View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21506_low_2 (Length: 600)

Name: NF21506_low_2
Description: NF21506
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21506_low_2
NF21506_low_2
[»] chr6 (16 HSPs)
chr6 (113-589)||(11155617-11156087)
chr6 (113-589)||(11196064-11196540)
chr6 (113-502)||(11160566-11160954)
chr6 (113-502)||(11199147-11199530)
chr6 (113-355)||(11241774-11242016)
chr6 (123-549)||(11132375-11132801)
chr6 (113-286)||(11315084-11315257)
chr6 (113-348)||(11208959-11209209)
chr6 (113-314)||(11275555-11275771)
chr6 (23-109)||(11209271-11209357)
chr6 (113-348)||(11170137-11170387)
chr6 (24-109)||(11275834-11275919)
chr6 (268-314)||(11319803-11319849)
chr6 (460-509)||(11169976-11170025)
chr6 (27-104)||(11199596-11199673)
chr6 (27-104)||(11241631-11241708)
[»] scaffold1207 (3 HSPs)
scaffold1207 (113-206)||(612-705)
scaffold1207 (217-257)||(546-586)
scaffold1207 (27-109)||(771-853)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (137-266)||(17259905-17260034)
chr7 (139-308)||(39985268-39985437)
chr7 (134-314)||(8102283-8102463)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (137-284)||(23596960-23597107)
chr4 (136-291)||(23588107-23588262)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (459-512)||(12527925-12527978)
chr8 (136-188)||(43744558-43744610)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (149-286)||(15594678-15594815)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 306; Significance: 1e-172; HSPs: 16)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 306; E-Value: 1e-172
Query Start/End: Original strand, 113 - 589
Target Start/End: Complemental strand, 11156087 - 11155617
Alignment:
Q  113 gtgggatagtcaagagtaacattcatgatgttgtgcttgttggtggctctactaggattgtaaaagtgcaacaacttttgagtgatttctttgatgggaa 212  Q
    ||||||| | |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||| |  |||||    
T  11156087 gtgggatggacaagagtagcattcatgatgttgtccttgttggtggctctaccaggattgtaaaagtgcaacaaatggtgagtgatttcttcggggggaa 11155988  T
Q  213 gcaattatgcaaaagcatcaatgcagatgaggcggttgcatatggcgctgctgtccatgcttctatattgagtggtgagtttagtgagaaggttcaagat 312  Q
    ||  |||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||      ||||    
T  11155987 gcttttatgcaaaagcatcaatgtcgatgaggcggtggcatatggcgctgctgtccatgcttctatattgagtggtgagtgtagtgagaa------agat 11155894  T
Q  313 ttactattgtcggaggtccttcctttgtcccttggattggagaaacatggggggattatggacataataatcccaaggaatacccacattcctaccgaca 412  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||| | |||||| || | |    
T  11155893 ttacaattgtcggaggtcattcctttgtcccttggattggagactcatggggggattatgaacacaataatccctaggaataccaaaattcctgccaaaa 11155794  T
Q  413 tggaagatgtattcaccacacatgttgacaaccaaatcaatattttaattcatgtttatgaaggtgagaggaaaatagctagggaaaacaacttgcttgg 512  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |  |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  11155793 tggaacatgtattcaccacacatttgcacaaccaaatgaatattctaattcatgtttatgaaggtgagaggaaaataactagggaaaacaacttgcttgg 11155694  T
Q  513 aaaatttgttttggaaattcctccggctccggcaggtggtcctcagattaaaatcagcttccaaatcgatgatgatg 589  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11155693 aaaatttgttttggaaattcctccggctccggcaggtgttcctcagattaaaatcagcttccaaatcgatgatgatg 11155617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 305; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 113 - 589
Target Start/End: Complemental strand, 11196540 - 11196064
Alignment:
Q  113 gtgggatagtcaagagtaacattcatgatgttgtgcttgttggtggctctactaggattgtaaaagtgcaacaacttttgagtgatttctttgatgggaa 212  Q
    ||||||| | |||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||| |  |||||    
T  11196540 gtgggatggacaagagtagcattcatgatgttgtccttgttggcggctctactaggattgtaaaagtgcaacaaatggtgagtgatttcttcggggggaa 11196441  T
Q  213 gcaattatgcaaaagcatcaatgcagatgaggcggttgcatatggcgctgctgtccatgcttctatattgagtggtgagtttagtgagaaggttcaagat 312  Q
    ||  |||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11196440 gcttttatgcaaaagcatcaatgtcgatgaggcggtggcatatggcgctgctgtccatgcttctatattgagtggtgagtttagtgagaaggttcaagat 11196341  T
Q  313 ttactattgtcggaggtccttcctttgtcccttggattggagaaacatggggggattatggacataataatcccaaggaatacccacattcctaccgaca 412  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| | |||||| || | |    
T  11196340 ttactattgtcggaggtcattcctttgtcccttggattggagaaacatggggggattatggaaataataatccctaggaataccaaaattcctgccaaaa 11196241  T
Q  413 tggaagatgtattcaccacacatgttgacaaccaaatcaatattttaattcatgtttatgaaggtgagaggaaaatagctagggaaaacaacttgcttgg 512  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |  |||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||    
T  11196240 tggaacatgtattcaccacacatttgcacaaccaaatgaatattctaattgatgtttatgaaggtgagaggaaaataactagggacaacaacttgctagg 11196141  T
Q  513 aaaatttgttttggaaattcctccggctccggcaggtggtcctcagattaaaatcagcttccaaatcgatgatgatg 589  Q
    || |||||| |||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||| | |||| |||||||||||||||| ||||    
T  11196140 aagatttgtgttggaaattcctcctgctgcggcaggtgttcctcagatcataatccgcttccaaatcgatgacgatg 11196064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 113 - 502
Target Start/End: Complemental strand, 11160954 - 11160566
Alignment:
Q  113 gtgggatagtcaagagtaacattcatgatgttgtgcttgttggtggctctactaggattgtaaaagtgcaacaacttttgagtgatttctttgatgggaa 212  Q
    ||||||| | |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||| |  |||||    
T  11160954 gtgggatggacaagagtagcattcatgatgttgtccttgttggtggctctactaggattgtaaaagtgcaacaaatggtgagtgatttcttcggggggaa 11160855  T
Q  213 gcaattatgcaaaagcatcaatgcagatgaggcggttgcatatggcgctgctgtccatgcttctatattgagtggtgagtttagtgagaaggttcaagat 312  Q
    ||  |||||||||||||||||||  |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  11160854 gcttttatgcaaaagcatcaatgtcgatgaggcagtggcatatggcgctgctgtccatgcttctatattgagtggtgagcgtagtgagaaggttcaagat 11160755  T
Q  313 ttactattgtcggaggtccttcctttgtcccttggattggagaaacatggggggattatggacataataatcccaaggaatacccacattcctaccgaca 412  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |  |||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||| | |||||| || | |    
T  11160754 ttactattgtcggaggtcattcctttgtcccttggattggagactc-gggggggattatgaacacaataatccctaggaataccaaaattcctgccaaaa 11160656  T
Q  413 tggaagatgtattcaccacacatgttgacaaccaaatcaatattttaattcatgtttatgaaggtgagaggaaaatagctagggaaaaca 502  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |  |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  11160655 tggaacatgtattcaccacacatttgcacaaccaaatgaatattctaattcatgtttatgaaggtgagaggaaaataactagggaaaaca 11160566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 223; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 113 - 502
Target Start/End: Complemental strand, 11199530 - 11199147
Alignment:
Q  113 gtgggatagtcaagagtaacattcatgatgttgtgcttgttggtggctctactaggattgtaaaagtgcaacaacttttgagtgatttctttgatgggaa 212  Q
    ||||||| | |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||| |  |||||    
T  11199530 gtgggatggacaagagtagcattcatgatgttgtccttgttggtggctctactaggattgtaaaagtgcaacaaatggtgagtgatttcttcggggggaa 11199431  T
Q  213 gcaattatgcaaaagcatcaatgcagatgaggcggttgcatatggcgctgctgtccatgcttctatattgagtggtgagtttagtgagaaggttcaagat 312  Q
    ||  |||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||      |||||    
T  11199430 gcttttatgcaaaagcatcaatgtcgatgaggcggtggcatatggcgctgctgtccatgcttctatattgagtggtgagtgtagtgaga------aagat 11199337  T
Q  313 ttactattgtcggaggtccttcctttgtcccttggattggagaaacatggggggattatggacataataatcccaaggaatacccacattcctaccgaca 412  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||| | |||||| || | |    
T  11199336 ttacaattgtcggaggtcattcctttgtcccttggattggagactcatggggggattatgaacacaataatccctaggaataccaaaattcctgccaaaa 11199237  T
Q  413 tggaagatgtattcaccacacatgttgacaaccaaatcaatattttaattcatgtttatgaaggtgagaggaaaatagctagggaaaaca 502  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |  ||||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  11199236 tggaacatgtattcaccacacatttgcacaaccacatgaatattctaattcatgtttatgaaggtgagaggaaaataactagggaaaaca 11199147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 163; E-Value: 9e-87
Query Start/End: Original strand, 113 - 355
Target Start/End: Original strand, 11241774 - 11242016
Alignment:
Q  113 gtgggatagtcaagagtaacattcatgatgttgtgcttgttggtggctctactaggattgtaaaagtgcaacaacttttgagtgatttctttgatgggaa 212  Q
    ||||||| | |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||| |  |||||    
T  11241774 gtgggatggacaagagtagcattcatgatgttgtccttgttggtggctctattaggattgtaaaagtgcaacaaatggtgagtgatttcttcggggggaa 11241873  T
Q  213 gcaattatgcaaaagcatcaatgcagatgaggcggttgcatatggcgctgctgtccatgcttctatattgagtggtgagtttagtgagaaggttcaagat 312  Q
    ||  |||||||||||||||||||  |||||||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11241874 gcttttatgcaaaagcatcaatgtcgatgaggctgtggcatatggcgctgttgtccatgcttctatattgagtggtgagtttagtgagaaggttcaagat 11241973  T
Q  313 ttactattgtcggaggtccttcctttgtcccttggattggaga 355  Q
    |||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||    
T  11241974 ttactattgtcggaggtcatttctttgtcccttggattggaga 11242016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 155; E-Value: 5e-82
Query Start/End: Original strand, 123 - 549
Target Start/End: Complemental strand, 11132801 - 11132375
Alignment:
Q  123 caagagtaacattcatgatgttgtgcttgttggtggctctactaggattgtaaaagtgcaacaacttttgagtgatttctttgatgggaagcaattatgc 222  Q
    ||||||||  |||||||||||||| |||||||| || ||||| |||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||| || ||| | ||||||    
T  11132801 caagagtagtattcatgatgttgtccttgttggcgggtctacgaggattgtaaaagtacaacaaatattgagtgatttctttgaaggaaaggagttatgc 11132702  T
Q  223 aaaagcatcaatgcagatgaggcggttgcatatggcgctgctgtccatgcttctatattgagtggtgagtttagtgagaaggttcaagatttactattgt 322  Q
    |||||||| ||||||||||| ||  |||||| ||| |||||||||||||| || ||||||| |||||| |||||||| ||||||   | ||| | || |     
T  11132701 aaaagcataaatgcagatgaagctattgcatgtggtgctgctgtccatgcatcaatattgaatggtgattttagtgaaaaggttagcgttttgcgatcga 11132602  T
Q  323 cggaggtccttcctttgtcccttggattggagaaacatggggggattatggacataataatcccaaggaatacccacattcctaccgacatggaagatgt 422  Q
     ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||   | ||| || || |||||||||   |||||||||  ||||||| | ||    
T  11132601 gggaggtcattcctttatcccttggattggagaaacatgggggaatcatgtcaacaatgattcctaggaataccttaattcctaccagcatggaacaagt 11132502  T
Q  423 attcaccacacatgttgacaaccaaatcaatattttaattcatgtttatgaaggtgagaggaaaatagctagggaaaacaacttgcttggaaaatttgtt 522  Q
    |||||| |||||| || | ||||||| ||||||||| ||||||||||| || ||||| || |||||| ||| ||  ||||||||||| ||||||||||||    
T  11132501 attcacaacacatcttcataaccaaaccaatattttgattcatgtttacgagggtgaaagaaaaataactatggggaacaacttgctaggaaaatttgtt 11132402  T
Q  523 ttggaaattcctccggctccggcaggt 549  Q
    ||||||||||| || ||||||||||||    
T  11132401 ttggaaattcccccagctccggcaggt 11132375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 113 - 286
Target Start/End: Original strand, 11315084 - 11315257
Alignment:
Q  113 gtgggatagtcaagagtaacattcatgatgttgtgcttgttggtggctctactaggattgtaaaagtgcaacaacttttgagtgatttctttgatgggaa 212  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||| | || ||| |||| |||||||| || |||    
T  11315084 gtgggatggtcaagagtgacattcatgatgttgtgcttgttggcggctctactaggattgtaaagctgcatcgacgtttaagtggtttctttggtgagaa 11315183  T
Q  213 gcaattatgcaaaagcatcaatgcagatgaggcggttgcatatggcgctgctgtccatgcttctatattgagtg 286  Q
    | |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||    
T  11315184 gaaattatgcaaaagcatcaatgctgataaggcggttgcatatggcgctgctgtccacgctgctatgttgagtg 11315257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 93; E-Value: 5e-45
Query Start/End: Original strand, 113 - 348
Target Start/End: Complemental strand, 11209209 - 11208959
Alignment:
Q  113 gtgggatagtcaagagtaacattcatgatgttgtgcttgttggtggctctactaggattgtaaaagtgcaacaacttttgagtgatttctttg------- 205  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||           
T  11209209 gtgggatagtgaagagtaacattcatgatgttgtgcttgttggcgggtctaccaggattgtaaaagtgcaacaacttttgattgatttctttggaattaa 11209110  T
Q  206 --------atgggaagcaattatgcaaaagcatcaatgcagatgaggcggttgcatatggcgctgctgtccatgcttctatattgagtggtgagtttagt 297  Q
             ||||| | | ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||   ||||||||| || ||    
T  11209109 aaaaggtagtgggacggagttatgtaaaagcatcaatgcagatgaggcagttgcatatggcgctgctgtccatgcttttatagcaagtggtgagatttgt 11209010  T
Q  298 gagaaggttcaagatttactattgtcggaggtccttcctttgtcccttgga 348  Q
    || ||| ||||||||||   ||||  ||| |||  ||||||||||||||||    
T  11209009 gaaaagtttcaagatttgacattgagggaagtcaatcctttgtcccttgga 11208959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 113 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 11275771 - 11275555
Alignment:
Q  113 gtgggatagtcaagagtaacattcatgatgttgtgcttgttggtggctctactaggattgtaaaagtgcaacaacttttgagtgatttctttga------ 206  Q
    ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||| | ||||||  ||||||||||||          
T  11275771 gtgggataaacaagagtaacattcatgatgttgtgcttgttggcgggtctaccaggattgtaaaagtgcaagaccttttggttgatttctttgaaattaa 11275672  T
Q  207 tg---------ggaagcaattatgcaaaagcatcaatgcagatgaggcggttgcatatggcgctgctgtccatgcttctatattgagtggtgagtttagt 297  Q
    ||         ||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| || ||    
T  11275671 tgagcatagcaggacgaagttatgcaaaagcatcaatgcagatgaggcggttgcatatggcgctgctatccatgcttttatattgagtggtgagctttgt 11275572  T
Q  298 gagaaggttcaagattt 314  Q
    || ||| ||||||||||    
T  11275571 gaaaagtttcaagattt 11275555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 83; E-Value: 5e-39
Query Start/End: Original strand, 23 - 109
Target Start/End: Original strand, 11209271 - 11209357
Alignment:
Q  23 gtcgaactttgcacgactaatcgttgacgaaaaatctttaccttcatttaaacaatctatctcaatgttagtcgcagtattgacaga 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11209271 gtcgaactttgcacgactaatcgttgacaaaaaatctttaccttcatttaaacaatctatctcaatgttagtcgcagtattgacaga 11209357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 81; E-Value: 8e-38
Query Start/End: Original strand, 113 - 348
Target Start/End: Complemental strand, 11170387 - 11170137
Alignment:
Q  113 gtgggatagtcaagagtaacattcatgatgttgtgcttgttggtggctctactaggattgtaaaagtgcaacaacttttgagtgatttctttg------- 205  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||           
T  11170387 gtgggatagtgaagagtaaaattcatgatgttgtgcttgttggcggctctaccaggattgtaaaagtgcaacaacgtttgattgatttctttggaattaa 11170288  T
Q  206 --------atgggaagcaattatgcaaaagcatcaatgcagatgaggcggttgcatatggcgctgctgtccatgcttctatattgagtggtgagtttagt 297  Q
             ||||| | | ||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||   ||||||| | || ||    
T  11170287 taagggtagtgggacggagttatgtaaaaacatcaatgtagatgaggcggttgcatatggcgctgctgtccatgcttttatagcaagtggtgcgatttgt 11170188  T
Q  298 gagaaggttcaagatttactattgtcggaggtccttcctttgtcccttgga 348  Q
    || ||| ||||||||||   ||||  ||| |||  ||||||||||||||||    
T  11170187 gaaaagtttcaagatttgacattgagggatgtcaatcctttgtcccttgga 11170137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 24 - 109
Target Start/End: Original strand, 11275834 - 11275919
Alignment:
Q  24 tcgaactttgcacgactaatcgttgacgaaaaatctttaccttcatttaaacaatctatctcaatgttagtcgcagtattgacaga 109  Q
    |||||||||||||||||||||   || || |||||| ||||||  |||||||| |||||||||||| ||||| || ||||||||||    
T  11275834 tcgaactttgcacgactaatcaacgaggagaaatctgtaccttggtttaaacattctatctcaatggtagtctcactattgacaga 11275919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 268 - 314
Target Start/End: Original strand, 11319803 - 11319849
Alignment:
Q  268 catgcttctatattgagtggtgagtttagtgagaaggttcaagattt 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||    
T  11319803 catgcttctatattgagtggtgagttttgtgaaaagtttcaagattt 11319849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 460 - 509
Target Start/End: Complemental strand, 11170025 - 11169976
Alignment:
Q  460 attcatgtttatgaaggtgagaggaaaatagctagggaaaacaacttgct 509  Q
    |||||||||||||| ||||||||| ||||| ||| ||| |||||||||||    
T  11170025 attcatgtttatgagggtgagaggcaaataactaaggacaacaacttgct 11169976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 27 - 104
Target Start/End: Original strand, 11199596 - 11199673
Alignment:
Q  27 aactttgcacgactaatcgttgacgaaaaatctttaccttcatttaaacaatctatctcaatgttagtcgcagtattg 104  Q
    |||||||| |||||||||| |||  | |||||| |||||| ||||||||  |||||||||||| | |||| |||||||    
T  11199596 aactttgcgcgactaatcgatgagtagaaatctataccttgatttaaactctctatctcaatggtggtcgtagtattg 11199673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 27 - 104
Target Start/End: Complemental strand, 11241708 - 11241631
Alignment:
Q  27 aactttgcacgactaatcgttgacgaaaaatctttaccttcatttaaacaatctatctcaatgttagtcgcagtattg 104  Q
    |||||||| |||||||||| |||  | |||||| |||||| ||||||||  |||||||||||| | |||| |||||||    
T  11241708 aactttgcgcgactaatcgatgagtagaaatctataccttgatttaaactctctatctcaatggtggtcgtagtattg 11241631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1207 (Bit Score: 46; Significance: 6e-17; HSPs: 3)
Name: scaffold1207
Description:

Target: scaffold1207; HSP #1
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 113 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 705 - 612
Alignment:
Q  113 gtgggatagtcaagagtaacattcatgatgttgtgcttgttggtggctctactaggattgtaaaagtgcaacaacttttgagtgatttctttga 206  Q
    ||||||||  |||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||| |||   ||||||  ||||||||||||    
T  705 gtgggataaacaagagtaactttcatgatgttgtccttgttggcggctctacaaggattgtaaaagttcaaggccttttggttgatttctttga 612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1207; HSP #2
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 217 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 586 - 546
Alignment:
Q  217 ttatgcaaaagcatcaatgcagatgaggcggttgcatatgg 257  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  586 ttatgcaaaagcatcaatgcagatgaggcggttgcatatgg 546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1207; HSP #3
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 27 - 109
Target Start/End: Original strand, 771 - 853
Alignment:
Q  27 aactttgcacgactaatcgttgacgaaaaatctttaccttcatttaaacaatctatctcaatgttagtcgcagtattgacaga 109  Q
    |||||||||||||||||||  || || |||| | ||||||  |||||||| |||||||||||| |||||  ||||||||||||    
T  771 aactttgcacgactaatcgacgaggagaaatttgtaccttggtttaaacactctatctcaatggtagtctaagtattgacaga 853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000004; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 137 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 17260034 - 17259905
Alignment:
Q  137 atgatgttgtgcttgttggtggctctactaggattgtaaaagtgcaacaacttttgagtgatttctttgatgggaagcaattatgcaaaagcatcaatgc 236  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||   |||||||| ||||| |||   ||||||||  | || ||| |||||||||| ||||||||  |    
T  17260034 atgatgttgtccttgttggtggatcttctaggattccgaaagtgcagcaactattgcaggatttcttcaagggtaaggaattatgcaagagcatcaaccc 17259935  T
Q  237 agatgaggcggttgcatatggcgctgctgt 266  Q
     |||||||| ||||| ||||| ||||||||    
T  17259934 tgatgaggctgttgcttatggtgctgctgt 17259905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 139 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 39985437 - 39985268
Alignment:
Q  139 gatgttgtgcttgttggtggctctactaggattgtaaaagtgcaacaacttttgagtgatttctttgatgggaagcaattatgcaaaagcatcaatgcag 238  Q
    |||||||| ||||| || || ||||| || |||  ||| || ||||||||||||   ||||||||| | || ||| |  ||||||| ||||| ||| | |    
T  39985437 gatgttgtccttgtaggaggttctaccagaattccaaaggttcaacaacttttgcaagatttctttaacggaaaggagctatgcaagagcataaatcctg 39985338  T
Q  239 atgaggcggttgcatatggcgctgctgtccatgcttctatattgagtggtgagtttagtgagaaggttca 308  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||||| || ||| |||| ||||||||||||   | ||||||||||||    
T  39985337 atgaggctgttgcatatggtgctgctgttcaggctgctatcttgagtggtgagggcaatgagaaggttca 39985268  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 134 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 8102463 - 8102283
Alignment:
Q  134 ttcatgatgttgtgcttgttggtggctctactaggattgtaaaagtgcaacaacttttgagtgatttctttgatgggaagcaattatgcaaaagcatcaa 233  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||   ||||| || ||||| |||   || |||||  |||| ||| |  ||||||||||||||||    
T  8102463 ttcatgatgttgttcttgttggtggttcaactaggattcccaaagttcagcaactgttgcaagacttcttcaatggtaaggagctatgcaaaagcatcaa 8102364  T
Q  234 tgcagatgaggcggttgcatatggcgctgctgtccatgcttctatattgagtggtgagtttagtgagaaggttcaagattt 314  Q
      | || ||||| ||||| ||||| || ||||| || ||| |||| |||||||||||    | ||||||||||||||||||    
T  8102363 ccccgacgaggctgttgcttatggtgccgctgttcaagctgctatcttgagtggtgaaggaaatgagaaggttcaagattt 8102283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000006; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 137 - 284
Target Start/End: Original strand, 23596960 - 23597107
Alignment:
Q  137 atgatgttgtgcttgttggtggctctactaggattgtaaaagtgcaacaacttttgagtgatttctttgatgggaagcaattatgcaaaagcatcaatgc 236  Q
    |||||||||| |||||||| || || |||||||||   || || ||||||||||||   ||||||||  |||||||| || | || || ||||||||  |    
T  23596960 atgatgttgttcttgttggcggatcgactaggattcccaaggttcaacaacttttgcaagatttcttcaatgggaaggaactttgtaagagcatcaaccc 23597059  T
Q  237 agatgaggcggttgcatatggcgctgctgtccatgcttctatattgag 284  Q
     |||||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||| |||| |||||    
T  23597060 tgatgaggctgttgcttatggcgctgcagtccaagctgctattttgag 23597107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 136 - 291
Target Start/End: Original strand, 23588107 - 23588262
Alignment:
Q  136 catgatgttgtgcttgttggtggctctactaggattgtaaaagtgcaacaacttttgagtgatttctttgatgggaagcaattatgcaaaagcatcaatg 235  Q
    ||||||||||| ||||||||||| || |||||||||   || || ||||||||||||   ||||||||  |||| ||| |  | || || ||||||||      
T  23588107 catgatgttgttcttgttggtggatccactaggattcccaaggttcaacaacttttgcaagatttcttcaatggaaaggagctttgtaagagcatcaacc 23588206  T
Q  236 cagatgaggcggttgcatatggcgctgctgtccatgcttctatattgagtggtgag 291  Q
    | ||||| || ||||||||||| || || ||||| ||| |||| ||||||||||||    
T  23588207 ccgatgaagctgttgcatatggggcagccgtccaagctgctattttgagtggtgag 23588262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000002; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 459 - 512
Target Start/End: Complemental strand, 12527978 - 12527925
Alignment:
Q  459 aattcatgtttatgaaggtgagaggaaaatagctagggaaaacaacttgcttgg 512  Q
    ||||||||||||||| || ||||| |  |||||||| |||||||||||||||||    
T  12527978 aattcatgtttatgagggcgagagaatgatagctagcgaaaacaacttgcttgg 12527925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 136 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 43744610 - 43744558
Alignment:
Q  136 catgatgttgtgcttgttggtggctctactaggattgtaaaagtgcaacaact 188  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||  |||||| ||||||||    
T  43744610 catgatgttgttcttgttggtggctcctctaggattccaaaagtacaacaact 43744558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000002; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 149 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 15594815 - 15594678
Alignment:
Q  149 ttgttggtggctctactaggattgtaaaagtgcaacaacttttgagtgatttctttgatgggaagcaattatgcaaaagcatcaatgcagatgaggcggt 248  Q
    |||||||||| ||| ||||||||   |||||||||||||| ||||  ||||| || || || ||| |||| ||||  ||||||||  | |||||||| ||    
T  15594815 ttgttggtgggtcttctaggattcccaaagtgcaacaactattgaaggattttttcgagggaaaggaattgtgcatgagcatcaaccctgatgaggctgt 15594716  T
Q  249 tgcatatggcgctgctgtccatgcttctatattgagtg 286  Q
    ||| ||||| || |||||||| ||| || | |||||||    
T  15594715 tgcttatggtgcagctgtccaggctgctttgttgagtg 15594678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University