View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21556_low_6 (Length: 278)

Name: NF21556_low_6
Description: NF21556
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21556_low_6
NF21556_low_6
[»] chr5 (18 HSPs)
chr5 (7-268)||(30339482-30339740)
chr5 (7-268)||(30059245-30059503)
chr5 (7-264)||(30398957-30399211)
chr5 (7-268)||(30748531-30748789)
chr5 (7-264)||(30434714-30434968)
chr5 (7-268)||(30243329-30243587)
chr5 (7-268)||(29852187-29852445)
chr5 (7-268)||(30482292-30482550)
chr5 (7-268)||(30678125-30678386)
chr5 (7-268)||(29871074-29871332)
chr5 (7-181)||(4380630-4380804)
chr5 (7-182)||(30205481-30205656)
chr5 (7-118)||(30714391-30714502)
chr5 (55-165)||(30474363-30474473)
chr5 (7-183)||(29709866-29710042)
chr5 (23-184)||(30203119-30203280)
chr5 (214-267)||(30205399-30205452)
chr5 (79-167)||(30429934-30430022)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (5-265)||(20297558-20297818)
chr4 (214-267)||(20303720-20303773)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (7-268)||(26706220-26706478)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (7-118)||(7582685-7582796)
chr1 (23-167)||(7098401-7098545)
chr1 (214-267)||(7582889-7582942)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 168; Significance: 4e-90; HSPs: 18)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 168; E-Value: 4e-90
Query Start/End: Original strand, 7 - 268
Target Start/End: Original strand, 30339482 - 30339740
Alignment:
Q  7 aaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctactttgacaatcattgattgccctaaacttggactgccatgtctt 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||    ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  30339482 aaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaacttgacaatctcctattgccctaaaattggactgccatgtctt 30339581  T
Q  107 ccatctcttaaattcctcgctgtatatgaatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttccgtggtcttactaagcttatcctatatgaccgtg 206  Q
    ||||||||||||  ||||  |||  | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||  |||    
T  30339582 ccatctcttaaagacctctatgttgagggatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttccgtggtcttactcagcttatcttatatgaaggtg 30339681  T
Q  207 aaggaataataacatccttcccagaggagatgttcaaaaaccttacttctcttcaatctctg 268  Q
    ||||   |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30339682 aagg---aataacatccttcccagaggggatgttcaaaaaccttacttctcttcaatctctg 30339740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 160; E-Value: 3e-85
Query Start/End: Original strand, 7 - 268
Target Start/End: Complemental strand, 30059503 - 30059245
Alignment:
Q  7 aaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctactttgacaatcattgattgccctaaacttggactgccatgtctt 106  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||   |||  ||| |||| ||||||||||||||||||||||    
T  30059503 aaacatagagggtttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaagttggatatctctgaatgccgtaaacttggactgccatgtctt 30059404  T
Q  107 ccatctcttaaattcctcgctgtatatgaatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttccgtggtcttactaagcttatcctatatgaccgtg 206  Q
    ||||||||||||| |||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || || |||   |||    
T  30059403 ccatctcttaaatccctcactgtatcggaatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttccgtggtcttactcagcttttcgtaaatgggggtg 30059304  T
Q  207 aaggaataataacatccttcccagaggagatgttcaaaaaccttacttctcttcaatctctg 268  Q
    |||||   ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30059303 aagga---ataacatccttcccagaggggatgttcaaaaaccttacttctcttcaatctctg 30059245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 152; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 7 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 30399211 - 30398957
Alignment:
Q  7 aaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctactttgacaatcattgattgccctaaacttggactgccatgtctt 106  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||| |||||  | |||||||||||||||| |||||||||||    
T  30399211 aaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctgagttgagaatcacagcttgccctaaacttggagtgccatgtctt 30399112  T
Q  107 ccatctcttaaattcctcgctgtatatgaatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttccgtggtcttactaagcttatcctatatgaccgtg 206  Q
    ||||||||||||| ||||  |||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||| || || ||     
T  30399111 ccatctcttaaatccctctatgtattgggatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttccgtggtcttactgagctttccctagattacggta 30399012  T
Q  207 aaggaataataacatccttcccagaggagatgttcaaaaaccttacttctcttcaatc 264  Q
     |||   |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30399011 gagg---aataacatccttcccagaggggatgttcaaaaaccttacttctcttcaatc 30398957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 152; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 7 - 268
Target Start/End: Complemental strand, 30748789 - 30748531
Alignment:
Q  7 aaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctactttgacaatcattgattgccctaaacttggactgccatgtctt 106  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||   |||   ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  30748789 aaacatagagggattattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaagttggatatctgggattgccctgaacttggactgccatgtctt 30748690  T
Q  107 ccatctcttaaattcctcgctgtatatgaatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttccgtggtcttactaagcttatcctatatgaccgtg 206  Q
    ||||||||||||| ||||  | |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||    |||    
T  30748689 ccatctcttaaatccctccatttatgggaatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttccgtggtcttactcagcttaccctaaatagtggtg 30748590  T
Q  207 aaggaataataacatccttcccagaggagatgttcaaaaaccttacttctcttcaatctctg 268  Q
    ||||   |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30748589 aagg---aataacatccttaccagaggagatgttcaaaaaccttacttctcttcaatctctg 30748531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 148; E-Value: 4e-78
Query Start/End: Original strand, 7 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 30434968 - 30434714
Alignment:
Q  7 aaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctactttgacaatcattgattgccctaaacttggactgccatgtctt 106  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||   |||    | |||||||||||||||||||||||||||    
T  30434968 aaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctagtttggatatctggaaatgccctaaacttggactgccatgtctt 30434869  T
Q  107 ccatctcttaaattcctcgctgtatatgaatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttccgtggtcttactaagcttatcctatatgaccgtg 206  Q
    ||||||||||||  ||||| |||  ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||    |||    
T  30434868 ccatctcttaaagacctcggtgtcgatggacgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttccgtggtcttactcagcttaccctaaatagtggtg 30434769  T
Q  207 aaggaataataacatccttcccagaggagatgttcaaaaaccttacttctcttcaatc 264  Q
    ||||   |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30434768 aagg---aataacatccttaccagaggagatgttcaaaaaccttacttctcttcaatc 30434714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 144; E-Value: 9e-76
Query Start/End: Original strand, 7 - 268
Target Start/End: Original strand, 30243329 - 30243587
Alignment:
Q  7 aaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctactttgacaatcattgattgccctaaacttggactgccatgtctt 106  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||   |||    | |||||||||||||||||||||||||||    
T  30243329 aaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctagtttggatatctggaaatgccctaaacttggactgccatgtctt 30243428  T
Q  107 ccatctcttaaattcctcgctgtatatgaatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttccgtggtcttactaagcttatcctatatgaccgtg 206  Q
    ||||||||||||  ||||  |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||  | || ||     
T  30243429 ccatctcttaaagacctctttgtatgggaatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttccgtggtcttactcagcttaaactaattcacggtt 30243528  T
Q  207 aaggaataataacatccttcccagaggagatgttcaaaaaccttacttctcttcaatctctg 268  Q
      ||   |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30243529 tcgg---aataacatccttcccagaggggatgttcaaaaaccttacttctcttcaatctctg 30243587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 7 - 268
Target Start/End: Complemental strand, 29852445 - 29852187
Alignment:
Q  7 aaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctactttgacaatcattgattgccctaaacttggactgccatgtctt 106  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||| ||||    |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  29852445 aaacatagaggggttattgaaagtggaaagagggaagatatttccttgtctttctaatttgaaaatctcatattgccctgaacttggactgccatgtctt 29852346  T
Q  107 ccatctcttaaattcctcgctgtatatgaatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttccgtggtcttactaagcttatcctatatgaccgtg 206  Q
    |||||||| ||| | |||  |||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||   ||| ||||| ||     
T  29852345 ccatctctgaaactgctccatgtattgggatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttccgtggtcttacaaagctttggctacatgacggt- 29852247  T
Q  207 aaggaataataacatccttcccagaggagatgttcaaaaaccttacttctcttcaatctctg 268  Q
         | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29852246 --ttcagaataacatccttcccagaggagatgttcaaaaaccttacttctcttcaatctctg 29852187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 7 - 268
Target Start/End: Complemental strand, 30482550 - 30482292
Alignment:
Q  7 aaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttct-actttgacaatcattgattgccctaaacttggactgccatgtct 105  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||    |||||| ||||||||||||||||| |||    
T  30482550 aaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttcttacttgga-aatctcatattgccataaacttggactgccatctct 30482452  T
Q  106 tccatctcttaaattcctcgctgtatatgaatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttccgtggtcttactaagcttatcctatatgaccgt 205  Q
    |||||||||| ||  ||||  |||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||   ||  ||    
T  30482451 tccatctcttgaaggcctctatgtggatggatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttccgtggtcttactcagcttaccctaatggagggt 30482352  T
Q  206 gaaggaataataacatccttcccagaggagatgttcaaaaaccttacttctcttcaatctctg 268  Q
    |||||   |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  30482351 gaagg---aataacatccttcccagaggggatgttcaaaaaccttacttgtcttcaatatctg 30482292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 129; E-Value: 8e-67
Query Start/End: Original strand, 7 - 268
Target Start/End: Original strand, 30678125 - 30678386
Alignment:
Q  7 aaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctactttgacaatcattgattgccctaaact---tggactgccatgt 103  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||   |||    |||||||||||||   |||||||||||||    
T  30678125 aaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaggttggatatctggaattgccctaaactgcttggactgccatgt 30678224  T
Q  104 cttccatctcttaaattcctcgctgtatatgaatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttccgtggtcttactaagcttatcctatatgacc 203  Q
    |||||||||||||||   ||||   |||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||| ||     
T  30678225 cttccatctcttaaagaactcgagatatggggatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttccgtggtcttactcagctttccctatataacg 30678324  T
Q  204 gtgaaggaataataacatccttcccagaggagatgttcaaaaaccttacttctcttcaatctctg 268  Q
    ||   ||   |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30678325 gtttcgg---aataacatccttcccagaggggatgttcaaaaaccttacttctcttcaatctctg 30678386  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 124; E-Value: 8e-64
Query Start/End: Original strand, 7 - 268
Target Start/End: Complemental strand, 29871332 - 29871074
Alignment:
Q  7 aaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctactttgacaatcattgattgccctaaacttggactgccatgtctt 106  Q
    |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||   ||     | ||||||||| |||||||||||||||||    
T  29871332 aaacatagagggtttattgaaagttgaaagaggggagatgtttccttgtctttctagtttggatatttggaaatgccctaaaattggactgccatgtctt 29871233  T
Q  107 ccatctcttaaattcctcgctgtatatgaatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttccgtggtcttactaagcttatcctatatgaccgtg 206  Q
    ||||||||||||  ||||| ||   ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||  ||||  |||| |||    
T  29871232 ccatctcttaaagacctcgttgccgatccatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttttgtggtcttactcagcttgccctaagtgacggtg 29871133  T
Q  207 aaggaataataacatccttcccagaggagatgttcaaaaaccttacttctcttcaatctctg 268  Q
    |||||   ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  29871132 aagga---ataacatccttcccagaggggatgttcaaaaaccttacttctcttctatctctg 29871074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 7 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 4380804 - 4380630
Alignment:
Q  7 aaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctactttgacaatcattgattgccctaaacttggactgccatgtctt 106  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||   |||    ||||||||||||||||||||||||||| |    
T  4380804 aaacataaaggggttattgaaagtggaaagaggggagttgtttccttgtctttctaacttggatatctagaattgccctaaacttggactgccatgtcat 4380705  T
Q  107 ccatctcttaaattcctcgctgtatatgaatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttccgtggtctt 181  Q
    ||||||||||||  ||||| |||  | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  4380704 ccatctcttaaacacctcgttgttgagggatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctacctttcgtggtctt 4380630  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 7 - 182
Target Start/End: Complemental strand, 30205656 - 30205481
Alignment:
Q  7 aaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctactttgacaatcattgattgccctaaacttggactgccatgtctt 106  Q
    |||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||| || |||     ||||||||||||||||||||||||||||    
T  30205656 aaacttagaagggttattgaaagtggaaagaggtgagatgtttccttgtctttctcgtttaaccatctccttttgccctaaacttggactgccatgtctt 30205557  T
Q  107 ccatctcttaaattcctcgctgtatatgaatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttccgtggtctta 182  Q
      ||||||||||  ||| | |||||  | ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||  |||||||||    
T  30205556 gtatctcttaaaaacctagatgtattgggatgtaacaatgagttgctgaggtcaatctctagcttttgtggtctta 30205481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 7 - 118
Target Start/End: Original strand, 30714391 - 30714502
Alignment:
Q  7 aaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctactttgacaatc-attgattgccctaaacttggactgccatgtct 105  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||  |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  30714391 aaacatagtggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttctctttctaaattggtaatcgattg-ttgccctaaacttggactgccatgtct 30714489  T
Q  106 tccatctcttaaa 118  Q
    |||||||||||||    
T  30714490 tccatctcttaaa 30714502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 55 - 165
Target Start/End: Complemental strand, 30474473 - 30474363
Alignment:
Q  55 tctttctactttgacaatcattgattgccctaaacttggactgccatgtcttccatctcttaaattcctcgctgtatatgaatgtaacaatgagttactg 154  Q
    |||||||| |||||| || |||||||||||||||||||   ||||||| |||||||| ||||||  ||||  ||||| || |||||||||||||||||||    
T  30474473 tctttctaatttgaccattattgattgccctaaacttgtgttgccatgccttccatcccttaaagacctcattgtatttggatgtaacaatgagttactg 30474374  T
Q  155 aggtcaatctc 165  Q
    || ||||||||    
T  30474373 agatcaatctc 30474363  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 7 - 183
Target Start/End: Original strand, 29709866 - 29710042
Alignment:
Q  7 aaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctactttgacaatcattgattgccctaaacttggactgccatgtctt 106  Q
    |||| ||||||||||| |||| |||||||||| |||| |||||||||||| ||||| ||||| |||       | | ||||||||| |||| ||||||||    
T  29709866 aaacttagaggggttagtgaatgtggaaagagaggaggtgtttccttgtccttctattttgaaaattgccctcttcactaaacttgaactgtcatgtctt 29709965  T
Q  107 ccatctcttaaattcctcgctgtatatgaatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttccgtggtcttac 183  Q
    || ||||||| |  ||||| ||| |  | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||   ||||||||||    
T  29709966 ccgtctcttatagacctcgatgtttcgggatgtaacaatgagttactgagatcaatctctacctcatgtggtcttac 29710042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 23 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 30203280 - 30203119
Alignment:
Q  23 ttgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctactttgacaatcattgattgccctaaacttggactgccatgtcttccatctcttaaattcc 122  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |   |||   |||     || ||||||||||  |||| |||||||||||| | |||||  ||    
T  30203280 ttgaaagtggaaagagaggagatgtttccttgtctttttcaattggatatcgccttttaccctaaacttcaactgtcatgtcttccatatgttaaaaacc 30203181  T
Q  123 tcgctgtatatgaatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttccgtggtcttact 184  Q
    |   |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||  ||||||||||    
T  30203180 tttatgtaaatgaatgtaacaatgagttactgaggtcgatctctagcttctatggtcttact 30203119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 214 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 30205452 - 30205399
Alignment:
Q  214 aataacatccttcccagaggagatgttcaaaaaccttacttctcttcaatctct 267  Q
    ||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  30205452 aataacatccttcccggacgggatgttcaaaaaccttacttgtcttcaagctct 30205399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 79 - 167
Target Start/End: Complemental strand, 30430022 - 30429934
Alignment:
Q  79 ttgccctaaacttggactgccatgtcttccatctcttaaattcctcgctgtatatgaatgtaacaatgagttactgaggtcaatctcta 167  Q
    ||||| |||||||||  ||||||| ||| ||||| |||||   |||  |||| ||| |||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  30430022 ttgccttaaacttgggttgccatgcctttcatcttttaaagaactcattgtagatggatgtaacaatgagttactggagtcaatctcta 30429934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 157; Significance: 2e-83; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 157; E-Value: 2e-83
Query Start/End: Original strand, 5 - 265
Target Start/End: Original strand, 20297558 - 20297818
Alignment:
Q  5 caaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctactttgacaatcattgattgccctaaacttggactgccatgtc 104  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||    | ||||||||||||||| |||||||||    
T  20297558 caaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaagttgaaaatctccaaatgccctaaacttggaatgccatgtc 20297657  T
Q  105 ttccatctcttaaattcctcgctgtatatgaatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttccgtggtcttactaagcttatcctatatgaccg 204  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||  ||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||  ||||  |||| |    
T  20297658 ttccatctcttaaatccctcgatgtcgatccatgtaacaatgagttactgagatcaatctctactttccgtggtcttactcagctttccctacttgacag 20297757  T
Q  205 tgaaggaataataacatccttcccagaggagatgttcaaaaaccttacttctcttcaatct 265  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20297758 tgaagaaataataacatccttcccagatgggatgttcaaaaaccttacttctcttcaatct 20297818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 214 - 267
Target Start/End: Original strand, 20303720 - 20303773
Alignment:
Q  214 aataacatccttcccagaggagatgttcaaaaaccttacttctcttcaatctct 267  Q
    |||||||||||||| | ||| |||||||| ||||||||||| ||||||| ||||    
T  20303720 aataacatccttccaaaaggggatgttcataaaccttacttgtcttcaaactct 20303773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 140; Significance: 2e-73; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 7 - 268
Target Start/End: Complemental strand, 26706478 - 26706220
Alignment:
Q  7 aaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctactttgacaatcattgattgccctaaacttggactgccatgtctt 106  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||||||||||||||  |||||||||     |||||||||| || |||||||||||||||    
T  26706478 aaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggaaaggtgtttccttgtctttctcgtttgacaatatactattgccctaagctaggactgccatgtctt 26706379  T
Q  107 ccatctcttaaattcctcgctgtatatgaatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttccgtggtcttactaagcttatcctatatgaccgtg 206  Q
    ||||||||||||| ||||  ||| |  | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||| ||||||| || | |    
T  26706378 ccatctcttaaatccctcaatgtttcgggatgtaacaatgagttactgaggtcaatccctacctttcgtggtcttactgagcttaccctatataacggcg 26706279  T
Q  207 aaggaataataacatccttcccagaggagatgttcaaaaaccttacttctcttcaatctctg 268  Q
    ||||   |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26706278 aagg---aataacatccttcccagaggggatgttcaaaaaccttacttctcttcaatctctg 26706220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 52; Significance: 7e-21; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 52; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 7 - 118
Target Start/End: Original strand, 7582685 - 7582796
Alignment:
Q  7 aaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctactttgacaatcattgattgccctaaacttggactgccatgtctt 106  Q
    |||| |||||||||| ||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||| |||||  ||||   ||||||||||||||| ||| || ||||||    
T  7582685 aaacttagaggggttgttgaaagtggaaaaaaaggagatgtttccttgtctttctattttgaacatcaacaattgccctaaacttgaacttccgtgtctt 7582784  T
Q  107 ccatctcttaaa 118  Q
    |||||| |||||    
T  7582785 ccatctgttaaa 7582796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 23 - 167
Target Start/End: Complemental strand, 7098545 - 7098401
Alignment:
Q  23 ttgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctactttgacaatcattgattgccctaaacttggactgccatgtcttccatctcttaaattcc 122  Q
    ||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||| ||||  ||||    ||||||||||||||| ||| || |||||||||||| ||| |  ||    
T  7098545 ttgaaagtggaaagagatgagacgtttccttgtctttctattttggaaatcgacaattgccctaaacttgaacttccgtgtcttccatctgttagagacc 7098446  T
Q  123 tcgctgtatatgaatgtaacaatgagttactgaggtcaatctcta 167  Q
    ||  |||| |||||||||| ||| || | |||| |||||||||||    
T  7098445 tctatgtagatgaatgtaataataagatgctgaagtcaatctcta 7098401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 214 - 267
Target Start/End: Original strand, 7582889 - 7582942
Alignment:
Q  214 aataacatccttcccagaggagatgttcaaaaaccttacttctcttcaatctct 267  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||   ||||||||||| ||| ||||||||    
T  7582889 aataacatccttcccaaaggagatgtttggaaaccttacttgtctccaatctct 7582942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University