View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21553_low_39 (Length: 423)

Name: NF21553_low_39
Description: NF21553
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21553_low_39
NF21553_low_39
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (3-410)||(43616785-43617192)
chr3 (3-145)||(43610312-43610454)
chr3 (3-145)||(43603914-43604056)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 371; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 371; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 3 - 410
Target Start/End: Complemental strand, 43617192 - 43616785
Alignment:
Q  3 gttccaacctaacttccactgctcaaaatctctttcaaaagctatggcaatgacaaatgactgaattgcacttgataggctctgaatggttatgaacttt 102  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43617192 gttccaacctaacttccactgctcaatatctctttcaaaagctatggcaatgacaaatgactgaattgcacttgataggctctgaatggttatgaacttt 43617093  T
Q  103 agctttgaagggtagctcttaagtaactgagcctatttttattcaaaaggtttggtgttagcttagttgtgagaatttgacattgtaacctttaggaaaa 202  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43617092 agctttgaagggtagctcttaagtaactgagcctatttttattcaaaaggtttggtgttagcttagttgtgagaatttgacattgtaacctttaggaaaa 43616993  T
Q  203 gaaattcaaatttcatgttgtaaaattgtcattactctcacttcaattaataattatttttctgttcactaaattttgttnnnnnnnttatcgataacgc 302  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||| || ||||    
T  43616992 gaaattcaaatttcatgttgtaaaattgtcattactctcacttcaattaataattatttttctgttcactaaattttgttaaaaaaattatccatgacgc 43616893  T
Q  303 agagaattcataatgtaacacaaatgttttcatcattctagaccttataccgcaaattgaaattaaattaatggtacctgaagtacaagccacaagctcc 402  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43616892 agagaattcataatgtaacacaaatgttttcatcattctagaccttataccacaaattgaaattaaattaatggtacctgaagtacaagccacaagctcc 43616793  T
Q  403 acatgatg 410  Q
    ||||||||    
T  43616792 acatgatg 43616785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 3 - 145
Target Start/End: Complemental strand, 43610454 - 43610312
Alignment:
Q  3 gttccaacctaacttccactgctcaaaatctctttcaaaagctatggcaatgacaaatgactgaattgcacttgataggctctgaatggttatgaacttt 102  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||||| ||    
T  43610454 gttccaacccaacttccactgctcaatatctctttcaaaagctatagcaatgacaaatgactgaattgcacttgataggctttgaatgctcatgaacctt 43610355  T
Q  103 agctttgaagggtagctcttaagtaactgagcctatttttatt 145  Q
    ||||||||||||||  | ||||| |||||||||| ||||||||    
T  43610354 agctttgaagggtaagttttaagcaactgagcctgtttttatt 43610312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 3 - 145
Target Start/End: Complemental strand, 43604056 - 43603914
Alignment:
Q  3 gttccaacctaacttccactgctcaaaatctctttcaaaagctatggcaatgacaaatgactgaattgcacttgataggctctgaatggttatgaacttt 102  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||| | |||||| ||    
T  43604056 gttccaacccaacttccactgctcaaaatctctttcaaaagctatagcaatgataaatgactgaattgcactagatatgctctgaatgctcatgaacctt 43603957  T
Q  103 agctttgaagggtagctcttaagtaactgagcctatttttatt 145  Q
    |   |||||||||| || |||||||||||||||| ||||||||    
T  43603956 aatcttgaagggtaacttttaagtaactgagcctgtttttatt 43603914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University