View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21471_low_8 (Length: 250)

Name: NF21471_low_8
Description: NF21471
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21471_low_8
NF21471_low_8
[»] chr8 (16 HSPs)
chr8 (6-250)||(25476315-25476559)
chr8 (7-237)||(25647667-25647897)
chr8 (7-237)||(25800933-25801163)
chr8 (7-237)||(25696015-25696245)
chr8 (7-237)||(25311654-25311884)
chr8 (7-237)||(25323311-25323541)
chr8 (7-237)||(25341635-25341865)
chr8 (7-246)||(25715848-25716087)
chr8 (7-237)||(25453637-25453867)
chr8 (7-237)||(25605292-25605522)
chr8 (7-247)||(22899975-22900215)
chr8 (7-233)||(25686305-25686531)
chr8 (22-223)||(23258862-23259060)
chr8 (22-200)||(25570556-25570731)
chr8 (22-182)||(24874690-24874847)
chr8 (7-50)||(24912446-24912489)
[»] scaffold0070 (2 HSPs)
scaffold0070 (6-247)||(49730-49968)
scaffold0070 (7-237)||(16219-16449)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (27-169)||(5118969-5119108)
chr2 (7-168)||(5101411-5101569)
chr2 (29-66)||(5080427-5080464)
[»] scaffold0830 (1 HSPs)
scaffold0830 (28-188)||(3757-3914)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (17-126)||(10324512-10324621)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (27-103)||(14412736-14412812)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (29-105)||(16885749-16885828)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 221; Significance: 1e-122; HSPs: 16)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 221; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 6 - 250
Target Start/End: Original strand, 25476315 - 25476559
Alignment:
Q  6 gtccaagaatattacactcattgaatccattagttgcttgcacaagttcataataggaaattcttcttagagctcctaaagttgataaactcctttcaag 105  Q
    ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  25476315 gtccaagtaaattacactcattgaatccattagttgcttgcacaagttcataataggaaattcttcttagagctcctaaagttgataaacccctttcaag 25476414  T
Q  106 aatattttgaatctttttccttttattatgctttgaaagtatgatgcatgcaacaaccaaaatggttgacacaactaagggaatgatgcatttgaataac 205  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25476415 agtattttgaatctttttccttttattatgctttaaaagtatgatgcatgcaacaaccaaaatggttgacacaactaagggaatgatgcatttgaataac 25476514  T
Q  206 aacttctttcccattgaccattttttaacttgttcatcacacgga 250  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  25476515 aacttctttcccattgaccattttttaacttgttcaccacacgga 25476559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 7 - 237
Target Start/End: Original strand, 25647667 - 25647897
Alignment:
Q  7 tccaagaatattacactcattgaatccattagttgcttgcacaagttcataataggaaattcttcttagagctcctaaagttgataaactcctttcaaga 106  Q
    |||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  25647667 tccaaggaaattactctcattgaatccattagttgcttgcacaagttcataataggatattcttcttggagctcctaaagttgacaaacccctttcaaga 25647766  T
Q  107 atattttgaatctttttccttttattatgctttgaaagtatgatgcatgcaacaaccaaaatggttgacacaactaagggaatgatgcatttgaataaca 206  Q
     || ||| | || |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||  |||||||||||||  |    
T  25647767 gtagtttcattcattttccttttattatgttttaaaagtatgatgcatgcaacaaccaaaatgactgacacaactatgggaagtatgcatttgaatataa 25647866  T
Q  207 acttctttcccattgaccattttttaacttg 237  Q
     ||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  25647867 gctttttttccattgaccattttttaacttg 25647897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 131; E-Value: 5e-68
Query Start/End: Original strand, 7 - 237
Target Start/End: Original strand, 25800933 - 25801163
Alignment:
Q  7 tccaagaatattacactcattgaatccattagttgcttgcacaagttcataataggaaattcttcttagagctcctaaagttgataaactcctttcaaga 106  Q
    |||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  25800933 tccaaggaaattactctcattgaatccattagttgcttgcacaagttcataatacgatattcttcttggagctcctaaagttgacaaacccctttcaaga 25801032  T
Q  107 atattttgaatctttttccttttattatgctttgaaagtatgatgcatgcaacaaccaaaatggttgacacaactaagggaatgatgcatttgaataaca 206  Q
     || ||| | ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||| |||||  |||||||||||||  |    
T  25801033 gtagtttcattctttttccttttattatgttttaaaagtatgatgcacgcaacaaccaaaatgactgacacaactatgggaagtatgcatttgaatataa 25801132  T
Q  207 acttctttcccattgaccattttttaacttg 237  Q
     ||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  25801133 gctttttttccattgaccattttttaacttg 25801163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 7 - 237
Target Start/End: Original strand, 25696015 - 25696245
Alignment:
Q  7 tccaagaatattacactcattgaatccattagttgcttgcacaagttcataataggaaattcttcttagagctcctaaagttgataaactcctttcaaga 106  Q
    |||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||| |||| ||||||||||    
T  25696015 tccaaggaaattactctcattgaatccattagttgcttgcacaagttcataataggatattcttcttggagctcccaaagttgacaaacccctttcaaga 25696114  T
Q  107 atattttgaatctttttccttttattatgctttgaaagtatgatgcatgcaacaaccaaaatggttgacacaactaagggaatgatgcatttgaataaca 206  Q
     |||||| | ||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||||  |||||||| ||||  |    
T  25696115 gtattttcattctttctccttttattatgttttaaaagtatgatgcacgcaacaaccaaaatggctgacacaactatgggaagtatgcatttcaatataa 25696214  T
Q  207 acttctttcccattgaccattttttaacttg 237  Q
     ||| ||| ||||||||||||| ||||||||    
T  25696215 gctttttttccattgaccatttcttaacttg 25696245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 119; E-Value: 7e-61
Query Start/End: Original strand, 7 - 237
Target Start/End: Original strand, 25311654 - 25311884
Alignment:
Q  7 tccaagaatattacactcattgaatccattagttgcttgcacaagttcataataggaaattcttcttagagctcctaaagttgataaactcctttcaaga 106  Q
    |||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||| |||| ||||||||||    
T  25311654 tccaaggaaattactctcattgaatccattagttgcttgcacaatttcataataggatattcttcttggagctcccaaagttgacaaacccctttcaaga 25311753  T
Q  107 atattttgaatctttttccttttattatgctttgaaagtatgatgcatgcaacaaccaaaatggttgacacaactaagggaatgatgcatttgaataaca 206  Q
      | |||   ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||||  |||||||| ||||  |    
T  25311754 gaagttttgttctttttccttttattatgctttaaaagtatgatgcacgcaacaaccaaaatggatgacacaactatgggaagtatgcatttcaatataa 25311853  T
Q  207 acttctttcccattgaccattttttaacttg 237  Q
     ||| ||| ||||||||||||| ||||||||    
T  25311854 gctttttttccattgaccatttcttaacttg 25311884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 119; E-Value: 7e-61
Query Start/End: Original strand, 7 - 237
Target Start/End: Original strand, 25323311 - 25323541
Alignment:
Q  7 tccaagaatattacactcattgaatccattagttgcttgcacaagttcataataggaaattcttcttagagctcctaaagttgataaactcctttcaaga 106  Q
    |||||| | ||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  25323311 tccaaggaaattactctcatttaatccattagttgcttgcaaaagttcataatatgatattcttcttggagctcctaaagttgacaaacccctttcaaga 25323410  T
Q  107 atattttgaatctttttccttttattatgctttgaaagtatgatgcatgcaacaaccaaaatggttgacacaactaagggaatgatgcatttgaataaca 206  Q
     |||||| | ||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||  |||||||| ||||  |    
T  25323411 gtattttcattctttctccttttattatgttttaaaagtatgatgcatgcaacaaccaaaatggctgacacaactatgggaagtatgcatttcaatataa 25323510  T
Q  207 acttctttcccattgaccattttttaacttg 237  Q
     ||| ||| |||| |||||||| ||||||||    
T  25323511 gctttttttccatggaccatttcttaacttg 25323541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 119; E-Value: 7e-61
Query Start/End: Original strand, 7 - 237
Target Start/End: Original strand, 25341635 - 25341865
Alignment:
Q  7 tccaagaatattacactcattgaatccattagttgcttgcacaagttcataataggaaattcttcttagagctcctaaagttgataaactcctttcaaga 106  Q
    |||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||| |||| ||||||||||    
T  25341635 tccaaggaaattactctcattgaatccattagttgcttgcacaatttcataataggatattcttcttggagctcccaaagttgacaaacccctttcaaga 25341734  T
Q  107 atattttgaatctttttccttttattatgctttgaaagtatgatgcatgcaacaaccaaaatggttgacacaactaagggaatgatgcatttgaataaca 206  Q
      | |||   ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||||  |||||||| ||||  |    
T  25341735 gaagttttgttctttttccttttattatgctttaaaagtatgatgcacgcaacaaccaaaatggatgacacaactatgggaagtatgcatttcaatataa 25341834  T
Q  207 acttctttcccattgaccattttttaacttg 237  Q
     ||| ||| ||||||||||||| ||||||||    
T  25341835 gctttttttccattgaccatttcttaacttg 25341865  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 108; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 7 - 246
Target Start/End: Original strand, 25715848 - 25716087
Alignment:
Q  7 tccaagaatattacactcattgaatccattagttgcttgcacaagttcataataggaaattcttcttagagctcctaaagttgataaactcctttcaaga 106  Q
    |||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  25715848 tccaaggaaattactctcattgaatccattagttgcttgcacaatttcataataggatattcttcttggagctcctaaagttgaaaaacccctttcaaga 25715947  T
Q  107 atattttgaatctttttccttttattatgctttgaaagtatgatgcatgcaacaaccaaaatggttgacacaactaagggaatgatgcatttgaataaca 206  Q
     || |||   ||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||| ||||| |  |||||||||||  ||||  |||||||| ||||  |    
T  25715948 gtagtttcgttctttttccctttattatgttttaaaagtatgatgcacgcaacaatcaaaacgactgacacaactataggaagtatgcatttcaatataa 25716047  T
Q  207 acttctttcccattgaccattttttaacttgttcatcaca 246  Q
     ||| ||| |||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  25716048 gctttttttccattgaccattttttaacttgcttatcaca 25716087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 7 - 237
Target Start/End: Original strand, 25453637 - 25453867
Alignment:
Q  7 tccaagaatattacactcattgaatccattagttgcttgcacaagttcataataggaaattcttcttagagctcctaaagttgataaactcctttcaaga 106  Q
    |||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||| ||| |||||||| |||| ||||||||||    
T  25453637 tccaaggaaattactctcattgaatccattagttgcttgcaaaagttcataataggatattcttcttggagttcccaaagttgacaaacccctttcaaga 25453736  T
Q  107 atattttgaatctttttccttttattatgctttgaaagtatgatgcatgcaacaaccaaaatggttgacacaactaagggaatgatgcatttgaataaca 206  Q
      | |||   ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||| || ||  |||||||| ||||  |    
T  25453737 gaagtttcgttctttttccttttattatgctttaaaagtatgatgcacgcaacaaccaaaatggccgacacaactatggaaagtatgcatttcaatataa 25453836  T
Q  207 acttctttcccattgaccattttttaacttg 237  Q
      || ||| ||||||||||||| ||||||||    
T  25453837 gttttttttccattgaccatttcttaacttg 25453867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 7 - 237
Target Start/End: Original strand, 25605292 - 25605522
Alignment:
Q  7 tccaagaatattacactcattgaatccattagttgcttgcacaagttcataataggaaattcttcttagagctcctaaagttgataaactcctttcaaga 106  Q
    |||||| | ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||| ||||||| |||||||| |||| |||| |||||    
T  25605292 tccaaggaaattactctcattgaatccatttgttgcttgcacaagttcataatatgatattcttcttggagctcccaaagttgacaaaccccttccaaga 25605391  T
Q  107 atattttgaatctttttccttttattatgctttgaaagtatgatgcatgcaacaaccaaaatggttgacacaactaagggaatgatgcatttgaataaca 206  Q
     |||||| | ||||| || |||||||||| ||| ||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||||  ||| |||| ||||  |    
T  25605392 gtattttcattctttctcgttttattatgttttaaaactatgatgcaagcaacaaccaaaatggctgacacaactatgggaagtatgtatttcaatataa 25605491  T
Q  207 acttctttcccattgaccattttttaacttg 237  Q
     ||| ||| ||||||||||||| ||||||||    
T  25605492 gctttttttccattgaccatttcttaacttg 25605522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 97; E-Value: 9e-48
Query Start/End: Original strand, 7 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 22900215 - 22899975
Alignment:
Q  7 tccaagaatattacactcattgaatccattagttgcttgcacaagttcataataggaaattcttcttagagctcctaaagttgataaactcctttcaaga 106  Q
    |||||| | ||||| |||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||| | |||||||||| | |||||||||    
T  22900215 tccaagcaaattactctcattaaatccatttgttgcttgcacaagctcataataagaaattcttcttggagctccaagagttgataaatttctttcaaga 22900116  T
Q  107 atattttgaatctttttccttttattatgctttgaaagtatgatgcatgcaacaaccaaaatggttgacacaactaagggaatgatgcatttgaataaca 206  Q
     |||||| || | |||||||||||||| | |||  |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||  |||||||||| ||| |    
T  22900115 gtattttcaaccattttccttttattaagttttacaagtattatgcatgcaacaacaaaaatggttgacacaagtatgggaagtatgcatttgagtaata 22900016  T
Q  207 acttctttcccattgaccattttttaacttgttcatcacac 247  Q
      ||||||  |||||||  ||||||| |||||| |||||||    
T  22900015 gattctttttcattgacatttttttagcttgtttatcacac 22899975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 7 - 233
Target Start/End: Original strand, 25686305 - 25686531
Alignment:
Q  7 tccaagaatattacactcattgaatccattagttgcttgcacaagttcataataggaaattcttcttagagctcctaaagttgataaactcctttcaaga 106  Q
    |||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||  ||||||| |||| | ||||| ||    
T  25686305 tccaaggaaattactctcattgaatccattagttgcttgaacaagttcataataggatattcttcttggagctccccaagttgacaaacccttttcatga 25686404  T
Q  107 atattttgaatctttttccttttattatgctttgaaagtatgatgcatgcaacaaccaaaatggttgacacaactaagggaatgatgcatttgaataaca 206  Q
     || |||   || |||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||| |||||  |||||||| ||||  |    
T  25686405 gtagtttcgttccttttccttttattatgttttaaaagtatgatgcaagcaacaaccaaaatggctgacaaaactatgggaagtatgcatttcaatataa 25686504  T
Q  207 acttctttcccattgaccattttttaa 233  Q
     ||| ||| | ||||||||||||||||    
T  25686505 gctttttttcgattgaccattttttaa 25686531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 22 - 223
Target Start/End: Original strand, 23258862 - 23259060
Alignment:
Q  22 ctcattgaatccattagttgcttgcacaagttcataataggaaattcttcttagagctcctaaagttgataaactcctttcaagaatattttgaatcttt 121  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||| || ||||||| |||||||||| |||||||| |||||||| ||  |||    
T  23258862 ctcattgaatccatttgttgcttgcacaagttcataatatgatattcttcttggaactcctaaggttgataaacccctttcaacaatattttcaacattt 23258961  T
Q  122 ttccttttattatgctttgaaagtatgatgcatgcaacaaccaaaatggttgacacaactaagggaatgatgcatttgaataacaacttctttcccattg 221  Q
    |   || | ||  |  |  ||  |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||| ||| | ||||||| ||||||    
T  23258962 t---ttctcttgagtctaaaatatatgatgcatgcaacaaccaaaatggctgacacaactatgggaattatgcatttgagtaatatcttctttgccattg 23259058  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 69; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 22 - 200
Target Start/End: Original strand, 25570556 - 25570731
Alignment:
Q  22 ctcattgaatccattagttgcttgcacaagttcataataggaaattcttcttagagctcctaaagttgataaactcctttcaagaatattttgaatcttt 121  Q
    ||||||||||||||| ||||||| || |||||||||||| || |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| || ||| |||  ||    
T  25570556 ctcattgaatccatttgttgctttcaaaagttcataatatgatattcttcttagagctcctaaagctgataaacccctttcaagagtacttttaattctt 25570655  T
Q  122 ttccttttattatgctttgaaagtatgatgcatgcaacaaccaaaatggttgacacaactaagggaatgatgcatttga 200  Q
    ||||||   ||| |  |  ||  |||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||  ||||||||||    
T  25570656 ttcctt---ttaagtctaaaacatatgatgcatgcaacaaccagaaaggttgacacaactatgggaagtatgcatttga 25570731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 22 - 182
Target Start/End: Complemental strand, 24874847 - 24874690
Alignment:
Q  22 ctcattgaatccattagttgcttgcacaagttcataataggaaattcttcttagagctcctaaagttgataaactcctttcaagaatattttgaatcttt 121  Q
    ||||||||||||||| ||||||| || |||||||||||| || |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| || ||| |||  ||    
T  24874847 ctcattgaatccatttgttgcttacaaaagttcataatatgatattcttcttagagctcctaaagctgataaacccctttcaagagtaattttaattctt 24874748  T
Q  122 ttccttttattatgctttgaaagtatgatgcatgcaacaaccaaaatggttgacacaacta 182  Q
    ||||||   ||| |  |  ||  |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||    
T  24874747 ttcctt---ttaagtctaaaacatatgatgcatgcaacaaccagaaaggttgacacaacta 24874690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 7 - 50
Target Start/End: Complemental strand, 24912489 - 24912446
Alignment:
Q  7 tccaagaatattacactcattgaatccattagttgcttgcacaa 50  Q
    |||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  24912489 tccaaggaaattactctcattgaatccattagttgcttgcacaa 24912446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0070 (Bit Score: 180; Significance: 3e-97; HSPs: 2)
Name: scaffold0070
Description:

Target: scaffold0070; HSP #1
Raw Score: 180; E-Value: 3e-97
Query Start/End: Original strand, 6 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 49968 - 49730
Alignment:
Q  6 gtccaagaatattacactcattgaatccattagttgcttgcacaagttcataataggaaattcttcttagagctcctaaagttgataaactcctttcaag 105  Q
    ||||||| | |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  49968 gtccaagtaaattacactcactaaatccattagttgcttgcacaagttcataataggaaattcttcttagagctcctaaagttgataaacccctttcaag 49869  T
Q  106 aatattttgaatctttttccttttattatgctttgaaagtatgatgcatgcaacaaccaaaatggttgacacaactaagggaatgatgcatttgaataac 205  Q
    | ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  49868 agtattttgaatcttttaccttttattatgctttaaaagtatgatgcatgcaacaaccaaaatggttgacacacctaagggaatgatgcatttgaataac 49769  T
Q  206 aacttctttcccattgaccattttttaacttgttcatcacac 247  Q
    ||   |||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||    
T  49768 aa---ctttcctattgacctttttttaacttgttcaacacac 49730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0070; HSP #2
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 7 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 16449 - 16219
Alignment:
Q  7 tccaagaatattacactcattgaatccattagttgcttgcacaagttcataataggaaattcttcttagagctcctaaagttgataaactcctttcaaga 106  Q
    |||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||| |||| ||||||||||    
T  16449 tccaaggaaattactctcattgaatccattagttgcttgcacaagttcataataggatattcttcttggagctcctagagttgacaaacccctttcaaga 16350  T
Q  107 atattttgaatctttttccttttattatgctttgaaagtatgatgcatgcaacaaccaaaatggttgacacaactaagggaatgatgcatttgaataaca 206  Q
     |||||| | ||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||||  |||||||| ||||  |    
T  16349 gtattttcattctttctccttttattatgttttaaaagtatgatgcaagcaacaaccaaaatggctgacacaactatgggaagtatgcatttcaatataa 16250  T
Q  207 acttctttcccattgaccattttttaacttg 237  Q
     ||| ||| ||||||||||||| ||||||||    
T  16249 gctttttttccattgaccatttcttaacttg 16219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 57; Significance: 7e-24; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 57; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 27 - 169
Target Start/End: Complemental strand, 5119108 - 5118969
Alignment:
Q  27 tgaatccattagttgcttgcacaagttcataataggaaattcttcttagagctcctaaagttgataaactcctttcaagaatattttgaatctttttcct 126  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||| ||  ||||||||||| |||||   | | | || |||||||||    
T  5119108 tgaatccattagttgcttgcacaagttcataataggaaatccttcttggaactcctagagcggataaactcctctcaagtggactgtcaacctttttcct 5119009  T
Q  127 tttattatgctttgaaagtatgatgcatgcaacaaccaaaatg 169  Q
    |   |||||| ||  |||||| |||||||||||||||||||||    
T  5119008 t---ttatgcattcgaagtattatgcatgcaacaaccaaaatg 5118969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 7 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 5101569 - 5101411
Alignment:
Q  7 tccaagaatattacactcattgaatccattagttgcttgcacaagttcataataggaaattcttcttagagctcctaaagttgataaactcctttcaaga 106  Q
    |||||| | ||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| || || |||||| |||   ||||| |||||||||     
T  5101569 tccaagtaaattactctcactgaatccattagttgcttgcactagttcataataggaaatcctttttggaactcctatagtgtgtaaacccctttcaagt 5101470  T
Q  107 atattttgaatctttttccttttattatgctttgaaagtatgatgcatgcaacaaccaaaat 168  Q
      ||||| |  |||| |||||   |||||| ||  |||||| ||||||||||||||||||||    
T  5101469 gaatttttaccctttctcctt---ttatgcattcgaagtattatgcatgcaacaaccaaaat 5101411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 29 - 66
Target Start/End: Original strand, 5080427 - 5080464
Alignment:
Q  29 aatccattagttgcttgcacaagttcataataggaaat 66  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  5080427 aatccattagttgcttgcacaagttcagaataggaaat 5080464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0830 (Bit Score: 51; Significance: 2e-20; HSPs: 1)
Name: scaffold0830
Description:

Target: scaffold0830; HSP #1
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 28 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 3914 - 3757
Alignment:
Q  28 gaatccattagttgcttgcacaagttcataataggaaattcttcttagagctcctaaagttgataaactcctttcaagaatattttgaatctttttcctt 127  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||| | |||||||| |||||||| | |||||| ||  ||||| |||    
T  3914 gaatccatttgttgcttccacaagttcataatatgatattcttcttggagctcctaatgctgataaacccctttcaaaagtattttcaacattttttctt 3815  T
Q  128 ttattatgctttgaaagtatgatgcatgcaacaaccaaaatggttgacacaactaagggaa 188  Q
        |  | ||  ||  |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  3814 ---ctgagtttaaaacatatgatgcatgcaacaaccaaaatggctgacacaactatgggaa 3757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 42; Significance: 0.000000000000006; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 17 - 126
Target Start/End: Original strand, 10324512 - 10324621
Alignment:
Q  17 ttacactcattgaatccattagttgcttgcacaagttcataataggaaattcttcttagagctcctaaagttgataaactcctttcaagaatattttgaa 116  Q
    |||| ||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||| || |||||||||  ||||||||||  ||||||   |||||||||| |||||| ||    
T  10324512 ttactctcattgaaaccatttgttgcttccacaagttcataatatgatattcttcttgtagctcctaaaactgataattccctttcaagagtattttcaa 10324611  T
Q  117 tctttttcct 126  Q
      ||||||||    
T  10324612 cgtttttcct 10324621  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 41; Significance: 0.00000000000002; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 27 - 103
Target Start/End: Original strand, 14412736 - 14412812
Alignment:
Q  27 tgaatccattagttgcttgcacaagttcataataggaaattcttcttagagctcctaaagttgataaactcctttca 103  Q
    ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||| || || |||||| ||| ||||||| |||||||    
T  14412736 tgaatccattagttgcttggacgagttcataataggaaatccttattggaactcctacagtggataaacccctttca 14412812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000001; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 29 - 105
Target Start/End: Complemental strand, 16885828 - 16885749
Alignment:
Q  29 aatccattagttgcttgcacaagttcataataggaaattcttcttagagctcctaa---agttgataaactcctttcaag 105  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| || | |||||   ||||||||||| | |||||||    
T  16885828 aatccattagttgcttgcacaagttcataatatgaaatccttcttggaacccctaaatcagttgataaacccatttcaag 16885749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University