View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21560_low_13 (Length: 429)

Name: NF21560_low_13
Description: NF21560
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21560_low_13
NF21560_low_13
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (1-416)||(5811929-5812344)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (1-416)||(37743499-37743914)
chr7 (1-416)||(38601207-38601622)
chr7 (1-416)||(37764694-37765109)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 388; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 388; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 5812344 - 5811929
Alignment:
Q  1 tcttccttgtccgtggagtcggcattcaataaaaaaggacagtaaagtgatcaccccaggtgcaaaaaatcatgctagagctaaagggcaagaagacaat 100  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5812344 tcttccttgtccgtggagttggcattcaataaaaaaggacaataaagtgatcaccccaggtgcaaaaaatcatgctagagctaaagggcaagaagacaat 5812245  T
Q  101 tctaaggacattgatgacctgaagcttcaagattttcttcagttcatgcaaccttgcgcaaagtctaagctgtgggcaaacgaaactacagttgtatcca 200  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5812244 tctaaagacattgatgacctgaagcttcaagattttcttcaggtcatgcaacctcgcgcaaagtctaagctgtgggcaaacgaaactacagttgtatcca 5812145  T
Q  201 atgatggtaacaaccaagcaacattgaataaggagaccaacggtacatcaattgcaaactatcctatcttaagtgacagacaagtagttggattaccaaa 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5812144 atgatggtaacaaccaagcaacattgaataaggagaccaacggtacatcaattgcaaactatcctatcttaagtgacagacaagtagttggattaccaaa 5812045  T
Q  301 taatcccgaatctgaaaagtcacgtgagcttaagcatgatggagtgatgtctgatattgattatttcaagaataaagtgacaacagattggtccgattct 400  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5812044 taatcccgaatctgacaagtcacgtgagcttaatcatgatggagtgatgtctgatattgattatttcaagaataaagtgacaacagattggtccgattct 5811945  T
Q  401 gaaagcagtgatgatg 416  Q
    ||||||||||||||||    
T  5811944 gaaagcagtgatgatg 5811929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 200; Significance: 1e-109; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 1 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 37743914 - 37743499
Alignment:
Q  1 tcttccttgtccgtggagtcggcattcaataaaaaaggacagtaaagtgatcaccccaggtgcaaaaaatcatgctagagctaaagggcaagaagacaat 100  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||||  ||||||||||||| ||| ||  |  ||||||||||||||||| |  || |||||||||    
T  37743914 tcttcctcgtccgtggagtcgacattcaacaaaaaaggacgataaagtgatcaccacagatgttagcaatcatgctagagctaaggaacatgaagacaat 37743815  T
Q  101 tctaaggacattgatgacctgaagcttcaagattttcttcagttcatgcaaccttgcgcaaagtctaagctgtgggcaaacgaaactacagttgtatcca 200  Q
    |||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||| |||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||    
T  37743814 tctatggacattgatgacccaaagcttcaagattttcttcaggtcatgcaacctcgggcaatgtctaagctgtgggcaaatgatacttcagttgtatcca 37743715  T
Q  201 atgatggtaacaaccaagcaacattgaataaggagaccaacggtacatcaattgcaaactatcctatcttaagtgacagacaagtagttggattaccaaa 300  Q
    ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |  |||||| |||||||||| ||||||||||||| |||  ||| |||| ||  ||||||||    
T  37743714 atgatggtaacaaccaaccaacactgaataaggagaccgaaagtacattaattgcaaaccatcctatcttaagcgactcacatgtagatgagttaccaaa 37743615  T
Q  301 taatcccgaatctgaaaagtcacgtgagcttaagcatgatggagtgatgtctgatattgattatttcaagaataaagtgacaacagattggtccgattct 400  Q
    ||| ||  |||| || ||||| |||||  |||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||| |||||||||||| || ||||| ||||||    
T  37743614 taaccctaaatccgacaagtcgcgtgatattaagcatgatggagtaatttctgatatggattatttcaagagtaaagtgacaacggagtggtctgattct 37743515  T
Q  401 gaaagcagtgatgatg 416  Q
    ||||||||||||||||    
T  37743514 gaaagcagtgatgatg 37743499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 1 - 416
Target Start/End: Original strand, 38601207 - 38601622
Alignment:
Q  1 tcttccttgtccgtggagtcggcattcaataaaaaaggacagtaaagtgatcaccccaggtgcaaaaaatcatgctagagctaaagggcaagaagacaat 100  Q
    ||||||| ||||||||||||  ||||||| |||||| | || ||||||||||||||||  ||  || |||||||||||||||||||| || |||||||||    
T  38601207 tcttcctcgtccgtggagtcaacattcaacaaaaaaagtcaataaagtgatcaccccacatgttaacaatcatgctagagctaaaggacatgaagacaat 38601306  T
Q  101 tctaaggacattgatgacctgaagcttcaagattttcttcagttcatgcaaccttgcgcaaagtctaagctgtgggcaaacgaaactacagttgtatcca 200  Q
    |||| ||| ||||||||||  || |||||||||||||||||| ||||||||||| | |||| |||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||    
T  38601307 tctatggaaattgatgacccaaaacttcaagattttcttcaggtcatgcaacctcgggcaatgtctaagctgtgggcaaatgatacttcagttgtatcca 38601406  T
Q  201 atgatggtaacaaccaagcaacattgaataaggagaccaacggtacatcaattgcaaactatcctatcttaagtgacagacaagtagttggattaccaaa 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  | |||||| |||||||| ||||||||||||| |||  |||||||| || |||||||||    
T  38601407 atgatggtaacaaccaagcaacattgaataaggagaccgaaaggacatcagttgcaaaccatcctatcttaagcgactcacaagtagatgaattaccaaa 38601506  T
Q  301 taatcccgaatctgaaaagtcacgtgagcttaagcatgatggagtgatgtctgatattgattatttcaagaataaagtgacaacagattggtccgattct 400  Q
     || ||  |||| || |||  |||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||  ||| | ||||| || ||||| ||||||    
T  38601507 aaaccctaaatccgataagaaacgtgagcttaagcatgatggagtaatctctgatatggattatttcaagagcaaattaacaacggagtggtctgattct 38601606  T
Q  401 gaaagcagtgatgatg 416  Q
    ||||||||||||||||    
T  38601607 gaaagcagtgatgatg 38601622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 172; E-Value: 3e-92
Query Start/End: Original strand, 1 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 37765109 - 37764694
Alignment:
Q  1 tcttccttgtccgtggagtcggcattcaataaaaaaggacagtaaagtgatcaccccaggtgcaaaaaatcatgctagagctaaagggcaagaagacaat 100  Q
    ||||||| | || |||||||| ||||||| |||||| |||| ||||| | ||||||||| ||  || |||  ||||||||||||||| || |||||||||    
T  37765109 tcttcctcgaccatggagtcgacattcaagaaaaaaagacactaaagcgttcaccccagatgtcaacaattgtgctagagctaaaggacatgaagacaat 37765010  T
Q  101 tctaaggacattgatgacctgaagcttcaagattttcttcagttcatgcaaccttgcgcaaagtctaagctgtgggcaaacgaaactacagttgtatcca 200  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||| || | |||| |||||||||||||||||| |||||| |||||| |||||    
T  37765009 tctatggacattgatgacctgaagcttcgagaatttcttcaggtcatgcaatctcgagcaacgtctaagctgtgggcaaatgaaacttcagttgcatcca 37764910  T
Q  201 atgatggtaacaaccaagcaacattgaataaggagaccaacggtacatcaattgcaaactatcctatcttaagtgacagacaagtagttggattaccaaa 300  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||  |  | |||||| |||||||| ||||||||||||| |||  |||| ||| ||  ||||||||    
T  37764909 atgatggtagcaaccaagcaacattgaataagaagactgaaagaacatcagttgcaaaccatcctatcttaagcgactcacaattagatgagttaccaaa 37764810  T
Q  301 taatcccgaatctgaaaagtcacgtgagcttaagcatgatggagtgatgtctgatattgattatttcaagaataaagtgacaacagattggtccgattct 400  Q
    ||| ||  ||||  | |||  |||||||||||||| ||||||||| ||  ||||||| ||||||||||||| |||||||||||| || ||||| ||||||    
T  37764809 taaccctaaatccaataagaaacgtgagcttaagcctgatggagtaatccctgatatggattatttcaagagtaaagtgacaacggagtggtctgattct 37764710  T
Q  401 gaaagcagtgatgatg 416  Q
    ||||||||||||||||    
T  37764709 gaaagcagtgatgatg 37764694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University