View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21531_low_5 (Length: 207)

Name: NF21531_low_5
Description: NF21531
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21531_low_5
NF21531_low_5
[»] chr1 (12 HSPs)
chr1 (21-192)||(15002154-15002325)
chr1 (21-192)||(15037067-15037238)
chr1 (21-192)||(15032505-15032676)
chr1 (21-192)||(15011047-15011218)
chr1 (21-192)||(15017162-15017333)
chr1 (21-192)||(14522518-14522689)
chr1 (21-186)||(14467850-14468015)
chr1 (63-192)||(14532639-14532768)
chr1 (21-186)||(14504029-14504194)
chr1 (21-191)||(14482032-14482202)
chr1 (21-94)||(15025164-15025237)
chr1 (37-192)||(15040807-15040962)
[»] scaffold0400 (2 HSPs)
scaffold0400 (63-192)||(12868-12997)
scaffold0400 (33-184)||(6550-6701)
[»] scaffold0365 (2 HSPs)
scaffold0365 (63-192)||(13511-13640)
scaffold0365 (33-184)||(7194-7345)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (42-192)||(16102948-16103098)
chr7 (21-192)||(14605945-14606116)
chr7 (157-192)||(16025258-16025293)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 148; Significance: 3e-78; HSPs: 12)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 148; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 21 - 192
Target Start/End: Original strand, 15002154 - 15002325
Alignment:
Q  21 cataacaatctctctggtaccattccctcaagctttgttgatatgttaagcttgacaactgttgatatatcttacaaccagttggagggtccgattccaa 120  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  15002154 cataacaatctctctggtaccattccctaaagctttgttgatatgttaagcttgacaactgttgatatatcttacaaccagttggagggtccgactccaa 15002253  T
Q  121 gcattacagctttcaaaagagctccaagtgaagcactgagaaataacaaaggcttgtgtggtaatgtctctg 192  Q
     ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  15002254 acattacagctttcgaaagagctccaattgaagcactgagaaataacaaaggcttgtgtggtaatgtttctg 15002325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 148; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 21 - 192
Target Start/End: Original strand, 15037067 - 15037238
Alignment:
Q  21 cataacaatctctctggtaccattccctcaagctttgttgatatgttaagcttgacaactgttgatatatcttacaaccagttggagggtccgattccaa 120  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15037067 cataacaatctctctggtaccattcccttaagctttgttgatatgttaagcttgacaactgttgatatatcttacaaccagttggagggtccgattccaa 15037166  T
Q  121 gcattacagctttcaaaagagctccaagtgaagcactgagaaataacaaaggcttgtgtggtaatgtctctg 192  Q
     |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  15037167 acattacagctttcaaaagagctccaattgaagcattgacaaataacaaaggcttatgtggtaatgtctctg 15037238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 144; E-Value: 6e-76
Query Start/End: Original strand, 21 - 192
Target Start/End: Original strand, 15032505 - 15032676
Alignment:
Q  21 cataacaatctctctggtaccattccctcaagctttgttgatatgttaagcttgacaactgttgatatatcttacaaccagttggagggtccgattccaa 120  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  15032505 cataacaatctctctggtaccattccctcaagctttgttgatatgttaagcttgacaactgttgatatatcttacaaccagttggagggtccaattccaa 15032604  T
Q  121 gcattacagctttcaaaagagctccaagtgaagcactgagaaataacaaaggcttgtgtggtaatgtctctg 192  Q
     ||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  15032605 acattacagctttcaaaaaagctccaattgaagcattgacaaataacaaaggcttatgtggtaatgtctctg 15032676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 21 - 192
Target Start/End: Original strand, 15011047 - 15011218
Alignment:
Q  21 cataacaatctctctggtaccattccctcaagctttgttgatatgttaagcttgacaactgttgatatatcttacaaccagttggagggtccgattccaa 120  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  15011047 cataacaatctctctggtaccattccctcaagctttgttgatatgttaagcttgacaactgttgatatatcttacaaccaattggagggtccgattccaa 15011146  T
Q  121 gcattacagctttcaaaagagctccaagtgaagcactgagaaataacaaaggcttgtgtggtaatgtctctg 192  Q
       |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  15011147 atgttacagctttcaaaagagctccaattgaagcattgacaaataacaaaggcttatgtggtaatgtctctg 15011218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 132; E-Value: 9e-69
Query Start/End: Original strand, 21 - 192
Target Start/End: Original strand, 15017162 - 15017333
Alignment:
Q  21 cataacaatctctctggtaccattccctcaagctttgttgatatgttaagcttgacaactgttgatatatcttacaaccagttggagggtccgattccaa 120  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  15017162 cataacaatctctctggtaccattccctcaagctttgttgatatgttaagcttgacaactgttgatgtatcttacaaccagttggagggtccgactccaa 15017261  T
Q  121 gcattacagctttcaaaagagctccaagtgaagcactgagaaataacaaaggcttgtgtggtaatgtctctg 192  Q
     |||||||||||||  ||||||||||| ||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  15017262 acattacagctttcggaagagctccaattgaagcattgacaaataacaagggcttgtgtggtaatatctctg 15017333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 108; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 21 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 14522689 - 14522518
Alignment:
Q  21 cataacaatctctctggtaccattccctcaagctttgttgatatgttaagcttgacaactgttgatatatcttacaaccagttggagggtccgattccaa 120  Q
    ||||| ||||||| ||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||    
T  14522689 cataataatctctatggtaacattcccttaagcttttttgatatgttaagtttgacaactgttgatatatcttacaaccggttggagggtccaattccaa 14522590  T
Q  121 gcattacagctttcaaaagagctccaagtgaagcactgagaaataacaaaggcttgtgtggtaatgtctctg 192  Q
     ||||||||| ||| |||||||||||  ||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  14522589 acattacagcattccaaagagctccagttgaagcatttagaaataacaaaggcttgtgcggtaatgtctctg 14522518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 94; E-Value: 4e-46
Query Start/End: Original strand, 21 - 186
Target Start/End: Original strand, 14467850 - 14468015
Alignment:
Q  21 cataacaatctctctggtaccattccctcaagctttgttgatatgttaagcttgacaactgttgatatatcttacaaccagttggagggtccgattccaa 120  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||| ||  ||||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  14467850 cataataatctttctggtaccattctcttcagctcagttgatatgttaagcttgacaactgtagatatatcgtacaaccagttggagggtccgattccaa 14467949  T
Q  121 gcattacagctttcaaaagagctccaagtgaagcactgagaaataacaaaggcttgtgtggtaatg 186  Q
    ||||| |||| ||| ||   ||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||    
T  14467950 gcattccagccttccaacaggctccaattgaagcactgagaaacaacaaagacttgtgtggtaatg 14468015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 94; E-Value: 4e-46
Query Start/End: Original strand, 63 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 14532768 - 14532639
Alignment:
Q  63 atgttaagcttgacaactgttgatatatcttacaaccagttggagggtccgattccaagcattacagctttcaaaagagctccaagtgaagcactgagaa 162  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||| |||||||| ||||||||| ||||    
T  14532768 atgttaagcttgacaattgttgatatatcatacaaccaattggagggtccaattccaagcattacagccttccaaaaagctccaattgaagcacttagaa 14532669  T
Q  163 ataacaaaggcttgtgtggtaatgtctctg 192  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14532668 ataacaaaggcttgtgtggtaatgtctctg 14532639  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 86; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 21 - 186
Target Start/End: Original strand, 14504029 - 14504194
Alignment:
Q  21 cataacaatctctctggtaccattccctcaagctttgttgatatgttaagcttgacaactgttgatatatcttacaaccagttggagggtccgattccaa 120  Q
    ||||| ||||| |||||||| || ||||  |||| || |||||||||||||||||||| | |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  14504029 cataataatctgtctggtacgatcccctttagctctggtgatatgttaagcttgacaattattgatatatcatacaaccaattggagggtccgattccaa 14504128  T
Q  121 gcattacagctttcaaaagagctccaagtgaagcactgagaaataacaaaggcttgtgtggtaatg 186  Q
    ||||| |||| ||| ||  |||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||    
T  14504129 gcattccagccttccaacaagctccaattgaagcactgagaaacaacaaagacttgtgtggtaatg 14504194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 21 - 191
Target Start/End: Original strand, 14482032 - 14482202
Alignment:
Q  21 cataacaatctctctggtaccattccctcaagctttgttgatatgttaagcttgacaactgttgatatatcttacaaccagttggagggtccgattccaa 120  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||||||  || | || | | ||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  14482032 cataataatctttctggtaccattcccttcagatatggttagatgttaagcttgataactgtagatatatcgtacaaccagttggagggtccgattccaa 14482131  T
Q  121 gcattacagctttcaaaagagctccaagtgaagcactgagaaataacaaaggcttgtgtggtaatgtctct 191  Q
    ||||| |||| ||| | | | |||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||    
T  14482132 gcattccagccttccagaaaactccaattgaagcactgagaaacaacaaagacttgtgtggtaatgcctct 14482202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 74; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 21 - 94
Target Start/End: Original strand, 15025164 - 15025237
Alignment:
Q  21 cataacaatctctctggtaccattccctcaagctttgttgatatgttaagcttgacaactgttgatatatctta 94  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15025164 cataacaatctctctggtaccattccctcaagctttgttgatatgttaagcttgacaactgttgatatatctta 15025237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 37 - 192
Target Start/End: Original strand, 15040807 - 15040962
Alignment:
Q  37 gtaccattccctcaagctttgttgatatgttaagcttgacaactgttgatatatcttacaaccagttggagggtccgattccaagcattacagctttcaa 136  Q
    ||||||||||||  | || || ||| |||| | |||||||||||||||||||||| | |||||| ||| ||||||| |||||||  ||| || | |||      
T  15040807 gtaccattcccttgacctatggtgagatgtcaggcttgacaactgttgatatatcatgcaaccaattgaagggtccaattccaaaaatttcatccttcct 15040906  T
Q  137 aagagctccaagtgaagcactgagaaataacaaaggcttgtgtggtaatgtctctg 192  Q
    |  ||| |||  ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15040907 acaagccccatttgaagcattaagaaataacaaaggcttgtgtggtaatgtctctg 15040962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0400 (Bit Score: 86; Significance: 3e-41; HSPs: 2)
Name: scaffold0400
Description:

Target: scaffold0400; HSP #1
Raw Score: 86; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 63 - 192
Target Start/End: Original strand, 12868 - 12997
Alignment:
Q  63 atgttaagcttgacaactgttgatatatcttacaaccagttggagggtccgattccaagcattacagctttcaaaagagctccaagtgaagcactgagaa 162  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| | |||| |||| |||  || |||||||| ||||||||||||||    
T  12868 atgttaagcttgacaattgttgatatatcatacaaccaattggagggtccgattcctaacattccagccttcctaaaagctccaattgaagcactgagaa 12967  T
Q  163 ataacaaaggcttgtgtggtaatgtctctg 192  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12968 ataacaaaggcttgtgtggtaatgtctctg 12997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0400; HSP #2
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 33 - 184
Target Start/End: Original strand, 6550 - 6701
Alignment:
Q  33 tctggtaccattccctcaagctttgttgatatgttaagcttgacaactgttgatatatcttacaaccagttggagggtccgattccaagcattacagctt 132  Q
    ||||||||||||||||  | || || ||| |||| |||||| |||||| |||||||||| |||||||| || || ||||| ||||||| |||| |||| |    
T  6550 tctggtaccattcccttgacctatggtgagatgtcaagcttaacaactattgatatatcatacaaccaatttgaaggtccaattccaaacattccagcct 6649  T
Q  133 tcaaaagagctccaagtgaagcactgagaaataacaaaggcttgtgtggtaa 184  Q
    ||||||  ||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||    
T  6650 tcaaaaatgctccaattgaagcattaagaaataacaaaggcttgtgtggtaa 6701  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0365 (Bit Score: 86; Significance: 3e-41; HSPs: 2)
Name: scaffold0365
Description:

Target: scaffold0365; HSP #1
Raw Score: 86; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 63 - 192
Target Start/End: Original strand, 13511 - 13640
Alignment:
Q  63 atgttaagcttgacaactgttgatatatcttacaaccagttggagggtccgattccaagcattacagctttcaaaagagctccaagtgaagcactgagaa 162  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| | |||| |||| |||  || |||||||| ||||||||||||||    
T  13511 atgttaagcttgacaattgttgatatatcatacaaccaattggagggtccgattcctaacattccagccttcctaaaagctccaattgaagcactgagaa 13610  T
Q  163 ataacaaaggcttgtgtggtaatgtctctg 192  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13611 ataacaaaggcttgtgtggtaatgtctctg 13640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0365; HSP #2
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 33 - 184
Target Start/End: Original strand, 7194 - 7345
Alignment:
Q  33 tctggtaccattccctcaagctttgttgatatgttaagcttgacaactgttgatatatcttacaaccagttggagggtccgattccaagcattacagctt 132  Q
    ||||||||||||||||  | || || ||| |||| |||||| |||||| |||||||||| |||||||| || || ||||| ||||||| |||| |||| |    
T  7194 tctggtaccattcccttgacctatggtgagatgtcaagcttaacaactattgatatatcatacaaccaatttgaaggtccaattccaaacattccagcct 7293  T
Q  133 tcaaaagagctccaagtgaagcactgagaaataacaaaggcttgtgtggtaa 184  Q
    ||||||  ||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||    
T  7294 tcaaaaatgctccaattgaagcattaagaaataacaaaggcttgtgtggtaa 7345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 47; Significance: 5e-18; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 42 - 192
Target Start/End: Original strand, 16102948 - 16103098
Alignment:
Q  42 attccctcaagctttgttgatatgttaagcttgacaactgttgatatatcttacaaccagttggagggtccgattccaagcattacagctttcaaaagag 141  Q
    |||||||| ||||||| | | ||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||| |||||||||||  | || | ||||  |||||||| ||  |    
T  16102948 attccctctagctttgatcaaatgttaagcttgacatctgttgatatatcatataaccaattggagggtccactccccaacattcgagctttcagaaacg 16103047  T
Q  142 ctccaagtgaagcactgagaaataacaaaggcttgtgtggtaatgtctctg 192  Q
    || |||  ||||   |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  16103048 ctacaatcgaagtgttgagaaataataaagacttgtgtggtaatgtctctg 16103098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 21 - 192
Target Start/End: Original strand, 14605945 - 14606116
Alignment:
Q  21 cataacaatctctctggtaccattccctcaagctttgttgatatgttaagcttgacaactgttgatatatcttacaaccagttggagggtccgattccaa 120  Q
    ||||| ||||| ||||||   |||||||| ||||| | | | ||||| ||||| ||| ||||||||||||| || ||||| |||||||||||  | || |    
T  14605945 cataataatctttctggttttattccctctagcttcgatcagatgttcagcttaacatctgttgatatatcatataaccaattggagggtccactcccca 14606044  T
Q  121 gcattacagctttcaaaagagctccaagtgaagcactgagaaataacaaaggcttgtgtggtaatgtctctg 192  Q
      |||  ||||||||  |  ||| ||| |||||   |||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  14606045 atattcgagctttcagcaacgctacaattgaagtggtgagaaataataaaggcttgtgtggtaatgtctctg 14606116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 157 - 192
Target Start/End: Original strand, 16025258 - 16025293
Alignment:
Q  157 tgagaaataacaaaggcttgtgtggtaatgtctctg 192  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  16025258 tgagaaataataaaggcttgtgtggtaatgtctctg 16025293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University