 aacttaa 7202419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 420 - 493
Target Start/End: Complemental strand, 10544210 - 10544136
Alignment:
Q  420 agatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa-gttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaa 493  Q
    ||||||||||| || || ||||||  |||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  10544210 agatcttaaaaatgtaaattattcaagacctaaaagttacaattaactaacttaaatgacctaagtgttacgaaa 10544136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 374 - 474
Target Start/End: Original strand, 29693282 - 29693383
Alignment:
Q  374 aattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacct-aaagttacaattaaataactta 472  Q
    |||||||| || |||| |||| |||||||| || ||  | ||||| ||||||||||| || |||||||||||| ||| |||||||| ||||||||| |||    
T  29693282 aattaggttctttaagttattgaactgtaataatttaggcgattttagatcttaaaaatgtaagttattcgggtcctaaaagttacgattaaataattta 29693381  T
Q  473 aa 474  Q
    ||    
T  29693382 aa 29693383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 263 - 360
Target Start/End: Original strand, 31314513 - 31314609
Alignment:
Q  263 cttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 360  Q
    ||||| ||||||||| || ||| || |||||||||||||||||||  ||| |||||| ||  ||||||||| ||||||||||||| || ||| |||||    
T  31314513 cttttgagttatttaattataacaagttgatcatttaagttttttcagtatcacttatgt-ttttaagttatttaattataacaaattagtcatttaa 31314609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 534 - 577
Target Start/End: Original strand, 196244 - 196287
Alignment:
Q  534 actaacttgttataattaaataacttaaatgacgtaagtgatac 577  Q
    ||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  196244 actaaattattacaattaaataacttaaatgacgtaagtgatac 196287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 391 - 485
Target Start/End: Original strand, 9405267 - 9405362
Alignment:
Q  391 tatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggaccta-aagttacaattaaataacttaaacgacctaagtg 485  Q
    |||||||| |||| || |||||| |||||||||||||||| |   |||||||||| |  || || |||||||||||||||||||| || |||||||    
T  9405267 tatttaaccgtaacaatttgaggaatttcagatcttaaaaattttagttattcggcatttataaattacaattaaataacttaaaggatctaagtg 9405362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 265 - 338
Target Start/End: Original strand, 196063 - 196135
Alignment:
Q  265 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaa 338  Q
    ||||| ||| ||| |||||| |||||||| |||||||||||||  ||| || ||||||||||||||||| ||||    
T  196063 tttaaattaattaattgtaacaaattgat-atttaagttttttcagtatcaattaggtcctttaagttacttaa 196135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 319 - 360
Target Start/End: Original strand, 33547744 - 33547785
Alignment:
Q  319 aggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 360  Q
    ||||||||||||||| |||||| |||||| ||||||||||||    
T  33547744 aggtcctttaagttatttaattgtaacaaattggtcctttaa 33547785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 265 - 345
Target Start/End: Original strand, 33547811 - 33547890
Alignment:
Q  265 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 345  Q
    ||||||||| ||| |||||| || ||  || |||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  33547811 tttaagttaattaattgtaacaagtttgtcttttaagtttttt-cataccatttaggtcctttaagttatttaattgtaac 33547890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 84; Significance: 1e-39; HSPs: 27)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 246 - 516
Target Start/End: Complemental strand, 41331439 - 41331168
Alignment:
Q  246 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 345  Q
    ||||||| | |||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||  |||||||| ||| || ||||||||||| |||||||||    
T  41331439 taaattatatcataagtcatttaagttatttaattgtaataaattgatcatttaagtttttctcgtaccacctagctcatttaagttaataaattataac 41331340  T
Q  346 aagttggtcctttaa-nnnnnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcg 444  Q
    |||||||| ||||||         |||||||| ||||| | |||| |||||||| |||| || ||  ||||||  ||||| ||||| |  ||||||||||    
T  41331339 aagttggttctttaagtttttcatgtaccaatgaggtcatttaagttatttaaccgtaacaattttggggattctagatcctaaaaattgaagttattcg 41331240  T
Q  445 ggacct-aaagttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatacttacataactaacttgtt 516  Q
      |||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||| |  |||||||||||    
T  41331239 atacctaaaagttataattaaataacttaaa-gacctaagtgctatgaaaaatatttaaactactaacttgtt 41331168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 246 - 501
Target Start/End: Complemental strand, 18128632 - 18128375
Alignment:
Q  246 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcattt-aagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataa 344  Q
    |||||||||||||| ||| ||||| |||||||  ||||| |||||| || ||| ||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||    
T  18128632 taaattacaccataggtcctttaaattatttaaatgtaataaattggtccttttaagtttttt-cgtactacttaggttctttaagttaattaattgtaa 18128534  T
Q  345 caagttggtcctttaa-nnnnnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattc 443  Q
     |||||||| ||||||        ||||| |||||| |||| |||| ||||||||  ||| || |||  | |||||||||||||||| || |||||||||    
T  18128533 taagttggtgctttaattttttttcgtacgaattagatcctttaagttatttaaccataacaatttggcgaatttcagatcttaaaaatgtaagttattc 18128434  T
Q  444 -gggacctaaagttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 501  Q
      ||    ||||||||||||||| || ||||| || |||||||||| ||| ||||||||    
T  18128433 aaggtttaaaagttacaattaaaaaatttaaaggatctaagtgttacgaagaatactta 18128375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 264 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 30552040 - 30551947
Alignment:
Q  264 ttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctt 357  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||| || ||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  30552040 ttttaagttatttaattgtaataaattggtcctttaagtttttttggtaccacttaggtcatttaagttaatcaattgtaacaagttggtcctt 30551947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 264 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 6589651 - 6589558
Alignment:
Q  264 ttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctt 357  Q
    |||||||| ||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||| |||| ||| ||||||||||||    
T  6589651 ttttaagtaatttaattgtaataaattgatcctttaagtttttttggtaccacttaggtcatttaagttaatcaattgtaataagttggtcctt 6589558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 261 - 340
Target Start/End: Original strand, 12422044 - 12422123
Alignment:
Q  261 gtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaatt 340  Q
    ||||||||||||||| | |||||| |||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  12422044 gtcttttaagttattaaattgtaataaattggtcatttaagtttttttcataccacttaggtcctttaagtaaattaatt 12422123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 244 - 351
Target Start/End: Complemental strand, 32804736 - 32804629
Alignment:
Q  244 gttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattata 343  Q
    |||||||||||||| |||||||||| | |||||| |||||| ||||||||| |||| ||||||| | ||| ||||| ||| ||||||||||||||||  |    
T  32804736 gttaaattacaccacaagtcttttaggatatttaattgtaataaattgatcttttaggtttttttcatacaacttaagtcatttaagttaattaattgca 32804637  T
Q  344 acaagttg 351  Q
    ||||||||    
T  32804636 acaagttg 32804629  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 265 - 353
Target Start/End: Original strand, 1532197 - 1532285
Alignment:
Q  265 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggt 353  Q
    ||||||||||||| |||||| || |||||||||||  ||||||  ||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  1532197 tttaagttatttaattgtaataagttgatcatttacattttttttgtacctcttaggtcctttaagttatttaactataacaagttggt 1532285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 254 - 442
Target Start/End: Original strand, 20389633 - 20389822
Alignment:
Q  254 accataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagtttttta-cgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttgg 352  Q
    |||||| |||||||||||||||||  ||||| ||| |  |  ||||||||||||  ||||| |||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  20389633 accataggtcttttaagttatttaaatgtaacaaagtagttctttaagttttttttcgtactacttagatgctttaagttaattaattgtaacaagttgg 20389732  T
Q  353 tcctttaannnnnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttatt 442  Q
    || || |        ||||| |||||| |||| |||| ||||||||||||| || |||  | |||| ||||||||||| || ||||||||    
T  20389733 tctttaagtttttttcgtacgaattagatcctttaagttatttaactgtaacaatttggcgaattttagatcttaaaaatgtaagttatt 20389822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 265 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 28003434 - 28003341
Alignment:
Q  265 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 360  Q
    ||||| ||||||| |||||| || |||||| || ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||||||    
T  28003434 tttaaattatttaattgtaacaagttgatcgtt-aagtttttt-cgtaccaattaggtcctttaagttaattaaatgtaacaagttgatcctttaa 28003341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 415 - 501
Target Start/End: Complemental strand, 48447402 - 48447315
Alignment:
Q  415 atttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa-gttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 501  Q
    |||| ||||||||||| || ||||||||  || | |||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||    
T  48447402 attttagatcttaaaaatgtaagttattttgggcataaaagttacaattaaataacttaaaggacctaagcgttacgaaaaatactta 48447315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 265 - 358
Target Start/End: Original strand, 5755594 - 5755685
Alignment:
Q  265 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtccttt 358  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||  | ||||| |||||  |||||||||||  || |||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  5755594 tttaagttatttaattgtaacaaattggccctttaatttttt--cgtaccacttaaatcatttatgttaattaattgtaacaagttggtccttt 5755685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 412 - 501
Target Start/End: Complemental strand, 12264890 - 12264801
Alignment:
Q  412 gggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaagttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 501  Q
    ||||||||| ||||| ||| || |||||||||  | || ||||||||| ||||||||||| || |||||||||| || ||||||||||||    
T  12264890 gggatttcaaatctttaaaatgtaagttattcatggccaaaagttacacttaaataacttgaaagacctaagtggtacgaaaaatactta 12264801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 422 - 501
Target Start/End: Original strand, 12422262 - 12422342
Alignment:
Q  422 atcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa-gttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 501  Q
    ||||||||| |  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||  |||||||||  || ||||||||    
T  12422262 atcttaaaagtataagttattcgggacctaaaagttacaattaaataacttaaaggatttaagtgttacaaacaatactta 12422342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 244 - 348
Target Start/End: Complemental strand, 12422455 - 12422352
Alignment:
Q  244 gttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattata 343  Q
    |||||||||||||  || |  ||||||||||||| |||||| ||||| ||| ||||||||||||  ||| |||||| ||| ||||||||| |||||| ||    
T  12422455 gttaaattacaccggaatttctttaagttatttaattgtaacaaattcatcctttaagtttttt-tgtatcacttacgtcttttaagttatttaatttta 12422357  T
Q  344 acaag 348  Q
    |||||    
T  12422356 acaag 12422352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 244 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 21921164 - 21920965
Alignment:
Q  244 gttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattata 343  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||||||||||  | |||  ||||  |||||||||||||||   ||||||||| || ||||||||||||||| | ||    
T  21921164 gttaaattacatcataagtcatttaagttatttaactataactaatttgtcatttaagtttttt-tttaccacttatgt-ctttaagttaattaactgta 21921067  T
Q  344 acaagttggtcctttaa-nnnnnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttatt 442  Q
    |||||||| |  |||||        ||||| ||||||||||| |||| ||||||||  ||| || ||| || |||| ||| ||||||| || ||||||||    
T  21921066 acaagttgtttatttaagttttttccgtactaattaggtcctttaagttatttaaccataaaaatttggggaattttagaccttaaaaatgtaagttatt 21920967  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 450 - 501
Target Start/End: Complemental strand, 28002330 - 28002279
Alignment:
Q  450 taaagttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 501  Q
    |||||||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||||| ||||||    
T  28002330 taaagttacaattaaacaacttaaaggacctaagtggtatgaaaagtactta 28002279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 279 - 344
Target Start/End: Original strand, 32918529 - 32918595
Alignment:
Q  279 ttgtaagaaattgatcatttaagtttt-ttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataa 344  Q
    |||||| ||||||||| ||| |||||| || |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  32918529 ttgtaataaattgatcttttgagttttatttcgtatcacttagctcctttaagttaattaattataa 32918595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 296 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 1532501 - 1532441
Alignment:
Q  296 tttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctt 357  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |  |||||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  1532501 tttaagtttttt-cgtaccacttacgctctttaagttacttaattgtaacaagttggtcctt 1532441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 264 - 340
Target Start/End: Original strand, 6586862 - 6586938
Alignment:
Q  264 ttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaatt 340  Q
    |||||||| ||||| |||||| |||||||||  |||| ||||||  |||| ||||||||| ||||||||||| ||||    
T  6586862 ttttaagtaatttaattgtaataaattgatctcttaaatttttttggtactacttaggtcatttaagttaatcaatt 6586938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 455 - 495
Target Start/End: Complemental strand, 32857890 - 32857850
Alignment:
Q  455 ttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaa 495  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  32857890 ttacaattaaataacttaaaagacctaagtgttacgaaaaa 32857850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 158 - 193
Target Start/End: Original strand, 21595127 - 21595162
Alignment:
Q  158 taacaaactttgaaaaaattataaatttaaagaaat 193  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  21595127 taacaaactttgaaaaaattatgaatttaaagaaat 21595162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 266 - 345
Target Start/End: Original strand, 48447283 - 48447362
Alignment:
Q  266 ttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 345  Q
    |||||||||||| |||||| |||||  |  ||||||| |||| |||| | |||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  48447283 ttaagttatttaattgtaacaaattagtactttaagtatttttcgtaacgcttaggtcctttaagttatttaattgtaac 48447362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #23
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 539 - 577
Target Start/End: Original strand, 12422352 - 12422390
Alignment:
Q  539 cttgttataattaaataacttaaatgacgtaagtgatac 577  Q
    ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  12422352 cttgttaaaattaaataacttaaaagacgtaagtgatac 12422390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #24
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 302 - 359
Target Start/End: Original strand, 5762696 - 5762753
Alignment:
Q  302 ttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtccttta 359  Q
    |||||| ||||||||||||||  | || ||||||||||| |||||||||||| |||||    
T  5762696 ttttttccgtaccacttaggtaatatatgttaattaattgtaacaagttggttcttta 5762753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #25
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 468 - 516
Target Start/End: Complemental strand, 28002283 - 28002235
Alignment:
Q  468 acttaaacgacctaagtgttatgaaaaatacttacataactaacttgtt 516  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |  |||||||||||    
T  28002283 acttaaatgacctaagtggtatgaaaaatacttaaaggactaacttgtt 28002235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #26
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 534 - 566
Target Start/End: Complemental strand, 32857837 - 32857805
Alignment:
Q  534 actaacttgttataattaaataacttaaatgac 566  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  32857837 actaacttgttacaattaaataacttaaatgac 32857805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #27
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 246 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 45478070 - 45477966
Alignment:
Q  246 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 345  Q
    |||||||||||  |  |||||||| ||||||| |||||| |||||||||||| |  ||||||   || |||||||| ||| ||||||||| | || ||||    
T  45478070 taaattacacctcatatcttttaaattatttaattgtaataaattgatcattaattttttttttttatcacttaggccctataagttaataagttgtaac 45477971  T
Q  346 aagtt 350  Q
    |||||    
T  45477970 aagtt 45477966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 75; Significance: 3e-34; HSPs: 26)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 50 - 223
Target Start/End: Original strand, 16840622 - 16840796
Alignment:
Q  50 accaattataaaggtggtctaccgtagaactcacgagtagagtatcga-tatccgatgacatctgatactttttctttttatatgctcaatgcattttct 148  Q
    |||| ||||||| ||||| |||  |||||||||||||||||||||| | ||||  ||||||  | |||||||||||||||||||||| | | ||||||||    
T  16840622 accacttataaaagtggtttactttagaactcacgagtagagtatcaaatatcttatgacacttaatactttttctttttatatgcttagtacattttct 16840721  T
Q  149 tttgtgctgtaacaaactttgaaaaaattataaatttaaagaaatttttgtagtttagttaagaaccatacaaaa 223  Q
    | | || | |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||    
T  16840722 tatttgttataacaaactttgaataaattatagatttaaagaaatttttgtagtttagttaaaaactataaaaaa 16840796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 385 - 516
Target Start/End: Complemental strand, 22519518 - 22519386
Alignment:
Q  385 ctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa-gttacaattaaataacttaaacgacctaag 483  Q
    ||||| |||||||| |||  || ||| ||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  22519518 ctaagttatttaaccgtagcaatttgggggatttcagatcttaaaaatgtaagttatttgggacctaaaagttacaattaaataacttaaaggacctaag 22519419  T
Q  484 tgttatgaaaaatacttacataactaacttgtt 516  Q
    ||||| |||||||||||| |  |||||||||||    
T  22519418 tgttacgaaaaatacttaaaggactaacttgtt 22519386  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 265 - 516
Target Start/End: Complemental strand, 31095377 - 31095124
Alignment:
Q  265 tttaagttatttagttgtaagaaattgatc-atttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaannn 363  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||  || | |||| || ||| ||||||| ||||||| ||||||||||||| || |||||||||  |||| |||       
T  31095377 tttaagttatttaattgtaataaatttgtccacttaaattattttcgtaccatttaggtcttttaagttaattagttgtaacaagttaatcctataagtt 31095278  T
Q  364 nnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa-gttacaatt 462  Q
        | ||||||| ||||| | |||||||||| ||  ||  || ||   |||||||||||||||||| || |||||||||  |||||||| |||||||||    
T  31095277 ttttcctaccaataaggtcatttaagctattttaccatatcaatttttaggatttcagatcttaaaaatgtaagttattcaagacctaaaagttacaatt 31095178  T
Q  463 aaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatacttacataactaacttgtt 516  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||  || |||||||| || | |||||||||    
T  31095177 aaataacttaaagaacctaagtgttacaaacaatacttaaatgattaacttgtt 31095124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 56; E-Value: 7e-23
Query Start/End: Original strand, 246 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 22519921 - 22519807
Alignment:
Q  246 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttac-gtaccacttaggtcctttaagttaattaattataa 344  Q
    |||||||||||| | |||||| || ||||||| |||||| |||||| || || ||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  22519921 taaattacaccagaggtctttaaa-ttatttaattgtaacaaattggtccttaaagtttttttccgtaccacttaggtcttttaagttaattaattataa 22519823  T
Q  345 caagttggtcctttaa 360  Q
    ||||||| ||||||||    
T  22519822 caagttgatcctttaa 22519807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 265 - 354
Target Start/End: Complemental strand, 48194483 - 48194394
Alignment:
Q  265 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtc 354  Q
    ||||||||||||| |||||| || ||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||    
T  48194483 tttaagttatttaattgtaataagttgatcatttacgtttttttcgtacctcttaggtcctttaagttatttaactgtaacaagttggtc 48194394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 386 - 516
Target Start/End: Original strand, 49291205 - 49291335
Alignment:
Q  386 taagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaagttacaattaaataacttaaacgacctaagtg 485  Q
    |||| |||||||  |||| || || ||| |||||||||||| ||| || |||||| |||||    |||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||    
T  49291205 taagttatttaatcgtaacaatttcaggaatttcagatcttcaaaatgtaagttactcgggtttaaaagttacaattaaataacttaaaagacttaaatg 49291304  T
Q  486 ttatgaaaaatacttacataactaacttgtt 516  Q
    |||| ||||||||||| || |||||||||||    
T  49291305 ttataaaaaatacttaaatgactaacttgtt 49291335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 246 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 33618010 - 33617920
Alignment:
Q  246 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaa 338  Q
    |||||||||| | | ||| ||||||||||||| |||||| |||||| || |||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  33618010 taaattacacaagaggtcatttaagttatttaattgtaataaattggtcctttaagttttt--cgtaccgcttaggtcctttaagttaattaa 33617920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 265 - 501
Target Start/End: Original strand, 20141745 - 20141983
Alignment:
Q  265 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagt-tttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaannn 363  Q
    ||||||||||||| |||||| || | | |  ||||||| |||||  ||| ||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||| || |        
T  20141745 tttaagttatttaattgtaataagtaggttctttaagtctttttttgtatcacttaggttctttatgttaattaattgtaacaagttggtctttaagttt 20141844  T
Q  364 nnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgaggg-atttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacct-aaagttacaat 461  Q
        ||||| ||||||||| | |||| |||||||| |||| || ||  ||| |||| ||||||||||| || ||||||||  || ||| ||| |||||||    
T  20141845 tattcgtactaattaggtcatttaagttatttaaccgtaataatttttgggtattttagatcttaaaaatgtaagttattatgggcctaaaaattacaat 20141944  T
Q  462 taaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 501  Q
    |||| |||||||| ||| ||||  ||| ||||||||||||    
T  20141945 taaacaacttaaa-gacttaagcattacgaaaaatactta 20141983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 265 - 353
Target Start/End: Original strand, 22889586 - 22889674
Alignment:
Q  265 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggt 353  Q
    ||||||||||||| || ||| |||||| || || |||||||||  ||||| ||| | |||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  22889586 tttaagttatttaattataataaattggtccttaaagttttttttgtaccgctttgatcctttaagttaataaattgtaacaagttggt 22889674  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 265 - 353
Target Start/End: Original strand, 22941250 - 22941338
Alignment:
Q  265 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggt 353  Q
    ||||||||||||| || ||| |||||| || || |||||||||  ||||| ||| | |||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  22941250 tttaagttatttaattataataaattggtccttaaagttttttttgtaccgctttgatcctttaagttaataaattgtaacaagttggt 22941338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 536 - 576
Target Start/End: Complemental strand, 31095132 - 31095092
Alignment:
Q  536 taacttgttataattaaataacttaaatgacgtaagtgata 576  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  31095132 taacttgttataattaaataacttaaaggacgtaagtgata 31095092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 265 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 53769861 - 53769786
Alignment:
Q  265 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaatt 340  Q
    ||||| ||||||| |||||| ||||| ||||||||||| |||| | ||||||||||||| ||||| ||| ||||||    
T  53769861 tttaaattatttaattgtaataaattaatcatttaagtatttttcataccacttaggtcttttaaattatttaatt 53769786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 244 - 350
Target Start/End: Original strand, 2323266 - 2323372
Alignment:
Q  244 gttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattata 343  Q
    ||||||||||| || ||||| ||||| ||||||| |||||| |||||   | ||||||||||||  ||||||  ||| || || ||||||||||||| ||    
T  2323266 gttaaattacatcaaaagtcctttaaattatttaattgtaacaaattagccctttaagtttttttggtaccatgtagttctttcaagttaattaattgta 2323365  T
Q  344 acaagtt 350  Q
    |||||||    
T  2323366 acaagtt 2323372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 259 - 333
Target Start/End: Complemental strand, 42676883 - 42676809
Alignment:
Q  259 aagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagtta 333  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||| || || ||| |||| ||||||| |||| |||||||||| |||||||||    
T  42676883 aagtcttttaagttaattaattgtaacaagttaatcctttatgtttttttcgtatcacttaggtcatttaagtta 42676809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 451 - 516
Target Start/End: Original strand, 51580077 - 51580140
Alignment:
Q  451 aaagttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatacttacataactaacttgtt 516  Q
    ||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||| |||||||||||| | ||||||||||||    
T  51580077 aaagttacaattaaataacgtaaa-gacctaaatgttacgaaaaatactta-agaactaacttgtt 51580140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 267 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 34013861 - 34013780
Alignment:
Q  267 taagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagtt 350  Q
    ||||||||||| |||||| ||||| |||||||||  ||||| | ||| ||||| ||||||||| |||||||| ||||| |||||    
T  34013861 taagttatttaattgtaacaaattaatcatttaa--ttttttcatactacttaagtcctttaaattaattaaatataataagtt 34013780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 270 - 345
Target Start/End: Original strand, 22519373 - 22519448
Alignment:
Q  270 gttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 345  Q
    |||||||| |||||| || ||  || ||||||| |||| |||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  22519373 gttatttaattgtaacaagttagtcctttaagtatttttcgtaacacttaggtcctttaagttatttaattgtaac 22519448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 264 - 359
Target Start/End: Complemental strand, 34717660 - 34717567
Alignment:
Q  264 ttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtccttta 359  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||  | ||||||||||||| |||| ||| || ||| ||||||||||||||||  |||||||| ||| ||||    
T  34717660 ttttaagttatttaattgtaataaatttgt-atttaagtttttt-cgtatcacctaagtcttttaagttaattaattgaaacaagtttgtctttta 34717567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 309 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 40070360 - 40070309
Alignment:
Q  309 cgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 360  Q
    |||| ||||||| || |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  40070360 cgtatcacttagatcatttaagttaattaaatataacaagttgatcctttaa 40070309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 296 - 350
Target Start/End: Original strand, 31095078 - 31095131
Alignment:
Q  296 tttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagtt 350  Q
    |||||||||||| | || |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  31095078 tttaagtttttt-catatcacttacgtcctttaagttatttaattataacaagtt 31095131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 459 - 501
Target Start/End: Original strand, 53769786 - 53769828
Alignment:
Q  459 aattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 501  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  53769786 aattaaataatttaaaagacctaagtggtatgaaaaatactta 53769828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 319 - 360
Target Start/End: Original strand, 22519313 - 22519354
Alignment:
Q  319 aggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 360  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||    
T  22519313 aggtcctttaagttagttaattataacatgctggtcctttaa 22519354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 296 - 357
Target Start/End: Original strand, 48194179 - 48194239
Alignment:
Q  296 tttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctt 357  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |  |||||||||| |||| | ||||||||||||||||    
T  48194179 tttaagtttttt-cgtaccacttacgctctttaagttacttaactgtaacaagttggtcctt 48194239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 261 - 333
Target Start/End: Complemental strand, 22519846 - 22519774
Alignment:
Q  261 gtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagtta 333  Q
    ||||||||||||| ||| || ||| || |||||| ||||||||||||  ||| || ||||||| |||||||||    
T  22519846 gtcttttaagttaattaattataacaagttgatcctttaagttttttctgtatcaattaggtcatttaagtta 22519774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 265 - 345
Target Start/End: Original strand, 31095106 - 31095186
Alignment:
Q  265 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 345  Q
    ||||||||||||| || ||| || || ||||||||||| || |  ||| ||||||||| |||||||||| |||||| ||||    
T  31095106 tttaagttatttaattataacaagttaatcatttaagtattgtttgtaacacttaggttctttaagttatttaattgtaac 31095186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 286 - 350
Target Start/End: Original strand, 55368780 - 55368844
Alignment:
Q  286 aaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagtt 350  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||| |||  |||||||| ||| ||| || ||| |||||    
T  55368780 aaattgatcatttaagtttttttcgtaccatttatatcctttaaattatttatttgtaataagtt 55368844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0591 (Bit Score: 66; Significance: 7e-29; HSPs: 1)
Name: scaffold0591
Description:

Target: scaffold0591; HSP #1
Raw Score: 66; E-Value: 7e-29
Query Start/End: Original strand, 244 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 4003 - 3866
Alignment:
Q  244 gttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattata 343  Q
    |||||||||||||| ||||| |||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||| | ||||||| |||| ||||||||||||| ||| ||    
T  4003 gttaaattacaccagaagtcatttatgttatttaattgtaataaattgatcatttaagttattttcctaccactgaggt-ctttaagttaattgattgta 3905  T
Q  344 acaagttggtcctttaannnnnnncgtaccaattaggtc 382  Q
    |||||||||||||||||       |||||||||||||||    
T  3904 acaagttggtcctttaagttttttcgtaccaattaggtc 3866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 63; Significance: 4e-27; HSPs: 20)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 63; E-Value: 4e-27
Query Start/End: Original strand, 265 - 351
Target Start/End: Complemental strand, 2277295 - 2277209
Alignment:
Q  265 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttg 351  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  2277295 tttaagttatttaattgtaacaaattgatcctttaagttttttttgtaccacttaggtcctttaagttaattaattgtaacaagttg 2277209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 264 - 344
Target Start/End: Original strand, 27532989 - 27533069
Alignment:
Q  264 ttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataa 344  Q
    |||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||    
T  27532989 ttttaagttatttaattgtaataaattgatcttttaagttttttatgtaccacttacgtcctttaagttatttaattataa 27533069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 56; E-Value: 7e-23
Query Start/End: Original strand, 281 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 37064768 - 37064689
Alignment:
Q  281 gtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 360  Q
    |||| ||||| |||| ||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37064768 gtaataaattaatcaattaagtttttttcgcaccacttaagtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 37064689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 51; E-Value: 7e-20
Query Start/End: Original strand, 246 - 348
Target Start/End: Original strand, 15907689 - 15907790
Alignment:
Q  246 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 345  Q
    |||||||||||| || || ||||||||||||| |||| | |||||| || |||||||||||| |||||||||||  | ||||||||||||||||||||||    
T  15907689 taaattacaccagaaatcctttaagttatttacttgtgataaattggtc-tttaagtttttttcgtaccacttatattctttaagttaattaattataac 15907787  T
Q  346 aag 348  Q
    |||    
T  15907788 aag 15907790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 51; E-Value: 7e-20
Query Start/End: Original strand, 246 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 15908058 - 15907944
Alignment:
Q  246 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 345  Q
    |||||||||||| || || |||||| ||||||  ||||| |||||  | ||||||||||||| | ||||||||||||  |||| ||||||||||||||||    
T  15908058 taaattacaccaaaaatcctttaagatatttaactgtaataaattagttatttaagtttttttcataccacttaggttttttaggttaattaattataac 15907959  T
Q  346 aagttggtcctttaa 360  Q
    |||||| ||||||||    
T  15907958 aagttgatcctttaa 15907944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 264 - 516
Target Start/End: Original strand, 2510015 - 2510263
Alignment:
Q  264 ttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaag-ttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaann 362  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||| |  |||| | |||||| | |||||||||||||    |||||||||||||  ||||| ||| ||||||||      
T  2510015 ttttaagttatttaattgtaataaattggt--tttatgttttttttcataccacttaggtc----aagttaattaattgcaacaaattgttcctttaagt 2510108  T
Q  363 nnnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcg-ggacctaaagttacaat 461  Q
         ||||| |||||| |||| |||| || |||| || || || ||||| ||||||| || |||||| || |||||||||| || |  ||| ||||| |    
T  2510109 ttttccgtacaaattagatcctttaagttacttaattgcaacaatttgagagatttcatattttaaaaatgtaagttattcgtggtctaaaaattacact 2510208  T
Q  462 taaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatacttacataactaacttgtt 516  Q
    ||||||||||||| || ||||||||||  ||||||| ||| | ||||||||||||    
T  2510209 taaataacttaaaggagctaagtgttacaaaaaataattaaagaactaacttgtt 2510263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 246 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 12807748 - 12807666
Alignment:
Q  246 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtccttta 328  Q
    |||||||||||| |  |||||||||||||||| |||| | ||||||||  ||||| |||||||| ||||||||||||||||||    
T  12807748 taaattacaccagagatcttttaagttatttaattgttataaattgattttttaaattttttacataccacttaggtccttta 12807666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 386 - 516
Target Start/End: Complemental strand, 3807000 - 3806871
Alignment:
Q  386 taagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaagttacaattaaataacttaaacgacctaagtg 485  Q
    |||| ||||||||||||| || |||||  |||||| ||||||||| || |||||| || || |  ||| ||| |||||||||| | ||| ||||||||||    
T  3807000 taagttatttaactgtaacaa-ttgagatatttcatatcttaaaaatgtaagttactcagggctaaaaattataattaaataattaaaaggacctaagtg 3806902  T
Q  486 ttatgaaaaatacttacataactaacttgtt 516  Q
     || |||||||||||| || |||||||||||    
T  3806901 ctacgaaaaatacttaaatgactaacttgtt 3806871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 531 - 576
Target Start/End: Complemental strand, 18080645 - 18080600
Alignment:
Q  531 ataactaacttgttataattaaataacttaaatgacgtaagtgata 576  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18080645 ataactaacttattacaattaaataacttaaatgacgtaagtgata 18080600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 261 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 32566969 - 32566875
Alignment:
Q  261 gtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctt 357  Q
    ||||||||||||||||  || ||||||||||||| |||| |  ||||| |||| | ||||||| |||||||| ||||||| ||||||| | ||||||    
T  32566969 gtcttttaagttattttattataagaaattgatcctttagg--ttttatgtactatttaggtcatttaagtttattaattgtaacaagctagtcctt 32566875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 263 - 351
Target Start/End: Complemental strand, 2967794 - 2967707
Alignment:
Q  263 cttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttg 351  Q
    ||||||||||||||| |  ||| |||||| |  |||||||||||| | | | |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  2967794 cttttaagttatttaatcctaacaaattgttt-tttaagtttttttccttctacttagatcctttaaattaattaattataacaagttg 2967707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 265 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 3807091 - 3806998
Alignment:
Q  265 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 360  Q
    ||||| ||||||| | |||| |||||| || | |||||||||||  ||| ||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||| || ||||||    
T  3807091 tttaaattatttaatagtaacaaattggtcctctaagtttttta--tacaacttatgtcttttaagttaattaattttaacaagttagtactttaa 3806998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 369 - 501
Target Start/End: Original strand, 12189869 - 12190002
Alignment:
Q  369 gtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattga-gggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacct-aaagttacaattaaat 466  Q
    |||||||||||||| | |||| ||||||||||| | ||||| | || |||||||||||| |||  | ||| |||| |||  || ||||||||||||||||    
T  12189869 gtaccaattaggtcatttaagttatttaactgt-acaaattaacggaatttcagatcttgaaaacgtaagatattaggggtctaaaagttacaattaaat 12189967  T
Q  467 aacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 501  Q
    || |||||  ||||||||||||   ||||||||||    
T  12189968 aaattaaagaacctaagtgttacagaaaatactta 12190002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 369 - 501
Target Start/End: Original strand, 12434297 - 12434430
Alignment:
Q  369 gtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattga-gggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacct-aaagttacaattaaat 466  Q
    |||||||||||||| | |||| ||||||||||| | ||||| | || |||||||||||| |||  | ||| |||| |||  || ||||||||||||||||    
T  12434297 gtaccaattaggtcatttaagttatttaactgt-acaaattaacggaatttcagatcttgaaaacgtaagatattaggggtctaaaagttacaattaaat 12434395  T
Q  467 aacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 501  Q
    || |||||  ||||||||||||   ||||||||||    
T  12434396 aaattaaagaacctaagtgttacagaaaatactta 12434430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 281 - 351
Target Start/End: Complemental strand, 45445210 - 45445141
Alignment:
Q  281 gtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttg 351  Q
    |||| |||||| || |||||||||||| ||||||| ||||||||| ||| ||| ||||| |||||||||||    
T  45445210 gtaataaattggtcgtttaagtttttt-cgtaccaattaggtcctgtaaattatttaatcataacaagttg 45445141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 242 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 41216 - 41123
Alignment:
Q  242 atgttaaattacaccataag-tcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaa 334  Q
    ||||||||||||||||  || || ||||| ||||||| |||||| |||||  || ||||||||||||  |||||||||| ||  ||||||||||    
T  41216 atgttaaattacaccaagagatcctttaaattatttaattgtaacaaattagtcctttaagttttttgtgtaccacttatgttatttaagttaa 41123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 451 - 515
Target Start/End: Complemental strand, 8453163 - 8453098
Alignment:
Q  451 aaagttacaattaaataacttaaacg-acctaagtgttatgaaaaatacttacataactaacttgt 515  Q
    ||||||||||| |||||||||||| | |  |||||||||||| ||||||||| || ||||||||||    
T  8453163 aaagttacaatcaaataacttaaaaggatgtaagtgttatgagaaatacttaaatgactaacttgt 8453098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 293 - 338
Target Start/End: Original strand, 32566724 - 32566769
Alignment:
Q  293 tcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaa 338  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||| ||||    
T  32566724 tcatttaagtttttttcgtgccacttaagtcctttaagttatttaa 32566769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #19
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 268 - 344
Target Start/End: Original strand, 3806856 - 3806932
Alignment:
Q  268 aagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataa 344  Q
    ||||||||||  ||||| || ||  |||||||||| |||| |||| |||||||||||||| | ||| ||||||||||    
T  3806856 aagttatttaactgtaacaagttagtcatttaagtatttttcgtagcacttaggtccttttaattatttaattataa 3806932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #20
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 380 - 495
Target Start/End: Original strand, 32566752 - 32566867
Alignment:
Q  380 gtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa-gttacaattaaataacttaaacgac 478  Q
    ||||| |||| |||||||| |||| || ||  | ||||||| ||||||||| |  |||||||||| |||||||| ||| ||||| |||||| |||| ||     
T  32566752 gtcctttaagttatttaaccgtaacaatttaggagatttcaaatcttaaaa-tataagttattcgagacctaaaagtttcaattcaataacgtaaaagat 32566850  T
Q  479 ctaagtgttatgaaaaa 495  Q
     ||||||||||||||||    
T  32566851 gtaagtgttatgaaaaa 32566867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 59; Significance: 1e-24; HSPs: 23)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 265 - 501
Target Start/End: Original strand, 363615 - 363853
Alignment:
Q  265 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagt-tttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaannn 363  Q
    ||||||||||||| |||||| |||| | |  ||||||| |||||  ||| ||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||       
T  363615 tttaagttatttaattgtaataaataggttctttaagtctttttttgtatcacttaggttctttatgttaattaattgtaacaagttggtc-tttaagtt 363713  T
Q  364 nnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgaggg-atttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa-gttacaat 461  Q
        ||||| ||||||||| | |||| |||||||| |||| || ||  ||| |||| ||||||||||| || ||||||||| || |||||| ||||||||    
T  363714 ttttcgtactaattaggtcatttaagttatttaaccgtaacaatttttgggtattttagatcttaaaaatgtaagttattctgggcctaaaagttacaat 363813  T
Q  462 taaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 501  Q
    |||| |||||||| ||| ||||  ||| ||||||||||||    
T  363814 taaacaacttaaatgacttaagcattacgaaaaatactta 363853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 266 - 501
Target Start/End: Complemental strand, 47726693 - 47726457
Alignment:
Q  266 ttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaannnnn 365  Q
    |||||||||||  |||||| |||||| | ||||||||||||| | || |||||||||| |||||||||||||  |  |||||| |||||||||||         
T  47726693 ttaagttattttattgtaataaattggt-atttaagtttttttcatatcacttaggtcatttaagttaattagctcgaacaagatggtcctttaagtttt 47726595  T
Q  366 nnc-gtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa-gttacaatta 463  Q
        |||||||  ||||||| |  | ||||| ||  ||| || |||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  47726594 tcttgtaccaacaaggtcctttgtgttattttaccttaacaatttgaggaatttcatatcttaaaaatgcaagttattcgggatctaaaagttacaatta 47726495  T
Q  464 aataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 501  Q
    |||||||||||  ||||||||||||  || ||||||||    
T  47726494 aataacttaaagcacctaagtgttacaaacaatactta 47726457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 266 - 501
Target Start/End: Complemental strand, 47747999 - 47747763
Alignment:
Q  266 ttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaannnnn 365  Q
    |||||||||||  |||||| |||||| | ||||||||||||| | || |||||||||| |||||||||||||  |  |||||| |||||||||||         
T  47747999 ttaagttattttattgtaataaattggt-atttaagtttttttcatatcacttaggtcatttaagttaattagctcgaacaagatggtcctttaagtttt 47747901  T
Q  366 nnc-gtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa-gttacaatta 463  Q
        |||||||  ||||||| |  | ||||| ||  ||| || |||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  47747900 tcttgtaccaacaaggtcctttgtgttattttaccttaacaatttgaggaatttcatatcttaaaaatgcaagttattcgggatctaaaagttacaatta 47747801  T
Q  464 aataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 501  Q
    |||||||||||  ||||||||||||  || ||||||||    
T  47747800 aataacttaaagcacctaagtgttacaaacaatactta 47747763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 264 - 357
Target Start/End: Original strand, 16554303 - 16554396
Alignment:
Q  264 ttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctt 357  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||| || ||||||||||||  |||||||||| ||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  16554303 ttttaagttatttaattgtaataaattggtcctttaagtttttttggtaccacttaagtcatttaagttaatcaattgtaacaagttggtcctt 16554396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 370 - 500
Target Start/End: Original strand, 29954870 - 29955000
Alignment:
Q  370 taccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattc-gggacctaaagttacaattaaataa 468  Q
    ||||||||||||||| |||| |||||||| |||| || |||  | |||||| ||||||||| || ||||||||| |||||  ||||||||||||||||||    
T  29954870 taccaattaggtcctttaagttatttaaccgtaataatttggagaatttcatatcttaaaaatgtaagttattctgggactaaaagttacaattaaataa 29954969  T
Q  469 cttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactt 500  Q
    |||||| |||||||||| || | |||||||||    
T  29954970 cttaaa-gacctaagtggtacggaaaatactt 29955000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 265 - 354
Target Start/End: Original strand, 18470189 - 18470279
Alignment:
Q  265 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagtttttta-cgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtc 354  Q
    ||||||||||||| |||||| || ||||||||||| |||||||  |||||| |||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||    
T  18470189 tttaagttatttaattgtaataagttgatcatttacgttttttttcgtacctcttaggtcctttaagttatttaactgtaacaagttggtc 18470279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 265 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 802346 - 802251
Alignment:
Q  265 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 360  Q
    |||||||||||||  ||||| |||||| || |||||  ||||| |||||||||||  |||||| | |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  802346 tttaagttatttaaatgtaataaattggtcctttaaacttttttcgtaccacttatatcctttgaattaattaattgtaacaagttggtcctttaa 802251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 246 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 12656474 - 12656368
Alignment:
Q  246 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 345  Q
    |||||||||||  ||||| ||||||||||||| |||||| | ||||||  ||||| |||||| |||||||||||   |||||||||||||||||| |||     
T  12656474 taaattacaccgaaagtcctttaagttatttaattgtaacatattgattttttaaatttttt-cgtaccacttaaaccctttaagttaattaattgtaat 12656376  T
Q  346 aagttggt 353  Q
    ||||||||    
T  12656375 aagttggt 12656368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 265 - 351
Target Start/End: Original strand, 16026108 - 16026194
Alignment:
Q  265 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttg 351  Q
    ||||||||||||| |||||| || || ||||||||  |||||| |||||| |||||||||||||||||| |||| | ||| ||||||    
T  16026108 tttaagttatttaattgtaataagttaatcatttacatttttttcgtacctcttaggtcctttaagttatttaactgtaataagttg 16026194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 244 - 440
Target Start/End: Complemental strand, 11017075 - 11016877
Alignment:
Q  244 gttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcat-ttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattat 342  Q
    |||||||||||| ||| ||| ||||||||||||| || ||| ||||| ||| | |||  |||||| | || |||||||||  ||||||||| |||||| |    
T  11017075 gttaaattacactatatgtcctttaagttatttaattataataaattaatcttcttattttttttgcatatcacttaggtgttttaagttatttaattgt 11016976  T
Q  343 aacaagttggtcctttaa--nnnnnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagtta 440  Q
    ||||||||| | ||||||         ||| ||||||||||||| ||| ||||||||| |||| || ||||| ||||| | ||||||||| || ||||||    
T  11016975 aacaagttgat-ctttaagttgtttttcgttccaattaggtcctttaaactatttaaccgtaacaatttgagagatttaaaatcttaaaaatgtaagtta 11016877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 435 - 501
Target Start/End: Complemental strand, 26706274 - 26706207
Alignment:
Q  435 aagttattcgggacctaaa-gttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 501  Q
    |||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||| ||||||    
T  26706274 aagttattcgaggcctaaaagttacaattaaataacttaaagaacctaagtgttacgaaaactactta 26706207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 265 - 360
Target Start/End: Original strand, 46530163 - 46530258
Alignment:
Q  265 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 360  Q
    ||||||||||||| |||| | ||| || |  ||||| | |||| || |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| | |||||||    
T  46530163 tttaagttatttaattgtcacaaactggttctttaattctttttcgcaccacttaggtcttttaagttaattaattgtaacaagtttgccctttaa 46530258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 296 - 353
Target Start/End: Original strand, 48130213 - 48130268
Alignment:
Q  296 tttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggt 353  Q
    ||||||||||||  ||||||||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  48130213 tttaagtttttt--gtaccacttagatcatttaagttaattaattgtaacaagttggt 48130268  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 259 - 348
Target Start/End: Complemental strand, 48130516 - 48130428
Alignment:
Q  259 aagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaag 348  Q
    ||||| ||||| ||||||| |||||| |||||||| ||||||||||| |   ||||| ||||||| ||||||||||||| || |||||||    
T  48130516 aagtcctttaaattatttaattgtaataaattgattatttaagttttct-tttaccatttaggtcttttaagttaattacttgtaacaag 48130428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 246 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 363906 - 363806
Alignment:
Q  246 taaattacaccataagt-cttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataa 344  Q
    |||||||||||| | || ||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||| |||| ||||   |||| ||| ||||||||  |||||| |||    
T  363906 taaattacaccagatgttcttttaagttatttaattgtaagaaatttgtcatttaagtatttttcgtaatgcttaagtcatttaagttgtttaattgtaa 363807  T
Q  345 c 345  Q
    |    
T  363806 c 363806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 281 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 26706432 - 26706353
Alignment:
Q  281 gtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtccttt-aagttaattaattataacaagttggtcctttaa 360  Q
    |||| ||||||||  |||||||||||| |||| || ||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  26706432 gtaataaattgattctttaagtttttt-cgtatcatttaagtccttttaagttaattaattattacaagtttgtcctttaa 26706353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 246 - 348
Target Start/End: Complemental strand, 46530517 - 46530411
Alignment:
Q  246 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatc-atttaag---ttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaatta 341  Q
    |||||||||||| | ||| ||| ||||||||| |||||| |||||| ||  ||||||   |||||| ||||||||| | ||| ||||||||||||||||     
T  46530517 taaattacaccagatgtcattttagttatttatttgtaacaaattgctctttttaagttttttttttcgtaccactcacgtcatttaagttaattaattg 46530418  T
Q  342 taacaag 348  Q
    |||||||    
T  46530417 taacaag 46530411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 158 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 2125168 - 2125101
Alignment:
Q  158 taacaaactttgaaaaaattataaatttaaagaaatttttgt-agtttagttaagaaccatacaaaaa 224  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||  | || | |||||||||||||||||| ||||    
T  2125168 taacaaactttgagaaaattataaatttaaaaaaatcatggtgaatttagttaagaaccatacgaaaa 2125101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 455 - 501
Target Start/End: Original strand, 18470384 - 18470430
Alignment:
Q  455 ttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 501  Q
    |||||||||||||||||||| || ||||||  |||||||||||||||    
T  18470384 ttacaattaaataacttaaaggatctaagttgtatgaaaaatactta 18470430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 296 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 16026406 - 16026346
Alignment:
Q  296 tttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctt 357  Q
    |||||||||||| ||||| ||||| |  |||||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  16026406 tttaagtttttt-cgtacaacttacgctctttaagttacttaattgtaacaagttggtcctt 16026346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 296 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 18470495 - 18470439
Alignment:
Q  296 tttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggt 353  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |  |||||||||| |||||| ||||||||||||    
T  18470495 tttaagtttttt-cgtaccacttacgctctttaagttacttaattgtaacaagttggt 18470439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #22
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 368 - 516
Target Start/End: Complemental strand, 47600648 - 47600499
Alignment:
Q  368 cgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa-gttacaattaaat 466  Q
    |||||||||| |||| | |||| |||||||  |||| |  ||| || ||||||||| |||||| |  |||| ||| ||| |||||| ||||||||||||     
T  47600648 cgtaccaatttggtcatttaagttatttaatcgtaaaagtttgtggtatttcagatgttaaaaattgaagtaatttgggtcctaaaagttacaattaaac 47600549  T
Q  467 aacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatacttacataactaacttgtt 516  Q
    ||||  || ||||||||  ||| |||||||||||| || ||||| |||||    
T  47600548 aactcgaaagacctaagcattacgaaaaatacttaaatgactaatttgtt 47600499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #23
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 244 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 23808199 - 23808083
Alignment:
Q  244 gttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattata 343  Q
    ||||||||||| || |  ||||||||||| |||| |||||| |||||  || ||| |||||||  | || || |||||||  |||||||| |||||| ||    
T  23808199 gttaaattacatcaaagatcttttaagttgtttaattgtaataaattattctttttagtttttctcatatcagttaggtctattaagttatttaattgta 23808100  T
Q  344 acaagttggtcctttaa 360  Q
    | ||||||||| |||||    
T  23808099 ataagttggtcatttaa 23808083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 53; Significance: 4e-21; HSPs: 12)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 269 - 504
Target Start/End: Original strand, 30534432 - 30534666
Alignment:
Q  269 agttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttac-gtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaannnnnnn 367  Q
    ||||||||| |||||| |||||| || ||||||||||||   ||||| |||||||| |||| ||||||||||| ||| |||||| || || |            
T  30534432 agttatttaattgtaa-aaattggtcttttaagtttttttttgtaccgcttaggtc-tttatgttaattaattgtaaaaagttgctctttaagttttttc 30534529  T
Q  368 cgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggaccta-aagttacaattaaat 466  Q
    |||||||| ||| || | |||| ||||||||||||| || |||||   ||| ||||||||||| || |||||||| ||| |||| |||||||||||||||    
T  30534530 cgtaccaactagctctt-taagttatttaactgtaacaatttgagatgttttagatcttaaaaatgtaagttatttggggcctacaagttacaattaaat 30534628  T
Q  467 aacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatacttacat 504  Q
    || ||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  30534629 aatttaaaagacctaagtcttacgaaaaatacttacat 30534666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 51; E-Value: 7e-20
Query Start/End: Original strand, 265 - 501
Target Start/End: Complemental strand, 51265984 - 51265744
Alignment:
Q  265 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagtttttta-cgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa--- 360  Q
    ||||||||||||| |||||| || ||||||||||| |||||||  |||||| ||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||  ||||       
T  51265984 tttaagttatttaattgtaataagttgatcatttacgttttttttcgtacctcttagatcctttaagttatttaactataacaagttggtctgttaagtt 51265885  T
Q  361 nnnnnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacct-aaagttaca 459  Q
           |||| || ||| ||| | |||| |||||||| |||| || ||||| ||||||||||||||||| |  ||||| |||  | | | ||| |||||    
T  51265884 tttttcccgtatcactta-gtcttttaagttatttaaccgtaacaatttgagagatttcagatcttaaaaatttaagtttttcaaggcttgaaatttaca 51265786  T
Q  460 attaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 501  Q
    ||||||||||||||| || ||||||  |||||||||||||||    
T  51265785 attaaataacttaaaggatctaagttgtatgaaaaatactta 51265744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 296 - 453
Target Start/End: Original strand, 44291025 - 44291182
Alignment:
Q  296 tttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa-nnnnnnncgtaccaattaggtcctctaagctatt 394  Q
    |||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||| || ||||||||||| | |||||        ||||||||  |||| || |||| ||||    
T  44291025 tttaagtttttttcgtaccacttaagtcatttaagttaattagttgtaacaagttggccttttaagttttttccgtaccaacaaggt-ctttaagttatt 44291123  T
Q  395 taactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa 453  Q
    |||| |||| || ||  ||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||    
T  44291124 taaccgtaacaattttggggattttagatcttaaaaatgtaagttattcgggacctaaa 44291182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 264 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 44291509 - 44291413
Alignment:
Q  264 ttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 360  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||| || | ||| ||||||  ||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||    
T  44291509 ttttaagttatttaattgtaacaaattggtcctctaaatttttttagtatcacttatgtcctttaagttatttaattgtaacaagttagtcctttaa 44291413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 246 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 48200471 - 48200367
Alignment:
Q  246 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 345  Q
    |||||||||| | || |||||||| ||||||| ||||||  |||||||||||||| |||||| |||||| |||| ||| ||||| |||||| ||| |||     
T  48200471 taaattacactagaaatcttttaacttatttaattgtaaagaattgatcatttaattttttttcgtaccgcttaagtcttttaaattaattgattgtaat 48200372  T
Q  346 aagtt 350  Q
    |||||    
T  48200371 aagtt 48200367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 246 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 33291676 - 33291582
Alignment:
Q  246 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaatt 340  Q
    ||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||| |||||  |  |||||  |||||   ||||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  33291676 taaattacaacataagtcctttaagttatttaattgtaacaaattagtactttaaactttttttataccacttatgtcatttaagttaattaatt 33291582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 296 - 357
Target Start/End: Original strand, 51265679 - 51265739
Alignment:
Q  296 tttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctt 357  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |  |||||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  51265679 tttaagtttttt-cgtaccacttacgctctttaagttacttaattgtaacaagttggtcctt 51265739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 534 - 577
Target Start/End: Original strand, 44291420 - 44291463
Alignment:
Q  534 actaacttgttataattaaataacttaaatgacgtaagtgatac 577  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  44291420 actaacttgttacaattaaataacttaaaggacataagtgatac 44291463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 435 - 501
Target Start/End: Complemental strand, 50898948 - 50898882
Alignment:
Q  435 aagttattcgggacctaaa-gttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 501  Q
    |||||||||| ||| |||| |||||||||||| ||||||||  |||||||||||| ||||||||||||    
T  50898948 aagttattcgagacgtaaaagttacaattaaacaacttaaat-acctaagtgttacgaaaaatactta 50898882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 246 - 347
Target Start/End: Complemental strand, 1662357 - 1662257
Alignment:
Q  246 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 345  Q
    ||||||||| || | ||| |||||  |||||| ||| || ||||||||| ||||||||||||   |||||||||| ||| ||| ||||||||||| ||||    
T  1662357 taaattacatcagaggtcctttaaagtatttaattgcaataaattgatcttttaagtttttt-tataccacttagatccattatgttaattaattgtaac 1662259  T
Q  346 aa 347  Q
    ||    
T  1662258 aa 1662257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 324 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 9343251 - 9343215
Alignment:
Q  324 ctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 360  Q
    |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  9343251 ctttaagttatttaattataataagttggtcctttaa 9343215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 246 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 14747167 - 14747077
Alignment:
Q  246 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaa 338  Q
    |||||||||| | ||||||||||| ||||||| |||||| || |||||  ||||||||||||   ||||||||||||| |||| |||| ||||    
T  14747167 taaattacacaaaaagtcttttaatttatttaattgtaacaatttgat-ttttaagtttttt-tttaccacttaggtcatttatgttatttaa 14747077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University