View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21584_low_1 (Length: 669)

Name: NF21584_low_1
Description: NF21584
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21584_low_1
NF21584_low_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (19-664)||(33251870-33252508)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 560; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 560; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 664
Target Start/End: Original strand, 33251870 - 33252508
Alignment:
Q  19 cttgtacaagatatttgtctttgtacttgttgcgtgagatgtggatattttgtatgaaatgaggtaaatataatacacgtggtatagttgtggggctgag 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  33251870 cttgtacaagatatttgtctttgtacttgttgcatgagatgtggatattttgtatgaaatgaggtaaatataatacacgtggtatggttgtggggctgag 33251969  T
Q  119 atatttttggggttggaagttttgtcaatcttcactctgtcccacttccttttttcaaggcaactttggggaaattgatattcagatcgttggaattgat 218  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  33251970 atatttttcgggttggaagttttgtcaatcttcactctgtcccacttccttttttcaaggcaagtttggggaaattgaaattcagatcgttggaattgat 33252069  T
Q  219 atgagaattgaaaaagaaaggacattattgtttggaatattagaaccaaaaatatctgtctaatagaaaatcttcttaaattgtgttcttgattgggcta 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33252070 atgagaattgaaaaagaaaggacattattgtttggaatattagaaccaaaaatatctgtctaatagaaaatcttcttaaattgtgttcttgattgggcta 33252169  T
Q  319 cccccaataagcttatttggttggactaagcccaataagctaaaagattgggtcgcttctcaacatgttaggatgatgtaacaccggcacacttaaacga 418  Q
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33252170 agcccaataagcttatttggttggactaagcccaataagctaaaagattgggtcgcttctcaacatgttaggatgatgtaacaccggcacacttaaacga 33252269  T
Q  419 gttcagtggtctcgctggcgttaatcaatgacaatcggacaatgatccattaataaaacttgatacaattcaacagactcgacatatttcacctcgaaac 518  Q
    ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||    
T  33252270 gtttagtggtctcgctggcgtcaatcaatgacaatcggaca-------attaataaaacttgatacaattcaacaggctcaacatatttcacctcgaaac 33252362  T
Q  519 cacatgaaaacctaatgcaagttaaaggtgcactacttttaacccttaaaattccacacatttgatcacaaactaatttgaccgcaagagtatttgcaaa 618  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  33252363 cacatgaaaacctaatgcaagttaaaggtgcattacttttaacccttaaaattccacacatttgatcacaaactaatttgaccgcaagagtatttgcaga 33252462  T
Q  619 aacatcatcccctttgagcaactactgtcatcctccctatgcttct 664  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  33252463 aacatcatcccctttgagcaactattgtcatcctccccatgcttct 33252508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University