View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21509_high_1 (Length: 724)

Name: NF21509_high_1
Description: NF21509
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21509_high_1
NF21509_high_1
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (18-714)||(24234003-24234697)
chr7 (383-476)||(6737868-6737962)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (18-563)||(41490412-41490956)
chr1 (294-426)||(45435636-45435770)
chr1 (22-138)||(45435926-45436041)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (18-563)||(55253977-55254533)
chr3 (212-525)||(14168118-14168431)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (197-404)||(1962984-1963191)
chr4 (121-464)||(6718184-6718523)
chr4 (22-426)||(14167441-14167844)
chr4 (400-555)||(1964543-1964699)
[»] scaffold0813 (1 HSPs)
scaffold0813 (121-464)||(153-492)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (61-294)||(14893025-14893257)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (285-387)||(19273414-19273516)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 623; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 623; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 714
Target Start/End: Complemental strand, 24234697 - 24234003
Alignment:
Q  18 tcaccaatttcaaaatttgatatcctccaatggtattattcgtcaaacttcatgtgccaatacacctcaacaaaatgggggtgtccgaacgaaaaaattg 117  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24234697 tcaccaatttcaaaatttgatgtcctccaatggtattattcgtcaaacatcatgtgcccatacacctcaacaaaatgggggtgtccgaacgaaaaaattg 24234598  T
Q  118 tcatctcattgaaaccactagaactcttttacttcattgtaatgtttcgtttcgtttttggggggatgttgttcttatggcatgctatcttataaattac 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||    
T  24234597 tcatctcattgaaaccactagaactcttttacttcattgtaatgtttcgtttcgtttttggggggatgtt---cttatggcatgctatcttataaattac 24234501  T
Q  218 atgtcttcctcggtcttaggtaatcaagtctcacactcggtccattttcctaatacccctttacactcgcttccaccccgtgtgtttgggtccacatgtt 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24234500 atgtcttcctcggtcttaggtaatcaagtcccacactcggtccattttcctaatacccttttacactcgcttccaccccgtgtgtttgggtccacatgtt 24234401  T
Q  318 ttgttcactatctttctcttggtcttgacaaactttcagccagatcattgaaatgtgtctttcttggttatcatcggtctcaaaaaggttatcgttgcta 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24234400 ttgttcactatctttctcttggtcttgacaaactttcagccagatcattgaaatgtgtctttcttggttatcatcggtctcaaaaaggttatcgttgcta 24234301  T
Q  418 ctctcctactcttcgat-gtacctcatttcagctgattttacattttttgagtctgttccnnnnnnnggggtcaactaatgtacctcttgacccacttca 516  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24234300 ctctcctactcttcgatggtacctcatttcagctgattttacattttttgagtccgttcctttttttggggtcaactaatgtacctcttgacccacttca 24234201  T
Q  517 ggctgatattcaacctcatctgatattgtccctcttcaacctattgtatatgtccagctttactcagatttccctccaagttctggatcttccctcatat 616  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24234200 ggctgatattcaacctcatctgatattgtccctcttcaacctattgtgtatgtccagcttgactcagatttccctccaagttctggatcttccctcatat 24234101  T
Q  617 tctagtattgagcaacgggtatacgcgttcttgttcatacatccatgtatccttgccttgtgcatgtttttctctctcatcaaacctcgctgtctgtg 714  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24234100 tctagtattgagcaacgggtatacgcgttcttgttcatacatccatgtatccttgccttgtgcatgtttttctctctcatcaaacctcgctgtctgtg 24234003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 383 - 476
Target Start/End: Original strand, 6737868 - 6737962
Alignment:
Q  383 ggttatcatcggtctcaaaaaggttatcgttgctactctcctactcttcgat-gtacctcatttcagctgattttacattttttgagtctgttcc 476  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||| || |||||| | ||| | |||| |||||||||||||| |||||||    
T  6737868 ggttatcgtcggtctcaaaagggttatcattgttactctcctactcttcaatggtaccttacttcggttgatgttacattttttgagactgttcc 6737962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 347; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 347; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 563
Target Start/End: Complemental strand, 41490956 - 41490412
Alignment:
Q  18 tcaccaatttcaaaatttgatatcctccaatggtattattcgtcaaacttcatgtgccaatacacctcaacaaaatgggggtgtccgaacgaaaaaattg 117  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||| |    
T  41490956 tcaccaatttcaaaattttatgtcctccaatggtattcttcatcaaacatcatgtgcccatacacctcaacaaaatggggttg-ccgaacggaaaaatcg 41490858  T
Q  118 tcatctcattgaaaccactagaactcttttacttcattgtaatgtttcgtttcgtttttggggggatgttgttcttatggcatgctatcttataaattac 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||| ||| |||||| | |||||||||||||||||||  |    
T  41490857 tcatctcattgaaaccactagaactcttttacttcatagtaatgttccgtatcgtttttggggg-atgctgttctaacggcatgctatcttataaatcgc 41490759  T
Q  218 atgtcttcctcggtcttaggtaatcaagtctcacactcggtccattttcctaatacccctttacactcgcttccaccccgtgtgtttgggtccacatgtt 317  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41490758 atgccttcctcggtcttaggtaatcaagtcccacactcggtcctttttcctaatacccctttacactcacttccaccccgtgtgtttgggtccacatgtt 41490659  T
Q  318 ttgttcactatctttctcttggtcttgacaaactttcagccagatcattgaaatgtgtctttcttggttatcatcggtctcaaaaaggttatcgttgcta 417  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||||||||||| || ||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41490658 ttgttcacgatctttctcctggtcttgacaaactctcggcccgatcactcaaatgtgtctttcttggttatcatcggtctcaaaaaggttatcgttgcta 41490559  T
Q  418 ctctcctactcttcga-tgtacctcatttcagctgattttacattttttgagtctgttccnnnnnnnggggtcaactaatgtacctcttgacccacttca 516  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||        |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  41490558 ctctcctactcttcgacggtacctcatgtcagctgatgttacattttttgagtctgttccttttttt-gggtcaaccaatgtacctcttgacccacttca 41490460  T
Q  517 ggctgatat-tcaacctcatctgatattgtccctcttcaacctattgt 563  Q
    |||||||||  ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  41490459 ggctgatatgccaacctcgtctgatattgttcctcttcaacctattgt 41490412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 294 - 426
Target Start/End: Complemental strand, 45435770 - 45435636
Alignment:
Q  294 cccgtgtgtttgggtccacatgttttgttcactatctttctct--tggtcttgacaaactttcagccagatcattgaaatgtgtctttcttggttatcat 391  Q
    ||||||| || | ||||||||||||||||||| |||| |||||  ||| ||||| ||  | ||| |  ||||| | || ||||| |||||||||||||||    
T  45435770 cccgtgtcttcgagtccacatgttttgttcacaatctctctctcctggccttgataagttgtcatctcgatcactcaagtgtgtttttcttggttatcat 45435671  T
Q  392 cggtctcaaaaaggttatcgttgctactctcctac 426  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  45435670 cggtcccaaaaaggttatcgttgctactctcctac 45435636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 22 - 138
Target Start/End: Complemental strand, 45436041 - 45435926
Alignment:
Q  22 caatttcaaaatttgatatcctccaatggtattattcgtcaaacttcatgtgccaatacacctcaacaaaatgggggtgtccgaacgaaaaaattgtcat 121  Q
    |||||||||||||| ||  | || ||||||||| |||  ||||| |||||| |  ||||||||||||||||| |||||  ||||||| ||| || | |||    
T  45436041 caatttcaaaattttatggcttctaatggtattcttcaccaaacatcatgtcctcatacacctcaacaaaat-ggggtagccgaacgtaaagatagacat 45435943  T
Q  122 ctcattgaaaccactag 138  Q
    |||||||||||||||||    
T  45435942 ctcattgaaaccactag 45435926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 320; Significance: 1e-180; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 320; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 18 - 563
Target Start/End: Original strand, 55253977 - 55254533
Alignment:
Q  18 tcaccaatttcaaaatttgatatcctccaatggtattattcgtcaaacttcatgtgccaatacacctcaacaaaatgggggtgtccgaacgaaaaaattg 117  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||| |    
T  55253977 tcaccaatttcaaaattttatgtcctccaatggtattcttcatcaaacatcatgtgcccatacacctcaacaaaatggggttg-ccgaacggaaaaatcg 55254075  T
Q  118 tcatctcattgaaaccactagaactcttttacttcattgtaatgtttcgtttcgtttttggggggatgttgttcttatggcatgctatcttataaattac 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||  |    
T  55254076 tcatctcattgaaaccactagaactcttttacttcatagtaatgttccgtttcgtttttggggggatggtgttctaaaggcatgctatcttataaatcgc 55254175  T
Q  218 atgtcttcctcggtcttaggtaatcaagtctcacactcggtccattttcctaatacccctttacactcgcttccaccccgtgtgtttgggtccacatgtt 317  Q
    ||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55254176 atgccttcctcagtcttaggtaatcaagtcccacactcggtcctttttccgaatacccctttacactcacttccaccccgtgtgtttgggtccacatgtt 55254275  T
Q  318 ttgttcactatctttctcttggtcttgacaaactttcagccagatcattgaaatgtgtctttcttggttatcatcggtctcaaaaaggttatcgttgcta 417  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||||||||||| || ||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  55254276 ttgttcacgatctttctcctggtcttgacaaactctcggcccgatcactcaaatgtgtctttcttggttatcatcggtctcaaaaaagttatcgttgcta 55254375  T
Q  418 ctctcctactcttcga-tgtacctcatttcagctgattttacattttttgagtctgttccnnnnnnnggggtcaa-----------ctaatgtacctctt 505  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||        |||||||           | ||||||||||||    
T  55254376 ctctcctactcttcgacggtacctcatgtcagctgatgttacattttttgagtctgttccttttttt-gggtcaaccaatgtacctccaatgtacctctt 55254474  T
Q  506 gacccacttcaggctgatat-tcaacctcatctgatattgtccctcttcaacctattgt 563  Q
    ||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  55254475 gacccacttcaggctgatatgccaacctcgtctgatattgttcctcttcaacctattgt 55254533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 170; E-Value: 7e-91
Query Start/End: Original strand, 212 - 525
Target Start/End: Complemental strand, 14168431 - 14168118
Alignment:
Q  212 aattacatgtcttcctcggtcttaggtaatcaagtctcacactcggtccattttcctaatacccctttacactcgcttccaccccgtgtgtttgggtcca 311  Q
    |||| |||| ||||||  |||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14168431 aattgcatgccttccttagtcttaggtaatcaagtcccacactcagtcctttttcctaatacctctttacactcgcttccaccccgtgtgtttgggtcca 14168332  T
Q  312 catgttttgttcactatctttctcttggtcttgacaaactttcagccagatcattgaaatgtgtctttcttggttatcatcggtctcaaaaaggttatcg 411  Q
    |||||||| ||||| ||||||||| | ||||||||||||| || ||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  14168331 catgtttttttcacgatctttctcctagtcttgacaaactctcggcccgatcactcaaatgtgtctttcttggttatcatcggtgtcaaaaaggttatcg 14168232  T
Q  412 ttgctactctcctactcttcga-tgtacctcatttcagctgattttacattttttgagtctgttccnnnnnnnggggtcaactaatgtacctcttgaccc 510  Q
    |||||||| |||| |||||| |  ||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||        |||||||| | |||||||||||||||    
T  14168231 ttgctactttcctcctcttctacggtacctcatctcagctgatgttacattttttaagtctgttccttttttt-gggtcaaccactgtacctcttgaccc 14168133  T
Q  511 acttcaggctgatat 525  Q
    |||||||||||||||    
T  14168132 acttcaggctgatat 14168118  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 108; Significance: 7e-54; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 108; E-Value: 7e-54
Query Start/End: Original strand, 197 - 404
Target Start/End: Original strand, 1962984 - 1963191
Alignment:
Q  197 gcatgctatcttataaattacatgtcttcctcggtcttaggtaatcaagtctcacactcggtccattttcctaatacccctttacactcgcttccacccc 296  Q
    |||||||||| |||||||  |||  |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||     
T  1962984 gcatgctatcctataaatcccattccttcctcggtcttaggtaatcaagtcccacactcggtcctcttttctaatacccctttacactcgcttccaccct 1963083  T
Q  297 gtgtgtttgggtccacatgttttgttcactatctttctcttggtcttgacaaactttcagccagatcattgaaatgtgtctttcttggttatcatcggtc 396  Q
     ||| |||||| |||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||| || ||| ||||| | |||||||||| | ||||||||||| | ||    
T  1963084 atgtatttgggcccacatgttttgttcactgtctttctccttgtcttgacaaactctcggcccgatcactcaaatgtgtctgttttggttatcatggatc 1963183  T
Q  397 tcaaaaag 404  Q
    ||||||||    
T  1963184 tcaaaaag 1963191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 86; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 121 - 464
Target Start/End: Complemental strand, 6718523 - 6718184
Alignment:
Q  121 tctcattgaaaccactagaactcttttacttcattgtaatgtttcgtttcgtttttggggggatgttgttcttatggcatgctatcttataaattacatg 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |||||||   ||  |||||||||  |||| |||||||| |||||| |  ||||| ||||||||||||| ||||    
T  6718523 tctcattgaaaccactagaactcttcaacttcataagaaa-tttcgtttcacttttagggggatgatgttctaacagcatgttatcttataaattgcatg 6718425  T
Q  221 tcttcctcggtcttaggtaatcaagtctcacactcggtccattttcctaatacccctttacactcgcttccaccccgtgtgtttgggtccacatgttttg 320  Q
    ||||| | ||||||| | ||| ||||| ||||||||||   ||||||||||| |  |||||||| |||||  ||  |||| ||| |||||||||||||||    
T  6718424 tcttcattggtcttacgaaataaagtcccacactcggttatttttcctaata-ctttttacacttgcttctgccttgtgtctttaggtccacatgttttg 6718326  T
Q  321 ttcactatctttctcttggtcttgacaaactttcagccagatcattgaaatgtgtctttcttggttatcatcggtctcaaaaaggttatcgttgctactc 420  Q
    |||||  |||| ||||| ||||||||||||| |||||| | ||||| || ||||    | |||||||| ||||||| ||||||| |  |||||| ||||     
T  6718325 ttcacagtcttactcttagtcttgacaaactctcagcccggtcattaaattgtg----ttttggttataatcggtcccaaaaagatgttcgttgttactt 6718230  T
Q  421 tcctactcttcga--tgtacctcatttcagctgattttacattttt 464  Q
    | |||||||||||   ||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  6718229 ttctactcttcgacgggtacctcatttcagccgatgttacattttt 6718184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 22 - 426
Target Start/End: Complemental strand, 14167844 - 14167441
Alignment:
Q  22 caatttcaaaatttgatatcctccaatggtattattcgtcaaacttcatgtgccaatacacctcaacaaaatgggggtgtccgaacgaaaaaattgtcat 121  Q
    |||||||||||||| ||  | || ||||||||| |||  ||||| |||||| |  |||||||||||||||||||||  | ||||||| |||||| | |||    
T  14167844 caatttcaaaattttatggcttctaatggtattcttcaccaaacatcatgtcctcatacacctcaacaaaatggggtag-ccgaacgtaaaaatcggcat 14167746  T
Q  122 ctcattgaaaccactagaactcttttacttcattgtaatgtttcgtttcgtttttggggggatgttgttcttatggcatgctatcttataaattacatgt 221  Q
    ||||||||||||||||| || ||  | || ||| | |||||||| |  |  ||||||||||||| |||| | |  ||||| |||||||||||| | ||||    
T  14167745 ctcattgaaaccactaggaccctacttctccatggaaatgtttcatcccaattttggggggatgctgttttaacagcatgttatcttataaatcatatgt 14167646  T
Q  222 cttcctcggtcttaggtaatcaagtctcacactcggtccattttcctaatacccctttacactcgcttccaccccgtgtgtttgggtccacatgttttgt 321  Q
    | || || ||| | | | || || |  | || ||| |   ||||||  || ||||| | ||| | ||||| |||||||| || |||||||||||||||||    
T  14167645 catcttctgtccttgatgataaaattcctcattcgattatttttccacattcccctcttcacccacttcctccccgtgtcttcgggtccacatgttttgt 14167546  T
Q  322 tcactatctttctcttggtcttgacaaactttcagccagatcattgaaatgtgtctttcttggttatcatcggtctcaaaaaggttatcgttgctactct 421  Q
    |||| |||| |||| ||| ||||| ||  | |||||  ||||| | || ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  14167545 tcacaatctctctcctggccttgataagttgtcagctcgatcactcaagtgtgtttttcttggttatcatcggtcccaaaaaggttatcgttgctactct 14167446  T
Q  422 cctac 426  Q
    |||||    
T  14167445 cctac 14167441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 400 - 555
Target Start/End: Original strand, 1964543 - 1964699
Alignment:
Q  400 aaaaggttatcgttgctactctcctactcttcgatg-tacctcatttcagctgattttacattttttgagtctgttccnnnnnnnggggtcaactaatgt 498  Q
    ||||| ||||| ||| |||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||  ||||||||||||||  | ||        ||| ||||| |||||    
T  1964543 aaaagtttatcattgttactctcctactcttctacggtacctcatttcagctgatggtacattttttgagttggatcatttttatggg-tcaacgaatgt 1964641  T
Q  499 acctcttgacccacttcaggctgatat-tcaacctcatctgatattgtccctcttcaa 555  Q
    |||||||||||| ||||| |||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  1964642 acctcttgaccctcttcaagctgatatgtcaatctcgtctgatattgtccctcttcaa 1964699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0813 (Bit Score: 86; Significance: 1e-40; HSPs: 1)
Name: scaffold0813
Description:

Target: scaffold0813; HSP #1
Raw Score: 86; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 121 - 464
Target Start/End: Original strand, 153 - 492
Alignment:
Q  121 tctcattgaaaccactagaactcttttacttcattgtaatgtttcgtttcgtttttggggggatgttgttcttatggcatgctatcttataaattacatg 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |||||||   ||  |||||||||  |||| |||||||| |||||| |  ||||| ||||||||||||| ||||    
T  153 tctcattgaaaccactagaactcttcaacttcataagaaa-tttcgtttcacttttagggggatgatgttctaacagcatgttatcttataaattgcatg 251  T
Q  221 tcttcctcggtcttaggtaatcaagtctcacactcggtccattttcctaatacccctttacactcgcttccaccccgtgtgtttgggtccacatgttttg 320  Q
    ||||| | ||||||| | ||| ||||| ||||||||||   ||||||||||| |  |||||||| |||||  ||  |||| ||| |||||||||||||||    
T  252 tcttcattggtcttacgaaataaagtcccacactcggttatttttcctaata-ctttttacacttgcttctgccttgtgtctttaggtccacatgttttg 350  T
Q  321 ttcactatctttctcttggtcttgacaaactttcagccagatcattgaaatgtgtctttcttggttatcatcggtctcaaaaaggttatcgttgctactc 420  Q
    |||||  |||| ||||| ||||||||||||| |||||| | ||||| || ||||    | |||||||| ||||||| ||||||| |  |||||| ||||     
T  351 ttcacagtcttactcttagtcttgacaaactctcagcccggtcattaaattgtg----ttttggttataatcggtcccaaaaagatgttcgttgttactt 446  T
Q  421 tcctactcttcga--tgtacctcatttcagctgattttacattttt 464  Q
    | |||||||||||   ||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  447 ttctactcttcgacgggtacctcatttcagccgatgttacattttt 492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 70; Significance: 3e-31; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 61 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 14893257 - 14893025
Alignment:
Q  61 caaacttcatgtgccaatacacctcaacaaaatgggggtgtccgaacgaaaaaattgtcatctcattgaaaccactagaactcttttacttcattgtaat 160  Q
    |||||||| |||||  |||||||||||||||||||||  | |||| || ||||||   ||| |||||||||| |||| ||| |||||||||||| | |||    
T  14893257 caaacttcttgtgctcatacacctcaacaaaatggggtag-ccgagcgcaaaaatcagcatttcattgaaactactataacacttttacttcatagcaat 14893159  T
Q  161 gtttcgtttcgtttttggggggatgttgttcttatggcatgctatcttataaattacatgtcttcctcggtcttaggtaatcaagtctcacactcggtcc 260  Q
    |||||||||| | ||||| |||||| |||||| | | ||| |||| |||||||  ||||||| || | ||| ||||||||||||||| |||||||  |||    
T  14893158 gtttcgtttcatatttggtgggatgatgttctaacgacattctatattataaaccacatgtcgtcattggtattaggtaatcaagtcccacactctatcc 14893059  T
Q  261 attttcctaatacccctttacactcgcttccacc 294  Q
     |||  ||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  14893058 ttttgtctaatacccatttacactctcttccacc 14893025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000005; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 285 - 387
Target Start/End: Complemental strand, 19273516 - 19273414
Alignment:
Q  285 cgcttccaccccgtgtgtttgggtccacatgttttgttcactatctttctcttggtcttgacaaactttcagccagatcattgaaatgtgtctttcttgg 384  Q
    ||||||||||| |||| |||  ||||||||||||||| ||| ||||||||| || |||||||||||| |||||| ||||| | || ||||| |||||| |    
T  19273516 cgcttccacccggtgtctttaagtccacatgttttgtccacaatctttctcctgttcttgacaaactctcagcccgatcactaaattgtgtgtttctttg 19273417  T
Q  385 tta 387  Q
    |||    
T  19273416 tta 19273414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University