View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21538_high_3 (Length: 627)

Name: NF21538_high_3
Description: NF21538
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21538_high_3
NF21538_high_3
[»] chr4 (22 HSPs)
chr4 (15-617)||(4011547-4012164)
chr4 (15-501)||(4003068-4003568)
chr4 (42-508)||(3811786-3812266)
chr4 (15-486)||(4026304-4026789)
chr4 (66-508)||(3821383-3821839)
chr4 (128-496)||(3952844-3953224)
chr4 (167-508)||(3915785-3916129)
chr4 (165-497)||(4220734-4221066)
chr4 (42-452)||(3926838-3927262)
chr4 (166-508)||(3988122-3988464)
chr4 (17-372)||(3962360-3962729)
chr4 (17-394)||(4019346-4019737)
chr4 (169-369)||(3825755-3825955)
chr4 (243-371)||(3792676-3792804)
chr4 (17-96)||(3948186-3948265)
chr4 (26-95)||(3805630-3805699)
chr4 (544-593)||(4026853-4026902)
chr4 (294-347)||(4318238-4318291)
chr4 (42-163)||(3916147-3916268)
chr4 (126-162)||(4220681-4220717)
chr4 (169-255)||(3805788-3805874)
chr4 (17-83)||(3953269-3953335)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (15-508)||(13398909-13399416)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (232-325)||(7069945-7070038)
chr8 (169-326)||(7086948-7087105)
chr8 (213-281)||(7035412-7035480)
chr8 (213-281)||(7028710-7028778)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 401; Significance: 0; HSPs: 22)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 401; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 617
Target Start/End: Original strand, 4011547 - 4012164
Alignment:
Q  15 agaactaaccgaaaatctgatgacttgattccggacaaattagcagatgtgttcaaagcatgtctccatatctgcaccttggaagaattatacnnnnnnn 114  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||           
T  4011547 agaactaaccgaaaatcagatgacttaattcctgacaaattagcagatgtgttcaaagcatgtctccatatctgcaccttggacgaattacacctttttt 4011646  T
Q  115 caagttcagtgaatgcattttcataactcttcttttgatgtcgtacatcagtag--------------aaaacaggtattacaatctgtccatatttctc 200  Q
    |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||              ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4011647 caagttcagcaaatgcattttcataactcttcttttgatgtcgtacatttgtaggatctaccccatagaaaacaggtattacaatctgtccatatttctc 4011746  T
Q  201 tttgcaatcaattattttcgcaagttcttctaaacaccaatgtgaagaagcatagttttctgagaatatgaccaatgaaatgggagatccctcaattgct 300  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  4011747 tttgcactcaattattttcgcaagttcttctaaacaccaatgtgaacaagcatagttttatgagaatatgaccaatgaaatgggagatccttcaattgct 4011846  T
Q  301 tcaacaagtgaatgtgatatgtcatctcccctcttaagtttctcatcaacaaaggcatttatttgctttcgaggaaaagccttaaccaaatggcaaaata 400  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||| |    
T  4011847 tcaacaagtgaatgtgacatgtcatctcccctcttaagtttctcatcaacaaaggcatttatttgctttcgaggaaaagcgataaccaaatggccaaaaa 4011946  T
Q  401 atccatggcggatgtcctcacccctaaagcttacaaaagcatcatactttgattggggagcaatgtttgacggtgccttttctgctacagccttcaattt 500  Q
    |||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  4011947 atccgtggcggatgtcttcacctctaaagcttacaaaaacatcatcctttgattggggagaaatgtttgacggtgccttttctgctacagccttcaattc 4012046  T
Q  501 aataacaacnnnnnnncttaggttcttcataaaaacttagatctctataacattaacaaaatacaacaacaatt-aaaaaatgttactacttaattatca 599  Q
    ||||| |||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||| ||||    
T  4012047 aataagaacgaaaaaacttaggttcttcataaaaacttagatctctataacattaacaaaatacaacaacaattaaaaaaaatttactacttaatcatca 4012146  T
Q  600 aaaagtgatgctattcat 617  Q
    ||||||||| ||||||||    
T  4012147 aaaagtgattctattcat 4012164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 233; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 15 - 501
Target Start/End: Original strand, 4003068 - 4003568
Alignment:
Q  15 agaactaaccgaaaatctgatgacttgattccggacaaattagcagatgtgttcaaagcatgtctccatatctgcaccttggaagaattatacnnnnnnn 114  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||  |||||||||||||  ||| |||            
T  4003068 agaactaaccgaaaatctaatgacttaattccagacaaattagcagatttgttcaaagcgtgtctccagttctgcaccttggacaaatgatatctttttt 4003167  T
Q  115 caagttcagtgaatgcattttcataactcttcttttgatgtcgtacatcagtag--------------aaaacaggtattacaatctgtccatatttctc 200  Q
    |||||||||  || ||| ||| |||||||||||||||||||| |||||  ||||              ||||||||||  |||||| |||||||||||||    
T  4003168 caagttcagaaaacgcacttttataactcttcttttgatgtcttacatttgtaggatctaccccatagaaaacaggtaaaacaatccgtccatatttctc 4003267  T
Q  201 tttgcaatcaattattttcgcaagttcttctaaacaccaatgtgaagaagcatagttttctgagaatatgaccaatgaaatgggagatccctcaattgct 300  Q
    |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||| |||||||||    
T  4003268 tttgcactcaattattttcacaagttcttctaaacaccaatgtgaagaagcatagttttctgagaatatgaccaatgaaatgaatgatccttcaattgct 4003367  T
Q  301 tcaacaagtgaatgtgatatgtcatctcccctcttaagtttctcatcaacaaaggcatttatttgctttcgaggaaaagccttaaccaaatggcaaaata 400  Q
    || ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||| |||||||| ||  |    
T  4003368 tctacaagtgcatgtgatatatcatctcccctcttaagtttttcgtcaacaaaggcatttatttgtttacgaggaaaagctttaatcaaatggccaagaa 4003467  T
Q  401 atccatggcggatgtcctcacccctaaagcttacaaaagcatcatactttgattggggagcaatgtttgacggtgccttttctgctacagccttcaattt 500  Q
    |||| || ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||  |||||||  |||||||||||||||| ||||||||||    
T  4003468 atccgtgacggatgtcctcgcccctaaagcttacaaaaacatcatactttaattggggagcatcgtttgacattgccttttctgctacacccttcaattt 4003567  T
Q  501 a 501  Q
    |    
T  4003568 a 4003568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 42 - 508
Target Start/End: Original strand, 3811786 - 3812266
Alignment:
Q  42 attccggacaaattagcagatgtgttcaaagcatgtctccatatctgcaccttggaagaattatacnnnnnnncaagttcagtgaatgcattttcataac 141  Q
    ||||| ||||||||||||||  | |||||||||||| |||||||||||||||  || ||| |||||       || |||||| |||||||||||||||||    
T  3811786 attcctgacaaattagcagaatttttcaaagcatgtttccatatctgcacctcagacgaactataccttttttcatgttcagcgaatgcattttcataac 3811885  T
Q  142 tcttcttttgatgtcgtacatcagtag--------------aaaacaggtattacaatctgtccatatttctctttgcaatcaattattttcgcaagttc 227  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||              |||| |||||||||||  ||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||| ||    
T  3811886 tcttcttttgatgtcgtacatctgtaggatctactccgtagaaaataggtattacaaaatgtccatatgtctctttgcactcaattattttcacaagctc 3811985  T
Q  228 ttctaaacaccaatgtgaagaagcatagttttctgagaatatgaccaatgaaatgggagatccctcaattgcttcaacaagtgaatgtgatatgtcatct 327  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  3811986 atctaaacaccaatgtgaagaagcatagttttctgagaatatgaccaatgaaatgggagatccttccattgcttctacaagtgaatgtgatatgtcatct 3812085  T
Q  328 cccctcttaagtttctcatcaacaaaggcatttatttgctttcgaggaaaagccttaaccaaatggcaaaataatccatggcggatgtcctcacccctaa 427  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||| ||  ||    | |||||||||||| |||||||    
T  3812086 cccctcttaagtttctcatcaagaaaggcatttatttgctttcgagaaaaagcctcagccaaatggctaagaaagaacttgcggatgtcctcgcccctaa 3812185  T
Q  428 agcttacaaaagcatcatactttgattggggagcaatgtttgacggtgccttttctgctacagccttcaatttaataacaa 508  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||| |||| | |||||| |  | || ||||||||||| ||||||| ||| ||||||    
T  3812186 agcttacaaaaacatcatactttgattgaggagtattgtttggcatttccctttctgctacacccttcaacttattaacaa 3812266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 218; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 15 - 486
Target Start/End: Original strand, 4026304 - 4026789
Alignment:
Q  15 agaactaaccgaaaatctgatgacttgattccggacaaattagcagatgtgttcaaagcatgtctccatatctgcaccttggaagaattatacnnnnnnn 114  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||| ||||| ||||| ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||  | ||| ||| |           
T  4026304 agaactaaccgataatctaatgacttaattcctgacaagttagcagatttgttcaaagcatatctccatatctgcaccttcaacgaactatgcctttttt 4026403  T
Q  115 caagttcagtgaatgcattttcataactcttcttttgatgtcgtacatcagtag--------------aaaacaggtattacaatctgtccatatttctc 200  Q
    |||||||||  ||||||||| |||||||||| ||| |||||||||| |  ||||              ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4026404 caagttcagcaaatgcatttccataactcttttttagatgtcgtacgtttgtaggatctaccccatagaaaacaggtattacaatctgtccatatttctc 4026503  T
Q  201 tttgcaatcaattattttcgcaagttcttctaaacaccaatgtgaagaagcatagttttctgagaatatgaccaatgaaatgggagatccctcaattgct 300  Q
    |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||   ||||| || ||||||    
T  4026504 tttgcaatcaattattttcaaaagttcttctaaacaccaacttgaagaagcatagttttctgagaatatgatcaatgaaatgaatgatccttctattgct 4026603  T
Q  301 tcaacaagtgaatgtgatatgtcatctcccctcttaagtttctcatcaacaaaggcatttatttgctttcgaggaaaagccttaaccaaatggcaaaata 400  Q
    || ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||  |    
T  4026604 tctacaagtgaattcgatatgtcatctcccctcttaagtttgtcatcaacaaaggcatttatttgctttcgagaaaaagccttagccaaatggccaagaa 4026703  T
Q  401 atccatggcggatgtcctcacccctaaagcttacaaaagcatcatactttgattggggagcaatgtttgacggtgccttttctgct 486  Q
    | || |||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||| ||| |||||| |||| |||  |||||||||||||    
T  4026704 agccgtggcggatgtcctcacccctaaagtttacgaaaacatcatactttggttgaggagcattgttagacattgccttttctgct 4026789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 66 - 508
Target Start/End: Original strand, 3821383 - 3821839
Alignment:
Q  66 ttcaaagcatgtctccatatctgcaccttggaagaattatacnnnnnnncaagttcagtgaatgcattttcataactcttcttttgatgtcgtacat--- 162  Q
    |||||||| | |||||||||||||||||  || ||||||| |       |||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||       
T  3821383 ttcaaagcgtctctccatatctgcacctgagacgaattatgcattttttcaagtttagaaaatgcattttcataactcttcttttgatgtcgtacatttg 3821482  T
Q  163 -----------cagtagaaaacaggtattacaatctgtccatatttctctttgcaatcaattattttcgcaagttcttctaaacaccaatgtgaagaagc 251  Q
               | |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||| || |||||||||||||||||||||||    
T  3821483 tgggttttactccgtagaaaataggtaatacaatctgtccatatttctctttgcactcgattattttcacaagctcatctaaacaccaatgtgaagaagc 3821582  T
Q  252 atagttttctgagaatatgaccaatgaaatgggagatccctcaattgcttcaacaagtgaatgtgatatgtcatctcccctcttaagtttctcatcaaca 351  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||   |||||||||    
T  3821583 atagttttttgagaatatgaccaatgaaatgggagatccttcaattgcttcaaaaagtgaatgtgatatgtcatctcccctcgtaagtgcgtcatcaaca 3821682  T
Q  352 aaggcatttatttgctttcgaggaaaagccttaaccaaatggcaaaataatccatggcggatgtcctcacccctaaagcttacaaaagcatcatactttg 451  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  || |  |||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||     
T  3821683 aaggcatttatttgctttcgaggaaaagccttaaccaaatggctaagaaagctgtggcggatatcctcgcccctaaagcttacaaaaacatcatacttta 3821782  T
Q  452 attggggagcaatgtttgacggtgccttttctgctacagccttcaatttaataacaa 508  Q
    |||| |||| | |||||| |  | || ||||||||||| ||||||| ||| ||||||    
T  3821783 attgaggagtattgtttggcatttccctttctgctacacccttcaacttattaacaa 3821839  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 128 - 496
Target Start/End: Complemental strand, 3953224 - 3952844
Alignment:
Q  128 tgcattttcataactcttcttttgatgtcgtacatc--------------agtagaaaacaggtattacaatctgtccatatttctctttgcaatcaatt 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||               ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||    
T  3953224 tgcattttcataactcttcttttgatgtcgtacatctgtaggacctacctcgtagaaaacaggtattacaatctgtccatttttctctctgcactcaatt 3953125  T
Q  214 attttcgcaagttcttctaaacaccaatgtgaagaagcatagttttctgagaatatgaccaatgaaatgggagatccctcaattgcttcaacaagtgaat 313  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||   ||||| ||||||||||||| || ||||     
T  3953124 attttcacaagttcttctaaacaccaacgtgaagaagcatagttttctgagaatatgatcaatgaaatgaacgatccttcaattgcttcaaaaattgaa- 3953026  T
Q  314 gtgatatgtcatctcccctcttaagtttctcatcaacaaaggcatttatttgctttcgaggaaaagccttaaccaaatggcaaaataatccatggcggat 413  Q
     ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| | ||  || || ||||||||    
T  3953025 -tgatatgtcatctcccctcttaagtttgtcatcaacaaaggcatttatttgcttttgaggaaaagccttagccaaatgaccaagaaagccgtggcggat 3952927  T
Q  414 gtcctcacccctaaagcttacaaaagcatcatactttgattggggagcaatgtttgacggtgccttttctgctacagccttca 496  Q
    |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| | ||||||||  || ||||||||||||| ||||||    
T  3952926 gtcctctcccctaaagcttacaaaaacatcatactttgattcgggagaattgtttgacattgtcttttctgctacacccttca 3952844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 151; E-Value: 1e-79
Query Start/End: Original strand, 167 - 508
Target Start/End: Complemental strand, 3916129 - 3915785
Alignment:
Q  167 agaaaacaggtattacaatctgtccatatttctctttgcaatcaattattttcgcaagttcttctaaacaccaatgtgaagaagcatagttttctgagaa 266  Q
    ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| || |||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  3916129 agaaaacaggtattacaatttgtgcatatttctctttacactcaactattttcacaagttcttttaaacaccaatgtgaacaagcatagttttctgagaa 3916030  T
Q  267 tatgaccaatgaaatgggagatccctcaattgcttcaacaagtgaatgtgatatgtcatctcccctcttaagtttctcatcaacaaaggcatttatttgc 366  Q
    ||||| ||||||||||   ||||| || ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  3916029 tatgatcaatgaaatgaatgatccttcgattgcttcaccaagtgaatctgatatgtcatctcccctcttaagtttgtcatcaacaaaagcatttatttgc 3915930  T
Q  367 tttcgaggaaaagccttaaccaaatggcaaaataatccatggcggatgtcctcacccctaaagcttacaaaagcatcatactttgatt---ggggagcaa 463  Q
    ||| ||  |||||||||||||||||||| ||  || ||    ||||| ||||  || ||||||||||||||| ||||||||||||| |   | |||| |     
T  3915929 ttttgacaaaaagccttaaccaaatggctaagaaagccgctacggatttccttgccactaaagcttacaaaaacatcatactttgaatgaggaggagtat 3915830  T
Q  464 tgtttgacggtgccttttctgctacagccttcaatttaataacaa 508  Q
    ||||||||  || |||||| || ||| ||||||||||| ||||||    
T  3915829 tgtttgacattgtcttttccgcaacacccttcaatttattaacaa 3915785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 141; E-Value: 1e-73
Query Start/End: Original strand, 165 - 497
Target Start/End: Original strand, 4220734 - 4221066
Alignment:
Q  165 gtagaaaacaggtattacaatctgtccatatttctctttgcaatcaattattttcgcaagttcttctaaacaccaatgtgaagaagcatagttttctgag 264  Q
    |||||||| |||||||||||  ||||||||||||||| |||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  4220734 gtagaaaataggtattacaagttgtccatatttctctctgcactcaattatttttacaagttcttctaaacaccaatgtgaagaagcatagttttcagag 4220833  T
Q  265 aatatgaccaatgaaatgggagatccctcaattgcttcaacaagtgaatgtgatatgtcatctcccctcttaagtttctcatcaacaaaggcatttattt 364  Q
    |||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||||| | ||||||||||  ||||||||    
T  4220834 aatatgaccaatgaaatggatgatccttcaattgcttcaccaagtgaatgtgatatgtcatctcctttcttaagtttgtaatcaacaaagatatttattt 4220933  T
Q  365 gctttcgaggaaaagccttaaccaaatggcaaaataatccatggcggatgtcctcacccctaaagcttacaaaagcatcatactttgattggggagcaat 464  Q
    | ||||||  |||||||| |  ||| | || ||  || || | |||||  || |  |||||||||||||||||| ||||| |||||||||  |||| | |    
T  4220934 gttttcgaataaaagcctcatacaatttgccaagaaagccgtcgcggacatcatttcccctaaagcttacaaaaacatcaaactttgatttaggagtatt 4221033  T
Q  465 gtttgacggtgccttttctgctacagccttcaa 497  Q
    |||||||  ||| ||||||||| || |||||||    
T  4221034 gtttgacattgctttttctgctgcacccttcaa 4221066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 133; E-Value: 8e-69
Query Start/End: Original strand, 42 - 452
Target Start/End: Complemental strand, 3927262 - 3926838
Alignment:
Q  42 attccggacaaattagcagatgtgttcaaagcatgtctccatatctgcaccttggaagaattatacnnnnnnncaagttcagtgaatgcattttcataac 141  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |||| || |||||||   | ||  |||||       || ||||||  ||||||||||||||||    
T  3927262 attcctgacaaattagcagatgttttcaaagcatgtttccacatgtgcacctcatatgagctatactttttttcatgttcagcaaatgcattttcataac 3927163  T
Q  142 tcttcttttgatgtcgtacatcagtag--------------aaaacaggtattacaatctgtccatatttctctttgcaatcaattattttcgcaagttc 227  Q
    || | ||||||||||||||||| ||||              ||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||| || |||| ||||||| |||||||    
T  3927162 tccttttttgatgtcgtacatctgtaggatctacccggtagaaaacgggtattacaatttgtgcatatttctctttacactcaactattttcacaagttc 3927063  T
Q  228 ttctaaacaccaatgtgaagaagcatagttttctgagaatatgaccaatgaaatgggagatccctcaattgcttcaacaagtgaatgtgatatgtcatct 327  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||| |||  ||||||  ||||| |  ||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  3927062 ttctaaacaccaatgtgaacaagcatatttttctgaaaatatgatcaacaaaatggatgatcctttgattgcttcaacaagtgaatctgatatgtcatct 3926963  T
Q  328 cccctcttaagtttctcatcaacaaaggcatttatttgctttcgaggaaaagccttaaccaaatggcaaaataatccatggcggatgtcctcacccctaa 427  Q
    ||||| | |||||| ||||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||  || |     || |||||||  || ||||    
T  3926962 cccctgtgaagtttgtcatcaacaaaagcatttatttgcttttgaagaaaagccttaaccaaatggctaagaaagctgctacgaatgtccttgccactaa 3926863  T
Q  428 agcttacaaaagcatcatactttga 452  Q
    ||||||||||| |||||||||||||    
T  3926862 agcttacaaaaacatcatactttga 3926838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 123; E-Value: 7e-63
Query Start/End: Original strand, 166 - 508
Target Start/End: Original strand, 3988122 - 3988464
Alignment:
Q  166 tagaaaacaggtattacaatctgtccatatttctctttgcaatcaattattttcgcaagttcttctaaacaccaatgtgaagaagcatagttttctgaga 265  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||   | || |||||| || ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||    
T  3988122 tagaaaacaggtattataatctgtccacgatcctttttgcactcgattattttcacaagttcatctaaacaccaatgtgaagaagaataattttttgaga 3988221  T
Q  266 atatgaccaatgaaatgggagatccctcaattgcttcaacaagtgaatgtgatatgtcatctcccctcttaagtttctcatcaacaaaggcatttatttg 365  Q
    ||||||||||||||||    || || ||||||||||||||||||||||||   || |||||||||||||||| | | |  || |||||| |||||||||     
T  3988222 atatgaccaatgaaattaacgagccttcaattgcttcaacaagtgaatgtttgatttcatctcccctcttaattatgttgtctacaaagacatttatttt 3988321  T
Q  366 ctttcgaggaaaagccttaaccaaatggcaaaataatccatggcggatgtcctcacccctaaagcttacaaaagcatcatactttgattggggagcaatg 465  Q
    |||| || ||||||||||||||||||||| ||  || || |  ||||||||||  ||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||  ||    
T  3988322 cttttgacgaaaagccttaaccaaatggccaagaaagccgtctcggatgtccttgcccctaaagctcacaaaaacatcatattttgattggggagcgttg 3988421  T
Q  466 tttgacggtgccttttctgctacagccttcaatttaataacaa 508  Q
     |||||  || ||||||| ||||| ||||||| ||| ||||||    
T  3988422 gttgacattgacttttctcctacacccttcaacttattaacaa 3988464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 17 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 3962729 - 3962360
Alignment:
Q  17 aactaaccgaaaatctgatgacttgattccggacaaattagcagatgtgttcaaagcatgtctccatatctgcaccttggaagaattatacnnnnnnnca 116  Q
    |||| ||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||  ||  |||||             
T  3962729 aacttaccgaaaatctgatgacttaattccagataaattagcagatttgttcaaagcatgtctccaaatttgcaccttggtggagctataccctctttgg 3962630  T
Q  117 agttcagtgaatgcattttcataactcttcttttgatgtcgtacatcagtag--------------aaaacaggtattacaatctgtccatatttctctt 202  Q
    ||||||   |||||||| ||||||||||| ||||||| || |||||| ||||              |||| |||||| || ||||||||||||||||||     
T  3962629 agttcaacaaatgcattatcataactcttgttttgatatcttacatctgtaggatctacctgataaaaaataggtataacgatctgtccatatttctctc 3962530  T
Q  203 tgcaatcaattattttcgcaagttcttctaaacaccaatgtgaagaagcatagttttctgagaatatgaccaatgaaatgggagatccctcaattgcttc 302  Q
    |||| | || | || |  ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||  | ||| ||||||| ||| |||||    ||||| |||||||||      
T  3962529 tgcattgaagtgttgtaacaagttcttctaaacaccaacatgaagaagcatagtcgtgtgaaaatatgatcaaggaaattaacgatccttcaattgctct 3962430  T
Q  303 aacaagtgaatgtgatatgtcatctcccctcttaagtttctcatcaacaaaggcatttatttgctttcga 372  Q
     |||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||| |||||||    
T  3962429 gacaagtgattgtggtatttcatctcccctcttaagtttatcatctacaaaggcttttattttctttcga 3962360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 17 - 394
Target Start/End: Original strand, 4019346 - 4019737
Alignment:
Q  17 aactaaccgaaaatctgatgacttgattccggacaaattagcagatgtgttcaaagcatgtctccatatctgcaccttggaagaattatacnnnnnnnca 116  Q
    |||| ||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||  ||  |||||        |    
T  4019346 aacttaccgaaaatctgatgacttaattccagataaattagcagatttgttcaaagcatgtctccaaatttgcaccttggtggagctatacactctttga 4019445  T
Q  117 agttcagtgaatgcattttcataactcttcttttgatgtcgtacatcagtag--------------aaaacaggtattacaatctgtccatatttctctt 202  Q
     |||||   ||||||||||||||||||||| |||||| || |||||| | ||              |||| |||||  ||||| |||||||||||||||     
T  4019446 tgttcaacaaatgcattttcataactcttcatttgatatcttacatctgcaggatctatcccataaaaaataggtacaacaatttgtccatatttctctc 4019545  T
Q  203 tgcaatcaattattttcgcaagttcttctaaacaccaatgtgaagaagcatagttttctgagaatatgaccaatgaaatgggagatccctcaattgcttc 302  Q
    |||| | || |||| |  |||||||||| ||||||||  ||||||||||||||| || ||||||||||| ||| |||||    ||||| |||||| ||      
T  4019546 tgcattgaagtattgtgacaagttcttccaaacaccagcgtgaagaagcatagtcttgtgagaatatgatcaaggaaattaatgatccttcaattcctct 4019645  T
Q  303 aacaagtgaatgtgatatgtcatctcccctcttaagtttctcatcaacaaaggcatttatttgctttcgaggaaaagccttaaccaaatggc 394  Q
     |||||||| |||  ||| ||||||||||||||||| |  |||||||||||||| ||||||| ||||||| | ||||||| || ||||||||    
T  4019646 gacaagtgattgtagtatttcatctcccctcttaagctcatcatcaacaaaggcttttattttctttcgacgtaaagcctcaatcaaatggc 4019737  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 169 - 369
Target Start/End: Original strand, 3825755 - 3825955
Alignment:
Q  169 aaaacaggtattacaatctgtccatatttctctttgcaatcaattattttcgcaagttcttctaaacaccaatgtgaagaagcatagttttctgagaata 268  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||| | |  |||| |  || |||||||||||||||||  |||||||||||||| || ||||||||    
T  3825755 aaaacaggtataacaatttgtccatatttctctctgcattgacgtattgtgacatgttcttctaaacaccaacatgaagaagcatagtcttgtgagaata 3825854  T
Q  269 tgaccaatgaaatgggagatccctcaattgcttcaacaagtgaatgtgatatgtcatctcccctcttaagtttctcatcaacaaaggcatttatttgctt 368  Q
    ||| ||| |||||    ||||| ||| || ||   |||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||| |||    
T  3825855 tgatcaaggaaattaatgatccttcatttcctcttacaagtgattgtggtatttcatctcccctcttaagttcatcatcaacaaaggcttttatttcctt 3825954  T
Q  369 t 369  Q
    |    
T  3825955 t 3825955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 243 - 371
Target Start/End: Original strand, 3792676 - 3792804
Alignment:
Q  243 tgaagaagcatagttttctgagaatatgaccaatgaaatgggagatccctcaattgcttcaacaagtgaatgtgatatgtcatctcccctcttaagtttc 342  Q
    |||||||||||||| || ||||||||||| ||| |||||    ||||| ||| || ||   |||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||      
T  3792676 tgaagaagcatagtcttgtgagaatatgatcaaggaaattaatgatccttcatttcctcttacaagtgattgtggtatttcatctcccctcttaagttca 3792775  T
Q  343 tcatcaacaaaggcatttatttgctttcg 371  Q
    |||||||||||||| ||||||| ||||||    
T  3792776 tcatcaacaaaggcttttatttcctttcg 3792804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 17 - 96
Target Start/End: Original strand, 3948186 - 3948265
Alignment:
Q  17 aactaaccgaaaatctgatgacttgattccggacaaattagcagatgtgttcaaagcatgtctccatatctgcaccttgg 96  Q
    |||| |||||||||| |||||||| ||||| || |||||||||||| | || |||||||||||||| || ||||||||||    
T  3948186 aacttaccgaaaatccgatgacttaattccagataaattagcagattttttgaaagcatgtctccaaatatgcaccttgg 3948265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 26 - 95
Target Start/End: Original strand, 3805630 - 3805699
Alignment:
Q  26 aaaatctgatgacttgattccggacaaattagcagatgtgttcaaagcatgtctccatatctgcaccttg 95  Q
    ||||||||||||||| ||||| || |||||||||||| |||| |||||||||||||| || | |||||||    
T  3805630 aaaatctgatgacttaattccagataaattagcagatttgttgaaagcatgtctccaaattttcaccttg 3805699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 544 - 593
Target Start/End: Original strand, 4026853 - 4026902
Alignment:
Q  544 tctataacattaacaaaatacaacaacaattaaaaaatgttactacttaa 593  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| | |||| ||||||||||||||||    
T  4026853 tctataacattaacaaaatacagcaaaatttaataaatgttactacttaa 4026902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 294 - 347
Target Start/End: Complemental strand, 4318291 - 4318238
Alignment:
Q  294 aattgcttcaacaagtgaatgtgatatgtcatctcccctcttaagtttctcatc 347  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||| || |||||    
T  4318291 aattgcttcaacaaatgaatgtgatatttcatcccccctcttaagcttgtcatc 4318238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 42 - 163
Target Start/End: Complemental strand, 3916268 - 3916147
Alignment:
Q  42 attccggacaaattagcagatgtgttcaaagcatgtctccatatctgcaccttggaagaattatacnnnnnnncaagttcagtgaatgcattttcataac 141  Q
    ||||| ||||||||||||||| | |||||||||||| |||| ||||||||||   | ||  |||||       || ||||||  ||||||||||||||||    
T  3916268 attcctgacaaattagcagatattttcaaagcatgtttccacatctgcacctcatatgagctatactttttttcatgttcagcaaatgcattttcataac 3916169  T
Q  142 tcttcttttgatgtcgtacatc 163  Q
    || | ||||||||||||| |||    
T  3916168 tccttttttgatgtcgtatatc 3916147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 126 - 162
Target Start/End: Original strand, 4220681 - 4220717
Alignment:
Q  126 aatgcattttcataactcttcttttgatgtcgtacat 162  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  4220681 aatgcattttcataactcttcttttgatatcgtacat 4220717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 169 - 255
Target Start/End: Original strand, 3805788 - 3805874
Alignment:
Q  169 aaaacaggtattacaatctgtccatatttctctttgcaatcaattattttcgcaagttcttctaaacaccaatgtgaagaagcatag 255  Q
    |||| |||||| ||||||||||||||||||| | |||| | || |||| |  ||||||| || |||||||||  |||||||||||||    
T  3805788 aaaataggtataacaatctgtccatatttctttctgcattgaagtattgtgacaagttcgtccaaacaccaacatgaagaagcatag 3805874  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 17 - 83
Target Start/End: Complemental strand, 3953335 - 3953269
Alignment:
Q  17 aactaaccgaaaatctgatgacttgattccggacaaattagcagatgtgttcaaagcatgtctccat 83  Q
    ||||||| |||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||| | | |||||  |||||||||    
T  3953335 aactaactgaaaatctaatgacttaattcctgacaaattagcagatttttccaaagtttgtctccat 3953269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 200; Significance: 1e-109; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 15 - 508
Target Start/End: Original strand, 13398909 - 13399416
Alignment:
Q  15 agaactaaccgaaaatctgatgacttgattccggacaaattagcagatgtgttcaaagcatgtctccatatctgcaccttggaagaattatacnnnnnnn 114  Q
    |||||||||||||||  ||||||  | ||||| || |||||||||||| | || ||||  | |||||||||||| |||| ||| |||||||||           
T  13398909 agaactaaccgaaaacttgatgatgtaattcccgataaattagcagatatttttaaagtgtttctccatatctgaacctcggacgaattatacctttttc 13399008  T
Q  115 caagttcagtgaatgcattttcataactcttcttttgatgtcgtacatcagt--------------agaaaacaggtattacaatctgtccatatttctc 200  Q
    ||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||              ||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  13399009 caagttcaacaaatgcattttcataactcttcttttgatgtcgtacatcggtgggatctactccgtagaaaacaggtattacaatttgtccatatttctc 13399108  T
Q  201 tttgcaatcaattattttcgcaagttcttctaaacaccaatgtgaagaagcatagttttctgagaatatgaccaatgaaatgggagatccctcaattgct 300  Q
    |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    ||||| || ||||||    
T  13399109 tttgcactcaattattttcacaagttcttctaaacaccaacgtgaagaagcatagttttctgagaatatgatcaatgaaataaatgatccttcgattgct 13399208  T
Q  301 tcaacaagtgaatgtgatatgtcatctcccctcttaagtttctcatcaacaaaggcatttatttgctttcgaggaaaagccttaaccaaatggcaaaata 400  Q
    |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||| ||  |    
T  13399209 tcaaaaagtgaatgtgatatgtcatttcccctcttaagtttgtcgtcaacaaagacatttatttgcttttgagaaaaagccttaaacaaatggccaagaa 13399308  T
Q  401 atccatggcggatgtcctcacccctaaagcttacaaaagcatcatactttgattggggagcaatgtttgacggtgccttttctgctacagccttcaattt 500  Q
    | || ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||  |||||||||||||| |  |||||  ||| ||||| |||| | ||||||| ||    
T  13399309 agccgtggtggatgtcctcacccctaaagcttacaaaaacatcgtatattgattggggagcatttcttgacactgctttttcagctatacccttcaactt 13399408  T
Q  501 aataacaa 508  Q
    | ||||||    
T  13399409 attaacaa 13399416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 42; Significance: 0.00000000000002; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 232 - 325
Target Start/End: Original strand, 7069945 - 7070038
Alignment:
Q  232 aaacaccaatgtgaagaagcatagttttctgagaatatgaccaatgaaatgggagatccctcaattgcttcaacaagtgaatgtgatatgtcat 325  Q
    |||||||||  |||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||| | ||||   ||||||||||||| |||||| |||||||| ||||    
T  7069945 aaacaccaagatgaagaagcatagttttgagagaatatgactaatgaaattgaagatgtttcaattgcttcaaaaagtgactgtgatatttcat 7070038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 169 - 326
Target Start/End: Original strand, 7086948 - 7087105
Alignment:
Q  169 aaaacaggtattacaatctgtccatatttctctttgcaatcaattattttcgcaagttcttctaaacaccaatgtgaagaagcatagttttctgagaata 268  Q
    |||||||| | || ||||||||||| ||||||| | || ||||  |||||  |||| || || |||||||| | |||||||||||||||||  |||||||    
T  7086948 aaaacaggcaataaaatctgtccatctttctctctacactcaacaattttgacaagctcatccaaacaccattttgaagaagcatagttttgagagaata 7087047  T
Q  269 tgaccaatgaaatgggagatccctcaattgcttcaacaagtgaatgtgatatgtcatc 326  Q
    |||| |||||||| | ||||   ||||| ||||||| |||||| |||| ||| |||||    
T  7087048 tgactaatgaaattgaagatgtttcaatagcttcaaaaagtgattgtgctatttcatc 7087105  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 213 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 7035480 - 7035412
Alignment:
Q  213 tattttcgcaagttcttctaaacaccaatgtgaagaagcatagttttctgagaatatgaccaatgaaat 281  Q
    ||||||| |||| || || ||||||||||||||||| ||| |||||  ||| |||||||||||||||||    
T  7035480 tattttcacaagctcatccaaacaccaatgtgaagatgcaaagtttggtgaaaatatgaccaatgaaat 7035412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 213 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 7028778 - 7028710
Alignment:
Q  213 tattttcgcaagttcttctaaacaccaatgtgaagaagcatagttttctgagaatatgaccaatgaaat 281  Q
    ||||||| |||| || || ||||||||||||||||| ||| |||||   || |||||||||||||||||    
T  7028778 tattttcacaagctcgtccaaacaccaatgtgaagatgcaaagtttggagaaaatatgaccaatgaaat 7028710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University