View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21499_low_1 (Length: 573)

Name: NF21499_low_1
Description: NF21499
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21499_low_1
NF21499_low_1
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (13-544)||(30049252-30049806)
chr8 (13-544)||(7162205-7162758)
chr8 (285-544)||(30045121-30045403)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (13-544)||(3945506-3946060)
chr4 (283-544)||(3941377-3941661)
[»] chr3 (6 HSPs)
chr3 (13-544)||(22365134-22365684)
chr3 (285-544)||(22361019-22361297)
chr3 (388-494)||(23397192-23397298)
chr3 (511-544)||(36028879-36028912)
chr3 (78-142)||(22135200-22135264)
chr3 (304-369)||(23397337-23397404)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (13-544)||(39949376-39949924)
chr7 (284-544)||(39953768-39954045)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (13-544)||(196224-196763)
chr5 (283-544)||(200603-200872)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (285-544)||(1330569-1330847)
[»] scaffold1453 (1 HSPs)
scaffold1453 (437-544)||(1-108)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 468; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 468; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 544
Target Start/End: Original strand, 30049252 - 30049806
Alignment:
Q  13 tgaatcatgtacaagaggaatcaattgtgctatggtgtgacaacaaatcagctatagcaattgccaaaaatccaattcaacatggaagaacaaagcatat 112  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30049252 tgaatcatgtacaagaggaaccaattgtgctatggtgtgacaacaaatcagctatagcaattgccaaaaatccaattcaacatggaagaacaaagcatat 30049351  T
Q  113 caatgtcaaatttcatgctataagagaagctgaacaaaatggagatgtaaaactgcagcactgcagttctgaagaacaattggcagacattttaacaaaa 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30049352 caatgtcaaatttcatgctataagagaagctgaacaaaatggagatgtaaaactgcagcactgcagttctgaagaacaattggcagacattttaacaaaa 30049451  T
Q  213 gcacttcctagtgccaagttcatggagctaagaagcaagctgggagtatttcaaaaaagttttaaggaggagtgttgactaattgacctataaaactttt 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30049452 gcacttcctagtgccaagttcatggagctaagaagcaagctaggagtatttcaaaaaagttttaaggaggagtgttgactaattgacctataaaactttt 30049551  T
Q  313 ctgaatactttattgtttatgttactttattgcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgtt-------------------agtaagattatctgca 393  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                   ||||||||||||||||    
T  30049552 ctgaatactttattgtttatgttactttattgcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgttagtaaaactatgctgcacaagtaagattatctgca 30049651  T
Q  394 caagttaagtaggtttatgtc----atatgacatcagctaagcataggctgagtcattacttagtatttggctataagtatgtaagaaggatgtatggat 489  Q
    |||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30049652 caagttaagtaggtttatgtcatatatatgacatcagctaagcataggctgagtcattacttagtatttggctataagtatgtaagaaggatgtatggat 30049751  T
Q  490 ggtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 544  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30049752 ggtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 30049806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 402; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 544
Target Start/End: Original strand, 7162205 - 7162758
Alignment:
Q  13 tgaatcatgtacaagaggaatcaattgtgctatggtgtgacaacaaatcagctatagcaattgccaaaaatccaattcaacatggaagaacaaagcatat 112  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  7162205 tgaatcatatacaagaggaaccaattgtgctatggtgtgacaacaaatcagctatagcaactgccaaaaatccaattcaacatggaagagcaaagcatat 7162304  T
Q  113 caatgtcaaatttcatgctataagagaagctgaacaaaatggagatgtaaaactgcagcactgcagttctgaagaacaattggcagacattttaacaaaa 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||     
T  7162305 caatgtcaaatttcatgctataagagaagctgaacagaatggagatgtaaaattgcagcactgcagttctgaagaacaattggcagacattttaaaaaag 7162404  T
Q  213 gcacttcctagtgccaagttcatggagctaagaagcaagctgggagtatttcaaaaaagttttaaggaggagtgttgactaattgacctataaaactttt 312  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7162405 gcacttgctagtgccaagttcatggagctaagaagcaagctgggagtattccagaaaagttttaaggaggagtgttgactaattgacctataaaactttt 7162504  T
Q  313 ctgaatactttattgtttatgttactttattgcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgttagtaagattat-ctgcac----------------- 394  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| | ||| ||||||                     
T  7162505 ctgaatactttattgtttatgttactttattgcttatgtgtgtaatcattttaacttattttgttagtaaaactatgctgcacaagtaataaggttatct 7162604  T
Q  395 ----aagttaagtaggtttatgtcatatgacatcagctaagcataggctgagtcattacttagtatttggctataagtatgtaagaaggatgtatggatg 490  Q
        |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7162605 gcacaagttaagcaggtttatgtcatatgacatcagctaagcataggctgagtcattactaagtatttggctataagtatgtaagaaggatgtatggatg 7162704  T
Q  491 gtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 544  Q
    || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7162705 gtttgtattaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 7162758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 285 - 544
Target Start/End: Original strand, 30045121 - 30045403
Alignment:
Q  285 tgttgactaattgacctataaaacttttctgaatactttattgtttatgttactttattgcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgttagtaa-- 382  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  30045121 tgttgactaattgacctataaaacttttctgaatactttattgtttatgttactttattgcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgttagtaaaa 30045220  T
Q  383 -----------------gattatctgcacaagttaagtaggtttatgtcatat----gacatcagctaagcataggctgagtcattacttagtatttggc 461  Q
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30045221 ctatgctgcacaagtaagattatctgcacaagttaagtaggtttatgtcatatatatgacatcagctaagcataggctgagtcattacttagtatttggc 30045320  T
Q  462 tataagtatgtaagaaggatgtatggatggtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 544  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30045321 tataagtatgtaagaaggatgtatggatggtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 30045403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 468; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 468; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 544
Target Start/End: Original strand, 3945506 - 3946060
Alignment:
Q  13 tgaatcatgtacaagaggaatcaattgtgctatggtgtgacaacaaatcagctatagcaattgccaaaaatccaattcaacatggaagaacaaagcatat 112  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3945506 tgaatcatgtacaagaggaaccaattgtgctatggtgtgacaacaaatcagctatagcaattgccaaaaatccaattcaacatggaagaacaaagcatat 3945605  T
Q  113 caatgtcaaatttcatgctataagagaagctgaacaaaatggagatgtaaaactgcagcactgcagttctgaagaacaattggcagacattttaacaaaa 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3945606 caatgtcaaatttcatgctataagagaagctgaacaaaatggagatgtaaaactgcagcactgcagttctgaagaacaattggcagacattttaacaaaa 3945705  T
Q  213 gcacttcctagtgccaagttcatggagctaagaagcaagctgggagtatttcaaaaaagttttaaggaggagtgttgactaattgacctataaaactttt 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3945706 gcacttcctagtgccaagttcatggagctaagaagcaagctaggagtatttcaaaaaagttttaaggaggagtgttgactaattgacctataaaactttt 3945805  T
Q  313 ctgaatactttattgtttatgttactttattgcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgtt-------------------agtaagattatctgca 393  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                   ||||||||||||||||    
T  3945806 ctgaatactttattgtttatgttactttattgcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgttagtaaaactatgctgcacaagtaagattatctgca 3945905  T
Q  394 caagttaagtaggtttatgtc----atatgacatcagctaagcataggctgagtcattacttagtatttggctataagtatgtaagaaggatgtatggat 489  Q
    |||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3945906 caagttaagtaggtttatgtcatatatatgacatcagctaagcataggctgagtcattacttagtatttggctataagtatgtaagaaggatgtatggat 3946005  T
Q  490 ggtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 544  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3946006 ggtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 3946060  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 283 - 544
Target Start/End: Original strand, 3941377 - 3941661
Alignment:
Q  283 agtgttgactaattgacctataaaacttttctgaatactttattgtttatgttactttattgcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgttagtaa 382  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3941377 agtgttgactaattgacctataaaacttttctgaatactttattgtttatgttactttattgcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgttagtaa 3941476  T
Q  383 -------------------gattatctgcacaagttaagtaggtttatgtcatat----gacatcagctaagcataggctgagtcattacttagtatttg 459  Q
                       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3941477 aactatgctgcacaagtaagattatctgcacaagttaagtaggtttatgtcatatatatgacatcagctaagcataggctgagtcattacttagtatttg 3941576  T
Q  460 gctataagtatgtaagaaggatgtatggatggtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 544  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3941577 gctataagtatgtaagaaggatgtatggatggtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 3941661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 445; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 445; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 544
Target Start/End: Original strand, 22365134 - 22365684
Alignment:
Q  13 tgaatcatgtacaagaggaatcaattgtgctatggtgtgacaacaaatcagctatagcaattgccaaaaatccaattcaacatggaagaacaaagcatat 112  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22365134 tgaatcatgtacaagaggaaccaattgtgctatggtgtgacaacaaatcagctatagcaattgccaaaaatccaattcaacatggaagaacaaagcatat 22365233  T
Q  113 caatgtcaaatttcatgctataagagaagctgaacaaaatggagatgtaaaactgcagcactgcagttctgaagaacaattggcagacattttaacaaaa 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22365234 caatgtcaaatttcatgctataagagaagctgaacagaatggagatgtaaaattgcagcactgcagttctgaagaacaattggcagacattttaacaaaa 22365333  T
Q  213 gcacttcctagtgccaagttcatggagctaagaagcaagctgggagtatttcaaaaaagttttaaggaggagtgttgactaattgacctataaaactttt 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22365334 gcacttcctagtgccaagttcatggagctaagaagcaagctgggagtattccagataagttttaaggaggagtgttgactaattgacctataaaactttt 22365433  T
Q  313 ctgaatactttattgtttatgttactttattgcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgtt-------------------agtaagattatctgca 393  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                   |||||| |||||||||    
T  22365434 ctgaatactttattgtttatgttactttattgcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgttagtaaaactatgctgcataagtaaggttatctgca 22365533  T
Q  394 caagttaagtaggtttatgtcatatgacatcagctaagcataggctgagtcattacttagtatttggctataagtatgtaagaaggatgtatggatggta 493  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  22365534 caagttaagtaggtttatgtcatatgacatcaactaagcataggctgagtcattactaagtatttggctataagtatgtaagaaggatgtatggatgata 22365633  T
Q  494 tgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 544  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22365634 tgtatcaaatttgcagtatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 22365684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 285 - 544
Target Start/End: Original strand, 22361019 - 22361297
Alignment:
Q  285 tgttgactaattgacctataaaacttttctgaatactttattgtttatgttactttattgcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgttagtaa-- 382  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  22361019 tgttgactaattgacctataaaacttttctgaatactttattgtttatgttactttattgcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgttagtaaag 22361118  T
Q  383 -----------------gattatctgcacaagttaagtaggtttatgtcatatgacatcagctaagcataggctgagtcattacttagtatttggctata 465  Q
                     | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  22361119 ctatgctgcacaagtaaggttatctgcacaagttaagtaggtttatgtcatatgacatcagctaagcataggctgagtcattactaagtatttggctata 22361218  T
Q  466 agtatgtaagaaggatgtatggatggtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 544  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22361219 agtatgtaagaaggatgtatggatggtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 22361297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 388 - 494
Target Start/End: Complemental strand, 23397298 - 23397192
Alignment:
Q  388 tctgcacaagttaagtaggtttatgtcatatgacatcagctaagcataggctgagtcattacttagtatttggctataagtatgtaagaaggatgtatgg 487  Q
    |||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||| | ||| ||| | |  ||||||||| |||||||| || ||| |||||||||| |||||||||    
T  23397298 tctgtacaagttaaataggtttatgtcgtatgacatcaacaaagtataagttatgtcattactaagtatttgactctaaatatgtaagaaagatgtatgg 23397199  T
Q  488 atggtat 494  Q
    |||||||    
T  23397198 atggtat 23397192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 511 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 36028912 - 36028879
Alignment:
Q  511 atagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 544  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36028912 atagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 36028879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 78 - 142
Target Start/End: Original strand, 22135200 - 22135264
Alignment:
Q  78 aaaaatccaattcaacatggaagaacaaagcatatcaatgtcaaatttcatgctataagagaagc 142  Q
    ||||||||| |||| ||||| ||||| ||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||||||    
T  22135200 aaaaatccagttcagcatggtagaactaagcacatcaatgtaaaattccatgccataagagaagc 22135264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 304 - 369
Target Start/End: Complemental strand, 23397404 - 23397337
Alignment:
Q  304 aaaacttttctgaatactttattgtttatgttactttattgctta--tgtgtgtaattattttaactt 369  Q
    |||||||||||||||| ||  ||||| ||||||||||||||| ||  |||||||||| ||||||||||    
T  23397404 aaaacttttctgaatatttcgttgttaatgttactttattgcctatgtgtgtgtaatgattttaactt 23397337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 428; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 428; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 39949924 - 39949376
Alignment:
Q  13 tgaatcatgtacaagaggaatcaattgtgctatggtgtgacaacaaatcagctatagcaattgccaaaaatccaattcaacatggaagaacaaagcatat 112  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39949924 tgaatcatgtacaagaggaaccaattgtgctatggtgtgacaacaaatcagctatagcaattgccaaaaatccaattcaacatggaagaacaaagcatat 39949825  T
Q  113 caatgtcaaatttcatgctataagagaagctgaacaaaatggagatgtaaaactgcagcactgcagttctgaagaacaattggcagacattttaacaaaa 212  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39949824 caatgtaaaatttcatgctataagagaagctgaacaaaatggagatgtaaaactgcagcactgcagttctgaagaacaattggcagacattttaacaaaa 39949725  T
Q  213 gcacttcctagtgccaagttcatggagctaagaagcaagctgggagtatttcaaaaaagttttaaggaggagtgttgactaattgacctataaaactttt 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39949724 gcacttcctagtgccaagttcatggagctaagaagcaagctgggagtattccagaaaagttttaaggaggagtgttgactaattgacctataaaactttt 39949625  T
Q  313 ctgaatactttattgtttatgttactttattgcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgttagtaagattat-ctgca----------------ca 395  Q
    ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||                ||    
T  39949624 ctttatactttattgtttatgttactttattgcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgttagtaaaactatgctgcacaagtaaggttatctgca 39949525  T
Q  396 agttaagtaggtttatgtcatatgacatcagctaagcataggctgagtcattacttagtatttggctataagtatgtaagaaggatgtatggatggtatg 495  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||     
T  39949524 agttaagtaggtttatgtcatatgacatcagctaaacataggctgagttattactaagtatttggctataagtatgtaagaaggatgtatggatgatata 39949425  T
Q  496 tatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 544  Q
    ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39949424 taaaaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 39949376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 169; E-Value: 2e-90
Query Start/End: Original strand, 284 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 39954045 - 39953768
Alignment:
Q  284 gtgttgactaattgacctataaaacttttctgaatactttattgtttatgttactttattgcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgttagtaag 383  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  39954045 gtgttgactaattgacctataaaacttttctttatactttattgtttatgttactttattgcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgttagtaaa 39953946  T
Q  384 attat-ctgcacaagt----------------taagtaggtttatgtcatatgacatcagctaagcataggctgagtcattacttagtatttggctataa 466  Q
    | ||| ||||||||||                |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||| |||||||||||||||    
T  39953945 actatgctgcacaagtaaggttatctgcaagttaagtaggtttatgtcatatgacatcagctaaacatagactgagttattactaagtatttggctataa 39953846  T
Q  467 gtatgtaagaaggatgtatggatggtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 544  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39953845 gtatgtaagaaggatgtatggatgatatataaaaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 39953768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 415; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 415; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 196763 - 196224
Alignment:
Q  13 tgaatcatgtacaagaggaatcaattgtgctatggtgtgacaacaaatcagctatagcaattgccaaaaatccaattcaacatggaagaacaaagcatat 112  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  196763 tgaatcatgtacaagaggaaccaattgtgctatggtgtgacaacaaatcagctatagcaattgccaaaaatccaattcaacatggaagaacaaagcatat 196664  T
Q  113 caatgtcaaatttcatgctataagagaagctgaacaaaatggagatgtaaaactgcagcactgcagttctgaagaacaattggcagacattttaacaaaa 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  196663 caatgtcaaatttcatgctataagagaagctgaacaaaatggagatgtaaaactgcagcactgcagttctgaagaacaattggcagacattttaacaaaa 196564  T
Q  213 gcacttcctagtgccaagttcatggagctaagaagcaagctgggagtatttcaaaaaagttttaaggaggagtgttgactaattgacctataaaactttt 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  196563 gcacttcctagtgccaagttcatggagctaagaagcaagctaggagtatttcaaaaaagttttaaggaggagtgttgactaattgacctataaaactttt 196464  T
Q  313 ctgaatactttattgtttatgttactttattgcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgtt-------------------agtaagattatctgca 393  Q
    |||||           |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||                   |||||| |||||||||    
T  196463 ctgaa-----------ttatgttactttattgtttatgtgtgtaatcattttaacttgttttgttagtaaaactatgctgcacaagtaaggttatctgca 196375  T
Q  394 caagttaagtaggtttatgtcatatgacatcagctaagcataggctgagtcattacttagtatttggctataagtatgtaagaaggatgtatggatggta 493  Q
    | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  196374 cgagttaagtaggtttacgtcatatgacatcagctaagcataggctgagtcattactaagtatttggctataagtatgtaagaaggatgtatggatggta 196275  T
Q  494 tgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 544  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  196274 tgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtctctttctcttcca 196224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 157; E-Value: 3e-83
Query Start/End: Original strand, 283 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 200872 - 200603
Alignment:
Q  283 agtgttgactaattgacctataaaacttttctgaatactttattgtttatgttactttattgcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgttagtaa 382  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||           ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  200872 agtgttgactaattgacctataaaacttttctgaat-----------tatgttactttattgtttatgtgtgtaatcattttaacttgttttgttagtaa 200784  T
Q  383 ga-------------------ttatctgcacaagttaagtaggtttatgtcatatgacatcagctaagcataggctgagtcattacttagtatttggcta 463  Q
     |                   ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  200783 aactatgctgcacaagtaaggttatctgcacaagttaagtaggtttacctcatatgacatcagctaagcataggctgagtcattactaagtatttggcta 200684  T
Q  464 taagtatgtaagaaggatgtatggatggtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 544  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  200683 taagtatgtaagaaggatgtatggatggtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 200603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 173; Significance: 9e-93; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 173; E-Value: 9e-93
Query Start/End: Original strand, 285 - 544
Target Start/End: Original strand, 1330569 - 1330847
Alignment:
Q  285 tgttgactaattgacctataaaacttttctgaatactttattgtttatgttactttattgcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgttagtaaga 384  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |    
T  1330569 tgttgactaattgacctataaaacttgtctgaatactttattgtttatgttactctattgcttatgtgtgtaatcattttaacttgttttgttagtaaaa 1330668  T
Q  385 -------------------ttatctgcacaagttaagtaggtttatgtcatatgacatcagctaagcataggctgagtcattacttagtatttggctata 465  Q
                       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||| | |||||||| |||||    
T  1330669 ctatactgcacaagtaatgttatctgcacaagttaagtaggtttatgtcatatgacatcagcaaagtataggttgagtcattagtaagtatttgactata 1330768  T
Q  466 agtatgtaagaaggatgtatggatggtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 544  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1330769 agtatgtaagaaggatgtaaggatggtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 1330847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1453 (Bit Score: 104; Significance: 1e-51; HSPs: 1)
Name: scaffold1453
Description:

Target: scaffold1453; HSP #1
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 437 - 544
Target Start/End: Original strand, 1 - 108
Alignment:
Q  437 gctgagtcattacttagtatttggctataagtatgtaagaaggatgtatggatggtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtcccttt 536  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1 gctgagtcattactaagtatttggctataagtatgtaagaaggatgtatggatggtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtcccttt 100  T
Q  537 ctcttcca 544  Q
    ||||||||    
T  101 ctcttcca 108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University