View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21504_low_3 (Length: 518)

Name: NF21504_low_3
Description: NF21504
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21504_low_3
NF21504_low_3
[»] chr6 (11 HSPs)
chr6 (28-504)||(11170486-11170962)
chr6 (28-502)||(11209310-11209784)
chr6 (28-493)||(11275881-11276346)
chr6 (19-485)||(11196658-11197124)
chr6 (19-486)||(11199822-11200293)
chr6 (19-437)||(11156253-11156671)
chr6 (19-486)||(11161071-11161550)
chr6 (19-294)||(11241213-11241488)
chr6 (20-414)||(11133000-11133394)
chr6 (207-446)||(11314688-11314927)
chr6 (341-437)||(11241511-11241607)
[»] scaffold1207 (1 HSPs)
scaffold1207 (28-493)||(815-1277)
[»] chr7 (15 HSPs)
chr7 (103-184)||(13333307-13333388)
chr7 (104-184)||(10494226-10494306)
chr7 (104-184)||(8585558-8585638)
chr7 (105-184)||(8628768-8628847)
chr7 (103-181)||(8382727-8382805)
chr7 (103-181)||(8602213-8602291)
chr7 (110-184)||(27830733-27830807)
chr7 (103-184)||(8667655-8667736)
chr7 (301-457)||(8581663-8581819)
chr7 (104-184)||(8671482-8671562)
chr7 (103-177)||(3147515-3147589)
chr7 (103-181)||(8570550-8570628)
chr7 (115-177)||(29577532-29577594)
chr7 (103-184)||(8654686-8654767)
chr7 (103-183)||(6789749-6789829)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (104-184)||(34466645-34466725)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (103-183)||(9335742-9335822)
chr4 (104-183)||(30775489-30775568)
chr4 (103-184)||(35132684-35132765)
[»] chr2 (5 HSPs)
chr2 (104-184)||(16661844-16661924)
chr2 (103-184)||(7542462-7542543)
chr2 (103-184)||(16657368-16657449)
chr2 (306-438)||(7542208-7542340)
chr2 (104-184)||(14703644-14703724)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (302-366)||(12528558-12528622)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 417; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 417; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 28 - 504
Target Start/End: Complemental strand, 11170962 - 11170486
Alignment:
Q  28 ccttggatcaacagtgaaggatgttgttataactgtgcctgcatactttaatgactcacaacgccagtctactcgagatgcgggtgctattgctggcctc 127  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11170962 ccttggatcaatagtggaggatgttgttataactgtgcctgcatactttaatgactcacaacgccagtctactcgagatgcgggtgctattgctggcctc 11170863  T
Q  128 aatgttttgcgaataatcaatgagcctactgcagcagcaattgcatatggccttgacttgaaaccatttaatcatggatgtagaaatgttttcatttttg 227  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11170862 aatgttttgcgaatactcaatgagcctactgcagctgcaattgcatatggccttgacttgaaaccatttaatcatggatgtagaaatgttttcatttttg 11170763  T
Q  228 acttaggtggtggtactttggacgtgtctgttctcacatttgagaatggtgatatcaatgttaaggccattaatggagacactcacctcgggggacaaga 327  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |   ||||||||||||||||||||||||||    
T  11170762 acttaggtggtggtactttggacgtgtctgttctcacatttgagaatggtgatatcaatgttaaggccactggaggagacactcacctcgggggacaaga 11170663  T
Q  328 ctttgataatgcaatggtgaaccattttgtgaaagagttcttgagaaagcataaactcgacattagtggagatccaagagccattaggaggctgaagact 427  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11170662 ctttgataatgcaatggtgaaccattttgtgaaagagttcttgagaaaacataaactcgacattagtggagatccaagagccattaggaggctgaagact 11170563  T
Q  428 gcttgcgagagagctaaatgtacactttcaaccaataatcagactaccattgagatagattgtttatataaaggtga 504  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  11170562 gcttgcgagagagcaaaatgtacactttcatccaataataagactgacatcgagatagattgtttatataaaggtga 11170486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 339; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 28 - 502
Target Start/End: Complemental strand, 11209784 - 11209310
Alignment:
Q  28 ccttggatcaacagtgaaggatgttgttataactgtgcctgcatactttaatgactcacaacgccagtctactcgagatgcgggtgctattgctggcctc 127  Q
    |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11209784 ccttggatcaacagtggatgatgttgttataactgtgcctgcatactttaatgactcacaacgccagtctactcgagatgcgggtgctattgctggcctc 11209685  T
Q  128 aatgttttgcgaataatcaatgagcctactgcagcagcaattgcatatggccttgacttgaaaccatttaatcatggatgtagaaatgttttcatttttg 227  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  11209684 aatgttttgcgaatactcaatgagcctactgcagctgcaattgcatatggctttggcatgaaaccatttaatcatggacgtagaaatgttttcatatttg 11209585  T
Q  228 acttaggtggtggtactttggacgtgtctgttctcacatttgagaatggtgatatcaatgttaaggccattaatggagacactcacctcgggggacaaga 327  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||   ||||||||||||||||||||||||||    
T  11209584 acttaggtggtggtactttggacgtgtctgttctcacatttgaggatggtgatatcaatgttaaggctattgcaggagacactcacctcgggggacaaga 11209485  T
Q  328 ctttgataatgcaatggtgaaccattttgtgaaagagttcttgagaaagcataaactcgacattagtggagatccaagagccattaggaggctgaagact 427  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||| | |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  11209484 ctttgataatgcaatggtgaaccattttgtgaaagagttcttgaggaaggaaaaaatggacattagtggaaatccaagagcccttaggaggctgaagact 11209385  T
Q  428 gcttgcgagagagctaaatgtacactttcaaccaataatcagactaccattgagatagattgtttatataaaggt 502  Q
    |||||||||||||| ||| | | ||||||   ||||| |  ||||| ||||||||||||||||||| || |||||    
T  11209384 gcttgcgagagagcaaaaaggatactttctgtcaatactgcgactaacattgagatagattgtttaaatgaaggt 11209310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 338; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 28 - 493
Target Start/End: Complemental strand, 11276346 - 11275881
Alignment:
Q  28 ccttggatcaacagtgaaggatgttgttataactgtgcctgcatactttaatgactcacaacgccagtctactcgagatgcgggtgctattgctggcctc 127  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  11276346 ccttggattaacagtggaggatgttgttataactgtgcctgcatactttaatgactcacagcgccagtctactcgagatgcgggtgctattgctggccta 11276247  T
Q  128 aatgttttgcgaataatcaatgagcctactgcagcagcaattgcatatggccttgacttgaaaccatttaatcatggatgtagaaatgttttcatttttg 227  Q
    || ||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  11276246 aacgttatgcgaataataaatgagcctactgcagctgcaattgcatatggctttaacacgaaaccatttaatcatggatgtagaaatgttttcatatttg 11276147  T
Q  228 acttaggtggtggtactttggacgtgtctgttctcacatttgagaatggtgatatcaatgttaaggccattaatggagacactcacctcgggggacaaga 327  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||    
T  11276146 acttaggtggtggtactttggacgtgtctgttctcacttttgagaatggtgatatcaatgttaaggccattggaggagacactcacctcgggggacaaga 11276047  T
Q  328 ctttgataatgcaatggtgaaccattttgtgaaagagttcttgagaaagcataaactcgacattagtggagatccaagagccattaggaggctgaagact 427  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11276046 ctttgataatgcaatggtgaaccattttgtgaaagagttcttgaggaagcataaaaatgacattagtggagatccaagagccattaggaggctgaagact 11275947  T
Q  428 gcttgcgagagagctaaatgtacactttcaaccaataatcagactaccattgagatagattgttta 493  Q
    |||||||||||||  ||| | | ||||||   ||||| | ||||||||||||||||||| ||||||    
T  11275946 gcttgcgagagagtaaaaaggatactttctgtcaatagtgagactaccattgagatagaatgttta 11275881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 307; E-Value: 1e-173
Query Start/End: Original strand, 19 - 485
Target Start/End: Complemental strand, 11197124 - 11196658
Alignment:
Q  19 tgaagcttaccttggatcaacagtgaaggatgttgttataactgtgcctgcatactttaatgactcacaacgccagtctactcgagatgcgggtgctatt 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  11197124 tgaagcttaccttggatcaacagtgaaggatgttgttataactgtgcctgcttactttaatgactcacaacgccagtccactcgagatgcgggtgttatt 11197025  T
Q  119 gctggcctcaatgttttgcgaataatcaatgagcctactgcagcagcaattgcatatggccttgacttgaaaccatttaatcatggatgtagaaatgttt 218  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||    
T  11197024 gctggcctcaatgttatgcgaataatcaatgagccttctgcagctgcaattgcatatggtcttgacatgaaaccttttaatcatggatgtagacatgttt 11196925  T
Q  219 tcatttttgacttaggtggtggtactttggacgtgtctgttctcacatttgagaatggtgatatcaatgttaaggccattaatggagacactcacctcgg 318  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||   |||||||||||||| ||    
T  11196924 tcatttttgatttaggtggtggtactctggacgtgtccattctcacatttgagaacggtgctatcaatgttaaggcgattgcaggagacactcaccttgg 11196825  T
Q  319 gggacaagactttgataatgcaatggtgaaccattttgtgaaagagttcttgagaaagcataaactcgacattagtggagatccaagagccattaggagg 418  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  11196824 gggacaagactttgataatacaatggtgaaccattttgtgaaagagttctcgaggaagtataaaatcgacattagtggagatccaagagcccttaggagg 11196725  T
Q  419 ctgaagactgcttgcgagagagctaaatgtacactttcaaccaataatcagactaccattgagatag 485  Q
     ||||| |||||||||||| ||| ||| | | ||||||  |||||| |  ||| |||||||||||||    
T  11196724 ttgaagtctgcttgcgagaaagcaaaaaggatactttcttccaatactacgaccaccattgagatag 11196658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 291; E-Value: 1e-163
Query Start/End: Original strand, 19 - 486
Target Start/End: Complemental strand, 11200293 - 11199822
Alignment:
Q  19 tgaagcttaccttggatcaacagtgaaggatgttgttataactgtgcctgcatactttaatgactcacaacg----ccagtctactcgagatgcgggtgc 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||    |||||||||| |||||||||||||    
T  11200293 tgaagcttaccttggatcaacagtgaaggatgttgttataattgtgcctacatactttaatgattcacaacgtacgccagtctacttgagatgcgggtgc 11200194  T
Q  115 tattgctggcctcaatgttttgcgaataatcaatgagcctactgcagcagcaattgcatatggccttgacttgaaaccatttaatcatggatgtagaaat 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  11200193 tattgctggcctcaatgttttgcgaataatcaatgagccttctgcagctgcaattgcatatggtcttgacatgaaaccttttaatcatggatgtagaaat 11200094  T
Q  215 gttttcatttttgacttaggtggtggtactttggacgtgtctgttctcacatttgagaatggtgatatcaatgttaaggccattaatggagacactcacc 314  Q
    |||||||||||| | ||||||||||||||| |||| |||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||   |||||||||||||    
T  11200093 gttttcattttttatttaggtggtggtactctggatgtgtccattctcacatttgagaatggtgctatcaatgttaaggcgattgcaggagacactcacc 11199994  T
Q  315 tcgggggacaagactttgataatgcaatggtgaaccattttgtgaaagagttcttgagaaagcataaactcgacattagtggagatccaagagccattag 414  Q
    | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  11199993 ttgggggacaagactttgataatacaatggtgaaccattttgtgaaagagttctcgaggaagtataaaatcgacattagtggagatccaagagcccttag 11199894  T
Q  415 gaggctgaagactgcttgcgagagagctaaatgtacactttcaaccaataatcagactaccattgagataga 486  Q
    ||||  |||| |||||||||||| ||| ||| | | ||||||  |||||| |  ||| ||||||||||||||    
T  11199893 gaggtagaagtctgcttgcgagaaagcaaaaaggatactttcttccaatactacgaccaccattgagataga 11199822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 283; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 19 - 437
Target Start/End: Complemental strand, 11156671 - 11156253
Alignment:
Q  19 tgaagcttaccttggatcaacagtgaaggatgttgttataactgtgcctgcatactttaatgactcacaacgccagtctactcgagatgcgggtgctatt 118  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||||| ||||    
T  11156671 tgaagtttaccttggatcaacagtgaaggatgttgttataactgtgcctgcttactttaatgactcacaacgccagtccacccaagatgcgggtgttatt 11156572  T
Q  119 gctggcctcaatgttttgcgaataatcaatgagcctactgcagcagcaattgcatatggccttgacttgaaaccatttaatcatggatgtagaaatgttt 218  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||| | ||||||    
T  11156571 gctggcctcaatgttatgcgaataatcaatgagccttctgcagctgcaattgcatatggtcttgacatgaaaccttttaatcatggatgtaaacatgttt 11156472  T
Q  219 tcatttttgacttaggtggtggtactttggacgtgtctgttctcacatttgagaatggtgatatcaatgttaaggccattaatggagacactcacctcgg 318  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||   |||||||||||||| ||    
T  11156471 tcatttttgatttaggaggtggtactttggacgtgtccattctcacatttgagaaaggtgctatcaatgttaaggcgattgcaggagacactcaccttgg 11156372  T
Q  319 gggacaagactttgataatgcaatggtgaaccattttgtgaaagagttcttgagaaagcataaactcgacattagtggagatccaagagccattaggagg 418  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  11156371 gggacaagactttgataatacaatggtgaaccattttgtgaatgagttctcgaggaagtataaaatcgacattagtggagatccaagagcccttaggagg 11156272  T
Q  419 ctgaagactgcttgcgaga 437  Q
     ||||| ||||||||||||    
T  11156271 ttgaagtctgcttgcgaga 11156253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 250; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 19 - 486
Target Start/End: Complemental strand, 11161550 - 11161071
Alignment:
Q  19 tgaagcttaccttggatcaacagtgaaggatgttgttataactgtgcctgcatactttaatgactcacaacg----ccagtctactcgagatgcgggtgc 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||  ||||||||    ||||||||||||||||||||||||    
T  11161550 tgaagcttaccttggatcaacagtgaaggatgttgttataattgtgcctacatactttaatgtttcacaacgtacgccagtctactcgagatgcgggtgc 11161451  T
Q  115 tattgctggcctcaatgttttgcgaataatcaatga--------gcctactgcagcagcaattgcatatggccttgacttgaaaccatttaatcatggat 206  Q
    ||||| |||||| |||||| ||||| ||||||||||        |||||||||||  |||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||    
T  11161450 tattgttggccttaatgttatgcgagtaatcaatgactctactagcctactgcagatgcaattgcatatggtcttgacatgaaaccttttaatcatggat 11161351  T
Q  207 gtagaaatgttttcatttttgacttaggtggtggtactttggacgtgtctgttctcacatttgagaatggtgatatcaatgttaaggccattaatggaga 306  Q
    ||| | |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||   |||||    
T  11161350 gtatacatgttttcattttttatttaggtggtggtactttggacgtgtctattctcacatttgagattggtgctatcaatgttaaggcgattgcaggaga 11161251  T
Q  307 cactcacctcgggggacaagactttgataatgcaatggtgaaccattttgtgaaagagttcttgagaaagcataaactcgacattagtggagatccaaga 406  Q
    |||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  11161250 cactcaccttaggggacaagactttgataatacaatggtgaaccattttgtgaaagagttctcgaggaagtataaaatcgacattagtggagatccaaga 11161151  T
Q  407 gccattaggaggctgaagactgcttgcgagagagctaaatgtacactttcaaccaataatcagactaccattgagataga 486  Q
    ||| |||||||| ||||  |||||||||||| ||| ||| | | ||||||  |||||| |  ||| ||||||||||||||    
T  11161150 gcccttaggaggttgaactctgcttgcgagaaagcaaaaaggatactttcttccaatactacgaccaccattgagataga 11161071  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 19 - 294
Target Start/End: Original strand, 11241213 - 11241488
Alignment:
Q  19 tgaagcttaccttggatcaacagtgaaggatgttgttataactgtgcctgcatactttaatgactcacaacgccagtctactcgagatgcgggtgctatt 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  11241213 tgaagcttaccttggatcaacagtgaaggatgttgttataactgtgcctgcttactttaatgactcacaacgccagtctattcgagatgcgggtgctatt 11241312  T
Q  119 gctggcctcaatgttttgcgaataatcaatgagcctactgcagcagcaattgcatatggccttgacttgaaaccatttaatcatggatgtagaaatgttt 218  Q
    ||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||| || ||||| |  ||||||||||||||||| |||||     
T  11241313 gctggcctcaaagttttgtgaataatcactgagcctactgcagttgcaattgcatatggccttaacatgaaaactcttaatcatggatgtagacatgttc 11241412  T
Q  219 tcatttttgacttaggtggtggtactttggacgtgtctgttctcacatttgagaatggtgatatcaatgttaaggc 294  Q
    | ||||| || ||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  11241413 taattttcgatttaggtggtggtactctggacgtgtccattctcacatttgagaatggtgctatcaatgttaaggc 11241488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 159; E-Value: 2e-84
Query Start/End: Original strand, 20 - 414
Target Start/End: Complemental strand, 11133394 - 11133000
Alignment:
Q  20 gaagcttaccttggatcaacagtgaaggatgttgttataactgtgcctgcatactttaatgactcacaacgccagtctactcgagatgcgggtgctattg 119  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||  ||||| ||||||| |||| |||||    
T  11133394 gaagtttaccttggatcaacagtgaaggatgtcgttataactgttcctgcttactttaatgactcgcaacgccaagctactagagatgcaggtgttattg 11133295  T
Q  120 ctggcctcaatgttttgcgaataatcaatgagcctactgcagcagcaattgcatatggccttgacttgaaaccatttaatcatggatgtagaaatgtttt 219  Q
    | || ||||| ||| ||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||  |||||| ||||||||||    || | |||||||    
T  11133294 caggtctcaacgttatgcgaataatcaacgagcctacagcagctgcaattgcatatggtcttgacaagaaaccgtttaatcatgaccataaacatgtttt 11133195  T
Q  220 catttttgacttaggtggtggtactttggacgtgtctgttctcacatttgagaatggtgatatcaatgttaaggccattaatggagacactcacctcggg 319  Q
      ||||||| ||||| |||||||| ||||| |||||| |||||||||| || ||   ||  ||||    ||| |||| |  |||||| ||||||||||||    
T  11133194 tgtttttgatttaggaggtggtacattggatgtgtctattctcacattcgataagaatggaatcaccactaaagccactgctggagatactcacctcggg 11133095  T
Q  320 ggacaagactttgataatgcaatggtgaaccattttgtgaaagagttcttgagaaagcataaactcgacattagtggagatccaagagccattag 414  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||| || |||| ||||    
T  11133094 ggacaagactttgataacacaatggtgaaccatttcgtgaaagagttcttgaggaagcataaaattgacattagtggagatcgaaaagcccttag 11133000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 207 - 446
Target Start/End: Original strand, 11314688 - 11314927
Alignment:
Q  207 gtagaaatgttttcatttttgacttaggtggtggtactttggacgtgtctgttctcacatttgagaatggtgatatcaatgttaaggccattaatggaga 306  Q
    |||||||||||||||| || || || ||||| ||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||  ||||| |||| |||| ||   |||||    
T  11314688 gtagaaatgttttcatcttcgatttgggtggcggtactttggatgtgtctattctcacacttgagaatggtgccatcaaagttagggccgttggcggaga 11314787  T
Q  307 cactcacctcgggggacaagactttgataatgcaatggtgaaccattttgtgaaagagttcttgagaaagcataaactcgacattagtggagatccaaga 406  Q
    ||||||||| ||||||||||||||  ||||| ||||||||||  |||||||| ||| ||||  ||  | | ||||| | |||||||||||||||  || |    
T  11314788 cactcaccttgggggacaagacttcaataatacaatggtgaaatattttgtggaagtgttccggaagaggtataaaatagacattagtggagatttaaca 11314887  T
Q  407 gccattaggaggctgaagactgcttgcgagagagctaaat 446  Q
     || |||||||| ||||| | |||||||||| ||| ||||    
T  11314888 tcccttaggaggttgaagtcagcttgcgagaaagcaaaat 11314927  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 341 - 437
Target Start/End: Original strand, 11241511 - 11241607
Alignment:
Q  341 atggtgaaccattttgtgaaagagttcttgagaaagcataaactcgacattagtggagatccaagagccattaggaggctgaagactgcttgcgaga 437  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||    
T  11241511 atggtgaaccattttgtgaaagagttctcgaggaagtataaaatcgacattagtagagatccaagagcccttaggaggttgaagtctgcttgcgaga 11241607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1207 (Bit Score: 292; Significance: 1e-164; HSPs: 1)
Name: scaffold1207
Description:

Target: scaffold1207; HSP #1
Raw Score: 292; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 28 - 493
Target Start/End: Complemental strand, 1277 - 815
Alignment:
Q  28 ccttggatcaacagtgaaggatgttgttataactgtgcctgcatactttaatgactcacaacgccagtctactcgagatgcgggtgctattgctggcctc 127  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  1277 ccttggatcaacagtggaggatgttgttataactgtgcctgcatactttaatgactcacaacgccaatctactcgagatgcaggtgctattgctggcctc 1178  T
Q  128 aatgttttgcgaataatcaatgagcctactgcagcagcaattgcatatggccttgacttgaaaccatttaatcatggatgtagaaatgttttcatttttg 227  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||   |||||||     ||||||  ||||||||||||||||||||    
T  1177 aatgttttgggaatactcaatgagcctactgcagctgcaattgcatatggctttgacacaaaaccatca---catggacatagaaatgttttcatttttg 1081  T
Q  228 acttaggtggtggtactttggacgtgtctgttctcacatttgagaatggtgatatcaatgttaaggccattaatggagacactcacctcgggggacaaga 327  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||   ||||||||||||||| |||| |||||    
T  1080 acttaggtggtggtactttggacgtgtctgttctcaaatttgagaatggtgatatcaatgttaaggctattgtaggagacactcacctcagggggcaaga 981  T
Q  328 ctttgataatgcaatggtgaaccattttgtgaaagagttcttgagaaagcataaactcgacattagtggagatccaagagccattaggaggctgaagact 427  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  980 ctttgataacgcaatggtgaaccattttgtgaaagtgttcttaaggaagtataaaatcgacattagtggagatccaagagccgttaggaggctgaagact 881  T
Q  428 gcttgcgagagagctaaatgtacactttcaaccaataatcagactaccattgagatagattgttta 493  Q
    ||||| |||||| | ||| | | ||||||   ||||| | ||||||||||||||||||| ||||||    
T  880 gcttgtgagagatcaaaaaggatactttctgtcaatacttagactaccattgagatagagtgttta 815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 46; Significance: 5e-17; HSPs: 15)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 103 - 184
Target Start/End: Original strand, 13333307 - 13333388
Alignment:
Q  103 agatgcgggtgctattgctggcctcaatgttttgcgaataatcaatgagcctactgcagcagcaattgcatatggccttgac 184  Q
    |||||| ||||||||||||||||| ||| |  | |||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  13333307 agatgctggtgctattgctggccttaatatcattcgaataatcaatgaacctactgctgcagctattgcatatggccttgac 13333388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 104 - 184
Target Start/End: Original strand, 10494226 - 10494306
Alignment:
Q  104 gatgcgggtgctattgctggcctcaatgttttgcgaataatcaatgagcctactgcagcagcaattgcatatggccttgac 184  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |||||  | || ||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  10494226 gatgctggtgctattgctggccttaatgtcattcggataatcaatgaacctactgctgcagctattgcatatggccttgac 10494306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 104 - 184
Target Start/End: Original strand, 8585558 - 8585638
Alignment:
Q  104 gatgcgggtgctattgctggcctcaatgttttgcgaataatcaatgagcctactgcagcagcaattgcatatggccttgac 184  Q
    ||||| ||||| ||||||||||| |||||| || | ||||||||||| || ||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  8585558 gatgctggtgccattgctggccttaatgttatgaggataatcaatgaacccactgctgcagctattgcatatggccttgac 8585638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 105 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 8628847 - 8628768
Alignment:
Q  105 atgcgggtgctattgctggcctcaatgttttgcgaataatcaatgagcctactgcagcagcaattgcatatggccttgac 184  Q
    |||| ||||| ||||||||||| |||||| || | ||||||||||| || ||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  8628847 atgctggtgccattgctggccttaatgttatgaggataatcaatgaccccactgctgcagctattgcatatggccttgac 8628768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 103 - 181
Target Start/End: Original strand, 8382727 - 8382805
Alignment:
Q  103 agatgcgggtgctattgctggcctcaatgttttgcgaataatcaatgagcctactgcagcagcaattgcatatggcctt 181  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||||||  |||| |||||||||||||| ||||| || ||  ||||||||||||||    
T  8382727 agatgctggtgcgattgctggcctcaatgtaatgcggataatcaatgagccaactgccgctgctcttgcatatggcctt 8382805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 103 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 8602291 - 8602213
Alignment:
Q  103 agatgcgggtgctattgctggcctcaatgttttgcgaataatcaatgagcctactgcagcagcaattgcatatggcctt 181  Q
    |||||| ||||| |||||||| ||||||||  |||| |||||||||||||| |||||||| ||  ||||||||||||||    
T  8602291 agatgctggtgccattgctggtctcaatgtaatgcggataatcaatgagccaactgcagctgctcttgcatatggcctt 8602213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 110 - 184
Target Start/End: Original strand, 27830733 - 27830807
Alignment:
Q  110 ggtgctattgctggcctcaatgttttgcgaataatcaatgagcctactgcagcagcaattgcatatggccttgac 184  Q
    ||||| ||||||||||| |||||| |||| ||||| |  ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  27830733 ggtgccattgctggccttaatgttatgcggataataagcgagcctactgctgcagctattgcatatggccttgac 27830807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 103 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 8667736 - 8667655
Alignment:
Q  103 agatgcgggtgctattgctggcctcaatgttttgcgaataatcaatgagcctactgcagcagcaattgcatatggccttgac 184  Q
    |||||| ||| |||||||||| || |||||  | || ||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  8667736 agatgctggtactattgctggacttaatgtcattcggataatcaatgaacctactgcggcagctattgcatatggccttgac 8667655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 301 - 457
Target Start/End: Complemental strand, 8581819 - 8581663
Alignment:
Q  301 tggagacactcacctcgggggacaagactttgataatgcaatggtgaaccattttgtgaaagagttcttgagaaagcataaactcgacattagtggagat 400  Q
    ||||||||||||||| || ||  |||| ||||||||   ||||||||| || ||||||   ||||||  |||||| ||||||   || |||| |||| ||    
T  8581819 tggagacactcacctgggaggggaagattttgataacagaatggtgaatcactttgtgtcggagttcaagagaaaacataaagaggagattattggaaat 8581720  T
Q  401 ccaagagccattaggaggctgaagactgcttgcgagagagctaaatgtacactttca 457  Q
    |||| ||||||||| ||| ||| ||||||||| |||||||| ||| | |||||||||    
T  8581719 ccaaaagccattagaaggttgaggactgcttgtgagagagcgaaaaggacactttca 8581663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 104 - 184
Target Start/End: Original strand, 8671482 - 8671562
Alignment:
Q  104 gatgcgggtgctattgctggcctcaatgttttgcgaataatcaatgagcctactgcagcagcaattgcatatggccttgac 184  Q
    ||||| ||| |||||||||| || |||||  | || ||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  8671482 gatgctggtactattgctggacttaatgtcattcggataatcaatgaacctactgctgcagctattgcatatggccttgac 8671562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 103 - 177
Target Start/End: Complemental strand, 3147589 - 3147515
Alignment:
Q  103 agatgcgggtgctattgctggcctcaatgttttgcgaataatcaatgagcctactgcagcagcaattgcatatgg 177  Q
    |||||| |||| |||||||||||| ||| || |||| ||||||||||| |||||||| ||||| ||||| |||||    
T  3147589 agatgctggtgttattgctggccttaatattatgcggataatcaatgaacctactgctgcagctattgcgtatgg 3147515  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 103 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 8570628 - 8570550
Alignment:
Q  103 agatgcgggtgctattgctggcctcaatgttttgcgaataatcaatgagcctactgcagcagcaattgcatatggcctt 181  Q
    |||||| ||||  |||||||| ||||||||  |||| ||||||||||| || ||||| |||||  ||||||||||||||    
T  8570628 agatgcaggtgaaattgctggtctcaatgtaatgcggataatcaatgaaccgactgcggcagctcttgcatatggcctt 8570550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 115 - 177
Target Start/End: Original strand, 29577532 - 29577594
Alignment:
Q  115 tattgctggcctcaatgttttgcgaataatcaatgagcctactgcagcagcaattgcatatgg 177  Q
    ||||||||||||||||||  |||| ||||||||||| || ||||| || ||| ||||||||||    
T  29577532 tattgctggcctcaatgtaatgcggataatcaatgaaccaactgctgctgcacttgcatatgg 29577594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 103 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 8654767 - 8654686
Alignment:
Q  103 agatgcgggtgctattgctggcctcaatgttttgcgaataatcaatgagcctactgcagcagcaattgcatatggccttgac 184  Q
    |||||| ||||| |||||||| || || ||  | || ||| ||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  8654767 agatgctggtgccattgctggacttaacgtcattcggatactcaatgaacctactgccgcagctattgcatatggccttgac 8654686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 103 - 183
Target Start/End: Complemental strand, 6789829 - 6789749
Alignment:
Q  103 agatgcgggtgctattgctggcctcaatgttttgcgaataatcaatgagcctactgcagcagcaattgcatatggccttga 183  Q
    |||||| ||||| |||||||| || |||||| | |||||||||||||| || || || || ||  ||||||||||||||||    
T  6789829 agatgctggtgccattgctggtcttaatgttatacgaataatcaatgaaccaacagctgctgctcttgcatatggccttga 6789749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 45; Significance: 2e-16; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 104 - 184
Target Start/End: Original strand, 34466645 - 34466725
Alignment:
Q  104 gatgcgggtgctattgctggcctcaatgttttgcgaataatcaatgagcctactgcagcagcaattgcatatggccttgac 184  Q
    ||||| ||| ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| || ||||| ||||| ||||||||||| ||||||    
T  34466645 gatgctggtactattgctggccttaatgttttgcaaataatcaatgaacccactgctgcagctattgcatatggacttgac 34466725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 41; Significance: 0.00000000000005; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 103 - 183
Target Start/End: Original strand, 9335742 - 9335822
Alignment:
Q  103 agatgcgggtgctattgctggcctcaatgttttgcgaataatcaatgagcctactgcagcagcaattgcatatggccttga 183  Q
    |||||| ||| ||||||||||||| |||||  | || ||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  9335742 agatgctggtactattgctggccttaatgtcattcggataatcaatgaacctactgctgcagctattgcatatggccttga 9335822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 104 - 183
Target Start/End: Complemental strand, 30775568 - 30775489
Alignment:
Q  104 gatgcgggtgctattgctggcctcaatgttttgcgaataatcaatgagcctactgcagcagcaattgcatatggccttga 183  Q
    ||||| ||||| |||||||| || |||||| || ||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  30775568 gatgctggtgccattgctggtcttaatgttatgagaataattaatgagcccactgcagcagctattgcatatggacttga 30775489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 103 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 35132765 - 35132684
Alignment:
Q  103 agatgcgggtgctattgctggcctcaatgttttgcgaataatcaatgagcctactgcagcagcaattgcatatggccttgac 184  Q
    |||||| |||||||||||||| | ||||||| || || |||| ||||| |||||||| |||||  |||||||||||||||||    
T  35132765 agatgctggtgctattgctggtcccaatgttatgagagtaatgaatgaacctactgccgcagcggttgcatatggccttgac 35132684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 41; Significance: 0.00000000000005; HSPs: 5)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 104 - 184
Target Start/End: Original strand, 16661844 - 16661924
Alignment:
Q  104 gatgcgggtgctattgctggcctcaatgttttgcgaataatcaatgagcctactgcagcagcaattgcatatggccttgac 184  Q
    ||||| ||||| ||||||||||| || ||| || | ||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  16661844 gatgctggtgccattgctggccttaacgttgtgaggataatcaatgaacccactgcagcagctattgcatatggccttgac 16661924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 103 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 7542543 - 7542462
Alignment:
Q  103 agatgcgggtgctattgctggcctcaatgttttgcgaataatcaatgagcctactgcagcagcaattgcatatggccttgac 184  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||| || |   ||| ||||| |||||||| |||||  |||||||||||||||||    
T  7542543 agatgcgggtgccattgctggcctcaatgttatgagggcaatgaatgaacctactgccgcagctgttgcatatggccttgac 7542462  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 103 - 184
Target Start/End: Original strand, 16657368 - 16657449
Alignment:
Q  103 agatgcgggtgctattgctggcctcaatgttttgcgaataatcaatgagcctactgcagcagcaattgcatatggccttgac 184  Q
    |||||| ||||| || |||||||| |||||  | ||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||    
T  16657368 agatgctggtgccatcgctggccttaatgtcattcgaattatcaatgaacctactgctgcagctattgcatatggtcttgac 16657449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 306 - 438
Target Start/End: Complemental strand, 7542340 - 7542208
Alignment:
Q  306 acactcacctcgggggacaagactttgataatgcaatggtgaaccattttgtgaaagagttcttgagaaagcataaactcgacattagtggagatccaag 405  Q
    |||||||||| || ||| ||||||||||||||  ||||| |||| | |||||  ||||||||  ||||||| | ||| | |||||||||||  ||||||     
T  7542340 acactcaccttggtggagaagactttgataatagaatggcgaactactttgtacaagagttcaagagaaagaacaaagtggacattagtgggaatccaaa 7542241  T
Q  406 agccattaggaggctgaagactgcttgcgagag 438  Q
    |||| | |||||| |||  |||||||| |||||    
T  7542240 agccttgaggaggttgagaactgcttgtgagag 7542208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 104 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 14703724 - 14703644
Alignment:
Q  104 gatgcgggtgctattgctggcctcaatgttttgcgaataatcaatgagcctactgcagcagcaattgcatatggccttgac 184  Q
    ||||| |||| |||||| |||||||||||| || |  |||| ||||| ||||| || ||||| ||||||||||||||||||    
T  14703724 gatgctggtgttattgccggcctcaatgttatgagggtaatgaatgaacctacagctgcagctattgcatatggccttgac 14703644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000003; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 302 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 12528622 - 12528558
Alignment:
Q  302 ggagacactcacctcgggggacaagactttgataatgcaatggtgaaccattttgtgaaagagtt 366  Q
    |||||||||||||| || ||| | ||||||||||||  ||||||||| || ||||||||||||||    
T  12528622 ggagacactcaccttggaggagaggactttgataatcgaatggtgaatcactttgtgaaagagtt 12528558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University