View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21498_high_3 (Length: 423)

Name: NF21498_high_3
Description: NF21498
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21498_high_3
NF21498_high_3
[»] chr1 (12 HSPs)
chr1 (20-411)||(10978931-10979322)
chr1 (19-416)||(10903031-10903428)
chr1 (19-399)||(10914208-10914588)
chr1 (26-369)||(11028725-11029070)
chr1 (118-397)||(10932590-10932870)
chr1 (19-411)||(11010507-11010889)
chr1 (19-311)||(10993817-10994109)
chr1 (19-291)||(11005133-11005405)
chr1 (19-266)||(11032933-11033180)
chr1 (19-266)||(11007480-11007727)
chr1 (114-291)||(10901380-10901557)
chr1 (19-122)||(10974142-10974245)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 312; Significance: 1e-176; HSPs: 12)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 312; E-Value: 1e-176
Query Start/End: Original strand, 20 - 411
Target Start/End: Complemental strand, 10979322 - 10978931
Alignment:
Q  20 gaacttgaatgcattagctgagcaatctagccaaatttatttccctttttggatttatgatcagatacatgatggaagggaagtaacgattggaaatgac 119  Q
    ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||   ||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  10979322 gaacttgaatgcaatggctgagcaatctagccaaatttatttccctttttggatatatgatcgattacatgatggaagggaagtaacgattgaaaatgac 10979223  T
Q  120 acagatcaggaaatgaaattggcaaagaaaatgatgattgtggctttgtggtgtattcagacaaaacccaacgatcgtccttcaatggataaagttttgg 219  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  10979222 acagatcaggaaataaaattggcaaagaaaatgatgattgtggctttgtggtgtatacagacaaaacccgacgaccgtccttcaatggataaagtgttgg 10979123  T
Q  220 agatgcttgaagaagaagatggggacttgcaaattcctaataagccttacttctgtctacaagatccaccagtagaggatgttgcagatgatgataatat 319  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||     
T  10979122 agatgcttgaagaagaagatggggacttgcaaattcctaataagccttacttttgtttacaagatccaccagtagaggatgttggagatgattataatag 10979023  T
Q  320 caactcatggagttcgtatggtacatcagttagtgattccaagggaccaacctgatctctttttggttcttggctgaattgcatatcatatt 411  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||    
T  10979022 aaactcatggagttcgtatggtacatcagttagtgattccaagggaccaacctgatctctttttggttcttggttgaattacatatcatatt 10978931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 266; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 19 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 10903428 - 10903031
Alignment:
Q  19 agaacttgaatgcattagctgagcaatctagccaaatttatttccctttttggatttatgatcagatacatgatggaagggaagtaacgattggaaatga 118  Q
    |||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||| |||| ||||||    
T  10903428 agaacttgaatgcattggccgaacaatctagccaaatttatttccctttttggatttatgatcgattacatgatggaagggaagtaactattgaaaatga 10903329  T
Q  119 cacagatcaggaaatgaaattggcaaagaaaatgatgattgtggctttgtggtgtattcagacaaaacccaacgatcgtccttcaatggataaagttttg 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| || ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||    
T  10903328 cacagatcaggaaatgaaattggcaaagaaaatgatgaccgtggctttgtggtgtatacaaacaaaacccgaggatcgtccttcaatggataaagttttg 10903229  T
Q  219 gagatgcttgaagaagaagatggggacttgcaaattcctaataagccttacttctgtctacaagatccaccagtagaggatgttgcagatgatgataata 318  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||  ||  || |||| ||||||| ||||||    
T  10903228 gagatgcttgaaaaagaagatggggacttacaaattcctaataagccttacttttgtccacaagatccaccaacagcagacgttggagatgataataata 10903129  T
Q  319 tcaactcatggagttcgtatggtacatcagttagtgattccaagggaccaacctgatctctttttggttcttggctgaattgcatatcatattcttcg 416  Q
     ||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  10903128 gcaactcatggacttcctatggtacatcaattagtgatcccaagggaccaacctaatctctttttggttcttggctgaattacatatcatattgttcg 10903031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 233; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 19 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 10914588 - 10914208
Alignment:
Q  19 agaacttgaatgcattagctgagcaatctagccaaatttatttccctttttggatttatgatcagatacatgatggaagggaagtaacgattggaaatga 118  Q
    |||| ||||||||||| ||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||| |||| ||||||    
T  10914588 agaatttgaatgcattggctgatcaatctagtgaaatttatttccctttttggatttatgatcgattacatgatggaagggaagtaactattgaaaatga 10914489  T
Q  119 cacagatcaggaaatgaaattggcaaagaaaatgatgattgtggctttgtggtgtattcagacaaaacccaacgatcgtccttcaatggataaagttttg 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||  | ||||||||||||||||| |||||||||    
T  10914488 cacagatcaggaaatgaaattggcaaagaaaatgatgattgtagctttgtggtgtatacaaacaaaaccagaggatcgtccttcaatggaaaaagttttg 10914389  T
Q  219 gagatgcttgaagaagaagatggggacttgcaaattcctaataagccttacttctgtctacaagatccaccagtagaggatgttgcagatgatgataata 318  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||||  ||  ||||||| ||||||| ||  ||    
T  10914388 gagatgcttgaagaagaagatggagacttgcaaattcctaataagccttatttttgtccacaagatccaccaacagcagatgttggagatgataattgta 10914289  T
Q  319 tcaactcatggagttcgtatggtacatcagttagtgattccaagggaccaacctgatctctttttggttcttggctgaatt 399  Q
     ||| ||||||| ||| |||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  10914288 gcaattcatggacttcttatggtacatcagttagttatcccaagggaccaacctgatctctttctggttcttggttgaatt 10914208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 26 - 369
Target Start/End: Original strand, 11028725 - 11029070
Alignment:
Q  26 gaatgcattagctgagcaatctagccaaatttatttccctttttggatttatgatcagatacatgatggaagggaagtaa--cgattggaaatgacacag 123  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||   ||||||||||||||||||||   | |||| |||||||||||    
T  11028725 gaatgcattggctgaacaatctagccaaatttatttccctttctggatttatgatcgattacatgatggaagggaagtatatctattgaaaatgacacag 11028824  T
Q  124 atcaggaaatgaaattggcaaagaaaatgatgattgtggctttgtggtgtattcagacaaaacccaacgatcgtccttcaatggataaagttttggagat 223  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| || ||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11028825 atcaggaaatgaaattggcaaagaaaatgatgactgcggctttgtggtgtatacaaacaaaaccagaggatcgtccttcaatggataaagttttggagat 11028924  T
Q  224 gcttgaagaagaagatggggacttgcaaattcctaataagccttacttctgtctacaagatccaccagtagaggatgttgcagatgatgataatatcaac 323  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||| |||||||||||||| ||  ||| ||| || ||||    
T  11028925 gcttgaagaagaagatggagacttgcaaattcctaataagccttacttttgtccgcaagatccactagtagaggatgttggagtcgataatagtagcaac 11029024  T
Q  324 tcatggagttcgtatggtacatcagttagtgattccaagggaccaa 369  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||    
T  11029025 tcatggacttcctatggtacatcagttagcgatcccaagtgaccaa 11029070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 118 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 10932870 - 10932590
Alignment:
Q  118 acacagatcaggaaatgaaattggcaaagaaaatgatgattgtggctttgtggtgtattcagacaaaacccaacgatcgtccttcaatggataaagtttt 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| ||| | ||||||||||||||||| ||||||||    
T  10932870 acacagatcaggaaatgaaattggcaaagaaaatgatgatcgtggctttgtggtgtatacaaacaaatcccgaggatcgtccttcaatggaaaaagtttt 10932771  T
Q  218 -ggagatgcttgaagaagaagatggggacttgcaaattcctaataagccttacttctgtctacaagatccaccagtagaggatgttgcagatgatgataa 316  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||  ||     
T  10932770 aggagatgcttgaagaagaagatggggacttgcaaattcctaataagccttacttttgtccacaagatccaccagtagaggatgttggagataatagtag 10932671  T
Q  317 tatcaactcatggagttcgtatggtacatcagttagtgattccaagggaccaacctgatctctttttggttcttggctgaa 397  Q
    || ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  10932670 tagcaactcatggacttcctatggtacatcagttagtgatcccaagggaccaacctaatctctttttggttcttggttgaa 10932590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 19 - 411
Target Start/End: Complemental strand, 11010889 - 11010507
Alignment:
Q  19 agaacttgaatgcattagctgagcaatctagccaaatttatttccctttttggatttatgatcagatacatgatggaagggaagtaacgattggaaatga 118  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| |  | ||||||||||| |||||||| ||||  || ||    
T  11010889 agaacttgaatgcattggctgagcaatccagccaaatttattttcctttttggatttatgataaatttcatgatggaagtgaagtaacaattgagaacga 11010790  T
Q  119 cacagatcaggaaatgaaattggcaaagaaaatgatgattgtggctttgtggtgtattcagacaaaacccaacgatcgtccttcaatggataaagttttg 218  Q
    ||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||    
T  11010789 cacagatcaggaaatgaagctagcaaagaaaatgatgattgtggcgttatggtgtatacagacaaaacctgatgatcgtccttcaatggataaagttttg 11010690  T
Q  219 gagatgcttgaagaagaagatggggacttgcaaattcctaataagccttacttctgtctacaagatccaccagtagaggatgttgcagatgatgataata 318  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||| ||| ||||||         | | | ||    
T  11010689 gagatgcttgaagaagaagatggagacttgcagattcctaataagccttacttttgtccacaagattcaccaatagcggatgt---------ttacagta 11010599  T
Q  319 tcaactcatggagttcgtatggtacatcagttagtgattccaagggaccaacctgatctctttttggttcttggctgaattgcatatcatatt 411  Q
     ||||||||||| |||  |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||| |  |||||| |||||||||||    
T  11010598 gcaactcatggacttccgatggtacatcagttagtggttccaagggaccaaactgatctc-ttttggttctcgtttgaattacatatcatatt 11010507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 181; E-Value: 1e-97
Query Start/End: Original strand, 19 - 311
Target Start/End: Original strand, 10993817 - 10994109
Alignment:
Q  19 agaacttgaatgcattagctgagcaatctagccaaatttatttccctttttggatttatgatcagatacatgatggaagggaagtaacgattggaaatga 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||  |||||    
T  10993817 agaacttgaatgcattagctgagcaatctagccaaatttattttcctttttggatttatgatcagttacatgatggaagtgaagtaacaattgagaatga 10993916  T
Q  119 cacagatcaggaaatgaaattggcaaagaaaatgatgattgtggctttgtggtgtattcagacaaaacccaacgatcgtccttcaatggataaagttttg 218  Q
    ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||  |     
T  10993917 cacagatgaagaaatgaaattggcaaagaaaatgatgattgtggcattatggtgtattcagacaaaacctagtgatcgtccttcaatggataaagtgatt 10994016  T
Q  219 gagatgcttgaagaagaagatggggacttgcaaattcctaataagccttacttctgtctacaagatccaccagtagaggatgttgcagatgat 311  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| | | || |||||||  ||||| ||| ||||||  |||||||    
T  10994017 gagatgcttgaagaagaagatggggatttgcaaatgcctaataagccttacctttatccacaagatataccagcagacgatgttagagatgat 10994109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 165; E-Value: 4e-88
Query Start/End: Original strand, 19 - 291
Target Start/End: Original strand, 11005133 - 11005405
Alignment:
Q  19 agaacttgaatgcattagctgagcaatctagccaaatttatttccctttttggatttatgatcagatacatgatggaagggaagtaacgattggaaatga 118  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||| ||||  |||||    
T  11005133 agaacttgaatccattggctgagcaatcttgccaaatttatttccctttttggatttatggtcagttacatgatggaagtgaagtaacaattgagaatga 11005232  T
Q  119 cacagatcaggaaatgaaattggcaaagaaaatgatgattgtggctttgtggtgtattcagacaaaacccaacgatcgtccttcaatggataaagttttg 218  Q
    ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||    |||||||||||||||||||||||  |     
T  11005233 cacagatgaagaaatgaaattggcaaagaaaatgatgattgtggctttatggtgtatacagacaaaaccaggtgatcgtccttcaatggataaagtgatt 11005332  T
Q  219 gagatgcttgaagaagaagatggggacttgcaaattcctaataagccttacttctgtctacaagatccaccag 291  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| | | || |||||||| |||||    
T  11005333 gagatgcttgaagaagaagatggggatttgcaaatgcctaataagccttacctttatccacaagatctaccag 11005405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 136; E-Value: 8e-71
Query Start/End: Original strand, 19 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 11033180 - 11032933
Alignment:
Q  19 agaacttgaatgcattagctgagcaatctagccaaatttatttccctttttggatttatgatcagatacatgatggaagggaagtaacgattggaaatga 118  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||| | || |||   |||||    
T  11033180 agaacttgaatgcattggctgatcaatcaagccagatttatttccctttttgggtttatgatcagttacaagatggaagggaaatgacaattctgaatga 11033081  T
Q  119 cacagatcaggaaatgaaattggcaaagaaaatgatgattgtggctttgtggtgtattcagacaaaacccaacgatcgtccttcaatggataaagttttg 218  Q
     ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||| |  ||||||||| ||||||||||||| |||    
T  11033080 tacaaatcatgaaatgaaattggcaaagaaaatgatgatagtggctttgtggtgtattcaggcgaaacctagtgatcgtcctccaatggataaagtgttg 11032981  T
Q  219 gagatgcttgaagaagaagatggggacttgcaaattcctaataagcct 266  Q
    ||||||||||||||||||||||  || |||||||| ||||||||||||    
T  11032980 gagatgcttgaagaagaagatgaagatttgcaaatgcctaataagcct 11032933  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 19 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 11007727 - 11007480
Alignment:
Q  19 agaacttgaatgcattagctgagcaatctagccaaatttatttccctttttggatttatgatcagatacatgatggaagggaagtaacgattggaaatga 118  Q
    |||||||| ||| ||| ||||  |||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||| ||| |||| ||||  ||||     
T  11007727 agaacttggatgtattggctggtcaatctagccaggtttatttccctttttgggtttatgatcagttacaagatggaagagaaataacaattgagaatgc 11007628  T
Q  119 cacagatcaggaaatgaaattggcaaagaaaatgatgattgtggctttgtggtgtattcagacaaaacccaacgatcgtccttcaatggataaagttttg 218  Q
     ||| |||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  | ||||| |  ||||||||| ||||||||||||| |||    
T  11007627 tacaaatcatgagatgaaattggcaaagaaaatgatgatagtggctttgtggtgtattcaagcgaaacctagtgatcgtcctccaatggataaagtgttg 11007528  T
Q  219 gagatgcttgaagaagaagatggggacttgcaaattcctaataagcct 266  Q
    ||||||||||||||||||||||  || |||||||| |||||| |||||    
T  11007527 gagatgcttgaagaagaagatgaagatttgcaaatgcctaatcagcct 11007480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 114 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 10901557 - 10901380
Alignment:
Q  114 aatgacacagatcaggaaatgaaattggcaaagaaaatgatgattgtggctttgtggtgtattcagacaaaacccaacgatcgtccttcaatggataaag 213  Q
    |||||||||||| | |||||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||| |||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||    
T  10901557 aatgacacagatgaagaaatgaaattggcaaagaaaacgatgattgtggcattatggtgtactcagacaaaacctagtgatcgtccttcaatggataaag 10901458  T
Q  214 ttttggagatgcttgaagaagaagatggggacttgcaaattcctaataagccttacttctgtctacaagatccaccag 291  Q
    |  | |||||||||| | ||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||| | | || |||||||| |||||    
T  10901457 tgattgagatgcttgcataagaagatggggatttgcaaatgcctaagaagccttacctttatccacaagatctaccag 10901380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 19 - 122
Target Start/End: Complemental strand, 10974245 - 10974142
Alignment:
Q  19 agaacttgaatgcattagctgagcaatctagccaaatttatttccctttttggatttatgatcagatacatgatggaagggaagtaacgattggaaatga 118  Q
    |||| ||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||   |||||||||||||||||||| | |||| ||||||    
T  10974245 agaatttgaatgcattggccgatcaatctagccaaatttatttccctttctggatttatgatcgattacatgatggaagggaagtatctattgaaaatga 10974146  T
Q  119 caca 122  Q
    ||||    
T  10974145 caca 10974142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University