View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21583_high_3 (Length: 532)

Name: NF21583_high_3
Description: NF21583
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21583_high_3
NF21583_high_3
[»] chr7 (32 HSPs)
chr7 (1-515)||(22858416-22858930)
chr7 (258-515)||(22831285-22831542)
chr7 (262-488)||(22889550-22889776)
chr7 (1-250)||(22889246-22889495)
chr7 (262-510)||(22805567-22805815)
chr7 (262-490)||(22876174-22876402)
chr7 (262-488)||(22898521-22898747)
chr7 (262-515)||(22809902-22810155)
chr7 (1-250)||(22814981-22815230)
chr7 (257-515)||(22842417-22842681)
chr7 (1-250)||(22830985-22831234)
chr7 (262-487)||(22815285-22815510)
chr7 (257-488)||(22840305-22840542)
chr7 (257-514)||(22880817-22881080)
chr7 (262-510)||(22894202-22894450)
chr7 (31-219)||(22893928-22894116)
chr7 (55-250)||(22840060-22840255)
chr7 (55-250)||(22885602-22885795)
chr7 (38-250)||(22898254-22898466)
chr7 (55-221)||(22809652-22809818)
chr7 (77-250)||(22805339-22805512)
chr7 (55-250)||(22875924-22876119)
chr7 (250-348)||(22885838-22885934)
chr7 (117-250)||(22880634-22880767)
chr7 (255-451)||(22913919-22914115)
chr7 (83-176)||(22933300-22933393)
chr7 (100-176)||(22922215-22922291)
chr7 (159-250)||(22842264-22842355)
chr7 (446-490)||(22873588-22873632)
chr7 (4-95)||(22880548-22880639)
chr7 (77-250)||(22913698-22913871)
chr7 (414-445)||(22885937-22885968)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (1-250)||(21150511-21150760)
chr1 (262-490)||(21150228-21150456)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (79-132)||(15628278-15628331)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 507; Significance: 0; HSPs: 32)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 507; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 515
Target Start/End: Original strand, 22858416 - 22858930
Alignment:
Q  1 ataggatatccactagaaagggataagtcgttgaatcgaccaatagcattatagtatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaattattgatgtcaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22858416 ataggatatccactagaaagggataagtcgttgaatcgaccaatagcattatagtatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaattattgatgtcaa 22858515  T
Q  101 taccaacatggttattattgatatcatcaaactcaagatcttgaatagtgtcaagctcaacagcaaacacatggttgctagtgtttccaatgttggaatc 200  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22858516 taccagcatggttattattgatatcatcaaactcaagatcttgaatagtgtcaagctcaacagcaaacacatggttgctagtgtttccaatgttggaatc 22858615  T
Q  201 gttaaagggaccaaggtattggtttggaagtgaatctggtagcccttttgatattcagattttatggcaaataaaaaagtagttgagaaagaagacacag 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22858616 gttaaagggaccaaggtattggtttggaagtgaatctggtagcccttttgatattcagattttatggcaaataaaaaagtagttgagaaagaagacacag 22858715  T
Q  301 tttcactagaagtgtttttgaaaactataggatttggatagaaagcatgtgcagtatcttgcccgatatcattggtgagtcttagtaagccagttgaagt 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22858716 tttcactagaagtgtttttgaaaactataggatttggatagaaagcatgtgctgtatcttgcccgatatcattggtgagtcttagtaagccagttgaagt 22858815  T
Q  401 taactcagcaataccatcaagatataaatgtgatgattggaatcctttatagatgaaaccgttgtcttcacttgctaccaatgtaacaagcaaacataac 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22858816 taactcagcaataccatcaagatataaatgtgatgattggaatcctttatagatgaaaccgttgtcttcacttgctaccaatgtaacaagcaaacataac 22858915  T
Q  501 ataaagacaaacttg 515  Q
    |||||||||||||||    
T  22858916 ataaagacaaacttg 22858930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 158; E-Value: 8e-84
Query Start/End: Original strand, 258 - 515
Target Start/End: Original strand, 22831285 - 22831542
Alignment:
Q  258 gattttatggcaaataaaaaagtagttgagaaagaagacacagtttcactagaagtgtttttgaaaactataggatttggatagaaagcatgtgcagtat 357  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||| || || | ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||    
T  22831285 gattttatggtaaatacaaaagtagttgagaaagatgacacacttgcattcgaagtgtttttaaaaactatatgatttggatagaaagcatatgctgtat 22831384  T
Q  358 cttgcccgatatcattggtgagtcttagtaagccagttgaagttaactcagcaataccatcaagatataaatgtgatgattggaatcctttatagatgaa 457  Q
    || ||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||    
T  22831385 ctggcccggtatcattggtgagtcttagtaagccatctgaagttaactcagcaataccatcaagatataaatgtgatgattggaaaccattatagatgaa 22831484  T
Q  458 accgttgtcttcacttgctaccaatgtaacaagcaaacataacataaagacaaacttg 515  Q
    || | |||||||||||||||| ||||||||||| ||| | |||||||| |||| ||||    
T  22831485 actgctgtcttcacttgctacaaatgtaacaagaaaaaacaacataaacacaagcttg 22831542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 139; E-Value: 2e-72
Query Start/End: Original strand, 262 - 488
Target Start/End: Original strand, 22889550 - 22889776
Alignment:
Q  262 ttatggcaaataaaaaagtagttgagaaagaagacacagtttcactagaagtgtttttgaaaactataggatttggatagaaagcatgtgcagtatcttg 361  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |  | |||      
T  22889550 ttatggcaaataaaaaagtagttgagaaagaagacacgctttcactggaagtgtttttgaaaactattggatttggatagaaaccatgtcctttgtctct 22889649  T
Q  362 cccgatatcattggtgagtcttagtaagccagttgaagttaactcagcaataccatcaagatataaatgtgatgattggaatcctttatagatgaaaccg 461  Q
      |  |||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |    
T  22889650 ttctgtatcattggtgagttttagtaagccatttgtagttaactcagcaataccatcaagatataaatgtgatgattggaatccattatatatgaaactg 22889749  T
Q  462 ttgtcttcacttgctaccaatgtaaca 488  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||    
T  22889750 ttgtcttcacttgcaaccaatgtaaca 22889776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 138; E-Value: 7e-72
Query Start/End: Original strand, 1 - 250
Target Start/End: Original strand, 22889246 - 22889495
Alignment:
Q  1 ataggatatccactagaaagggataagtcgttgaatcgaccaatagcattatagtatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaattattgatgtcaa 100  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||| || |||||| |||||  | ||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||||    
T  22889246 atagggtatccactggaaagggataaatccttgaattgaccataaccatcataatatcctgcaggagttgaatcagctgatttcaaatcattgatatcaa 22889345  T
Q  101 taccaacatggttattattgatatcatcaaactcaagatcttgaatagtgtcaagctcaacagcaaacacatggttgctagtgtttccaatgttggaatc 200  Q
    | |||||||||||||  ||||||||||||||||||| || ||||  |||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  22889346 ttccaacatggttatcgttgatatcatcaaactcaaaattttgacgagtgtcaagctcaacaccaaaaacatggttgctactgtttccactgttggaatc 22889445  T
Q  201 gttaaagggaccaaggtattggtttggaagtgaatctggtagcccttttg 250  Q
    ||||||| |||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||    
T  22889446 gttaaagagaccaaggtattgacttggtagtgaatctggtagcccttttg 22889495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 137; E-Value: 3e-71
Query Start/End: Original strand, 262 - 510
Target Start/End: Original strand, 22805567 - 22805815
Alignment:
Q  262 ttatggcaaataaaaaagtagttgagaaagaagacacagtttcactagaagtgtttttgaaaactataggatttggatagaaagcatgtgcagtatcttg 361  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |  |  ||||    
T  22805567 ttatggcaaatacaaaagtagttgagaaagaagacacactttcactggaagtgtttttgaaaactattggatttggatagaaagcatgacctattacttg 22805666  T
Q  362 cccgatatcattggtgagtcttagtaagccagttgaagttaactcagcaataccatcaagatataaatgtgatgattggaatcctttatagatgaaaccg 461  Q
      |  ||||||||||||||||||||| ||||  ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |    
T  22805667 ttctgtatcattggtgagtcttagtatgccatctgaggttaactcagcaaaaccatcaagatataaatgtgatgattggaatccattatagatgaaactg 22805766  T
Q  462 ttgtcttcacttgctaccaatgtaacaagcaaacataacataaagacaa 510  Q
    || |||||||||||||| ||||||||| | ||| | |||||||| ||||    
T  22805767 ttatcttcacttgctactaatgtaacatgaaaaaacaacataaacacaa 22805815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 137; E-Value: 3e-71
Query Start/End: Original strand, 262 - 490
Target Start/End: Original strand, 22876174 - 22876402
Alignment:
Q  262 ttatggcaaataaaaaagtagttgagaaagaagacacagtttcactagaagtgtttttgaaaactataggatttggatagaaagcatgtgcagtatcttg 361  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |  | || |     
T  22876174 ttatggcaaatacaaaagtagttgagaaagaagacacacttccattggaagtgtttttgaaaactataggatttggatagaaaccatgtcctttttcata 22876273  T
Q  362 cccgatatcattggtgagtcttagtaagccagttgaagttaactcagcaataccatcaagatataaatgtgatgattggaatcctttatagatgaaaccg 461  Q
      |  |||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |    
T  22876274 ttctgtatcattggtgagttttagtaagccatttgaggttaactcagcaataccatcaagatataaatttgatgattggaatccattatagatgaaactg 22876373  T
Q  462 ttgtcttcacttgctaccaatgtaacaag 490  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||    
T  22876374 ttttcttcacttgctaccaatgtaacaag 22876402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 131; E-Value: 1e-67
Query Start/End: Original strand, 262 - 488
Target Start/End: Original strand, 22898521 - 22898747
Alignment:
Q  262 ttatggcaaataaaaaagtagttgagaaagaagacacagtttcactagaagtgtttttgaaaactataggatttggatagaaagcatgtgcagtatcttg 361  Q
    |||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||| || || |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||    
T  22898521 ttatggcaaacacaaaagtagttgagaaagaagaaacacttccattagaagtgttcttgaaaactataggatttggatagaaagcatgtgctttttcttg 22898620  T
Q  362 cccgatatcattggtgagtcttagtaagccagttgaagttaactcagcaataccatcaagatataaatgtgatgattggaatcctttatagatgaaaccg 461  Q
    |  | |||||||||||||||| ||||||||| | || ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| |    
T  22898621 cttggtatcattggtgagtctaagtaagccattggaggttaaattagcaataccatcaagatataaatgtgatgattggaaaccattatagatgaaactg 22898720  T
Q  462 ttgtcttcacttgctaccaatgtaaca 488  Q
    || |||| |||||||||||||||||||    
T  22898721 ttatctttacttgctaccaatgtaaca 22898747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 130; E-Value: 4e-67
Query Start/End: Original strand, 262 - 515
Target Start/End: Original strand, 22809902 - 22810155
Alignment:
Q  262 ttatggcaaataaaaaagtagttgagaaagaagacacagtttcactagaagtgtttttgaaaactataggatttggatagaaagcatgtgcagtatcttg 361  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||   ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |  | || ||    
T  22809902 ttatggcaaatacaaaagtagttgagaaagaagatacactttcactgatagtgtttttgaaaactacaggatttggatagaaagcatgtcctttttcatg 22810001  T
Q  362 cccgatatcattggtgagtcttagtaagccagttgaagttaactcagcaataccatcaagatataaatgtgatgattggaatcctttatagatgaaaccg 461  Q
      |  ||||||||||||||||||||||||||  ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| |    
T  22810002 ttctgtatcattggtgagtcttagtaagccatctggggttaactcagcaataccatcaagatataaatgtgatgattggaaaccattatagatgaaactg 22810101  T
Q  462 ttgtcttcacttgctaccaatgtaacaagcaaacataacataaagacaaacttg 515  Q
    || |||| ||||||||| ||||||||||| ||| | |||||||| |||| ||||    
T  22810102 ttatctttacttgctactaatgtaacaagaaaaaacaacataaacacaagcttg 22810155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 130; E-Value: 4e-67
Query Start/End: Original strand, 1 - 250
Target Start/End: Original strand, 22814981 - 22815230
Alignment:
Q  1 ataggatatccactagaaagggataagtcgttgaatcgaccaatagcattatagtatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaattattgatgtcaa 100  Q
    |||||| ||||| | ||||||||||| ||  ||||| |||||  | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |    
T  22814981 ataggaaatccattggaaagggataactccctgaattgaccatgatcattataatatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaataattgatatcga 22815080  T
Q  101 taccaacatggttattattgatatcatcaaactcaagatcttgaatagtgtcaagctcaacagcaaacacatggttgctagtgtttccaatgttggaatc 200  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||  | |||||||  |||||||||||||||| |||| ||||||||| || |||||||| ||||||||||    
T  22815081 taccaacatggttatcattgatatcatcaaactgcaaatcttgacgagtgtcaagctcaacaccaaaaacatggttgttactgtttccattgttggaatc 22815180  T
Q  201 gttaaagggaccaaggtattggtttggaagtgaatctggtagcccttttg 250  Q
    ||||||| |||||||||||||  |||| ||||||| ||||||||||||||    
T  22815181 gttaaagagaccaaggtattgacttggtagtgaatttggtagcccttttg 22815230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 130; E-Value: 4e-67
Query Start/End: Original strand, 257 - 515
Target Start/End: Original strand, 22842417 - 22842681
Alignment:
Q  257 agattttatggcaaataaaaaagtagttgagaaagaagacacagtttcactagaagtgtttttgaaaactataggatttggatagaaagcatgtgcagta 356  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||  |  |     
T  22842417 agattttatggcaaataaaaaagtagttgagaaagaagacacactttcactagaagtgtttttgaaaactattggttttggatataaagcatgacctttg 22842516  T
Q  357 tcttgcccgatatcattggtgagtcttagtaagccagttgaagttaactcagcaataccatcaagatataaatgtgatgattggaatcct------ttat 450  Q
    | |||     ||||||||||||||||| ||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||      ||||    
T  22842517 tattgttttgtatcattggtgagtcttggtaagccacctgaggttaactcagcaataccatcaagatacaaatgaaatgattggaatcctctattattat 22842616  T
Q  451 agatgaaaccgttgtcttcacttgctaccaatgtaacaagcaaacataacataaagacaaacttg 515  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||| |||| ||||    
T  22842617 agatgaaactgttgtcttcacttgctaccaatgtaacaagaaaaaacaacataaacacaagcttg 22842681  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 126; E-Value: 1e-64
Query Start/End: Original strand, 1 - 250
Target Start/End: Original strand, 22830985 - 22831234
Alignment:
Q  1 ataggatatccactagaaagggataagtcgttgaatcgaccaatagcattatagtatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaattattgatgtcaa 100  Q
    ||||||| |||||| | ||||||||| |   ||||||||||| || ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  22830985 ataggatgtccactggtaagggataaattcctgaatcgaccagtatcatcataatatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaatcattgatatcaa 22831084  T
Q  101 taccaacatggttattattgatatcatcaaactcaagatcttgaatagtgtcaagctcaacagcaaacacatggttgctagtgtttccaatgttggaatc 200  Q
    | |||||||| |||| |||||||||||||||||||| || || |  |||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||| |     
T  22831085 ttccaacatgattatcattgatatcatcaaactcaaaatttttacgagtgtcaagctcaacaccaaaaacatggttgctactgtttccaatgttggagta 22831184  T
Q  201 gttaaagggaccaaggtattggtttggaagtgaatctggtagcccttttg 250  Q
    ||||||| |||||| |||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||    
T  22831185 gttaaagagaccaaagtattgatttggtagtgaatttggtagcccttttg 22831234  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 262 - 487
Target Start/End: Original strand, 22815285 - 22815510
Alignment:
Q  262 ttatggcaaataaaaaagtagttgagaaagaagacacagtttcactagaagtgtttttgaaaactataggatttggatagaaagcatgtgcagtatcttg 361  Q
    |||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |  |  ||      
T  22815285 ttattgcaaacacaaaagtagttgagaaagaagacacactttcattggaagtgtttttgaaaactataggatttggatagaaagcatatcctttggctct 22815384  T
Q  362 cccgatatcattggtgagtcttagtaagccagttgaagttaactcagcaataccatcaagatataaatgtgatgattggaatcctttatagatgaaaccg 461  Q
      |  |||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |    
T  22815385 ttctgtatcattggtgagttttagtaagccatttgaggttaactcagcaataccatcaagatttaaatgtgatgattggaatccattatatatgaaactg 22815484  T
Q  462 ttgtcttcacttgctaccaatgtaac 487  Q
    |||||| |||||||||||||||||||    
T  22815485 ttgtctacacttgctaccaatgtaac 22815510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 115; E-Value: 4e-58
Query Start/End: Original strand, 257 - 488
Target Start/End: Original strand, 22840305 - 22840542
Alignment:
Q  257 agattttatggcaaataaaaaagtagttgagaaagaagacacagtttcactagaagtgtttttgaaaactataggatttggatagaaagcatgtgcagta 356  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||| || | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |  |     
T  22840305 agattttatggaaaatacaaaagtagttgagaaagaagaaacacttccgctggaagtgtttttgaaaactataggatttggatagaaagcttgtcctttt 22840404  T
Q  357 tcttgcccgatatcattggtgagtcttagtaagccagttgaagttaactcagcaataccatcaagatataaatgtgatgattggaatcc------tttat 450  Q
    |||||     ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||      |||||    
T  22840405 tcttgttttgtatcattggtgagtcttagtaagccagttgaggctaactcagcggtaccatcaagatataaatttgatgattggaatccattatatttat 22840504  T
Q  451 agatgaaaccgttgtcttcacttgctaccaatgtaaca 488  Q
    ||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||    
T  22840505 agatgaaactgttgtctatacttgctaccaatgtaaca 22840542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 113; E-Value: 6e-57
Query Start/End: Original strand, 257 - 514
Target Start/End: Original strand, 22880817 - 22881080
Alignment:
Q  257 agattttatggcaaataaaaaagtagttgagaaagaagacacagtttcactagaagtgtttttgaaaactataggatttggatagaaagcatgtgcagta 356  Q
    |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |  |     
T  22880817 agatttgatggcaaatacaaaagtagttgagaaagaatacacactttcattggaagtgtttttgaaaactataggatttggatagaaagcatatcctttg 22880916  T
Q  357 tcttgcccgatatcattggtgagtcttagtaagccagttgaagttaactcagcaataccatcaagatataaatgtgatgattggaatcc------tttat 450  Q
     ||    |  | |||||||||||||||||||||||| ||||  ||| || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||      |||||    
T  22880917 gctctttctgtgtcattggtgagtcttagtaagccatttgagtttaccttagcaataccatcaagatataaatgtgatgaatggaatccattgtatttat 22881016  T
Q  451 agatgaaaccgttgtcttcacttgctaccaatgtaacaagcaaacataacataaagacaaactt 514  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||| ||| | |||||||| ||||||||    
T  22881017 agatgaaactgttttcttcacttgctatcaatgtaacaagaaaaaacaacataaacacaaactt 22881080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 262 - 510
Target Start/End: Original strand, 22894202 - 22894450
Alignment:
Q  262 ttatggcaaataaaaaagtagttgagaaagaagacacagtttcactagaagtgtttttgaaaactataggatttggatagaaagcatgtgcagtatcttg 361  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||| || || | |||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||  | |||||    
T  22894202 ttatggcaaatacaaaagtagttgagaatgaagaaacacttccattggaagtgttcttcaaaactatagggtttggatagaaagcatgtgctttttcttg 22894301  T
Q  362 cccgatatcattggtgagtcttagtaagccagttgaagttaactcagcaataccatcaagatataaatgtgatgattggaatcctttatagatgaaaccg 461  Q
       | | |||||||||||||||||||||||| | || ||||| | |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||  | |||||||||||||      
T  22894302 tttggtgtcattggtgagtcttagtaagccattggaggttaaattagcaataccatcaagatacaaatgagatgattggaaatcattatagatgaaactt 22894401  T
Q  462 ttgtcttcacttgctaccaatgtaacaagcaaacataacataaagacaa 510  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| ||| | |||||||| ||||    
T  22894402 ttgtcttcacttggtaccaatgtaacaagaaaaaacaacataaacacaa 22894450  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 31 - 219
Target Start/End: Original strand, 22893928 - 22894116
Alignment:
Q  31 ttgaatcgaccaatagcattatagtatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaattattgatgtcaataccaacatggttattattgatatcatcaa 130  Q
    |||||| ||||| || ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  22893928 ttgaattgaccattaccatcataatatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaatcattgatatcaataccaacatggttatcattgatatcatcaa 22894027  T
Q  131 actcaagatcttgaatagtgtcaagctcaacagcaaacacatggttgctagtgtttccaatgttggaatcgttaaagggaccaaggtat 219  Q
    ||||| ||| || |||||| ||||| |||||| |||| || ||||||||||  |||||| |||||||||||| |||| |||||||||||    
T  22894028 actcacgattttcaatagtatcaagttcaacaccaaaaacgtggttgctaggatttccattgttggaatcgtcaaagagaccaaggtat 22894116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 55 - 250
Target Start/End: Original strand, 22840060 - 22840255
Alignment:
Q  55 tatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaattattgatgtcaataccaacatggttattattgatatcatcaaactcaagatcttgaatagtgtcaa 154  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  |  | ||| ||| ||||    
T  22840060 tatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaatcattgatatcaataccaacatggttatcattgatatcatcaaactcactacttagaagagtatcaa 22840159  T
Q  155 gctcaacagcaaacacatggttgctagtgtttccaatgttggaatcgttaaagggaccaaggtattggtttggaagtgaatctggtagcccttttg 250  Q
    | |||||| |||| |||||||||| |  ||||||||||||||| | ||||||| |||||||||||||  |||| ||||||| ||||||||||||||    
T  22840160 gttcaacaccaaaaacatggttgccaccgtttccaatgttggattggttaaagagaccaaggtattgacttggtagtgaatttggtagcccttttg 22840255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 93; E-Value: 5e-45
Query Start/End: Original strand, 55 - 250
Target Start/End: Original strand, 22885602 - 22885795
Alignment:
Q  55 tatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaattattgatgtcaataccaacatggttattattgatatcatcaaactcaagatcttgaatagtgtcaa 154  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||| || ||||  ||||||||    
T  22885602 tatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaatcattgatatcaataccaatatggttatcattgatttcatcaaactcaaaattttgatcagtgtcaa 22885701  T
Q  155 gctcaacagcaaacacatggttgctagtgtttccaatgttggaatcgttaaagggaccaaggtattggtttggaagtgaatctggtagcccttttg 250  Q
    |||||| | |||| |||||| ||||| |||||||| ||||||||| |||  || ||||||||||||  | | | ||||||| ||||||||||||||    
T  22885702 gctcaataccaaaaacatggctgctactgtttccattgttggaattgtt--agagaccaaggtattaatattgtagtgaatttggtagcccttttg 22885795  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 38 - 250
Target Start/End: Original strand, 22898254 - 22898466
Alignment:
Q  38 gaccaatagcattatagtatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaattattgatgtcaataccaacatggttattattgatatcatcaaactcaag 137  Q
    ||||| || ||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||      
T  22898254 gaccattaacatcataatatcctgcaggagttgatttagctgatttcaaatcattgatatcaataccaacatggttatcattgatatcattaaactcact 22898353  T
Q  138 atcttgaatagtgtcaagctcaacagcaaacacatggttgctagtgtttccaatgttggaatcgttaaagggaccaaggtattggtttggaagtgaatct 237  Q
    |     |||||| ||||| |||||| |||| |||||||||||| | |||||| ||||||| | ||||||| |||||||||||||  || | ||||||| |    
T  22898354 actaataatagtatcaagttcaacaccaaaaacatggttgctactatttccattgttggatttgttaaagagaccaaggtattgactttgtagtgaattt 22898453  T
Q  238 ggtagcccttttg 250  Q
    |||||||||||||    
T  22898454 ggtagcccttttg 22898466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 55 - 221
Target Start/End: Original strand, 22809652 - 22809818
Alignment:
Q  55 tatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaattattgatgtcaataccaacatggttattattgatatcatcaaactcaagatcttgaatagtgtcaa 154  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||  |  | ||| ||| || |    
T  22809652 tatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaatcattgatatcaataccaatatggttatcattgatatcatcaaactcactacttagaagagtatcta 22809751  T
Q  155 gctcaacagcaaacacatggttgctagtgtttccaatgttggaatcgttaaagggaccaaggtattg 221  Q
    | |||||| | || |||||||| ||| |||||||| ||||||| | ||||||| ||||||| |||||    
T  22809752 gttcaacaccgaaaacatggttactactgtttccattgttggattggttaaagagaccaagatattg 22809818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 77 - 250
Target Start/End: Original strand, 22805339 - 22805512
Alignment:
Q  77 ctgatttcaaattattgatgtcaataccaacatggttattattgatatcatcaaactcaagatcttgaatagtgtcaagctcaacagcaaacacatggtt 176  Q
    ||||||||| || |||||| | ||||||| | |||||||| |  | |||| ||||||||| ||||| |  ||||||||| |||||| |||| ||||||||    
T  22805339 ctgatttcagatcattgatattaataccatcgtggttattgtcaacatcaccaaactcaaaatctttagaagtgtcaagttcaacaccaaaaacatggtt 22805438  T
Q  177 gctagtgtttccaatgttggaatcgttaaagggaccaaggtattggtttggaagtgaatctggtagcccttttg 250  Q
    || | |||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||    
T  22805439 gccactgtttccattgttggaatcattaaagagaccaaggtattgatttggtagtgaatttggtagcccttttg 22805512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 55 - 250
Target Start/End: Original strand, 22875924 - 22876119
Alignment:
Q  55 tatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaattattgatgtcaataccaacatggttattattgatatcatcaaactcaagatcttgaatagtgtcaa 154  Q
    ||||||| || ||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||| || |||||||| |||||||  |     || ||  ||||    
T  22875924 tatcctgtagaagttgaaatagctgatttcaaatcattgatatcaattccaacatggttatcatcgatatcattaaactcattagtcaaaacagaatcaa 22876023  T
Q  155 gctcaacagcaaacacatggttgctagtgtttccaatgttggaatcgttaaagggaccaaggtattggtttggaagtgaatctggtagcccttttg 250  Q
    | |||||| |||| |||||||||||| |||||||| |||| |||| ||||||| |||||||||||||   ||| ||||| | ||||||||||||||    
T  22876024 gttcaacaccaaaaacatggttgctactgtttccattgtttgaattgttaaagagaccaaggtattgacgtggtagtgagtttggtagcccttttg 22876119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #23
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 250 - 348
Target Start/End: Original strand, 22885838 - 22885934
Alignment:
Q  250 gatattcagattttatggcaaataaaaaagtagttgagaaagaagacacagtttcactagaagtgtttttgaaaactataggatttggatagaaagcat 348  Q
    |||||| ||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22885838 gatattaagattttatagcaaataaagaattagttgagaaagaagacacactttcact--gagtgtttttgaaaactataggatttggatagaaagcat 22885934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #24
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 117 - 250
Target Start/End: Original strand, 22880634 - 22880767
Alignment:
Q  117 attgatatcatcaaactcaagatcttgaatagtgtcaagctcaacagcaaacacatggttgctagtgtttccaatgttggaatcgttaaagggaccaagg 216  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||| ||  || |||| ||||||||    
T  22880634 attgatatcgtcaaactcaaaatcttgaacagtgtcaaactcaacagcaaaaacatggttgctaatgtttccagtgttgaaagtgtcaaagagaccaagg 22880733  T
Q  217 tattggtttggaagtgaatctggtagcccttttg 250  Q
    ||||   |||| || |||| ||||||||||||||    
T  22880734 tatttacttggtagcgaatttggtagcccttttg 22880767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #25
Raw Score: 49; E-Value: 9e-19
Query Start/End: Original strand, 255 - 451
Target Start/End: Original strand, 22913919 - 22914115
Alignment:
Q  255 tcagattttatggcaaataaaaaagtagttgagaaagaagacacagtttcactagaagtgtttttgaaaactataggatttggatagaaagcatgtgcag 354  Q
    ||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||| ||| |   ||||      || |||||||||||||| |||||||||||||||||  |      
T  22913919 tcagattttatggcaaaaacaaaagtagtagagaaagaagatacattactactacttccattgttgaaaactatagggtttggatagaaagcatgaccct 22914018  T
Q  355 tatcttgcccgatatcattggtgagtcttagtaagccagttgaagttaactcagcaataccatcaagatataaatgtgatgattggaatcctttata 451  Q
    | | ||| |    ||||||||| | ||||||||| ||| |||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||    
T  22914019 tttgttgtcttgaatcattggttaatcttagtaaaccatttgaggttaattcagcaacaccatcaagatataaatgtgatgatttgaaaccattata 22914115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #26
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 83 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 22933393 - 22933300
Alignment:
Q  83 tcaaattattgatgtcaataccaacatggttattattgatatcatcaaactcaagatcttgaatagtgtcaagctcaacagcaaacacatggtt 176  Q
    ||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||  ||||||  |||||||| ||| |||||||| | ||||||    
T  22933393 tcaaactattgatgtctataccaacatggttatcattaatatcatcaaactcaaagtcttgagcagtgtcaaactcgacagcaaaaatatggtt 22933300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #27
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 100 - 176
Target Start/End: Original strand, 22922215 - 22922291
Alignment:
Q  100 ataccaacatggttattattgatatcatcaaactcaagatcttgaatagtgtcaagctcaacagcaaacacatggtt 176  Q
    |||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||| | ||||||    
T  22922215 ataccaacatggttatcattaatatcaccaaactcaaaatcttgaacagtgtcaaactcaacagcaaaaagatggtt 22922291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #28
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 159 - 250
Target Start/End: Original strand, 22842264 - 22842355
Alignment:
Q  159 aacagcaaacacatggttgctagtgtttccaatgttggaatcgttaaagggaccaaggtattggtttggaagtgaatctggtagcccttttg 250  Q
    |||| |||| |||||||||||| | |||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||   ||| ||||||| |||| |||||||||    
T  22842264 aacaccaaaaacatggttgctactatttccattgttggaattgttaaagagaccaaggtattgacctggtagtgaatttggttgcccttttg 22842355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #29
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 446 - 490
Target Start/End: Original strand, 22873588 - 22873632
Alignment:
Q  446 tttatagatgaaaccgttgtcttcacttgctaccaatgtaacaag 490  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||    
T  22873588 tttatagatgaaactgttgtcttcacttgctactaatgtaacaag 22873632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #30
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 4 - 95
Target Start/End: Original strand, 22880548 - 22880639
Alignment:
Q  4 ggatatccactagaaagggataagtcgttgaatcgaccaatagcattatagtatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaattattgat 95  Q
    ||||||||||| ||||||||||| || ||||||||| ||  | ||| ||| |||||||||| | |||||||  |||||||||||| ||||||    
T  22880548 ggatatccactggaaagggataaatccttgaatcgatcataatcatcataatatcctgcagaaattgaatttactgatttcaaatcattgat 22880639  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #31
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 77 - 250
Target Start/End: Original strand, 22913698 - 22913871
Alignment:
Q  77 ctgatttcaaattattgatgtcaataccaacatggttattattgatatcatcaaactcaagatcttgaatagtgtcaagctcaacagcaaacacatggtt 176  Q
    |||||||||||  |||||| ||||| ||||||||||| | |||||||||||| |||||   ||    |||||| |||||||| | | |||| ||||||||    
T  22913698 ctgatttcaaaccattgatatcaattccaacatggttgtcattgatatcatcgaactccgtattcataatagtatcaagctccaaaccaaaaacatggtt 22913797  T
Q  177 gctagtgtttccaatgttggaatcgttaaagggaccaaggtattggtttggaagtgaatctggtagcccttttg 250  Q
      |  |||||||| |||| || || || ||  |||||||||||||  |||| ||||||| ||||| ||||||||    
T  22913798 attgttgtttccattgtttgattcattgaatagaccaaggtattgacttggtagtgaatttggtaacccttttg 22913871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #32
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 414 - 445
Target Start/End: Original strand, 22885937 - 22885968
Alignment:
Q  414 ccatcaagatataaatgtgatgattggaatcc 445  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22885937 ccatcaagatataaatgtgatgattggaatcc 22885968  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 138; Significance: 7e-72; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 138; E-Value: 7e-72
Query Start/End: Original strand, 1 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 21150760 - 21150511
Alignment:
Q  1 ataggatatccactagaaagggataagtcgttgaatcgaccaatagcattatagtatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaattattgatgtcaa 100  Q
    ||||||||||||||  |||||||||| || ||||||| | || || ||| ||| || ||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||| ||||    
T  21150760 ataggatatccactgaaaagggataaatcattgaatccatcattatcatcataatagcctgcagaagttgagttagctgatttcaaatcattgatatcaa 21150661  T
Q  101 taccaacatggttattattgatatcatcaaactcaagatcttgaatagtgtcaagctcaacagcaaacacatggttgctagtgtttccaatgttggaatc 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||| |||||||||     
T  21150660 taccaacatggttattattgatatcatcaaactcaaaatcttgaacagtgtcaagctcaacaccaaaaacatggttgctactgtttccattgttggaatt 21150561  T
Q  201 gttaaagggaccaaggtattggtttggaagtgaatctggtagcccttttg 250  Q
    ||||||| |||||||||||||  |||| ||||||| ||||||| ||||||    
T  21150560 gttaaagagaccaaggtattgtgttggtagtgaatttggtagctcttttg 21150511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 129; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 262 - 490
Target Start/End: Complemental strand, 21150456 - 21150228
Alignment:
Q  262 ttatggcaaataaaaaagtagttgagaaagaagacacagtttcactagaagtgtttttgaaaactataggatttggatagaaagcatgtgcagtatcttg 361  Q
    |||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||| |||| |  |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |  | || ||    
T  21150456 ttatggcaaatacaaaagtagttgaaaaagaaaacacactttcgccggaagtgttttcgaaaactataggatttggatagaaagcatgccctatttcatg 21150357  T
Q  362 cccgatatcattggtgagtcttagtaagccagttgaagttaactcagcaataccatcaagatataaatgtgatgattggaatcctttatagatgaaaccg 461  Q
      |  ||||| | |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |    
T  21150356 atctgtatcactagtgagtcttagtaagccatttgaggttaactcagcaataccatcaagatataaatgtgatgattggaatccattatagatgaaactg 21150257  T
Q  462 ttgtcttcacttgctaccaatgtaacaag 490  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||    
T  21150256 ttatcttcacttgctaccaatgtaacaag 21150228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 34; Significance: 0.0000000008; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 79 - 132
Target Start/End: Original strand, 15628278 - 15628331
Alignment:
Q  79 gatttcaaattattgatgtcaataccaacatggttattattgatatcatcaaac 132  Q
    |||||||||  ||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  15628278 gatttcaaaccattgatgtctataccaacatggttatcattaatatcatcaaac 15628331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University