View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21585_low_3 (Length: 690)

Name: NF21585_low_3
Description: NF21585
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21585_low_3
NF21585_low_3
[»] chr1 (5 HSPs)
chr1 (1-459)||(22894837-22895295)
chr1 (512-672)||(22895348-22895508)
chr1 (305-449)||(15976019-15976163)
chr1 (46-236)||(15974495-15974687)
chr1 (51-234)||(15975754-15975939)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (1-459)||(16297350-16297808)
chr8 (1-459)||(16305052-16305510)
chr8 (512-672)||(16297861-16298021)
chr8 (512-672)||(16305563-16305723)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (4-109)||(2431361-2431466)
chr3 (158-379)||(3873779-3874009)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 415; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 415; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 459
Target Start/End: Original strand, 22894837 - 22895295
Alignment:
Q  1 caatcatccaaatggaaaataaaagtctctagtatcagctgtagcagcattatgcattatataatgcattgttcaatatgaagttaattcaaatggagca 100  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  22894837 caatcatccagatggaaaataaaagtctttagtatcagctgtagcagcattatgcattatataatgcattgttcaatatcaagttaattcaaatggagca 22894936  T
Q  101 ccatctacacaataaaaactagacattagataaactataattatagaaccagaacaaataaactaaacttgataaaatacttacatcatccaaagtaaag 200  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22894937 ccatctacacaataaaaacaagacattagataaactataattatacaaccagaacaaataaactaaacttgataaaatacttacatcatccaaagtaaag 22895036  T
Q  201 tgcatcttgatgctttgagattcaaagcaaatttgcccatcaatagagagcaatggcaggcttaacaaaagctgcagatacaaaaatagtaagccaatag 300  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  22895037 tgcatcttgatactttgagattcaaagcaaatttgcacatcaatagagagcaatggcaggcttaacaaaagctgcaaatacaaaaatagtaagccaatag 22895136  T
Q  301 cataaaaatgatgaaaatattgataccaattcaaaccacaaaactttgagcaaaaatacctacatattatcaacaaatgaaaatcacaagctgctcaatt 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22895137 cataaaaatgatgaaaatattgataccaattcaaaccacaagactttgaggaaaaatacctacatattatcaacaaatgaaaatcacaagctgctcaatt 22895236  T
Q  401 ttactcaaattaatcttctgattctgcataatcaaaattagatgatatcggtattcaac 459  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22895237 ttactcaaattaatcttctggttctgcataatcaaaattagatgatatcggtattcaac 22895295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 145; E-Value: 6e-76
Query Start/End: Original strand, 512 - 672
Target Start/End: Original strand, 22895348 - 22895508
Alignment:
Q  512 cacatgctggcctcaaaaccaacacaatactcacgctgctaccagcaacaaacagacccactaagcagataaaaacactcagaataaactcccacatcag 611  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  22895348 cacatactagcctcaaaaccaacacaatactcacgctgctaccagcaacaaacagacccactaagcagataaaaacactcagaaaaaactcccacatcag 22895447  T
Q  612 accatacctgaggcagtaccaatgattcaaatctcaacaaattgttctccaaatcagccat 672  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  22895448 accatacctgaggcagtaccaatgattcaaatctcaacaaactgttctccaaatcagccat 22895508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 305 - 449
Target Start/End: Original strand, 15976019 - 15976163
Alignment:
Q  305 aaaatgatgaaaatattgataccaattcaaaccacaaaactttgagcaaaaatacctacatattatcaacaaatgaaaatcacaagctgctcaattttac 404  Q
    |||||| ||||||||||||  | |||||||||||||| || |||||||||||||||||  | || |||||||||| |||||||||||||||||| || ||    
T  15976019 aaaatggtgaaaatattgaatcaaattcaaaccacaagacattgagcaaaaatacctatgtgttttcaacaaatgcaaatcacaagctgctcaaattcac 15976118  T
Q  405 tcaaattaatcttctgattctgcataatcaaaattagatgatatc 449  Q
    | |||| || ||| || |||||||||||||||| |||||||||||    
T  15976119 tgaaatcaaacttatggttctgcataatcaaaactagatgatatc 15976163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 53; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 46 - 236
Target Start/End: Original strand, 15974495 - 15974687
Alignment:
Q  46 agcattatgcattatataatgcattgttcaatatgaagttaattca-aatggagcaccatctacacaata-aaaactagacattagataaactataatta 143  Q
    |||| ||||||||||| || ||||||||||||||  |||| ||||| ||||||||| ||||| ||||||  ||||| | ||||||||||||||||||||     
T  15974495 agcagtatgcattatacaaagcattgttcaatatagagttgattcacaatggagcatcatctgcacaatggaaaacaaaacattagataaactataattt 15974594  T
Q  144 tagaaccagaacaaataaactaaacttgataaaatacttacatcatccaaagtaaagtgcatcttgatgctttgagattcaaagcaaatttgc 236  Q
    || || ||||  | ||||| ||||| ||||||||| |||  |||| |||||||||| |  ||| |||| | |||| |||||||| ||||||||    
T  15974595 tacaaacagactagataaaataaacatgataaaatgcttgtatcaaccaaagtaaaataaatcatgatacgttgaaattcaaagtaaatttgc 15974687  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 51 - 234
Target Start/End: Original strand, 15975754 - 15975939
Alignment:
Q  51 tatgcattatataatgcattgttcaatatgaagttaattca-aatggagcaccatctacacaata-aaaactagacattagataaactataattatagaa 148  Q
    ||||||||||| || ||| ||||||||||  |||| ||||| || |||||| ||||| ||||||  ||||| ||||||||| ||| |||||||| || ||    
T  15975754 tatgcattatacaaagcagtgttcaatatatagttgattcacaacggagcagcatctgcacaatggaaaacaagacattaggtaacctataattttacaa 15975853  T
Q  149 ccagaacaaataaactaaacttgataaaatacttacatcatccaaagtaaagtgcatcttgatgctttgagattcaaagcaaattt 234  Q
     | ||  | ||||| ||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||  | ||| | |  ||||||||||||||| ||||||    
T  15975854 actgactagataaaataaacatgataaaatgcttacaacatccaaagtaaaagggatcataacactttgagattcaaagtaaattt 15975939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 403; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 403; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 459
Target Start/End: Original strand, 16297350 - 16297808
Alignment:
Q  1 caatcatccaaatggaaaataaaagtctctagtatcagctgtagcagcattatgcattatataatgcattgttcaatatgaagttaattcaaatggagca 100  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  16297350 caatcatccagatggaaaataaaagtctttagtatcagctgtagcagcattttgcattatataatgcattgttcaatatcaagttaattcaaatggagca 16297449  T
Q  101 ccatctacacaataaaaactagacattagataaactataattatagaaccagaacaaataaactaaacttgataaaatacttacatcatccaaagtaaag 200  Q
     ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  16297450 tcatctacacaacaaaaacaagacattagataaactataattatacaaccagaacaaataaactaaacttgataaaatacttacatcatccaaagtaaat 16297549  T
Q  201 tgcatcttgatgctttgagattcaaagcaaatttgcccatcaatagagagcaatggcaggcttaacaaaagctgcagatacaaaaatagtaagccaatag 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16297550 tgcatcttgatgctttgagattcaaagcaaatttgcacatcaatagagagcaatggcaggcttaacaaaagctgcagatacaaaaatagtaagccaatag 16297649  T
Q  301 cataaaaatgatgaaaatattgataccaattcaaaccacaaaactttgagcaaaaatacctacatattatcaacaaatgaaaatcacaagctgctcaatt 400  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16297650 cataaaaatgttgaaaatattgataccaattcaaaccacaagactttgagcaaaaatacgtacatattatcaacaaatgaaaatcacaagctgctcaatt 16297749  T
Q  401 ttactcaaattaatcttctgattctgcataatcaaaattagatgatatcggtattcaac 459  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16297750 ttactcaaattaatcttctggttctgcataatcaaaattagatgatatcggtattcaac 16297808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 395; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 459
Target Start/End: Original strand, 16305052 - 16305510
Alignment:
Q  1 caatcatccaaatggaaaataaaagtctctagtatcagctgtagcagcattatgcattatataatgcattgttcaatatgaagttaattcaaatggagca 100  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  16305052 caatcatccagatggaaaataaaagtctttagtatcagctgtagcagcattttgcattatataatgcattgttcaatatcaagttaattcaaatggagca 16305151  T
Q  101 ccatctacacaataaaaactagacattagataaactataattatagaaccagaacaaataaactaaacttgataaaatacttacatcatccaaagtaaag 200  Q
     ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  16305152 tcatctacacaacaaaaacaagacattagataaactataattatacaaccagaacaaataaactaaacttgataaaatacttacatcatccaaagtaaat 16305251  T
Q  201 tgcatcttgatgctttgagattcaaagcaaatttgcccatcaatagagagcaatggcaggcttaacaaaagctgcagatacaaaaatagtaagccaatag 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  16305252 tgcatcttgatgctttgagattcaaagcaaatttgcacatcaatagagagcaatggcaggcttaacaaaagctgcatatacaaaaatagtaagccaatag 16305351  T
Q  301 cataaaaatgatgaaaatattgataccaattcaaaccacaaaactttgagcaaaaatacctacatattatcaacaaatgaaaatcacaagctgctcaatt 400  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16305352 cataaaaatgttgaaaatattgataccaattcaaaccacaagactttgagtaaaaatacgtacatattatcaacaaatgaaaatcacaagctgctcaatt 16305451  T
Q  401 ttactcaaattaatcttctgattctgcataatcaaaattagatgatatcggtattcaac 459  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16305452 ttactcaaattaatcttctggttctgcataatcaaaattagatgatatcggtattcaac 16305510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 141; E-Value: 1e-73
Query Start/End: Original strand, 512 - 672
Target Start/End: Original strand, 16297861 - 16298021
Alignment:
Q  512 cacatgctggcctcaaaaccaacacaatactcacgctgctaccagcaacaaacagacccactaagcagataaaaacactcagaataaactcccacatcag 611  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  16297861 cacatactggcctcaaaaccaacacaatactcacgctgctaccagcaacaaacagacccactaagcagataaaaacactctgaaaaaactcccacatcag 16297960  T
Q  612 accatacctgaggcagtaccaatgattcaaatctcaacaaattgttctccaaatcagccat 672  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  16297961 accatacctgaggcagtaccaatgattcaaatgtcaacaaactgttctccaaatcagccat 16298021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 137; E-Value: 3e-71
Query Start/End: Original strand, 512 - 672
Target Start/End: Original strand, 16305563 - 16305723
Alignment:
Q  512 cacatgctggcctcaaaaccaacacaatactcacgctgctaccagcaacaaacagacccactaagcagataaaaacactcagaataaactcccacatcag 611  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  16305563 cacatacttgcctcaaaaccaacacaatactcacgctgctaccagcaacaaacagacccactaagcagataaaaacactctgaaaaaactcccacatcag 16305662  T
Q  612 accatacctgaggcagtaccaatgattcaaatctcaacaaattgttctccaaatcagccat 672  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  16305663 accatacctgaggcagtaccaatgattcaaatgtcaacaaactgttctccaaatcagccat 16305723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 74; Significance: 1e-33; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 4 - 109
Target Start/End: Complemental strand, 2431466 - 2431361
Alignment:
Q  4 tcatccaaatggaaaataaaagtctctagtatcagctgtagcagcattatgcattatataatgcattgttcaatatgaagttaattcaaatggagcacca 103  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||  ||||||||||| |||||||    
T  2431466 tcatccagatggaaaataaaagtctatagtatcagatgtagcagcattatgcattatataatgtattgttcaatatcaaaataattcaaatgaagcacca 2431367  T
Q  104 tctaca 109  Q
    ||||||    
T  2431366 tctaca 2431361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 63; E-Value: 5e-27
Query Start/End: Original strand, 158 - 379
Target Start/End: Original strand, 3873779 - 3874009
Alignment:
Q  158 ataaactaaacttgataaaatacttacatcatccaaagtaaagtgcatcttgatgctttgagattcaaagcaaatttgc---------ccatcaatagag 248  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||| |||||||||||||||||||          |||| |||||     
T  3873779 ataaaataaacatgataaaatacttacatcatccaaagtaaaatggatcatgatgctttaagattcaaagcaaatttgcaacttaacatcatccatagac 3873878  T
Q  249 agcaatggcaggcttaacaaaagctgcagatacaaaaatagtaagccaatagcataaaaatgatgaaaatattgataccaattcaaaccacaaaactttg 348  Q
    | || ||||| ||||||  |||||||||||| ||||||  |||| |||  | ||| |||| | ||||||||||||  | | |||||||||||| || |||    
T  3873879 aacattggcatgcttaattaaagctgcagatgcaaaaacggtaaaccacaaacatgaaaacggtgaaaatattgaatcaatttcaaaccacaagacattg 3873978  T
Q  349 agcaaaaatacctacatattatcaacaaatg 379  Q
    ||||| ||||||||  |||| ||||||||||    
T  3873979 agcaagaatacctatgtattttcaacaaatg 3874009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University