View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21488_low_2 (Length: 677)

Name: NF21488_low_2
Description: NF21488
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21488_low_2
NF21488_low_2
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (20-672)||(11696876-11697528)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 629; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 629; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 672
Target Start/End: Original strand, 11696876 - 11697528
Alignment:
Q  20 atctggtcttgcgattcatggacgtggtaaggaagctcttaaagttttctcagaaatgattgaagaaggtttggcaccagatgatgttgtctatgttggc 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11696876 atctggtcttgcgattcatggacgtggtaaggaagctcttaaagttttctcagaaatgattgaagaaggtttggcaccagatgatgttgtctatgttggc 11696975  T
Q  120 gtatttagtgcttgcagtcatgctggtcttgtcgaggagggtctacaatgtttcaaaagcatgcaatttgagcatacgattgaaccaacagttcagcatt 219  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||    
T  11696976 gtatttagtgcttgcagtcatgctggtcttgtcgaggagggtctacaatgtttcaaaagcatgcaatttgagcataagattgaaccaacggttcagcatt 11697075  T
Q  220 atggttgcatggtggatctgttgggaagatttgggatgctaaaggaagcctatgaactcataaagagcatgtcaatcaagcctaatgatgtaatttggag 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11697076 atggttgcatggtggatctgttgggaagatttgggatgctaaaggaagcctatgaactcataaagagcatgtcaatcaagcctaatgatgtaatttggag 11697175  T
Q  320 gagccttttaagtgcttgtaaagttcatcataacttagaaattggcgagattgcagccgagaatcttttcatgttgaatcaaaacaactcaggcgattat 419  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11697176 gagccttttaagtgcttgtaaagttcatcataacttagaaattggcaagattgcagccgagaatcttttcatgttgaatcaaaacaactcaggcgattat 11697275  T
Q  420 ttggtgcttgctaatatgtacgcaaaggcacaaaagtgggacgacgtagccaagatcagaacaaaattagccgaaagaaacttggtacaaacacccgggt 519  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11697276 ttggtgcttgctaatatgtacgcaaaggcacaaaagtgggacgatgtagccaagatcagaacaaaattagccgaaagaaacttggtacaaacacccgggt 11697375  T
Q  520 ttagtttaattgaagcaaagaggaaagtgtacaagtttgtttcacaagacaagtctatacctcaatggaacataatctatgagatgattcaccaaatgga 619  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11697376 ttagtttaattgaagcaaagaggaaagtgtacaagtttgtttcacaagacaagtctatacctcaatggaacataatctatgagatgattcaccaaatgga 11697475  T
Q  620 atggcagttgaaatttgaagggtacataccagatacatcacaggttctgctcg 672  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  11697476 atggcagttgaaatttgaagggtacataccagatacatcacaagttttgctcg 11697528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University