View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21545_high_14 (Length: 449)

Name: NF21545_high_14
Description: NF21545
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21545_high_14
NF21545_high_14
[»] scaffold0182 (1 HSPs)
scaffold0182 (12-430)||(29889-30307)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (12-430)||(26397604-26398022)
chr2 (12-423)||(26459685-26460103)
chr2 (14-417)||(25830163-25830566)
[»] scaffold0006 (1 HSPs)
scaffold0006 (12-430)||(276999-277417)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (14-425)||(56108028-56108439)
chr4 (12-426)||(20646347-20646744)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (14-425)||(6965300-6965710)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (14-425)||(26013795-26014206)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (32-425)||(845527-845911)
chr1 (125-303)||(30399994-30400171)
chr1 (125-303)||(30406551-30406728)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (14-417)||(33002023-33002425)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (151-425)||(13863507-13863782)


Alignment Details
Target: scaffold0182 (Bit Score: 403; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0182
Description:

Target: scaffold0182; HSP #1
Raw Score: 403; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 430
Target Start/End: Original strand, 29889 - 30307
Alignment:
Q  12 catcatcatccaaatcaaatgcataaaagaatcttgaattttcttcttgcatacgcataaaatactccagcattgcatttgcatctcctgattctaaatt 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29889 catcatcatccaaatcaaatgcataaaagaatcttgaattttcttcttgcatacgcataaaatactccagcattgcatttgcatctcctgattctaaatt 29988  T
Q  112 caaacgacggtccttatctaaataatttctaacatctttctccaagcaaccaactttctcatatcctccgtgttgtttggccattgtggcaaagattttg 211  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29989 caaacaacggtccttatctaaataatttctaacatctttctccaagcaaccaactttctcatatcctccgtgttgtttggccattgtggcaaagattttg 30088  T
Q  212 cttgttctcactccaacatgttgcaaagtttcaatacaattctgttgagctttattgattgttctatggcaaggaaaataatgtgcatatgttggaaaaa 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30089 cttgttctcactccaacatgttgcaaagtttcaatacaattctgttgagctttattgattgttctatggcaaggaaaataatgtgcatatgttggaaaaa 30188  T
Q  312 gttcatgattgtgatctttgatgaagccatggaccacccattttccatcacatcttcttttaatatgtaaaccagcctcacattccaccttcaaacaagg 411  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  30189 gttcatgattgtgatctttgatcaagccatggaccacccattttccatcacatcttcttctaatatgtaagccagcctcacattccaccttcaaacaagg 30288  T
Q  412 acgtggattttgtgcggtc 430  Q
    |||||||||||||||||||    
T  30289 acgtggattttgtgcggtc 30307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 399; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 399; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 430
Target Start/End: Original strand, 26397604 - 26398022
Alignment:
Q  12 catcatcatccaaatcaaatgcataaaagaatcttgaattttcttcttgcatacgcataaaatactccagcattgcatttgcatctcctgattctaaatt 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  26397604 catcatcatccaaatcaaatgcataaaagaatcttgaattttcttcttgcatacgcataaaatactacagcattgcctttgcatctcctgattctaaatt 26397703  T
Q  112 caaacgacggtccttatctaaataatttctaacatctttctccaagcaaccaactttctcatatcctccgtgttgtttggccattgtggcaaagattttg 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26397704 caaacgacggtccttatctaaataatttctaacatctttctccaagcaaccaactttctcatatcttccgtgttgtttggccattgtggcaaagattttg 26397803  T
Q  212 cttgttctcactccaacatgttgcaaagtttcaatacaattctgttgagctttattgattgttctatggcaaggaaaataatgtgcatatgttggaaaaa 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  26397804 cttgttctcactccaacatgttgcaaagtttcaatacaattctgttgagctttattgattgttctatggcatggaaaataatgtgcatatgttggaaaaa 26397903  T
Q  312 gttcatgattgtgatctttgatgaagccatggaccacccattttccatcacatcttcttttaatatgtaaaccagcctcacattccaccttcaaacaagg 411  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  26397904 gttcatgattgtgatctttgatgaagccatggaccacccattttccatcacatcttcttttaatatgtaagccagcctcacattccaccttcaaacaagg 26398003  T
Q  412 acgtggattttgtgcggtc 430  Q
    |||||||||||||||||||    
T  26398004 acgtggattttgtgcggtc 26398022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 12 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 26460103 - 26459685
Alignment:
Q  12 catcatcatccaaatcaaatgcataaaagaatcttgaattttcttcttgcatacgcataaaatactccagcattgcatttgcatctcctgattctaaatt 111  Q
    |||||||||||||||| |  |||||||||||||||| ||||| || ||||||| || || || | |||| |||||||||||||||||||||||| ||| |    
T  26460103 catcatcatccaaatccatcgcataaaagaatcttggattttgtttttgcataagcgtacaacattccaacattgcatttgcatctcctgattccaaagt 26460004  T
Q  112 caaacgacggtccttatctaaataatttctaacatctttctccaagcaaccaactttctcatatcctccgtgttgtttggccattgtggcaaagattttg 211  Q
    ||||||||| ||||||||||||  |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || | ||||||||| | ||||    
T  26460003 caaacgacgatccttatctaaaagatttttaatatctttctccaagcaaccaactttctcataccctccgtgttgtttcgcaagtgtggcaaaaaatttg 26459904  T
Q  212 cttgttctcactccaacatgttgcaaagtttc-------aatacaattctgttgagctttattgattgttctatggcaaggaaaataatgtgcatatgtt 304  Q
    |||| | |||| ||||||||||||||||||||       |||||| | || |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| |    
T  26459903 cttggtttcacaccaacatgttgcaaagtttcaataatcaatacattgcttttgagctttattgattcttctatggcaaggaaaataatgcgcatatgct 26459804  T
Q  305 ggaaaaagttcatgattgtgatctttgatgaagccatggaccacccattttccatcacatcttcttttaatatgtaaaccagcctcacattccaccttca 404  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||| ||||||| |  || ||||  ||||||| ||||||||  ||||| ||||||| |||||||    
T  26459803 ggaaaaagatcatgattgtgatctttgatgaattcatggatcacccatctgtcaccacaatttcttttgatatgtaaggcagccccacattcaaccttca 26459704  T
Q  405 aacaaggacgtggattttg 423  Q
    |||||||||||||||||||    
T  26459703 aacaaggacgtggattttg 26459685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 14 - 417
Target Start/End: Original strand, 25830163 - 25830566
Alignment:
Q  14 tcatcatccaaatcaaatgcataaaagaatcttgaattttcttcttgcatacgcataaaatactccagcattgcatttgcatctcctgattctaaattca 113  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| ||||| | |||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||   |||| ||||| || |||||   ||    
T  25830163 tcatcatccaaatcaattgcataaaaaaatctaggattttcttcttgcataagcataaaacactccaacattgttgttgcttctcccgactctaatgcca 25830262  T
Q  114 aacgacggtccttatctaaataatttctaacatctttctccaagcaaccaactttctcatatcctccgtgttgtttggccattgtggcaaagattttgct 213  Q
    |||||||    |||||||||| ||||||||  |||||||||||||| | ||  || ||||| ||||| |||||||||||||||||||| || |||| | |    
T  25830263 aacgacgacttttatctaaatgatttctaatgtctttctccaagcagctaatgttttcataccctccatgttgtttggccattgtggcgaaaatttcggt 25830362  T
Q  214 tgttctcactccaacatgttgcaaagtttcaatacaattctgttgagctttattgattgttctatggcaaggaaaataatgtgcatatgttggaaaaagt 313  Q
    |||| |||| ||||||||||| |||||||||||||| |||| |||||  ||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||      
T  25830363 tgttttcaccccaacatgttgtaaagtttcaatacagttcttttgagacttattgattcttctatgacaagaaaaataatgtgcatatgttggaaaaacc 25830462  T
Q  314 tcatgattgtgatctttgatgaagccatggaccacccattttccatcacatcttcttttaatatgtaaaccagcctcacattccaccttcaaacaaggac 413  Q
    | ||||||||||||||| || |||| ||| || | |||||||||||  ||  || |||| ||  |||| |  |||||||| |||||||||||||||||||    
T  25830463 ttatgattgtgatctttaattaagctatgaacaatccattttccattgcaatttattttgatgcgtaagctggcctcacaatccaccttcaaacaaggac 25830562  T
Q  414 gtgg 417  Q
    ||||    
T  25830563 gtgg 25830566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006 (Bit Score: 391; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0006
Description:

Target: scaffold0006; HSP #1
Raw Score: 391; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 430
Target Start/End: Original strand, 276999 - 277417
Alignment:
Q  12 catcatcatccaaatcaaatgcataaaagaatcttgaattttcttcttgcatacgcataaaatactccagcattgcatttgcatctcctgattctaaatt 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  276999 catcatcatccaaatcaaatgcataaaagaatcttgaattttcttcttgcatacgtataaaatacttcagcattgcctttgcatctcctgattctaaatt 277098  T
Q  112 caaacgacggtccttatctaaataatttctaacatctttctccaagcaaccaactttctcatatcctccgtgttgtttggccattgtggcaaagattttg 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  277099 caaacgacggtccttatctaaataatttctaacatctttctccaagcaaccaactttctcatatcttccgtgttgtttggccattgtggcaaagattttg 277198  T
Q  212 cttgttctcactccaacatgttgcaaagtttcaatacaattctgttgagctttattgattgttctatggcaaggaaaataatgtgcatatgttggaaaaa 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  277199 cttgttctcactccaacatgttgcaaagtttcaatacaattctgttgagctttattgattgttctatggcatggaaaataatgtgcatatgttggaaaaa 277298  T
Q  312 gttcatgattgtgatctttgatgaagccatggaccacccattttccatcacatcttcttttaatatgtaaaccagcctcacattccaccttcaaacaagg 411  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  277299 gttcatgattgtgatctttgattaagccatggaccacccattttccatcacatcttcttttaatatgtaagccagcctcacattccaccttcaaacaagg 277398  T
Q  412 acgtggattttgtgcggtc 430  Q
    |||||||||||||||||||    
T  277399 acgtggattttgtgcggtc 277417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 220; Significance: 1e-121; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 14 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 56108439 - 56108028
Alignment:
Q  14 tcatcatccaaatcaaatgcataaaagaatcttgaattttcttcttgcatacgcataaaatactccagcattgcatttgcatctcctgattctaaattca 113  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||||||| || | |||||||||||||  |||||||| | || | |||||||||||||||||| |||||||||  ||    
T  56108439 tcatcatccatatcaattgcataaaagaatcctggactttcttcttgcatgagcataaaacaatctaacattgcatttgcatctccagattctaaagcca 56108340  T
Q  114 aacgacggtccttatctaaataatttctaacatctttctccaagcaaccaactttctcatatcctccgtgttgtttggccattgtggcaaagattttgct 213  Q
    |||| ||  | ||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||  || ||||||||||| | || |||||||||||||||||| ||||||||    
T  56108339 aacgccgacctttatctaaatggtttcttacatctttctccaagcaaccaatgttttcatatcctccatattctttggccattgtggcaaaaattttgct 56108240  T
Q  214 tgttctcactccaacatgttgcaaagtttcaatacaattctgttgagctttattgattgttctatggcaaggaaaataatgtgcatatgttggaaaaagt 313  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  56108239 tgttctcactccaacatggtgcaaagtttcaatagaatgcttttgagctttattgattcctctatggcaaggaaaataatgtgcatatgctggaaaaagt 56108140  T
Q  314 tcatgattgtgatctttgatgaagccatggaccacccattttccatcacatcttcttttaatatgtaaaccagcctcacattccaccttcaaacaaggac 413  Q
    || |||||||| ||||| ||||||| ||| || | |||||||||||||||  ||||||||| | |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  56108139 tcgtgattgtggtctttaatgaagctatgaacaatccattttccatcacaaattcttttaacacgtaaactagcctcacatcccaccttcaaacaaggac 56108040  T
Q  414 gtggattttgtg 425  Q
    ||||||||||||    
T  56108039 gtggattttgtg 56108028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 182; E-Value: 3e-98
Query Start/End: Original strand, 12 - 426
Target Start/End: Original strand, 20646347 - 20646744
Alignment:
Q  12 catcatcatccaaatcaaatgcataaaagaatcttgaattttcttcttgcatacgcataaaatactccagcattgcatttgcatctcctgattctaaatt 111  Q
    |||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||| |||||||||| || ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| ||| |    
T  20646347 catcatcatccaaatccatcgcataaaagaatcttgaatttttttcttgcataagcgtaaaacactccaacattgcatttgcatctcctgattccaaagt 20646446  T
Q  112 caaacgacggtccttatctaaataatttctaacatctttctccaagcaaccaactttctcatatcctccgtgttgtttggccattgtggcaaagattttg 211  Q
    ||||||| | ||||||||||||  |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||                    
T  20646447 caaacgatgatccttatctaaaagatttctaatatctttctccgagcaaccaactttctcatatcctccgtgttgtttcg-cat---------------- 20646529  T
Q  212 cttgttctcactccaacatgttgcaaagtttcaatacaattctgttgagctttattgattgttctatggcaaggaaaataatgtgcatatgttggaaaaa 311  Q
     ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| |  | |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  20646530 gttggtctcacaccaacatgttgcaaagtttcaatacattgtttttgagcttgattgattcttctatggcaaggaaaataatgcgcatatgctggaaaaa 20646629  T
Q  312 gttcatgattgtgatctttgatgaagccatggaccacccattttccatcacatcttcttttaatatgtaaaccagcctcacattccaccttcaaacaagg 411  Q
    | |||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||  || ||||  ||||||| ||||||||  ||||| |||||||||||||||||  |||    
T  20646630 gatcatgattgtgatctttgataaagtcatggatcacccatttgtcaccacaatttctttttatatgtaaggcagccccacattccaccttcaaaagagg 20646729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 212; Significance: 1e-116; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 14 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 6965710 - 6965300
Alignment:
Q  14 tcatcatccaaatcaaatgcataaaagaatcttgaattttcttcttgcatacgcataaaatactccagcattgcatttgcatctcctgattctaaattca 113  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||  |||||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||    
T  6965710 tcatcatccatatcaattgcataaaagaatcctggattttcttcttgcatgagcataaaacaatccaacattgcatttgcatctcctgattctaaagcca 6965611  T
Q  114 aacgacggtccttatctaaataatttctaacatctttctccaagcaaccaactttctcatatcctccgtgttgtttggccattgtggcaaagattttgct 213  Q
    |||| ||  | ||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||  || ||||||||||| | || |||||||||||||||||| | ||||||    
T  6965610 aacgccgacctttatctaaatggtttcttacatctttctccaagcaaccaatgtt-tcatatcctccatattctttggccattgtggcaaaaaatttgct 6965512  T
Q  214 tgttctcactccaacatgttgcaaagtttcaatacaattctgttgagctttattgattgttctatggcaaggaaaataatgtgcatatgttggaaaaagt 313  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  6965511 tgttctcactccaacatggtgcaaagtttcaatagaatgcttttgagctttattgattcctctatggcaaggaaaataatgtgcatatgctagaaaaagt 6965412  T
Q  314 tcatgattgtgatctttgatgaagccatggaccacccattttccatcacatcttcttttaatatgtaaaccagcctcacattccaccttcaaacaaggac 413  Q
    |   ||||||| ||||| ||||||| ||| || | |||||||||||||||  ||||||||| | |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  6965411 ttgggattgtggtctttaatgaagctatgaacaatccattttccatcacaaattcttttaacacgtaaactagcctcacatcccaccttcaaacaaggac 6965312  T
Q  414 gtggattttgtg 425  Q
    ||||||||||||    
T  6965311 gtggattttgtg 6965300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 212; Significance: 1e-116; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 14 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 26014206 - 26013795
Alignment:
Q  14 tcatcatccaaatcaaatgcataaaagaatcttgaattttcttcttgcatacgcataaaatactccagcattgcatttgcatctcctgattctaaattca 113  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||||||| || | |||||||||||||  |||||||| | |||| |||||||||||||||||| |||||||||  ||    
T  26014206 tcatcatccatatcaattgcataaaagaatcctggactttcttcttgcatgagcataaaacaatccaacattgcatttgcatctccagattctaaagcca 26014107  T
Q  114 aacgacggtccttatctaaataatttctaacatctttctccaagcaaccaactttctcatatcctccgtgttgtttggccattgtggcaaagattttgct 213  Q
    |||| ||  | ||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||  || ||||||||||| | || |||||||||||||||||| | ||||||    
T  26014106 aacgccgacctttatctaaatggtttcttacatctttctccaagcaaccaatgttttcatatcctccatattctttggccattgtggcaaaaaatttgct 26014007  T
Q  214 tgttctcactccaacatgttgcaaagtttcaatacaattctgttgagctttattgattgttctatggcaaggaaaataatgtgcatatgttggaaaaagt 313  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  26014006 tgttctcactccaacatggtgcaaagtttcaatagaatgcttttgagctttattgattcctctatggcaaggaaaataatgtgcatatgctggaaaaagt 26013907  T
Q  314 tcatgattgtgatctttgatgaagccatggaccacccattttccatcacatcttcttttaatatgtaaaccagcctcacattccaccttcaaacaaggac 413  Q
    |  |||||||| ||||| ||||||| ||| || | |||||||||||||||  ||||||||| |  ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  26013906 ttgtgattgtggtctttaatgaagctatgaacaatccattttccatcacaaattcttttaacacataaactagcctcacatcccaccttcaaacaaggac 26013807  T
Q  414 gtggattttgtg 425  Q
    ||||||||||||    
T  26013806 gtggattttgtg 26013795  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 198; Significance: 1e-108; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 198; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 32 - 425
Target Start/End: Original strand, 845527 - 845911
Alignment:
Q  32 gcataaaagaatcttgaattttcttcttgcatacgcataaaatactccagcattgcatttgcatctcctgattctaaattcaaacgacggtccttatcta 131  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||| || ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||| ||||||||||    
T  845527 gcataaaagaatcttgaattttgttcttgcataagcgtaaaacactccaacattgcatttgcatctcctgatttcaaagtcaaacgacgatccttatcta 845626  T
Q  132 aataatttctaacatctttctccaagcaaccaactttctcatatcctccgtgttgtttggccattgtggcaaagattttgcttgttctcactccaacatg 231  Q
    ||  |||| ||| |||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| || | ||||||||| |||||||||| |||||| |||| |||    
T  845627 aaagatttataatatctttttccgagcaaccaactttctcataccctccgtgttgtttcgcaagtgtggcaaaaattttgcttggtctcacaccaatatg 845726  T
Q  232 ttgcaaagtttcaatacaattctgttgagctttattgattgttctatggcaaggaaaataatgtgcatatgttggaaaaagttcatgattgtgatctttg 331  Q
    |||||||||||||||||| | || |||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  845727 ttgcaaagtttcaatacattgcttttgagcttgattgattcttctatggcaaagaaaataatgcgcatatgctggaaaaagatcatgattgtgatctttg 845826  T
Q  332 atgaagccatggaccacccattttccatcacatcttcttttaatatgtaaaccagcctcacattccaccttcaaacaaggacgtggattttgtg 425  Q
    |||||| |||||| ||||||| |  ||         ||||| ||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  845827 atgaagtcatggatcacccatctgtca---------cttttgatatgtaaggcagccccacattccaccttcaaacaaggacgtggattttgtg 845911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 125 - 303
Target Start/End: Complemental strand, 30400171 - 30399994
Alignment:
Q  125 ttatctaaataatttctaacatctttctccaagcaaccaactttctcatatcctccgtgttgtttggccattgtggcaaagattttgcttgttctcactc 224  Q
    |||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||  || ||||||| ||| |||||||||| |  | || |  | |||||| ||||| |||| |    
T  30400171 ttatctaaatgatttctaatgtctttctccaagcaaccaatgttttcatatcatccatgttgtttggtcgctatgacgtaaattttggttgttttcaccc 30400072  T
Q  225 caacatgttgcaaagtttcaatacaattctgttgagctttattgattgttctatggcaaggaaaataatgtgcatatgt 303  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  30400071 caacatgttgcaaagtttcaatacaattcttttgagc-ttattgattcttctatgacaaggaaaataatgtgcatatgt 30399994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 125 - 303
Target Start/End: Complemental strand, 30406728 - 30406551
Alignment:
Q  125 ttatctaaataatttctaacatctttctccaagcaaccaactttctcatatcctccgtgttgtttggccattgtggcaaagattttgcttgttctcactc 224  Q
    |||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||  || ||||||| ||| |||||||||| |  | || |  | |||||| ||||| |||| |    
T  30406728 ttatctaaatgatttctaatgtctttctccaagcaaccaatgttttcatatcatccatgttgtttggtcgctatgacgtaaattttggttgttttcaccc 30406629  T
Q  225 caacatgttgcaaagtttcaatacaattctgttgagctttattgattgttctatggcaaggaaaataatgtgcatatgt 303  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  30406628 caacatgttgcaaagtttcaatacaattcttttgagc-ttattgattcttctatgacaaggaaaataatgtgcatatgt 30406551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 164; Significance: 2e-87; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 164; E-Value: 2e-87
Query Start/End: Original strand, 14 - 417
Target Start/End: Complemental strand, 33002425 - 33002023
Alignment:
Q  14 tcatcatccaaatcaaatgcataaaagaatcttgaattttcttcttgcatacgcataaaatactccagcattgcatttgcatctcctgattctaaattca 113  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| ||||| | |||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||   |||||||||| || |||||   ||    
T  33002425 tcatcatccaaatcaattgcataaaa-aatctaggattttcttcttgcataagcataaaacactccaacattgttgttgcatctcccgactctaatgcca 33002327  T
Q  114 aacgacggtccttatctaaataatttctaacatctttctccaagcaaccaactttctcatatcctccgtgttgtttggccattgtggcaaagattttgct 213  Q
    |||||||    |||||||||| ||||||||  |||||||||||||| ||||  || ||||| ||||| |||||||||||||||||||| || |||||| |    
T  33002326 aacgacgacttttatctaaatgatttctaatgtctttctccaagcatccaatgttttcataccctccatgttgtttggccattgtggcgaaaattttggt 33002227  T
Q  214 tgttctcactccaacatgttgcaaagtttcaatacaattctgttgagctttattgattgttctatggcaaggaaaataatgtgcatatgttggaaaaagt 313  Q
    |||| |||| ||||||||||| |||||||||||||| |||| |||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  33002226 tgttttcaccccaacatgttgtaaagtttcaatacagttcttttgagacttattgattcttctatggcaaggaaaataatgtgcatatgttggaaaaacc 33002127  T
Q  314 tcatgattgtgatctttgatgaagccatggaccacccattttccatcacatcttcttttaatatgtaaaccagcctcacattccaccttcaaacaaggac 413  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| ||| || | |||||||||||||||  || |||| ||  |||| |    |||||| | |||||||||||||||||    
T  33002126 tcatgattgtgatctttaatgaagctatgaacaatccattttccatcacaatttattttgatgcgtaagctgatctcacaattcaccttcaaacaaggac 33002027  T
Q  414 gtgg 417  Q
    ||||    
T  33002026 gtgg 33002023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 124; Significance: 1e-63; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 151 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 13863782 - 13863507
Alignment:
Q  151 ctccaagcaaccaactttctcatatcctccgtgttgtttggccattgtggcaaagattttgcttgttctcactccaa-catgttgcaaagtttcaataca 249  Q
    ||||||||||||||  || ||||||| | | | || |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |    
T  13863782 ctccaagcaaccaatgttttcatatctttcatattctttggccattgtggcaaaaaatttgcttgttctcactccaaacatggtgcaaagtttcaataga 13863683  T
Q  250 attctgttgagctttattgattgttctatggcaaggaaaataatgtgcatatgttggaaaaagttcatgattgtgatctttgatgaagccatggaccacc 349  Q
    || || ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||| |||||||| ||||| ||||||| ||| || | |    
T  13863682 atgcttttgagctttattgatttctctatggcaaggaaaataatgtgaatatgctgaaaaaagttcgtgattgtggtctttaatgaagctatgaacaatc 13863583  T
Q  350 cattttccatcacatcttcttttaatatgtaaaccagcctcacattccaccttcaaacaaggacgtggattttgtg 425  Q
    |||||  |||||||  || |||||||| |||||| |||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  13863582 catttcgcatcacaattttttttaatacgtaaactagcctcgcatcccaccttcaaataaggacgtggattttgtg 13863507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University