View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21580_low_16 (Length: 506)

Name: NF21580_low_16
Description: NF21580
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21580_low_16
NF21580_low_16
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (16-506)||(42213719-42214209)
chr2 (16-506)||(42206886-42207376)
chr2 (109-501)||(42214013-42214405)
chr2 (109-490)||(42207183-42207561)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 463; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 463; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 506
Target Start/End: Original strand, 42213719 - 42214209
Alignment:
Q  16 cacttagctactctgacggcttagggtctccccacagtacttgttcatccacctattacgacgctttctctgagatttcagattttgacggaacaagtta 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42213719 cacttagctactctgacggcttagggtctccccacagtacttgttcatccacctattacgacgctttctctgagatttcagattttgacggaacaagtta 42213818  T
Q  116 ctggcactctttgctaaatcttgacgaggaagacaatggatggctctcagattcaatgacatctgagaacccttcaactcctctaagctactctcacgat 215  Q
    | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42213819 cgggcactctttgctaagtcttgacgaggaagacaatggatggctctcagattcaatgatatctgagaacccttcaactcctctaagctactctcacgat 42213918  T
Q  216 tctttctgcgagatctcagatgtgggcacgccaagttattggaactccttgctcaaatttgaagaggaagacaatgattggattttggataaagcaagtt 315  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  42213919 tctttctgcgagatctcagatgtgggtacaccaagttattggaactccttgctcaaatttgaagaggaagacagtgattggattttggataaagcaagtt 42214018  T
Q  316 actcgcattctttactaagtcttgaagaggaagactctgaatggctttcagattcaatggtatctgagaatccttctagtcctctaagctacaatggtga 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42214019 actcgcattctttactaagtcttgaagaggaagactctgaatggctttcagattcaatggtatctgagaatccttctagtcctctaagctacaatggtga 42214118  T
Q  416 ttctttcagcaagatctcagacgaaggcttgccaagttactgggactccttgctcaaacttgaagaggaagacaatgtgtggattttggac 506  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42214119 ttctttcagcaagatctcagacgtaggcttgccaagttactgggactccttgctcaaacttgaagaggaagacaatgtgtggattttggac 42214209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 258; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 16 - 506
Target Start/End: Original strand, 42206886 - 42207376
Alignment:
Q  16 cacttagctactctgacggcttagggtctccccacagtacttgttcatccacctattacgacgctttctctgagatttcagattttgacggaacaagtta 115  Q
    |||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||  |||| |||||    
T  42206886 cacttagctactctgagggctcagggtctccccatagtacttgttcatccacctattatgacgttttctccgagatttcagattttgatagaactagtta 42206985  T
Q  116 ctggcactctttgctaaatcttgacgaggaagacaatggatggctctcag---attcaatgacatctgagaacccttcaactcctctaagctactctcac 212  Q
    | ||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||  ||| ||||||   ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||  |       
T  42206986 ccggcactctttgctaagtcttgaagaggaagacattgattgggtctcagcagattcaatgacacctgagaatccttcaactcctctaagctacattggt 42207085  T
Q  213 gattctttctgcgagatctcagatgtgggcacgccaagttattggaactccttgctcaaatttgaagaggaagacaatgattggattttggataaagcaa 312  Q
    ||||||||  | |||||||||||  | ||||| ||||||||  || ||| |||||| ||| || |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  42207086 gattcttttagtgagatctcagacataggcacaccaagttaccgggactacttgctaaaacttaaagaggaagacagtgattggattttggacaaagcaa 42207185  T
Q  313 gttactcgcattctttactaagtcttgaagaggaagactctgaatggctttcagattcaatggtatctgagaatccttctagtcctctaagctacaatgg 412  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||  || |||    
T  42207186 gttactcgaattctttactaagtcttgaagaggaagactctgaatggctttcaggttcaatgatatctgagaatccttatagtcctctaagcctcagtgg 42207285  T
Q  413 tgattctttcagcaagatctcagacgaaggcttgccaagttactgggactccttgctcaaacttgaagaggaagacaatgtgtggattttggac 506  Q
    ||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||   || ||||||||||||||||||||||||    
T  42207286 tgattctttcagcaagatctcggacataggcttgccaagttactgggagtccttgatcaaactt---gacgaagacaatgtgtggattttggac 42207376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 109 - 501
Target Start/End: Original strand, 42214013 - 42214405
Alignment:
Q  109 caagttactggcactctttgctaaatcttgacgaggaagacaatggatggctctcagattcaatgacatctgagaacccttcaactcctctaagctactc 208  Q
    ||||||||| ||| ||||| |||| |||||| |||||||||  || |||||| ||||||||||||  ||||||||| ||||| | |||||||||||||      
T  42214013 caagttactcgcattctttactaagtcttgaagaggaagactctgaatggctttcagattcaatggtatctgagaatccttctagtcctctaagctacaa 42214112  T
Q  209 tcacgattctttctgcgagatctcagatgtgggcacgccaagttattggaactccttgctcaaatttgaagaggaagacaatgattggattttggataaa 308  Q
    |   ||||||||| || |||||||||| || |||  ||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||| |||    
T  42214113 tggtgattctttcagcaagatctcagacgtaggcttgccaagttactgggactccttgctcaaacttgaagaggaagacaatgtgtggattttggacaaa 42214212  T
Q  309 gcaagttactcgcattctttactaagtcttgaagaggaagactctgaatggctttcagattcaatggtatctgagaatccttctagtcctctaagctaca 408  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| | |||||| | ||||| ||||||||||||| ||    
T  42214213 gcaagttactcgcattctttactaagtcttgaagaggaagactctgcatggctctcagattcaatgatctctgaggacccttccagtcctctaagctcca 42214312  T
Q  409 atggtgattctttcagcaagatctcagacgaaggcttgccaagttactgggactccttgctcaaacttgaagaggaagacaatgtgtggattt 501  Q
    |||||| |||||||| | | |||||||| | ||||   || |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  42214313 atggtggttctttcaccgatatctcagatgtaggcacacctagttactgggactccttgctcagacttgaaaaggaagacaatgagtggattt 42214405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 109 - 490
Target Start/End: Original strand, 42207183 - 42207561
Alignment:
Q  109 caagttactggcactctttgctaaatcttgacgaggaagacaatggatggctctcagattcaatgacatctgagaacccttcaactcctctaagctactc 208  Q
    ||||||||| | | ||||| |||| |||||| |||||||||  || |||||| |||| |||||||| ||||||||| ||||  | ||||||||||  |      
T  42207183 caagttactcgaattctttactaagtcttgaagaggaagactctgaatggctttcaggttcaatgatatctgagaatccttatagtcctctaagcctcag 42207282  T
Q  209 tcacgattctttctgcgagatctcagatgtgggcacgccaagttattggaactccttgctcaaatttgaagaggaagacaatgattggattttggataaa 308  Q
    |   ||||||||| || ||||||| ||  | |||  ||||||||| ||| | |||||| ||||| |||| ||   ||||||||  ||||||||||| | |    
T  42207283 tggtgattctttcagcaagatctcggacataggcttgccaagttactgggagtccttgatcaaacttgacga---agacaatgtgtggattttggacaga 42207379  T
Q  309 gcaagttactcgcattctttactaagtcttgaagaggaagactctgaatggctttcagattcaatggtatctgagaatccttctagtcctctaagctaca 408  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| |   ||||   ||||||||||||||||||||||    
T  42207380 gcaagttatacgcattctttactaagtcttgaagaggaagactctgcatggctctcagattcaatgatccatgagggcccttctagtcctctaagctaca 42207479  T
Q  409 atggtgattctttcagcaagatctcagacgaaggcttgccaagttactgggactccttgctcaaacttgaagaggaagacaa 490  Q
    | || |||||||||| | | |||||| ||| ||||   || ||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  42207480 acggcgattctttcaccgatatctcaaacggaggcacacctagttattgggactccttgctcaggcttgaagaggaagacaa 42207561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University