View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2153_low_1 (Length: 773)

Name: NF2153_low_1
Description: NF2153
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2153_low_1
NF2153_low_1
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (21-754)||(2223111-2223832)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 634; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 634; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 754
Target Start/End: Original strand, 2223111 - 2223832
Alignment:
Q  21 gtgcggttatgatttctttgcggtttatgacggtcatggtggtatgacggtggcgaatgcttgccgtgataggctgcacttgttgttggcggaggaagtg 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  2223111 gtgcggttatgatttctttgcggtttatgacggtcatggtggtatgacggtggcgaatgcttgccgtgataggttgcacttgttgttggcggaggaagtg 2223210  T
Q  121 aaggagggtaggaggaatcatggattggattggtgtgaagctatgtgttcttgttttatgaaaatggatagtgaaattggagtcggtggaagttgtggtg 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2223211 aaggagggtaggaggaatcatggattggattggtgtgaagctatgtgttcttgttttatgaagatggatagtgaaattggagtcggtggaagttgtggtg 2223310  T
Q  221 atgaggttgatgggaataccgtgggttcgacggcggctgtggtggtggtggggaaggaggagattgtagtggcgaattgtggtgactcaagggcggtgct 320  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2223311 atgaggttgatgggaataccgtgggttcgacggcggctgtggtggtggtggggaaggaggagattgtagtggcgaattgtggtgactcaagggcggtgct 2223410  T
Q  321 ttgtagtggcggtgtagcggtgccactttcacgagatcataaggtgatggttaattaatggtgactcatgagatataaagaaacttacaattaagcaaac 420  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  2223411 ttgtagtggcggtgtagcggtgccactttcacgagatcataaggtgatggttaattaatggtgactcatgagatataaagaaacttacaattaagc-aac 2223509  T
Q  421 taaacatgtacacttaattctcataaagaaaatatgtacaccgaattggttaattagtttagttagtcatatatcatacatgtatatatgcatattgctt 520  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2223510 taaacatgtacacttaattctcataaagaaaatatgtacaccgaattggttaattagtttagttagtcatatatcatacatgtatatatgcatattgctt 2223609  T
Q  521 atctaacaagtaattaactagaataatagtttgnnnnnnnnnnaattaagaagcaaaatacatttatggtatttgaactgcttttggtaccatatcaaac 620  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| |||||          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  2223610 atctaacaagtaattaaatagaataatggtttgttttttttttaattaagaagcaaaatacatttatggtatttgaactgcttttggtaccatatccaac 2223709  T
Q  621 actttgttttggctgaattattattatttaatgatgatcgatcagccagatcttccggatgaaagagaaaggattgaagcagcaggtggaagagtgattg 720  Q
    | ||           |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2223710 aatt-----------aattattattatttaatgatgatcgatcagccagatcttccggatgaaagagaaaggattgaagcagcaggtggaagagtgattg 2223798  T
Q  721 attggaatgggaatcgtgttttaggagtactcgc 754  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2223799 attggaatgggaatcgtgttttaggagtactcgc 2223832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University