View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21585_low_12 (Length: 472)

Name: NF21585_low_12
Description: NF21585
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21585_low_12
NF21585_low_12
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (11-453)||(53572979-53573423)
chr3 (11-453)||(52053368-52053813)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (11-453)||(30198124-30198568)
[»] scaffold0002 (1 HSPs)
scaffold0002 (11-453)||(463959-464404)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (11-453)||(35898516-35898961)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (11-453)||(31356055-31356501)
chr1 (14-453)||(16993344-16993790)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 350; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 350; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 453
Target Start/End: Complemental strand, 53573423 - 53572979
Alignment:
Q  11 cagagacttgaattgaggctcatagttgtatcaagatgttgaagaacttatgatacaaattcagtgttgacatgagnnnnnnnnn--attagctgctatt 108  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||           |||||||||||||    
T  53573423 cagagacttgaattgaggcccatagttgtatcgagatgttgaagagcttatgatacaaattcagtgttgacatgagtttttttttttattagctgctatt 53573324  T
Q  109 tttgattagttattaaagagttatcatgaatttttaattaggtgttgctttacataagccccttttacaattattgtactatttctttgttgtttgatta 208  Q
    |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53573323 tttgattagttatttaagtgttatcatgaatttttaattaggtgttgctttacataagccccttttacaattattgtactatttctttgttgtttgatta 53573224  T
Q  209 ggtgatgtcaaatgtcaatgcaagtaaaacatccatttacttttcttgtttacaaaagtaaatgaattctatattgttataattagaaccaaagtataaa 308  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53573223 ggtgctgtcaaatgtcaatgcaagtaaaacatccatttgcttttcttgtttacaaaagtaaatgaattctatattgttataattagaaccaaagtataaa 53573124  T
Q  309 atgaggatgaatacttgtgtggaaaccacaaatgtaaaacatttggacacactcacacaaattgaaggtgcagaagctgtctttggttttgtttgtgggg 408  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  53573123 atgaggatgaatacttgtgtggaaaccacaaatgtaaaacatttggacacactcacacaaattgaaggtgcagtagctgtctttggttttgtttgtgggg 53573024  T
Q  409 tggnnnnnnnccagttcatgcttcaagggctggtcatgcgcggat 453  Q
    |||       ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  53573023 tggtttttttccagttcatgcttcaagggctggtcatgcacggat 53572979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 344; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 453
Target Start/End: Complemental strand, 52053813 - 52053368
Alignment:
Q  11 cagagacttgaattgaggctcatagttgtatcaagatgttgaagaacttatgatacaaattcagtgttgacatgagnnnnnnnnn---attagctgctat 107  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||            ||||||||||||    
T  52053813 cagagacttgaattgaggcccatagttgtatcgagatgttgaagagcttatgatacaaattcagtgttgacatgagttttttttttttattagctgctat 52053714  T
Q  108 ttttgattagttattaaagagttatcatgaatttttaattaggtgttgctttacataagccccttttacaattattgtactatttctttgttgtttgatt 207  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52053713 ttttgattagttatttaagtgttatcatgaatttttaattaggtgttgctttacataagccccttttacaattattgtactatttctttgttgtttgatt 52053614  T
Q  208 aggtgatgtcaaatgtcaatgcaagtaaaacatccatttacttttcttgtttacaaaagtaaatgaattctatattgttataattagaaccaaagtataa 307  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52053613 aggtgctgtcaaatgtcaatgcaagtaaaacatccatttgcttttcttgtttacaaaagtaaatgaattctatattgttataattagaaccaaagtataa 52053514  T
Q  308 aatgaggatgaatacttgtgtggaaaccacaaatgtaaaacatttggacacactcacacaaattgaaggtgcagaagctgtctttggttttgtttgtggg 407  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  52053513 aatgaggatgaatacttgtgtggaaaccacaaatgtaaaacatttggacacactcacacaaattgaaggtgcagtagttgtctttggttttgtttgtggg 52053414  T
Q  408 gtggnnnnnnnccagttcatgcttcaagggctggtcatgcgcggat 453  Q
    ||||       ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  52053413 gtggtttttttccagttcatgcttcaagggctggtcatgcacggat 52053368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 350; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 350; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 453
Target Start/End: Complemental strand, 30198568 - 30198124
Alignment:
Q  11 cagagacttgaattgaggctcatagttgtatcaagatgttgaagaacttatgatacaaattcagtgttgacatgagnnnnnnnnn--attagctgctatt 108  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||           |||||||||||||    
T  30198568 cagagacttgaattgaggcccatagttgtatcgagatgttgaagagcttatgatacaaattcagtgttgacatgagtttttttttttattagctgctatt 30198469  T
Q  109 tttgattagttattaaagagttatcatgaatttttaattaggtgttgctttacataagccccttttacaattattgtactatttctttgttgtttgatta 208  Q
    |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30198468 tttgattagttatttaagtgttatcatgaatttttaattaggtgttgctttacataagccccttttacaattattgtactatttctttgttgtttgatta 30198369  T
Q  209 ggtgatgtcaaatgtcaatgcaagtaaaacatccatttacttttcttgtttacaaaagtaaatgaattctatattgttataattagaaccaaagtataaa 308  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30198368 ggtgctgtcaaatgtcaatgcaagtaaaacatccatttgcttttcttgtttacaaaagtaaatgaattctatattgttataattagaaccaaagtataaa 30198269  T
Q  309 atgaggatgaatacttgtgtggaaaccacaaatgtaaaacatttggacacactcacacaaattgaaggtgcagaagctgtctttggttttgtttgtgggg 408  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  30198268 atgaggatgaatacttgtgtggaaaccacaaatgtaaaacatttggacacactcacacaaattgaaggtgcagtagctgtctttggttttgtttgtgggg 30198169  T
Q  409 tggnnnnnnnccagttcatgcttcaagggctggtcatgcgcggat 453  Q
    |||       ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  30198168 tggtttttttccagttcatgcttcaagggctggtcatgcacggat 30198124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002 (Bit Score: 348; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0002
Description:

Target: scaffold0002; HSP #1
Raw Score: 348; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 453
Target Start/End: Complemental strand, 464404 - 463959
Alignment:
Q  11 cagagacttgaattgaggctcatagttgtatcaagatgttgaagaacttatgatacaaattcagtgttgacatgagnnnnnnnnn---attagctgctat 107  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||            ||||||||||||    
T  464404 cagagacttgaattgaggcccatagttgtatcgagatgttgaagagcttatgatacaaattcagtgttgacatgagttttttttttttattagctgctat 464305  T
Q  108 ttttgattagttattaaagagttatcatgaatttttaattaggtgttgctttacataagccccttttacaattattgtactatttctttgttgtttgatt 207  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  464304 ttttgattagttatttaagtgttatcatgaatttttaattaggtgttgctttacataagccccttttacaattattgtactatttctttgttgtttgatt 464205  T
Q  208 aggtgatgtcaaatgtcaatgcaagtaaaacatccatttacttttcttgtttacaaaagtaaatgaattctatattgttataattagaaccaaagtataa 307  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  464204 aggtgctgtcaaatgtcaatgcaagtaaaacatccatttgcttttcttgtttacaaaagtaaatgaattctatattgttataattagaaccaaagtataa 464105  T
Q  308 aatgaggatgaatacttgtgtggaaaccacaaatgtaaaacatttggacacactcacacaaattgaaggtgcagaagctgtctttggttttgtttgtggg 407  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  464104 aatgaggatgaatacttgtgtggaaaccacaaatgtaaaacatttggacacactcacacaaattgaaggtgcagtagctgtctttggttttgtttgtggg 464005  T
Q  408 gtggnnnnnnnccagttcatgcttcaagggctggtcatgcgcggat 453  Q
    ||||       ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  464004 gtggtttttttccagttcatgcttcaagggctggtcatgcacggat 463959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 348; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 348; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 453
Target Start/End: Original strand, 35898516 - 35898961
Alignment:
Q  11 cagagacttgaattgaggctcatagttgtatcaagatgttgaagaacttatgatacaaattcagtgttgacatgagnnnnnnnnn---attagctgctat 107  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||            ||||||||||||    
T  35898516 cagagacttgaattgaggcccatagttgtatcgagatgttgaagagcttatgatacaaattcagtgttgacatgagttttttttttttattagctgctat 35898615  T
Q  108 ttttgattagttattaaagagttatcatgaatttttaattaggtgttgctttacataagccccttttacaattattgtactatttctttgttgtttgatt 207  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35898616 ttttgattagttatttaagtgttatcatgaatttttaattaggtgttgctttacataagccccttttacaattattgtactatttctttgttgtttgatt 35898715  T
Q  208 aggtgatgtcaaatgtcaatgcaagtaaaacatccatttacttttcttgtttacaaaagtaaatgaattctatattgttataattagaaccaaagtataa 307  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35898716 aggtgctgtcaaatgtcaatgcaagtaaaacatccatttgcttttcttgtttacaaaagtaaatgaattctatattgttataattagaaccaaagtataa 35898815  T
Q  308 aatgaggatgaatacttgtgtggaaaccacaaatgtaaaacatttggacacactcacacaaattgaaggtgcagaagctgtctttggttttgtttgtggg 407  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  35898816 aatgaggatgaatacttgtgtggaaaccacaaatgtaaaacatttggacacactcacacaaattgaaggtgcagtagctgtctttggttttgtttgtggg 35898915  T
Q  408 gtggnnnnnnnccagttcatgcttcaagggctggtcatgcgcggat 453  Q
    ||||       ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  35898916 gtggtttttttccagttcatgcttcaagggctggtcatgcacggat 35898961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 341; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 341; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 453
Target Start/End: Original strand, 31356055 - 31356501
Alignment:
Q  11 cagagacttgaattgaggctcatagttgtatcaagatgttgaagaacttatgatacaaattcagtgttgacatgagnnnnnnnnn---attagctgctat 107  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||            ||||||||||||    
T  31356055 cagagacttgaattgaggcccatagttgtatcgagatgttgaagagcttatgatacaaattcagtgttgacatgagttttttttttttattagctgctat 31356154  T
Q  108 ttttgattagttattaaagagttatcatgaatttttaattaggtgttgctttacataagccccttttacaattattgtactatttctttgttgtttgatt 207  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31356155 ttttgattagttatttaagtgttatcatgaatttttaattaggtgttgctttacataagccccttttacaattattgtactatttctttgttgtttgatt 31356254  T
Q  208 aggtgatgtcaaatgtcaatgcaagtaaaacatccatttacttttcttgtttac-aaaagtaaatgaattctatattgttataattagaaccaaagtata 306  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31356255 aggtgctgtcaaatgtcaatgcaagtaaaacatccatttgcttttcttgtttacaaaaagtaaatgaattctatattgttataattagaaccaaagtata 31356354  T
Q  307 aaatgaggatgaatacttgtgtggaaaccacaaatgtaaaacatttggacacactcacacaaattgaaggtgcagaagctgtctttggttttgtttgtgg 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  31356355 aaatgaggatgaatacttgtgtggaaaccacaaatgtaaaacatttggacacactcacacaaattgaaggtgcagtagctgtctttggttttgtttgtgg 31356454  T
Q  407 ggtggnnnnnnnccagttcatgcttcaagggctggtcatgcgcggat 453  Q
    |||||       ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  31356455 ggtggtttttttccagttcatgcttcaagggctggtcatgcacggat 31356501  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 337; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 453
Target Start/End: Original strand, 16993344 - 16993790
Alignment:
Q  14 agacttgaattgaggctcatagttgtatcaagatgttgaagaacttatgatacaaattcagtgttgacatgagnnnnnnnnn-------attagctgcta 106  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||                |||||||||||    
T  16993344 agacttgaattgaggcccatagttgtatcgagatgttgaagagcttatgatacaaattcagtgttgacatgagttttttttttttttttattagctgcta 16993443  T
Q  107 tttttgattagttattaaagagttatcatgaatttttaattaggtgttgctttacataagccccttttacaattattgtactatttctttgttgtttgat 206  Q
    |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16993444 tttttgattagttatttaagtgttatcatgaatttttaattaggtgttgctttacataagccccttttacaattattgtactatttctttgttgtttgat 16993543  T
Q  207 taggtgatgtcaaatgtcaatgcaagtaaaacatccatttacttttcttgtttacaaaagtaaatgaattctatattgttataattagaaccaaagtata 306  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16993544 taggtgctgtcaaatgtcaatgcaagtaaaacatccatttgcttttcttgtttacaaaagtaaatgaattctatattgttataattagaaccaaagtata 16993643  T
Q  307 aaatgaggatgaatacttgtgtggaaaccacaaatgtaaaacatttggacacactcacacaaattgaaggtgcagaagctgtctttggttttgtttgtgg 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  16993644 aaatgaggatgaatacttgtgtggaaaccacaaatgtaaaacatttggacacactcacacaaattgaaggtgcagtagctgtctttggttttgtttgtgg 16993743  T
Q  407 ggtggnnnnnnnccagttcatgcttcaagggctggtcatgcgcggat 453  Q
    |||||       ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  16993744 ggtggtttttttccagttcatgcttcaagggctggtcatgcacggat 16993790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University