View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21553_low_8 (Length: 661)

Name: NF21553_low_8
Description: NF21553
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21553_low_8
NF21553_low_8
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (15-642)||(7905521-7906145)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 576; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 576; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 642
Target Start/End: Original strand, 7905521 - 7906145
Alignment:
Q  15 tccacgccttcgatttgattgtaacccttggctacaagacgtgctctatagcgctcaatagaaccattggcatgccgtttaatcttgaagacccatttgc 114  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||    
T  7905521 tccacgccttcgatttgattgtaacccttggctacaagacatgcattatagcgctcaatagaaccattggcataccgtttaatct-gaagatccatttgc 7905619  T
Q  115 ttccaatgggagaaatattggggggaggatctacaaatatccatgttccagttgcttccaaagcactaaagctcaggagacatagcaagttgccaacgtg 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  7905620 ttccaatgggagaaatattggggggaggatctacaaatatccatgttccagttgcttccaaagcactaa-gctcaggggacatagcaagttgccaacgtg 7905718  T
Q  215 gatcactttgggcctgtttaaaagaagaaggttcaatgtctgatgagatggcaagagtgaagctacaatatgagggagataacgggtgataagacaagga 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7905719 gatcactttgggcctgtttaaaagaagaaggttcaatgtctgatgagatggcaagagtgaagctacaatatgagggagataacgggtgataagacaagga 7905818  T
Q  315 agcggagatgggaaagagctgagcaaacaaagtcttgaagatgagctggtgttgtacgagtacgagtggaatggcgagcctgagtaagggcagaaacaag 414  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7905819 agcggagatgggaa-gagctgagcaaacaaagtcttgaagatgagctggtgttgtacgagtacgagtggaatggcgagcctgagtaagggcagaaacaag 7905917  T
Q  415 aggagcatgtggttgagatgttgatatggaaggatctggtgtggcaggttcagtggtaaatatgggagtattatcgaaataaatttgtggagtattgtga 514  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7905918 aggagcatgtggttgagatgttgatatggaaggatctggtgtggcaggttcagtggtaaatatgggagtattatcgaaataaatttgtggagtattgtga 7906017  T
Q  515 ggtgtgttatgtggatttgtgtgttgatgatgaaaggggaataagttgggagacagatatcaaattagttgcaaactgtggaataaacaacactctgtca 614  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7906018 ggtgtgttatgtggatttgtgtgttgatgatgaaaggggaataagttgggagacagatatctaattagttgcaaactgtggaataaacaacactctgtca 7906117  T
Q  615 agcgttaagtaggtgtgtgagtcatact 642  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  7906118 agcgttaagtaggtgtgtgagtcatact 7906145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University