View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21560_low_21 (Length: 304)

Name: NF21560_low_21
Description: NF21560
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21560_low_21
NF21560_low_21
[»] chr6 (13 HSPs)
chr6 (1-252)||(15673429-15673680)
chr6 (1-252)||(23347751-23348002)
chr6 (1-246)||(13755069-13755314)
chr6 (1-239)||(8873124-8873362)
chr6 (1-239)||(25317458-25317696)
chr6 (1-239)||(26204952-26205190)
chr6 (1-225)||(19348878-19349093)
chr6 (116-207)||(1682765-1682856)
chr6 (1-200)||(33629702-33629900)
chr6 (11-201)||(19256659-19256849)
chr6 (140-230)||(4406755-4406845)
chr6 (134-174)||(14528110-14528150)
chr6 (113-185)||(24749364-24749436)
[»] chr3 (15 HSPs)
chr3 (1-252)||(23601377-23601628)
chr3 (1-252)||(6176763-6177014)
chr3 (9-252)||(7146653-7146896)
chr3 (1-252)||(2813785-2814036)
chr3 (1-246)||(29309011-29309257)
chr3 (1-238)||(25873411-25873648)
chr3 (12-239)||(9378712-9378939)
chr3 (1-252)||(30167630-30167881)
chr3 (1-200)||(49732270-49732469)
chr3 (11-225)||(28675241-28675455)
chr3 (116-200)||(13448197-13448281)
chr3 (1-64)||(32004584-32004647)
chr3 (11-200)||(24227429-24227617)
chr3 (11-64)||(13448093-13448145)
chr3 (8-64)||(14868258-14868314)
[»] chr1 (18 HSPs)
chr1 (1-252)||(32353582-32353833)
chr1 (1-239)||(3692231-3692469)
chr1 (1-238)||(48073731-48073968)
chr1 (1-252)||(38231291-38231542)
chr1 (1-239)||(37530168-37530408)
chr1 (1-252)||(14119368-14119620)
chr1 (1-252)||(36928771-36929022)
chr1 (1-252)||(36305388-36305639)
chr1 (1-239)||(4644617-4644855)
chr1 (1-200)||(21527765-21527964)
chr1 (1-200)||(14365962-14366160)
chr1 (244-304)||(11074899-11074959)
chr1 (1-221)||(47115892-47116112)
chr1 (1-200)||(48266055-48266254)
chr1 (1-92)||(25639908-25639999)
chr1 (1-64)||(52336266-52336329)
chr1 (4-231)||(30970914-30971141)
chr1 (11-64)||(9528226-9528279)
[»] chr4 (15 HSPs)
chr4 (1-252)||(23873761-23874012)
chr4 (1-246)||(2631002-2631247)
chr4 (1-252)||(8487266-8487517)
chr4 (1-238)||(20673313-20673551)
chr4 (1-252)||(55298227-55298475)
chr4 (1-146)||(12776599-12776743)
chr4 (1-122)||(33313003-33313124)
chr4 (1-221)||(7663554-7663774)
chr4 (1-200)||(47540529-47540728)
chr4 (11-195)||(8655415-8655599)
chr4 (1-239)||(23279211-23279449)
chr4 (1-200)||(3130316-3130515)
chr4 (4-98)||(25875129-25875223)
chr4 (1-165)||(1121016-1121180)
chr4 (1-64)||(5817654-5817717)
[»] chr2 (11 HSPs)
chr2 (1-252)||(33547476-33547727)
chr2 (1-252)||(43627102-43627354)
chr2 (1-258)||(13549728-13549985)
chr2 (1-252)||(9949549-9949800)
chr2 (1-252)||(22052231-22052482)
chr2 (1-186)||(26681485-26681670)
chr2 (1-179)||(31594158-31594336)
chr2 (1-252)||(31085922-31086173)
chr2 (1-174)||(35694237-35694410)
chr2 (1-221)||(45421122-45421342)
chr2 (4-239)||(31774291-31774526)
[»] chr7 (15 HSPs)
chr7 (1-252)||(13439657-13439908)
chr7 (1-230)||(28326960-28327189)
chr7 (1-252)||(30385804-30386054)
chr7 (1-252)||(45235554-45235805)
chr7 (80-252)||(45942534-45942706)
chr7 (1-157)||(3632407-3632561)
chr7 (9-239)||(12379023-12379253)
chr7 (1-231)||(15654011-15654241)
chr7 (1-231)||(46623308-46623538)
chr7 (1-238)||(3104507-3104744)
chr7 (1-231)||(43104915-43105145)
chr7 (1-68)||(21277520-21277587)
chr7 (1-64)||(9546341-9546404)
chr7 (131-201)||(43571887-43571957)
chr7 (8-96)||(19728098-19728186)
[»] chr8 (11 HSPs)
chr8 (1-252)||(2871795-2872045)
chr8 (1-237)||(16421309-16421545)
chr8 (1-252)||(412651-412901)
chr8 (1-252)||(7451956-7452207)
chr8 (151-252)||(35405459-35405560)
chr8 (1-117)||(35405348-35405464)
chr8 (1-198)||(19385049-19385246)
chr8 (4-68)||(12218486-12218550)
chr8 (1-74)||(28542607-28542680)
chr8 (115-185)||(30501686-30501756)
chr8 (135-195)||(34642101-34642161)
[»] chr5 (11 HSPs)
chr5 (1-252)||(32917921-32918172)
chr5 (1-239)||(6264496-6264734)
chr5 (1-239)||(34480560-34480798)
chr5 (1-172)||(34858058-34858229)
chr5 (1-252)||(15499931-15500182)
chr5 (1-200)||(10487243-10487442)
chr5 (29-201)||(587148-587320)
chr5 (134-231)||(31862330-31862427)
chr5 (8-59)||(4399488-4399539)
chr5 (121-231)||(6020462-6020572)
chr5 (8-96)||(8571541-8571629)
[»] scaffold0287 (1 HSPs)
scaffold0287 (1-157)||(13524-13678)
[»] scaffold0418 (1 HSPs)
scaffold0418 (1-221)||(7279-7499)
[»] scaffold0029 (1 HSPs)
scaffold0029 (2-198)||(134975-135171)
[»] scaffold0002 (2 HSPs)
scaffold0002 (2-198)||(312802-312998)
scaffold0002 (2-198)||(328256-328452)
[»] scaffold0220 (1 HSPs)
scaffold0220 (1-74)||(22676-22749)
[»] scaffold0197 (1 HSPs)
scaffold0197 (31-68)||(12339-12376)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 228; Significance: 1e-126; HSPs: 13)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 228; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 15673429 - 15673680
Alignment:
Q  1 aagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagcagcttaatcttatctagtaaacaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  15673429 aagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagcagcttaatcttatctaataaacaa 15673528  T
Q  101 gggatgggggtaacaacatgattaaacgaacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacatagaagccaaattagttgcataaaagaacgtctag 200  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15673529 gggatgggggtaacaaaatgattaaacaaacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacatagaagccaaattagttgcataaaagaacgtctag 15673628  T
Q  201 caacaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaattatctgaagtatt 252  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  15673629 caacaccaccacctgtcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatctgaaatatt 15673680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 23348002 - 23347751
Alignment:
Q  1 aagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagcagcttaatcttatctagtaaacaa 100  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| ||||||||    
T  23348002 aagagggcgtgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacaacaacttaatcttatctggtaaacaa 23347903  T
Q  101 gggatgggggtaacaacatgattaaacgaacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacatagaagccaaattagttgcataaaagaacgtctag 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  23347902 gggatgggggtaacaacatgattaaacatacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacataaaagccatattagttgcataaaagaacgtctag 23347803  T
Q  201 caacaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaattatctgaagtatt 252  Q
    |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  23347802 caacaccaccgcctgtcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatctgaaatatt 23347751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 186; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 1 - 246
Target Start/End: Original strand, 13755069 - 13755314
Alignment:
Q  1 aagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagcagcttaatcttatctagtaaacaa 100  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  13755069 aagagggtttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagcagtttaatcttatctagtaaacaa 13755168  T
Q  101 gggatgggggtaacaacatgattaaacgaacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacatagaagccaaattagttgcataaaagaacgtctag 200  Q
     |||||||||||||||| |||||||||  |||||| ||||| |||||||| ||||||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||    
T  13755169 tggatgggggtaacaacctgattaaacatacggttgttacgctcattccacacaacccagacacatagaagtcatattagttgcataaaagaacgtctag 13755268  T
Q  201 caacaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaattatctga 246  Q
    || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  13755269 cagcaccaccacctgtcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatctga 13755314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 175; E-Value: 3e-94
Query Start/End: Original strand, 1 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 8873362 - 8873124
Alignment:
Q  1 aagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagcagcttaatcttatctagtaaacaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||| |||||| |||||||||    
T  8873362 aagagggcttgaccaccactgttgagttccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcagccaacctaaagacatcaacttaaccttatcaagtaaacaa 8873263  T
Q  101 gggatgggggtaacaacatgattaaacgaacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacatagaagccaaattagttgcataaaagaacgtctag 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||     
T  8873262 gggatgggggtaacaacatgattaaacagacggttatttcgttcattccaaacaacccagacacatagaagccatattagttgcataaaagaacgtctaa 8873163  T
Q  201 caacaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaat 239  Q
    || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  8873162 cagcaccaccacctgtcaaatgagtgaactgtaaaaaat 8873124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 151; E-Value: 6e-80
Query Start/End: Original strand, 1 - 239
Target Start/End: Original strand, 25317458 - 25317696
Alignment:
Q  1 aagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagcagcttaatcttatctagtaaacaa 100  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||| | |||||||| ||||| || |||||||||||||| |||||||    
T  25317458 aagagggcttgacgaccactgctgagttccaaaaacaaaggtagtttttttaactttaagccaacctaaagacaacatcttaatcttatctaataaacaa 25317557  T
Q  101 gggatgggggtaacaacatgattaaacgaacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacatagaagccaaattagttgcataaaagaacgtctag 200  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||   ||||||||| | ||||||||| ||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25317558 gggatgggggtaacaacctgattaaagagacggttatttctttcattccacacaactcatgcacaaagaagccaaattagttgcataaaagaacgtctag 25317657  T
Q  201 caacaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaat 239  Q
    |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  25317658 caacaccaccacctgtcaaatgagtaaactgtaaaaaat 25317696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 151; E-Value: 6e-80
Query Start/End: Original strand, 1 - 239
Target Start/End: Original strand, 26204952 - 26205190
Alignment:
Q  1 aagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagcagcttaatcttatctagtaaacaa 100  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||| | |||||||| ||||| || |||||||||||||| |||||||    
T  26204952 aagagggcttgacgaccactgctgagttccaaaaacaaaggtagtttttttaactttaagccaacctaaagacaacatcttaatcttatctaataaacaa 26205051  T
Q  101 gggatgggggtaacaacatgattaaacgaacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacatagaagccaaattagttgcataaaagaacgtctag 200  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||   ||||||||| | ||||||||| ||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26205052 gggatgggggtaacaacctgattaaagagacggttatttctttcattccacacaactcatgcacaaagaagccaaattagttgcataaaagaacgtctag 26205151  T
Q  201 caacaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaat 239  Q
    |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  26205152 caacaccaccacctgtcaaatgagtaaactgtaaaaaat 26205190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 133; E-Value: 4e-69
Query Start/End: Original strand, 1 - 225
Target Start/End: Original strand, 19348878 - 19349093
Alignment:
Q  1 aagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagcagcttaatcttatctagtaaacaa 100  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||          | |||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  19348878 aagagggtttgaccaccactgctgagttccaaaaacaaaggtagcttta---------agccaacctaaagacaacatcttaatcttatctagtaaacaa 19348968  T
Q  101 gggatgggggtaacaacatgattaaacgaacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacatagaagccaaattagttgcataaaagaacgtctag 200  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  19348969 gggatgggggtaacaccatgattaaacatacggttatttcgttcattccaaacaacccaggcacagagaagccatattagttgcataaaagaccgtctag 19349068  T
Q  201 caacaccaccacctatcaaatgagt 225  Q
    |||||||||||||| ||||||||||    
T  19349069 caacaccaccacctgtcaaatgagt 19349093  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 116 - 207
Target Start/End: Original strand, 1682765 - 1682856
Alignment:
Q  116 acatgattaaacgaacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacatagaagccaaattagttgcataaaagaacgtctagcaacacc 207  Q
    |||| |||||||  ||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  1682765 acattattaaacagacgattatttcgttcattccacacaacccaggcacagagaagccaaataagttgcataaaagaacgtctagcaccacc 1682856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 1 - 200
Target Start/End: Original strand, 33629702 - 33629900
Alignment:
Q  1 aagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagcagcttaatcttatctagtaaacaa 100  Q
    |||||||| |||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||| |||  |||| ||  || | ||| ||||  ||||      
T  33629702 aagagggcatgaccaccactgttgagtaccaaacacaaaagtag-ttttttagctttcaaccaagctaaggacaacaatttgaccttgtctaacaaacgg 33629800  T
Q  101 gggatgggggtaacaacatgattaaacgaacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacatagaagccaaattagttgcataaaagaacgtctag 200  Q
    || ||||| || |  | || |||||||   || ||||| |||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  33629801 ggaatgggagttattatattattaaacaggcgattatttcgttaattccacacaacccaggcacagagaagccaaataagttgcataaaagaacgtctag 33629900  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 47; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 11 - 201
Target Start/End: Original strand, 19256659 - 19256849
Alignment:
Q  11 gaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagcagcttaatcttatctagtaaacaagggatggggg 110  Q
    ||||||||| | ||||| ||| | |||||  ||| |||| ||||||||||||| |||| ||||| ||  |||| ||| |||| |||||  || || |  |    
T  19256659 gaccaccacggttgagtaccatacacaaaaataggttttatagctttcaaccatcctaaagacaacatattaaccttgtctaataaacggggaatagacg 19256758  T
Q  111 taacaacatgattaaacgaacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacatagaagccaaattagttgcataaaagaacgtctagc 201  Q
    ||||||||| ||||||    |  ||||| |||||||||||||||||| || |||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  19256759 taacaacattattaaagaggcaattatttcgttcattccaaacaacctagacacacagaagccaaatgagttgcataaaagagcgtctagc 19256849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 140 - 230
Target Start/End: Original strand, 4406755 - 4406845
Alignment:
Q  140 cgttcattccaaacaacccaggcacatagaagccaaattagttgcataaaagaacgtctagcaacaccaccacctatcaaatgagtgaact 230  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| ||||| || ||||| |||| ||| |||||||||||   |||||||||||||| |||||| ||||    
T  4406755 cgttcattccacacaacccaggcacaaagaagtcatattagctgcagaaacgaacgtctagctttaccaccacctatcatatgagtaaact 4406845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 134 - 174
Target Start/End: Original strand, 14528110 - 14528150
Alignment:
Q  134 ttattacgttcattccaaacaacccaggcacatagaagcca 174  Q
    ||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||    
T  14528110 ttattacgttcattccacacaaccaaggcacaaagaagcca 14528150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 113 - 185
Target Start/End: Original strand, 24749364 - 24749436
Alignment:
Q  113 acaacatgattaaacgaacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacatagaagccaaattagttgca 185  Q
    ||||||| ||| ||| | ||||| || ||||||||||| |||||||| | ||| |||||||||||||| ||||    
T  24749364 acaacattattgaacaaccggttgtttcgttcattccagacaacccaagtacacagaagccaaattagctgca 24749436  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 216; Significance: 1e-118; HSPs: 15)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 23601377 - 23601628
Alignment:
Q  1 aagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagcagcttaatcttatctagtaaacaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23601377 aagagggcttgaccaccactgttgagtcccaaaaacaaagatagcttttttagctttcaaccaacctagagacagcagcttaatcttatctagtaaacaa 23601476  T
Q  101 gggatgggggtaacaacatgattaaacgaacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacatagaagccaaattagttgcataaaagaacgtctag 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  23601477 gggatgggggtaacaacatgattaaacatacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacaaagaagccagattagttgcataaaagaacgtctag 23601576  T
Q  201 caacaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaattatctgaagtatt 252  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  23601577 cagcaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatctgaaatatt 23601628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 208; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 6177014 - 6176763
Alignment:
Q  1 aagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagcagcttaatcttatctagtaaacaa 100  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  6177014 aagagggcgtgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacaacagcttaatcttatctagtaaacaa 6176915  T
Q  101 gggatgggggtaacaacatgattaaacgaacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacatagaagccaaattagttgcataaaagaacgtctag 200  Q
    | |||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  6176914 gagatgagggtaacaacatgattaaacatacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacataaaagccatattagttgcataaaagaacgtctag 6176815  T
Q  201 caacaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaattatctgaagtatt 252  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  6176814 caacaccaccacctgtcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatctgaaatatt 6176763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 9 - 252
Target Start/End: Original strand, 7146653 - 7146896
Alignment:
Q  9 ttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagcagcttaatcttatctagtaaacaagggatggg 108  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7146653 ttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacatcagcttaatcttatctagtaaacaagggatggg 7146752  T
Q  109 ggtaacaacatgattaaacgaacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacatagaagccaaattagttgcataaaagaacgtctagcaacacca 208  Q
    |||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||| |||||||||||||||| |||||    
T  7146753 ggtaacaacatgattaaacatccggttattacgttcattccaaacaacccaggcacaaagaagccatataagttgcaaaaaagaacgtctagcagcacca 7146852  T
Q  209 ccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaattatctgaagtatt 252  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  7146853 ccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatctgaaatatt 7146896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 2814036 - 2813785
Alignment:
Q  1 aagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagcagcttaatcttatctagtaaacaa 100  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  2814036 aagagggcatgaccaccattgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacaacaacttaatcttatctagtaaacaa 2813937  T
Q  101 gggatgggggtaacaacatgattaaacgaacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacatagaagccaaattagttgcataaaagaacgtctag 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||    
T  2813936 gggatgggggtaacaacatgattaaacatacggttattacgttcattccagactacccaggcacatagaagtcatattagttgcataaacgaacgtctag 2813837  T
Q  201 caacaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaattatctgaagtatt 252  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || |||| ||||    
T  2813836 caacaccaccacctgtcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatttgaaatatt 2813785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 1 - 246
Target Start/End: Original strand, 29309011 - 29309257
Alignment:
Q  1 aagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagcagcttaatcttatctagtaaacaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  29309011 aagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagcagcttaatcttagctagtaaacaa 29309110  T
Q  101 gggat-gggggtaacaacatgattaaacgaacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacatagaagccaaattagttgcataaaagaacgtcta 199  Q
    | ||| ||||||||||||||||||||||  |||||| ||||| |||||||| ||||||||| |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||    
T  29309111 gagatggggggtaacaacatgattaaacatacggttgttacgctcattccacacaacccagacacatagaagtcatattagttgcataaaagaacgtcta 29309210  T
Q  200 gcaacaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaattatctga 246  Q
    ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  29309211 gcagcaccaccacctgtcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatctga 29309257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 158; E-Value: 4e-84
Query Start/End: Original strand, 1 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 25873648 - 25873411
Alignment:
Q  1 aagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagcagcttaatcttatctagtaaacaa 100  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||| |||||| ||||||||     
T  25873648 aagagggtttgaccaccactgctgagttccaaaaacaaagatagcttttttagctttcagccaacctaaagacatcaacttaaccttatcaagtaaacac 25873549  T
Q  101 gggatgggggtaacaacatgattaaacgaacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacatagaagccaaattagttgcataaaagaacgtctag 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||    
T  25873548 gggatgggggtaacaacatgattaaacagacgattattacgttcattccaaacaacccagacacatagaagccatatgagttgcataaaagaacgcctag 25873449  T
Q  201 caacaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaa 238  Q
    || |||||||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  25873448 cagcaccaccacctgccaaatgagtgaactgtaaaaaa 25873411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 76; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 12 - 239
Target Start/End: Original strand, 9378712 - 9378939
Alignment:
Q  12 accaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagcagcttaatcttatctagtaaacaagggatgggggt 111  Q
    ||||||| || || || |||| ||||||||||||||||||| |||| | |||||||| ||||| || ||||| ||| |||| |||||  |||||||| ||    
T  9378712 accaccattgttgtgtaccaataacaaaggtagcttttttaacttttagccaacctaaagacaacatcttaaccttgtctaataaacgggggatgggagt 9378811  T
Q  112 aacaacatgattaaacgaacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacatagaagccaaattagttgcataaaagaacgtctagcaacaccacca 211  Q
    |||||||| |||||||  ||| |  || | |||||||||||||||||||||||| ||||| || || ||||||||||||||||| ||| ||  |||||||    
T  9378812 aacaacattattaaacagacgatagtttcattcattccaaacaacccaggcacacagaagtcatatgagttgcataaaagaacgactatcattaccacca 9378911  T
Q  212 cctatcaaatgagtgaactgtaaaaaat 239  Q
    | | ||| |||||| |||||||| ||||    
T  9378912 cttgtcatatgagtaaactgtaacaaat 9378939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 72; E-Value: 9e-33
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 30167881 - 30167630
Alignment:
Q  1 aagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagcagcttaatcttatctagtaaacaa 100  Q
    |||||||| ||||||||||||| | || ||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||  |||| || |||||  || ||||  ||||      
T  30167881 aagagggcatgaccaccactgccgggtaccataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatcttaactttgtctaacaaacgg 30167782  T
Q  101 gggatgggggtaacaacatgattaaacgaacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacatagaagccaaattagttgcataaaagaacgtctag 200  Q
    || ||| | || |  |||| |||||||  ||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  30167781 ggaatgagagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattccacacaacccatgcacaaagaagccatataagttgcataaaagaacgtctag 30167682  T
Q  201 caacaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaattatctgaagtatt 252  Q
     |||| |||||||  |||||| ||| ||||| | ||||| ||| ||| ||||    
T  30167681 aaacagcaccacccgtcaaataagtaaactgaagaaaatgatcggaaatatt 30167630  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 1 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 49732469 - 49732270
Alignment:
Q  1 aagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagcagcttaatcttatctagtaaacaa 100  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |||  |||| || ||| | ||| ||||  ||||      
T  49732469 aagagggcatgaccaccactgctgagtaccaaacacaaaagtagcttttttagctttcaaccaagctaaggacaacatcttgaccttgtctaacaaacgg 49732370  T
Q  101 gggatgggggtaacaacatgattaaacgaacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacatagaagccaaattagttgcataaaagaacgtctag 200  Q
    || ||| | || |  |||| |||||||  ||| ||||| || || ||||| ||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  49732369 ggaatgagagttattacattattaaacagacgattatttcgctcgttccacacaacccgggcacagagaagccaaataagttgcataaaagaacgtctag 49732270  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 67; E-Value: 9e-30
Query Start/End: Original strand, 11 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 28675455 - 28675241
Alignment:
Q  11 gaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagcagcttaatcttatctagtaaacaagggatggggg 110  Q
    |||||||||| ||| || || |||||||| |||||||||||| |||||||||| |||| ||||| || ||||| ||| ||||  || | ||| ||||| |    
T  28675455 gaccaccactactgcgtaccgaaaacaaaagtagcttttttaactttcaaccagcctaaagacaacatcttaaccttgtctaacaatcgaggaatgggag 28675356  T
Q  111 taacaacatgattaaacgaacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacatagaagccaaattagttgcataaaagaacgtctagcaacaccacc 210  Q
    ||||||||| ||||||    || ||||| |||| |||||| ||||| ||| |||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||   |||| |    
T  28675355 taacaacattattaaataggcgattatttcgttaattccacacaacacagacacacagaagtcaaatgagttgcataaaagaacgtctagctttaccatc 28675256  T
Q  211 acctatcaaatgagt 225  Q
    |||||||| ||||||    
T  28675255 acctatcatatgagt 28675241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 116 - 200
Target Start/End: Original strand, 13448197 - 13448281
Alignment:
Q  116 acatgattaaacgaacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacatagaagccaaattagttgcataaaagaacgtctag 200  Q
    |||| |||||||  ||| ||||| ||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  13448197 acattattaaacagacgattatttcgttcattccacacaactcaggcacagagaagccaaataagttgcataaaagaacgtctag 13448281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 1 - 64
Target Start/End: Original strand, 32004584 - 32004647
Alignment:
Q  1 aagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaa 64  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||| |||| | |||||||||||||||||    
T  32004584 aagagggcatgaccaccactgctgagtaccaaacacaaaagtagttcttttagctttcaaccaa 32004647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 11 - 200
Target Start/End: Original strand, 24227429 - 24227617
Alignment:
Q  11 gaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagcagcttaatcttatctagtaaacaagggatggggg 110  Q
    |||||||| |||||||| | ||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||  |||| || |||||  || |||| ||| |  || ||||| |    
T  24227429 gaccaccattgctgagtactaaaaacaaaagtaatttttttagctttcaaccaacctaacgacaacatcttaactttgtctaataagctgggaatgggag 24227528  T
Q  111 taacaacatgattaaacgaacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacatagaagccaaattagttgcataaaagaacgtctag 200  Q
    |||||| ||   ||||    || |||||||||||||| || |||||||| ||||| |||| |||||| |||||||| ||||  |||||||    
T  24227529 taacaatatttctaaagaggcgattattacgttcatttcatacaacccaagcacacagaa-ccaaatgagttgcatgaaagggcgtctag 24227617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 11 - 64
Target Start/End: Original strand, 13448093 - 13448145
Alignment:
Q  11 gaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaa 64  Q
    ||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||    
T  13448093 gaccaccactgttgagtaccaaacacaaaagtag-ttttttagctttcaaccaa 13448145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 8 - 64
Target Start/End: Complemental strand, 14868314 - 14868258
Alignment:
Q  8 cttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaa 64  Q
    ||||||||||||  |||||| ||||||||||| || || ||||||||||||| ||||    
T  14868314 cttgaccaccacatctgagttccaaaaacaaaagtggcatttttagctttcagccaa 14868258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 208; Significance: 1e-114; HSPs: 18)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 208; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 32353833 - 32353582
Alignment:
Q  1 aagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagcagcttaatcttatctagtaaacaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  32353833 aagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacaacagcttaatcttatcaagtaaacaa 32353734  T
Q  101 gggatgggggtaacaacatgattaaacgaacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacatagaagccaaattagttgcataaaagaacgtctag 200  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  32353733 gggatgggggtaacaacataattaaacatacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacaaagaagccagattagttgcataaaagaacgtctag 32353634  T
Q  201 caacaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaattatctgaagtatt 252  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||    
T  32353633 cagcaccaccacctatcaaatgagtgaactataaaaaatgatctgaaatatt 32353582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 203; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 1 - 239
Target Start/End: Original strand, 3692231 - 3692469
Alignment:
Q  1 aagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagcagcttaatcttatctagtaaacaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3692231 aagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagcagcttaatcttatctagtaaacaa 3692330  T
Q  101 gggatgggggtaacaacatgattaaacgaacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacatagaagccaaattagttgcataaaagaacgtctag 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  3692331 gggatgggggtaacaacatgattaaacaaacggttgctacgctcattccacacaacccaggcacatagaagccatattagttgcataaaagaacgtctag 3692430  T
Q  201 caacaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaat 239  Q
    || ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  3692431 cagcaccaccacctgtcaaatgagtgaactggaaaaaat 3692469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 1 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 48073968 - 48073731
Alignment:
Q  1 aagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagcagcttaatcttatctagtaaacaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||     
T  48073968 aagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacaacagcttaaccttatcaagtaaacag 48073869  T
Q  101 gggatgggggtaacaacatgattaaacgaacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacatagaagccaaattagttgcataaaagaacgtctag 200  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||     
T  48073868 gggatgggggtaacaacgtgattaaacatacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacaaagaagccagattagttgcataaaagaacgtctaa 48073769  T
Q  201 caacaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaa 238  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48073768 cagcaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaa 48073731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 38231291 - 38231542
Alignment:
Q  1 aagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagcagcttaatcttatctagtaaacaa 100  Q
    |||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  38231291 aagagggcgtgaccaccactgatgagtcccaaaaacgaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacaacagcttaatcttatctagtaaacaa 38231390  T
Q  101 gggatgggggtaacaacatgattaaacgaacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacatagaagccaaattagttgcataaaagaacgtctag 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||    
T  38231391 gggatgggggtaacaacatgattaaacatacggttattacgttcattccaaacaactcaggcacatagaagtcatattagttgcataaaagaacgtctag 38231490  T
Q  201 caacaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaattatctgaagtatt 252  Q
    |||||||||||||| |||||  |||||| |||||||||| || |||| ||||    
T  38231491 caacaccaccacctgtcaaaaaagtgaaatgtaaaaaatgatatgaaatatt 38231542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 178; E-Value: 5e-96
Query Start/End: Original strand, 1 - 239
Target Start/End: Original strand, 37530168 - 37530408
Alignment:
Q  1 aagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagcagcttaatcttatctagtaaacaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||| |||||| |||||||||    
T  37530168 aagagggcttgaccaccactgctgagttccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcagccaacctaaagacatcaacttaaccttatcaagtaaacaa 37530267  T
Q  101 gggatgggggtaacaacatgattaaacgaacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacatagaagccaaattagttgcataaaagaacgtctag 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  37530268 gggatgggggtaacaacatgattaaacaaacgattattaagttcattccaaacaacccagacacatagaagccatattagttgcataaaagaacgtctag 37530367  T
Q  201 c--aacaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaat 239  Q
    |  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  37530368 cagaacaccaccacctgtcaaatgagtgaactgtaaaaaat 37530408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 157; E-Value: 2e-83
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 14119368 - 14119620
Alignment:
Q  1 aagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctaga-gacagcagcttaatcttatctagtaaaca 99  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| | |||| || |||||||||||||||||||||    
T  14119368 aagagggcttgaccaccactgctgagtttcgaaaacaaaggtaacttttttagctttcagccaacctaaaagacaacatcttaatcttatctagtaaaca 14119467  T
Q  100 agggatgggggtaacaacatgattaaacgaacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacatagaagccaaattagttgcataaaagaacgtcta 199  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||  ||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  14119468 agggacgggggtaacaacatgattaaacagacgattatttcgttcattccaaacaacccagacacataaaagccatattagttgcataaaagaccgtcta 14119567  T
Q  200 gcaacaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaattatctgaagtatt 252  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||| ||| ||||    
T  14119568 gcaacaccaccacctgtcaaatgagtaaactgtaaaaaatgatcggaaatatt 14119620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 36928771 - 36929022
Alignment:
Q  1 aagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagcagcttaatcttatctagtaaacaa 100  Q
    |||||||||| |||||||||| || || |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||| || ||| | ||| ||||  |||| |    
T  36928771 aagagggcttaaccaccactgttgggtaccaaaaacaaagatagcttttttagctttcaaccaacctaaggacaacatctttaccttgtctaacaaacga 36928870  T
Q  101 gggatgggggtaacaacatgattaaacgaacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacatagaagccaaattagttgcataaaagaacgtctag 200  Q
    |||||||| || | ||||| |||||||  ||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  36928871 gggatgggagttataacattattaaacagacgattatttcgttcattccacacaacccaagcacaaagtagccaaataagttgcataaaagaacgtctag 36928970  T
Q  201 caacaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaattatctgaagtatt 252  Q
     |||| |||||||| |||||| ||| || || | ||||| ||||||| ||||    
T  36928971 aaacagcaccacctgtcaaataagtaaattgaagaaaatgatctgaaatatt 36929022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 72; E-Value: 9e-33
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 36305388 - 36305639
Alignment:
Q  1 aagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagcagcttaatcttatctagtaaacaa 100  Q
    |||||||| |||||||||||| || || |  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||| || ||| | ||| ||||  ||||      
T  36305388 aagagggcatgaccaccactgttgggtactgaaaacaaagatagcttttttagctttcaaccaacctaaggacaacatctttaccttgtctaacaaacgg 36305487  T
Q  101 gggatgggggtaacaacatgattaaacgaacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacatagaagccaaattagttgcataaaagaacgtctag 200  Q
     | ||||| || |  |||| |||||||  ||| ||||| ||||||||||| ||||||||| |||| || ||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  36305488 agaatgggagttattacattattaaacagacgattatttcgttcattccacacaacccagacacaaagtagccatataagttgcataaaagaacgtctag 36305587  T
Q  201 caacaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaattatctgaagtatt 252  Q
     |||| |||||||| |||||| ||| || || | ||||| ||||||| ||||    
T  36305588 aaacagcaccacctgtcaaataagtaaattgaagaaaatgatctgaaatatt 36305639  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 1 - 239
Target Start/End: Original strand, 4644617 - 4644855
Alignment:
Q  1 aagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagcagcttaatcttatctagtaaacaa 100  Q
    ||||||||  ||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||  |||| || ||| | ||| ||||  ||||      
T  4644617 aagagggcacgaccaccactgctgagtaccaaacacaaaagtagctttttttgctttcaaccaacctaaggacaacatcttgaccttgtctaacaaactg 4644716  T
Q  101 gggatgggggtaacaacatgattaaacgaacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacatagaagccaaattagttgcataaaagaacgtctag 200  Q
    || ||||  || |  |||| |||||||  | | ||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  4644717 ggaatggaagttattacattattaaacagatgattatttcgttcattccacacaacccaggcacagagaagccaaacaagttgcataaaagaacgtctag 4644816  T
Q  201 caacaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaat 239  Q
     |  | ||||| || |||||| ||| ||||||| |||||    
T  4644817 aattagcaccatctgtcaaataagtaaactgtagaaaat 4644855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 1 - 200
Target Start/End: Original strand, 21527765 - 21527964
Alignment:
Q  1 aagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagcagcttaatcttatctagtaaacaa 100  Q
    ||||||||  ||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||| |||  || | || ||| | ||||||||  ||||      
T  21527765 aagagggcaagaccaccactgctgagtaccaaacacaaaagtagcttttttagccttcaaccaagctaaggataacatcttgaccttatctaacaaacgg 21527864  T
Q  101 gggatgggggtaacaacatgattaaacgaacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacatagaagccaaattagttgcataaaagaacgtctag 200  Q
    || ||||| || |  |||| |||||||   || ||||| || |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  21527865 ggaatgggagttattacattattaaacagtcgattatttcgctcattccacacaacccaggcacagagaagccaaataagttgcataaaagaacgtctag 21527964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 1 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 14366160 - 14365962
Alignment:
Q  1 aagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagcagcttaatcttatctagtaaacaa 100  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||  ||||||||||||||||||||||| |||  |||| || ||| | ||| ||||  ||||      
T  14366160 aagagggcatgaccaccactgctgagtaccaaacacaaaa-tagcttttttagctttcaaccaagctaaggacaacatcttgaccttgtctaacaaacgg 14366062  T
Q  101 gggatgggggtaacaacatgattaaacgaacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacatagaagccaaattagttgcataaaagaacgtctag 200  Q
    || ||| | || |  |||| |||||||  ||| ||||| || |||||||| |||||||| ||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||||    
T  14366061 ggaatgagagttattacattattaaacagacgattatttcgctcattccacacaacccaagcacagagaagctaaataagttgcataaaagaacgtctag 14365962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 244 - 304
Target Start/End: Original strand, 11074899 - 11074959
Alignment:
Q  244 tgaagtattttatgttgtggtttatgatttgtgtgagtgatgtacattgagacaaataatc 304  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  11074899 tgaagtattttatgttgtgttttatgatttgtgtgattgatgtacattgagaccaataatc 11074959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 1 - 221
Target Start/End: Original strand, 47115892 - 47116112
Alignment:
Q  1 aagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagcagcttaatcttatctagtaaacaa 100  Q
    |||||||| ||||||||||||||| || |||||| ||||  ||||||||||||||||||||||  |||  |||| || ||| | ||| |||   |||||     
T  47115892 aagagggcatgaccaccactgctgggtaccaaaagcaaaaatagcttttttagctttcaaccattctaaggacaacatctttaccttgtctgacaaacag 47115991  T
Q  101 gggatgggggtaacaacatgattaaacgaacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacatagaagccaaattagttgcataaaagaacgtctag 200  Q
    || ||| | || |  |||| |||||||  ||| |||||  |||||||||| ||||| |||||||| | ||| || || | ||||||||||||||||||||    
T  47115992 ggaatgagagttattacattattaaacagacgattattttgttcattccacacaactcaggcacaaaaaagtcatataaattgcataaaagaacgtctag 47116091  T
Q  201 caacaccaccacctatcaaat 221  Q
     |  | |||||||| ||||||    
T  47116092 aattaacaccacctgtcaaat 47116112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 1 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 48266254 - 48266055
Alignment:
Q  1 aagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagcagcttaatcttatctagtaaacaa 100  Q
    |||||||  |||||||||||||| |||  |||| ||||| |||| ||||||||||||||||||| |||  |||| || ||| | |||  |||  ||||      
T  48266254 aagagggtatgaccaccactgctaagtatcaaacacaaaagtagtttttttagctttcaaccaagctaaggacaacatcttgaccttgcctaacaaacgg 48266155  T
Q  101 gggatgggggtaacaacatgattaaacgaacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacatagaagccaaattagttgcataaaagaacgtctag 200  Q
    || ||| | || |  |||| |||||||  ||| ||||| || |||||||| ||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||| ||| |||||    
T  48266154 ggaatgagagttattacattattaaacagacgattatttcgctcattccacacaacccagacacagagaagccaaataagttgcataaaataacatctag 48266055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 1 - 92
Target Start/End: Complemental strand, 25639999 - 25639908
Alignment:
Q  1 aagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagcagcttaatcttatcta 92  Q
    |||||||  ||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||| ||  |||| || ||||| ||||||||    
T  25639999 aagagggtatgaccaccactgctgggtaccaaaaacaaaagtagcttttctagctttcaactaacttaaggacaacatcttaaccttatcta 25639908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 1 - 64
Target Start/End: Original strand, 52336266 - 52336329
Alignment:
Q  1 aagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaa 64  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||  ||||||||||| |||||||||||    
T  52336266 aagagggcatgaccaccactgctgagtaccaaacacaaaaatagcttttttatctttcaaccaa 52336329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 4 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 30971141 - 30970914
Alignment:
Q  4 agggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagcagcttaatcttatctagtaaacaaggg 103  Q
    |||||| ||||||||||||||||| ||||||  |||  |  | |||||||||| || |||||||| |||||  | |||||||||||  || | ||| ||     
T  30971141 agggctagaccaccactgctgagttccaaaagtaaaaatgacatttttagcttgcagccaacctaaagacaataacttaatcttataaagcagacaggga 30971042  T
Q  104 atgggggtaacaacatgattaaacgaacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacatagaagccaaattagttgcataaaagaacgtctagcaa 203  Q
    ||||| |||| |||||  |||||| | ||  |||| || |||| ||| |||||||| ||||| || ||||| || |||||||| ||||||| | ||||      
T  30971041 atgggagtaaaaacattgttaaacaatcgactattgcgctcatgccacacaacccaagcacaaaggagccagatgagttgcatgaaagaacatttagctt 30970942  T
Q  204 caccaccacctatcaaatgagtgaactg 231  Q
     ||| ||||||  || ||||||||||||    
T  30970941 taccgccacctgccatatgagtgaactg 30970914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 11 - 64
Target Start/End: Complemental strand, 9528279 - 9528226
Alignment:
Q  11 gaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaa 64  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||||| |||| ||||||| |||||||||||    
T  9528279 gaccaccactgctgagtaccaaacacaaaagtagattttttaactttcaaccaa 9528226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 204; Significance: 1e-111; HSPs: 15)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 23874012 - 23873761
Alignment:
Q  1 aagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagcagcttaatcttatctagtaaacaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||     
T  23874012 aagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacaacagcttaatcttatcaagtaaacag 23873913  T
Q  101 gggatgggggtaacaacatgattaaacgaacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacatagaagccaaattagttgcataaaagaacgtctag 200  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  23873912 gggatgggggtcacaacatgattaaacatacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacaaagaagccagattagttgcataaaagaacgtctag 23873813  T
Q  201 caacaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaattatctgaagtatt 252  Q
    || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  23873812 cagcacctccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatctgaaatatt 23873761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 1 - 246
Target Start/End: Original strand, 2631002 - 2631247
Alignment:
Q  1 aagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagcagcttaatcttatctagtaaacaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2631002 aagagggcttgaccaccactgctgagtcctaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagcagcttaatcttatctagtaaacaa 2631101  T
Q  101 gggatgggggtaacaacatgattaaacgaacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacatagaagccaaattagttgcataaaagaacgtctag 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  2631102 gggatgggggtaacaacatgattaaacaaacggttgttacgctcattccacacaacccatgcacatagaagccatattagttgcataaaagaacgtctag 2631201  T
Q  201 caacaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaattatctga 246  Q
    || ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||    
T  2631202 cagcaccaccacctgtcaaatgagtgaactggaaaaaatgatctga 2631247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 8487517 - 8487266
Alignment:
Q  1 aagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagcagcttaatcttatctagtaaacaa 100  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  8487517 aagagggcgtgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacaacagcttaatcttatctaataaacaa 8487418  T
Q  101 gggatgggggtaacaacatgattaaacgaacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacatagaagccaaattagttgcataaaagaacgtctag 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  8487417 gggatgggggtaacaacatgattaaacatacggttattacgttcagtccaaacaacccaggcacataaaagccatattagttgcataaaagaacgtctag 8487318  T
Q  201 caacaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaattatctgaagtatt 252  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||||||||| |||| ||||||| ||||    
T  8487317 caacaccaccacctgtcaaataagtgaactgtaagaaatgatctgaaatatt 8487266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 1 - 238
Target Start/End: Original strand, 20673313 - 20673551
Alignment:
Q  1 aagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagcagcttaatcttatctagtaaacaa 100  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20673313 aagagagcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggaagcttttttagctttataccaacctagagacagcagcttaatcttatctagtaaacaa 20673412  T
Q  101 gggatgggggtaacaacatgattaaacgaacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacatagaagccaaattagttgcataaaagaacgtctag 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  20673413 gggatgggggtaacaacatgattaaacatacggttattatgttcattccaaacaacctaggcacatagaagccatattagttgcataaaagaacgtctag 20673512  T
Q  201 caacaccaccacctatc-aaatgagtgaactgtaaaaaa 238  Q
    ||||||||||| || || |||||||||||||||||||||    
T  20673513 caacaccaccaactgtcaaaatgagtgaactgtaaaaaa 20673551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 186; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 55298227 - 55298475
Alignment:
Q  1 aagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagcagcttaatcttatctagtaaacaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||     
T  55298227 aagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacaacaacttaatcttatcaagtaaacag 55298326  T
Q  101 gggatgggggtaacaacatgattaaacgaacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacatagaagccaaattagttgcataaaagaacgtctag 200  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||   |    
T  55298327 gggataggggtaacaacatgattaaacatacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacaaagaagccagattagttgcataaaagaacgt---g 55298423  T
Q  201 caacaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaattatctgaagtatt 252  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||    
T  55298424 cagcaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaatgagctgaaatatt 55298475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 126; E-Value: 5e-65
Query Start/End: Original strand, 1 - 146
Target Start/End: Complemental strand, 12776743 - 12776599
Alignment:
Q  1 aagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagcagcttaatcttatctagtaaacaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12776743 aagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagctcttttagctttcaaccaacctagagacagcagcttaatcttatctagtaaacaa 12776644  T
Q  101 gggatgggggtaacaacatgattaaacgaacggttattacgttcat 146  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  12776643 gggat-ggggtaacaacatgattaaacatacggttattacgttcat 12776599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 1 - 122
Target Start/End: Original strand, 33313003 - 33313124
Alignment:
Q  1 aagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagcagcttaatcttatctagtaaacaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33313003 aagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaagtaacttttttaactttcaaccaacctaaagacagcagcttaatcttatctagtaaacaa 33313102  T
Q  101 gggatgggggtaacaacatgat 122  Q
    |||||||| |||||||||||||    
T  33313103 gggatgggagtaacaacatgat 33313124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 1 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 7663774 - 7663554
Alignment:
Q  1 aagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagcagcttaatcttatctagtaaacaa 100  Q
    ||||| || |||||||||||| || || ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||  |||| || ||||| ||| ||||  ||||      
T  7663774 aagagagcatgaccaccactgatgggtaccaaaaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatcttaaccttgtctaacaaacgg 7663675  T
Q  101 gggatgggggtaacaacatgattaaacgaacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacatagaagccaaattagttgcataaaagaacgtctag 200  Q
    || ||| | || |  |||| |||||||  ||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  7663674 ggaatgagagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattccacacaacccatgcacaaagaagccatataagttgcataaaagaacgtctag 7663575  T
Q  201 caacaccaccacctatcaaat 221  Q
     ||||  ||||||| ||||||    
T  7663574 aaacaaaaccacctgtcaaat 7663554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 72; E-Value: 9e-33
Query Start/End: Original strand, 1 - 200
Target Start/End: Original strand, 47540529 - 47540728
Alignment:
Q  1 aagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagcagcttaatcttatctagtaaacaa 100  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||  ||  |||| || ||| | ||| ||||  ||||      
T  47540529 aagagggcatgaccaccactgctgagtaccaaacacaaaagtagcttttttagctttcaaccaagttaaggacaacatcttgaccttgtctaacaaacgg 47540628  T
Q  101 gggatgggggtaacaacatgattaaacgaacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacatagaagccaaattagttgcataaaagaacgtctag 200  Q
    |  ||| | || |  |||| |||||||  ||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  47540629 gaaatgagagttattacattattaaacagacgattatttcgttcattccacacaacccaggcacagagaagccaaataagttgcataaaagaacgtctag 47540728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 11 - 195
Target Start/End: Complemental strand, 8655599 - 8655415
Alignment:
Q  11 gaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagcagcttaatcttatctagtaaacaagggatggggg 110  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||| |||  |||| || ||| | ||||||||  ||||  || ||||| |    
T  8655599 gaccaccactgctgagtaccaaacacaaaagtagcttttttagccttcaaccaagctaaggacaacatcttgaccttatctaacaaacggggaatgggag 8655500  T
Q  111 taacaacatgattaaacgaacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacatagaagccaaattagttgcataaaagaacg 195  Q
    | |  |||| |||||||   || ||||| || |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  8655499 ttattacattattaaacaggcgattatttcgctcattccacacaacccaggcacagagaagccaaataagttgcataaaagaacg 8655415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 59; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 1 - 239
Target Start/End: Original strand, 23279211 - 23279449
Alignment:
Q  1 aagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagcagcttaatcttatctagtaaacaa 100  Q
    ||||||||  ||||||||||| || || || |||||||| |||||||||||| |||| | ||| |||| ||  | || ||||| ||| |||| |||||      
T  23279211 aagagggcaagaccaccactgttgggtaccgaaaacaaaagtagcttttttaccttttagccaccctaaaggaaacatcttaaccttgtctaataaacgg 23279310  T
Q  101 gggatgggggtaacaacatgattaaacgaacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacatagaagccaaattagttgcataaaagaacgtctag 200  Q
    |||||||| |||||||||| |||||||  ||| ||||| ||||| ||||| ||||||||  |||| |||||||| || |||||||||||||| | |||||    
T  23279311 gggatgggagtaacaacattattaaacagacgattatttcgttcgttccacacaacccacacacaaagaagccatataagttgcataaaagagcatctag 23279410  T
Q  201 caacaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaat 239  Q
        | ||| |||| |||||| ||| |||||||||||||    
T  23279411 agtgagcactacctgtcaaataagtaaactgtaaaaaat 23279449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 52; E-Value: 8e-21
Query Start/End: Original strand, 1 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 3130515 - 3130316
Alignment:
Q  1 aagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagcagcttaatcttatctagtaaacaa 100  Q
    ||||||||  ||||||||||| |||||  |||| ||||| |||| ||||||||||||||||||| |||  |||| ||  || | ||| ||||  || |      
T  3130515 aagagggcaagaccaccactgttgagtatcaaacacaaaagtagtttttttagctttcaaccaagctaaggacaacaatttgaccttgtctaacaagcgg 3130416  T
Q  101 gggatgggggtaacaacatgattaaacgaacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacatagaagccaaattagttgcataaaagaacgtctag 200  Q
    || ||| | || |  |||| |||||||  ||| |||||  |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  3130415 ggaatgagagttattacattattaaacagacgattattttgttcattccacacaacccaggcacaaagaagccaaataagttgcataaaagaacgtctag 3130316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 4 - 98
Target Start/End: Complemental strand, 25875223 - 25875129
Alignment:
Q  4 agggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagcagcttaatcttatctagtaaac 98  Q
    |||| ||||||||||||| || || |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||| ||| |||| |||||    
T  25875223 agggtttgaccaccactgatgcgtgccaaaaacaaaggtagtttttttagctttcaaccaacctaaagacaacatcttaaccttgtctaataaac 25875129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 1 - 165
Target Start/End: Complemental strand, 1121180 - 1121016
Alignment:
Q  1 aagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagcagcttaatcttatctagtaaacaa 100  Q
    |||||||| |||||||||||| || || |||||||||||| |||||||||||  |||||| |||||||  |||| || ||| | ||| ||||  ||||      
T  1121180 aagagggcatgaccaccactgttgggtaccaaaaacaaagatagcttttttaattttcaatcaacctaaggacaacatctttaccttgtctaacaaacgg 1121081  T
Q  101 gggatgggggtaacaacatgattaaacgaacggttattacgttcattccaaacaacccaggcaca 165  Q
    |||||| | || |  |||| |||||||  ||| ||||| ||||||||||| |||| |||||||||    
T  1121080 gggatgtgagttattacattattaaacagacgattatttcgttcattccacacaatccaggcaca 1121016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 1 - 64
Target Start/End: Complemental strand, 5817717 - 5817654
Alignment:
Q  1 aagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaa 64  Q
    ||||||||  ||||||||||||||||| ||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||    
T  5817717 aagagggcaagaccaccactgctgagtaccaaacacaaaagtagtttttttagctttcaaccaa 5817654  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 204; Significance: 1e-111; HSPs: 11)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 33547476 - 33547727
Alignment:
Q  1 aagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagcagcttaatcttatctagtaaacaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||     
T  33547476 aagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacaacagcttaaccttatcaagtaaacag 33547575  T
Q  101 gggatgggggtaacaacatgattaaacgaacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacatagaagccaaattagttgcataaaagaacgtctag 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  33547576 gggatgggggtaacaacatgattaaacatacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacaaagaagccagattagttgcataaaagaacgtctag 33547675  T
Q  201 caacaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaattatctgaagtatt 252  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||    
T  33547676 cagcaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaatgagctgaaatatt 33547727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 43627102 - 43627354
Alignment:
Q  1 aagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagctttt-ttagctttcaaccaacctagagacagcagcttaatcttatctagtaaaca 99  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  43627102 aagagggtttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaatgtagctttttttagctttcaaccaacctagagacaacagcttaatcttatctagtaaaca 43627201  T
Q  100 agggatgggggtaacaacatgattaaacgaacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacatagaagccaaattagttgcataaaagaacgtcta 199  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||    
T  43627202 agggatgggggtaacaacatgattaaacatccggttattacgttcattccaaacaacccaggcacaaagaagccatataagttgcataaaagaacgtcta 43627301  T
Q  200 gcaacaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaattatctgaagtatt 252  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||    
T  43627302 gcagcaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatatgaaatatt 43627354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 170; E-Value: 3e-91
Query Start/End: Original strand, 1 - 258
Target Start/End: Original strand, 13549728 - 13549985
Alignment:
Q  1 aagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagcagcttaatcttatctagtaaacaa 100  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |  ||||||| ||||| || |||||||||||||| |||||||    
T  13549728 aagagggtttgaccaccactgctgagttccaaaaacaaaggtagcttttttaactttaagtcaacctaaagacaacatcttaatcttatctaataaacaa 13549827  T
Q  101 gggatgggggtaacaacatgattaaacgaacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacatagaagccaaattagttgcataaaagaacgtctag 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  13549828 gggatgggggtaacaacatgattaaacagacggttatttcgttcattccacacaacccaggcacaaagaagccaaataagttgcataaaagaacgtctag 13549927  T
Q  201 caacaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaattatctgaagtattttatgt 258  Q
    |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||| ||| |||| |||||    
T  13549928 caacaccaccacctgtcaaatgagtaaactgtaaaaaatgatcggaaatattatatgt 13549985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 156; E-Value: 7e-83
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 9949800 - 9949549
Alignment:
Q  1 aagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagcagcttaatcttatctagtaaacaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||| || ||||| |||||| |||||||||    
T  9949800 aagagggcttgaccaccactgctgagtgtcaaaaacaaaggtagcttttttagcttttagccaacctaaagacatcaacttaaccttatcaagtaaacaa 9949701  T
Q  101 gggatgggggtaacaacatgattaaacgaacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacatagaagccaaattagttgcataaaagaacgtctag 200  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  9949700 gggatgggggtaaccacatgattaaacagacgattattacgttcattccaaacaacccagacacatagaagccatataagttgcataaaagaacgtctag 9949601  T
Q  201 caacaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaattatctgaagtatt 252  Q
    || ||||||||||   |||| |||||||||||||||||| ||| ||| ||||    
T  9949600 cagcaccaccaccagccaaaagagtgaactgtaaaaaatgatcggaaatatt 9949549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 148; E-Value: 4e-78
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 22052231 - 22052482
Alignment:
Q  1 aagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagcagcttaatcttatctagtaaacaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||| ||||| || |||||||||||||| |||||||    
T  22052231 aagagggcttgaccaccactgctgagttccaaaaacaaaagtagcttttttagctttaagccaacctaaagacaacaacttaatcttatctaataaacaa 22052330  T
Q  101 gggatgggggtaacaacatgattaaacgaacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacatagaagccaaattagttgcataaaagaacgtctag 200  Q
     ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||| | ||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||    
T  22052331 tggatgggggtaacaacatgattaaactgacggttatttcgttcattccagataacccagacacatagaagccaaatgagttgcaaaaaagaccgtctag 22052430  T
Q  201 caacaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaattatctgaagtatt 252  Q
    ||||||||||||||  ||||||||| ||||| | ||||| ||| ||| ||||    
T  22052431 caacaccaccacctgacaaatgagtaaactgaagaaaatgatcggaaatatt 22052482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 1 - 186
Target Start/End: Original strand, 26681485 - 26681670
Alignment:
Q  1 aagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagcagcttaatcttatctagtaaacaa 100  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||| |||||| |||||||||    
T  26681485 aagagggtttgaccaccactgttgagttccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcagccaacctaaagacaacaacttaaccttatcaagtaaacaa 26681584  T
Q  101 gggatgggggtaacaacatgattaaacgaacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacatagaagccaaattagttgcat 186  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  26681585 gggatgggggtaacaacatgattaaacagacggttatttcgttcattccaaacaacccagacacatagaagccatattagttgcat 26681670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 1 - 179
Target Start/End: Original strand, 31594158 - 31594336
Alignment:
Q  1 aagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagcagcttaatcttatctagtaaacaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||  |||| |||||| |||||||||    
T  31594158 aagagggcttgaccaccactgctgagttccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcagccaacctaaagacatcaatttaaccttatcaagtaaacaa 31594257  T
Q  101 gggatgggggtaacaacatgattaaacgaacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacatagaagccaaatta 179  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  31594258 gggatgggggtaacaacatgattaaacagacggttatttcgttcattccaaacaacccagacacatagaagccatatta 31594336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 31086173 - 31085922
Alignment:
Q  1 aagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagcagcttaatcttatctagtaaacaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||| ||  | ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |  ||||||||| |||| ||||||     
T  31086173 aagagggcttgaccaccactgttgtataccaaaaacaaatgtagcttttttagctttcaactaacctaaagacaacgtcttaatcttgtctaataaacac 31086074  T
Q  101 gggatgggggtaacaacatgattaaacgaacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacatagaagccaaattagttgcataaaagaacgtctag 200  Q
    |||||||| |||||||||| |||||||   |||||||| |||| ||||||||||||||||||||| | ||| || || ||||||||||||||||||||||    
T  31086073 gggatgggagtaacaacattattaaacatgcggttatttcgttaattccaaacaacccaggcacacaaaaggcatatgagttgcataaaagaacgtctag 31085974  T
Q  201 caacaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaattatctgaagtatt 252  Q
    ||  ||||||||||  ||||||||| ||||||||||||| ||| ||| ||||    
T  31085973 cattaccaccacctgacaaatgagtaaactgtaaaaaatgatcagaaatatt 31085922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 114; E-Value: 8e-58
Query Start/End: Original strand, 1 - 174
Target Start/End: Original strand, 35694237 - 35694410
Alignment:
Q  1 aagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagcagcttaatcttatctagtaaacaa 100  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| | |||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  35694237 aagagggtttgaccaccactgctgagttccaaaaacaaaggtagtttttttagctttcagctaacctaaagacagcgtcttaatcttatctagtaaacaa 35694336  T
Q  101 gggatgggggtaacaacatgattaaacgaacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacatagaagcca 174  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||| || |||| |||||||||    
T  35694337 gggatggggataacaacatgattaaacacacggttatttcgttcattccaaacaactcaagcacgtagaagcca 35694410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 1 - 221
Target Start/End: Original strand, 45421122 - 45421342
Alignment:
Q  1 aagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagcagcttaatcttatctagtaaacaa 100  Q
    |||||||| ||||||||||||||| || ||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||  |||| || |||||  || ||||  ||||      
T  45421122 aagagggcatgaccaccactgctgggtaccataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatcttaactttgtctaacaaacgt 45421221  T
Q  101 gggatgggggtaacaacatgattaaacgaacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacatagaagccaaattagttgcataaaagaacgtctag 200  Q
    || ||| | || |  |||| |||||||  ||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  45421222 ggaatgtgagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattccacacaacccatgcacaaagaagccatataagttgcataaaagaacgtctag 45421321  T
Q  201 caacaccaccacctatcaaat 221  Q
     ||||  ||||||| ||||||    
T  45421322 aaacattaccacctgtcaaat 45421342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 4 - 239
Target Start/End: Original strand, 31774291 - 31774526
Alignment:
Q  4 agggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagcagcttaatcttatctagtaaacaaggg 103  Q
    |||||| ||||||||||||||||| ||| ||  |||  | || ||||||||||||| | | |||| ||||| || ||||| |||||| || ||||| ||     
T  31774291 agggctagaccaccactgctgagttccataagtaaaaatggcatttttagctttcagcaatcctaaagacaacatcttaaccttatcaagcaaacaggga 31774390  T
Q  104 atgggggtaacaacatgattaaacgaacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacatagaagccaaattagttgcataaaagaacgtctagcaa 203  Q
    ||||| |||| |||||  |||||| | ||  |||| |  |||||||| ||||| || ||||| ||||| || || |||||||| ||||||| | ||||      
T  31774391 atgggagtaataacatttttaaacaagcgactattgccctcattccacacaactcaagcacaaagaagtcagatgagttgcatgaaagaacatttagctt 31774490  T
Q  204 caccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaat 239  Q
     ||| |||||| ||| |||||||||||| |||||||    
T  31774491 taccgccacctgtcatatgagtgaactgcaaaaaat 31774526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 196; Significance: 1e-107; HSPs: 15)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 196; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 13439657 - 13439908
Alignment:
Q  1 aagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagcagcttaatcttatctagtaaacaa 100  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||     
T  13439657 aagagggcttgaccaacactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacaacagcttaaccttatcaagtaaacag 13439756  T
Q  101 gggatgggggtaacaacatgattaaacgaacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacatagaagccaaattagttgcataaaagaacgtctag 200  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  13439757 gggatgggggtaacaacgtgattaaacatacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacaaagaagccagattagttgcataaaagaacgtctag 13439856  T
Q  201 caacaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaattatctgaagtatt 252  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||    
T  13439857 cagcaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaatgagctgaaatatt 13439908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 186; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 1 - 230
Target Start/End: Original strand, 28326960 - 28327189
Alignment:
Q  1 aagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagcagcttaatcttatctagtaaacaa 100  Q
    ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28326960 aagagggtttgaccgccactgctgagtcccaaaaacaaatatagcttttttagctttcaaccaacctagagacagcagcttaatcttatctagtaaacaa 28327059  T
Q  101 gggatgggggtaacaacatgattaaacgaacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacatagaagccaaattagttgcataaaagaacgtctag 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  28327060 gggatgggggtaacaacatgattaaacattcggttattacgttcattccaaacaacccaagcacaaagaagccaaataagttgcataaaagaacgtctag 28327159  T
Q  201 caacaccaccacctatcaaatgagtgaact 230  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||    
T  28327160 cagcaccaccacctatcaaatgagtgaact 28327189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 168; E-Value: 5e-90
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 30385804 - 30386054
Alignment:
Q  1 aagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagcagcttaatcttatctagtaaacaa 100  Q
    ||||||| |||||| || ||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||    
T  30385804 aagagggtttgaccgcccctgctgaatcccaaaaacaaatgtagcatttttagctttcaaccaacctagagacaacaacttaatcttgtctagtaaacaa 30385903  T
Q  101 gggatgggggtaacaacatgattaaacgaacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacatagaagccaaattagttgcataaaagaacgtctag 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||||||| |||||| ||||||    
T  30385904 gggatgggggtaacaacatgattaaacatacggttattacgttcattccaaacaacccagacacatagaagccatataagttgcat-aaagaatgtctag 30386002  T
Q  201 caacaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaattatctgaagtatt 252  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||    
T  30386003 caacaccaccacctgtcaaatgagtgaactgtaaaacatgatctgaaatatt 30386054  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 152; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 45235554 - 45235805
Alignment:
Q  1 aagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagcagcttaatcttatctagtaaacaa 100  Q
    |||||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||| |  ||||||||| |||| |||||||    
T  45235554 aagagggcttgaccaccacgactgagttccaaaaacaaaggtagcttttttagcattcagccaacctaaagacatcgtcttaatcttttctaataaacaa 45235653  T
Q  101 gggatgggggtaacaacatgattaaacgaacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacatagaagccaaattagttgcataaaagaacgtctag 200  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  45235654 gggatggggataacaacatgattaaacaaacggttatttcattcattccaaacaacccagacacatggaagccatattagttgcataaaagaacgtctag 45235753  T
Q  201 caacaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaattatctgaagtatt 252  Q
    |||  ||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||| ||| ||||    
T  45235754 caattccaccacctgtcaaatgagtaaactgtcaaaaattatcagaaatatt 45235805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 80 - 252
Target Start/End: Original strand, 45942534 - 45942706
Alignment:
Q  80 ttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacgaacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacatagaagccaaatta 179  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||    
T  45942534 ttaatcttatctaataaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacaaatggttatttcgttcattccacacaacccagacacaaagaagccaaatta 45942633  T
Q  180 gttgcataaaagaacgtctagcaacaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaattatctgaagtatt 252  Q
    |||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||| ||| ||||    
T  45942634 gttgcataaaagaatgtgtagcaacaccaccacctgtcaaatgagtaaactgtaaaaaatgatcggaaatatt 45942706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 1 - 157
Target Start/End: Original strand, 3632407 - 3632561
Alignment:
Q  1 aagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagcagcttaatcttatctagtaaacaa 100  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||| | |||||    
T  3632407 aagagggcgtgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaagataacttttttagctttcaactaacctaaagacaacagcttaatcttatctaat-aacaa 3632505  T
Q  101 gggatgggggtaacaacatgattaaacgaacggttattacgttcattccaaacaacc 157  Q
     | || |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  3632506 agaat-ggggtaacaacatgattaaacatacggttattacgttcattccaaacaacc 3632561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 91; E-Value: 4e-44
Query Start/End: Original strand, 9 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 12379253 - 12379023
Alignment:
Q  9 ttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagcagcttaatcttatctagtaaacaagggatggg 108  Q
    |||||||||| ||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||| || |||||  || |||| |||||| ||||||||    
T  12379253 ttgaccaccattgctgtgttccaaaaacaaagttagcttttttagctttcagccaacctaaagacaacaacttaacattgtctaataaacaggggatggg 12379154  T
Q  109 ggtaacaacatgattaaacgaacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacatagaagccaaattagttgcataaaagaacgtctagcaacacca 208  Q
     ||||| |||| |||||||   |  ||||| ||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| |  |||||||||||||||||||||||   ||||    
T  12379153 agtaactacattattaaacaggcatttatttcgttcattccacacaacgcaggcacacagaagccatacgagttgcataaaagaacgtctagctttacca 12379054  T
Q  209 ccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaat 239  Q
    |||||| | |||| ||| |||||||||||||    
T  12379053 ccacctgtaaaataagtaaactgtaaaaaat 12379023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 79; E-Value: 6e-37
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 15654241 - 15654011
Alignment:
Q  1 aagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagcagcttaatcttatctagtaaacaa 100  Q
    |||||||| |||||| |||||||| || ||||||||||| |||| ||| |||||||||||||| |||| ||||| || ||| | ||| ||||  ||||      
T  15654241 aagagggcatgaccatcactgctgggtaccaaaaacaaaagtagttttattagctttcaaccatcctaaagacaacatctttaccttgtctaacaaacgg 15654142  T
Q  101 gggatgggggtaacaacatgattaaacgaacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacatagaagccaaattagttgcataaaagaacgtctag 200  Q
    || ||||| || |  |||| |||||||  ||| ||||| ||||||||||| ||||| || ||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  15654141 ggaatgggagttattacattattaaacagacgattatttcgttcattccacacaactcatgcacaaagaagccatataagttgcataaaagaacgtctag 15654042  T
Q  201 caacaccaccacctatcaaatgagtgaactg 231  Q
     |||| ||||||||||||||| ||| |||||    
T  15654041 aaacagcaccacctatcaaataagtaaactg 15654011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Original strand, 46623308 - 46623538
Alignment:
Q  1 aagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagcagcttaatcttatctagtaaacaa 100  Q
    |||||||| ||||||||||| ||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||  |||| || ||||| ||| ||||  ||||      
T  46623308 aagagggcatgaccaccactactgggtaccaaaaacaaaagtagcttttttagctttcaaccatcctaaggacaacatcttaaccttgtctaacaaacgg 46623407  T
Q  101 gggatgggggtaacaacatgattaaacgaacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacatagaagccaaattagttgcataaaagaacgtctag 200  Q
    || ||| | || |  |||| |||||||  ||| ||||| |||||||| || || ||||| ||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  46623408 ggaatgagagttattacattattaaacagacgattatttcgttcatttcacacgacccatgcacaaagaagccatataagttgcataaaagaacgtctag 46623507  T
Q  201 caacaccaccacctatcaaatgagtgaactg 231  Q
     |||| |||||||| |||||| ||| |||||    
T  46623508 aaacaacaccacctgtcaaataagtaaactg 46623538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 74; E-Value: 6e-34
Query Start/End: Original strand, 1 - 238
Target Start/End: Original strand, 3104507 - 3104744
Alignment:
Q  1 aagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagcagcttaatcttatctagtaaacaa 100  Q
    ||||||| | |||||||| || || || |||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||| ||| ||||| |||||     
T  3104507 aagagggttagaccaccattgttgtgtaccatgaacaaaggtagcttttttagctttcagccaacctaaagacaacatcttaaccttgtctagcaaacat 3104606  T
Q  101 gggatgggggtaacaacatgattaaacgaacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacatagaagccaaattagttgcataaaagaacgtctag 200  Q
    || ||||| || | ||||| ||||||    || || || ||||||||||||||||| |||||||| | ||| || | |||||||||||||||||||||||    
T  3104607 ggaatgggagttataacatcattaaataggcgattgtttcgttcattccaaacaacacaggcacacataagacataatagttgcataaaagaacgtctag 3104706  T
Q  201 caacaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaa 238  Q
    ||  | |||||| | |||||||| | ||||||||||||    
T  3104707 cattagcaccacttgtcaaatgaataaactgtaaaaaa 3104744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Original strand, 43104915 - 43105145
Alignment:
Q  1 aagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagcagcttaatcttatctagtaaacaa 100  Q
    ||||||| ||||| ||||||||| ||  |||||||||||   ||||||||||||||||||||| |||| ||| | || ||||| ||| |||| |||||      
T  43104915 aagagggtttgactaccactgctcagagccaaaaacaaaacaagcttttttagctttcaaccatcctaaagaaaacatcttaaccttgtctaataaacgg 43105014  T
Q  101 gggatgggggtaacaacatgattaaacgaacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacatagaagccaaattagttgcataaaagaacgtctag 200  Q
    || ||||| ||||| |||| |||||||   || || ||  ||||||||||||||| ||| || || | ||||||||| |||| ||||||||  |||| ||    
T  43105015 ggaatgggagtaaccacattattaaacaggcgattgttttgttcattccaaacaagccaagcgcacaaaagccaaatgagttacataaaagcccgtcgag 43105114  T
Q  201 caacaccaccacctatcaaatgagtgaactg 231  Q
    |   |||||||||| |||||||||| |||||    
T  43105115 ctctaccaccacctgtcaaatgagtaaactg 43105145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 52; E-Value: 8e-21
Query Start/End: Original strand, 1 - 68
Target Start/End: Complemental strand, 21277587 - 21277520
Alignment:
Q  1 aagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaaccta 68  Q
    |||||||| ||||||||||||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  21277587 aagagggcatgaccaccactgctgggtaccaaaaacaaagatagcttttttagctttcaaccaaccta 21277520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 1 - 64
Target Start/End: Original strand, 9546341 - 9546404
Alignment:
Q  1 aagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaa 64  Q
    ||||||||  ||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  9546341 aagagggcaagaccaccactgctgagtaccaaacacaaaagtagcttttttagctttcaaccaa 9546404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 131 - 201
Target Start/End: Original strand, 43571887 - 43571957
Alignment:
Q  131 cggttattacgttcattccaaacaacccaggcacatagaagccaaattagttgcataaaagaacgtctagc 201  Q
    |||||||||||||| ||||| |||| ||| | ||| |||| ||||||||| |||| |||||||||| ||||    
T  43571887 cggttattacgttcgttccacacaatccaagtacacagaatccaaattagctgcagaaaagaacgtttagc 43571957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 8 - 96
Target Start/End: Original strand, 19728098 - 19728186
Alignment:
Q  8 cttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagcagcttaatcttatctagtaa 96  Q
    ||||||||||||  |||||| ||||||||||| || || ||||||||||||| |||  ||| ||| | || |||||| ||||| |||||    
T  19728098 cttgaccaccacatctgagttccaaaaacaaaagtggcatttttagctttcagccacgctaaagataacaacttaattttatcaagtaa 19728186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 188; Significance: 1e-102; HSPs: 11)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 2871795 - 2872045
Alignment:
Q  1 aagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagcagcttaatcttatctagtaaacaa 100  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  2871795 aagagggtttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagatagcagcttaatcttatctagtaaacaa 2871894  T
Q  101 gggatgggggtaacaacatgattaaacgaacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacatagaagccaaattagttgcataaaagaacgtctag 200  Q
    || || |||||||||||||||||||||    | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||| ||    
T  2871895 ggtat-ggggtaacaacatgattaaacatctgattattacgttcattccaaacaacccaggcacaaagaagccatataagttgcataaaagaacgtccag 2871993  T
Q  201 caacaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaattatctgaagtatt 252  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  2871994 caacaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatctgaaatatt 2872045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 1 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 16421545 - 16421309
Alignment:
Q  1 aagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagcagcttaatcttatctagtaaacaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  16421545 aagagggcttgaccaccactgctgagttccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagatagcagcttaatcttatctagtaaacaa 16421446  T
Q  101 gggatgggggtaacaacatgattaaacgaacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacatagaagccaaattagttgcataaaagaacgtctag 200  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||| |||||||| ||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  16421445 gggatgggggtaacaatatgattaaacaaacggttgttacgctcattccacacaacccaaacacatagaagccatattagttgcataaaagaacgtctag 16421346  T
Q  201 caacaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaa 237  Q
    || ||||||||||| |||||||||||||||| |||||    
T  16421345 cagcaccaccacctgtcaaatgagtgaactggaaaaa 16421309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 160; E-Value: 3e-85
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 412901 - 412651
Alignment:
Q  1 aagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagcagcttaatcttatctagtaaacaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  412901 aagagggcttgaccaccactgttgaattccaaaaacaaaggtagtttttttagctttcagccaacctaaagacagcaacttaatcttatctagtaaacaa 412802  T
Q  101 gggatgggggtaacaacatgattaaacgaacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacatagaagccaaattagttgcataaaagaacgtctag 200  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||| | ||||||||||||||||| ||| |      
T  412801 gggatgggg-taacaacatgattaaacagacggttatttcgttcattccaaacaacccagacacaaagaagcaatattagttgcataaaagaccgtttga 412703  T
Q  201 caacaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaattatctgaagtatt 252  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||    
T  412702 caacaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatcggaaatatt 412651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 96; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 7451956 - 7452207
Alignment:
Q  1 aagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagcagcttaatcttatctagtaaacaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||| || || |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||| || ||| | ||| ||||  ||||      
T  7451956 aagagggcttgaccaccactgttgggtaccaaaaacaaagatagcttttttagctttcaaccaacctaaggacaacatctttaccttgtctaacaaacgg 7452055  T
Q  101 gggatgggggtaacaacatgattaaacgaacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacatagaagccaaattagttgcataaaagaacgtctag 200  Q
    |||||||| || | ||||| |||||||  ||| |||||  |||||||||| ||||||||| |||| || ||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  7452056 gggatgggagttataacattattaaacagacgattattttgttcattccacacaacccagtcacaaagtagccatataagttgcataaaagaacgtctag 7452155  T
Q  201 caacaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaattatctgaagtatt 252  Q
     |||| |||||||| |||||| ||| ||||| | ||||| ||||||| ||||    
T  7452156 aaacagcaccacctgtcaaataagtaaactgaagaaaatgatctgaaatatt 7452207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 62; E-Value: 8e-27
Query Start/End: Original strand, 151 - 252
Target Start/End: Original strand, 35405459 - 35405560
Alignment:
Q  151 aacaacccaggcacatagaagccaaattagttgcataaaagaacgtctagcaacaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaattatctgaagta 250  Q
    |||||||||| ||||||||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||| ||| ||| ||    
T  35405459 aacaacccagacacatagaaaccatataagttgcataaaagaacgtctagcaacaccaccacctgtcaaatgagtaaactgaaaaaaatgatcggaaata 35405558  T
Q  251 tt 252  Q
    ||    
T  35405559 tt 35405560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 1 - 117
Target Start/End: Original strand, 35405348 - 35405464
Alignment:
Q  1 aagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagcagcttaatcttatctagtaaacaa 100  Q
    ||||||| |||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||    ||||||||| |||| |||||||    
T  35405348 aagagggtttgatcaccactgctgaattccaaaaacaaaggtagcttttttagcttttagccaacctaaagacaatgtcttaatcttttctaataaacaa 35405447  T
Q  101 gggatgggggtaacaac 117  Q
    |||||||||| ||||||    
T  35405448 gggatgggggcaacaac 35405464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 1 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 19385246 - 19385049
Alignment:
Q  1 aagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagcagcttaatcttatctagtaaacaa 100  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| || || ||||| ||||||||||||||||| ||||||  ||  |||| || ||| | ||| ||||  ||||      
T  19385246 aagagggcatgaccaccactgctgagtaccgaacacaaaagtagcttttttagcttttaaccaagataaggacaacatcttgaccttgtctaagaaacgg 19385147  T
Q  101 gggatgggggtaacaacatgattaaacgaacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacatagaagccaaattagttgcataaaagaacgtct 198  Q
    || ||| | || |  |||| |||||||  ||| ||||| ||||||||||| ||||| |||||||| | |||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  19385146 ggaatgagagttattacattattaaacagacgattatttcgttcattccacacaacacaggcacagataagctaaataagttgcataaaagaacgtct 19385049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 4 - 68
Target Start/End: Complemental strand, 12218550 - 12218486
Alignment:
Q  4 agggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaaccta 68  Q
    ||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||    
T  12218550 agggcatgaccaccactgctgagtaccaaaaataaagatagcttttctagctttcaaccaaccta 12218486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 74
Target Start/End: Original strand, 28542607 - 28542680
Alignment:
Q  1 aagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagaca 74  Q
    ||||||| |||||||||||||||||   |||||||||||   ||||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  28542607 aagagggtttgaccaccactgctgaaagccaaaaacaaaacaagcttttttagctttcaaccatcctaaagaca 28542680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 115 - 185
Target Start/End: Original strand, 30501686 - 30501756
Alignment:
Q  115 aacatgattaaacgaacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacatagaagccaaattagttgca 185  Q
    ||||| |||||||  ||||||||||||||||||||| | |||||| ||||| |||||||| |||| |||||    
T  30501686 aacattattaaacagacggttattacgttcattccacaaaacccaagcacaaagaagccagattaattgca 30501756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 135 - 195
Target Start/End: Complemental strand, 34642161 - 34642101
Alignment:
Q  135 tattacgttcattccaaacaacccaggcacatagaagccaaattagttgcataaaagaacg 195  Q
    |||||||||||||||| || |||||| ||||||| ||||| || ||||| || ||||||||    
T  34642161 tattacgttcattccacactacccagacacataggagccatataagttgtatgaaagaacg 34642101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 180; Significance: 3e-97; HSPs: 11)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 180; E-Value: 3e-97
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 32917921 - 32918172
Alignment:
Q  1 aagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagcagcttaatcttatctagtaaacaa 100  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| | |||||||| ||||| || |||||||||||||| |||||||    
T  32917921 aagaggacttgaccaccactgctgagttccaaaaacaaaggtagcttttttaactttaagccaacctaaagacaacatcttaatcttatctaataaacaa 32918020  T
Q  101 gggatgggggtaacaacatgattaaacgaacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacatagaagccaaattagttgcataaaagaacgtctag 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  32918021 gggatgggggtaacaacatgattaaacagacggttatttcgttcattccaaacaacccaggcacatagaagccaaattagttgcataaaagaccgtctag 32918120  T
Q  201 caacaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaattatctgaagtatt 252  Q
    |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||| ||| ||||    
T  32918121 caacaccaccacctgtcaaatgagtaaactgtaaaaaatgatcagaaatatt 32918172  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 171; E-Value: 8e-92
Query Start/End: Original strand, 1 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 6264734 - 6264496
Alignment:
Q  1 aagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagcagcttaatcttatctagtaaacaa 100  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||| |||||  |||||||||    
T  6264734 aagagggtttgaccaccactgctgagttccaaaaacaaaagtagcttttttagctttcaaccaacctaaagacaacaacttaaccttataaagtaaacaa 6264635  T
Q  101 gggatgggggtaacaacatgattaaacgaacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacatagaagccaaattagttgcataaaagaacgtctag 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||    
T  6264634 gggatgggggtaacaacatgattaaacagacggttatttcgttcattccaaacaacccagacacatagaagccatattagttgcataaaagaacgtttag 6264535  T
Q  201 caacaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaat 239  Q
    || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  6264534 cagcaccaccacctgtcaaatgagtgaactgtaaaaaat 6264496  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 167; E-Value: 2e-89
Query Start/End: Original strand, 1 - 239
Target Start/End: Original strand, 34480560 - 34480798
Alignment:
Q  1 aagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagcagcttaatcttatctagtaaacaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||| |||||| |||||||||    
T  34480560 aagagggcttgaccaccactgctgagtgccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcagccaacctaaagacatcaacttaaccttatcaagtaaacaa 34480659  T
Q  101 gggatgggggtaacaacatgattaaacgaacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacatagaagccaaattagttgcataaaagaacgtctag 200  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  34480660 gggatgggggtaaccacatgattaaacagacgattattacgttcattccaaacaacccagacacatagaagccatataagttgcataaaagaacgtctag 34480759  T
Q  201 caacaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaat 239  Q
    || |||||||||||  |||| ||||||||||||||||||    
T  34480760 cagcaccaccacctgccaaaagagtgaactgtaaaaaat 34480798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 1 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 34858229 - 34858058
Alignment:
Q  1 aagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagcagcttaatcttatctagtaaacaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||     
T  34858229 aagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacaacagcttaatcttatcaagtaaacag 34858130  T
Q  101 gggatgggggtaacaacatgattaaacgaacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacatagaagc 172  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  34858129 gggataggggtaacaacatggttaaacatacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacaaagaagc 34858058  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 15500182 - 15499931
Alignment:
Q  1 aagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagcagcttaatcttatctagtaaacaa 100  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||| |||||  | |||||||||||||| |||||||    
T  15500182 aagagggtttgaccaccactgctgagttccaaaaacaaaagtagcttttttagctttaagccaacctaaagacaataacttaatcttatctaataaacaa 15500083  T
Q  101 gggatgggggtaacaacatgattaaacgaacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacatagaagccaaattagttgcataaaagaacgtctag 200  Q
      |||||||||||||||||||||||||  | ||||||| ||||||||||| | ||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||    
T  15500082 ttgatgggggtaacaacatgattaaacagatggttatttcgttcattccagataacccagacacatagaagccaaatgagttgcaaaaaagaccgtctag 15499983  T
Q  201 caacaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaattatctgaagtatt 252  Q
    ||||||||||||||  ||||||||| ||||| | ||||| ||| ||| ||||    
T  15499982 caacaccaccacctgacaaatgagtaaactgaagaaaatgatcggaaatatt 15499931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 1 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 10487442 - 10487243
Alignment:
Q  1 aagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagcagcttaatcttatctagtaaacaa 100  Q
    ||||||||  ||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |||  |||| || ||| | ||||||||  ||||      
T  10487442 aagagggcaagaccaccactgttgagtaccaaacacaaaagtagcttttttagctttcaaccaagctaaggacaacatcttgaccttatctaacaaacgg 10487343  T
Q  101 gggatgggggtaacaacatgattaaacgaacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacatagaagccaaattagttgcataaaagaacgtctag 200  Q
     | ||||  || |  |||| |||||||  ||| ||||| || |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  10487342 agaatggaagttattacattattaaacagacgattatttcgctcattccacacaacccaggcacaaagaagccaaataagttgcataaaagaacgtctag 10487243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 29 - 201
Target Start/End: Original strand, 587148 - 587320
Alignment:
Q  29 ccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagcagcttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacg 128  Q
    ||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||  |||| || |||||  || |||| |||   ||| ||||| ||||||||||   ||||      
T  587148 ccaaaaacaaaagtagtttttttaggtttcaaccaacctaatgacaacatcttaactttgtctaataagagaggaatgggagtaacaacatttctaaaga 587247  T
Q  129 aacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacatagaagccaaattagttgcataaaagaacgtctagc 201  Q
      || ||||||||||| ||||| ||||| || ||||| | ||||||||| |||||||| ||||| ||||||||    
T  587248 ggcgattattacgttcgttccatacaactcaagcacacaaaagccaaatgagttgcatgaaagagcgtctagc 587320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 134 - 231
Target Start/End: Original strand, 31862330 - 31862427
Alignment:
Q  134 ttattacgttcattccaaacaacccaggcacatagaagccaaattagttgcataaaagaacgtctagcaacaccaccacctatcaaatgagtgaactg 231  Q
    |||||| |||||||||| | ||||||| |||| |||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||    ||||||||| ||| |||||| |||||    
T  31862330 ttattatgttcattccacaaaacccagacacaaagaagccatattagttgcatgaaagaccgtctagctttgccaccacctgtcatatgagtaaactg 31862427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 8 - 59
Target Start/End: Original strand, 4399488 - 4399539
Alignment:
Q  8 cttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttca 59  Q
    ||||||||||||  |||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  4399488 cttgaccaccacatctgagttccaaaaacaaaagtggcttttttagctttca 4399539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 121 - 231
Target Start/End: Original strand, 6020462 - 6020572
Alignment:
Q  121 attaaacgaacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacatagaagccaaattagttgcataaaagaacgtctagcaacaccaccacctatcaaa 220  Q
    ||||||| | || |||||||| |||||||| ||||||||| || | || ||||| || ||||||  |||||||| ||||||   ||| |||||| ||| |    
T  6020462 attaaacaagcgattattacgctcattccacacaacccagacataaaggagccatataagttgctgaaaagaacatctagctttacctccacctgtcata 6020561  T
Q  221 tgagtgaactg 231  Q
    |||||||||||    
T  6020562 tgagtgaactg 6020572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 8 - 96
Target Start/End: Original strand, 8571541 - 8571629
Alignment:
Q  8 cttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagcagcttaatcttatctagtaa 96  Q
    ||||||||||||  |||||| ||||||||||| || || ||||||||||||| |||  ||| ||| | || |||||| ||||| |||||    
T  8571541 cttgaccaccacatctgagttccaaaaacaaaagtggcatttttagctttcagccacgctaaagataacaacttaattttatcaagtaa 8571629  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0287 (Bit Score: 97; Significance: 1e-47; HSPs: 1)
Name: scaffold0287
Description:

Target: scaffold0287; HSP #1
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 1 - 157
Target Start/End: Complemental strand, 13678 - 13524
Alignment:
Q  1 aagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagcagcttaatcttatctagtaaacaa 100  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||| | |||||    
T  13678 aagagggcgtgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaagataacttttttagctttcaactaacctaaagacaacagcttaatcttatctaat-aacaa 13580  T
Q  101 gggatgggggtaacaacatgattaaacgaacggttattacgttcattccaaacaacc 157  Q
     | || |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  13579 agaat-ggggtaacaacatgattaaacatacggttattacgttcattccaaacaacc 13524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0418 (Bit Score: 73; Significance: 2e-33; HSPs: 1)
Name: scaffold0418
Description:

Target: scaffold0418; HSP #1
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 1 - 221
Target Start/End: Original strand, 7279 - 7499
Alignment:
Q  1 aagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagcagcttaatcttatctagtaaacaa 100  Q
    ||||| || |||||||||||| || || ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||  |||| || ||||| ||| ||||  ||||      
T  7279 aagagagcatgaccaccactgatgggtaccaaaaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaacatcttaaccttgtctaacaaacgg 7378  T
Q  101 gggatgggggtaacaacatgattaaacgaacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacatagaagccaaattagttgcataaaagaacgtctag 200  Q
    || ||| | || |  |||| |||||||  ||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  7379 ggaatgagagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattccacacaacccatgcacaaagaagccatataagttgcataaaagaacgtctag 7478  T
Q  201 caacaccaccacctatcaaat 221  Q
     ||||  ||||||| ||||||    
T  7479 aaacaaaaccacctgtcaaat 7499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0029 (Bit Score: 61; Significance: 3e-26; HSPs: 1)
Name: scaffold0029
Description:

Target: scaffold0029; HSP #1
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 2 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 135171 - 134975
Alignment:
Q  2 agagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagcagcttaatcttatctagtaaacaag 101  Q
    |||||||  ||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||| |||  |||| || ||| | ||||||||  ||||  |    
T  135171 agagggcaagaccaccactgctgagtaccaaacacaaaagtagcttttttagccttcaaccaagctaaggacaacatcttgaccttatctaacaaacggg 135072  T
Q  102 ggatgggggtaacaacatgattaaacgaacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacatagaagccaaattagttgcataaaagaacgtct 198  Q
    | ||||| || |  |||| |||||||   || ||||| || |||||| | |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  135071 gaatgggagttattacattattaaacaggcgattatttcgctcattcgacacaacccaagcacagagaagccaaataagttgcataaaagaacgtct 134975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002 (Bit Score: 61; Significance: 3e-26; HSPs: 2)
Name: scaffold0002
Description:

Target: scaffold0002; HSP #1
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 2 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 312998 - 312802
Alignment:
Q  2 agagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagcagcttaatcttatctagtaaacaag 101  Q
    |||||||  ||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||| |||  |||| || ||| | ||||||||  ||||  |    
T  312998 agagggcaagaccaccactgctgagtaccaaacacaaaagtagcttttttagccttcaaccaagctaaggacaacatcttgaccttatctaacaaacggg 312899  T
Q  102 ggatgggggtaacaacatgattaaacgaacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacatagaagccaaattagttgcataaaagaacgtct 198  Q
    | ||||| || |  |||| |||||||   || ||||| || |||||| | |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  312898 gaatgggagttattacattattaaacaggcgattatttcgctcattcgacacaacccaagcacagagaagccaaataagttgcataaaagaacgtct 312802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002; HSP #2
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 2 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 328452 - 328256
Alignment:
Q  2 agagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagcagcttaatcttatctagtaaacaag 101  Q
    |||||||  ||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||| |||  |||| || ||| | ||||||||  ||||  |    
T  328452 agagggcaagaccaccactgctgagtaccaaacacaaaagtagcttttttagccttcaaccaagctaaggacaacatcttgaccttatctaacaaacggg 328353  T
Q  102 ggatgggggtaacaacatgattaaacgaacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacatagaagccaaattagttgcataaaagaacgtct 198  Q
    | ||||| || |  |||| |||||||   || ||||| || |||||| | |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  328352 gaatgggagttattacattattaaacaggcgattatttcgctcattcgacacaacccaagcacagagaagccaaataagttgcataaaagaacgtct 328256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0220 (Bit Score: 34; Significance: 0.0000000004; HSPs: 1)
Name: scaffold0220
Description:

Target: scaffold0220; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 1 - 74
Target Start/End: Complemental strand, 22749 - 22676
Alignment:
Q  1 aagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagaca 74  Q
    ||||||||  ||||||||||||||||| ||||| ||||| || | ||||||||||||||| ||| ||| |||||    
T  22749 aagagggcaagaccaccactgctgagtaccaaacacaaaagtggtttttttagctttcaatcaagctaaagaca 22676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0197 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0197
Description:

Target: scaffold0197; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 31 - 68
Target Start/End: Complemental strand, 12376 - 12339
Alignment:
Q  31 aaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaaccta 68  Q
    ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  12376 aaaaataaagatagcttttttagctttcaaccaaccta 12339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University