View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21553_high_4 (Length: 690)

Name: NF21553_high_4
Description: NF21553
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21553_high_4
NF21553_high_4
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (6-674)||(41447272-41447941)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 634; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 634; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 6 - 674
Target Start/End: Complemental strand, 41447941 - 41447272
Alignment:
Q  6 tgagaaaaatctgccttgcactcaaagtgctttgcgagacaattgagacagattttcacaaatttaattatgagctaatgcttcactatgtcatgaattt 105  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41447941 tgagaaaaatctgccttgcactcaaagtgctttgcgagacgattgagacagattttcacaaatttaattatgagctaatgcttcactatgtcatgaattt 41447842  T
Q  106 tcatatctgtaacttccataatggcagccacgattaatcaaccctttcaactaatatcaaaatacagaacactacaaagttctctgataagggaaattta 205  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  41447841 tcatatctgtaacttccataatggcacccacgattaatcaaccctttcaactaatatcaaaatacagaacactacaaagttcgctgataagggaaattta 41447742  T
Q  206 aagcacaacaatgaatttttcaaaacatttgttaattttccaactctatgcaaaccttagctaaaaatactctagatgctctaaaattttatgaaaatac 305  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41447741 aagcacaacaatgaatttttcaaaacatttgttaattttccaactctatgcaaaccttagctaaaaatactctagatgctctaaaattttatgaaaatac 41447642  T
Q  306 tctgtaaaggctctaaatacctctcatgactgggagtcatcagtcttaatgaaaactttgtggcctggaatctttagtggtgtttggttcaagaactatt 405  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41447641 tctgtaaaagctctaaatacctctcatgactgggagtcatcagtcttaatgaaaactttgtggcctggaatctttagtggtgtttggttcaagaactatt 41447542  T
Q  406 atagtacatgtgtttgtgggtgcttgaatgtcttgttttactt-ttttaaattgtatcatgctattgattttagattgtttcaagtttatttttaacggt 504  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41447541 atagtacatgtgtttgtgggtgattgaatgtcttgttttactttttttaaattgtatcatgctattgattttagattgtttcaagtttatttttaacggt 41447442  T
Q  505 tctgtttgaagaccaaaatgtgcttgaattttcggaattgcatcttaagaacaatgctaatgtgggatgcttccaatctcaccatgcccccaactctcgt 604  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41447441 tctgtttgaagaccaaaatgtgcttgaattttcggaattgcatcttaagaacaatgctaatgtgggatgcttccaatctcaccatgcccccaactctcgt 41447342  T
Q  605 gtttgacccgattgtttgttgtcgggccaactgagggtgacagccactcgtggtatggttcagtgatatt 674  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41447341 gtttgacctgattgtttgttgtcggggcaactgagggtgacagccactcgtggtatggttcagtgatatt 41447272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University