View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21538_low_5 (Length: 604)

Name: NF21538_low_5
Description: NF21538
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21538_low_5
NF21538_low_5
[»] chr5 (14 HSPs)
chr5 (19-333)||(37701412-37701726)
chr5 (19-377)||(37531779-37532140)
chr5 (19-384)||(37394006-37394374)
chr5 (19-377)||(37592883-37593244)
chr5 (19-377)||(37402118-37402479)
chr5 (19-377)||(37638425-37638786)
chr5 (19-377)||(37710186-37710547)
chr5 (19-382)||(37434384-37434750)
chr5 (19-377)||(37695274-37695635)
chr5 (20-456)||(37439659-37440109)
chr5 (19-377)||(37822583-37822944)
chr5 (27-392)||(37427717-37428082)
chr5 (19-263)||(37383446-37383693)
chr5 (395-454)||(37701329-37701388)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (19-373)||(16844116-16844473)
chr4 (19-377)||(24218851-24219209)
chr4 (19-203)||(16846783-16846966)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 307; Significance: 1e-172; HSPs: 14)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 307; E-Value: 1e-172
Query Start/End: Original strand, 19 - 333
Target Start/End: Complemental strand, 37701726 - 37701412
Alignment:
Q  19 gctttgacaaatttgaatttcctctcattcttgaatctttcacaaaaccaccttgagggaatcatacctacaggccaacagtttgatacatttggaaata 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37701726 gctttgacaaatttgaatttcctctcattcttgaatctttcacaaaaccaccttgagggaatcatacctacaggccaacagtttgatacatttggaaata 37701627  T
Q  119 attcctatgaaggaaatacaatgttgtgtggattccaattgtctaaatcatgcaaaaatgaggaagatcttccacctcattcaacatctgaagatgaaga 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37701626 attcctatgaaggaaatacaatgttgtgtggattccaattgtctaaatcatgcaaaaatgaggaagatcttccacctcattcaacatctgaagatgaaga 37701527  T
Q  219 gtcaggatttggctggaaagcggtagcaataggatatgcatgtggggcaatattcgggttgctcttgggatataatgtattcttcttcactggaaaacct 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37701526 gtcaggatttggctggaaagcggtagcaataggatatgcatgtggggcaatattcgggttgctcttgggatataatgtattcttcttcactggaaaacct 37701427  T
Q  319 cagtggcttgttaga 333  Q
    || |||||| |||||    
T  37701426 caatggcttcttaga 37701412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 252; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 19 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 37532140 - 37531779
Alignment:
Q  19 gctttgacaaatttgaatttcctctcattcttgaatctttcacaaaaccaccttgagggaatcatacctacaggccaacagtttgatacatttggaaata 118  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||     
T  37532140 gctttgacaaatttgaacttcctctcagtcttaaacctttcacaaaaccaccttgagggaatcatacctaaaggtcaacagtttaatacatttggaaatg 37532041  T
Q  119 attcctatgaaggaaatacaatgttgtgtggattccaattgtctaaatcatgcaaaaatgaggaagatcttccacctcattcaacatctgaagatg---a 215  Q
    |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||   |    
T  37532040 attcttttgaaggaaatacaatgttgtgtggattccaattgtctaaatcatgcaaaaatgaggaagatctgccacctcattcaacatctgaagatgaaga 37531941  T
Q  216 agagtcaggatttggctggaaagcggtagcaataggatatgcatgtggggcaatattcgggttgctcttgggatataatgtattcttcttcactggaaaa 315  Q
    ||| |||||||||||||||||||| || ||||| ||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  37531940 agaatcaggatttggctggaaagctgtggcaattggatatggatgtggggcaatatccgggttcctcttgggatataatgtattcttcttcactggtaaa 37531841  T
Q  316 cctcagtggcttgttagatttgttgagcatatgtttaacataagactgaaaagaacaaacaa 377  Q
    ||||| |||||||||||| |||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37531840 cctcaatggcttgttagaattgttgaaaacatgtttaacataagactgaaaagaacaaacaa 37531779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 19 - 384
Target Start/End: Original strand, 37394006 - 37394374
Alignment:
Q  19 gctttgacaaatttgaatttcctctcattcttgaatctttcacaaaaccaccttgagggaatcatacctacaggccaacagtttgatacatttggaaata 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||     
T  37394006 gctttgacaaatttgaatttcctctcattcttaaacctttcacaaaaccaccttgagggagtcatacctacaggtcaacaatttgatacatttggaaatg 37394105  T
Q  119 attcctatgaaggaaatacaatgttgtgtggattccaattgtctaaatcatgcaaaaatgaggaagatcttccacctcattcaacatctgaagat---ga 215  Q
    |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||   ||    
T  37394106 attcttatgaagggaatacaatgttgtgtggattccaattgtctaaatcatgcaaaaatgaggaagatcttccaccgcattcaacatctgaagatgaaga 37394205  T
Q  216 agagtcaggatttggctggaaagcggtagcaataggatatgcatgtggggcaatattcgggttgctcttgggatataatgtattcttcttcactggaaaa 315  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37394206 agaatcaggatttggctggaaagcggtagcaatcggatatggatgtggggcaatatatgggttgctgttgggatataatgtattcttcttcactggaaaa 37394305  T
Q  316 cctcagtggcttgttagatttgttgagcatatgtttaacataagactgaaaagaacaaacaattgagcc 384  Q
    || || |||||||  |||  ||||||  ||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||    
T  37394306 ccccaatggcttgcaagacatgttgaaaatatgtttaacataagattgaaaagatcaaacaatagagcc 37394374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 248; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 19 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 37593244 - 37592883
Alignment:
Q  19 gctttgacaaatttgaatttcctctcattcttgaatctttcacaaaaccaccttgagggaatcatacctacaggccaacagtttgatacatttggaaata 118  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||     
T  37593244 gctttgacaaatttgaacttcctctcagtcttaaacctttcacaaaaccaccttgagggaatcatacctaaaggtcaacagtttaatacatttggaaatg 37593145  T
Q  119 attcctatgaaggaaatacaatgttgtgtggattccaattgtctaaatcatgcaaaaatgaggaagatcttccacctcattcaacatctgaagatg---a 215  Q
    |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||   |    
T  37593144 attcttttgaaggaaatacaatgttgtgtggattccaattgtctaaatcatgcaaaaatgaggaagatctgccacctcattcaacatctgaagatgaaga 37593045  T
Q  216 agagtcaggatttggctggaaagcggtagcaataggatatgcatgtggggcaatattcgggttgctcttgggatataatgtattcttcttcactggaaaa 315  Q
    ||| || ||||||||||||||||| || ||||| ||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  37593044 agaatccggatttggctggaaagctgtggcaattggatatggatgtggggcaatatccgggttcctcttgggatataatgtattcttcttcactggtaaa 37592945  T
Q  316 cctcagtggcttgttagatttgttgagcatatgtttaacataagactgaaaagaacaaacaa 377  Q
    ||||| |||||||||||| |||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37592944 cctcaatggcttgttagaattgttgaaaacatgtttaacataagactgaaaagaacaaacaa 37592883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 240; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 19 - 377
Target Start/End: Original strand, 37402118 - 37402479
Alignment:
Q  19 gctttgacaaatttgaatttcctctcattcttgaatctttcacaaaaccaccttgagggaatcatacctacaggccaacagtttgatacatttggaaata 118  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| |||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||| ||||     
T  37402118 gctttgacaaatttgaacttcctctcagtcttaaacctttcacaaaaccatcttgagggaatcatacctaaaggtcaacagtttaatacatttgaaaatg 37402217  T
Q  119 attcctatgaaggaaatacaatgttgtgtggattccaattgtctaaatcatgcaaaaatgaggaagatcttccacctcattcaacatctgaagat---ga 215  Q
    |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||   ||    
T  37402218 attcttttgaaggaaatacaatgttgtgtggattccaattgtctaaatcatgcaaaaatgaggaagatctgccacctcattcaacatctgaagatgaaga 37402317  T
Q  216 agagtcaggatttggctggaaagcggtagcaataggatatgcatgtggggcaatattcgggttgctcttgggatataatgtattcttcttcactggaaaa 315  Q
    ||| || ||||||||||||||||| || ||||| ||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  37402318 agaatccggatttggctggaaagctgtggcaattggatatggatgtggggcaatatccgggttcctcttgggatataatgtattcttcttcactggtaaa 37402417  T
Q  316 cctcagtggcttgttagatttgttgagcatatgtttaacataagactgaaaagaacaaacaa 377  Q
    ||||| |||||||||||| |||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37402418 cctcaatggcttgttagaattgttgaaaacatgtttaacataagactgaaaagaacaaacaa 37402479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 19 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 37638786 - 37638425
Alignment:
Q  19 gctttgacaaatttgaatttcctctcattcttgaatctttcacaaaaccaccttgagggaatcatacctacaggccaacagtttgatacatttggaaata 118  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| |||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||     
T  37638786 gctttgacaaatttgaacttcctctcagtcttaaacctttcacaaaaccatcttgagggaatcatacctaaaggtcaacagtttaatacatttggaaatg 37638687  T
Q  119 attcctatgaaggaaatacaatgttgtgtggattccaattgtctaaatcatgcaaaaatgaggaagatcttccacctcattcaacatctgaagatg---a 215  Q
    |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||   |    
T  37638686 attcttttgaaggaaatacaatgttgtgtggattccaattgtctaaatcatgcaaaaatgaggaagatctgccacctcattcaacatctgaagatgaaga 37638587  T
Q  216 agagtcaggatttggctggaaagcggtagcaataggatatgcatgtggggcaatattcgggttgctcttgggatataatgtattcttcttcactggaaaa 315  Q
    ||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  37638586 agaatccggatttggctggaaagcggtagcaatcggatatgcatgtggggcaatattcgggttgctattgggatataatgtattcttcttcactggtaaa 37638487  T
Q  316 cctcagtggcttgttagatttgttgagcatatgtttaacataagactgaaaagaacaaacaa 377  Q
    ||  | |||||||  |||  |||||| ||||||||| |||||||| |||||||||| |||||    
T  37638486 cccgaatggcttgcaagacatgttgaacatatgtttgacataagattgaaaagaacgaacaa 37638425  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 19 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 37710547 - 37710186
Alignment:
Q  19 gctttgacaaatttgaatttcctctcattcttgaatctttcacaaaaccaccttgagggaatcatacctacaggccaacagtttgatacatttggaaata 118  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| |||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||     
T  37710547 gctttgacaaatttgaacttcctctcagtcttaaacctttcacaaaaccatcttgagggaatcatacctaaaggtcaacagtttaatacatttggaaatg 37710448  T
Q  119 attcctatgaaggaaatacaatgttgtgtggattccaattgtctaaatcatgcaaaaatgaggaagatcttccacctcattcaacatctgaagatg---a 215  Q
    |||| | ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||   |    
T  37710447 attcttttgaaggaaatacaatgttgtgtggatttccattgtctaaatcatgcaaaaatgaggaagatctgccacctcattcaacatctgaagatgaaga 37710348  T
Q  216 agagtcaggatttggctggaaagcggtagcaataggatatgcatgtggggcaatattcgggttgctcttgggatataatgtattcttcttcactggaaaa 315  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| || |||    
T  37710347 agaatcaggatttggctggaaagcggtagcaatcggatatgcatgtggggcaatattcgggttgctattcggatataatgtattcttcttcaccggtaaa 37710248  T
Q  316 cctcagtggcttgttagatttgttgagcatatgtttaacataagactgaaaagaacaaacaa 377  Q
    ||  | |||||||| |||  |||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  37710247 cccgaatggcttgtaagacatgttgaacatatgtttgacataagattgaaaagaacaaacaa 37710186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 19 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 37434750 - 37434384
Alignment:
Q  19 gctttgacaaatttgaatttcctctcattcttgaatctttcacaaaaccaccttgagggaatcatacctacaggccaacagtttgatacatttggaaata 118  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| | ||||||||||||||| |||||||||| || ||||| |||| |||||||| ||||     
T  37434750 gctttgacaaatttgaatttcctatcattcttgaacctttcaaacaaccaccttgagggagtcatacctacgggtcaacaatttgctacatttgaaaatg 37434651  T
Q  119 attcctatgaaggaaatacaatgttgtgtggattccaattgtctaaatcatgcaaaaatgaggaagatcttccacctcattcaacatctgaa---gatga 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||| |||||||||||||||   || ||    
T  37434650 attcctatgaaggaaatacaatgttatgtggattcccattgtctaaatcatgcaaaaacgagaaagatctgccaccacattcaacatctgaagacgaaga 37434551  T
Q  216 agagtcaggatttggctggaaagcggtagcaataggatatgcatgtggggcaatattcgggttgctcttgggatataatgtattcttcttcactggaaaa 315  Q
    ||| |||||||||||||||||| ||||||  || ||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37434550 agaatcaggatttggctggaaaacggtagtgatcggatatggatgtggggcaatatttgggttgctgttgggatataatgtattcttcttcactggaaaa 37434451  T
Q  316 cctcagtggcttgttagatttgttgagcatatgtttaacataagactgaaaagaacaaacaattgag 382  Q
    || || |||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  37434450 ccccaatggcttcttagacttgttgagcatacgtttaacataagaatgaaaagaacaaacaattgag 37434384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 19 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 37695635 - 37695274
Alignment:
Q  19 gctttgacaaatttgaatttcctctcattcttgaatctttcacaaaaccaccttgagggaatcatacctacaggccaacagtttgatacatttggaaata 118  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||| |||||||||     
T  37695635 gctttgacaaatttgaacttcctctcagtcttaaaactttcacaaaaccaccttgagggaatcatacctaaaggtcaacagtttaatacgtttggaaatg 37695536  T
Q  119 attcctatgaaggaaatacaatgttgtgtggattccaattgtctaaatcatgcaaaaatgaggaagatcttccacctcattcaacatctgaagatg---a 215  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||| |||||||| || |||||||||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||||||||   |    
T  37695535 attcctatgaagggaatactatgttatgtggattcccattgtctagattatgcaaaaatgatgaagatctaccaccacattcgacatctgaagatgaaga 37695436  T
Q  216 agagtcaggatttggctggaaagcggtagcaataggatatgcatgtggggcaatattcgggttgctcttgggatataatgtattcttcttcactggaaaa 315  Q
    ||| |||||||||||||||||||| || ||||| ||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  37695435 agaatcaggatttggctggaaagctgtggcaattggatatggatgtggggcaatatccgggttcctcttgggatataatgtattcttcttcactggtaaa 37695336  T
Q  316 cctcagtggcttgttagatttgttgagcatatgtttaacataagactgaaaagaacaaacaa 377  Q
    ||||| |||||||||||| |||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37695335 cctcaatggcttgttagaattgttgaaaacatgtttaacataagactgaaaagaacaaacaa 37695274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 20 - 456
Target Start/End: Complemental strand, 37440109 - 37439659
Alignment:
Q  20 ctttgacaaatttgaatttcctctcattcttgaatctttcacaaaaccaccttgagggaatcatacctacaggccaacagtttgatacatttggaaataa 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |||| || |||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||||||| |    
T  37440109 ctttgacaaatttgaatttcctctctgtcttaaacctttcacaaaaccaccatgagggaatcatacctgcaggtcaacagtttggtacatttggaaatga 37440010  T
Q  120 ttcctatgaaggaaatacaatgttgtgtggattccaattgtctaaatcatgcaaaaatgaggaagatcttccacctcattcaacatctgaagatgaagag 219  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |||||||  | |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||| ||| |||||    
T  37440009 ttcctatgaagggaatacaatgttatgtggatatccattgtctaagccatgcaaaaatgaggaagatcttccaccatattcaacaactgatgatcaagag 37439910  T
Q  220 ---tcaggatttggctggaaagcggtagcaataggatatgcatgtggggcaatattcgggttgctcttgggatataatgtattcttcttcactggaaaac 316  Q
       |||||||||||||||||||| || |  || ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  37439909 gaatcaggatttggctggaaagctgtggtgatcggatatggatgtggggcaatattcgggttgctattgggatataatctattcttcttcactggaaaac 37439810  T
Q  317 ctcagtggcttgttagatttgttgagcatatgtttaacataagactgaaaagaacaaacaattgagcccgtgcaaacc------------ttaatttgat 404  Q
    || | || ||| ||||| |||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| |            ||||||||||    
T  37439809 ctgaatgacttcttagacttgttg-gcatacatttaacataagactgaaaagaacaaacaattgatcccttgcaaatcacatagaatgaattaatttgat 37439711  T
Q  405 gcaggtcgttagaaaatatagatacgtttgtttgtaatttgaacttctctgt 456  Q
    ||| ||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  37439710 gcaagtctttaaaaaatatagatacggttgtttgtaatttgaacttctctgt 37439659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 19 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 37822944 - 37822583
Alignment:
Q  19 gctttgacaaatttgaatttcctctcattcttgaatctttcacaaaaccaccttgagggaatcatacctacaggccaacagtttgatacatttggaaata 118  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| |||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||     
T  37822944 gctttgacaaatttgaacttcctctcagtcttaaacctttcacaaaaccatcttgagggaatcatacctaaaggtcaacagtttaatacatttggaaatg 37822845  T
Q  119 attcctatgaaggaaatacaatgttgtgtggattccaattgtctaaatcatgcaaaaatgaggaagatcttccacctcattcaacatctgaagatg---a 215  Q
    |||| | |||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||   |    
T  37822844 attcttttgaaggaaatacaatgttatgtggatttccattgtctaaatcatgcaaaaatgaggaagatcggccacctcattcaacatctgaagatgaaga 37822745  T
Q  216 agagtcaggatttggctggaaagcggtagcaataggatatgcatgtggggcaatattcgggttgctcttgggatataatgtattcttcttcactggaaaa 315  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||    
T  37822744 agaatcaggatttggctggaaagcggtagcaatcggatatgcatgtggggcaatcttcgggttgctattcggatataatgtattcttcttcactggtaaa 37822645  T
Q  316 cctcagtggcttgttagatttgttgagcatatgtttaacataagactgaaaagaacaaacaa 377  Q
    ||  | |||||||  |||  |||||| ||||||||| |||||||| |||||||||| |||||    
T  37822644 cccgaatggcttgcaagacatgttgaacatatgtttgacataagattgaaaagaacgaacaa 37822583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 27 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 37428082 - 37427717
Alignment:
Q  27 aaatttgaatttcctctcattcttgaatctttcacaaaaccaccttgagggaatcatacctacaggccaacagtttgatacatttggaaataattcctat 126  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  37428082 aaatttgaatttcctatcattcttgaatctctcacaaaaccaccttgagggaatcatacctaccggccaacagtttgatacatttggaaatgattcctat 37427983  T
Q  127 gaaggaaatacaatgttgtgtggattccaattgtctaaatcatgcaaaaatgaggaagatcttccacctcattcaacatctgaagatgaagag---tcag 223  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||| ||||||||||||||||| ||||||   ||||    
T  37427982 gaagggaatacaatgttatgtggattcatattgtctaaatcatgcaaaaatgatgaagatcaaccaccacattcaacatctgaagaagaagaggaatcag 37427883  T
Q  224 gatttggctggaaagcggtagcaataggatatgcatgtggggcaatattcgggttgctcttgggatataatgtattcttcttcactggaaaacctcagtg 323  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||| ||| || |||||||||||| |||| ||||| |   ||| |||||  | ||    
T  37427882 gatttggctggaaagcggtagtaataagatatgcatgtgggacaatatttgggatgatcttgggatatattgtactcttcat---tgggaaaccataatg 37427786  T
Q  324 gcttgttagatttgttgagcatatgtttaacataagactgaaaagaacaaacaattgagcccgtgcaaa 392  Q
    | |||||||| || ||||||| |  |||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  37427785 gtttgttagactttttgagcaaacatttaacataagattgaaaagaacaaacactagagcccgtgcaaa 37427717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 134; E-Value: 2e-69
Query Start/End: Original strand, 19 - 263
Target Start/End: Original strand, 37383446 - 37383693
Alignment:
Q  19 gctttgacaaatttgaatttcctctcattcttgaatctttcacaaaaccaccttgagggaatcatacctacaggccaacagtttgatacatttggaaata 118  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||     
T  37383446 gctttgacaaatttgaattttctctctttcttgaatctttcacaaaaccaccttgagggaatcatacctacaggtcaacagtttggtacatttggaaatg 37383545  T
Q  119 attcctatgaaggaaatacaatgttgtgtggattccaattgtctaaatcatgcaaaaatgaggaagatcttccacctcattcaacatctgaagatgaaga 218  Q
    |||||| |||||||||||||||||| |||||||| | |||||| ||||||||||||| ||| ||||||    | ||  ||||||||||| | ||||||||    
T  37383546 attcctttgaaggaaatacaatgttatgtggatttccattgtcaaaatcatgcaaaactgatgaagattggtcgccatattcaacatctaatgatgaaga 37383645  T
Q  219 g---tcaggatttggctggaaagcggtagcaataggatatgcatgtgg 263  Q
    |   || ||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||    
T  37383646 ggaatctggatttggctggaaagcagtggtaataggatatgcatgtgg 37383693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 395 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 37701388 - 37701329
Alignment:
Q  395 ttaatttgatgcaggtcgttagaaaatatagatacgtttgtttgtaatttgaacttctct 454  Q
    ||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||    
T  37701388 ttaatttgatgcaagtctttaaaaaatatagatacggttgcttgtactttgaacttctct 37701329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 204; Significance: 1e-111; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 19 - 373
Target Start/End: Original strand, 16844116 - 16844473
Alignment:
Q  19 gctttgacaaatttgaatttcctctcattcttgaatctttcacaaaaccaccttgagggaatcatacctacaggccaacagtttgatacatttggaaata 118  Q
    |||||| |||||||||||||||| || ||||| || ||||||||||||||| || | ||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||     
T  16844116 gctttggcaaatttgaatttcctttctttcttaaacctttcacaaaaccactttaaaggaatcatacctacaggtcaacaatttaatacatttggaaatg 16844215  T
Q  119 attcctatgaaggaaatacaatgttgtgtggattccaattgtctaaatcatgcaaaaatgaggaagatcttccacctcattcaacatctgaagat---ga 215  Q
    |||||||| |||| |||||||||||||||||||| | ||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||   ||    
T  16844216 attcctatcaagggaatacaatgttgtgtggattgccattctctaattcatgcaaaaatgaggaagatctgccacaacattcaacatctgaagatgaaga 16844315  T
Q  216 agagtcaggatttggctggaaagcggtagcaataggatatgcatgtggggcaatattcgggttgctcttgggatataatgtattcttcttcactggaaaa 315  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16844316 agaatcaggatttggctggaaagcggtaacaatcggatatgcatgtggtgcaatattcgggttgctcttgggatataatgtattcttcttcactggaaaa 16844415  T
Q  316 cctcagtggcttgttagatttgttgagcatatgtttaacataagactgaaaagaacaa 373  Q
    || || || ||||  |||  |||||| | |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  16844416 ccccaatgccttgcaagacatgttgaacgtatgtttaacataagattgaaaagaacaa 16844473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 130; E-Value: 5e-67
Query Start/End: Original strand, 19 - 377
Target Start/End: Original strand, 24218851 - 24219209
Alignment:
Q  19 gctttgacaaatttgaatttcctctcattcttgaatctttcacaaaaccaccttgagggaatcatacctacaggccaacagtttgatacatttggaaata 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || || || |||||||||||||| ||  |||||||||||||||| |||||||| ||| | ||||||||||||     
T  24218851 gctttgacaaatttgaatttcctctcttttttaaacctttcacaaaaccatctcaagggaatcatacctaccggccaacaatttaacacatttggaaatg 24218950  T
Q  119 attcctatgaaggaaatacaatgttgtgtggattccaattgtctaaatcatgcaaaaatgaggaagatcttccacctcattcaacatctgaagatgaaga 218  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| |||||||| | |||||| ||||||||||||||||| |||||||  |||||  ||||||| ||| | ||||| ||    
T  24218951 attcctatgaaggaaatgcaatgttatgtggatttccattgtcaaaatcatgcaaaaatgatgaagatcggccaccatattcaacgtctaatgatgacga 24219050  T
Q  219 g---tcaggatttggctggaaagcggtagcaataggatatgcatgtggggcaatattcgggttgctcttgggatataatgtattcttcttcactggaaaa 315  Q
    |   || ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| || | ||  | ||||||||||||| ||   | ||||||||||| |||    
T  24219051 ggaatcgggatttggctggaaagcagtagcaataggatatggatgtggggcagtacttggaatcctcttgggatatagtg---tgttcttcactgggaaa 24219147  T
Q  316 cctcagtggcttgttagatttgttgagcatatgtttaacataagactgaaaagaacaaacaa 377  Q
    ||||| |||||||  |||  ||||||    || |||| ||||||| ||||||| ||||||||    
T  24219148 cctcaatggcttgcaagacatgttgaaagcatatttagcataagattgaaaaggacaaacaa 24219209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 117; E-Value: 3e-59
Query Start/End: Original strand, 19 - 203
Target Start/End: Original strand, 16846783 - 16846966
Alignment:
Q  19 gctttgacaaatttgaatttcctctcattcttgaatctttcacaaaaccaccttgagggaatcatacctacaggccaacagtttgatacatttggaaata 118  Q
    ||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||  |||||||||||||     
T  16846783 gctttgacaaatttgaatttcctttctttcttgaacctttcaaaaaaccaccttgagggagtcatacctacaggtcaacaattttctacatttggaaatg 16846882  T
Q  119 attcctatgaaggaaatacaatgttgtgtggattccaattgtctaaatcatgcaaaaatgaggaagatcttccacctcattcaac 203  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||  ||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  16846883 attcctatgaaggaaatacaatgttgtgtggattcccatcgtctaaatcat-aaaaaatgaggaagatctgccaccacattcaac 16846966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University